-
Partition 切って，
mkfs.ext3
して，
Linux な HDD 領域の内容を転送してみる．
sudo dd if=/dev/hda1 of=/dev/sda3 bs=1M．
6.6 GB 転送に 8 分ほど．
dd
なので速い．
-
いろいろ移してから，
なかばマジナイの気分で，
sudo /usr/sbin/grub-install --recheck --no-floppy --root-directory=/mnt/ssd3/ /dev/sda3
として
dd if=/dev/sda3 of=bootlnx.img bs=512 count=1
としてみる．
これらのしかけで dual bootable になるかどうかは，
本日の夕方ぐらいに試しましょう．
-
1500 自宅発．
晴．
1520 研究室着．
-
昨日かいた八甲田作文をみなおす
……
いろいろと不備がみつかったので，
ぢりぢりとなおしていく．
-
修正したファイルをアップロード．
神山さんに連絡．
時刻はすでに 19 時．
-
晩飯くいつつ，
OS デュアルブート問題にとりくむ．
-
2120 研究室発．
2150 帰宅．
-
また SSD 定における OS デュアルブート問題にとりくんでみる
……
いろいろ試行錯誤してみて，
何をどうすればよいのかは理解できた．
ただし，
作業を最初からやりなおす必要がある，
ともわかった．
敗因はゐんどーづインストール CD の partition 切りが
めちゃくちゃだった (少なくとも Linux boot できん)
ため．
いやはや．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1230):
マカロニ・キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
- 晩 (1910):
研究室．
マカロニ・キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
2009 年 08 月 23 日 (日)
-
0750 起床．
ねむい．
雨．
朝飯．
コーヒー．
いきなり晴れた．
-
昨日からつづいている，
「SSD 化した ThinkPad X31 ででゅある boot な環境の構築」
問題，
今朝もいろいろ失敗したあげくに，
どうも partition をぶっこわしていたのはゐんどーづインストール CD
ではなく私自身だという気がしてきた．
-
パーティション間のデータ転送に
dd
を使っていたんだけど，
じつは partition size がそろっていないときに
sudo dd if=/dev/hda1 of=/dev/sda1
てなことをやると of
側の partition table (だろうか?)
を壊してしまうらしい
……
-
あとから考えれば多少時間はかかっても
rsync
とか使えばよかったのだが (しかも実は dd はそんなに速くない)，
「なんとしても dd でケリをつける」
といった理解不可能な視野狭窄にオチいってしまったあげくに，
40 MB の HDD (/dev/hda)
のうち Linux な部分の partition size を
32 MB の SSD (/dev/sda)
でも完全に同じにする，
といった fdisk
作業をやってしまった．
Disk /dev/hda: 40.0 GB, 40007761920 bytes
240 heads, 63 sectors/track, 5168 cylinders
Units = シリンダ数 of 15120 * 512 = 7741440 bytes
デバイス Boot Start End Blocks Id System
/dev/hda1 1 1355 10243768+ 83 Linux
/dev/hda2 1356 1494 1050840 82 Linux swap / Solaris
/dev/hda3 * 1495 3500 15165360 7 HPFS/NTFS
/dev/hda4 3501 4727 9276120 83 Linux
Disk /dev/sda: 32.2 GB, 32296140800 bytes
240 heads, 63 sectors/track, 4171 cylinders
Units = シリンダ数 of 15120 * 512 = 7741440 bytes
デバイス Boot Start End Blocks Id System
/dev/sda1 1 1355 10243768+ 83 Linux
/dev/sda2 1356 1494 1050840 82 Linux swap / Solaris
/dev/sda3 1495 2721 9276120 83 Linux
/dev/sda4 * 2722 4171 10962000 7 HPFS/NTFS
ワリをくってるのは HPFS/NTFS
な区画，
つまりゐんどーづな区画である．
-
昨日のぽりしーをひるがえして，
「先に Linux インストール」
法でやってみる．
ここ数日の苦闘の結果が反映された手順:
-
Linux なパーティションで
mkfs.ext3 /dev/sda1
だの
tune2fs -c 1000 -i 100m /dev/sda1
だの
mkswap /dev/sda2
だの
……
-
time sudo dd if=/dev/hda1 of=/dev/sda1 bs=1m
