ぎょーむ日誌 2004-07-10

2004 年 07 月 10 日 (土)

• 0820 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー．
• ミズキ・ホオノキ計算終了している． 合計 12 時間以上かかってる …… 標本数すくないのにこの時間のかかりかたは何なのだろうか． 両方とも「遷移初期種」ということなんだが， このあたりが影響してるのかもしれん． というのも， 小さい個体の成長が中大個体に比べて極端に悪いように「見えて」， このあたりの推定に苦闘していたようだ． ただし， これらの樹種が「小さいときに成長速度が悪い」 と考えるのは早計である． おそらく 「現在も残っている小径木の成長は悪い」 と判断したほうがマシという気がする． 苫小牧の森林の状態も絶えず変化しつづけてるわけで．
• ともかく結果を wiki にアップロード． うーむ， 8 樹種にふやすことに利害得失の勘定が難しい …… とゆーか， 損失に関しては現在のところ 「計算時間がたくさん必要になる」 以外はないのかもしれないけど．
• しかしながら， 時間ないと言いつつ怠業してみたり． 怠業．
• 買い物してから昼飯． 1400 自宅発． 曇． 1410 研究室着．
• 苫小牧直径問題， 推定計算プログラムを少し手直ししてみる． モデル選択基準 AIC の計算で， じつはパラメーター数のカウント方法に 自明でない部分があることに気づいたもんで ……
• 現在のパラメーター推定方法は二段階になってる． 気象値のある集合に属する すべての気象値のもとで AIC を最小化するようなパラメーターセットを決定し， つぎにその気象値集合の中で最良のものを選抜する， というしくみだ． つまり内側と外側の計算がある． 結論だけ言うと， 内側の計算では気象値のパラメーター数をカウントしないのが正しく， 外側の計算ではカウントしなければならない， と考えるべきだろう …… というかこの内側・外側というのは R で書いてる計算プログラムの都合 (つまり人間による理解のための便宜) にすぎないわけで， そんなものはないという言いかたもできるわけだが． ややこしい．
• ま， そのあたりに対応できるように計算プログラムを少しなおして， と． 結果はどうなるだろうな． たぶん年変動の大きい樹種ではいままでと同じだろう． しかしそうでない樹種ではより単純化されたモデルが 選ばれてしまうかもしれない．
• 1635 推定計算再開． 前回と同じぐらい手間がかかるとすると終了するまで およそ 55 時間． 今回の手なおしで計算時間が短くならんかな， と念じつつ， 各気象値において最尤推定値が収束していく様子を ちょっとモニターしてみたんだけど …… 気象値項の「コスト」が高くなってしまえば， また別のよけーな項が選ばれるわけで， 計算短縮化は無理かもしれん， とゆーかんぢ．
• などとうだうだしてたら， 雨がふってきてしまったので北大構内走に出れん． せっかくいい具合の曇天だったのに．
• いま実行している計算手順の再確認． 苫小牧ボスに現状奏上メイル．
• しかし， この計算もうちょい短くならんものかな． 全計算時間の 2-3 割がムダ計算時間なのは間違いないんだが， これを簡単に短縮する手段が思いつかない …… もうちょい， 発想をきりかえたらどうだろうか， 計算の順番を変える， というような ……
• こういうふうに変形できるなら， 10 倍ぐらいは速くなりそうなんだが ……
  1. 線形モデル部分のクラスを決める
  2. optim() で線形モデルのパラメーターの最尤推定値を計算する
  3. 最良気象値セットを線形探索する
  しかしながらこの順番でやると， たぶん 3. でおかしくなるよな． 関数 optim() が発狂して収束しなくなりそう． うーむ． やっぱダメか．
• うーむ， ぎょーむ日誌から情報削除しろというメイルがきたので削除． みなさん エコカップ となると目の色がかわるんだから ……
• 進行中の苫小牧再計算については， ちょっとだけ速くなってるもよう． しかし， 合計 50 時間は突破しそうだな．
• 上の変形案の番号でいうと， 現状は 3.→1.→2. である． えーと， 1.→3.→2. とすれば， 無駄計算は原理的には回避できるな． しかし速度向上はうまくいっても 3 割ぐらいだろう．
• むろん 3 割ならやる価値はあるけどね． あ， しかし光合成気象値と代謝気象値の分離がちょいめんどうか? いやいや， 別々に計算しといて， それこそ R の expand.grid() 関数を使えばよいだけのハナシ， だな． 残り時間が少なくなったおかげで， 検討すべきモデルが限定されてるしまい， このあたりはかえってやりやすい． 暗中模索時代にはこういう改造はできないわけで．
• しつこく 3. を最後にもってくるアイデアを通す方法を考える …… だめだ． 一般化線形混合モデル， より具体的にいうと 線形予測子をもつ混合ポアソン分布モデルの評価は， ネストする計算の「末端」でやるほかない． ということは R の optim() ヤメて自作の Nelder-Mead 法関数でも使うか? しかしたいして速くならんだろうな． 数倍速くならないと， 気象フィルターの パラメーター探索範囲がひろがらないんだよね．
• うだうだ考えたけれど成果なく 2030 研究室発． 雨． 2040 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): パンケイキ．
  • 昼 (1340): 蕎麦．
  • 晩 (2130): 米麦 1.0 合． キャベツ・ニンジン・タマネギ・セロリ・豆腐のカレー．