ぎょーむ日誌 2004-06-(11-20)

2004 年 06 月 11 日 (金)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． 1010 自宅発． 晴． 1020 研究室着． Matt に地震のこと聞かれる． そう今朝がた 揺れたんだよね． 私は眠れなくて起きてました．
• 今日も一日， 釧路大会雑用に時間を搾取されまくる予感．
• 本日 1400 まで延長された要旨登録なんだが …… 昨日わざわざ Jeconet という生態学者のたくさんいるメイリングリストで 「さっさと登録してくれ」 と呼び掛けたのに， 登録してくれたのは十数名． 残り 40 名ちょいはどうすんの?
• しかしまあ「要旨を代理登録してくれメイル」 とかも来なくなったので， 私としてはおちつきを取りもどしつつある． 最悪の時はすぎさった， のだろうか．
• 皆さんが登録した要旨はどうなるのか? とうぜんこちらにダウンロードされるわけだが， それはまた意味不明な「ダウンロードツール」 (どうせゐんどーづでしか動かんやつだろう) とやらを使わねばならない． しかもそれがわざわざ北海道まで 宅配便 で送る， とか言ってる …… いったいどういう時代に生きてんだろーね， この連中は． よけいなコストばかり発生させて， 効率の悪い意味不明なことを．
• で， このようにちっともインターネットを活用できてないのに ``Web エキスパート企業'' とか僭称してるところからゑくせるファイル投げ込みテロ． どんな複雑なデータがはいってるのかと思いきや， CSV ファイルにしてみるとこれだけの内容． やれやれ．

  ,"演題分類内部コード",
  ,,
  ,"内部コード","演題分類"
  ,"A","シンポジウム"
  ,"B","一般講演"
  

• こういうの見てると， 日本のソフトウェア会社って基本的な問題解決能力が 欠如してんぢゃないの， と思いたくなるねえ． ま， ゑくせるファイルなんぞもらって嬉しい馬鹿な客も多いんだろうけどさ． しかしですね， たぶん Amazon とか Yahoo とか Google とかだったら， こういう 「何も考えてない」 策ははぜったいにとらないだろうね． コストの側面だけでなく， 信用にかかわるから．
• 大会雑用メイリングリスト， 液晶プロジェクターがどーのこーの． 私はその案は危なすぎると警告してみる．
• などとぢたばたしてるうちに午前終了． 私もオワってるな …… 実際のところ． しかし「ぎょーむ日誌」 書けるのは復調のきざしかもしれん．
• ということで， 印刷版大会プログラムの図版「文字いれ」 コード書きの作業を試みてみる．
• 1330-1440 工藤さんの代理で研究科の図書委員会に出席． 2F 談話室． 係長のハナシを聞くだけ． 研究室にもどって昼飯．
• 1400 すぎたんで， J-STAGE の生態学会大会要旨うけつけが止まってしまった． この延長期間に新規登録された件数は 13． 少ないよなぁ． 依然として 40 件以上が未登録のままだな．
• ちょっと R で計算してみよう． 800 件の要旨のうち 40 件がない， という状況だとする． このときに 1 ペイジあたり 4 つの要旨を配列するとして (合計 200 ペイジか!)， あるペイジに「ギャップ」ができる確率を計算してみる． これは二項分布になるから

  > round(dbinom(c(0:4), 4, 40 / 800), 3)
  [1] 0.815 0.171 0.014 0.000 0.000
  

  1 ペイジ 4 要旨のうち 1 個が欠落する確率が 0.171， 2 個が欠落する確率が 0.014， それよりたくさん欠落する確率はほぼゼロ． うーむ， これはがまんできる状況， というべきなんだろうか．
• とりあえず釧路市まわりの地図を完成させる． これで「空港まで歩いていけるだろう」 と錯覚して途中で疲労凍死する生態学者の数がいくらか減るだろう．

[釧路市周辺]

赤坂君が出自のアヤしげなるソフトウェアで作った 文字なし地図のうえに， LaTeX のpicture 環境の overlay わざで 文字を重ねたもの． 道東でもこれぐらいの範囲をとると領域内に数百人が住んでるらしい (なにしろ人口密集地なので)．

• biometry 上の「被度」議論いよいよ面白い． 粕谷さんのご意見は ordinal logistic regression やるべしとのこと． R では Design package にlmr() という推定関数がふくまれている， とのこと． 試しにインストールしてみる． Hmisc package も必要であり， これをインストールするには R-1.9.0 以上が必要である．
• 今度は会場図にとりくむ …… がペイジ内レイアウトとか決めたところでチカラつきる． 2130 研究室発． 2140 帰宅． 体重 72.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.7 合． ニラ・エノキダケ・卵の炒めもの．
  • 昼 (1550): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2230): 米麦 1.0 合． セロリ・キムチ・卵炒飯．

2004 年 06 月 12 日 (土)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー．
• とりあえず． のんびりと． 怠業する．
• が， でれでれとばかりしてられんので， 会場図に文字いれる座標指定など．