などなど …… 9-10 GB のコピーに 10 分ぐらいかかった
(ならば rsync とか使えばよかった，と)
-
必要かどーかわからんけど
grub-install
に先だって
mount -t ext3 /dev/sda1 /mnt/sda1
して
chroot /mnt/sda1
-
grub-install --recheck --no-floppy --root-directory=/mnt/sda1/ /dev/sda1
…… /dev/sda ではなく /dev/sda1
にインストールすることに注意
(ただし私のヨワ気のためこの操作は無意味になる
……
また，
蛇足ながら /boot/grub/device.map の編集とかも必要かも)
-
dd if=/dev/sda1 of=bootlnx.img bs=512 count=1
というファイルを作っておいて USB メモリに保存
(あとで，ゐんどーづの boot.ini わざで使うため)
……
ゐんどーづで使う
ethernet driver
とかも同じ USB メモリにいれとく
(これがないと ThinkPad X31 はネットにつながらない)
-
ホントにこれで Linux が boot できるのか心配になったので，
grub-install --recheck --no-floppy --root-directory=/mnt/sda1/ /dev/sda
として Linux だけの状態で boot 試験をしてみる
-
2.5 inch HDD を取り外して，
USB な外付け状態だった SSD を ThinkPad 本体にさしこんで
reboot したら無事に起動できた
-
そこで
/dev/hda になってしまった SSD Linux において，
grub-install --recheck --no-floppy --root-directory=/mnt/hda1/ /dev/hda1
&
dd if=/dev/hda1 of=bootlnx.img bs=512 count=1
というファイルを作りなおしてまたまた USB メモリに保存
-
今度はまだ何も入ってない
/dev/hda4
に対してゐんどーづインストール …… ただただ苦痛
-
さてさて
bootlnx.img & boot.ini
わざ
(atmarkit
の解説が簡潔か?)
……
要するに，
C: 直下に bootlnx.img
を置いて，
コマンド実行窓とかで notpad C:\boot.ini
して C:\bootlnx.img="Linux"
などと追記するだけ
ま，
これで特別なつーるとか使わずに Linux + Windows dual bootable になるわけです
……
1115 作業完了．
ぐったり．
-
ぐったりしつつ新環境の点検などしてるうちに，
外の天気が変わったことを見のがすところだった
……
今日もいーぐあいの曇天模様．
これは走らねば．
1210 研究室発北大構内走．
涼しい．
本日の札幌市の最高気温は 22.8°C．
走ってるうちに雨なども少しぱらつく．
ゆっくり走って，
1300 帰宅．
体重 73.2 kg．
また 73 kg 台にもどってしまった
……
-
昼飯．
1350 自宅発．
曇．
札幌駅のほうまでてけてけと歩く．
[空から見た釧路湿原]
札幌駅南西の巨大書店・紀伊國屋の入り口，
釧路湿原の空中写真が広さ 10 m 四方ぐらいの床上に
貼りつけ展示されてた．
上に乗って見ることができる．
-
札幌駅西のヨドバシカメラで IDE HDD のケイスを買う．
一番の安もの，
880 円．
-
ここから工学部内の耐震工事疎開先まで 1.5 km ほどの歩行．
1520 研究室着．
[HDD case]
SSD 化された ThinkPad X31 から取り外された 2.5 inch HDD
を HDD ケイスというかそのインターフェイス部だけくっつけて，
X31 に USB 接続してます，
の図．
このむきだしお手軽感はいいね．
左上の 2.5 inch は小山さんの壊れ PC から回収された HDD．
なんとなく
ちょっと拡大版
も用意してみた．
-
昔の HDD は壊れやすくてウルさくて
「イヤな装置」
だと思っていて，
10 年ぐらい前から
「円盤くるくるからくりのない計算機があればどんなにすばらしかろう」
と空想していたのだが
……
ま，
よーやく入手できたわけですな．
あ，
不調かつやかましい CPU ファンという回転機構は残存してるか．
-
ともあれ，
しかしながら，
今回 X31 から取り外した HDD
(Hitachi IC25N040ATMR04-0)
に関しては 6 年ちかくの長き酷使の日々，
じつに安定して静かに
動き続けてきた (4200 rpm とゆー低速さがよかったのかも) ．
これからも外付け HDD として働いてくれるだろう．
-
上記写真にも示されてる小山さんの壊れ PC からサルヴェイジした
HDD，
これは壊れていなくて HDD ケイスのインターフェイス + USB
接続でマウントできた．
ただし，
共用 PC のゐんどーづ 2000 だと「保護されてます」とかで中が見えない．
しかし，
私の Linux 機で
sudo mount -t ntfs /dev/sda /mnt/dos
すると，
問題なくファイルにアクセスできた．
パスワード保護の意味がないねえ
……
-
あとでわかったのだが
……
Vista なんかだと (XP も?)
