ぎょーむ日誌 2004-06-(21-30)

2004 年 06 月 21 日 (月)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0900 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリング …… 今朝がた得られた計算結果はなんだか奇妙だぞ? またモデリング wiki 上に報告まとめつつ 「どっかに計算まちがいありそーな」 と考えていたら …… しばらくしてから， かなり阿呆阿呆な失敗をやったと気づいた． うむ． これは釧路大会雑用後遺症にちがいない．
• えーとですね， 直径成長の混合モデル (樹木ごとの個体差を考慮したモデル) の最尤推定計算やらせるときに， 数値積分を含む尤度方程式の評価を 拡張モジュール でやらせてんですよ． 時間かかるから呪われ言語 C を使って． で， このときに double 型の値の絶対値が必要なんだけど， これを <math.h> の abs() でやらせちゃったんだよね …… これは「整数型」の絶対値を返すやつだ． 正しくは fabs()， ですね． 計算やりなおし．
• で， これまでの計算結果とかの整理にちょっと手間どってみたり．
• M2 平林さんからいつものごとく難しい計算問題をだされて， 数時間これにトラップされてしまう． そして解決できてない． 期待値が given である多項分布の推定， というやつ …… 三とーりの多項分布を考えんといかんのだけど， そのうち一つだけがとてもややこしい． 尤度方程式を作ることができれば R の optim() で強引に解けるんだけど， それすらできない． いまのところ．
• 1355 北大構内走発． 今日も曇天ときおりぱらぱら雨． 1430 戻る． 昼飯． 宣教師殿から office24 札幌駅前通店 なる 24 時間営業の印刷屋の存在を教えてもらう． たしかに半光沢紙にしただけで， 見てくれがかわるな． ただし公費つかえんとのこと．
• 本日も釧路大会を阻止するべくさまざまな自爆メイルテロが． 最小限の処理だけして放置．
• 苫小牧直径成長モデリング wiki ペイジ整備をススめる．
• fabs() を使ってやりなおした計算結果， これで問題なさそうに見えるんだが …… 昨日の計算結果は再現されんなぁ． そのあたりを調べる計算をもういっぺんだけやらせる． これでまた 7.5 時間かかったりするわけだが．
• 2040 研究室発． 2050 帰宅． 体重 73.6kg． なぜか減らない． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1355-1430． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・煮干の味噌汁． トマト．
  • 昼 (1455): 研究室お茶部屋． 食パン 2 枚．
  • 晩 (2120): 米麦 1.0 合． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・煮干の味噌汁． トマト．

2004 年 06 月 22 日 (火)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇ときどき雨． 0900 研究室着．
• で， 推定結果だけど …… 「推定値むりやり非負化」 のやりかたには問題ない， とわかった． するとアヤしいのは一昨日の計算結果だな． 再現できん． とりあえず VPD をぬいた気象値で再計算を試みる．
• で， 計算報告など書いてるうちに， オソろしい可能性に気づく． 気象フィルターなんかも R の拡張モジュールとして C で書いてしまえば， 気象値の計算をやらせながら推定計算とかできるな …… この思いつきが「オソろしい」のは， えらく手間どるのは間違いないところなのに， 得られる成果の飛躍的な改善ぶりに幻惑されて ついつい着手してしまいそうなところだ …… だめだだめだ， 時間的に破綻するのは確実である．
• 入院中ながらお元気そーな甲山さんより電話． なんでも報告書かいてるとかで， ぱいぷ樹木 について何かだせ， とのこと． HTML なディレクトリをてきとーに編集して， tgz したのを USB メモリにいれる． この甲山さん USB メモリって 128MB も容量があるぢゃん． 時刻は 1150．
• またいきなり Matt の熱帯林議論にまきこまれる． で， またアヤしげな比率計算なんぞやろうとしてるんで， ハナシをよくよく聞きだしそれがふつーの カテゴリカルなモデリングに帰着できることを説明する …… とはいえ， パラメーター数が莫大になってしまう multinomial logistic regression なんだけどね．

[熱帯林ぎろん]