  \boxtransp	1100,00		入口
  \transboxC	50,520	20mm	\large A 会場
  \transboxC	640,520	20mm	\large B 会場
  \transboxC	390,520	20mm	\large C 会場
  ……
  

  なれるとこちらのほうが正確で速い． もちろん電気鼠にいらいらさせられず気分もよし． もちろん原図の拡大縮小にも対応できるように作ってある．
• しかし「トイレ」の位置は原図みないとわからんので中断． 1500 自宅発． 曇． 駅のまわりの本屋をうろうろ． 1630 研究室着．
• しかし仕事ススまず． 2130 研究室発． 2150 帰宅． 体重 73.2kg． 晩飯． ほぼ怠業で一日が終った． こういう日も必要である．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): シリアル．
  • 昼 (1400): そうめん． トマト．
  • 晩 (2300): 米麦 1.0 合． セロリ・ニラ・マイタケの炒めもの． トマト．

2004 年 06 月 13 日 (日)

• 1000 起床． よくねた． 朝飯． コーヒー．
• いつまでも怠業ばかりしてられんので， ぼちぼちと図のしあげなど． 会場図に文字いれ終了 …… 時刻はすでに 1240 か．

[会場図]

いわゆるラムサールセンター． なかなかに奇怪なカタチだ． 平林さんが Adobe Illustlator でトレイスし， EPS 出力したものに， 私が例によって LaTeX の picture 環境かさねワザで文字いれしたもの． この下に釧路プリンスホテル (5 分ほど離れたところ!) の会場図がつく．

• つぎに印刷版大会プログラム全体の修整． これは数日前に平林さんチェックによる たくさんの修正点のなおしが中心となる …… なかなか苦闘したんだけど， 1700 ごろにどーにかこーにか．
• とりあえず遅い昼飯．
• 1810 自宅発の北大構内走発． 晴． ゆっくり走る． 走ってるとときどきは良い考えが とどこおってる苫小牧直径成長モデリング 1905 帰宅． 体重 72.4kg． 効能あるかどーかわからんけどまずは水シャワーでヒザ冷却．
• 2030 自宅発． 2040 研究室着．
• 印刷版を印刷出力して点検など． 公式サイトの 参加者名簿 で発表の日時や会場を確認できるようにする． もはやいくらなんでも日程変更ありえんだろう， とゆーことで．
• 2350 研究室発． 2400 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1810-1905． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): 米麦 0.7 合． セロリ・ニラ・マイタケの炒めもの． トマト．
  • 昼 (1710): バナナ． トマト．
  • 晩 (2415): 米麦 1.0 合． ピーマン・ニラ・キムチ・卵炒飯．

2004 年 06 月 14 日 (月)

• 0940 起床． あいかわらず時差があるなあ． 朝飯． コーヒー． 1020 自宅発． 晴． 1030 研究室着．
• 4 週間連続の釧路大会雑用はイヤだ， 今週こそはこの牢獄からの脱出を …… という願いもムナしく， 本日もまる一日が釧路大会雑用のために失われてしまった．
• 印刷版大会プログラムのしあげ， という作業． とりあえず， 校正傭兵を募集する． 結局のところ二名が応募してくれたので， 個別にチェックしてもらう． それぞれ別の問題点をみつけてくれるので面白い． ふーむ， 「セロテープ」 は商標なのか ……
• で， 私はつぎつぎと指摘される不備な点を直していくわけですよ …… すると自分でも「こりゃまずいな」 というところに気づいたりするので， さらにそれを修正 …… という作業にあけくれたわけですな．
• アヤしげなソフトウェア会社から， CD-ROM が送られてくる …… Java なアプリケイションソフトウェアですか． Java Runtime Environment (JRE; あたりまえのよーにゐんどーづ専用) のインストーラー 8MB のぞくと， のこりは合計 1MB のファイル． こんなの CD-ROM に入れて極北の僻地たる札幌に宅急便で送るわけ， か? どういうコスト感覚だ．
• ぢつは Java なソフトウェアはまったく使ったことないんで， 泣く泣く講座の共用ゐんどーづ機で実行． とりあえず要旨ダウンロードできることわかった． しかしこんなのブラウザーでもできることなのにねえ．
• おふらんす 帰りな宣教師殿から， ワークショップの様子などうかがう． 今回は 250 名ばかりも参加したそーで (日本からは 5 名)． 250 ってのは前回にくらべて数倍にふくれあがってるな． おっと， 同じく無事に地中海方面からもどられた 竹中さん からもメイルが． そして釧路大会雑用に関していろいろとまた助言をいただいた．
• 夜になっても「直し」が続く …… いーかげんに釈放してくれ．
• そして平然と「要旨入力しめきりに間に合わなかったんで」 どうにかしてくれ， メイルも一日 1-2 通． ぢつはこの件に関しては爆弾かかえてるんだよね． くだんの， 私では解決できない， というやつ．
• ま， だれも J-STAGE 上の要旨なんて読まないんだから， あまり気にやむことはないんだけど． だってさ， 検索エンジンにひっかからない情報って， 誰がわざわざ読もうとするわけ? ありていに言って情報公開というより情報隠匿だな． 役にたたないお役所系組織が， あたかも世の中に貢献してるかのよーに偽装するための．
• 印刷版大会プログラムを 3000 人に郵送配布 …… ってのもムダなお仕事だな． だってさ， これが二十数万枚の A4 用紙と百万円ほどのお金を費して， みなさんのお手元に届くのは来月あたま． しかしこれの PDF ファイル (たったの 500 KB!) は今週中にもネット上で公開されるんだよ．
• で， そのムダな作業を実現するための組版づくり， 夜中すぎにだいたい片づいた， よーに思う． というかもうバテたので撤退． 2500 研究室発． 雨． 2510 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどうしてない
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): バゲット．
  • 昼 (1630): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2130): 研究室お茶部屋． 食パン．

