ぎょーむ日誌 2004-07-02

2004 年 07 月 02 日 (金)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 12 時間を要した苫小牧アサダ直径成長モデル (線形混合モデル, 確率分布は Poisson + Gamma の混合分布) の最尤推定の結果を wiki ペイジにアップロード． うーむ， 光合成気象値なんかについて「よい日平均気温」 の幅がとても広いんだけど …… よく考えるとこれの解釈は難しいかも．
  1. 生物学的には: アサダとよばれる樹木は 実際にいろいろな気温で光合成活性が高い (カエデのたぐいに比べて)
  2. 年変動パターンを説明する観点からは: (光合成は日平均気温とは あまり関係ないかもという場合を含めて) 光合成気象値の年間差を小さくする必要があるので 「幅」を広くとっている
  なぜ 2. のような解釈がありうるのか? 今回の推定結果が述べるところによると， アサダは当年の気温なんかの関数である代謝気象値に依存している． それに対して， 前年の天気で決まる光合成気象値は相対的には重要ではないからだ． しかし 「重要ではない」からといって， AIC 比較によるモデル選択では「前年の影響」 を削除できるほどでもないので， なるべく年間差の小さくなる気象フィルターを構成した， と．
• えーと …… 上の 1. と 2. はかならずしも常に対立するわけではない． 1. が正しければ 2. も同時に成立するだろう． 問題が生じるとすれば， アサダの光合成速度が各瞬間における気温に敏感である場合だ． ちょっとした気温の上下で光合成速度が変動するんだけど (つまり「幅」はせまい)， そのあたりの機微を日平均気温で表現しようとすると 「よい日」「悪い日」 の区別が難しくなる， という場合かな．
• とはいえ， 日平均気温を毎日の気温の指標にするという 大前提のもとにおいては， この推定結果では 1. が成立していることになり (日平均気温に関しては「幅」が広い)， その結果として年間差が小さくなるとしてよいのだろう． こういった切りわけは悪いものではない．
• いままで気象データなどという やっかいなものをあつかったことがないので， 苫小牧直径成長モデリングについては ときどき上のように整理してみないとアタマが混乱しそうだ．
• 毎年の 6-7 月の成長モデルを同時に推定するめんどうな拡張 …… これまでの推定プログラムと同じ結果を出すか確認しつつ， 改造終了． とりあえずの試験運転結果が得られる． 推定はもっともらしいけど， ひとつの気象値セットの推定に 4 分を費してる． これだと 1 日かかっても 360 セットしか推定できん． とりあえずアップロード．
• 作図プログラムつくりなおし …… 前のやつはあせって作ったからそうとうにヒドイな． もとがこーゆー状態だと著しく改善されていくように見える．
• という作業やってると， 苫小牧ボスからのご指摘メイル． そうか， 前年光合成気象値の影響が月ごとに変化していく， というモデルだった． 忘れてた． 予想どおりアサダの気温依存性の質問もあったので， 上で整理しておいた回答を返信してみる．
• 計算やりなおして， つくりなおした作図プログラムにほうりこむ． この気象値セットは 6 月の成長を説明するために推定されたものなので， そこはよいのだけど 7 月の推定はそれほどうまくいってない． やはり 6-7 月の成長をまとめて説明できるような気象フィルターを 探索させんといかんわけで …… 嗚呼， 計算時間はどうなるのかしらん．

[アサダ, 24 個体 6 年間の]

直径成長に (6 年間かわることない) 「個体差」があり， かつサイズだの前年・当年の影響を受けながらきまる， というモデルの推定結果の例．

• とりあえず， 64 とーりの気象値セットについて計算させてみる． 4 時間ぐらいで終了するか． 現在時刻は …… すでに 1450．
• 現在進行中の計算関数のチェック． たぶんこれで間違いないだろう． 1530 北大構内走発． 今日もいいぐあいの曇天． しかし走っても計算高速化のアイデアがでない． 着替えのシャツを忘れてきたんで， いったん 1615 帰宅． ついでにシャワーなど． 体重 72.6Kg． 1635 同発． 1645 研究室着．
• 苫小牧直径成長モデリングの 計算まち時間にカエデ開花確率の簡単化モデル， その推定プログラムを作ってみる． これは二項分布でありながら， glm() が使えん問題なので．
• まー， こんなの optim() とか使えば簡単でしょと思いつつとりくんでみたんだけど， ぢりぢりとしかススまず． ああ， すでに研究科のジンギスカンぱーティー (ぢんぱ) が始まってるのに …… (下の写真は A 棟 8F のかとーオフィスから 研究科前の芝生を撮影したもの; 100 人ばかりが七輪などをかこんでいる)

• 計算にいきづまってるときにかぎって， きちがいじみたメイルが (今朝うけとったやつもそうとうにヘンだったが) …… またまた釧路大会阻止するべく英雄的な自爆メイルテロ． わしの発表がプログラムにのってねーよー どういうつもりだ説明しやがれ， だと? てめーのはちゃんと p.49 に掲載されてるぢゃねーか …… このすっとこどっこいのとんちきめい．
• といった暴言は削除してから返信 (こういう思いこみの激しい粘着なアブないやつは 無視して放置しとくと事態が複雑化・悪化する可能性があるので， いちおー返信してやった)．
• カエデ開花の簡単化モデル， そうか 1 パラメーター推定問題に Nelder-Mead 法はかえって不利であったか． 勾配関数を定義するか， それとも二分法でいくか? ふーむ， R には二分法の計算関数とかないわけね． ばかばかしいからか?
• アサダ計算が 3 時間 50 分かかって終了したので (気象値セットは 64 個しか調べてない)， これをアップロードし， 開花確率計算はいったんほうりだし， 研究科ぢんぱに参加する． 時刻は 1850．
• 楽しく羊肉なゆうべをすごしてから， 2130 ごろ片づけ． 2210 研究室発． 2220 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1530-1615． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． タマネギ・ピーマン・ニラ・ホタテの炒めもの．
  • 昼 : くってない．
  • 晩 (1850): ぢんぱ．