かとーオフィスの白板． ばてた．

• よーやくケリがついたので北大構内走 1320-1355． 本日も曇天． 昼飯．
• おお， 苫小牧直径成長問題， 計算まちがいとゆーかプログラムの操作ミスに気づいた． どーりで思ったような答えがでないはずだ …… 原因は不充分な自動化． ともあれ計算またやりなおし． 8 時間後にはまっとうな結果が得られているだろう．
• 1500 より 講座セミナー ， 本日は M1 石橋君． Corner's rules (cf. 清野さんの論文紹介) に関する何か， ということで． まあ， ここのシュートな M1 だとこれぐらいのもんだろう， という出だしではあるんだが …… いろいろと皆で議論していくうちに少しは整理されてくる． で， この古くからの「法則群」も現代の生態学の対象として考えるに値する， といえるだろう．
• 基本的な問い -- 個葉の大きさは何で決まるか?
  • Corner's rules の第一法則 (?) -- 葉の面積 (「カタチの複雑さ」も?) は「軸」の太さで決まる
    • 「軸」の長さは無関係 と考えてるところはぱいぷもでる的 (あるいは太さが決まれば長さが決まる とゆー前提か?)
    • 個葉面積に関する他のモデル -- Givnish のふるいモデル
  • Corner's rules の派生 (?) 則 -- よく分枝する樹木では個葉面積が小さい
    • ← 分枝すると枝が細くなる & 第一法則とのあわせワザで (cf. ぱいぷもでる，da Vinci 則)
    • ← 分枝すると分枝点の折れ曲がりで 水の通りが悪くなる (通導問題を重視するなら)
  • その後の現代にいたる展開の主軸 -- 力学的支持 vs 通導問題
  • 異説 (??) -- 空間しきつめ論 (石橋・石井)， 対風圧説 (石井)
  • アプローチ -- 種間比較 vs 種内変異
• カエデ論文の修正． 浦口さんがいつのまにやら難点解決の計算を あっという間に片づけてしまった …… その他の細かい対策などを拝聴する． しかし査読者たちがこれだけ誤読に誤読を重ねてくれると， ほとんどは「対応不要」になるんでラクではありますね．
• 釧路雑用少々． 来月から富山に移るんで忙しくしてる 谷さん (釧路大会会計雑用担当) からいくつか確認・変更すべき点を指摘されたんで．
• 2130 研究室発． 2140 帰宅． 体重 73.6kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1320-1350． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・煮干の味噌汁．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2220): 米麦 1.0 合． ニラ卵． トマト．

2004 年 06 月 23 日 (水)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリング． 昨晩 2300 ごろに得られたやりなおし計算の結果は ぢつにまっとうなものだった …… というか， これでよーやくにして首尾一貫した数値計算結果がでている， と言えるようになった． いちばんの難所はのりきった． あとは計算するのみ (気象値生成の自動化はもっと洗練させないとダメだけどね)．
• この直径成長モデリング & カエデ論文という， 苫小牧な Acer 問題群をさっさと片づけないといけないわけだが …… しかしながら， とある査読しめきりがせまってきたので， こちらをまず着手する． もしかしたら時間かかるかもしれんので．
• おいおい …… 釧路大会妨害を目的とした 「締切なんか知ったことか，どうにかしやがれ」 な自爆メイルてろキャンペイン， まだまだ継続するつもりなわけ? テキは日本各地から時間差攻撃で突入してくるんで手のうちようがない． どこかに黒幕がいるのか， あるいはてろネットワークがあるのか． そういや， 爆破予告つきの大物 (集束爆弾というべきか) がまだ炸裂してなかったな． ともあれ， 今回の爆破あとも放置．
• 予想よりも早く苫小牧直径成長モデル (今回は降水量も考慮) の推定計算が終った． 時刻は 1130． 15 時間かかると思ってたんだけど (なにしろ 2000 とーり弱の気象値セットがあって，ですね)， 12 時間少しだった． 直径成長モデル wiki に結果をアップロード． やはりこの方式の情報共有はラクだ． 図のアップロードについては何かうまいやりかたを考えないといけないけど．
• 推定結果をながめると， やはり苫小牧の夏みたいにただでさえ 湿ってる ところでは， 雨がさらにたくさんふってもいいことはあまりないよーで． この結果をうけて苫小牧ボスの既定の方針どーりの次の一手を． 今度は鍋嶋さん新考案の「雨がふったらダメになる」 モデルを試してみることに． これもやはり 12 時間ちょいを必要とするんだろう．
• で， ココロおちつけて査読ぎょーむを …… だー， 論文全体にわたってとある数式の符号がぜんぶ逆になってて， しかも書いた本人はそれが完ペキに正しいと信じて疑っていない． とても単純な不注意ミスであるからして， ぜんぶ修正すればいいだけのハナシだ． しかしこういう思いこみの強いヒトの原稿を読むのはツラい． そして注意ぶかく対処せねばならぬ．
• 軸ラベルがまったく入ってないちょー不親切な図どもに いろいろと書き込みつつ数式を追っていくと， だいたい何やってるかはわかった． ひとまず休憩． 1345 北大構内走発． 曇天ときどき晴． 1425 もどる． 昼飯．
• また査読ぎょーむ． 内容的には (少なくとも表面的には) ぜんぜん難しくないのだけど， 参照しないといけない文献が多いので時間がかかりそうだ． 今日中はやはり無理かも．
• あらららら， 定式化のまちがいを見つけてしまった …… わりと致命的． 計算全部やりなおしだろうか． で， ここから先がイヤなんだよなぁ． ありていにいって間違いを指摘するのもまたツラい． 指摘するほうだってイヤな気分になるし， なぜ間違ってるかというわかりやすい説明だの， 解決策だの示してやらねばならん． というのも， 正しい解決策を示すのが， たいていの場合「なぜ間違ってるか」 をてっとりばやく説明できるからだ (教育的ではないけど)．
• で， また著者になりかわって問題をきちんと解決しなければならんわけだが …… えーとこういうのでいいのかしらん， また計算まちがってないよな， などと苦悩するあまり， かとーオフィスを飛びだし 8F 内で漂泊していると， 「ヒマそうなやつ」 と思われてしまって， 赤坂君から統計モデリングこんさるてぃんぐ案件がもちこまれる． これまたヘンてこなデータ構造 & パターンなんだけど， どうやら負の二項分布な一般化線形モデルに帰着できそうな …… R の library(MASS) の glm.nb() 関数の挙動をしらべる．
• えーい， なぜ大学院生たちは こういう面倒を始末するときではなく作りだす局面において， その独創性を高度に発揮してしまうのだろうか?
• ひとまづ解決したけどばてた． 査読ぎょーむに復帰するのがしんどい． お， ちょうどよい時間かも， ということでメイリングリスト jeconet に「自分の発表日時確認できます」「PDF 版大会プログラムあります」 の案内を出す． 日中にこういう情報だすと， 貧弱サーヴァー (Duron 800MHz) への アクセス数がいっきに増えそうでイヤなんだよね． 時刻は 1914．
• 内容はひととーり見た． 抜本的な間違いに対する「正解」の定式化もできた． しかしばてたので査読報告がかけん． まぬけだ．
• 撤退． 2040 研究室発． 2050 帰宅． 体重 73.4kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1345-1425． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): パンケイキ．
  • 昼 (1440): 北大生協サンドイッチ． 戸外で．
  • 晩 (2140): 米麦 1.0 合． ゴーヤ・ニラ・エノキダケの炒めもの． トマト．