2004 年 06 月 15 日 (火)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0940 研究室着．
• さっさと校正すませて印刷版大会プログラムを提出してしまうべきなんだが …… ヤル気ゼロなんで， とりあえず昨日の Java なダウンロードツールなるものを Vine Linux 上で動かす試み． ま， 誰か私と同様な不幸とゆーかまぬけな境遇におちいった ヒトたちのために， ということで．
  1. Sun の Java Runtime Environment をダウンロード: 今回は ここ から j2re-1_4_2_04-linux-i586.bin (13.52 MB) をダウンロードした． rpm 版もある．
  2. home に downloader なるディレクトリをつくり， その中で sh j2re-1_4_2_04-linux-i586.bin するとその場で伸張する． j2re1.4.2_04 なるディレクトリができる．
  3. くだんのヘンてこな CD-ROM から必要ファイルを 取って来る． 今のヴァージョンだと，

     	Config.xml
     	downloadtool.jar
     	proceedingconv.tml
     	proceedingconv2.tml
     	xmlconversion.xsl
     

     てなところで．
  4. runjar.sh なる sh ファイルを作ってみた．

     	#!/bin/sh
     	JVDIR=j2re1.4.2_04/
     	JAVA_HOME=$JVDIR
     	PATH=$PATH:$JVDIR/bin
     	java -version && java -jar $1
     

     chmod +x runjar.sh しとく．
  5. ./runjar.sh downloadtool.jar でだうんろーだーなるプログラムが起動する． 標準出力(!!) に趣旨不明な文字列を吐きまくるので， 気になるヒトは java -jar $1 >/dev/null とでもしておく．
  6. 起動したら「検索」 ですべての項目を表示．
  7. Ctrl+A で全項目を選択， ようやくにしてダウンロードできる． ラジオボタンよくみてテキストファイルだけ ダウンロードするようにしとく．
  で， まあテキストファイルになったら， いかようにも加工できるわけでして． ま， ゑくせりあんどもはこれをまた 呪われきった間違い混入しやすい状況に移すんだろーけど．
• で， と． 今週中にどうしてもやらねばならぬ作業， は
  • 印刷版大会プログラムを土倉事務所に提出 (おそらく今日中に)
  • 6/17 1400 までに要旨データをダウンロード
  だけだな． それ以外は何もやらんぞ． 何もやらん …… 何もやらなくてよいハズだ．
• 例によって例のごとく， J-STAGE の要旨サーヴァーのソフトウェアの設計は想像を絶してヘボいので (追加料金とるためワザとやってるんでは ってのは過大評価だったのかもしれんな)， 現段階では 「要旨の書き換えなどはできるけどある項目での 発表者数や所属機関を変更できない」 という状況なんだよね …… 何のことやらわからないと思うんだけど， これは当方にたいへん面倒な負担を二重三重に強いるワナとなっている．
• 「日本語」という 鉄壁の非関税障壁に守られた本邦ソフトウェア開発能力 って， こういうものなんですよ． とくに， 一般消費者ではなく「お役所な組織」あいてに商売やってるところは．
• で， 「要旨ダウンロード」 とやらをやる前に， 「遅れてきたんだけどよぉ， 俺の要旨を登録しやがれ」 な連中に対応せんといかんわけだが …… ぎゃー， このタイミングで一般講演するヒトがキャンセル !?
• えーと， ポスター発表だからこれはいつもどーりのキャンセル処理で良いな． やってしまうか． 口頭発表をキャンセルをやらねばならん場合は， データ処理プログラムの改造が必要なんだよね． しかし， こいつ一人のために 8/28 (金) のポスター発表する人の 講演番号がずれることになるわけで …… 明日からは一般講演キャンセルに関してはやはりこの処理法は使えんな．
• とりあえず， 印刷版の PDF ファイルの「最終版」(ホントに最終か?) を確定してしまって， 提出するか． するともはや講演番号は変更できなくなるわけで． よくもわるくも．
• で， 全 72 ペイジみなおしてみるんだけど， 文字をおうのがせいいっぱい， な状況． てきとーに片づけて， ファイルアップロード． 土倉事務所に あとはてきとーにやってくださいメイルだしてしまう． 時刻は 1259．
• するといきなり Matt の熱帯林な問題にまきこまれる． 今回はアブない推定がらみではなく， サンプリングされる期待種数問題なんで 数理的な問題に専念できる． 1 時間以上をついやしてしまった． 昼飯．
• その遅い昼飯後に少しでれでれとしてみる． 今日から阿寒で M1 実習なので， M1 の 4 名 + 助教 3 名 + 工藤さんはでかけてしまった． 甲山さんは今週の手術のため入院中． 露崎さんは昨年 9 月から南半球に逃亡中． かとー先生も道東で森林総研傭兵な任務を遂行中． ここ A 棟 7/8F にいるのは半分未満か．
• 釧路大会雑用から離脱するための雑用． まあ， 次にまた仕事やらされるときの準備， とか． 要旨データベイスをオンラインでひねくる． なんで私が「当日参加できますか」の返事を書かんといかんのかしらん， とアヤしみつつ返信かき． 印刷配布を担当する事務所とのよーわからんお電話やりとり． しばらく放置しとく (いつまで放置できるのやら) あれこれの確認， リスト化．
• 釧路大会な牢獄から出て， 社会復帰する作業としてこの期間に 不義理してた人たちにメイルなど書いてみる． また足寄にご栄転された 田代さん とか， いま産休とっておられる 小川みふゆさん とかその他の人たちですね．
• えー， さっさと苫小牧直径成長モデリングとか アカマツ解析の論文書きとかやるべきなんだが …… りはびりとゆーことで， 統計学本読みなど．
• そして雑用ばてぎみ 1940 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯．
[今日の運動]
• 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． コンブサラダ．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 食パン． 昨日から宣教師ふらんすみやげのチーズをいただいてる．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． チンゲンサイ・エノキダケ・豆腐のカレー．

