ぎょーむ日誌 2004-07-(01-10)

2004 年 07 月 01 日 (木)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． 0950 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 昨晩からやらせていたアサダ計算は終了している． 予想どーり， 改善されている． この推定結果の示すところ， アサダは前年の光合成が相対的に重要ではなく， 当年の気温の高さといったファクターに依存して 直径成長が決まっていくのかも …… というような．
• この計算， 時間せつやくのため代謝気象値については 十分な範囲を探索できていないので， みこみのありそうなパラメーター領域に範囲を変更して再計算． また 8-9 時間ぐらいかかりそう．
• 苫小牧ボスから， こういった「可塑性」と開葉パターンを関連づける， すばらしいご意見をいただく． このあたりのメモや今朝の計算結果を wiki にアップロードして， 整理整頓していく．
• 釧路大会雑用メイルがとびまわる． 今日は同じフロアの A804 で生態遺伝の講座内研究発表があって， 大原さんがうろうろとしておられて， ですね．
• …… といったどたばたが一区切りついたら時刻はすでに 1340． 北大構内走にでますかね． と思ったら， また釧路大会雑用メイル連続攻撃がとまらん． 今後も J-STAGE とか使いつづけるつもりなのかしらん? いっぽうで， メイル自爆テロは一発でもじつに妨害効果あるよなぁ．
• 1430-1500 北大構内走． 曇ときどき晴． 昼飯わすれてきたんで北大生協へ． 遺伝学の復習．
• 1630 Trendy セミナー ， 本日は森林総研の北村さんの個体群統計遺伝学のハナシ． アメリカブナ のちょー巨大プロット． サイズとともに中立であるはずのアロザイム対立遺伝子の 頻度があたかも変化していくように見える， とゆー質問してみると …… ランダムドリフトかどうかは点検してみたので， 可能な説明のひとつとしては対立遺伝子は中立ではないかも， という回答いただいた． とすると， 「淘汰係数」 ごときものがデータから推定できるんでは， という気もするんだが．
• あと， 樹木集団のばあい「集団の有効なサイズ」 なる推定値がどういう意味をもつか， ナゾだよなぁ …… たとえば同じようなサイズの 10 個体がいる場合と， 1 本だけすごくでかくて 9 本が小さい場合において， どちらも Ne が同等としてよいのか? このあたりも質問してみたけどよーわからんかった．
• 苫小牧直径成長モデリング， うーむ墓穴をほったか， とアヤしみつつメイル書き． たしかに理想的には毎年 6 月の成長量だけでなく， 他の月についても同時にパラメーターを推定してしまうべきなんだが …… これをやってしまうと計算に要する時間はどうなってしまうのだろうか?
• 今朝スタートさせた推定計算だってまだ終了してないのになぁ， と思いつつ 2050 研究室発． 2100 帰宅． 体重 73.8kg …… 苫小牧の樹木たちの太り具合もかなりナゾなんだけど， 私の体重についてもモデル化が難しいような気がする． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1430-1500． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1520): 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． タマネギ・ピーマン・ニラ・ホタテの炒めもの．

2004 年 07 月 02 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 12 時間を要した苫小牧アサダ直径成長モデル (線形混合モデル, 確率分布は Poisson + Gamma の混合分布) の最尤推定の結果を wiki ペイジにアップロード． うーむ， 光合成気象値なんかについて「よい日平均気温」 の幅がとても広いんだけど …… よく考えるとこれの解釈は難しいかも．
  1. 生物学的には: アサダとよばれる樹木は 実際にいろいろな気温で光合成活性が高い (カエデのたぐいに比べて)
  2. 年変動パターンを説明する観点からは: (光合成は日平均気温とは あまり関係ないかもという場合を含めて) 光合成気象値の年間差を小さくする必要があるので 「幅」を広くとっている
  なぜ 2. のような解釈がありうるのか? 今回の推定結果が述べるところによると， アサダは当年の気温なんかの関数である代謝気象値に依存している． それに対して， 前年の天気で決まる光合成気象値は相対的には重要ではないからだ． しかし 「重要ではない」からといって， AIC 比較によるモデル選択では「前年の影響」 を削除できるほどでもないので， なるべく年間差の小さくなる気象フィルターを構成した， と．
• えーと …… 上の 1. と 2. はかならずしも常に対立するわけではない． 1. が正しければ 2. も同時に成立するだろう． 問題が生じるとすれば， アサダの光合成速度が各瞬間における気温に敏感である場合だ． ちょっとした気温の上下で光合成速度が変動するんだけど (つまり「幅」はせまい)， そのあたりの機微を日平均気温で表現しようとすると 「よい日」「悪い日」 の区別が難しくなる， という場合かな．
• とはいえ， 日平均気温を毎日の気温の指標にするという 大前提のもとにおいては， この推定結果では 1. が成立していることになり (日平均気温に関しては「幅」が広い)， その結果として年間差が小さくなるとしてよいのだろう． こういった切りわけは悪いものではない．
• いままで気象データなどという やっかいなものをあつかったことがないので， 苫小牧直径成長モデリングについては ときどき上のように整理してみないとアタマが混乱しそうだ．
• 毎年の 6-7 月の成長モデルを同時に推定するめんどうな拡張 …… これまでの推定プログラムと同じ結果を出すか確認しつつ， 改造終了． とりあえずの試験運転結果が得られる． 推定はもっともらしいけど， ひとつの気象値セットの推定に 4 分を費してる． これだと 1 日かかっても 360 セットしか推定できん． とりあえずアップロード．
• 作図プログラムつくりなおし …… 前のやつはあせって作ったからそうとうにヒドイな． もとがこーゆー状態だと著しく改善されていくように見える．
• という作業やってると， 苫小牧ボスからのご指摘メイル． そうか， 前年光合成気象値の影響が月ごとに変化していく， というモデルだった． 忘れてた． 予想どおりアサダの気温依存性の質問もあったので， 上で整理しておいた回答を返信してみる．
• 計算やりなおして， つくりなおした作図プログラムにほうりこむ． この気象値セットは 6 月の成長を説明するために推定されたものなので， そこはよいのだけど 7 月の推定はそれほどうまくいってない． やはり 6-7 月の成長をまとめて説明できるような気象フィルターを 探索させんといかんわけで …… 嗚呼， 計算時間はどうなるのかしらん．