2004 年 06 月 24 日 (木)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 0840 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリング． 苫小牧ボスとやりとりしつつ， 計算の準備 & 実行． 今日は 2 時間ぐらいで片づく計算をいくつもやることになりそうだ．
• しばらく放置しておいた釧路大会小雑用どもにつかまってしまう． あいかわらず， J-STAGE 関係はやることがぐずぐずしてるし． 先方もやる気ナシ状態か? やれやれ．
• うわっ， ちょっと手をだしただけなのにすごく時間とられる． そしてイヤになる． こんなことをずーっとやってたのか．
• Matt の熱帯林議論にまきこまれる． なにやら便利そうな R モジュール VGAM なるものを見つけてきたそーで． ふむふむ．
• 1230 かとーオフィス発． 釧路大会雑傭兵たちに現金支払いすぎたんで， 手持ちのカネなし． ここ数日， ATM 作動時間帯にヒマができなかったんで， 本日は昼間に駅の南へ． 用事すませて北大生協で昼飯買って 1320 もどる． 昼飯．

[とちゅうで見かけた]

道内の主要交通&通信手段． 北海道庁の公用馬かなんかではないかな．

• 昼飯後も釧路どたばたにまきこまれたり， Matt 計算議論したり， 苫小牧なモデルの計算結果が出たり …… 気がつくとすでに 1530． ばてたので休憩． いっぺんにいろいろやると疲れる．
• で， 休憩おわると苫小牧計算がまた一区切りぶんが片づいてるんで， wiki にその結果をアップロードし， 本日の最後の計算予定， 「降水量が直径成長におよぼす影響を表現する鍋嶋関数」 を気象フィルターに使った最尤推定の準備． いったいどうなるのかしらん， とおびえつつ 1630 計算開始 …… お， 意外と良さそうな結果を生成しつつある． 少なくとも今日いろいろやった中での最良モデルはすぐに超えてしまった．

[鍋嶋関数]

TOEF 気象データ・成長データに対する 鍋嶋さんの洞察から導出されたもの． 私はぢつは不敬にも 「あまり意味ないんでは」 などと懐疑的だったんだけど， 計算してみるとぢつに降水量の影響をよく表現してる …… おそれいりました．

• おもしろいので， いったん中断してもうちょいヒネってみる． 1640 計算再開 …… おお! 過去数日間で得られた最良モデルよりも良いものが， あっさりと得られてしまった． おそるべし鍋嶋関数． とはいえ， すべてのパラメーターセットを調べつくすにはあと 2 時間ぐらいかかりそう．
• で， 現状報告などなど書いてる間にも， 推定結果がどんどん改良されてるよ ……
• 懸念材料がひとつだけある． 今日もばたばたしてる私は， 気象値生成の計算プログラムなんかを どこかで誤動作させてしまって …… というまぬけなオチだ． 過去数日のぎょーむ日誌みればわかるように， 連日のようになにか失敗している． こういう良さげな推定結果ほど慎重にあつかわねば．
• また釧路大会雑用にとらっぷされてしまう …… うう …… で， そういうのを始末するとばてばて感ありまして， 今度はお茶部屋雑談にとらっぷされてみたり．
• 1900 ちかくになって， 苫小牧直径成長データを説明する一般化線形混合モデルの 最新の最尤推定値セットが得られた． 格段に改善されている． もちろんこういった推定結果は 何か過失がないかを確認せねばならん． さらに 生物現象として意味ある因果関係なのかもよくよく考えるべきだ． しかしながら， あの繁雑きわまりないデータの山から， こういった関係が成立している可能性を見いだしてしまったとは …… 私は椅子の上で背筋を正すばかりである．
• いやー， 大学院生の潜在能力に 一介のモデル業者としては完全にだしぬかれました． 昨日の， 問題をやっかいにすることにのみ独創的とは 失敬な言い草だったかな …… 大学院生なる標本数を増やした上で 確率論的な言明が許されるのであれば， これもまたあたってる部分は多分にあるにせよ．
• 検算もかねて， パラメーター探索の制約もとっぱらった設定の計算， 1955 開始． たぶん 20 時間ぐらいかかるだろう．
• 2030 研究室発． 2050 帰宅． 体重 74.0kg． なーんでこう体重が増えるんだろうね? 晩飯．
• 今日はけっきょく， あの気の重い査読報告かきを避けたまま終ってしまった． 明日は書かねば．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ゴーヤ・ニラ・エノキダケの炒めもの． トマト．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 北大生協ツナサンド．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． タマネギ・トマト・セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．