2004 年 06 月 16 日 (水)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 1030 研究室着．
• なンか朝から統計学コンサルタント …… うーむまたしても群集か． しかも動物． 多種系の統計モデリングは難しいねえ． なンかですね， 種間相互作用が観測される variance を変化させてるよーに見えて， 実にナゾなんですよ．
• 今日は少なくとも昼間は釧路大会雑用なんぞやらん， と決意していたのだが …… 紙資源・送料・手間を著しくムダにする あの印刷版大会プログラムの PDF ファイル作りなおし命令． フォントが埋めこまれてないと製版フィルム作れませんたぁ， どこのへっぽこ印刷屋のいいぐさだ．
• しかし Vine のフォントをうめこむっつーのは， 品質面で不安がある． たぶんぢゃぎーになるだろう．
• 不幸中の幸いでお茶部屋 iMac にインストールできる Adobe な Acrobat6.0 あったことを思い出す． 昨日， 研究科の会計掛がシール貼りにきたときに (ソフトウェアに!)， 講座内さがしまわって甲山さん部屋で「死蔵」されてたのを 見つけたんだよね． たぶん昨年度末の予算消化のために購入されたやつだろう．
• MacOS X 上で 「フォントうめこみ」 なる莫伽げきった無意味な作業を試行錯誤で解決した:
  • 釧路大会印刷版プログラム PDF ファイルを Adobe Acrobat 6.0 で Postscript ファイルに変換する; オプションでフォントぜんぶを埋めこみ指定 (ひょっとしたらこの工程を二回くりかえす必要がある?)
  • そのように Postscript 出力されたファイルを 今度は Adobe Distiller で再 PDF ファイル化; このときに Distiller の設定でもフォント埋めこみ を明示的に指示する必要あり (ふつーはそういうあほうなことはやらないから)
  で， もともとは 72 ペイジありながら 0.5MB ですんでたファイルサイズが 3 倍にふくれあがった． もちろん後日にネット上でばらまくのは軽量版のほうだ．
• ともかくこのいんちき肥大 PDF ファイルを京都でダウンロードしてもらう …… と片づけてみると， 時刻はすでに 1410． やれやれやれやれ．
• 統計コンサルタント業の補足説明的なつづき． じつは動物生態の研究室でも統計学を使ったデータ解析なるものが すごくよく理解されていない ってのがよくわかった． ハナシとぶんだけど統計ソフトウェア R が普及していくことによって， 生態学者たちのあいだで 「ちゃんと理解して使う統計学」 だの 「データ処理自動化」 だのといった自然科学者としてまっとうなデータのあつかい が広まったりしないんだろーか?
• ま， ソフトウェアが変わったぐらいで何が変わるか， という気もするんだけど． しかし， 「誰でも同じプログラミング可能環境を手軽に共有しうる」 状況ってのは， 人類の自然科学の歴史の中では初めてではなかろーか? Perl とかはけっこう OS 間の差にキビしいものがあったし， Mathematica とかは有料ソフトウェアだし． だとすると画期的だねえ．
• 昼飯わすれてきたので生協で調達． 昼飯．
• 社会復帰しようとしては， また雑用そこなし沼に引きもどされる …… とゆー悪しき現状に呆然とさせられる． すこし気をとりなおして， とりあえず苫小牧ボスにおわびメイルなど書いてみる． 脳内ホワイトアウトぎみな状態で作文を試みると， おわび字句とかにあまり悩まなくてすむのが利点だとわかった．
• 鍋嶋さんと私は R によって計算プログラムを共有・共同開発できる状況にある． 嗚呼， しかしまぬけな私が推定計算高速化のために 呪われ言語 C で 拡張モジュール を書く， といったワザに手をだしてしまったので， こっちでしか計算できないんだよね． ゐんどーづでも MinGW とか使えばコンパイルできるハズなんだが …… そういえば苫小牧にもこのあたり詳しそうな御仁が一人おられたなぁ．
• 釧路大会雑用メイルは無視無視状態だが， とーとつに流れた 「協賛および広告掲載のお願い」 なるアヤしげな草稿の 「平成 116 年」 なる記述には思わず深く考えさせられるものがあった． 君が代は， じつに千代に八千代になのだな． なになに， 日本生態学会は今年も「50 周年」， ですか． こちらは永劫回帰のウロボロスか． いづれにせよ神話的だ．
• そうか要旨集とやらは広告ものせんといかんわけね． まあ， このへんはまだとうぶん放置しとくけど．
• 昨日今日と雑用離脱を試みてるうちに気づいたんだけど， ちょっとでも釧路大会雑用やると夕方ごろには アタマがかなりばてるようだ． 研究なら一日やっててもそうならないような気がするんだが ……
• あるいはやはり日中に北大構内走しないと， アタマが「りせっと」されないのだろうか? なんか私のアタマってできの悪い OS みたいだな． 雑用によってメモリリークが発生したりする ……
• ともあれ， りはびりもススまんので 1750 北大構内走発． 晴． しかし涼しい． 1835 帰着．
• 気分は改善されるもまっとうな仕事はススまず． 社会復帰への道のりは遠いのか． 2020 研究室発． 2030 帰宅． 体重 73.4kg． 体重はもどらなくてもいいんだけど．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1750-1835． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1500): 生協購買部で買ったサンドイッチ． クラーク会館で．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・エノキダケ・豆腐のカレー．

