library(nlme)
の混合モデルを
stepAIC()
したければ，
nlme(..., method = "ML")
てなかんぢで明示的に最尤推定 (ML) する必要あります，
と．
default は method = "REML"
(制限つき最尤推定)
だからね．
help(dbeta) などの
help file
をみると，
dbeta(x, shape1 = a, shape2 = b)
とパラメーターを指定すると
M <- a / (a + b)
V <- a * b/((a + b)^2 * (a + b + 1))
Q <- M * (1 - M) / V - 1
とすると)，
a <- M * Q
b <- (1 - M) * Q
logit(M) <- b0 + b1 * x1 + b2 * x2 + ...
などとモデリングすればよい．
V <- M * (1 - M)
とか?
右辺を比例係数をかけてもいいのかもしれないけど．
具体的な計算方法ですが，このように構築した統計モデルを， ・R の optim() 関数で最尤推定する ・WinBUGS や JAGS を使って階層ベイズモデル化して，MCMC で事後分布を推 定する といった手段がありそうです．郷さんの問題のややこしさからいって，ベイズ モデル化が無難な手法かもしれません．上で書いたような遺伝子発現のモデリ ングはすでに誰かがやっているのではないかと思いますよ． なんとも中途半端なメモとなりましたが，解析の進展のヒントにでもなれば， ということで書いてみました．と書いて郷さんにメイル送信してみる． われながらいいかげんだなぁ …… ここで議論してるモデリング対象は DNA マイクロアレイ， この発現率なる割算値はだいじょうぶなのかね? といつも疑問に思ってしまうのだが ……
aspell -l en_US -c ファイル名
といったところか?
平成２１年１２月２５日付にて コンピュータソフトウェアライセンスの適正な管理の徹底について http://ict.general.hokudai.ac.jp/hp-file/tuchi3.pdf と言う文書を流させていただきました。 説明会以降の主な変更点としては、 ＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝ １． 学生は、当初教員を通じて私物PC 等のPC 等管理台帳ファイルを提出する こととしていましたが、提出方法の見直しを行い、学生もPC 等管理台帳ファイ ルを、メールにて提出専用メールアドレスdaicho@fincance.hokudai.ac.jp)に送 付することにしました。 ２． 学生の私物のPC 等について、PC 等管理台帳の様式2 に記入することと なっていた氏名・メールアドレス等について記入をとりやめ、学籍区分、学部 名・大学院等名、専攻・学科等名、年次のみとしました。 ＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝＝ となっております。 詳しくは上記資料 またはソフトウェアライセンス調査 特設HPを参照ください。 http://ict.general.hokudai.ac.jp/hp-file/sub8.html また、英語版の説明書等については、ただいま対応中であります。 １月下旬までにはリリースを考えていますので、お待ちいただくようお願いします。
なる四角形を作ってみたり．
#98B868．
「久」の背景が黒いのは，
いつもつかってるターミナルコンソールの色なので，
久保っぽいかなぁ，
と思ったのだが
……
#808080．
に変更してしまった)