2004 年 06 月 25 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• 途中でほうりだしたままになってる査読ぎょーむ対象の 論文内のデータ解析モデルの計算過程， 歩きながらアタマの中で手順をくり返して， どこかにおかしなところがないかを調べる． するとまたもう一個かなり重篤な間違いを見つけた． も一度， 原稿の記述を精読したうえで 当方の読みおとしの可能性を検討すべきだけど， たぶん必要な確率をいれそこなってると思われる． なぜかというと， その現象をきちんと遺漏なく記述するには， かなりの工夫が必要とされるからだ． しかしそのような工夫はどこにもなかったはず．
• 昨夜からやらせている苫小牧直径計算はいまだ継続中． これは予定どーり． たぶん本日中には終るだろうけど． ということで， 今日は査読ぎょーむに専念しなくては． ただし 1500 から釧路大会雑用のことで実行委員長が こちらに来るそーで．
• 何のまえぶれもなく Matt の multinomial logistic model 議論が始まってしまう． おそるべし．
• さーて， 早く査読報告おわらせよう， としたら …… また釧路大会妨害を目的とした自爆メイルテロ． 今回は新しい手法によるもので， 参加はするけど発表は取り消し， とかいうやつ． よくもまぁ， 当方にとって面倒になりそうな状況ばかりを． 放置， だ． このへんは自爆の残骸だらけですよ．
• ぢりぢりと査読書き． 昼飯．
• 甲山さん， ぶじに退院して登校．
• わざわざ齋藤さんがこちらに見えて， 1450 から 30 分ほど釧路大会雑用対談．
• 査読報告かきをぢりぢりとススめたんだけど終了せず 1900 研究室発． 「松」 で谷さんの壮行会． 来月から富山大に移られるんで． 2140 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． タマネギ・トマト・セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1920): 「松」． 本日は飲み放題ということだったんで， のんあるこーるビール なるものをなめてみる． うーん， 烏龍茶よりはうまいかも．

2004 年 06 月 26 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 1020 自宅発． 曇． 1030 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリング． 計算結果をまとめてみたり， 次の一手を考えたり．
• とりあえず現在の最良モデル近辺を探索させてみる． 3 時間ぐらいかかるだろう． 1250 研究室発． 昼飯． 1320 クラーク会館地下で 散髪． 2450 円． 1440 研究室もどる．
• で， 計算結果をまた wiki にアップロードしてみたり．
• なぜかそこでチカラつきてしまって， かとーオフィスのソファで寝てしまう．
• で， 時刻はすでに 2000． いやはや． 苫小牧ボスからそろそろ他樹種も， という指示をいただく． ああ， いつまでもイタヤカエデで遊んでるんじゃないわよ， ということだな ……
• たしかにイタヤカエデについては， 直径成長の変化は何で決まるのかが だいたい解明されつつある …… うーむ， いつもながら絶妙なる指示タイミング， とおびえつつ， 本日のところはイタヤカエデについての 未解決問題にとりくんでみる．
• 前年の光合成量を決める気象値 (フィルターした気象要因を合成したもの) である ps.prev， それから当年の細胞分裂速度を決める気象値 mb6， これらふたつは独立に推定可能なのだろうか? むろん原理的には可能なはずだ． しかしながら有限個の標本から得られる 線形予測子のパラメーター推定値のあいだには ゼロではない相関が生じてしまう．
• 全体は 「確率論的モデル(線形な部分(非線形な部分)))」 とゆー構造になってる． この中で気象値をきめるパラメーターは， 非線形なところに組み込まれたものだ． たとえば， mb6 を構成するパラメーターの推定値は ps.prev にどれぐらい影響されてしまうものなのか?
• なぜこれを調べるかのか? もしこれら気象値の推定値の相関をあまりシンコクに考えなくてよいなら 推定計算に必要とされる時間がかなり短縮できるからだ． 両気象値 ps.prev と mb6 を同時に推定させるには 最低でも 30 時間ぐらいが必要である． これに対して個別に推定してよいなら 全体で 1 時間もあれば片づくだろう．
• で， そのあたりを調べてみると …… たしかに影響はあるんだけど， 思ったほど悪くはない． つまり個別に推定してもかなり良い推定結果が得られるだろう， とわかった． すくなくともイタヤカエデに関しては． めでたしめでたし．
• ついでに， てもとの ThinkPad で 「気温たかけりゃ光合成速度も高くなるか」 問題をもいちど検算してみる． やっぱダメですな． 「確率論的モデル(線形な部分(非線形な部分)))」 というわくぐみのもとでは， 「光合成にとって適当である気温帯」 みたいなのを考えている現モデルのほうがよほどマシだ．
• というあたりをアップロードして 2430 研究室発． 2440 帰宅． 晩飯． 他樹種を調べるときの手ちがいとかを減じるためには， 推定計算プログラムの改良が必要だな …… このあたり R によるプログラミングって Perl とかにくらべると 「めんどう」 感が高いんだよね．
• [今日の運動]
  • 今日もうんどうしてない …… いいぐあいの曇天だったのに
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): 米麦 0.7 合． タマネギ・トマト・セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1310): 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2500): 米麦 0.8 合． タマネギ・トマト・セロリ・ブナシメジ・豆腐のカレー．

