ぎょーむ日誌 2006-05-(21-31)

2006 年 05 月 21 日 (日)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯．
• そして午前中いっぱいを費して， この居室に秩序とよびうる何かを取り戻す努力， 昨日のつづき …… 少しはマシになったか． 住人に利用可能な空間が， とゆーか 「掃除機をかけられる面積」 が倍加した．
• 昼飯くいつつ， この「片づけ」もまた原稿かき逃避にほかならぬ， と気づいた．
• 洗濯すべきものがいろいろと「発掘」されてしまったので， 午後も洗濯しつつ GLMM 解説原稿かきのつづき．
• で， 原稿とそのための作図プログラムみなおしてたら， 作図まちがいに気づいた …… いやはや， これってさんざん使いまわしてる図なんだが． えーと， 実線だの破線だのは関係なくて， | であらわしてる点の位置だけがおかしかったのです． 不幸中のさいわいでヘンなのは図上の | の位置だけだった (推定計算とかはヘンではない) ……

(5/17に示したまちがい作図)

(訂正した図)

• 蛇足ながら実線は glm() による推定結果で， 破線や一点破線で示しているのはその推定結果 (二項分布) の 99% 区間である．
• いやー， じつは三月末の 新潟大会自由集会 のときも質疑応答のときに 西村欣也さん が「点がばらつきすぎなのでは?」 とご指摘してくださったんだが …… まさに図星だった． そのときは「こんなもんでしょう」とごまかしてたんだけど． いやはや． われながらカンが悪い．
• ともあれこういうときは全自動作図と全自動 PDF ファイル再構築で ささっとなおせるので助かる．
• 1435 自宅発． 晴． 1450 研究室着．
• 上の「作図まちがい」になぜ気づいたか， と言いますと， GLMM 解説記事に 「もし『個体差』がなければ」 状況を説明すれば多少は説明の面倒が軽減されるのでは， と思いついたため． 「個体差」 (random effects) ないときには下の図のようになり， とうぜんながら R の glm() でうまく推定できる， と．

[glm() がうまくいく例]

…… も示せば説明がラクになるのではないかしらん， という意図で作った図． いやはや， すごく単純化している状況なのにあれこれ説明すべきことが 錯綜ぎみで原稿がなかなか完成しません．

• なンか R の postscript() 出力がヘンだなぁ (gv なんかがエラーをだす)， と思っていたら …… RjpWiki に なかま さんのご指摘が． Vine Linux 版の場合 (私のところの Vine Linux 3.2 を使用)， 出力に日本語文字が含まれていない場合でも， .Rprofile ファイルに

  setHook(
  	packageEvent("grDevices", "onLoad"),
  	function(...) grDevices::ps.options(family="Japan1")
  )
  

  追記が必要．
• えーと， これは Vine 用 R-2.3.0-0vl2 を使って R コンソール経由から postscript() して作図した場合． なにか作図プログラム (たとえば plot.R) をシェルコマンドラインから

  R --vanilla < plot.R
  

  というふうにバッチ作図させた場合には， なぜかしら上の setHook() 設定追加ナシでも出力 postscript ファイルに問題ない．
• といったてくにかるな問題を片づけて， GLMM 解説記事かきのつづき． 匍匐前進状態というより迷走暴走状態だな． あれこれ書いてから「やっぱりダメか」とだーっと削除， とか．
• 空腹になったので撤退． 1940 研究室発． 1955 帰宅． 晩飯．
• うーむ， 原稿ススまず ……
• [今日の運動]
  • 本日もうんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.5 合． タマネギ・チンゲンサイ・ネギ・セロリ・エリンギ・海藻・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1240): スパゲッティーバジリコ．
  • 晩 (2010): 米麦 0.8 合． タマネギ・チンゲンサイ・ネギ・セロリ・エリンギ・海藻・豆腐のシチュー．

2006 年 05 月 22 日 (月)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着．
• 先週の金曜日 にこちらに来てくださった 富良野 の 後藤さん の下うけ計算． トドマツ実生数 (倒木更新) の母樹-定着地間の種子散布カーネル推定みたいなこと．
• これは glm() のたぐいではとけない問題なので， 対数尤度方程式を optim() とかで最大化してやる必要がある．
• ところでその前に作図を …… でまた postscript() でひっかかる． 印刷出力できん． どうも昨日の .Rprofile 設定がマズかったのかしらん? とりあえずの応急処置として， 日本語文字を含まない図であっても

      postscript(ファイル名, encoding="ISOLatin1", family="URWHelvetica")
  

