ぎょーむ日誌 2006-05-24

2006 年 05 月 24 日 (水)

• 0745 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 0855 研究室着．
• GLMM 解説原稿は昨日でいったんひとくぎりついたので， 富良野 の 後藤さん の下うけ計算の改善． トドマツ実生数 (倒木更新) の母樹-定着地間の種子散布カーネル推定， そのインターフェイス改良． インターフェイスといっても機能拡張 (もっといろいろな関数型つかいたいとか) にともなう関数よびだしとかのインターフェイスなんだが ……
• 何であれインターフェイスの改良はしんどい． これにくらべたら計算中核まわり， たとえば最尤推定の工夫あれこれとラクなもんだ．
• 昼ちかくまでぢたばたして一件落着． 推定結果をすなおに解釈するとすごい overdispersion (いま使ってるのは random effects ナシの Poisson 分布モデル)． アップロードして後藤さんに連絡．
• 研究室ネット雑用． えーと， 今年のおーぷんゆにばーしちーは 7/30， 日曜日なのか．
• 昼飯．
• R-2.3.0 の postscript() について． RjpWiki にある .Rpofile 設定とかやっておけば

  postscript(ファイル名)
  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "あ")
  dev.off()
  

  といった作図出力は何の問題もない．

• ところが日本語文字ではない | という文字で

  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "|")
  

  出力させるとこうなったりする (後記: device が postscript() ではなく pdf() でも同じ …… PDF 出力した場合， gv など ghostscript 系の viewer では見えず， Adobe Acrobat Reader だと見えたりする)．

• 一昨日うだうだ書いてたのは

  postscript(ファイル名, family="URWHelvetica")
  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "|")
  dev.off()
  

  と指定すればとりあえず問題は回避できるでしょう， ということで．

• 不思議なことに * なんかだと

  plot(rnorm(100), rnorm(100), pch = "*")
  

  問題なく出力できる．

• といったことに関して， なかまさんから メイルでいろいろ教えていただいたり． なンと VineLinux は 「純国産 VFlib」 なるものを使っているので， R の日本語化には使えても国際化には使えない distribution， とのこと．
• しかし， 今さらながら， なかまさんってスゴいヒト， と思わされるねえ …… 「国際化」 のたいへんさは RjpWiki 内に書かれているとーり．

  こんな変化の激しいシステムの国際化はかなり苦痛です.私は普段Linuxを使いますので,WinやMacの不具合は気づかないかもしれません.自分でビルド環境を整えられる方がいらっしゃいましたら,是非参戦してください.

  よくよく考えてみればマルチプラットフォームで国際化ってかなり変態的領域に入るんではないかと思う今日この頃...

• さて …… 次のぎょーむだが． じつは先週の金曜日にアカマツモデリングの投稿論文原稿が帰ってきていた． Major revision， ってことでかなり直せってことなんだろうけど．
• これは例の， 当世の風潮に反抗して「とにかく査読には時間をかける」ぽりしー journal の Ecological Modelling" が 10ヵ月以上を費してくれたわけで …… これは私の論文だけがおそい， というわけではないようで， 同誌の最新号には 2004 年投稿の論文とかが掲載されてたり．
• しかも査読者は一人． いったいどういう ……
• で， 「** 日までに再投稿」 なる指示がないんで (「時間かける」ポリシーから敷衍されるルールなのかしらん?)， とりあえず昨日までは GLMM 解説原稿をひとまず終わらせることを優先してた次第で．
• あ …… 投稿管理システムだけはみょーに当世ふうなやつに迎合している Ecological Modelling サイトにログインしてみると， Date Revision Due なるものがこっそりと指定されてる! …… 08/17/2006 ? うーむ， またえらくのんびりした．
• まあ， こんなの放置しとくと他の仕事ができないんで， 何とかさっさとすませてしまおう． しかし， なにしろ昨年 8 月あたまに投稿したやつなんで …… いったいこれって何をやってたやつなのか， なかなかアタマの中でなかなか再構築されない．
• で， ぢりぢりと原稿を読みなおしたり編集者・査読者のコメントを点検してる うちに少しずつ整理されてきた …… このアカマツモデルは基本的によいものではなく， かなり無理矢理なしろものではある． という点をおさえればこれはデータ解析の計算を多少ひねくっても 改善されない (その改善にもやはり根拠がないから)， という大局はみえてくる．
• では計算をひねくらないとすると， 現状の正当化ということになる …… 実際のところ査読者のコメントなどもそのあたりに終始してるわけで． このあたり従来のモデリングではあまり重視されていない 「resampling による regression， short-term extraporation のための (「予測」モデルとやらは何であれ extraporation にきまってるんだが)」 というまとめかたが可能， と気づいた．
• 「さいきん帰るのが早くないですかね」 とお茶部屋の大学院生に批判されつつ撤退． 1910 研究室発． 寒い． 気温 9 °C． 1925 帰宅． 運動． 体重 73.6kg． 晩飯．
• RjpWiki の Ｑ＆Ａ (初級者コース) のご指摘， なかなかキビしい．

  棒グラフに標準偏差を示すひげを付けた，「ダメダメ」なグラフもあります。このグラフの発祥は，ボックスプロットより前なのか後なのか。今でもよく見られるようではありますが，だめさ加減は無限大。

  いやー， 私もあの「棒グラフにひげ」ってどういう意図なのかしらん， と不思議に思っているんだけど． まあ作図した本人は「わかりやすい」と思っているんだろうね …… いや， おそらく棒グラフ (ってのもあまり informative ではないと思うんだが) を示したいだけなんだけど 「ひげ」 をつけないと 「その点を批判されるかも」 といったよくわからぬ不安感にさいなまれてつけてるだけなのかも (さらに心配症なヒトは * だの ab だのも付加してココロの平和を追求するわけで)．
• [今日の運動]
  • エアロバイク 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): バゲット．
  • 昼 (1320): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． チンゲンサイ・ピーマン・タラすりみの煮物．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． ネギ・モヤシ・豆腐・煮干の味噌汁． コマツナあえもの．