「保護されてる」領域の所有者を簡単に書き換えることできる，
と判明した．
-
ThinkPad X31 (Vine Linux 4.2) 上で
OpenOffice.org を新しいモノ (3.1) に入れかえてみたのだけど
……
起動しようとして
libuno_sal.so.3
とかが見つからなくてエラー，
となったら，
インストール package に含まれてる
sudo rpm -Uvh openoffice.org-ure-1.5.0-9399.i586.rpm
する．
いま，
当方でヒト柱やってる Vine Linux 5.0 上ならば，
とくにこういう作業する必要ナシ．
-
うだうだと本日のぎょーむ日誌なんぞを書いていたら，
いつのまにか日没してた
……
本日の日の入り時刻
を調べてみたら，
なんといつのまにか 1825 となっていた．
どんどん日没時刻は速くなっているね．
考えてみればひと月後には秋分となるのか．
-
えーい，
すでに 6 日間連続で岩波統計モデル本の作業やってないなぁ
……
と反省しつつ，
撤退．
1920 研究室発．
1940 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
卵焼き．
- 昼 (1320):
米麦 0.8 合．
ネギ卵豆板醤炒飯．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ダイコン・マイタケ・鶏肉の煮物．
ヨーグルト．
2009 年 08 月 24 日 (月)
-
0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
雨．
0950 研究室着．
-
「信学会」こと電子情報通信学会に書いた階層ベイズモデル解説の校正．
なんで 3 月末に原稿を提出させておいて，
10 月号掲載なんだよ
……
そういえば，
某研究会誌「蟻」
のために書いた長い原稿はどこに消えたんでしょうかね?
-
工学系な学会の確信に満ちた，
とゆーか狂気にちかい JIS JIS した規格化規格化な
原稿改竄されてしまっていて，
漢字・ひらがな表記などなどことごとく変更されてしまった
……
ここまで勝手に変えられたのは初めてだなぁ．
もとに戻すのはあまりにもしんどいくて
阿呆らしいのでそのまま放置 (どうせ出版後に公開する予定の
HUSCUP
版は当方で好きなようにするわけだし)．
-
ただし「ゆう度」はあまりにもヒドいと思ったので
「尤度」に戻してください，
と指示してみる．
-
速達の返信用封筒が同封されてたので，
それに校正刷をいれて，
工学部玄関前にある郵便ポストに投函した．
ここ工学部北端の R 棟から玄関まで 0.4 km ほどある．
考えてみれば，
疎開先すぐ北の北部生協とかに郵便ポスト，
あったかも．
-
10 月の翻訳版が出版予定の
R グラフィックス
の表紙に掲載する R 作図はどんなのにしましょう，
というご相談メイル．
原書表紙の「月」
は地味ですけど，
たくさんある中のひとつとして示すならいいのでは，
などなどといった返信をしてみた．
-
昼飯．
なぜか晴れてきた．
-
なぜか研究室雑用．
CANON LBP5400 の交換用トナーがなかなか届かない，
と思ってたら
……
いつのまにか 100% にもどっていた．
これって怪談?
