ぎょーむ日誌 2009-12-(11-20)
2009 年 12 月 11 日 (金)
-
で，
この解説かき + 夕方からのデータ解析こんさるでオワってしまった．
2010 研究室発．
2030 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
米麦 0.6 合．
キャベツ・ニンジン・ダイコン・鶏肉のスープ．
- 昼 (1320):
北部生協．
生協の麺類は食べないつもりだったのだが
……
なんとなく坦々麺を頼んでしまった．
味は悪くなかったんだけど，
やはりスープの塩分濃度がかなり高かった．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ニンジン・ダイコン・鶏肉のスープ．
ヨーグルト．
2009 年 12 月 12 日 (土)
-
0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
昼飯．
1340 自宅発．
曇．
1400 研究室着．
-
岩波本作業，
GLM あれこれをつめこむ第 3 章，
今日は
family = Gamma
の例題づくり．
-
R の
glm(y ~ x, family = Gamma(link = "log"))
な GLM は今までよく理解してない面があったんだけど，
今回よーやくにして分散まわりのあつかいがわかった．
-
glm(y ~ x, family = Gamma...)
の場合，
link = "log" が使いやすい．
カノニカル link 関数 μ = -1 / z
はなんとも理解しにくいので．
link = "log"
の場合，
平均値は exp(線形予測子)
となる．
他の
glm()
と同じく，
線形予測子の係数が最尤推定される．
-
さて，
ここがややこしいのだけど，
もいっこパラメーターが推定されて，
これは dispersion parameter というものだ
(
glm(y ~ x, family = gaussian)
の場合も同じパラメーターが推定される)．
summary(glm(...))
すると算出される．
Call:
glm(formula = y ~ log(x), family = Gamma(link = "log"), data = d)
(略)
Coefficients:
Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)
(Intercept) -1.04032 0.11877 -8.759 1.61e-11
log(x) 0.68325 0.06838 9.992 2.60e-13
---
(Dispersion parameter for Gamma family taken to be 0.3250858)
(略)
この dispersion parameter を
θ
とすると，
推定されたガンマ分布は
-
平均 = exp(線形予測子)
-
分散 =
θ ×
平均2
となる．
R の
glm(y ~ x, family = Gamma...)
の分散関数は mu^2
である，
ってのはこーゆー意味だったんだね
……
さてさて
……
いっぽうで，
R のガンマ分布
のパラメーター指定は，
たとえば密度関数だと
dgamma(x, shape, rate, ...)
なので平均は shape / rate
分散は shape / rate / rate
となる．
したがって，
さきほどのように平均・分散が推定できたら，
shape
と
rate
は以下のように算出できます，
と．
-
rate
= 平均 / 分散
× θ
-
shape
= 平均
×
rate
……
といったことを理解しておけば，
以下のような作図ができます，
と．
-
このようなことを説明できる
例題 &
作図とかはできたけど文章のほうはあまり進捗しないまま終了
……
2000 研究室発．
2020 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
イソップベイカリーのクロワッサンとか．
- 昼 (1300):
スパゲッティー．
ボロネーゼ．
- 晩 (2100):
米麦 0.8 合．
油揚・タマネギの味噌汁．
チンゲンサイ・豚肉の炒めもの．
ヨーグルト．
2009 年 12 月 13 日 (日)
-
0900 起床．
生活周期ずれぎみ．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
12 月中旬と思えぬほど積雪が少なく，
今日は比較的暖かい (気温 +1°C)
ので，
1105 自宅発北大構内走．
晴．
風は冷たい．
まあ，
明日からは真冬日がつづくという予報なんだが
……
1150 帰宅．
洗濯．
昼飯．
-
1405 自宅発．
札幌ではあと 2 時間もしないうちに日没時刻なんだよね
……
1425 研究室着．
-
岩波本作業，
昨日でっちあげたガンマ分布な GLM の例題にそった説明かき，
になかなか着手できない
……
-
どうにも SCIM + Anthy な日本語入力がイヤになってきたので，
とりあえず SCIM を uim にとりかえてみる試み．
sudo apt-get install uim-anthy
だの
sudo apt-get install uim
だのしておいてから，
ubuntu uim
でいろいろ検索してみて，
im-switch -c
$ im-switch -c
There are 13 candidates which provide IM for /home/kubo/.xinput.d/ja_JP:
Selection Alternative
-----------------------------------------------
1 default
2 default-xim
3 ibus
4 ibus-qt4
5 none
6 scim
7 scim-bridge
8 scim-immodule
9 th-xim
* 10 uim
11 uim-systray
12 uim-toolbar
13 uim-toolbar-qt
System wide default for ja_JP (or all_ALL) locale is marked with [+].