[アサダ, 24 個体 6 年間の]

直径成長に (6 年間かわることない) 「個体差」があり， かつサイズだの前年・当年の影響を受けながらきまる， というモデルの推定結果の例．

• とりあえず， 64 とーりの気象値セットについて計算させてみる． 4 時間ぐらいで終了するか． 現在時刻は …… すでに 1450．
• 現在進行中の計算関数のチェック． たぶんこれで間違いないだろう． 1530 北大構内走発． 今日もいいぐあいの曇天． しかし走っても計算高速化のアイデアがでない． 着替えのシャツを忘れてきたんで， いったん 1615 帰宅． ついでにシャワーなど． 体重 72.6Kg． 1635 同発． 1645 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリングの 計算まち時間にカエデ開花確率の簡単化モデル， その推定プログラムを作ってみる． これは二項分布でありながら， glm() が使えん問題なので．
• まー， こんなの optim() とか使えば簡単でしょと思いつつとりくんでみたんだけど， ぢりぢりとしかススまず． ああ， すでに研究科のジンギスカンぱーティー (ぢんぱ) が始まってるのに …… (下の写真は A 棟 8F のかとーオフィスから 研究科前の芝生を撮影したもの; 100 人ばかりが七輪などをかこんでいる)

• 計算にいきづまってるときにかぎって， きちがいじみたメイルが (今朝うけとったやつもそうとうにヘンだったが) …… またまた釧路大会阻止するべく英雄的な自爆メイルテロ． わしの発表がプログラムにのってねーよー どういうつもりだ説明しやがれ， だと? てめーのはちゃんと p.49 に掲載されてるぢゃねーか …… このすっとこどっこいのとんちきめい．
• といった暴言は削除してから返信 (こういう思いこみの激しい粘着なアブないやつは 無視して放置しとくと事態が複雑化・悪化する可能性があるので， いちおー返信してやった)．
• カエデ開花の簡単化モデル， そうか 1 パラメーター推定問題に Nelder-Mead 法はかえって不利であったか． 勾配関数を定義するか， それとも二分法でいくか? ふーむ， R には二分法の計算関数とかないわけね． ばかばかしいからか?
• アサダ計算が 3 時間 50 分かかって終了したので (気象値セットは 64 個しか調べてない)， これをアップロードし， 開花確率計算はいったんほうりだし， 研究科ぢんぱに参加する． 時刻は 1850．
• 楽しく羊肉なゆうべをすごしてから， 2130 ごろ片づけ． 2210 研究室発． 2220 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1530-1615． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． タマネギ・ピーマン・ニラ・ホタテの炒めもの．
  • 昼 : くってない．
  • 晩 (1850): ぢんぱ．

2004 年 07 月 03 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 昨日の開花確率問題に関して， 観測誤差を考慮したうまい推定を考えつく． ごく単純にある一定の確率で「よみ違える」として， その値を DBH 依存性と同時に推定してやればよいだけのことだ， と気づいた． 1100 自宅発． 晴． 1110 研究室着．
• 釧路妨害な自爆テロ， いよいよお電話攻撃まで． こういうのって大会阻止には何の役にもたってなくて， たんに私個人とかが迷惑なだけなんだが． 大会を憎んで下っぱを憎まずのキモチで企画やりなおしてもらいたいね． 2 分で撃退． 自爆テロリストは二度死ぬ．
• 苫小牧直径成長問題， やはり複数月の成長同時推定は無理っぽい． 推定モデル・計算方式・観測データの量の限界で． 苫小牧ボスからもとりあえず 6 月分だけ， という指示をいただいたんで， そちらをひととーり片づけますかね．
• 次の一手は …… アサダ推定の過程で光合成気象値の定義を少し変えたので， カエデたちを再計算してみますかね．
• そのついでに推定計算高速化に着手してみる． 尤度関数を optim() から評価するたびに， parameter mapping という操作が必要になる． いままではそれを R の中でやってから，