  といった指定をしておけば何とかなる， とわかった．
• そして昨日の「ぎょーむ日誌」にリンクまちがいあり， とのご指摘． いやはやー
• 昼前にトドマツ計算終了． 後藤さんに報告メイルを書いてこの件， とりあえず無事に終了 …… 時刻は 1240．
• ちょっと GLMM 原稿とかつついてから， 昼飯．
• 空間データ解析こんさる． ごく簡単そうに見えた空間統計学の問題をひねくってるうちに， 私の直観というか思いこみがくつがえされたりすることがけっこうある …… ある特定の場所にしか住めないような空間集中度のより高い生物ほど 「場所選好性」 みたいなのを推定するのがより難しい場合がある． これはあたりまえと言われればそうなのかもしれないけど， つまりある場所により集まるほど選好性に関する情報が失われるわけだ． 「effective な標本数」 が減る， というか．
• で， お茶部屋に逃げるとまた別の難問が ……
• で， また GLMM 解説原稿かき． よーやく説明の全容がアタマに入りつつある， というか …… 授業 や 自由集会 のときとは， なぜかしら説明の焦点を変えてやらないとすっきりない， とわかってきた．
• うーむ， さすがにもう八割ぐらいはできたか? 1930 研究室発． 1945 帰宅． 運動． 体重 73.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． サケ塩焼．
  • 昼 (1325): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． サケ塩焼． 海藻スープ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． サケ塩焼． コマツナあえもの．

2006 年 05 月 23 日 (火)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0855 自宅発． 雨． 0910 研究室着．
• セミナー予習の論文よみ．
• 1050 ごろから 研究室セミナー． 本日は川合さんで訪花時間が蜜量・花粉ではいりとどう関係するか， というもの． このあたり， とくに花粉ではいりに関しては 「よくわからない」 というのが妥当なハナシみたいで …… なぜかというと， たぶん訪花昆虫がどういう状態で花にとびこんでくるのか よくわからないからだろう． そして訪花昆虫の行動はいわゆる「経済的」なものかもどうかも疑問， と書いてる紹介論文の中に書かれてたりするな (このハナシは紹介されなかったけど)．

[……で訪花昆虫とはあまり関係なく]

「今年はこれやります」 とかでチョークをごりごりと黒板にこすりつけつつ ミヤマリンドウ の絵を． なんだか アノマロカリス みたいな， と思いつつ見物してた．

• ひきつづきセミナー室で北大 安全管理 部門作成の「安全の手引の概要」なる poorpoint ファイル 観賞会． 自動運転・音声つき． 40 分ぐらいかかる． これって， ご利益あるのかどうか ……

[安全教育]

昼食後なので寝てたヒト多数．

• GLMM 解説記事原稿かき ……
• よーやく私が書くべき部分ひととーり書けた． 現時点で生態学会和文誌 9 ペイジぶん． 字数にして 1.5 万字ぐらいにすぎないのだが (図が多いんで)． make pdf 命じてサーヴァーにアップロード． あとは粕谷さんに書いていただいて， と．
• へろへろと撤退． 1925 研究室発． 雨やんでる． 1945 帰宅． 運動． 体重 73.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． 海藻スープ．
  • 昼 (1210): 研究室セミナー室． 米麦 0.6 合． サケ塩焼． コマツナあえもの．
  • 晩 (2220): 米麦 0.9 合． チンゲンサイ・ピーマン・タラすりみの煮物．

2006 年 05 月 24 日 (水)