Press enter to keep the current selection[*], or type selection number:
だの $HOME/.profile
をかきかえてみる．
他にも $HOME/.uim
(なぜかしらこれは EUC-JP で書く必要あり?!)
の設定も必要．
(require "japanese.scm")
(define ja-direct-rule (cons '(" " " ") ja-direct-rule))
(define ja-rk-rule
(append '(
((("@" "@") . ()) (" "))
(((",") . ()) ("，" "，" "，"))
(((".") . ()) ("．" "．" "．"))
((("/") . ()) ("・" "・" "・"))
)
ja-rk-rule))
-
まあ，
何を設定してもきちんと反映されない scim-gtk
よりはマシかな
……
とゆーことでしばらく使ってみることに．
Ubuntu の次の version からは SCIM ではなく
IBUS になるらしいんだけど，
どーなることやら
……
-
Anthy もどーにかならないかな
……
-
いろいろとおいそがしい鍋島さんが苫小牧デンドロ論文の
改訂原稿ファイルを送ってくださった．
-
あら，
これはいそぎの作業ぢゃありませんか
……
-
こちらのあ作業おわらぬまま
1920 研究室発．
1940 帰宅．
晩飯．
[岩波本作業]
……
は本日は進捗しなかった．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1330):
マカロニ．
ニラ・ブナシメジの炒めのポン酢あえ．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ハクサイ・ニラ・シイタケ・カキの鍋もの．
2009 年 12 月 14 日 (月)
-
0800 起床．
生活周期，
復旧をめざしたい
……
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
曇．
気温
-2°C，
今日はずっとこのまま氷点下とのこと．
0900 研究室着．
-
鍋嶋さん苫小牧でんどろ論文の改訂原稿についてのコメントかきとか
……
-
1030 より
研究室セミナー，
本日は川久保さん・竹内さん．
川久保さんは有珠山の標高たかめのところの植生調査．
どうみても噴気孔からの距離とケミカルあれこれの単純な関係が成立しているようには見えない
……
とくに硫酸イオンはナゾ．
竹内さんはサロベツ湿原でのヌマガヤまたはミカヅキグサの
リターバック分解実験．
データ構造がちょー難物の「全期間は 1-2 年で季節性の影響うける」
時系列なもの．
まあ，
現時点では時系列解析しろってハナシではないけど
……
バックの中に残存しているのは植物の器官なのか，
が重要なかんぢですな．
-
この季節にありがちな，
ありがちな内容の質問メイル，
そしてありがちな返信例．
> AICによるGLMにおけるパラメーター推定では，共線性をどのよう
> に扱ったらよいのでしょうか．
多重共線性の定義によります．厳密な定義では，説明変数 x1 と x2 がほぼ同
じ線上にあるような場合になります．たとえば極端には x2 = 2 * x1 + 1 と
なるような場合です．この場合は x1 と x2 の効果の区別ができなくなります．
これについては x1 と x2 の図を描けば明らかになるでしょう．
世の中でよく言われるほうの「多重共線性」なるものがあり，それはただ単に