……
で，
調査してみたらやはりプリンター本体がぶっこわれぎみで
(ただし再生かーとりっぢに問題あり，と責任転嫁したいヒトたちもいる)，
自分の保有するトナー残量が把握できなくなってるようだ．
-
9/13 の全学停電への対策のひとつとして，
毎年
こういう
保冷剤を使っているのだが
……
いつのまにか 70 kg (!!) のドライアイスが発注されていた．
これは怪談でも何でもなく，
ぽーっとしていた大学生たちのりあくしょん連鎖でこうなった．
ともかく，
よゆーで二酸化炭素自殺できそうな大量の乾氷はきゃんせる．
-
で，
6 日間も放置してしまった岩波統計モデル本の作業に復帰しようとする努力
……
-
……
気がついたら，
Vine Linux 上で無線 LAN の設定をいっしょうけんめい試行錯誤していた．
いかんいかん，
こんなコトをやっている場合ぢゃない．
-
ボルネオの密林からおサルさんメイルが届く．
めりけん自然人類学会誌，
再査読が速すぎ，
チカラいれすぎ．
ぱっと見またまた major revision かと思いきや，
文章表現のコマかいところまでいちいち仔細にチェックしてくれているらしい
……
たぶんヒト以外の霊長類とも会話ぐらいできてしまう
ちょー高度な言語能力なヒトたちばかりなんで，
松田-久保英語でも難なく読解できてしまうんでしょうなぁ
……
-
ボルネオおサルさんは「早く早く」とうろうろしているようだが，
本日は岩波本作業以外は何もやらん，
とすでに決意してしまったあとのマツリ
……
なンかわからんけど，
ばてばてしてきたな．
-
とりあえずあまりアタマを使わずにすむ，
図表まわりの作業のつづき．
どーせこれには時間をとられるのだし，
岩波本作業復帰りはびりにはちょうどよいかも．
-
1855 研究室発北大構内走．
1925 研究室もどる．
1930 研究室発．
1950 帰宅．
体重 73.6 kg．
うーむ．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.6 合．
ダイコン・マイタケ・鶏肉の煮物．
- 昼 (1230):
研究室．
米麦 0.8 合．
梅干．
- 晩 (2110):
米麦 0.8 合．
ダイコン・マイタケ・鶏肉の煮物．
チンゲンサイ・卵の炒めもの．
ヨーグルト．
2009 年 08 月 25 日 (火)
[ベンチから見た空]
また低温研南の樹林帯ベンチで昼飯．
もってきた座布団などひいて，
15 分ほどごろごろする．
晴れてるけど涼しい．
本日の最高気温
22.9°C．
-
また岩波本作業のつづき．
-
16 時ごろまでかかって，
図まわりをひととーり整備．
これでも「図に関しては完了」まで
ほど遠い
のだけど，
とにかく必要とされる 1 step の作業はできた，
と．
-
昨日とどいたボルネオおサルさん問題
にちょっと取り組んでみる
……
-
その後，
また ThinkPad X31 問題にとらっぷされてしまった．
本日は，
X31 がゐんどーづに支配されているあいだ，
どうやって Linux partition 内にあるデータにアクセスするか，
とゆーもの．
その作業内容:
-
まず
Ext2Fsd
の導入
……
これで Linux partition (file system: ext3)
がマウントできる
-
テキストエディター
gvim
の導入
……
これは KaoriYa.net
を使うのがたいへん便利，
ゐんどーづ上から Linux 内ファイルにアクセスして
ぎょーむ日誌とか書ける
-
他の Linux 機からゐんどーづに remote login
する
sshd
……
これは coLinux
導入に失敗してしまったので，
Cygwin の sshd
を使うことに
……
こちら
を参考にさせてもらった．
要点:
-
ゐんどーづの
ファイアウォールの例外設定に
C:\cygwinx\usr\sbin\sshd.exe
を登録
-
Cygwin terminal 上から
cygrunsrv -S sshd
これで他の Linux 機から ssh
でゐんどーづに login できるし，
逆もまたしかり，
rsync
とかも使える，
X server
にもなる (ただし日本語入力まわりはやっかい)
-
1950 研究室発．
2010 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
その後も，
いまや dual bootable になってしまった X31 のゐんどーづ側の整備．
とゆーのも，
なぜかしら私が共著者になってしまっている論文原稿はほとんど
例外なく，
なぜかしら MS わーどなどという悪しき書式にて書かれていて，
しかも OpenOffice.org であつかえないほどヒドい
……
まあ，
いーや．
しかし OOo 化に関しては，
ときどき現状における移行可能性を検討すべきだな．
日本語版 MS わーどは
(そのユーザーども使用技術も，だけど)
ヒドいよ．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
ダイコン・マイタケ・鶏肉の煮物．
- 昼 (1340):
ベンチ．
米麦 0.8 合．
梅干．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
ナス・油揚の味噌汁．
チンゲンサイ・ネギ・ニラ・ピーマン・卵の炒めもの．
ヨーグルト．
2009 年 08 月 26 日 (水)
-
0810 起床．
ねむい．
朝飯．
チャイ．
0900 自宅発．
晴．
0920 研究室着．
-
とりあえず，
おサルさん revision 論文原稿を (よーやく)
印刷出力してみて，
ざっとながめてみる．
-
アタマがサルにならなかったので，
岩波統計モデル本作業のつづきのほうを．
-
ぢりぢり．
-
昼飯．
また樹の下のベンチでひと休み．
-
午後も岩波本作業．
各章のアタマのあたりを書き直して，
全体として首尾一貫
……
してきてるのかなぁ?