  # p -> mp (mapped paramters)
  matrix.map <- rbind(
  	c(1:length(map.parameters))[map.parameters == 1],
  	parameters
  )
  mp <- map.parameters
  for (r in data.frame(matrix.map))
  	mp[r[1]] <- as.numeric(r[2])
  

  C で書いた拡張モジュールにわたしていた．
• この処理も R ではなく C でやったら速くなるんでは， と憶測してみる． 実験対象樹種はアサダ． 改造前は気象値セット一個で 23-24 秒を必要としていた (growth6 のみの推定; growth6 & growth7 同時推定だと 230-240 秒ぐらい)． さーて， parameter mapping in C 版だと …… 16-17 秒というところか． なかなかいいぞ． 意外と速くなった． いままで 6 時間ぐらいかかってた計算が 4 時間ぐらいで片づくようになったわけで．
• とりあえずイタヤカエデの再計算を命じておく． 昼飯．
• イタヤカエデ成長の推定計算は順調． ということで， 昨日ほうりだしてしまった カエデ開花確率推定関数つくりのつづき．
• 1600 とりあえず完成． R の optim() ではいろんな計算法が指定可能なんだけど， 頑健な (しかし遅い) Nelder-Mead 法はこういう 1 parameter 推定にはむいていない． そこで BFGS 法を使った． これは勾配関数を指定する必要あり．

[1 parameter model]

もっとも簡単な確率論的開花モデル． 二項分布なんで見た目の「ずれ」は大きい． 青線が ``|'' を吐きだしたモデルで， 赤線がそれを推定してみたもの．

• …… といった説明を書いてる最中に， 一個体に花が (仮想的に) 「4 個」ついてたのを思い出した． われながら阿呆というかまぬけというか．
• 1700 改訂版できた． こうやって図にしてみると， これはホントに rbinom(100, 4, prob.flower(DBH)) で生成したパターンであるのに， 思ってたよりばらつきがでかいように見える． 見た目で overdispersion かどうか判定するのは危険だな．

[1 parameter model, 4 flowers]

あてはまりがよくなってる理由は， 単純に標本数が 4 倍になったから． こちらのモデルはコインを同時に 4 枚なげるような試行に対応している (上のものは 1 枚だけ投げる)． かかる 「樹木ごとの個体差なし」 と仮定したモデルであっても開花数はけっこうばらついてるように見える．

• あ! この推定関数って M2 平林さんから 宿題としてだされてたデータ解析問題にも適用できる (女性大学院生たちは入学と同時に無敵性という属性がそなわり， たとえば給料とりどもに宿題をだす権限も生じる)． 横軸が花序内滞在時間でタテ軸を訪花数とみるならば． そうだそうだ， いまは logistic な関数型よりこっちのほうが妥当だよね．
• 1755-1845 北大構内走． 晴．
• お， イタヤカエデ計算おわったか …… 光合成気象値の計算期間を 6-9 月と限定することで， 気温フィルターのカタチがそれっぽくなり， さらにあてはまりもよくなった． つまり気象データからノイズを除去できた， ということか．
• つぎにオオモミジの再計算をやらせておいて 2000 研究室発． 2020 帰宅． 体重 72.4kg． 晩飯．
• オオモミジの推定結果もイタヤカエデと同じ方向に改善されている．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1755-1845． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.7 合． コマツナ・豆腐のスープ．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． ニラ・豆腐のスープ． トマト．

2004 年 07 月 04 日 (日)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 1000 自宅発． 晴． 1010 研究室着．
• う． 闇ネット内 DNS サーヴァーたる Lex の電源をうっかりひきぬいてしまった． そしてこいつの起動ボタンを背面につけかえてたのを忘れて， 一時間ほどぢたばたする．
• 苫小牧直径成長モデリング， 対象全樹種 (イタヤカエデ，オオモミジ，アサダ，アオダモ，サワシバ，ミズナラ) をひとつずつ推定計算やっていって， 結果を作図し， 関係するファイルを樹種ごとに保存する作業 を全自動でススめるしくみを作っていく． といっても Makefile 書いたり推定計算や作図の R プログラムを変更していくだけなんだが． とりあえずまだ計算をやってない アオダモ，サワシバ，ミズナラ の三樹種だけについて運転開始． 時刻は 1325． wiki まわりの整備だの， 昨日の開花確率関数の整備だの．
• 1455-1530 北大構内走． 曇になってる時間をえらんだつもりがとちゅーから晴れてきた． もどって昼飯． D1 西村さんが屋久島からもどってきたので， おみやげの熱帯フルーツをいただきつつハナシをうかがう．
• 三樹種の推定計算は順調に進行中 ……
• ということで， 井田君から大学院ではなくぎょーむのほうの研究についての 統計学モデリングこんさるたんと． えー， なんでもある川とかの区間というか「面積」 に対して， サカナにとって「好適であるという重みづけ」 をしてその面積を再計算する PHABSIM なる手法があるらしい (1982 年に発表されたのが最初?)． こういう場合はデータ限られてるんで， ひどくおおざっぱなのはしょうがない …… しかし 「ともかく数値がでる」 以外は何か意味のある計算をやってるのかさっぱりわからない， という手法で 批判 も多々あるようだ．
• で， その PHABSIM なる手法を理解しようと， 井田君とふたりして簡単な例を構築しつつ検討をススめていったんだけど …… PHABSIM にとってかなり理想的な状況であっても， この重みづけ面積とやらは依然として スジのとおらぬ統計量であることがわかってしまった． どうみても使えんと思うんだが …… しかし「自然再生」なる公共工事に新たなる商機を見いだしつつある 土建各社はこの指標を重視してるとのこと． ふーむ． 勉強にはなった ……
• 2010 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1455-1530． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): シリアル． トマト．
  • 昼 (1550): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． キャベツ・コマツナ・ニラ・エノキダケの炒めもの． コンブサラダ．