x1 と x2 の相関がそれなりにある (あるいは，ひどい場合には，x1 と x2 が
独立でなければ「多重共線性」と言ったりする)，といったものです．
このような場合には，AIC のモデル選択でうまく解決できる場合が多いように
思います．似たような説明変数が二つもあるならひとつ除去しても予測はそん
なに悪くならないだろう，といった場合です．
しかしながら，そのような状況なのに似たような説明変数 x1 と x2 がどちら
もモデル選択で残る場合があります．それは radom effects が強い (例: 個
体の観測されてない要因の効果が強い，標本採集場所の効果が強い) といった
状況です．このようなときには，これらの random effects を考慮した統計モ
デリング + AIC モデル選択によってよけいな説明変数が除去される場合があ
ります．
昼飯．
なんだか自業自得的なメイルかきあれこれにとらっぷされてしまった
……
さーて，
岩波本を
……
と作業再開したいんだけど，
金曜日に自分でもよくわからない発表をしないといけないので，
その準備をしてみる．
といっても今まで放置していたことからわかるように，
切り貼りでごまかすつもりなのだが．
まあ何か「空間」モノのハナシを，
とゆーことなので，
いつものごとく
car.normal() 例題
の説明でもしてお茶をにごそうか，
とゆー方向性なのだが
……
これだけでは 30 分間もちそうにないので，
2 年前
の投影資料のつかいまわしを画策する．
母子里ダケカンバのハナシだけを残して
……
うーむ，
もうちょっとスライド数を削減すべきなんだろうな
……
2009 年 12 月 15 日 (火)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
晴れてるけど雪ふり．
0920 研究室着．
[ついに本格的な冬がはじまりそう]
北大 13 条門のイチョウ並木．
-
足寄の田代さんに Anthy 強めわざをいろいろ教えていただいた．
ありがとうございます．
-
昨日夕方苦闘していた，
OpenOffice 生成の PDF ファイルを LaTeX ファイルにとりくむ方法だけど
……
最終的にはあっさりうまくできた．
昨日うまくいかなかったのは LaTeX coding 失敗というしょーもない理由だった．
-
OpenOffice.org Impress (PoorPoint ごときもの)
からまとめて PDF として export
-
pdftk mo.pdf burst output mo%02d.pdf
でペイジごとに分割
……
この方式の欠陥は，
分割された各ファイルのサイズが巨大であること
(ほとんど分割前と同じ)
-
ebb
で bb ファイルの生成
……
このときに
ebb
をごまかすために PDF ファイル先頭の PDF
version を 1.3 に変更してみたり
(sed などでまとめて処理)
-
LaTeX 中の
\includegraphics
で PDF ファイルをよみこむ
2. の分割で生じるファイルが巨大なので，
これらをとりこんだ最終出力もでかくなってしまうのだが
(現時点で 11MB)
……
まあ，
この発表ファイルはネット配布しないことにしよう．
-
蛇足 Tips:
OpenOffice から全ペイジの JPG/PNG 画像出力をしたい場合には，
「HTML として出力」
すればよい (そして画像ファイルだけ使用する)
-
てなことやったり，
メイルかいてたら昼飯前の時間がオワってしまいましたよ!
