ぎょーむ日誌 2006-05-21

2006 年 05 月 21 日 (日)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯．
• そして午前中いっぱいを費して， この居室に秩序とよびうる何かを取り戻す努力， 昨日のつづき …… 少しはマシになったか． 住人に利用可能な空間が， とゆーか 「掃除機をかけられる面積」 が倍加した．
• 昼飯くいつつ， この「片づけ」もまた原稿かき逃避にほかならぬ， と気づいた．
• 洗濯すべきものがいろいろと「発掘」されてしまったので， 午後も洗濯しつつ GLMM 解説原稿かきのつづき．
• で， 原稿とそのための作図プログラムみなおしてたら， 作図まちがいに気づいた …… いやはや， これってさんざん使いまわしてる図なんだが． えーと， 実線だの破線だのは関係なくて， | であらわしてる点の位置だけがおかしかったのです． 不幸中のさいわいでヘンなのは図上の | の位置だけだった (推定計算とかはヘンではない) ……

(5/17に示したまちがい作図)

(訂正した図)

• 蛇足ながら実線は glm() による推定結果で， 破線や一点破線で示しているのはその推定結果 (二項分布) の 99% 区間である．
• いやー， じつは三月末の 新潟大会自由集会 のときも質疑応答のときに 西村欣也さん が「点がばらつきすぎなのでは?」 とご指摘してくださったんだが …… まさに図星だった． そのときは「こんなもんでしょう」とごまかしてたんだけど． いやはや． われながらカンが悪い．
• ともあれこういうときは全自動作図と全自動 PDF ファイル再構築で ささっとなおせるので助かる．
• 1435 自宅発． 晴． 1450 研究室着．
• 上の「作図まちがい」になぜ気づいたか， と言いますと， GLMM 解説記事に 「もし『個体差』がなければ」 状況を説明すれば多少は説明の面倒が軽減されるのでは， と思いついたため． 「個体差」 (random effects) ないときには下の図のようになり， とうぜんながら R の glm() でうまく推定できる， と．

[glm() がうまくいく例]

…… も示せば説明がラクになるのではないかしらん， という意図で作った図． いやはや， すごく単純化している状況なのにあれこれ説明すべきことが 錯綜ぎみで原稿がなかなか完成しません．

• なンか R の postscript() 出力がヘンだなぁ (gv なんかがエラーをだす)， と思っていたら …… RjpWiki に なかま さんのご指摘が． Vine Linux 版の場合 (私のところの Vine Linux 3.2 を使用)， 出力に日本語文字が含まれていない場合でも， .Rprofile ファイルに

  setHook(
  	packageEvent("grDevices", "onLoad"),
  	function(...) grDevices::ps.options(family="Japan1")
  )
  

  追記が必要．
• えーと， これは Vine 用 R-2.3.0-0vl2 を使って R コンソール経由から postscript() して作図した場合． なにか作図プログラム (たとえば plot.R) をシェルコマンドラインから

  R --vanilla < plot.R
  

  というふうにバッチ作図させた場合には， なぜかしら上の setHook() 設定追加ナシでも出力 postscript ファイルに問題ない．
• といったてくにかるな問題を片づけて， GLMM 解説記事かきのつづき． 匍匐前進状態というより迷走暴走状態だな． あれこれ書いてから「やっぱりダメか」とだーっと削除， とか．
• 空腹になったので撤退． 1940 研究室発． 1955 帰宅． 晩飯．
• うーむ， 原稿ススまず ……
• [今日の運動]
  • 本日もうんどう休養日になってしまった
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.5 合． タマネギ・チンゲンサイ・ネギ・セロリ・エリンギ・海藻・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1240): スパゲッティーバジリコ．
  • 晩 (2010): 米麦 0.8 合． タマネギ・チンゲンサイ・ネギ・セロリ・エリンギ・海藻・豆腐のシチュー．