2004 年 06 月 17 日 (木)

• 0900 起床． 昨日はアタマ重いとゆーかカゼぎみだったので， 夜に vitamin C を大量摂取してみた． すでにこの世のものならざる L. Pauling の執念か， マシになってるよーな気がする． 朝飯． コーヒー． 0940 自宅発． 晴． 0950 研究室着．
• 釧路大会雑用 …… などはやらない． じつは本日 1400 に 「既登録データの書き換え不可」 なる． 昨日までは締切なる抽象概念の非現実性を主張する生態学者数名の 要旨を「登録」していた (dummy entry の書き換えによって)． 今日も 1400 までそれは可能なんだが， さすがにそういう要請も尽きたよーだ．
• しかし， 要旨未提出問題に関してはかなり危ない爆弾も放置されたままだ． 解体処理は成功するのだろうか? これは私の仕事ではないんだけど．
• おみまいメイルいただく: 「釧路大会が終わるまでは (中略) 何かと大変だと思います」 …… ぢょーだんではありません! 私はこのあと， おそらく今月末ぐらいに， 要旨集の組版さえ片づけてしまえば， 戦闘状態が継続している釧路大会雑用からはただちに「撤退」します． すでに十分すぎるほどの取りかえしのつかぬ犠牲が発生してしまった …… そう言われてみると， 大会参加者からの何か利己的な目的によるメイル投げ込みって， 狂信的な「自爆テロ」に似ているものがあるなぁ． 自爆テロに終焉なし． 撤退だ撤退だ．
• 社会復帰への道は …… とりあえず苫小牧直径モデルから着手するか． これはいそがないといけないし． 苫小牧ボスご教示の論文など点検してアタマの暖機運転．
• そして苫小牧気象データのみなおし …… だけで昼飯前の仕事が終ってしまった． まあ， ゆっくりしてられる状況ではないものの， ぼちぼちと．
• 1420-1500 北大構内走． 晴． 暑い． 昼飯． 今日も一人で A801 の留守番をする平林さんと統計モデリング検討．
• 昼飯前は間違ったデータあいてにアタマひねってた， と発覚． りはびり中にはありがちなことです． 鍋嶋さんによる変換計算ずみのデータにとりくむ．
• そうか， 気象庁データで補完してるから， w.data$est.mean.temp と w.data$est.mean.vpd だ． しかし条件付日平均 vpd ねえ ……
• などといろいろヒネくって …… vpd が光合成気象値に影響する新モデル， これを使った推定計算ができるようにする． 計算は A801 の Dell 機にやらせてみる． 時刻は 1815， か．
• この計算は全部終了するまでにたぶん 6-7 時間を必要とするんだけど …… なんか途中経過を見てると， vpd もまたかの見捨てられた降水量 (加重平均値化) と同じく 「この年は『天気』が悪うございました」 と教える情報源になっとる可能性もあるような． 嗚呼， どうなることやら． ボス殿激怒は何としても避けたいところだ．
• そぼくな疑問として， 飽差が小さければ小さいほど 光合成にとってホントにより良い環境なのだろうか? だって水蒸気分圧の差が無かったら (ポンプとかあるわけでもないんで) 葉の内→外に水蒸気は移動しないぜ． 排熱できねーよ …… ちょっと待て． 飽差の計算って， 外気温と葉内温度が等しい， と仮定してるのか? 少なくともよく見る vpd = (気温の関数である飽和水蒸気圧) × (1 - 相対湿度) なる近似式はそう考えてるようだな． これでホントに OK なの?
• すぐに熱的平衡に到達する， と考えてるのかしらん?
• もひとつの問題になりそうなのは， いつものごとく「日」平均なんちゃらだな． 今回追加された vpd にいたっては 条件付期待値のカタチだし． さて ……
• 塩寺さんの人徳で獲得した遠州 & 薩州のお菓子をいただく．
• 推定計算のほうはまだ全体の 10% も終ってないけど， だいたいの予想はついた． たぶん面白くない結果になると思われるので， 試みに樹木サイズという変数を「選択」から「必修」に切り替えてみる …… お， いろいろヘンな推定が得られつつあるぞ． 今晩はこのまま放置しとこう．
• 2020 研究室発． 2030 帰宅． 体重 74.0kg． 釧路大会雑用ばてやせのゆりもどしか? 晩飯．
• 霜月さん から統計学 & データ自動処理 & R モジュールコンパイルについて興味ぶかいご意見と情報をいただく． これに対して私があえてひねくれた悲観的な観点をとるならば， R が使われるようになったからといって， 悪しき現状がすぐにでも改善されない可能性は指摘できるだろう． しかし， こういう面白いことを言うヒトたちがぽつぽつとあらわれてきた， ということは生態学とか呼ばれてる分野に また別の面白さが生じつつある兆候なのだろう． いや海外の学術誌などながめればわかるように， いまやはっきりとした趨勢ではなかろーか．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1420-1500． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・エノキダケ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1510): 研究室お茶部屋． 食パン． チーズ．
  • 晩 (2220): 米麦 1.0 合． タマネギ・トマト・ピーマン・コマツナ・エノキダケ・ホタテ の炒めもの …… のつもりがずいぶんと煮物っぽくなってしまった．