• 0745 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 0855 研究室着．
• GLMM 解説原稿は昨日でいったんひとくぎりついたので， 富良野 の 後藤さん の下うけ計算の改善． トドマツ実生数 (倒木更新) の母樹-定着地間の種子散布カーネル推定， そのインターフェイス改良． インターフェイスといっても機能拡張 (もっといろいろな関数型つかいたいとか) にともなう関数よびだしとかのインターフェイスなんだが ……
• 何であれインターフェイスの改良はしんどい． これにくらべたら計算中核まわり， たとえば最尤推定の工夫あれこれとラクなもんだ．
• 昼ちかくまでぢたばたして一件落着． 推定結果をすなおに解釈するとすごい overdispersion (いま使ってるのは random effects ナシの Poisson 分布モデル)． アップロードして後藤さんに連絡．
• 研究室ネット雑用． えーと， 今年のおーぷんゆにばーしちーは 7/30， 日曜日なのか．
• 昼飯．
• R-2.3.0 の postscript() について． RjpWiki にある .Rpofile 設定とかやっておけば

  postscript(ファイル名)
  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "あ")
  dev.off()
  

  といった作図出力は何の問題もない．

• ところが日本語文字ではない | という文字で

  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "|")
  

  出力させるとこうなったりする (後記: device が postscript() ではなく pdf() でも同じ …… PDF 出力した場合， gv など ghostscript 系の viewer では見えず， Adobe Acrobat Reader だと見えたりする)．

• 一昨日うだうだ書いてたのは

  postscript(ファイル名, family="URWHelvetica")
  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "|")
  dev.off()
  

  と指定すればとりあえず問題は回避できるでしょう， ということで．

• 不思議なことに * なんかだと

  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "*")
  

  問題なく出力できる．

• といったことに関して， なかまさんから メイルでいろいろ教えていただいたり． なンと VineLinux は 「純国産 VFlib」 なるものを使っているので， R の日本語化には使えても国際化には使えない distribution， とのこと．
• しかし， 今さらながら， なかまさんってスゴいヒト， と思わされるねえ …… 「国際化」 のたいへんさは RjpWiki 内に書かれているとーり．

  こんな変化の激しいシステムの国際化はかなり苦痛です.私は普段Linuxを使いますので,WinやMacの不具合は気づかないかもしれません.自分でビルド環境を整えられる方がいらっしゃいましたら,是非参戦してください.

  よくよく考えてみればマルチプラットフォームで国際化ってかなり変態的領域に入るんではないかと思う今日この頃...

• さて …… 次のぎょーむだが． じつは先週の金曜日にアカマツモデリングの投稿論文原稿が帰ってきていた． Major revision， ってことでかなり直せってことなんだろうけど．
• これは例の， 当世の風潮に反抗して「とにかく査読には時間をかける」ぽりしー journal の Ecological Modelling" が 10ヵ月以上を費してくれたわけで …… これは私の論文だけがおそい， というわけではないようで， 同誌の最新号には 2004 年投稿の論文とかが掲載されてたり．
• しかも査読者は一人． いったいどういう ……
• で， 「** 日までに再投稿」 なる指示がないんで (「時間かける」ポリシーから敷衍されるルールなのかしらん?)， とりあえず昨日までは GLMM 解説原稿をひとまず終わらせることを優先してた次第で．
• あ …… 投稿管理システムだけはみょーに当世ふうなやつに迎合している Ecological Modelling サイトにログインしてみると， Date Revision Due なるものがこっそりと指定されてる! …… 08/17/2006 ? うーむ， またえらくのんびりした．
• まあ， こんなの放置しとくと他の仕事ができないんで， 何とかさっさとすませてしまおう． しかし， なにしろ昨年 8 月あたまに投稿したやつなんで …… いったいこれって何をやってたやつなのか， なかなかアタマの中でなかなか再構築されない．
• で， ぢりぢりと原稿を読みなおしたり編集者・査読者のコメントを点検してる うちに少しずつ整理されてきた …… このアカマツモデルは基本的によいものではなく， かなり無理矢理なしろものではある． という点をおさえればこれはデータ解析の計算を多少ひねくっても 改善されない (その改善にもやはり根拠がないから)， という大局はみえてくる．
• では計算をひねくらないとすると， 現状の正当化ということになる …… 実際のところ査読者のコメントなどもそのあたりに終始してるわけで． このあたり従来のモデリングではあまり重視されていない 「resampling による regression， short-term extraporation のための (「予測」モデルとやらは何であれ extraporation にきまってるんだが)」 というまとめかたが可能， と気づいた．
• 「さいきん帰るのが早くないですかね」 とお茶部屋の大学院生に批判されつつ撤退． 1910 研究室発． 寒い． 気温 9 °C． 1925 帰宅． 運動． 体重 73.6kg． 晩飯．
• RjpWiki の Ｑ＆Ａ (初級者コース) のご指摘， なかなかキビしい．

