ぎょーむ日誌 2009-10-(21-31)
2009 年 10 月 21 日 (水)
-
0740 起床．
ねむい．
朝飯．
紅茶．
0840 自宅発．
曇．
0900 研究室着．
コーヒー．
-
科研費書類づくり・自由集会もうしこみその他あれこれが一段落して，
ちょっと脱力ぎみ．
メイル書きだのぎょーむ日誌かきだの．
-
大学院生まんが PHD で
10/14
から始まっている geek な女性大学院生
Cecillia VS ママの電話ばとるがどうなることやら，
と見まもり中
……
このハナシのりありてぃーとかは，
コワくて検討できない．
-
昨日
のめたぼ理論の勉強をもうちょっとだけ続ける
……
Science の論文
(1997)
をつらつらとながめてみると
……
目的関数に該当するものは通導ネットワークの全抵抗の最小化
(エネルギー損失の最小化)
で，
これを実現するような通導ネットワークはどんなカタチになっているか，
とゆー理論ですな．
-
「そうか，だから 3/4 なのか!」
といったたぐいの，
簡単な説明ではなくて，
うるさい仮定とおおざっぱな近似計算がいろいろとあるわけですが
……
とりあえず気になっている
(流量) ∝ (重量)3/4
だの
(管の長さ) ∝ (管の直径)2/3
だの
は，
-
フラクタル構造:
これはある order の管たちがおおいつくせる体積
(管の長さを直径とする球の体積の和)
は，
そのひとつ上の order の管たちがおおいつくせる体積
にだいたい等しい
(粗視化してもあまりカタチはかわらん，つーことですかね)
-
パイプモデル:
どの order でも合計断面積は等しい
その他，
分枝数などが order によって変わらないといった仮定をすることで導出される，
と．
管の長さについては 1. から，
管の直径については 2. できまってるようだ．
[ふらくたるな通導 network?]
上記論文の要請している通導ネットワークの形状は，
こういうのとはまたちょっと違うような気もするのだが
(いや，
「細枝」を全部刈りとっても「おおう体積」はあまり変わらん，
という条件は満たしてる?)
……
まあ，
「きぶん的には」
こんなかんぢかもね，
とゆーことで．
Jose M. Montoya
さんの
ペイジ
から借用．
-
耐震工事難民キャンプ，
本日もどこかの研究室の疎開ひっこしで騒がしい．
-
昼飯．
[めたぼ本，買ってしまった]
北部生協で．
「
生き物たちは3/4が好き」，
なかなかおもしろそうな科学読みもので
(原著者は昆虫進化で博士号をとり Nature の editor やってた
John Whitfield)．
ついでに，
と言ってはナンですが，
蓑谷本の新刊
これからはじめる統計学
も買ってしまった．
名著
『統計学のはなし』と『推測統計のはなし』の６章までを再構成し合本したもの．
-
放置ぎょーむの回収作業あれこれ，
に着手せねばならぬ．
まずはアリ形質の混合分布モデル．
-
隣室がやかましいので図書館に一時間ほど避難．
-
ちょっと再計算が必要だとわかった．
いやはや．
-
そしていつのまにか，
なんだかわけのわからんデータ解析こんさるにとらっぷされた
……
-
……
でオワってしまった．
1920 研究室発．
ちょっと雨．
1945 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.6 合．
トマト麻婆豆腐．
- 昼 (1340):
北部生協．
家からもってきた米麦 0.8 合と
キャベツ・ネギ・鶏肉のゴマサラダ．
サラダバー 249 円．
本日はフルーツ系をいろいろと．
- 晩 (2110):
米麦 0.8 合．
ダイコン・ニンジン・シイタケの味噌汁．
サンマのショウガ煮．
キャベツ・ネギ・鶏肉のゴマサラダ．
ヨーグルト．
2009 年 10 月 22 日 (木)
-
0800 起床．
ねむい．
さいきん，
生活周期がずれぎみ
……
朝飯．
紅茶．
0900 自宅発．
曇．
0920 研究室着．
コーヒー．
-
しばらくうだうだとしてから
……
午前中の残りを費して，
アリ形質の混合分布モデルな論文原稿の結果部分，
まあそのごく一部を書く．
結果節の途中から自分では判断できない点があるとわかったので，
書けた部分を宮崎君に送る．
-
ちょっとネット雑用してから，
昼飯．
-
1330 より，
低温研二階の会議室で
2011 年 3/8 - 3/12 の
生態学会大会
(札幌)
の第一回実行委員会会議．
2 時間ほどで終了．
ともかく釧路大会 (2004 年) の消耗をくりかえさないためにも，
今回は可能なかぎり「小さく」なってやりすごす予定．
私は発表編成なる分担で，