[生態学データモデル本]
作文のテが止まってしまったので，
ついつい
Bolker
尊師が昨年出版した本のあちこちをぱらぱらと眺めてみた
……
こりゃー，
あらためて見るといい本ですなぁ，
ということで目次なんかを
書き出して
みた．
こりゃー，翻訳すべきではないかなぁ
……
-
1835 研究室発北大構内走．
1905 研究室もどる．
1920 研究室発．
1940 帰宅．
体重 73.0 kg．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
バナナ．
- 昼 (1255):
北大生協北食堂．
ライス S・揚げ豆腐と小エビあん・カボチャ煮・モロヘイヤとオクラ．
351 円．
安い．
- 晩 (2020):
米麦 0.8 合．
ナス・油揚の味噌汁．
チンゲンサイ・ネギ・ニラ・ピーマン・卵の炒めもの．
ヨーグルト．
2009 年 08 月 27 日 (木)
-
0730 起床．
ねむい．
朝飯．
チャイ．
0850 自宅発．
曇．
0910 研究室着．
コーヒー．
-
今日は大学院入試なのだが試験監督もなければ，
採点ぎょーむもナシ．
ただし，
得点のとりまとめ，
という雑用を命じられた．
すでに残業弁当まで発注されている．
-
うーむ，
ぎょーむ起動状態がよくない
……
-
関係ないけど，
/etc/modprobe.conf
で
alias net-pf-10 off
alias ipv6 off
としてみる．
-
データ解析こんさるメイル．
ふーむ，
Hartigan, JA and Hartigan, PM. 1985.
The dip test of unimodality.
Annals of Statistics 13:70-84
……
これですか．
-
例によって，
R の CRAN には
diptest
なる package があるのだが
(library(help = diptest))
……
これは上記論文 Hartigan & Hartigan (1985) を読まないかぎり，
何をやってるのかまったく理解できない package．
-
で，
Hartigan & Hartigan (1985) の Table 1 に
「標本数が
X なら sqrt(X) * dip
で補間せよ」
ってなコトが書かれてて，
「何だ，こりゃ?」
と思ったのだが
……
上記 library(diptest)
をヒネくりまわしているうちに，
こういう意味ぢゃないかな，
とわかった．
> library(diptest)
> qDiptab[,"0.95"]
4 5 6 7 8 9 10 15 20
0.2072698 0.1863918 0.1647696 0.1599034 0.1539783 0.1466038 0.1396114 0.1187608 0.1051302
30 50 100 200 500 1000 2000 5000
0.0881689 0.0702738 0.0511279 0.0368418 0.0237295 0.0169344 0.0120381 0.0076506
> x <- as.numeric(rownames(qDiptab))
> plot(sqrt(x), 1 / qDiptab[,"0.95"], type = "b")
> grid()
-
また別件のデータ解析こんさるメイル．
極値分布
うーむ
……
-
そして 15 時からまた別のデータ解析こんさる
……
-
これは一時間弱で終了したので，
さっさとサル論文原稿だの岩波本作業にもどらなくては
……
と思ったのだけど，
例によって「ベイズ化による抜本的な改善」
案がおもいついてしまって，
そちら方面にはまりこんでしまった
……
-
そうこうしているうちに，
大学院入試の採点結果集計作業がはじまる．
といっても，
私は全科目合計 200 枚ばかりの答案用紙に書かれた
受験番号と得点を読み上げる
(そして工藤さんが入力していく)，
ばらばらと届く採点結果をひたすらまつ，
といったぎょーむにすぎなかったんだけど．
-
1930 ごろ，
めでたく終了．
残業晩飯．
-
またベイズ化の問題にはまる
……
うーむ，
このゐんばぐすの trap 窓は
……
で苦闘したのだけど，
本日は解決しないまま撤退．
1850 研究室発．
1900 帰宅．
-
部屋にもどって
「うーん，
MCMC が混交しないよー」
とウナされつつごろごろしてると
……
とつぜん解決策がわかってやってみたらうまくいった
(こういう場合はうまくいかない事例のほうが圧倒的に多いんだけど)．
いやー，
すごい!