2004 年 07 月 05 日 (月)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 歩きながら苫小牧推定問題の計算をすべて呪われ言語 C++ でやらせたら， という夢想にとりつかれた． そりゃ飛躍的に改善するだろうけど， 絶望的な努力が必要かもしれん． やっぱり手をだせない． 0900 研究室着．
• で， その苫小牧直径成長モデリング， (全 6 樹種の中では) まいなー 3 樹種たるアオダモ・サワシバ・ミズナラ の推定計算が終了していた． 合計 13 時間ぐらいか． 推定内容の生態学的な妥当性については 苫小牧ボスにお尋ねしないとわからないんだけど， 自動作図したサイズ依存性・年変動再現性はそれほど悪くないように見える．
• で， このあたりを専用 wiki page にアップロードしたり， 年変動一覧を整理したり， という作業で 1 時間ちょいを費してしまった．
• jeconet というメイリングリストに， 釧路の宿をとるのは至難といった内容が投稿される． それでは自分の宿をとるついでに， 確認してみましょうかね．
• ネットワーク雑用掛たる私は 25 日に釧路に移動してさしつかえなかろー， と勝手に仮定する (えーと， JR 特急にのって 0704 に札幌をでると 1052 釧路着， と)． といいますか， 現時点で当日の仕事のわりふりがきまってないもんで． 大丈夫なのかね．
• で， 会場から至近にある東横イン 釧路十字街 に予約してみた． ここは新しく開店したので旅行会社に「押さえ」られてない． 予約システムがヘボいくて「禁煙室」で問い合わせたら「満室」却下， ふつーの部屋にすると予約できた．
• このあたりの経緯と， 釧路の実行委員の一人である生方さんが作った 釧路の安い宿 一覧を紹介する投稿を jeconet へ …… あ， しまった． 投稿してから気づいたんだけど， 東横インはちゃんとこの一覧に入ってるぢゃないか．
• などと， 釧路大会小雑用とかにまきこまれてると (本日も自爆メイルテロあり)， 時刻はすでに 1130． やれやれ．
• 30 分ほどかけて， 苫小牧 (ちゃんと TOEF と書くべきか?) のこれまでの wiki 上の推定結果を整理整頓する． とりあえず， 光合成気象値の計算をするときに
  1. 1-12 月の気象データを使った
  2. 6-9 月の気象データを使った
  にわける．ここ数日は 2. を使っており， これは 1. よりもいろいろな意味でよい推定結果を出す．
• なんで葉もつけてない期間も含む 1. のようなモデルを使っていたのか? それは， もしも 今回つかっているすべての気象フィルターなるものが 「適切」に設計されていて， 推定プログラムが何か生物学的な側面に配慮した計算をやってくれたならば， 1. のデータを使っても問題なかったのである． しかしながら， というか当然のことながら， 比較的単純な関数型で表現される気象フィルターどもは 現象のおおまかに近似にすぎず， われらの推定プログラムは生物学には無知なので， 2. のように期間を限定するといった手だすけが必要となるわけだ．
• 土曜日につくった単調増加な開花確率関数を浦口さんに送る …… ためには説明かきが必要となる． 人間あいての説明は， いつもながら難しいことだ．
• 1255-1340 北大構内走． いい曇天ぐあいだったんでゆっくりと長く走った． 昼飯． かとーさんと塩寺さんが MacOS X の設定で苦闘しておられる． ふーむ， MacOS X 用 Vim や Emacs はかなりダメ． 単なる rxvt もダメで rxvt-ml を使うべし， か …… とうぶん MacOS X は使いたくないかんぢだ． Vine Linux はまもなく 3.0 がでる． よりまっとうな Perl だの Ghostscript が使えるようになる． コンパイラーも新しくなるだろう．
• なにやら面白そうな 研究集会 が来月に札幌であるようで．
• ちょっと講座ネット雑用． 講座メンバー表 の改訂， それから一ヶ月後のおーぷんゆにばーしちー対策， 具体的には 研究紹介 の改訂依頼．
• というようなことやってたら， また釧路小雑用がわりこんでくるし …… ひととーり終ったら時刻はすでに 1610 か．
• カエデ開花確率の推定問題で， いろいろとヘマをやる． 引数指定をまちがえたり， 開花確率ゼロのときの尤度とその勾配がうまく計算できていなかったり …… やはり複数の仕事を同時にやるというのは， そうとうに難しいな． というか， ばたばたしてしまいそうなときこそ慎重にやらねば．
• で， 釧路雑用なメイリングリストでは， あいかーらず当日参加のどーのこーのが収束してないし．
• DNS まわりがヘンだ． かとーさんの推測によると SINET まわりがアヤしいんでは， とのこと． たしかにそういうかんぢなのかもしれない． ああ， しかし大学間とかもいまいちだぞ．
• 仕事ススまず．
• 2010 研究室発． 2030 帰宅． 体重 73.2kg． お， また増大してる． この短期的な増減を支配する重要なファクターのひとつとして塩分摂取量， というのは間違いあるまい． 問題はこれが食べてる量全体と交絡してもいる， というあたりで …… と思いつつ晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1255-1340． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.8 合． キャベツ・コマツナ・ニラ・エノキダケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・キャベツ・シイタケの炒めもの． トマト． サツマイモ．