これは全国規模の委員会の皆さんで手わけしてやるぎょーむ
(とそれをススめるにあたって，
現場の会場責任者である小野さんと連絡をとりながらススめる，
という仕事)
である．
-
10 月に入ってから 合計 5 回しか
作業できなかった岩波本修正作業にとりくんでみる
……
-
ひさしぶりなので，
なかなか入りこめない．
やっぱり，
毎日やらんといかんなぁ
……
-
なかなかススまぬまま，
1920 研究室発．
1940 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
ダイコン・ニンジン・シイタケの味噌汁．
- 昼 (1220):
研究室．
米麦 0.8 合．
キャベツ・ネギ・鶏肉のゴマサラダ．
- 晩 (2020):
自宅ちかくの卯和で牛すじおでん食べた．
2009 年 10 月 23 日 (金)
-
0800 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
曇．
0920 研究室着．
-
岩波本作業．
今日は第 4 章「脱」割算のハナシに，
分割表なロジスティック回帰をくみんでみる努力
……
-
しかし，
いろいろなよーぢもわりこんでくる
……
[R グラフィックス到着]
割引販売用の 34 冊．
-
割引購入もうしこみの皆さんにメイルだす．
下の写真は工学部北端の難民キャンプへの経路を示したもの．
-
岩波本第 4 章の改訂，
ぢりぢりと進捗したけど完了しなかった．
とにかく，
「書くのが遅い」
「読むのが遅い」
といったあたりがあれこれ足かせになってるなぁ，
と思えてしまう事例が多くなってきたような．
1845 研究室発北大構内走．
1915 研究室もどる．
1940 研究室発．
2010 帰宅．
体重 73.4 kg．
また増えた．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
シリアル．
ヨーグルト．
リンゴ．
- 昼 (1340):
北部生協．
「みちのくフェア」な牛タンカレー，
サラダバー．
600 円ぐらい．
- 晩 (2200):
米麦 0.8 合．
ダイコン・キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・ネギ・シイタケ・鶏肉の煮もの．
2009 年 10 月 24 日 (土)
-
0830 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
1100 自宅発．
晴．
1130 研究室着．
-
なにも進捗しないまま昼飯．
-
ぢりぢりと岩波本作業にとりくむ．
第 4 章から脱出できない．
-
なかなか進捗しない．
1840 研究室発北大構内走．
1915 研究室もどる．
1940 研究室発．
2000 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
ダイコン・キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・ネギ・シイタケ・鶏肉の煮もの．
- 昼 (1330):
北部生協．
自宅からもってきた米麦 0.6 合．
ダイコン・キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・ネギ・シイタケ・鶏肉の煮もの．
サラダバー 250 円．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ホウレンソウ．
ダイコン・キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・ネギ・シイタケ・鶏肉の煮もの．
2009 年 10 月 25 日 (日)
-
0930 起床．
朝飯．
紅茶．
怠業．
-
1200 自宅発北大構内走．
晴．
1245 帰宅．
体重 73.4 kg．
なかなか減らない．
-
洗濯．
昼飯．
1400 自宅発．
晴．
札幌駅横のヨドバシでふらふらしてみたり．
1450 研究室着．
コーヒー．
[北大構内]
ヒトが多い．
13 条門のカエデが黄色くなってるからかな?
(
後記: 13 条門付近でめだっているのは，
カエデではなくイチョウでした．
通称イチョウ並木．
しかしカエデ (オオモミジとか) もけっこうたくさん植えられてます)．
まあ，
北大も「のんびりできる場所」としてお役にたてばよいのだけど
……
-
岩波本作業．
交互作用についてはあまり書きたくなかったんだけど，
分割表の統計モデリングの説明でどうしても必要だったので，
その前ふりとして説明を追加してみる．
-
第 4 章の修正，