  棒グラフに標準偏差を示すひげを付けた，「ダメダメ」なグラフもあります。このグラフの発祥は，ボックスプロットより前なのか後なのか。今でもよく見られるようではありますが，だめさ加減は無限大。

  いやー， 私もあの「棒グラフにひげ」ってどういう意図なのかしらん， と不思議に思っているんだけど． まあ作図した本人は「わかりやすい」と思っているんだろうね …… いや， おそらく棒グラフ (ってのもあまり informative ではないと思うんだが) を示したいだけなんだけど 「ひげ」 をつけないと 「その点を批判されるかも」 といったよくわからぬ不安感にさいなまれてつけてるだけなのかも (さらに心配症なヒトは * だの ab だのも付加してココロの平和を追求するわけで)．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): バゲット．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． チンゲンサイ・ピーマン・タラすりみの煮物．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁． コマツナあえもの．

2006 年 05 月 25 日 (木)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0845 研究室着．
• 「当年シュートなどのカタチの樹高依存性」 に関する論文よみ．
• うーむ， めたあなりしすと称して q-value とかでてきてるな． 計算はされてるけど， ぜんぜん使われていない． よくわかっていないのだろう．
• 樹木のカタチがらみのデータ解析ってのは， 手法的には 「暗黒の深海熱水噴気孔まわりの生態系の進化」 みたいなヨソからみるとよくわからぬ孤立した特殊なモノで 「○○という結果が得られました」 と書いてあってもとうてい信用する気になれない (統計モデリングが意味不明だから)． このあたりの現状を無理やりに要約してみると， 多変量かつ interdependent な状況であるにもかかわらず (しかも多樹種系・複数調査地などという面倒の検討も必要だったり)， そのあつかいかたがよくわかっておらず， 古くさい手法におしこむための「情報粉砕」手法として
  • 阿呆らしい割算値の濫用
  • 多段回帰 …… ある回帰で得られた推定値をまた回帰する
  • 多重性を考慮しない多重検定
  といった手口が「正しい」と確信されてしまっている， という …… いやはや．
• 昼飯．
• 午後は M1 宮田さんと 「当年シュートなどのカタチの樹高依存性」 の論文とかに関して鍋嶋先生にいろいろと教えていただく勉強会．
• この分野ってのは， つまるところ 水ポテンシャルだの光合成速度だの呼吸速度だの測定せずに 当年シュートとかのカタチや重量だけを測って何が言えるか， という研究なのだろう． 植物生理学的なデータを取らないありそうな理由のひとつとしては …… 刻一刻と変化するこれらの値を一日のどこでどれぐらい測り， ある季節の中で何日ぐらい測定すればよろしいのか， かならずしもよくわかっていないから， と言えるかも．
• では太さだの長さだの葉重量だの測定すれば樹木全体の何かがわかるか …… これは， じつは「よくわからない」となることが多いのかもしれない． というのもたとえば 「樹高が大きくなると， 当年シュートの太さ-長さ関係がかわり， 太さのわりには短いシュートができる」 といったパターンが観察された場合， これにこじつけることのできそうな説明としては，
  • 水分生理的には「経路」を太く・短くして コンダクタンスを上げている
  • 太さのわりに短いと力学的支持の観点からするとラク
  • 物質収支を考えると高所ほど地表からの 「補給線」 が長くなるので， この延伸支出を増やさぬようカタチを変形している
  といったあれこれ列挙しうるわけで． で， このあたりのヒトたちは材の組織の解剖学的な探求にむかう …… のかな?
• 脈絡なくふと思いついたんだが …… 当年シュートとかのすかすかな髄 (pith) って何か「役割」があるとすれば， 力学的支持がラクになること， かしらん?
• 1600 ごろ終了． 樹木まわりの論文の整理， というか「発掘」． どうもいかんねえ．
• 1750 研究室発． 1800 帰宅． Amazon 中古店で (特に使用のアテもないにもかかわらず) 買った無線 LAN カード Corega WLCB-54GT 受け取る． 衰退しつつある pcmcia カード device である．
• さて， いつもこういう周辺機器を (Vine) Linux まわりで使おうとすると ナヤまされるわけだが …… 多少ぢたばたしたあげくの結論としては
  • Vine Linux の default カーネルを使う (もちろん自分できちんと設定して コンパイルすればいいんだろうけど)
  • こちらの DMC software 氏の解説どーりに設定する．
    1. ドライヴァーを http://jbnote.free.fr/ の prismfirmwares からダウンロード
    2. なぜか /usr/lib/murasaki/firmware.d/ に isl3890 としてコピー
    3. gnome-system-tools に含まれる /usr/bin/network-admin であれこれ設定 (私の場合だと /dev/eth1 にわりあてるようにしないと面倒， とわかった)
    4. ESSIDは初期状態なら corega
• なかまさんから R の楽しい「お絵かき」プログラムを送っていただいた …… が， フォントまわりで苦闘してしまう． RjpWiki の R 掲示板 には Unix 系ユーザーは $HOME/.Rprofile に