-
昼飯．
-
図をつくりなおす．
R の半透過色指定 +
library(Cairo)
わざでこんなかんぢに．
-
以前の半透過ではない図は下のごとし，
だけどやっぱり上のほうがちょっと見やすいね．
-
しかし説明かきとかはなかなか進捗しない
……
えーと，
intrinsinc Gaussian CAR (conditional autoregressive)
は
Kriging
(この敵国語版ゐきぺであの説明はなかなか簡潔)
の一種とみなすコトもできて
……
-
ススまなかった．
金曜日の東京日帰り出張にまにあうのだろうか
……
と危惧しつつも，
1840 研究室発．
寒い．
これから一週間ほど戸外の水は常に氷結した状態がつづくはず
……
1900 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
ホタテ・キノコたきこみ飯．
- 昼 (1330):
北部生協．
自宅からもってきたホタテ・キノコたきこみ飯．
生協サラダバー．
- 晩 (2040):
米麦 0.8 合．
ソイの西京味噌づけホイル焼き．
サトイモ・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．
ナガイモのポン酢あえ．
2009 年 12 月 16 日 (水)
-
とはいえ，
まだ完全には終了しないまま，
本日も終了．
1800 研究室発．
いったん自宅によって荷物をおいてから，
1830 自宅から南方に 600 m ほどの研究室の忘年会会場着．
今回は焼き鳥屋で焼き鳥・ラーメンサラダ・雑炊など．
2110 帰宅．
-
明後日の発表準備をススめようとしたけど，
なかなかススまず
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
サトイモ・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．
- 昼 (1330):
北部生協．
自宅からもってきた米麦 0.8 合．
生協おでん，
生協サラダバー．
384 円．
- 晩 (1850):
忘年会でいろいろ食べました
2009 年 12 月 17 日 (木)
-
0630 起床．
早めにおきた．
明日の日帰り東京出張の発表準備がまだおわってないせいか
……
朝飯．
コーヒー．
0720 自宅発．
晴．
0740 研究室着．
-
ということで，
出張発表
の準備のつづき
……
-
OpenOffice 側にもどってあれこれてなおし
→
PDF export
→
pdftk file.pdf break
でペイジごとに分割
→
LaTeX に \includegraphics，
なるいつもの手順．
-
おっと
……
ぎょーむ日誌の更新を忘れていた．
とっくに正午すぎているな．
-
なんとかひととーりウマったように思えたので
(まだまだ修正必要だと思うんだけど)，
PDF アップロード，
CSIS の丸山さんにメイル連絡してみる．
-
脱力してひるめし．
-
くだんの
ソフトウェアライセンス調査(学内限定）
とやらに関する情報，
研究室雑用 Wiki 上でまとめてみる．
-
時間とられてしまった．
しかしめざわりな雑用を一件処分できた．
-
1630 より
Trendy セミナー，
本日は帯畜大の高田まゆらさんで，
ふゆみずたんぼ (無農薬) のアシナガグモの巣そのものは虫を捕まえるのに
あまり役にたってないかもしれないけど，
それで害虫のアカスジカスミカメムシが網にからまって下におっこちて，
下にいる徘徊クモであるコモリグモが食べているのでは，
といった興味ぶかいハナシ．
採集してきたコモリグモの体内から (食べられてしまった)
カメムシの DNA が見つかるかどうか，
といった新手法を使ってデータをとっておられた．
つまり期せずして捕食者たちが協力しあってるのでは，
というもの．
今日は動物生態の人たちもたくさん参加されて，
すごくたくさん質問がでた．
-
ふーむ，
しかしこの密度依存なハナシはなかなかややこしいかも．
あとでまゆらさんにいろいろと教えていただいてるうちに，
本日はべつべつに解析された二つのデータをくっつけて解析できるのでは，
という気がしてきた．
概要はこんなかんじで．
-
繁殖地からの距離などでカメムシの密度
(これは直接観測されていない?)
が決まる
-
イネの上部で網をはっているアシナガグモが少しそれを減らす
(これは推定不可能?)