だいたいオワってきたかな
……
2040 研究室発．
2100 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0950):
シリアル．
- 昼 (1310):
米麦 0.8 合．
ダイコン・キャベツ・ニンジン・ブロッコリー・ネギ・シイタケ・鶏肉の煮もの．
- 晩 (2200):
米麦 0.8 合．
麻婆豆腐．
コマツナ．
ヨーグルト．
2009 年 10 月 26 日 (月)
-
0800 起床．
ねむい．
朝飯．
紅茶．
0910 自宅発．
曇．
0930 研究室着．
-
岩波本作業．
第 4 章の修正作業を少しばかり．
第 5 章「統計モデルの選択と検定」
の修正にとりくんでみる
……
この章もかなり書きかえないといかんなぁ．
-
北部生協昼飯．
2F 書籍部をのぞいてみると
……
[R 本こーなー]
このようにずらずらと R 本が並んでるなかに，
「R グラフィックス」も混ぜてもらえました．
[アヤしい郵便物を作る]
割引購入の本を郵送してくれ，
なる依頼が某氏からきて，
送料とかめんどうだなぁと思っていたら，
高額切手 (660 円) がはられたままうち捨てられた返信用封筒
(例の電子情報通信学会なやつですな)
があったので，
それにほうりこんでガムテイプでぐるぐるまきにしてみた．
-
で，
生協からもどるついでに，
北大病院北端を西→東と横断したところに
北 15 の北大病院前郵便局があるので，
「こんなの出せますかね」
とお尋ねしてみたところ，
本来なら 340 円だけどそのままで出せますよ，
とのこと．
「ま，
おーさわ君あいてだからいいか」
つぶやきつつガムテイプ巻き封筒を発送した．
-
岩波本かきなおしについて伊庭さんメイルの検討．
-
1500 より 1.5 時間ほど宮崎君と相談．
この発生段階の形質変化はすごくおもしろい問題なのだが，
複雑な時間変化と「女王かワーカーか」
の分類を同時を同時に考慮しなければならないので，
かなり複雑な
(本来ならば)
統計モデルを適用しないといけないんだけど
……
いかんせんデータひとつ取るのに膨大な時間がかかるので，
データが少なく
……
つまり，
複雑モデルの適用はかなり難しい，
とゆーかんぢだ．
-
いろいろ検討してみたけど，
現時点では混合正規分布モデルの parametric bootstrap test
より複雑なことは何もできず，
と結論して本日の相談終了．
-
そしてまた岩波本修正に関する検討がつづく．
-
2000 研究室発．
雨．
買いもの．
2030 帰宅．
晩飯．
-
「13 条門ふきんに多いのはイチョウでは?」
とのご指摘をうけて昨日のぎょーむ日誌を修正．
カエデもけっこうはえてるんだけど，
たしかに書きまちがえでした．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
麻婆豆腐．
- 昼 (1340):
北部生協．
自宅からもってきた
米麦 0.6 合．
ホレンソウごまあえとサラダバー．
285 円．
- 晩 (2130):
米麦 0.6 合．
ハクサイ・ミズナ・ネギ・ブナシメジ・豚肉の鍋もの．
ヨーグルト．
2009 年 10 月 27 日 (火)
-
0750 起床．
ねむい．
朝飯．
紅茶．
0850 自宅発．
曇．
0910 研究室着．
コーヒー．
-
明日は東京で岩波本相談なのだが
……
昨日すでに現状版を伊庭さんにお渡ししてしまったので，
今からがんばって作業をススめても，
といった状況．
-
とゆーことで，
〆切せまる査読にとりくむ．
今日はこれでほとんどオワってしまいそう．
-
とちゅう，
いろいろ別の用事がわりこんできたけど，
それ以外は査読に専念していたのだが
……
オワらなかった．
読むのが遅い．
1900 研究室発．
ちょっと雨．
1920 帰宅．
晩飯．
-
明日から東京出張．
10/28 (水) 11 時前に研究室発，
10/30 (金) 夜おそくにもどる．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
昨晩の鍋ものの残り．
- 昼 (1250):
研究室．
食パン．
- 晩 (2110):
米麦 0.6 合．
麻婆ダイコン．
シュンギク・油揚の煮びたし．
リンゴ．
ヨーグルト．
2009 年 10 月 28 日 (水)
-
0730 起床．
朝飯．
紅茶．
0820 自宅発．
晴．
0840 研究室着．
-
来週の統計学授業
の講義のーと (岩波本の 144 ペイジまで)
を北大生協印刷部門におくる準備．
ネット上でばらまくのはまずい，
とのご指摘うけたので．
evince-2.26.2
(+ cups-pdf?)