  options(X11fonts=c("-kochi-mincho-%s-%s-normal--%d-*-*-*-*-*-*-*",
  	"-adobe-symbol-medium-r-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*" ))
  

  と設定せよ， と書いてあるんだけど， 私の環境ではこの options() を設定すると italic や大サイズの日本語文字がでない …… と判明した． options() 削除すると下の図のような出力が得られた．

• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁． ゆでサバ．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． ゆでサバ． インスタント味噌汁．
  • 晩 (1930): 米麦 0.8 合． ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．

2006 年 05 月 26 日 (金)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0905 研究室着．
• 部屋にはいってすぐ 「金属的な異臭」 に気づいた …… 調べてみたらやはり web server 機の電源ファンが止まっていた． 電源部過熱状態． はてさて， どうやって修理しようかな …… で， いいかげんなハナシなんだが， これはファンをすこしつついて 「押しがけ」 してやれば再始動したので筐体横のフタをあけたまま放置．
• そういえばこいつの HDD だけど， 先週の e2fsck 以降はとくにエラーもなく動いている． なかなか長命な HDD だ．
• うだうだとネット雑用とかメイル書きとか．
• しばらく前に web server 機で php モジュールを新しくしたせいか， pukiwiki-1.4.3 で動かしてた wiki サイトが動かなくなったので更新してみる (pukiwiki-1.4.5_1 の wiki は特に問題なし) …… が， PukiWiki の更新はかなりめんどくさい． やりかたが良くないのかもしれないけど． 最新版 pukiwiki-1.4.6 は問題なく動作し， とりあえずデータの移行も無事にできた．
• 本日は食事つかいまわしローテイションがとぎれたので弁当なし． 昼飯調達にでようとすると， 出頭させられた城田さんにばったりであう． うーむ， 大学院生の権力おそるべし． 生協書籍部に立ち寄るのはヤメて， 中央の購買部で昼飯を買ってさっさと戻る．
• で， 昼飯中とその後はお茶部屋で昨日のシュートのカタチ話のつづき． 本日は鍋嶋先生にくわえて城田先生もいるわけで． 拝聴するのは宮田さんと私． 材の中の髄の有無がカギになるかも， というような展開の検討．
• 髄が増えると導管径はどうなるのか? これはよくわからぬところだ． で， 私はいつもど忘れするんだけど， 導管径の大小にはそれぞれ長所短所がある．
  • 導管径大: 通導抵抗が小さい， 塞栓しやすい
  • 導管径小: 通導抵抗が大きい， 塞栓しにくい
• ハナシの流れは 「パイプモデルがなりたってるかどうか」 で分岐するかも． もしなりたっていないなら …… たとえば植物は「樹高が高くなれば明るい場所にでる」といった (データ解析者からすると交絡と言いたくなる) ことを利用してるのかもしれぬ．
• ぱいぷ虚無的な会話．
  「ぱいぷもでるとやらがなりたってる樹種と そうでないのがあるかもしれませんね」
  「どの樹種でもなりたっていないのかもしれない」
  「どの樹種でもなりたっているともなりたっていないとも言えない状態かも……」
• 相談ひとまず終わり． 奈良の宮崎さんからメイルいただき， 髄は柔組織なのでデンプン貯蔵の機能があるかも， といったご指摘いただく． なるほど ……
• ご指摘に刺激されて， scholar.google.com で storage pith などと検索してみると …… 今度は pith が水貯蔵組織かも， というハナシなんかもでてくるし． よくわからん． しかしながら， これは樹高との関連でおもしろいかも．
• メイル書きなどしてから 1855 研究室発． 1910 帰宅． 運動． 体重 73.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 60 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): バゲット． 卵焼き．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． チンゲンサイ・タマネギ・ショウガの炒めもの．