2004 年 06 月 18 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• 昨晩やらせていた推定計算は 7 時間ほどかけて 0318 終了， か． 計算のやりかたにもう少し工夫が必要か?
• で， 強制的に dbh.log 項に依存する， と仮定した計算だと． 推定値は

  	scale.log
          -1.02724964
  	const            dbh.log        dbh.log.sq
  	-6.06808777      5.04546525     -0.71576079
  	dbh.log:ps.prev  mb6 
  	-0.00322468      -1.05195074 
  	
  	temp.center=16.0/slope=0.3
  	ppfd: factor=0.02
  	vpd: factor=0.20
  	temp.mb: center=20.0/slope=1.2
  

  といった奇妙なものになるか． 定式化の段階からよく検討せんといかんな． 最大化対数尤度が -629 あたり， と尤度的には悪くはないんだが (降水量モデルとの比較において)．
• 念のため， 新しくした気象フィルターについての検算やってみるけど， まぬけミスは無し． やはり推定計算が「ヘン」なのだ． えーと， dbh.log をふつーの項としてあつかった場合は dbh.log:mb6 (+), ps.prev(-) とゆーような組み合わせが最良だったかな． というかどういう気象フィルターパラメーターにおいても， だいたいにおいてこの組み合わせだった． モデル選択関数は大丈夫なのかしらん．
• とりあえずの策がないので， vpd ぬきな気象値で計算させてみるか? 今回は dbh.log についてはおまかせにして， と． サイズ依存項 dbh.log を「必修」にしてしまうと， やはりちょっと推定結果がぎこちないような気がする．
• いやいやいっそのこと光合成・代謝の両面について， 気温だけが影響するという極端モデルはどうだろう? もはや苫小牧ボスの意向無視しまくりではあるんだけど， 私としてもよーやくにして 気象データなるものの複雑さ・面倒さが理解できつつあるんで． 気温だけなら 2 時間弱で片づきそうだな．
• まーたまた， 釧路大会を阻止するために わーどファイルを抱えて飛びこんでくる自爆テロが発生． なぜそこまでして Bill Gates 師への忠誠を誓うのか …… 彼が天上の楽園にいたる階悌を準備してくれているとでも? あるいは何か弱みをおさえられてしまっているとか． ともあれ， 放置だ．
• 気温だけに依存モデル， 1 時間で計算結果でた． ふーむ， 新しく導入した単調増加型の気温フィルター， 文字どーり完全にウラ目に出てるね (最良モデルに関しては)． vpd うんぬんの問題以前に， 気温フィルターがよろしくないかも， と特定できた． さーて， どうしたもんかいのう． 時刻は 1135．
• じゃ， 気温 → 光合成なモデルだけやってみる． これは 7 分ほどで片づく． やっぱぜんぜんダメか． フィルターのパラメーター範囲を変更してやりなおし …… ふーむ， やはり光合成に関しては， 「気温の高すぎる日」 は捨てなきゃいけないんじゃないの． 環境が統制された実験室で測定される光合成速度と， イヤらしい交絡だらけの 野外のそれのあいだになンか違いがあるような気がするな． 気温のキキかたについて． あるいは瞬間速度と長期にわたる同化量の違いとかに．
• 気温なるものが (これまた日平均気温なんだが) ある一日の光合成量を規定しており， さらに「ある年の夏によく光合成してるなら翌年の成長はよい」 ことが正しいと仮定する． するとこのような気温フィルターが最良， ということになる． つまり 18°C あたりがベストで 気温が低すぎたり高すぎたりするのはダメ， ということだ．