を使うと 1 シート 2 ペイジの 144 ペイジまでの
PDF ファイル出力 (印刷) が簡単にできた．
ファイルアップロードして，
生協にメイルかき．
-
岩波本メイルかき．
-
昨日オワらなかった査読報告のつづき
……
-
と思ったら，
もう出発の時間だ．
-
1050 研究室発．
工学部北端から札幌駅まで遠い．
1110 快速エアポートにのって札幌発．
査読ぎょーむのつづき．
1147 新千歳空港着．
-
保安ゲイト通過．
券売機があったので，
神保町までの切符を買う．
京急→都営地下鉄で
590 円．
昼飯調達．
1210 ADO 18 搭乗．
B767-300．
一番出口に近い席 1C にした．
定刻どーり 1220 taxing 開始．
昼飯．
-
査読ぎょーむのつづき．
-
1355 羽田空港着．
ターミナル内を 5 分以上速足で歩いて．
1415 京急快速にのって空港発．
1438 三田．
東京，暑い．
1447 都営三田線にのって同発．
1458 神保町着．
[神保町]
ずいぶんと以前にきたような気がするな
……
と調べてみたら
2003 年 1 月
にうろうろしてた．
[古本市]
いまは古本市とかで，
歩道に本棚がならび，
人々が熱心にそれをながめている
……
すごい人出だ．
-
書泉グランデの前で伊庭さんと合流．
なぜかしらドーナツくうわけでもないのに and on and
というドーナツ屋に入って，
コーヒーなど飲みながら 3 時間ほど岩波本の相談．
焦点は第 4 章の構成をどうするか，
といったあたり．
-
それにしてもあいからわず伊庭さんは次から次へと面白いハナシが
……
-
18 時すぎに伊庭さんと岩波書店におじゃましてみる．
地下の会議室で科学書籍の吉田さん (「科学」編集長でもある)
と相談．
ここでは表記のこととスケジュールのこと
……
いよいよ岩波本作業に専念せざるをえなくなる状況においつめられる．
-
なぜかしら，
3 人で小学館地下で晩飯．
この界隈
は有名・無名な出版社が集中分布している
……
-
2040 ごろ終了．
相談がオワったせいか，
ちょっと背中の荷物が軽くなったなぁ
……
などと思っていたら，
実際に物理的に軽くなっていて，
岩波地下の会議室に本を 2 冊おきわすれていた!
明日の夜にでも回収にいきますか
……
-
やはりくたびれきっていたのか，
伊庭さんと二人してまちがえて三田線にのってしまって，
大手町からひきかえす．
都営地下鉄新宿線にのって新宿へ．
210 円．
-
JR 新宿駅で Suica を買ってみる．
これは JR 北海道なんかでも使えるので．
2126 新宿発．
北海道的な感覚からすると満員電車というかんじ．
2146 三鷹で通勤快速に乗り換え．
2202 立川着．
新宿からここまで 450 円．
2210 宿着．
[宿のネットワーク]
無線 LAN なんだけど，
X31 の Vine Linux 4.2 側では無線 LAN つかえないわ，
そもそも無線 LAC 用 PCMCIA カードを忘れてくるわで
……
ロビーに電話してみたら，
無線 LAN ルーターを貸してくれた．
-
そして 26 時すぎまでかかって査読報告かき
……
-
[今日の運動]
-
それなりの荷物を背負って，
速歩であるきまわる一日だった
……
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
コマツナ・卵の炒めもの．
- 昼 (1250):
飛行機の中でサンドイッチ．
- 晩 (2020):
小学館地下のうどん・そば屋で，
味噌煮込うどん．
2009 年 10 月 29 日 (木)
-
東京出張二日目．
立川の宿．
0720 起床．
5 時間ぐらいしか寝てないので眠い．
朝飯．
コーヒー．
-
とりあえず本日の研究会は 10 時からなので，
時間的よゆーはある．
-
まずは昨晩かいた査読報告のみなおし．
あれこれ修正して online submit．
「28 日〆切」
なんだけど，
時差の関係でまだ締切日内にいる．
-
ぐったり．
研究室ねっと雑用とかぎょーむ日誌かきとか．
-
0915 宿発．
宿の横のこんびにで昼飯調達．
まあ 20 分も歩けば
統数研
につきそうなんで，
歩いてみることに．
[てけてけ]
多摩モノレイル
にそって北上．
5 分も歩くと空き地だらけの地に．
朝から立川飛行場の陸自ヘリコプターがうろうろしてるな．
[統数研]
でかいたてものだねー
[統数研 1F]
ここは統数研だけでなく極地研なども入っていたりするので，
ペンギンの剥製だの南極観測船の模型だの
……
-
0940 統数研着．
10 時より島谷さん主宰の
「フィールド生態学と統計数理」
研究集会，
始まる．
島谷さんによる島谷さんらしい研究会．
島谷さんでなければ日本のあちこちからこれほど多彩な発表者を集めることはできなかったし，
島谷さんだからこそ発表者のコトバに触発された内心の熱き思いを語らずにはいられないし
(ただし時間欠乏な本日後半はかなりガマンしておられた)，
発表者のうち島谷さんタマシイを受けとってしまったヒトたちはホワイトボード数式書きに熱中して
発表予定時間を大々的に超過してしまうし
……
-
慶應大の清水さん，
角度の確率分布 (方位統計学) のたいへん丁寧な入門．
いろいろなことがわかった．
角度確率変数のさまざまな記述統計量．
「円周上の正規分布」 von Mises 分布，
さらにその改良された分布あれこれ．
一様性や対称性の検定．
角度の回帰．
角度と線な量の同時分布は円筒分布，
角度と角度の同時分布はトーラス分布，
などなど．
-
慶應大の阿部さん．
角度確率分布推定の実践編．
角度統計量もふつーに最尤推定したり AIC を適用してよい，
とわかった．
「円周上の点の分布」
の場合，
一様分布はパラメーター数ゼロですっきり定義できるので，
そういうのもモデル選択してよいのでしょうか，
と質問してみたらとくに問題ないんでは，
とのこと．
あとで聞いたら円周上の有限混合分布とかも考えられるけど，
線の場合とおなじく識別不可能性とかめんどうあれこれがあるので，
今はとりあえず π だけ位相がずれた混合分布を研究中とのこと．
-
昼休み．
-
琉球大の久保田さん．
山火事あとに更新するブラックスプルース更新のネイマンスコット過程
……
の話の前に (島谷さん的な) というべきか生態学データ解析のこれまで・これからハナシもあったり．
ネイマンスコット過程のパラメーター推定は，
平滑化をあちこちで使って山火事強度 (焦げリター層などから推定)
とパラメーターあれこれの関係を推定．
-
九州大の藤井さん．
林分の個体ベイスシミュレイター．
地球フロンティアの佐藤さんシミュレイターを使って，
おきなわヤンバルの(伐採してからの齢がいろいろ異なる)
林分データにあわせよう，
というもの．
やはり佐藤モデルはあまりいじくれる部分が多くない?