2004 年 06 月 27 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． 怠業． 1150 自宅発． 晴． 日曜日も開館してる北大図書館によってから 1250 研究室着．
• 苫小牧直径成長計算 …… もうちょいしつこくイタヤカエデについて調べてみるかな． 午前中に「次の樹種」問題に返信メイルかいたんだけど， ここにあるのはイタヤカエデとアサダだけだし．
• とゆーのも， 他樹種に手をだしたり推定に関係するプログラムを より良いものにするには時間と集中力が必要とされるわけだ …… えー， 現時点において七割ぐらい書いて放置してある査読報告あって， それからカエデはカエデでも浦口さんカエデ論文の問題も解決せねばならぬ． で， アカマツ論文かきも放置されたままだし． と列挙してみると， 苫小牧直径成長モデリングが最優先でやったのはまちがいなかったわけだが． この中でもっとも「終り」が見えていなかった …… いまや， 何とかなりつつある．
• うーむ， やはり釧路大会雑用で完全に失われた三週間のキズは深い …… ということで， 釧路大会妨害するべく自爆テロ画策してる皆さんは思いとどまりなさい． ああ， しかし明日・明後日は釧路大会雑用に合計数時間を奪われそうだな． くされた要旨入力システムのおかげで．
• ともかくカエデ推定計算は A801 の dell 機にやらせといて， と …… なんか空腹になったので昼飯． まぬけだ．
• 昼飯おわると光合成気象値の推定計算は終了してた． そして苫小牧ボスからメイルをいただく． 前者については …… やはり以前の計算を再現するカタチで， 気温フィルターがむやみに細くなりたがる傾向がある， とわかった． これは統計学的にも生態学的にも興味ぶかいところなのだが …… 最尤推定の計算結果としてはよろしくないなぁ． 他人に説明するのが格段にめんどくさくなるんで． この問題は何かうまいごまかしを考えつくまでちょっと放置だ．
• で， 苫小牧ボスの構想のほうは野心的かつよく考えられたものである …… つまり当方に逃げ場ナシ． 無条件降伏． おとなしく オオモミジ の直径成長モデルの推定計算をやってみる．
• 昨日検討した， 光合成気象値 ps.prev と代謝気象値 mb6 を分離推定するやりかただと推定計算はすぐに終る． 45 分ほどで終了． よそーどおりな点: 選ばれた気象フィルターがイタヤカエデの それに良く似ている． 意外な点: 気象と樹木サイズの積の項の入りかたが違う …… なンか意味あるのかしらん?
• とりあえずおもてむきは念のためと称して (実態は時間かせぎ)， ps.prev と mb6 の同時推定やらせてみる． これだとかなり削減しても 1200 とーり以上を探索せんといかんよーで． たぶん明朝までかかるだろう．
• 1745-1830 北大構内走． 曇天．
• もどると苫小牧よりメイル来信あり． 鍋嶋さんいわく， 光合成速度のサイズ依存性はイタヤカエデとオオモミジで異なる …… ふーむ， よくわからんけど何やらおもしろそうなことになりそう． 訂正データもらったので計算やりなおし．
• しかし他のぎょーむはススまず． まぬけだ． まるちたすくできん． 2020 研究室発． 2050 帰宅． 体重 73.6kg．
• 晩飯なんぞ食ってると， こんどは浦口さんからカエデ論文な質問． こりゃまたいきなり難題を． とりあえず自分なりに問題点を整理してみて返信．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1745-1820． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): パンケイキ．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2150): 米麦 1.0 合． ハクサイ・セロリ・ニラ・ホタテの炒めもの．