2004 年 07 月 06 日 (火)

• 0900 起床． うげ． 朝飯． コーヒー． 0950 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• イタヤカエデ・オオモミジの再計算が終了してる． またモデルが改善されてしまっている． うーむ， ホントの気象依存性とは何だろうか．
• といったメイル書きだの， モデリング wiki の整理だの， アサダ再計算だのが終了したら時刻はすでに 1200． うーむ． 何がよくないのか．
• 苫小牧ボスが明後日のモデリング会議準備モードに入られたようで． そして計算担当 Dell 機はアサダ再計算に専念している． ということで， このスキになんとかカエデ論文修正の 私の分担分をやってしまいたいところだが ……
• 進捗せぬまま昼飯前の仕事終了． 1330-1410 北大構内走． 今日もいいぐあいの曇天． 昼飯．
• 当世就職逆転劇 (本人の黙認をえて公開)． 正しい公募の落ち方 などとゆー真面目なのか パロディーなのかよくわからぬ散文詩など書いてみせて， 世界各国のファンを心配させた 牧さん， じつはあれを公開した直後にめでたく PD として採用されたそうです． いやー， じつにどらまちっくですね．
• 1500 より 講座セミナー， 本日は M1 北村君， あのよくわからぬまま労力投入されて構築されつつある 阿寒 1ha plot で何かやります， というもの． 本人は巨大調査地も「どりる」 (なにやら感圧センサーと連動して年輪構造らしきものが読めるオモチャ) もいらぬ研究をやりますと言い， その指導教官たる甲山さんは 1ha 毎木せよとのお達しで …… いったいどうなることやら． だいたい 遠すぎる (片道 361km)． これって東京-小牧間 (347km) より遠いよ．
• で， セミナー中に甲山さんが 「阿寒では氷が昇華する」 とか言ったんで， そりゃいくら何でもヘンでしょとつっこんだんだけど， 道東ではそうなると断言． そのときは， まあ道東のことだし， とか思って (重要な問題でもなかったんで) 放置してしまったんだけど， 考えてみるまでもなくそれって 物理法則 から逸脱してるぢゃん． また甲山ホラ話にだまされたか (後記: このハナシは翌日にも続く; じつはここでいう「気圧」とは水蒸気分圧のことであった!)． あるいは， 道東では冬のあいだときどき気圧がすごく下がってほぼ真空状態になる， とか …… 人間はしばらく息をとめてガマンせねばなるまい． それゆえに人口が少ないのか．
• それとも， 何もかも破綻しまくりの北海道なら 物理法則のひとつやふたつぐらい破綻しても不思議ないのか? たとえば コンサドーレ 14 連敗 という現象は確率論による尋常な説明を拒否しているよね …… たぶんまったく新しい数学体系が必要とされているのだろう． 小松左京の「日本沈没」にそういう数学者がでてましたなぁ．
• ということで， 先月は入院などしていた甲山さんもこういうインチキ話を 強引におしきってみせるほど元気に回復しておられます． 講座トップペイジ で「教授公募案内」 だしてますけど， これは甲山さんがくたばったということではなく (実際にそういう問い合わせがあった)， 大講座なので複数の教授がいるということです (来年 3 月までは別分野の教授がその任についてる)．
• うう， カエデ論文修正はススまず． 苫小牧直径成長モデルの作表プログラムなんぞを …… う? PukiWiki の作表機能ってなンかバグがあるような．
• ちかごろ昼飯が少ないので日没ごろには空腹になる． 1950 研究室発． 2000 帰宅． 体重 72.8kg． 晩飯． コメがつきたので買い物． 道産米「きらら 397」 10kg 3600 円の割引券で一割引．
• 夜中にごそごそと R による自動作表プログラミング …… はい， 夜中にプログラミングすると眠れなくなる， という現象の再現性が確認できた．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1330-1410． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・キャベツ・シイタケの炒めもの．
  • 昼 (1420): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2110): 米麦 1.0 合． チンゲンサイ・タマネギ・ニラの炒めもの． トマト．

2004 年 07 月 07 日 (水)

• 0700 起床． うう， 眠いのになぜかいつもより早く起きてしまった． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 0810 研究室着．
• 眠い …… 眠いので苫小牧直径成長モデリングの 6 樹種推定結果まとめ作業のつづき． PukiWiki で表組みがおかしい， といってたバグはいつのまにやら(?) 解消されてしまっている． これにほうりこむフォーマットに変換する 自動作表プログラミング in Perl & R．