新規加入がよくわからなかったんで質問してみたら，
やはり原生林種組成をそのまま使ってましたか．
-
九州大の楠本さん．
同じような調査地でツル植物も調べてます，
という短いコメント．
-
熊本県林業研究指導所の前田さん．
人工林下層木本植物の個体密度予測．
WinBUGS な階層ベイズモデルで広葉樹が人工林にはいりこんでいる
ようすをモデル化．
開空度のあつかいがおもしろかったけど，
改良の余地がいろいろあるなあとあとで相談してみた．
-
東北大の富田さん．
アカエゾマツ孤立個体群の近交弱勢推定．
冷静な青年にみせかけて島谷さんの熱気が憑依してしまってましたな
……
階層ベイズモデルがてきとーに使われすぎているとの現状分析
& WinBUGS ではあつかえない花粉親・種子親・稚樹なモデルのハナシ．
各事後分布をていねいにホワイトボードに書くあたりも島谷さん的．
-
北大の深谷さん．
「磯」プロジェクトデータのイワフジツボ状態空間モデル．
数年前にはどうなることやら，
と思っていたフジツボ動態モデル，
「夏」「冬」2 期性の導入や分散の分割な説明などで
ハナシがかなり整理されたように見えた．
この投げ出さないネバりはけっこうすごい．
-
農環研の天野さん．
シギ・チドリの個体数指数時系列データの
階層ベイズモデル化の検討．
数十年にわたる，
鳥をどこそこでどれぐらい見たといった目撃情報をくみあわせて，
個体群動態の長期傾向を予測しようというハナシ．
GLM だの GAM だの使われてるけどそれはまずくて，
階層ベイズモデル，
それも時系列構造をきちんとしたもの
(N(t) の平均を 2 N(t - 1) - N(t - 2) とするのはうまい工夫だな)
にするとだいぶマシになるのでは，
といった階層ベイズモデルの教科書にのせたくなるようなハナシ．
-
発表はここまでだが，
さらに院生 5-6 人の自己紹介的短い発表がつづく
……
というあたりも島谷さん的だ．
-
予定されていたより
(とゆーか，
この研究会に関していえばある意味予定どーり)
大幅におくれて
1900 ごろ終了．
JR 立川駅方面の懇親会会場にむけてにぞろぞろ歩くヒトたちにまぎれて移動．
前田さんとモデリング改良ハナシなどしながら．
-
駅前で群からこっそり離脱して
……
さーて，
なんともムナしい都心部往還に出撃だ．
-
昨日のぎょーむ日誌にも書いたように，
岩波書店の地下会議室に本を二冊おきわすれたため，
それを回収に行かねばならぬ仕儀に．
えーい．
-
1934 JR 中央線に乗って立川発．
本日も (昨日かった) Suica が大活躍することになろーとは．
往復の車中，
ずっと立ったまま
岩波「図書」 9, 10, 11
月号を楽しむことになった．
これは昨日，
岩波 1F ロビーで頂戴してしまったもの．
けっこうおもしろい．
-
しかしどーして東京の電車ってのは上り/下り/時間に関係なくこんでるのかね．
2014 新宿着．
新宿駅周辺のヒトの流れに目がまわりそーだ．
都営地下鉄新宿線にのって
2022 同発．
2034 一時間ちかくかかってよーやく神保町着．
[岩波書店，夜の出入口]
西側．
いやはや，
この傾斜路をくだったところにある夜間受け付けにて昨日の忘れものをひきとる
……
-
クタびれた．
空腹になった．
このへんで晩飯たべよう．
新宿とかイヤだし．
立川とおいし．
-
神保町といえばカレー
……
なんだろーけど，
アテもなくうろうろしていても店は見つからない．
早くも
5 分もしないうちに探索の気力もつき，
あきらめて安いうどん屋で空腹みたして撤退しよう，
と思ったんだけど
……
-
本屋のまちでチェイン店うどん屋ってのもよくわからん，
ということで，
ちょっと古そうなコーヒー屋で晩飯．
スパゲッティーくって，
シナモンの香りよいアップルパイひときれ
食べて
(アイスクリームもそえてくれた)，
おいしいコーヒーのんだら少し元気になった．
-
2118 また地下鉄にのって神保町発．
2128 新宿着．
2137 JR 中央線の通勤快速にのって同発．
2211 立川着．
2220 宿帰着．
ふう
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
宿の朝飯．
ビュッフェ式．
今日はパンたべたけど，
明日はお米にしようと思いました．
- 昼 (1300):
研究集会会場で，
こんびに握り飯．
- 晩 (2050):
神保町 Ko-Hi-Kan Time で和風キノコスパゲッティー．
アップルパイ，アイスクリームぞえ．
ドリップコーヒー．
2009 年 10 月 30 日 (金)
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東京出張最終日．
0740 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
朝飯．
ぎょーむ日誌かき．
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0930 宿発．
0950 ごろ統数研についたのだが
……
「フィールド生態学と統計数理」
研究集会，
すでに始まっていた．
本日は 0930 スタートだったか．