-
しかし ThinkPad はいよいよ不調だ．
さっさと system board (メイン基板) を交換したほうがよいのかな
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
米麦 0.6 合．
ナス・油揚の味噌汁．
- 昼 (1230):
研究室．
米麦 0.8 合．
梅干．
- 晩 (1940):
残業晩飯．
北大生協に発注されたもの．
2009 年 08 月 28 日 (金)
-
0740 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
0850 自宅発．
雨．
0910 研究室着．
-
じつは昨日から
(有限というか 2 group の)
混合分布モデル
猿になってしまっていて
(蛇足ながら混合分布モデルは mixture model であり，
まぎらわしいけど混合モデル mixed model とは別モノ
……
なのだが，
じつはウラでつながりがある)，
邪悪になりがちな WinBUGS coding の創意工夫をつみかさねていたりする
……
-
たとえば，
WinBUGS のわかりにくい Trap 窓のひとつ，
「ほとんど生起確率がゼロに近い
(0.0000...01 てなかんじの)
事前分布を設定して，
その事後分布からサンプリングしようとすると，
trap 窓がでる (ことがあったりなかったり)．
対処法は，
たとえば生起確率をあらわす logistic 関数に「げた」
をはかせる．
誇張した図示をするとこんなかんぢで
(実際にはゲタはもっと小さくする)．
-
これは一見くだらないワザだけど，
混交のよくない MCMC において「ごくまれにオキテやぶりな遷移が発生する」
ようにしておくと混交が改善する
……
じつは，
これは昔からよく知られていたワザ，
ということで．
-
あるいは二個の混合分布モデルで「どっちが上でどっちが下?」
問題に対処する奇策らしきものも考えた．
それは標本中，
最小 (あるいは最大でもよいが)
の値をもつ標本をたとえば group 1 所属と指定
(実際には group 1 に所属する確率がきわめて高いという事前分布を設定)
するとその group 1 は自動的に「小さいほうの group」
ということに
……
-
まあ，
これは明らかにダメな方式だし，
いつもうまくいくわけでもなさそう
……
なのだが，
あーだこーだと試行錯誤しているうちに，
こういうアイデアもうかんだりするのである．
少なくとも何か試験運転のようなものをするときには
便利かもしれない．
-
で，
午前が終わってしまって，
昼飯くって，
大学院入試の面接会場に．
受験生あいてに何か質問しても
おもしろい回答が得られる確率はきわめて低い，
ということをつくづくサトってしまったので，
ほとんど沈黙をまもっていた．
じゃあ，
なんでわざわざいるのかといえば，
受験生を控え室に呼びにいき，
面接室に案内する役が必要とされるため．
私がやらなければ，
甲山さんなんかは受験生に受験生を呼びにいかせたりするんだよね
(で，
私としてはそれはいくら何でもヒドすぎると思うんで)
……
-
1530 ごろ終了．
面接試験会場だった人文社会系棟
(地環研 A 棟はすでに工事中で使えないので)
から工学部の難民キャンプにもどる．
雨．
-
で，
面接試験中いろいろとアタマの中で考えたのだが，
WinBUGS で混合分布モデルの実装に創意工夫をつみかさねる
とゆー現在の路線からは撤退したほうがよさそう．
-
ハナシを簡単にするために
「ヒト山か? それともフタ山か?」
の判断を AIC によるモデル選択ですませたい
(後記:
じつはこれはよろしくナイ
……
翌日のぎょーむ日誌参照)
-
ならば
EM アルゴリズム
による混合分布モデル推定がよさそうだ
……
-
それって誰かがすでに R package 化してるだろう
-
さて，
いろいろ調べてみたのだが
……
AASC (Austrian Association for Statistical Computing)