2004 年 06 月 28 日 (月)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• 苫小牧直径モデルの計算． オオモミジは個体数が少ないのでそのぶん早くおわっていた …… そして計算やったあとになって， 「安直版」も修正後データを使わないと比較不可能， とゆーあたりまえのことに気づいた． いやはや．
• で， ほうりだしていた査読報告かきを終息させる努力． ぢりぢり． これはなんとか午前中に終了．
• そのあいだにも苫小牧の両カエデ問題にまつわるあれやこれや． すっかりカエデですよ．
• 1355-1430 北大構内走． 曇天． 昼飯．
• その後もカエデ． 両問題のうち， カエデ論文のほうの議論に努力を傾注してみる． じつに正しい観察だと思うんだけど私のアイデアが 「思いつきばかり」 だと立腹状態の浦口さんあいてに， 緊張感ありすぎのキビしい研究室内メイル応酬してると， この議論のめんどーに思えた部分 ---- 時間変動と ensemble mean の関係がはっきりしてきた． あたりまえのことだけど， カギは ensemble mean をとれば ふらふらしてる部分が消えさってくれるような定式化だ …… どうも， このテの計算はやりなれてないので手間どってしまった． ともあれ， これで時間変動にまつわる難題については， 繁殖量の数理的あつかいの可能な範囲において うまくごまかしきれるだろう． 標準化相対繁殖量を使うにせよ， 条件つき生涯繁殖量を使うにせよ．
• で， この議論の片手間 (!!) に鍋嶋さんのほうの 直径成長問題の推定計算をススめようなどと大それたことをやると …… やはり天罰がくだってしまって， ちょっとした手違いが混入した． 1 時間弱かけてやりなおさんといかんな． この直径成長の推定計算， もうちょい計算前処理の自動化をススめないと， またこういうコトになってしまいそうだ．
• 腹も減ったし帰ろうかな …… と帰りがけに， ご立腹の浦口さんのお見舞にいったらいきなり説教されてしまった． ついでなので (先方のアタマはすごく活性化してるようだし) カエデ論文の改訂の大綱， ここ数日でかためていった反攻の構想を協議する．
  • OFR 論文のデータを使って 標準化相対繁殖量を 条件つき生涯繁殖量に置換できるか検討する
  • こういった繁殖量に関して ensemble mean が時間変動を打ち消す証明をつける -- ある種の奇妙な時間相関をもつ周期関数にも対応可能
  • 個体の開花を多値化する， ただし二項分布で (overdispersion モデルはまたべつの機会に)
  • 一種の感度解析的なシミュレイションによって プロセス間相互作用が「無意味」だと示す
  というあたりか． これでひととーりは網羅してるはずだ．
• 一時間以上をこのとりまとめに費したのでさすがにばてた． 2340 研究室発． 2350 帰宅． 晩飯． あ， やりなおし計算は片づいてるな． これもアップロード． このあたりも自動化をススめなくては．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1355-1430． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ハクサイ・セロリ・ニラ・ホタテの炒めもの．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2420): 米麦 0.7 合． ハクサイ・セロリ・ニラ・ホタテの炒めもの．

2004 年 06 月 29 日 (火)

• 0820 起床． ねむー． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデル， 本日はアサダ の計算． これはカエデたちとはずいぶん異なるモデルで説明されることになりそうだ．
• で， 計算まち時間にまたまたの釧路大会雑用． しめきりがせまってきたんで放置できなくなった． こちらの登録データとアチラの要旨データを関連づける， というやれやれなもの． 間違ってる可能性が低い， とゆーことで たぶん本名なんかが最良の手がかりか? しかもデータがけっこうめんどうそうだ． なにしろ 855 行×468 列のちょー巨大 table ですからねえ． かなり疎な行列ではあるんだが． これに名前だの所属だの要旨だのが格納されてる． まずは必要な情報を取りださねばならない．
• …… などという， 「ながら計算」 やるとまた操作ミスとかしくじるわけで． アサダ計算， やりなおしによって 30 分のロス． 失敗がいかされんねぇ．
• へなちょこ要旨データはだんだんほどけてきた． そして アサダ 計算はナゾな推定結果を …… 寒い日が好きなのかしらん?
• 釧路大会雑用 …… でたー， 同姓同名問題， わんぺあ． どうしようかな． メイルアカウント， とか? しかしメイルアカウントはけっこう間違ってるやつが多いんだよね． ともかく， このような間違い可能性を徹底的にチェックする必要あり． 自動処理でなければ十分な探索はできん． しかし見つけだしたカンちがい野郎どもの処分については 自動では無理な部分もある ……
• けっきょく， 同姓同名なかたわれは要旨だしてない， と判明． 要旨二重登録してるはた迷惑な連中， 多数発見． 自由集会の話題提供者になのに要旨いれてるやつちらほら． 「発表者が登録しろ」 原則を無視してるの数名． このよーに，自動処理でどうにもならんやつら 20 名ばかり． やれやれ．
• 1311 アサダのへんてこな推定結果が出る． すごくおもしろいけど難しい．
• 釧路な雑用の手作業部分どうしよう， 雑傭兵に外注するにはハンパな量だし， とうだうだしてるうちにイヤになったので昼飯． 石井さん， 御長男誕生の吉報． ちょー安産だったそうで， ますますめでたいことです．
• アサダ計算， ねんのため少しヘンなパラメーター範囲を指定してみたんだが …… そちらにはブレなかったか． しかしこの気温依存性はナゾ． ともあれ， この結果もアップロード．
• 釧路雑用やる気せんので， 講座セミナーの予習．
• 1500 講座セミナー， 本日は M1 牛原さん， 基本的には Reich et al. (1991) なんかの葉の寿命 (これまた私にはナゾな概念なんだけど) が葉の特徴とどう関連してるか， それを屋久島でやってみますというもの． 甲山さんの照葉樹林とーくは興味ぶかいものであったが， これら常緑広葉樹どもの複雑怪奇さにはめまいを覚える．
• 1750 研究室発． 1800 帰宅． 体重 73.0kg． カエデやせか?
• 晩飯くったらいきなり寝てしまった． なぜばててるのだろうか． で， 目がさめると 2200 すぎ． イヤなので放置しておいた釧路雑用， 腐れた J-STAGE 要旨データと手もとの登録者情報を連結する 作業やりますかね． ダミーデータとか二重登録まぬけとかを削除して， 掲載順位とかを指定しないといけないんで．
• 3 時間ほどかけて 変換作業終了． そのうち半分ぐらいは不良入力者ども対策処理 special.txt を書く手作業， 残りはこういったファイルなど読ませて動かす 自動処理のプログラミング． ともあれ， イヤな作業が本日の合計数時間で完結したのはスバらしいことだ．
• しかし， 次回以降どうするんでしょね． 数日間を費すゑくせる手作業でもやるのかしらん． まあ， 入力者に講演番号いれさせたりすれば多少は照合手間はぶけるけど， それはそれで新しいエラーの原因になるしね．
• 夜中にプログラミングとかやると眠れん． たすけてー
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． 卵炒飯．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1910): 米麦 1.0 合． ハクサイ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．