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最初は統数研の田中潮さんのネイマンスコット過程の最尤推定の話，
不幸中のさいわいで，
これは以前に一度きいたことがあるので，
最初を聞いてなくても何とかついていけた．
ひとことで言えば，
点の分布を見るのではなく，
点間の距離の確率分布をつかって尤度関数を書いて
パラメーター推定するというもの．
散布カーネルが正規分布なら簡単だけど，
そうでない場合は統数研すぱこん 2-3 日うごかす必要あり，
というもの．
後半の話はさらに二種類の「親」が混在している状況をあつかうもので
……
種間関係のパラメーターがうまく推定できないので，
最近接個体までの距離の分布の関数を使ってこれを推定してやる，
という田中さんの新しい工夫が紹介された．
-
次も統数研の上野玄太さんの話で，
内容はデータ同化入門．
これまた，
すごく初歩的なところから始まる丁寧な内容だったんだけど，
おもしろいのはその説明のしかたが
「物理方面出身の演繹至上主義な環境シミュレイション屋さんあいてに，
統計学だって役に立つんですよ，邪悪じゃありませんよ」
といった方向性のものだったあたりで
……
私が以前いた地球ふろんちああたりの聞き手あいてに苦闘されたんでしょうなぁ．
内容はシミュレイションやりながらパラメーター推定しましょう，
システムノイズと観測ノイズはきりわけて，
また観測ノイズだからといって「何もかも測定誤差」とか考えないように，
といった説明．
-
システムノイズと観測ノイズの識別が困難な場合はどうしたらよいんでしょう，
と質問してみたんだけど，
まあその二種類のノイズの比みたいなものを考えましょう，
といった回答でした．
-
で，
午前最後がまさにその JAMSTEC な伊勢さんの話で，
植物個体内の炭素分配 (葉・その他地上部・地下部)
が全球の生産力の予測を大きく変えるようです，
といったハナシ．
ハワイにいる伊勢さんの研究仲間の最近の発見なるものがきっかけのようで，
それは 地下部呼吸量 (これがなかなか莫大なモノらしい，糖類を菌にばらまくとかで)
は GPP に比例するそーで．
これは地球上のあちこちのデータのメタアナリシスみたいなもので，
つまり暑いところ (GPP たかい) と寒いところ (GPP ひくい)
でも GPP に対する一定の rate で呼吸してます，
といったハナシ
……
うーむ，
つまりデータ同化以前にモデルの部品がどうなってんのかよくわからん，
というハナシかもしれないし，
統計学的な手法を使えば多少はマシかもね，
といった方向になるのかもしれないし
……
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昼飯．
森林なヒトたちとちょっと雑談しつつ．
環境研の林岳彦さんから WinBUGS & 生態リスク評価の論文もいただきました．
つぎの生態学会大会 (東京)
で 生態リスク & ベイズ
なシンポジウムを開催されるそうです．
シンポジウムでベイズってのもすごい世の中になってしまったことだなぁ
……
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午後はまず北大の平田さんが卒研のときにやった研究紹介で，
天売島のウトウ
の巣穴ちかくへの着地のタイミングが各個体ばらばらなのか，
それとも皆で「いっせーのーで」と同時着陸したがっているのか，
という調査．
同時着陸するとカモメのたぐいに餌を横どりされないかも
……
ということで，
「着地間隔の時間」
データをみるとややガンマ分布っぽい気がする
(ランダム着地なら指数分布)．
しかしながら，
これは「観測中の着地密度は一定 → 指数分布」
というハナシなので，
「帰巣が集中する時間帯」とかあったりするとガンマ分布になるよね
……
とゆーことでベイズモデル化とか必要でしょう．
統数研方式の平滑化 & 最尤推定 & モデル選択でもいいけど．
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次は東大の森長さんで，
伊吹山の高所・低所それぞれのシロイヌナズナと同属のハクサンハタザオの生態型の分化が，
機能的遺伝子のちがいで説明できるんでは，
という話
(生態学会大会の要旨)．
武器は AtMap1
なるシロイヌナズナの配列 5 万弱をしらべられるマイクロアレイ解析ツールで，
高所型・低所型でいかにもそれっぽい機能遺伝子の相違が得られたようです，
というもの．
-
このへんのハナシを聞くのは初めてなんで，
おどろくことばかりなのだが
……
最後にこの集会の趣旨にそった統計学的な疑問点もいくつかあげられた．
たとえば，
登山道にそってサンプリングしていくと，
注目している遺伝子頻度が低所 → 高所でゆっくり変化していく
ようだけど，
この様子をうまく表現できないだろうかというものがあった．
うーん，
そんなのはそういうふうに U 検定とかやるんじゃなくて，
まだロジスティック回帰とかのほうがマシでしょう，
などとコメントしてみたのだが
……
あとから考えてみればこれはけっこうマヌケな回答というべきで，
登山道にそってサンプリングしてるんだから空間構造・空間相関
かんがえなきゃダメぢゃん
……