• もちろん， 上の仮定が成立しない場合もあるだろう． たとえば， 「ある年の夏によく光合成してるなら翌年の成長はよい」 …… これは一見もっともらしいけどホントなのか? そうでない場合もありうる． 例をでっちあげるなら …… ある年の夏によく光合成できたなら， その年の秋の繁殖に使ってしまうんでは? すると翌年の成長が悪くても不思議ではないよな． このよーに 「今年の光合成量が多いと翌年は成長がよくない」 なるひねくれきったハナシが正しいとすると， 気温は高けりゃ高いほどよい， という推定結果が最良モデルとなる． さー， どっちだ? 私にはわからんねえ ……
• 考えてもしょうがないので， 以上のような事態を報告にまとめて， 苫小牧ボスの裁可をあおぐことにする． 関数型が違うから単純には比較できんのよ (めんどくさくなったらそのまま比較するけれど)．
• 1425-1505 北大構内走． 曇 …… のはずだったんだけど走ってるうちに晴れてきた． 昼飯．
• まーた， 釧路大会がらみの自爆テロ …… 口頭発表をもうしこんでおきながら いまごろになって参加を取り消すハタ迷惑なすっとぼけが． たぶん最初からこれをネラって申し込みをやったにちがいない． プログラム確定後のキャンセル処理過程はまだ作ってないのに． えーい， 爆散屍体は放置だ． それにしても， 釧路大会ってのはどーしてこれほどまでに憎まれてしまってるんだろね?
• さて， 北大構内走前からやらせておいた推定計算の結果だが …… 代謝速度への気温の影響についても， じつに巧妙としかいいようのない最尤推定値を発見してくれますねえ． 成長のとても良い年を選んで 気象値が劣悪になる気象フィルターを器用にも構成しやがったよ． 針の穴を通すよーな， といいますか． 神の企みに悪意はない のかもしれないケド， 冗談はきつすぎやしませんかね?
• 代謝を表現する気象フィルターの探索レンジを限定． なぜ生態学のデータ解析で Bayes 統計学が必要とされつつあるのか， つくづく身をもって理解できたよーな気分．
• またキャンセリング自爆テロか． いや， テロ予告だな． 一般講演とりけし …… こいつも狙ってやがったな．
• 推定計算ぢりぢりとやりなおしてみたり．
• しかしチカラつきたので， 10 時間ぐらいかかる計算を命じておいて 1940 研究室発． 2020 帰宅． 体重 73.8kg．
• 釧路大会の遅延要旨爆弾突入テロ． どうやら環境省とゆーお役所では 上司に代わって下っぱが爆発物を製作して 自爆してみせるのが礼儀にかなった作法らしい． たぶん上司のほうは公開講演会壇上で自爆するんだろう． 私のまわりはどんどん死屍累々になってんだけど， ほーちだ．
• 今日はテロ厄日か …… 金はらったけど参加登録してませんどうにかしろテロ． さしづめ人質はとったから言うこと聞けやこら， というところか． 放置．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1425-1505． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． タマネギ・トマト・ピーマン・コマツナ・エノキダケ・ホタテ の炒めもの．
  • 昼 (1520): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． ニラ・モヤシの炒めもの．

2004 年 06 月 19 日 (土)

• なぜかしら 0700 起床． 朝飯． コーヒー．
• 苫小牧直径成長モデリングの wiki を作る， とゆー試み． これからぞろぞろと計算結果がでてきそうな予感がするんで．
• いーぐあいの曇天なので 1300-1405 自宅発北大構内走． 体重 73.0kg． もどって昼飯．
• ふと思い立って冷蔵庫の氷塊くだき作業をはじめる． 当家の冷蔵庫は冷凍庫もついてないちんけなやつなんだが …… これの問題点は庫内上部製氷室の金属板まわりに 氷が成長していくところにある． 半年も放置しとくと 2-3kg ぐらいになる． で， おそらくこれが成長の平衡点らしく， この状態に到達すると氷塊表面はつねに融解していて， 冷蔵庫内のものはびしょぬれになる． とゆーことで， 冷蔵庫の電源をきりしばらく放置してから， Kajitax のピッケルにて氷塊を破砕除去するわけだ． なかなか疲れる．
• 今日の新技法． 製氷室下面についたワイア (温度センサー端子?) を「埋めこんでしまった」氷塊の処理は難しい． ピッケルでは砕けないのでとけるのを待つしかなかった． ふと思いついてプライアーを大開口モードにしてはさんでみると …… おお， 簡単に砕ける!
• 1630 自宅発． 曇． 1640 研究室着．
• 今朝がた得られた計算結果は ……