2004 年 06 月 30 日 (水)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． 0950 自宅発． 曇． 1000 研究室着．
• 昨晩というか今朝というか Perl プログラムで生成した釧路なデータを先方のサーヴァーにアップロード．
• ついでに， ということで以前から 放置しておいた釧路雑用にちょっと手をだしてしまったんだが …… これで午前中が終ってしまった． 最悪だ． オモテからは見えない部分の変更あれこれあったにせよ …… やっぱ時間かかるわ．
• 雨， か． 北大構内走でもやって気分転換したいところなんだけど．
• ちょっと次なるぎょーむを列挙してアタマの中を整理してみるかい． 研究方面では
  • 苫小牧直径成長モデリング --- 計算処理・作図の自動化をススめて次の一手に備える
  • カエデ論文の修正 --- とくに時間変動けしさりの証明
  • アカマツ論文の修正 --- まずは折れ線回帰の説明を， さっさと ……
  • ぱいぷ樹木論文 …… まだ何もススんでない!
  • 釧路大会の 自由集会 の準備， など
  なんつーか能力の限界とゆーコトバが脳内で明滅しますなぁ． 最善のばあいでもこれらが全部が片づくかどーか， というような． なんだかいきなり苫小牧な leaf miner 問題とか入ってきそうで恐い． で， ザツなやつらとしては，
  • 8 月あたまの おーぷんゆにばーしちー のポスター (対応する現在の Web 版は これ ) …… まあ， てきとーに
  • 釧路大会雑用 (1) J-STAGE な要旨集の体裁を整える (7 月上旬): これは傭兵まかせ
  • 釧路大会雑用 (2) こちらの Web な要旨集 (7 月下旬): これは印刷版をつくるついでに， 傭兵必要
  • 釧路大会雑用 (3) 印刷版要旨集 (7 月下旬?): これで釧路大会雑用という牢獄からは釈放される， 校正傭兵が必要 --- 昨日の雑用処理で要旨データはだいたい 「ほどけた」 状態にあるのでそれほど面倒にはならんだろう， と期待したい
  • 釧路大会雑用 (忘れてた) けーたい端末 web: まあこれは論文書きとかにいきづまったら， ということで
  あいかわらずスケジューリングが破綻してる． いかん．
• 苫小牧直径成長のほうを先にどうこうしたいところではあるが …… 行程進捗のよめんカエデ論文の 計算の説明変更などをまとめておいたほうがよいのかな．
• そういや， 最近は釧路大会妨害のための 多種多様な自爆メイルによるテロが少なくなったな． やっぱりイラク情勢とも何か関係があったのだろうか? くだんのちょー大型弾はまだ不発状態だったな． これはあと 2-3 週間ぐらいは放置できる．
• などと思ってたら突発的な釧路大会雑用メイル， 小さいのが二連発． J-STAGE がらみでぐだぐだ言ってきたのは， たぶん先方のサーヴァーがへぼいせいだな． もう一方については， うーむ， とアタマをひねってるうちにプログラム編成の大原さんからお電話とかですね ……
• うーむ …… J-STAGE ぐだぐだに関しては， こちらがアップロードするファイル内の各行の途中で \t\t として「なにもない列」 いれろなる不思議な作法を強要されてたんだけど (下に示してる例では講演番号のうしろ; これは変更ずみ)，