[Pukiwiki な表]

面倒なのか便利なのかよーわからん システム ・書法なんだけど， とりあえず共同研究やるときにはあったほうがよいかもしれん， という気がしつつある． 基本的にはラクなんだけど， ここで作業するとけっこう時間をとられてしまう． 釧路雑用 wiki ペイジもあったりする．

• ひとくぎりついたら時刻はすでに 1010． ちょっと気象フィルターのパラメーター範囲を変えた計算を 昨日からやらせてんだけど， これは予想ではあと 30 時間ぐらいかかりそう． ということで， 本日の苫小牧直径成長モデリングの仕事はこれにて終了， か?
• えーい， さっさとカエデ論文修正の担当部分をやってしまわなくては． とぢたばたしてると， 計算やりなおしをまたあっという間に片づけてしまった浦口さんから 新しい結果の説明していただく． ぜんぜん問題ナシ． そして， どういうふうに説明しようか， とひっかかっていた部分が私のアタマの中で少し整理された．
• 苫小牧ボスたる鍋嶋さんは， 「これまでのまとめ」 を wiki 上にさっそくアップロードしてくださるし． このヒトたちの下請けをやるのはたいへんだ．
• Caswell 本などひっくりかえして用語の確認． もちろんここには ensemble mean などという邪教の概念は混入してないけど． しかしカエデ論文には reproductive rate (output?) の ensemble mean が必要である．
• 1430-1510 北大構内走． この間にじつはおそろしい事件が発生していたわけだが． 昼飯．
• ネットワーク途絶． 今日明日は回復のみこみなし． あとから判明したコトもふくめて書くと …… 1424 ごろ研究科の hub か何かが「水びたし」になったそうで (詳細不明)， この電源部を「乾かす」のに数十時間を費すそーで (詳細不明)． 何をやってんだか．
• 昨日の「阿寒では氷が昇華」問題， 氷の昇華はおこりえるとわかった． ネットが使えん検討した結果なんだけど …… 極端にいえば相対湿度 0% の密閉容器に氷を入れて 0 度より寒い ところにおいたとする． この場合でも，容器内の相対湿度が 100% になるまで昇華は続く． これは水蒸気分圧で，0 ℃付近での水蒸気分圧はおよそ 611Pa (お よそ 0.006 気圧) である． このあたりは苫小牧直径モデリングに出てくる VPD (飽差) の計算でもでる数値だ． おそらく，野外で乾燥してる空気が絶えず供給されていれば， かなりの低温下でも氷は昇華しつづけるのだろう．
• 通信も途絶したことなので， カエデ論文につける補足を書くぎょーむのつづき． 要点は (一般性をできるだけ失うことなく) ある性質を満たすさまざまな周期関数たちをうまく定義すれば ensemble mean によってそれらは消滅するので， 時間変動とやらは考慮する必要なし， といった数学的証明だ． どう定義すればよいか， を緻密に検討せねばならぬだけでぜんぜん面白いものでもない． 考えの足りない阿呆な査読者の思いつきひとつで こういう苦労が増加する． 先方は粗雑な人間なので， こういうきちんとした手続きをふむのは， いわばもったいないんだが． まあ， 予備審とかでも脈絡のない連想から 発生しがちな下らぬ「修正要求」とやらを， その場で瞬時に撃退する事前準備と考えれば多少の得心はいく．
• どーにかこーにかひととおり書けたので， 1920 研究室発． 1930 帰宅． 体重 72.6kg． 晩飯．
• カエデ論文の上述の証明部分の修正ぢりぢり．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1430-1510． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0710): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・タマネギ・ニラの炒めもの．
  • 昼 (1530): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． ゴーヤ・ニンジン・ニラの炒めもの． トマト．

2004 年 07 月 08 日 (木)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 雨． 0940 研究室着．

[加熱歩道]