階層ベイズモデルで空間相関をあつかいましょう
なる解説文の著者とは思えぬマヌケさだ．
職業的うそつきの看板をかかげる身としては，
もっと首尾一貫したうそをつき続けなくては
……
-
次は千葉大の林亮太さんで，
ウミガメ一個体にくっつく
カメフジツボ
数は個体によってばらつきが大きい
(集中分布する) んでしょう，
というデータの紹介．
飼育実験下ではそんなにばらつかないので，
カメがどこを旅してきたのかに依存するのでは
……
という難問．
こりゃー，
難しいですねえ．
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まだあと一件ハナシがあったんだけど，
そろそろ時間的に危なくなってきたので，
撤退することに．
島谷さんほかに御礼と帰りのあいさつ．
-
やっぱり今回の研究会のスゴさは他ではありえない発表者の多様性で，
そもそも島谷さんが「男はつらいよ」の寅さん
のごとく
(彼と島谷さんは世界認識に共通したものがあるかも)
日本全国，
たいしたアテもないまま旅から旅を重ねて面白そうなヒトたちと友人になって
……
のひとつの結果ですな．
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私などはここしばらくは特に研究室ひきこもりな生活なのだが
……
まあ，
研究者の研究スタイルはその性格にしばられる，
ということで．
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1550 ごろ統数研発．
立川まで早足で歩く．
1613 JR 立川発．
1652 新宿着．
山手線にのりかえて
……
なんだか事故によるダイヤの乱れで朝の通勤時間帯なみのこみぐあいだ
……
1655 同発．
1717 品川着．
京急にのりかえて
1722 同発．
1745 羽田空港着．
Suica で支払ってるんで途中の運賃わからないのだが
……
一昨日の夜に新宿で 4500 円ほどいれたのに，
すでに残額 1700 円ぐらい．
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自動チェックイン機で登録作業して，
ちょっとヒトいきつく．
ここで晩飯たべる時間ありそうだな
……
と第二ターミナルをうろうろしてみたのだが
……
なにしろ金曜夕方ということで，
どこもかしこも混んでいる．
私は高密度なところは苦手なので，
ANA カウンター群むかい斜め上の一番はずれの
セルフな店に隠れてカレーを食べました．
空席ばかりは豊富であり
……
ま，
味ではなくココロの平和を．
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1830 ADO 23 便の B767-300 に搭乗．
今回はいちばん後ろのほうの席．
1745 定刻どーりに taxing 開始．
ぐったりしたるうちに
2005 着陸．
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2034 快速エアポートにのって新千歳空港発．
Suica は JR 北海道でも使える
……
Kitaca も JR 東日本で使える (入金もできる) わけだが，
地下鉄・私鉄などには使えないので，
Suica を買った次第．
とはいえ，
来年の 2 月
まで東京とかにはいかないけどね．
あ，
来年 3 月は駒場で生態学会大会か．
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2130 帰宅．
ぐったり．
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そして ThinkPad がまた激しくぶっこわれたので，
次の日いちにちを費やして修理しなければならぬことに
……
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0750):
宿の朝飯．
今日は白米を食べましょう，
という方針だったのだけど，
なぜかしら「朝からカレーを」
とススめていたのでそれを食べてしまった．
とはいえ，
眠気をふっとばす激辛カレーのたぐいではなかった．
- 昼 (1250):
発表会場でこんびにおにぎり．
- 晩 (1810):
Live Cafe というところで，
黒ゴマかつカレー．
あ，
朝もカレーだったな．
2009 年 10 月 31 日 (土)
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0900 起床．
よくねた
……
朝飯．
コーヒー．
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じつは昨晩のうちに ThinkPad X31
の ext3 ファイルシステムがかなり手ひどく，
と言いますか破滅的にぶっこわれていたんだけど
……
ノンきなことにこの時点ではそのような
蝦夷地某 重大事故であるとは気づいておらず，
「うん? ちょっと調子わるいかな? あとで大学でじっくり調べれば
なおるだろう」
ぐらいに考えてた．
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ということで，
