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ぎょーむ日誌 2006-05-25

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

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2006 年 05 月 25 日 (木)

0700 起床．朝飯．コーヒー． 0830 自宅発．晴． 0845 研究室着．
「当年シュートなどのカタチの樹高依存性」に関する論文よみ．
うーむ，めたあなりしすと称して q-value とかでてきてるな．計算はされてるけど，ぜんぜん使われていない．よくわかっていないのだろう．
樹木のカタチがらみのデータ解析ってのは，手法的には「暗黒の深海熱水噴気孔まわりの生態系の進化」みたいなヨソからみるとよくわからぬ孤立した特殊なモノで「○○という結果が得られました」と書いてあってもとうてい信用する気になれない (統計モデリングが意味不明だから)．このあたりの現状を無理やりに要約してみると，多変量かつ interdependent な状況であるにもかかわらず (しかも多樹種系・複数調査地などという面倒の検討も必要だったり)，そのあつかいかたがよくわかっておらず，古くさい手法におしこむための「情報粉砕」手法として
- 阿呆らしい割算値の濫用
- 多段回帰 …… ある回帰で得られた推定値をまた回帰する
- 多重性を考慮しない多重検定
といった手口が「正しい」と確信されてしまっている，という …… いやはや．
昼飯．
午後は M1 宮田さんと「当年シュートなどのカタチの樹高依存性」の論文とかに関して鍋嶋先生にいろいろと教えていただく勉強会．
この分野ってのは，つまるところ水ポテンシャルだの光合成速度だの呼吸速度だの測定せずに 当年シュートとかのカタチや重量だけを測って何が言えるか，という研究なのだろう．植物生理学的なデータを取らないありそうな理由のひとつとしては …… 刻一刻と変化するこれらの値を一日のどこでどれぐらい測り，ある季節の中で何日ぐらい測定すればよろしいのか，かならずしもよくわかっていないから，と言えるかも．
では太さだの長さだの葉重量だの測定すれば樹木全体の何かがわかるか …… これは，じつは「よくわからない」となることが多いのかもしれない．というのもたとえば「樹高が大きくなると，当年シュートの太さ-長さ関係がかわり，太さのわりには短いシュートができる」といったパターンが観察された場合，これにこじつけることのできそうな説明としては，
- 水分生理的には「経路」を太く・短くしてコンダクタンスを上げている
- 太さのわりに短いと力学的支持の観点からするとラク
- 物質収支を考えると高所ほど地表からの「補給線」が長くなるので，この延伸支出を増やさぬようカタチを変形している
といったあれこれ列挙しうるわけで．で，このあたりのヒトたちは材の組織の解剖学的な探求にむかう …… のかな?
脈絡なくふと思いついたんだが …… 当年シュートとかのすかすかな髄 (pith) って何か「役割」があるとすれば，力学的支持がラクになること，かしらん?
1600 ごろ終了．樹木まわりの論文の整理，というか「発掘」．どうもいかんねえ．
1750 研究室発． 1800 帰宅． Amazon 中古店で (特に使用のアテもないにもかかわらず) 買った無線 LAN カード Corega WLCB-54GT 受け取る．衰退しつつある pcmcia カード device である．
さて，いつもこういう周辺機器を (Vine) Linux まわりで使おうとするとナヤまされるわけだが …… 多少ぢたばたしたあげくの結論としては
- Vine Linux の default カーネルを使う (もちろん自分できちんと設定してコンパイルすればいいんだろうけど)
- こちらの DMC software 氏の解説どーりに設定する．
  1. ドライヴァーを http://jbnote.free.fr/ の prismfirmwares からダウンロード
  2. なぜか /usr/lib/murasaki/firmware.d/ に isl3890 としてコピー
  3. gnome-system-tools に含まれる /usr/bin/network-admin であれこれ設定 (私の場合だと /dev/eth1 にわりあてるようにしないと面倒，とわかった)
  4. ESSIDは初期状態なら corega
なかまさんから R の楽しい「お絵かき」プログラムを送っていただいた …… が，フォントまわりで苦闘してしまう． RjpWiki の R 掲示板には Unix 系ユーザーは $HOME/.Rprofile に
```
options(X11fonts=c("-kochi-mincho-%s-%s-normal--%d-*-*-*-*-*-*-*",
	"-adobe-symbol-medium-r-*-*-%d-*-*-*-*-*-*-*" ))
```
と設定せよ，と書いてあるんだけど，私の環境ではこの options() を設定すると italic や大サイズの日本語文字がでない …… と判明した． options() 削除すると下の図のような出力が得られた．

[今日の運動]
- うんどう休養日
[今日の食卓]
- 朝 (0800): 米麦 0.6 合．ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．ゆでサバ．
- 昼 (1240): 研究室お茶部屋．米麦 0.6 合．ゆでサバ．インスタント味噌汁．
- 晩 (1930): 米麦 0.8 合．ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁．

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