ちかごろ自宅-北大間でむやみにマンション工事ばかりやってる． で， こういうふうに歩道を加熱する温水管を埋設していたり， ですね．

• 苫小牧直径成長モデリング， 本日は苫小牧ボスと日浦さんが来るはずだったんだけど， 予定変更でこれは来週あたりに． ということで， 今朝もカエデ論文に専念．
• 1130 ごろ書くべき最低限の内容はでそろったので， カエデ論文ボスたる浦口さんにとりあえずの提出． 提出後もみなおし． 探索範囲を変更した苫小牧直径成長モデリングの計算には， まだ数時間かかりそうだな．
• カエデその他の苫小牧樹木ばてを感じてきたので， ちょっとばかり統計学の勉強に逃げる． 自由集会 の準備とか何もできとらんからね …… 1330 ごろ昼飯． 外はまだ雨なんで．
• 研究科内のネットは使えているので， 苫小牧直径成長モデリング wiki に最新結果をアップロード (6 樹種; 1456 気象値セット; 計算に要した時間 42 時間 20 分)． カエデたちはろばすと． アサダ・サワシバはふらふら． アオダモは改善された． ミズナラわけわからん．
• 1540 ごろ， 研究科 hub 電源部の「乾燥」とやらが終了したのか， ようやくにして「陸の孤島」状態を脱出． しかし， どういった事故だったのか， という説明がないなぁ．
• 1630 より Trendy セミナー， 本日は 苫小牧 で滞在研究している齋藤隆実さん (阪大) の葉っぱのハナシ． 樹木の葉というのは常緑・落葉， あるいは陽葉・陰葉でカタチなどがずいぶんと異るものであり， どういう構造でもってそれが実現しているか， というもの． van't Hoff モデルによる水ポテンシャル推定， 体積弾性率， 不可逆伸展性， コンプライアンス， 細胞成長の Lockhart モデル …… などなどなじみのない概念がいろいろでてきて勉強になった． 途中で介入する甲山 talk も絶好調で終了したのは 1830 すぎ．
• セミナー講師の歓迎会ということで 1930 研究室発． 1945 塩野屋着． 低温研の小野さん・加藤さん・飯村さんもみえて， 楽しいゆうべであった． 店の大将も腕のケガのリハビリもかねて近ごろ再開したギターを披露． 2330 塩野屋発． 2350 帰宅．
• 帰宅すると， なぜか富山に移っても釧路大会雑用におわれてる谷さんから， 釧路雑用メイルとともに ゆうだち の写真が送られてきた． なんでも小樽からフェリーで出るときにみかけたそうで．

[DD-103 ゆうだち]

二代目ゆうだち (襲名制度あり)， むらさめ型護衛艦 (destroyer)， だそーで． もとの画像ファイル．

• [今日の運動]
  • うんどうしてない
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ゴーヤ・ニンジン・ニラの炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2000): 塩野屋 で， ホヤ料理あれこれ (刺身，コロッケ，乾燥凍結ホヤ粉末いりうどん，など)， その他ホッケなど．

2004 年 07 月 09 日 (金)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 曇． 0830 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリング， 昨日終了した計算でついうっかりオトしていた vpd:factor=0.40 だけに関する再計算が終了している． さいわいにも全ての樹種に関して， この中に最良モデルは含まれていなかった．
• しかし， 気象フィルターのパラメーター推定値候補の範囲は じつにてきとーに決めているわけだけど， 図などにしてみると vpd:factor=0.20 だろうが vpd:factor=0.40 だろうが どちらも比例関係に近いような (vpd の範囲は [0, 1.5] ぐらいなんで)． ちょっと再考すべきなのかなぁ．
• で， このあたりの推定計算について， これまでの結果を総括しどんどんまとめに入ってる苫小牧ボスに， お返事メイル． 問題が多岐にわたるので書くのに時間かかってしまった． さーて， これらの結果をどう提示してみせればよろしいもんかねえ ……
• なんかしばらく放置してるあいだにたまってる 釧路雑用の片づけ少々． ついでに講座ネット雑用も． ひとくぎりついたら時刻はすでに 1140． やれやれ．
• また苫小牧直径成長モデリング． 慎重であると同時に 冒険心にも不足のない苫小牧ボスから ミズキ と ホオノキ のデータも送られてきました． この二樹種について一昨日と同条件で推定計算開始． 標本数少ないけれど (それゆえにいままで計算対象ではなかった)， 合計 8-9 時間かかるだろう． このあたりの推定計算をやってる一般化線形混合モデルに関する wiki 用メモ書き．
• その間にも， 釧路雑用のわりこみわりこみ …… やめてくれー
• 1420-1500 北大構内走． 曇天ときどき晴． 昼飯．
• 苫小牧直径成長モデリング， 収束に関する相談メイル書き． たぶん感度解析みたいなことはやらねばなるまい． で， 気象値をぶれさせて応答を見るのは簡単だ． しかし気象値は気温その他を統合した量なので， 人間にはわかりにくいかもしれない． そこで， 気温など気象要因そのものを揺すってみる， ということが考えられる． しかし， これは簡単でない部分があるかもしれない．
• たとえばある日の気温は気温フィルターを介して [0,1] な値になおされるだけでなく， 飽差 (vpd) も決めるてこれは vpd 用フィルターに渡される． 気温の場合はすべて明示的に定式化されてるからよい． たとえば， 降水量を変えたときに vpd をかえなくてよいか， 光量子密度 (ppfd) 変えたときに気温変えなくてよいか， などなど …… まあ， 「感度解析とはこういうもんだ」 と考えるしかないのかな．
• 苫小牧直径成長モデリングの推定計算についての検討つづける …… なにしろ来月末には鍋嶋さんがこれでポスター発表されるので， とりあえずの詰めにかからねばならない． というかですね， 何ごとにも用意周到なる この苫小牧ボスが発表 48 日前なのに かかる現状におかれてる， というのは相当にアレなわけでして …… 直前になって計算してみたりする私ならともかく， ですね． 下請け計算ぎょーむ担当者としては …… なんだかちくちくするムシロに座ってるような． 2000 研究室発． 2030 帰宅． 体重 73.0kg． 晩飯．
• なーんか， ミズキ・ホオノキ計算， 時間かかってますなぁ．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1420-1500． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.7 合． 卵炒飯．
  • 昼 (1520): 北大生協クラーク会館． 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2200): うどん．

2004 年 07 月 10 日 (土)