の
Finite Mixture Models
project のペイジで紹介されている
library(flexmix)
がよさそうだ．
詳しい
vignette
もある．
-
同 project では
bayesmix
なる JAGS
を利用したベイズな混合モデルの R package もあるのだが
……
まあ，
今回は AIC によるモデル選択でハナシをすませてしまいましょう，
と．
-
さらに蛇足ながら，
およそ何でもある
library(VGAM)
の
vglm()
において
family = mix2normal1
などと指定した推定計算が可能であり
(おそらく EM アルゴリズムではなく単純に最尤推定していると思う)，
フタ山な正規分布のパラメーターを推定できる，
とわかった．
-
で，
library(flexmix)
の挙動をいろいろ調べてみる．
推定結果を格納する flexmix
class は S4 class なので，
slotNames(results)
や
results@components
といったふうに操作する．
-
AIC とかも評価してくれるので，
まあ，
とりあえずはモデル選択とかもお手軽にはできそう．
連絡メイルなど書いてみる．
-
アタマばてぎみ電池きれぎみなので，
撤退．
1930 研究室発．
2000 帰宅．
晩飯．
-
今日もおサル論文原稿改訂もできなければ，
岩波統計モデル本作業のつづきもできなかった
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
ネギ・ブナシメジ・豆腐の炒めもの．
- 昼 (1230):
北大中央生協．
ライス S．
和風ハンバーグ．
サラダバー．
522 円．
サラダバーで野菜・海藻をたくさんとったので，
やや高めになった．
- 晩 (2040):
スパゲッティー．
2009 年 08 月 29 日 (土)
-
0740 起床．
よくねた．
朝飯．
コーヒー．
怠業．
-
あら，
もう昼すぎか
……
昼飯．
1330 自宅発．
晴．
1350 研究室着．
-
さっさとやるべきことはいろいろあるのだが
……
いつものごとく，
ひたすらワキ道ふらふらに時間をとられてしまった．
-
Linux の設定．
/etc/sysconfig/kudzu
において safe = yes
としておくと何かよいことあるだろうか?
-
ついでに無線 LAN などのめんどい
(というか複数の wep の管理などの)
設定は，
gnome-panel
を経由せずとも
sudo network-admin
で OK．
-
Dropbox．
Vine Linux 4.2 にクライアントはインストールできない．
nautilus
の library が古い，
とゆーおよそどうでもいいナサケない問題が原因．
Vine Linux 5.0 なら問題なくインストールできた．
-
そしてまた混合分布モデルのメイル書き
……
-
テングザル論文原稿の「再」 revision
にとりくむ．
といっても，
だんだんへろへろしてきたので，
やや脱力ぎみな推敲．
松田君の cover letter 修正，
そして暴走ぎみな editor 氏のサル社会構造の進化
(!)
に関する overdiscussion
(editor が overdiscussion を命じるこの不思議さ!)
をそのまま書いた松田君の新ぱらぐらふを
(サル学どしろーとな私が)
丸ごと書き換える作業
……
サル学な世界は不思議だ．
-
松田君に連絡して一件落着
……
したことにしよう．
1900 研究室発北大構内走．
すでに 40 分以上前に日没．
札幌市は明るくてあまり星が見えない．
しかし本日は空気がよくすんでいるようなので，
いつもより良く見えるようだ．
東のほうの空では木星が明るく輝いている．
これはここしばらく札幌の夜ではもっとも目立っている天体のひとつ．
西のほうに赤っぽい明るい星が見えたので，
火星かしらん?