-
次にコモリグモがさらにカメムシを食べる
(ここでアシナガグモとの共同効果があるかどうかをみる)
……
ここで観察された「30 個体のコモリグモのうち何匹がカメムシを食べたか」
DNA データと対応させる
-
残存カメムシ量と，
観察されたカメムシ密度データと対応させる
……
うーむ，
なかなかややこしそうで (短期的な平衡とか仮定せんといかんし)．
ついつい，
本日の投影資料ファイルいただいてしまいました
……
-
1910 研究室発．
寒い．
1930 帰宅．
晩飯．
-
もうちょっと作業をつづけようとするんだけど，
なかなか再開できづ．
-
夜にはあまりコーヒーのまないんだけど，
ちょっとのんでみたり，
シャワーでさっぱりしてみたり
……
-
で，
アタマが動くようになったので，
明日の投影資料の修正だの，
みなおしだの
……
-
さーて，
これで眠れると思ったら，
真夜中すぎに統数研方面から書類かきなさい指示が
……
-
なんとかオワった．
これで眠れる，
はず．
-
[今日の運動]
-
うんどう休養日つづく
……
あしたの出張がおわれば
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1330):
北部生協．
自宅からもってきた米麦 0.8 合．
生協サラダバー．
- 晩 (2000):
マカロニ．
ネギ・卵の炒めもの．
リンゴ．
2009 年 12 月 18 日 (金)
-
0700 起床．
ねむい．
今日は東京ひがえり出張．
0710 自宅発．
晴．
0721 快速エアポートにのって JR 札幌発．
車内ぐったり．
0759 新千歳空港着．
千歳も晴．
飛行機は無事に離陸しそーだ
……
空港内のアナウンスによると，
新潟行き便なんかは大雪のため欠航とか．
朝飯．
コーヒー．
-
0850 ADO 14 便 B767-300 搭乗．
おや，
日浦さんも同じ機内に．
0858 taxing 開始．
機内ではひたすら本日の発表の検討．
-
1035 羽田空港着陸．
気温が 10 度ちかく上昇した．
暑い．
1055 京急にのって羽田発．
1112 品川着．
1116 山手線にのりかえて同発
1128 渋谷着．
京王井の頭線にのりたいのだが
……
数分間にわたって迷子になる．
あちこちうろうろしてるうちに井の頭線のりばについて，
1137 同発．
1140 駒場東大前着．
札幌駅からここまで SUICA を使ってきたので
(JR 北海道でも使える)，
切符は一枚も購入してない．
-
今回のシンポジウムによんでくださった
丸山さん
と駅の西口で合流．
昼飯．
丸山さんが近ごろ進めておられる，
(最終的にはモデル選択につながる)
うまい事前分布によるベイズモデルだとか，
Vine Linux から Ubuntu への移行のハナシだとか．
-
1250 東京大学駒場第 II キャンパス An 棟 2 階コンベンションホールに移動．
[駒場第 II キャンパス An 棟]
建物もきれいなんですが，
ここの 1F に大学内とは思えないおしゃれなレストランがあったりして，
さらにご近所にお住まいとおぼしき女性たちが乳母車を押してランチに来ておられました．
あとで東大なヒトたちから
「え，北大って観光客とかたくさんいそうなのに，
スターバックスもこんびにも構内にないんですか?」
と驚かれてしまった．
うう，
私もなんとかしたほうがよいと思います
……
[コンベンションホール]
200 人ぐらい収容できるのかな?
本日の参加者は 30 人ぐらいだったよーな．
各座席で机・電源・LAN さしこみ口があって，
すごいと思った．
-
1300 より，
CSIS SYMPOSIUM 2009
「空間情報解析の理論と応用」．
発表者は 6 名でうち半分は CSIS
(空間情報科学研究センター)
のひと．
-
私は 4 番めの発表で，
「生態学で使われ始めたベイズ空間統計モデルと解析ツール」
なるいーかげんなる演題で，
母子里ダケカンバ葉群分布
(三次元空間もの + MCMC 法)
と
car.normal() な例題
(一次元空間もの + ゐんばぐす)
の紹介といった内容で 35 分間ほど話した．
-
私の前に丸山さんの発表
「空間予測の二つの方法：クリギングとカーネル回帰」
があり，
このふたつはどうちがうのだろうか，
の検討．
統計学では推定と予測の区別が重要といった指摘があって，
クリギングは予測でカーネル回帰と推定と考えればよい．
推定量についていろいろ調べると，
両者が形式的に似てる点などがいろいろわかる
……
といった他ではなかなか聞けない話もあって勉強になった．
-
他の発表も空間データ解析もので，
基本的に空間なハナシが好きな私には楽しめました:
地形学の情報革命;
博物館などの地学・地理普及では三次元 CG よりも
三次元石膏模型に上から情報をプロジェクトするとウケがいい;
カーネル回帰で決める
自動体外式除細動器
の最適配置;
最短距離ではなく道のり距離にもとづく空間統計解析を ArcGIS 上で実現する
SANET
……
などなどおもしろいハナシばかりでした．
-
1650 ごろ終了．
1715 井の頭線の東大前発．
1718 渋谷着．
1722 山の手線にのって同発．
1734 品川着．
1737 京急にのって同発．
まだ帰宅らっしゅ (なるものは存在しないのだろうか?)