2006 年 05 月 27 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． ひたすら洗濯 & 怠業． 当家の洗濯機はあいかわらず不調．
• そして怠業だけで一日が終わってしまった． ばてぎみ， なのか?
• 本日の唯一の運動: 米の買いだし． といっても「隣の」北 12 条生協に行っただけだけど． (院生たちには評判よろしくない) 道産米 10kg 2600 円． まあ， 私のごとく味覚が敏感でない人間には， この安さはありがたいわけで．
• [今日の運動]
  • またしても運動休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． チンゲンサイ・タマネギ・ショウガの炒めもの．
  • 昼 (1300): マカロニ． レトルトパウチドカレー．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・ネギ・卵炒飯．

2006 年 05 月 28 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． また怠業．
• いつまでもナマけてるわけにもいかんので， 昼飯くってから 1215 自宅発． 雨． 昨晩から風つよし． 1230 研究室着．
• メイルかきあれこれ．
• 城田さん と 宮崎さん から髄 (pith) の構造・機能に関するコメントいろいろいただく．
• 髄の断面写真は福岡教育大の 福原達人さん「植物形態学」 のサイトにいろいろある， と．
• 柔組織にデンプンたまってる様子みたければ， 宮崎さんのハクウンボク論文 に(free paper のようで) にカラー写真が．

  Miyazaki Y et al. 2002. Allocation of resources to reproduction in Styrax obassia in a masting year. Annals of Botany 89: 767-772. (http://aob.oxfordjournals.org/cgi/content/abstract/89/6/767)

• Hal Caswell がうろうろと． 高田さんのところに一週間ほど滞在されるそうで．
• USB メモリを ThinkPad にさしたけど認識しない． これって Corega WLCB-54GT のためにカーネルいれかえたせいかしらん， と原因憶測したのでカーネル再構築にとりくむ …… がこの原因憶測はまちがいであり， 真の原因・対策は
  • USB メモリを無造作にさしこむと Linux では認識されないことがあり (今まではそういうことなかったんだが)， これを回避するためには「ゆっくりとさす」
  でした． いやはや．
• で， それに気づくまでカーネル再構築に 2 時間費してしまった …… というのも， WLCB-54GT 用もぢゅーる prism54 が make xconfig で設定できなくて， どうしたらいいのかわからん …… てなことであちこち調べ回っていた． さんざん調べたあげく， 最後は /usr/src/linux/drivers/net/wireless/Config.in を読んでわかった (最初から読めばよかった)． ``Code maturity level options'' の CONFIG_EXPERIMENTAL=y であった． 現在の /usr/src/linux/.config (ThinkPad X31 / kernel 2.4.31 用) を こぴー しとくか (何かのはずみに無くしそうなんで)．
• ぱいぷ樹木用の vikiwiki サイト作って (「分派」して) 集まりつつあるハナシとかを糾合してみようかしらん， という試み ……
• VikiWiki ってのも便利かつヘンてこな wiki なんだけど …… まあ， 最悪の場合でも viki は死んでも HTML 化されたファイルは残る， という点で他の wiki や CMS とは異なるよな．
• 1955 研究室発． 2010 帰宅． 運動． 体重 73.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 食パン．
  • 昼 (1200): スパゲッティーバジリコ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． サンマ塩ゆで． ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．