  > best.model
  $par
        scale.log           const dbh.log:ps.prev             mb6 
      -0.92878989     -1.57157219      0.03576981      0.49610749 
  $wv
                ps.prev    ps.curr      mb6      mb7      mb8
         1998 13.925236 13.1849622 7.557026 14.23595 16.61032
         1999 13.184962  8.3887567 9.867192 16.72729 21.01737
         2000  8.388757 11.4914432 9.805522 16.73743 19.49500
         2001 11.491443 14.6874950 8.955332 14.72503 15.38883
         2002 14.687495 11.1427448 7.907630 14.18068 14.95248
         2003 11.142745  0.9587439 8.766372 10.47958 15.53957
  $aic
  [1] 1272.330
  
  > cat(best.model$wv.label)
  temp.ps: best=17.5/width=2.0
  ppfd: factor=0.02
  vpd: factor=1.00
  temp.mb: center=18.0/slope=0.2
  

  …… いっけん， いかにもそれっぽいふうをよそおってる． さて， 信用できるのだろうか?
• そしてこういうのと wiki をどう連動させるか， がポイントだな． けっこう手間かかりそう． どういう方法をとるにしろ．
• 過去 10 日間ほど国外逃亡音信不通だった大会実行委員長が， 本日は北米西海岸にて釧路雑用メイルの対応におわれているよーだ． うーむ， 遅延要旨がまだまだこちらに送られてきそーで 陰々滅々たるきぶんだ． これによって， またわーど爆弾かかえた自爆テロとか発生するのは間違いあるまい． そうでない通常型であっても面倒だ． 手作業は無理． 専用の処理系が必要． しかし傭兵も必要．
• 少しだけ釧路大会雑用． ここ数日の自爆テロの屍体処理． それから PDF 版大会プログラム ダウンロード できるようにする． これは 7 月上旬に紙資源と輸送費を大量に使って 全会員にばらまかれる印刷版大会プログラムと同じ内容．
• 近日中にまた Jeconet にでもアナウンスしますかね． 貧弱サーヴァーの負荷を時間的に分散させるためには， この時間差お知らせタイミングが重要である． とうぜん夕方以降の送信となる．
• 阿寒実習が終了， みなさん無事にもどってくる． おつかれさまでした …… とゆーか， ホントに疲れてるようで． なにしろすごい遠隔地だし． 自動車移動で 6 時間以上 …… 本州でいえば東京-京都間ぐらいか? 1ha プロットなんか作ってしまって， どうするつもりなんだろ．
• ふーむ． 査読者っつーのはごくごくいいかげんにしか読まない場合がある， ってのがわかった． 時間があれば反論したいところだ …… 反論と新規投稿のどちらが時間的なリスクが低いが考える必要がある． そういや， 私も査読ぎょーむがあったな． 締め切りは来週金曜日なんだけど， 今回は意外と時間かかるかもしれん． 苫小牧直径成長モデリングと アカマツ話のあいだにうまくわりこませなくては．
• 苫小牧で亡命生活を続けてる小菅せんせーから 真におそるべき情報提供をうける …… 嗚呼， 私は火薬庫のまわりで火遊びしてるうかつなガキのようなものだ．
• なぜかしら井田君・小菅君と晩飯を食いにでることに． 2220 研究室発． おお， これがうわさの「車高の低い」くるまですか． 北 3 西 2 の中華料理屋「暖中」． 2340 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1405． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): パンケイキ．
  • 昼 (1440): 米麦 0.8 合． タマネギ・トマト・ピーマン・コマツナ・モヤシ・エノキダケ・ホタテ の炒めもの．
  • 晩 (2240): 北 3 西 2 の 暖中 で中華料理あれこれ．

2004 年 06 月 20 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー．
• なンか暑い …… ということでだらだらと怠業してしまう． すでに昼すぎ．
• 1330 自宅発北大構内走． 今日もいいぐあいの曇天 …… しかし最後の 10 分はちょい雨ふりだった． 1435 帰宅． 体重 73.2kg． 買い物． 昼飯．
• また怠業． 1740 自宅発． 曇． 1750 研究室着．
• 着いたのはいいんだが， しばらくするとチカラつきたよーにかとーオフィスのソファで 寝てしまった． いったい何がおこったんだ．
• 日曜日の夜だというのに 仕事熱心なる苫小牧ボスからメイルが来ている． ということで， アタマを再起動して 過去二日間の推定計算について wiki 上で報告をまとめてみる． もちろんメイルでの報告も必要なんだが． なかなか時間かかるんだけど， やってるとあれこれ面倒が整理されてくる． 現時点で得られたモデルは悪くない．
• また計算を命じておいて 2345 研究室発． 2355 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1330-1435． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.7 合． トマト・卵の炒めもの．
  • 昼 (1520): 米麦 0.7 合． ゴーヤ・ニンジン・エノキダケ・卵の炒飯．
  • 晩 (2430): 米麦 1.0 合． ゴーヤ・ニンジン・エノキダケ・卵の炒飯． キャベツ・ニンジン・ブナシメジ・煮干の味噌汁． トマト．