  	000028	r			0
  	000029	r			0
  	000030	r			0
  	000031	a	O1-V30		0	680
  	000032	a	P3-069		0	511
  	000033	a	O2-V03		0	684
  	000034	a	P3-142		0	584
  	000035	a	P3-143		0	585
  	000036	a	P3-034c		0	476
  

  ついつい \t としていた， というオチだった． そのうしろに重要な列がきてるんだから， エラーぐらいだせよ． とりあえずプログラムなおして make して再アップロード．
• 朝からくだらないことばかりで時間が失われてしまった． イヤな作業だからといって， こういう細部のテをぬいたらますますイヤなことになってしまう， というとても教訓的なハナシでした． イヤな雑用のときこそ いよいよ慎重に (二度とやりなおさなくてもいいように)． 時刻はすでに 1430． 昼飯．
• なぜかしらやらなくてもよい講座内雑用を． あした， Trendy セミナー あるんだけど， その reminder を半自動で発信するようにしてみる …… うーむ， ezmlm をあざむくことに失敗してしまった． だめだな．
• カエデ論文については， アンサブル平均で時間変動消去の式による証明にまちがいナシ， の確認しかできんな． 繁殖量を条件つき生涯繁殖量 ( cR0 とか Rc0 とか 書けばよいのか?) にするかどーかも， よくわからんし．
• というようなことも整理できたんで， 苫小牧直径成長問題にとりくむ． まずは作図の自動化だな． ややこしい混合モデルにしてから， 作図プログラムをそちらに対応させずに放置してきたんだよねえ ……
• で， 放置してきただけあってなかなか難しい． 以前のやつのも， こうアタマがいたくなる方法で対処してたからなぁ． 何が難しいといって結果出力を解読させないことには センを描画する式がきまらないのである． しかも 1998-2003 年の 6 本を別々に描かんといかんし．
• と思ったら敵国語メイル． ふーむ， PopWave のソースコードが見たい． そりゃ， おみせしますけどこれって Perl で書いてあって， しかも悪いことに (このプログラムだけは) なぜか日本語でコメントとか書いてるんですけどねえ ……
• とうだうだ返信してたら， 苫小牧ボスからなんだか計算のほうは進捗してないわね (久保脳内訳) ということで， ミズナラ & アオダモ & サワシバ の観測データが送られてきた． どうやら， これまでの樹種にくらべて， いろいろ難しい問題があるらしい …… 当年の光合成量が影響してるかも， とか． ひー
• で， 鍋嶋さん謹製の R による自動作図の結果がいつのまにか wiki 上にアップロードされていたので， それを拝見する …… うーむ， じつはイタヤカエデとオオモミジが別種のくせに年変動が同期してる， ってことのほうがヘンだったわけかしらん． まぁ， 1999 年ってのはノストラダムスが予言していただけあって， どの樹木にとっても「良い年」だったみたいだけど． いや， アオダモは逸脱してそうだなぁ． ミズナラとアオダモは 環孔材 か．
• しかしこのように図をつくっていただくと， 統計モデリングにはすごく役にたつわけで …… かかる年変動 & 月変動を生成しうる確率論的モデルとは， という視点でアタマの中を整理できる． すると新しいアイデアもでる．
• どうも光合成気象値と代謝気象値の影響のしかたが月によって異る， あるいは樹種によってこの両者の相対的な重要性が異る， というようなモデルで説明できる範囲にあるような …… で， 現在のモデルでは前年の光合成のほうを重視しすぎてるのかも．
• とりあえず， 光合成気象値の計算を前年の 6-9 月に限定する． 小さなバグがあってちょっとてこずってしまった …… で， これだけでアサダの成長を説明させようとすると …… やはり「暑いほどダメ」なるヘンな結果がでるけれど， 今まで得られたものとは異る． ここまでは予想どおりだ．
• どうすればよいか? 前年の影響単独で何もかも説明させようとするからこうなるわけで， 前年・当年の影響を同時に推定させればよい． 当年の影響が相対的に重要である， と示せたならばそれはたとえば「可塑性の高い樹種」 などと呼ぶことができる …… いままでやってきた計算でもこういう推定結果はだせたんだけど， 光合成気象値を計算させるところで 「自由度」 が高すぎた． これを制約すればこうった描像がより鮮明になるかもしれん．
• で， 6-7 時間かかりそうな推定計算開始． 明朝には終ってるでしょう．
• さて， 浦口さんとカエデ論文相談． いつものごとく計算は神速にて片づけられてしまっている …… やはりプロセス間相互作用はここでは「無意味」とわかった． めでたい． 問題は開花モデリングだが …… 推定結果をながめてるうちに関数型を変更すればよさそう， とわかった．
• で， 今日はへっぽこ雑用と直径成長仕事ばかりやっていた私には 宿題ばかりが積みあがっていくわけでして ……
  • 開花モデリング， glm() では解けない 最尤推定問題を解決する関数を構築する
  • 条件つき生涯繁殖量に関する appendix を書き直す
• 2350 研究室発． 2400 帰宅． 体重 73.0kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどうしてない ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2420): 米麦 1.0 合． ハクサイ・ニラ・エノキダケ・豆腐のカレー．