2006 年 05 月 29 日 (月)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0855 自宅発． 曇ちょい雨． 0910 研究室着．
• いろいろメイルかきとか．
• げのむのハナシとかで多重検定が重要になっている， といったことは以前に伊庭さんから何度かうかがったことがあるんだが …… それは false discovery rate (FDR; 沓掛さん による 解説 など参照) をあらわすひとつの例として q-value なるものが定義され， このあたりがべいづと関連してますよ といった論文だしてるのが J.D. Storey といったヒトたち． Storey は R をつかった q-value 計算ソフトウェア も公表している．
• えーと， つまり多重検定とかあまりかかわりたくないし (どういう計算やってるかもわからずに ab とか bc とかつけたがる ありがちなアレなんかは特に)， たぶん当面は必要ないはずなんだけど …… 多重「比較」とベイズ統計学との関連は考えるべき問題で， そうすると FDR とかに関して ``a Baysian interpretation'' できますってのは興味あるハナシになるわけです．
• 先週は meta analysis まわりでこの q 値で出てきて， それ以来ちょっと気になっていた． めたあなりしすって何かヘンだとは思っているんだけど， べいずな文脈で解釈すればまだしもわかるような気もする …… これって， じつは計算をちゃんとやろうと思ったら， ホントはかなりたいへんではなかろうか?
• まあ， とうぶん多重検定とかやらねばならぬ場面には遭遇しないだろうけど．
• アカマツデータみなおす． 現状のモデリングのままいくか， それとも抜本的に変えてしまうか． どっちも一長一短だな．
• 昼飯．
• 二時間ほど M1 の林 (Lin) 君の R 講習． いつものごとく
  • データを読みこむ
  • data.frame を自由に操作できるようになる
  • いろいろな図が描けるようになる
  という過程の習得がまずは何より重要だと強調する． この流れに比べたら「ゆーい差」とか， どうでもよいハナシです．
• また北大ネット管理者連中が 「学外からは隠匿してる」ペイジ で何やら独白してやがるな:

  2006年5月28日15時43分から5月29日9時24分まで、北大メールゲートウェイにディスク障害が発生し、全学的にメールの受信が一部不能となりました。
  5月29日11時54分現在、メールサーバは復旧し正常に受信可能となっております。
  該当期間中にエラーとなって返送されたメールについては、北大側での自動再送はなされないため、送信者の方への再配送をご依頼くださるよう、お願いいたします。

  いやはや， こんな隠しペイジで誰にむかってしゃべっているのやら．
• こっちの北大ネット管理掛の 見苦しい top page (公開されてる) のほうがよほど恥をさらしてると思うんだけど．
• アカマツデータの見直しつづく …… いやー， こういう「データをいろいろな角度から見直す」 という作業 (つまりいろいろな種類の自動作図プログラミングやってるわけだが)， R があるのとないのでは効率がまったくちがう． 特にこのアカマツデータのごとく構造が複雑な場合には， すごく役にたつ．
• またお茶部屋で 「帰るの早くないですか?」 と詰問されつつ 1800 研究室発． 1815 帰宅． Amazon の (わざわざ) 古本屋で買ったのに， なぜかしら宅配便で発送されてしまってですね． しかも帰宅して電話しても行方不明状態? …… と思ったら 1900 すぎにいきなり到着． 運動． 体重 73.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 60 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.6 合． サンマ塩ゆで． ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． サンマ塩ゆで． ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．

2006 年 05 月 30 日 (火)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0810 自宅発． 曇． 0825 研究室着．
• セミナー予習の論文よみ．
• 1030 研究室セミナー， 本日は松田さんで facilitation (植物間たすけあい相互作用) の論文紹介あれこれ． facilitation の定義に苦闘されているのを聞きつつ …… ぢつはこれは facilitation という現象がまずあって， ではなく， 生態学研究者のてきとーなる実験が最初にあって 「なんでそんなコトやるの?」 という質問に答えるため facilitation なる語がもちだされた， と考えるといくつかの論文に関してはすっきり理解できるような気がした．
• つまり 「標高 1000m と 2000m に二地点で 野外実験やって植物間の相互作用しらべました」 というヒトが (彼は 「一地点での実験なんかは すでにさんざんやられているので何も新しくない」 と思い込んでるので複数標高でやっただけなのかもしれぬが)， 「何のために二地点でやったんですか」 と聞いたときに
  1. 標高がかわって環境がかわると 競争の強さがちがってくるかもしれないから
  2. 標高がかわって環境がかわると 「相互作用が facilitative になる」 という「理論」があるので
  というふたとーりの可能な回答あったときに (内容的にはほとんど同じなンだが)， 2. のほうが何となくカッコよさそうなので， facilitation なる語が普及してしまった， というような ……
• 実際のところ facilitation の 「理論」なるものは何だかよくわからぬしろもので．
• セミナー終了後， 1300 ごろまで矢澤さんの Pasoh 研究計画案の説明を拝聴する． 熱帯林研究， ってのも これまた独特な何か不思議なふぁんたぢっくな世界なのでは， という気もしてきた今日このごろ． 熱帯野郎たち， たとえば， David King とかってきっとすごくヘンなヒトだよ． 甲山さんよりさらにヘンなのだろう．
• 昼飯．
• 共著者の粕谷さんから「びしびし」としたコメントいただいたので， それにもとづいて生態学会誌 GLMM 解説記事の改良作業． 図もいくつかつくりなおす．
• とりあえず原稿 PDF ファイルなどアップロードして， 連絡メイル． 本日の作業終了． 2205 研究室発． 2220 帰宅． 体重 73.4kg． 晩飯． ばてた．
• 原稿しめきりは来週の月曜日なんだが …… 明日はなぜかしらよくわからぬ旭川その他日帰り出張． いやはや．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.5 合． ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． カスベ煮魚．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ネギ卵炒飯． 海藻スープ．