の時間ではないのかな?
ここまで車内がこんでなくてうれしい．
しかし京急品川のプラットホームはいつもこみすぎ
……
なので，
蒲田で電車まちが必要とわかりつつも移動．
1743 蒲田着．
品川から数分おくれで出発した羽田いき急行にのりかえて，
1752 同発．
1803 羽田着
……
うーむ，
より早い便に変更できなかった．
-
出発まで 3 時間弱ある．
気をとりなおして晩飯．
-
新千歳空港は雪だから安全に着陸できないかも，
羽田にもどったら交通ないかもよ，
宿泊費・交通費は自分で何とかしてね，
といったアナウンスがしきりに流される．
-
不安だなー，
と思いつつも，
2040 AidDo 24 便に搭乗．
2058 taxing 開始．
ぐったりしてるうちに，
2213 新千歳空港着．
今朝とはまったく様子が異なる
……
景色が白い．
寒い．
-5度．
本日の体験外気温の変動がはげしい．
-
さーて，
この時間になると快速エアポートもほとんどなくなるので
……
2231 普通にのって新千歳空港発．
快速なら 36-38 分なのだけど，
50 分ほど費やして
……
2321 札幌着．
2337 帰宅．
今年の出張はすべておわった
&
これから 1.5ヶ月ほどは JR & 飛行機にのらなくてよさそうだね
……
ふう．
[今日はかなりつもったよーで]
-7度．
札幌駅前．
-
[今日の運動]
-
まあ，
多少は歩きました，
といったかんぢで
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
新千歳空港 4F のコーヒースタンド．
クロワッサン．
- 昼 (1150):
駒場東大前西口のお好み焼き & 定食屋「楓」．
鯖味噌煮定食．
750 円．
- 晩 (1820):
羽田空港のイタリアな料理店，
ドン・サバティーニ．
空港の満員料理店にはとびこむ勇気がなく，
いつも人がいないところに逃げてた
わけだが
……
本日は高密度な店にとつげきしてみた．
すると，
下の写真のようにながめはいいけど，
ちょっとケムい席に案内されてしまった．
ともかく出発まで時間あるので，
のんびりと牛肉とニョッキの前菜，
メカジキ・ワサビ菜のパスタを食べた．
デザートは
ガトーバスク．
2009 年 12 月 19 日 (土)
-
0830 起床．
-
うーむ，
今日は怠業で終わってしまった．
外は雪．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1330):
イソップベイカリーのクロワッサンなど．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
カブのサラダ．
ジャガイモ・ゴボウ・ニンジン・豚肉の煮もの．
2009 年 12 月 20 日 (日)
-
0900 起床．
あいかわらずばてぎみ．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
昼飯．
いつまでものんびりしてられないなぁ，
ということこで，
1340 自宅発．
1400 研究室着．
-
メイルかきあれこれ．
-
しかし今日は工学部難民キャンプのスチーム暖房が
(凍結防止のための)
最低出力におさえられているためか，
どうにも室内が寒い．
寒いと意外と作業効率がおちるんだよね．
-
ということで，
あまり仕事もはかどらぬまま撤退．
1740 研究室発．
1800 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
米麦 0.6 合．
カブのサラダ．
ジャガイモ・ゴボウ・ニンジン・豚肉の煮もの．
- 昼 (1300):
米麦 0.6 合．
カブのサラダ．
ジャガイモ・ゴボウ・ニンジン・豚肉の煮もの．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
コマイ．
ジャガイモ・ゴボウ・ニンジン・豚肉の煮もの．
