生態学のデータ解析 - 筑波大(大塚)の集中講義

• 2016 年 9/18-9/19 の集中講義
• 筑波大学大学院ビジネス科学研究科経営システム科学専攻 (URL)
  • 大学院の講義「応用統計学」 (出張統計学授業)
• 教科書: 本/データ解析のための統計モデリング入門
• このpage の短縮 URL: http://goo.gl/HvRhXn
• 2016 年版の講義資料 PDF ファイルのとりあえず版，ダウンロードできます
  • PDF 講義資料ハンドアウト (全部) (6 slide / page) kubo2016tkbHO.pdf
    • PDF 講義資料スライド版 (冗長版? 1 slide / page) ALLpdf.zip (44 MB)
• ソフトウェア - 以下のソフトウェアを利用します
  • R https://cran.r-project.org/
  • RStudio Desktop (Free License) https://www.rstudio.com/products/rstudio/download3/
  • なお R を使わずに聴講してもらっても問題ありません

第 1 日目 (9/18 日曜日)

(a) 09:30-10:45 統計モデリング講義の概要

• 投影資料 tkb2016a.pdf

(b) 10:55-12:10 確率分布と最尤推定

• 投影資料 tkb2016b.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data.RData

(c) 13:20-14:35 R 実習: data.frame 操作と作図

• 投影資料 tkb2016c.pdf
  • 例題ファイルなど:
    • data3a.csv
    • うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:
• 実習資料 tkb2016r1.pdf
  • 実習用データファイル: data.csv (似たようなファイル名ばかりですみません）

(d) 14:45-16:00 ポアソン回帰の GLM

• 投影資料 tkb2016d.pdf
• 例題ファイルなど: (c) と同じ
  • うまくよみこめない場合は…

  d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/iwanamibook/fig/poisson/data3a.csv")

(e) 16:10-17:25 モデル選択と検定

• 投影資料 tkb2016e.pdf
• 例題ファイルなど:
  • (d) と同じ
  • pb.R
• FAQ モデル選択

第 2 日目 (9/19 月曜日)

(f) 09:30-10:45 ロジスティック回帰の GLM

• 投影資料 tkb2016f.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data4a.csv (ロジスティック回帰)
  • data4b.csv (offset 項) ←このデータおかしい??
  • 時間があれば: 生態学会大会2012 内の kubo2012table.pdf (分割表の作図・GLM・ベイズモデル)

(g) 10:55-12:10 マルコフ連鎖モンテカルロ法と階層ベイズモデル

• 投影資料 tkb2016g.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data.RData
    • あるいは data <- c(4,3,4,5,5,2,3,1,4,0,1,5,5,6,5,4,4,5,3,4)
  • R で install.pacakges(c("rjags", "R2WinBUGS")) が必要
  • runjags.R
  • JAGS の入手先 (にリンクのある page): http://www-fis.iarc.fr/~martyn/software/jags/

(h) 13:20-14:35 階層ベイズモデルの応用

• 投影資料 tkb2016h.pdf
• 例題ファイルなど:
  • R で install.pacakges(c("rjags", "R2WinBUGS")) が必要
  • data7a.csv
  • runjags.R (注意: (07) と同じファイル名だけど別もの)
  • JAGS の mcmc.list を bugs データに変換する関数: mcmc.list2bugs.R

(i) 14:45-16:00 階層ベイズモデルの応用: 時系列データの状態空間モデル 1

• 投影資料 tkb2016i.pdf

(j) 16:10-17:25 階層ベイズモデルの応用: 時系列データの状態空間モデル 2

• 投影資料 tkb2016j.pdf

• 以下は 2015 年 2/28 と 3/1 の集中講義

第 1 日目 (2/28 土曜日)

(01) 09:30-10:45 統計モデリング講義の概要

• 投影資料 kubo2015tkb01.pdf

(02) 10:55-12:10 確率分布と最尤推定

• 投影資料 kubo2015tkb02.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data.RData

(03) 13:20-14:35 R 実習: data.frame 操作と作図

• 投影資料 kubo2015tkb03.pdf
• Rstudio ダウンロードサイト
• 実習資料 kubo2015tkb03r1.pdf
• 例題ファイルなど:

(04) 14:45-16:00 ポアソン回帰の GLM

• 投影資料 kubo2015tkb04.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data3a.csv
    • うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

  d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/iwanamibook/fig/poisson/data3a.csv")

(05) 16:10-17:25 モデル選択と検定

• 投影資料 kubo2015tkb05.pdf
• 例題ファイルなど:
  • (04) と同じ
  • pb.R

第 2 日目 (3/1 日曜日)

(06) 09:30-10:45 ロジスティック回帰の GLM

• 投影資料 kubo2015tkb06.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data.RData (二項分布の説明)
    • あるいは data <- c(4,3,4,5,5,2,3,1,4,0,1,5,5,6,5,4,4,5,3,4)
  • data4a.csv (ロジスティック回帰)
  • data4b.csv (offset 項)

(07) 10:55-12:10 GLMM

• 投影資料 kubo2015tkb07.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data.csv

(08) 13:20-14:35 マルコフ連鎖モンテカルロ法

• 投影資料 kubo2015tkb08.pdf
• 例題ファイルなど:
  • data.RData ((06) と同じ)
    • あるいは data <- c(4,3,4,5,5,2,3,1,4,0,1,5,5,6,5,4,4,5,3,4)
  • R で install.pacakges(c("rjags", "R2WinBUGS")) が必要
  • runjags.R
  • JAGS の入手先 (にリンクのある page): http://www-fis.iarc.fr/~martyn/software/jags/

(09) 14:45-16:00 階層ベイズモデル

• 投影資料 kubo2015tkb09.pdf
• 例題ファイルなど:
  • R で install.pacakges(c("rjags", "R2WinBUGS")) が必要
  • data7a.csv
  • runjags.R (注意: (08) と同じファイル名だけど別もの)
  • JAGS の mcmc.list を bugs データに変換する関数: mcmc.list2bugs.R

(10) 16:10-17:25 階層ベイズモデルの応用例

• 投影資料 kubo2015tkb10.pdf
• 生態学会大会 の統計集会で紹介した話題をとりあげたいと思います (どれにするかは未定)
  • 生態学会大会2012 -- 分割表の問題と統計モデリング
  • 生態学会大会2011 -- 選択・勝敗の階層ベイズモデル
  • 生態学会大会2010 -- 連続値「脱」割算値の統計モデリング
  • 2015 年集会予定の時系列のハナシなどを紹介できればよいのですが……準備がまにあいそうにないです