2006 年 05 月 31 日 (水)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 小雨． 0850 アスペンホテル前．
• 本日は高田さんと当地に一週間ほど滞在している Hal Caswell さんと， まあ何だかよくわからぬ旭川ひがえり往還． まあ， 私の役割は帰路の運転手だったわけだが． 0900 出発． 旭川にいくはずがなぜかしら恵庭についてしまったので引き返す． 0940 道央自動車道に入り直す．
• 今回は無事に旭川に到着． 雨． 1245 東屋という蕎麦屋で昼飯．
• 1330 蕎麦屋を出て， カタクリ群落のある丘にむかう． 1350 突哨山 横の駐車場着． 突哨山， といっても比高 50m もない丘なのだが． 季節が季節なら このように カタクリがびっしりと咲いているはず， なのだが ……

[突哨山よこの駐車場]

丘あるきコース入口はこの写真右はじあたり． 天気はよろしくない． しかし bird watcher でも Caswell さん (奥の長身の人物) は 「こういう風もなく mild な雨の日は鳥がよく飛ぶ」 と言いつつ双眼鏡であちこちを観察していた． 指摘されてみると， たしかにけっこう飛んでいる．

[カタクリさがし]

林冠も林床もこのように緑の葉でおおわれてるわけだが …… カタクリの花などはみつからず．

[すでに結実中]

結実中の花茎先端 はわりと特徴的なカタチなので Erythronium なお二人はついに (かなり集中分布している) 集団を発見した． 花はとっくに終わっていて葉も黄変していて (春植物なので林冠の葉がでる前に葉・花をだす)， 「こりゃー 3-4 週間前に咲いてたね」 というようなハナシに．

• しばらく丘の散策路をうろうろしてから， 1510 同発． 1530 男山 なる酒造会社の酒つくり資料館へ． Caswell さんも清酒ファンらしく， 高田さんともどもあれこれ試飲していた．
• ここから運転手交替して (まあ，このために私は呼ばれたわけですが)， 1640 同発． 依然として雨． 道央自動車道を札幌にむかい， 札樽道に入って新川でおりる． そこから 5 分ほどで 回天寿司 なごやか亭 八軒店着． 時刻は 1900． 晩飯．
• レンタカー会社にクルマを返却する時間がせまってきたので， 1940 同発． 2000 大学ちかくのマツダレンタカー着． ガソリンいれてないことに気づいてガソリンスタンドへ． 2015 無事に返却．
• 2020 研究室着． 荷物などおいて 2045 研究室発． 2100 帰宅． いやー， 自動車運転は一年ぶりだったのでばてた． まあ， ひさしぶりに運転が経験できたのでヨシとするか．
• [今日の運動]
  • うんどうしてない日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合．
  • 昼 (1250): 東屋という蕎麦屋の旭川店． 大もりそば 550 円． 更科系． 北海道的というべきか， ゴマいり麺．
  • 晩 (1900): なごやか亭回転寿司． 院生たちのあいだでは， ここらへんの回転寿司では最良のひとつ， とのこと (寿司などめったに食わない私には評価軸がなくて， ですね)．