• 0820 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー．
• ミズキ・ホオノキ計算終了している． 合計 12 時間以上かかってる …… 標本数すくないのにこの時間のかかりかたは何なのだろうか． 両方とも「遷移初期種」ということなんだが， このあたりが影響してるのかもしれん． というのも， 小さい個体の成長が中大個体に比べて極端に悪いように「見えて」， このあたりの推定に苦闘していたようだ． ただし， これらの樹種が「小さいときに成長速度が悪い」 と考えるのは早計である． おそらく 「現在も残っている小径木の成長は悪い」 と判断したほうがマシという気がする． 苫小牧の森林の状態も絶えず変化しつづけてるわけで．
• ともかく結果を wiki にアップロード． うーむ， 8 樹種にふやすことに利害得失の勘定が難しい …… とゆーか， 損失に関しては現在のところ 「計算時間がたくさん必要になる」 以外はないのかもしれないけど．
• しかしながら， 時間ないと言いつつ怠業してみたり． 怠業．
• 買い物してから昼飯． 1400 自宅発． 曇． 1410 研究室着．
• 苫小牧直径問題， 推定計算プログラムを少し手直ししてみる． モデル選択基準 AIC の計算で， じつはパラメーター数のカウント方法に 自明でない部分があることに気づいたもんで ……
• 現在のパラメーター推定方法は二段階になってる． 気象値のある集合に属する すべての気象値のもとで AIC を最小化するようなパラメーターセットを決定し， つぎにその気象値集合の中で最良のものを選抜する， というしくみだ． つまり内側と外側の計算がある． 結論だけ言うと， 内側の計算では気象値のパラメーター数をカウントしないのが正しく， 外側の計算ではカウントしなければならない， と考えるべきだろう …… というかこの内側・外側というのは R で書いてる計算プログラムの都合 (つまり人間による理解のための便宜) にすぎないわけで， そんなものはないという言いかたもできるわけだが． ややこしい．
• ま， そのあたりに対応できるように計算プログラムを少しなおして， と． 結果はどうなるだろうな． たぶん年変動の大きい樹種ではいままでと同じだろう． しかしそうでない樹種ではより単純化されたモデルが 選ばれてしまうかもしれない．
• 1635 推定計算再開． 前回と同じぐらい手間がかかるとすると終了するまで およそ 55 時間． 今回の手なおしで計算時間が短くならんかな， と念じつつ， 各気象値において最尤推定値が収束していく様子を ちょっとモニターしてみたんだけど …… 気象値項の「コスト」が高くなってしまえば， また別のよけーな項が選ばれるわけで， 計算短縮化は無理かもしれん， とゆーかんぢ．
• などとうだうだしてたら， 雨がふってきてしまったので北大構内走に出れん． せっかくいい具合の曇天だったのに．
• いま実行している計算手順の再確認． 苫小牧ボスに現状奏上メイル．
• しかし， この計算もうちょい短くならんものかな． 全計算時間の 2-3 割がムダ計算時間なのは間違いないんだが， これを簡単に短縮する手段が思いつかない …… もうちょい， 発想をきりかえたらどうだろうか， 計算の順番を変える， というような ……
• こういうふうに変形できるなら， 10 倍ぐらいは速くなりそうなんだが ……
  1. 線形モデル部分のクラスを決める
  2. optim() で線形モデルのパラメーターの最尤推定値を計算する
  3. 最良気象値セットを線形探索する
  しかしながらこの順番でやると， たぶん 3. でおかしくなるよな． 関数 optim() が発狂して収束しなくなりそう． うーむ． やっぱダメか．
• うーむ， ぎょーむ日誌から情報削除しろというメイルがきたので削除． みなさん エコカップ となると目の色がかわるんだから ……
• 進行中の苫小牧再計算については， ちょっとだけ速くなってるもよう． しかし， 合計 50 時間は突破しそうだな．
• 上の変形案の番号でいうと， 現状は 3.→1.→2. である． えーと， 1.→3.→2. とすれば， 無駄計算は原理的には回避できるな． しかし速度向上はうまくいっても 3 割ぐらいだろう．
• むろん 3 割ならやる価値はあるけどね． あ， しかし光合成気象値と代謝気象値の分離がちょいめんどうか? いやいや， 別々に計算しといて， それこそ R の expand.grid() 関数を使えばよいだけのハナシ， だな． 残り時間が少なくなったおかげで， 検討すべきモデルが限定されてるしまい， このあたりはかえってやりやすい． 暗中模索時代にはこういう改造はできないわけで．
• しつこく 3. を最後にもってくるアイデアを通す方法を考える …… だめだ． 一般化線形混合モデル， より具体的にいうと 線形予測子をもつ混合ポアソン分布モデルの評価は， ネストする計算の「末端」でやるほかない． ということは R の optim() ヤメて自作の Nelder-Mead 法関数でも使うか? しかしたいして速くならんだろうな． 数倍速くならないと， 気象フィルターの パラメーター探索範囲がひろがらないんだよね．
• うだうだ考えたけれど成果なく 2030 研究室発． 雨． 2040 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): パンケイキ．
  • 昼 (1340): 蕎麦．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・セロリ・豆腐のカレー．