午前中は怠業．
洗濯．
1130 自宅発北大構内走．
ゆっくり走って，
1220 帰宅．
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昼飯．
1350 自宅発．
曇．
雨ふりそう．
1450 研究室着．
[今回の講義のーと]
北大生協印刷部門に依頼しておいた，
70 ペイジ 30 部．
まあ，
今回の
授業
の時間帯・回数・教室は変則的だから，
30 も必要なかったかもしれないけど
……
それ以前の問題として，
じつは翌日の夜になっても ThinkPad 修復作業が続いていて，
授業の準備がまったくできないほうがよほど問題ですなぁ
……
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とにかく ThinkPad X31 のファイルシステムが
どれだけ壊れているのか，
まだ理解していないんで，
2 時間ほど「grub の工夫でなんとか起動できないかしらん」
などと悠長なコトをやっていた．
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どうも CD から起動する必要があるらしいとわかってきたので，
使えそうな円盤をもって帰宅することに．
自宅にしか光学どらいぶがないもんで．
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その前に札幌駅まわりのヨドバシや紀伊國屋書店によりみちしてみたり
……
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で，
よーやく帰宅してあれこれ調べているうちに，
かなりヒドい状況だとわかってきた．
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まず Vine Linux Installer CD の rescue
mode ごときではまったく歯が立たない．
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つぎに Knoppix で起動してみて，
fsck.ext3 -y -C0 -f /dev/hda1
などとやってみたのだが
……
/dev/hda1
つまり Linux のシステムが全部入っている partition
の ext3 ファイルシステムが回復不能なほど壊れてしまっている，
ということが理解できた．
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まあ，
おそらく原因は
……
ネジが紛失して固定されてない SSD (2.5 inch HDD と置き換えたあれ)
がハンパに外れてる状況
(何しろ 5 年ほど前にかった古いマシンで，
しかもモトの部品がほとんど残っていないほど部品交換を繰り返したものなんで)
でファイル読み書きとかやると，
ファイルシステムがむちゃくちゃになるらしい，
という憶測しかできないんだが
……
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しょうがないので Vine Linux 4.2 が入っていた
/dev/hda1
の救出作業は断念し，
ここに Ubuntu Linux
をインストールすることに．
Vine Linux 5.0 にしなかった理由は，
これに変えても (すでにデスクトップ機に VL5 をいれた経験から)
Ubuntu 以上に苦闘するだろう，
と予想できたため．
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自分のマシンに Ubuntu をインストールするのは初めてだが
……
さすがに Ubuntu インストーラーはちょー優秀で，
起動するところまでなら何の問題もなく完了した．
よくこんなの作れるよなぁ
……
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そして，
VL4.2 → VL5.0 と移行するよりも，
Ubuntu 8.10 に移行するほうがラクなかんぢだ
……
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/dev/hda3
こと /home
つまり自分のデータが入っている領域のサルヴェイジ作業だが
……
Ubuntu の fsck.ext3
を使ったおかげなのか，
損傷が少なかったおかげなのか良くわかんないけど，
こちらは無傷で復旧できた!
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しかしこの翌日は Ubuntu 戦力化のための苦闘で終始するのである
……
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0930):
イソップベイカリーのクロワッサン，
とか．
- 昼 (1330):
米麦 0.6 合．
チンゲンサイとギョウザのスープ．
インゲンのバター炒め．
- 晩 (2230):
米麦 0.8 合．
ネギ・卵の炒めもの．
ヨーグルト．