と思った
(しかし，
あとで
今日の星空
で調べてみたら
アルクトゥルス
だった)．
1930 研究室もどる．
1940 研究室発．
2000 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
[臨時に設置されたトイレ]
明日正午すぎにスタートの北海道マラソンにそなえて，
コースの一部となる北大構内にもトイレが設置されたり，
テイプがはりめぐらされたり．
このトイレ，
選手用というより応援者用みたいだね．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
カブの味噌汁．
- 昼 (1230):
米麦 0.6 合．
カブの味噌汁．
ダイコンの葉の炒めもの．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
セロリの炒めもの．
ダイコン・ニンジン・鶏肉の煮物．
ヨーグルト．
2009 年 08 月 30 日 (日)
-
0730 起床．
あまりよくねむれなかった．
ねむい．
朝飯．
チャイ．
ぐったり怠業．
-
1040 自宅発．
曇．
北 9 条小学校で衆議院議員選挙の投票をすませてくる．
やっぱりお年寄りがおおいような気がする
……
1120 研究室着．
コーヒー．
-
学校にきてもへろへろ感がとれないよー，
とぐったりしつつ研究室で昼飯なんぞ食ってると，
宮田さんに連行されて 2 時間弱ばかり，
苫小牧樹木の光合成速度の階層ベイズモデル検討，
Lattice な図をいろいろ作ってみて，
得られた事後分布の意味するところを確認してみる
……
これで問題ないんじゃないでしょーか．
ただし「選択バイアス」みたいなものは気になる．
まあ，
いつかは，
星野さんの
調査観察データの統計科学
で述べられているような，
きちんとした欠測・選択バイアス補正をした
統計モデリングがやりたいものですなぁ
……
-
で，
時刻は 14 時前．
そろそろ，
1210 にスタートした
北海道マラソン
の先頭ランナーが北大構内 (40 km 地点)
を通過するはず，
ということで院生たちと疎開先の工学部 3F からコースを見物してみた．
[先導のパトカーがきて]
1412 ごろ．
北大構内走
もずいぶんとおおげさなものになりますなぁ．
[白バイがきて]
そのあと計測車とか，
先導自転車隊 (?)
なんかが通過して
[まだまだ車両ばかり……]
今度は放送車と白バイが
……
[トップランナー]
写真右はじに写ってるのが，
ぶっちぎりのトップ
ダニエル=ジェンガ
選手．
長身，長い脚で軽やかにかけぬけていきました．
[また車両]
で，
そのあとはしばらくランナーがこなくて，
放送車 (バイク?)
が通ったり
……
とにかくジェンガ選手の独走で，
しかも 40 km 地点ではたぶん先頭から末尾まで
完全にばらけてしまっているのではないかなぁ
……
[2 位以降の]
ランナーたちがぽつぽつと走っていきました．
この大会は一般ランナー 8000 人ばかり参加してるそーで，
人通りのピークはこのあと 1-1.5 時間後ぐらいになるもよう
……
北大構内では 17 時まで交通規制．
まあ，
私は研究室にもどりました．
-
どうもぐったりぎみで，
ぎょーむが進捗しない
……
ThinkPad X31 もハードウェア不調ぎみ
……
さっさと基板を交換しなくては．
-
そして，
さっさと岩波本 & 来週の発表準備をしなくては
……
と思ってはいたのだが，
なんだかアタマばてぎみのまま
CPAN 更新にはまってしまった
……
-
まぬけだ．
2020 研究室発．
2040 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
昨日，
混合分布モデルを AIC でモデル選択
てなコトを書いてたけど，
有限混合分布の山の数をAICで決めるのは、（特異モデルなので）
理論的に根拠がなく、実際上もたぶん多すぎる答えになる・・
というのは有名ですが・・ ちなみに変化点も同じです．
とのご指摘をいただく．
そうでした．
ド忘れしてました．
-
となると parameteric bootstrap 検定とか，
何かそういった bootstrap 的なコトになりますなぁ
……
まあ，
今回のデータセットに関して，
AIC によるモデル選択が
「どれだけ悪いのか」
も調べてみたら
おもしろいだろう．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
シリアル．
ヨーグルト．
- 昼 (1200):
研究室．
食パン．
キュウリ．
ハム．
- 晩 (2140):
米麦 0.8 合．
ダイコン・ニンジン・鶏肉の煮物．
コマツナ・油揚の煮びたし．
2009 年 08 月 31 日 (月)
-
0800 起床．
ねむい．
朝飯．
0900 自宅発．
曇．
0920 研究室着．
コーヒー．
-
一週間後に京都南部で
発表
しなければならない
……
ので，
他のコトはおいて，
その準備にとりくんでみる．
-
といっても，
いろいろな切り貼りですませてしまおう，
という腹案なのだが
……
今年 2 月の
統数研講習
と，
去年 3 月の生態学会ベイズ集会の
コメント
と，
今年 3 月の生態学会ポスター
発表
あたりを使いまわせないかなあぁ，
と．
-
LaTeX な発表の使いまわし，
けっこう手間かかる
……
まずは階層ベイズモデル説明からよけーなハナシをそぎおとす努力．
-
car.normal()
な図とか，
ウミガメな図を追加してみたり．
library(Cairo)
で作図やりなおしてみたんだけど，
キレイに出力されるねぇ
……
-
とりあえず，
おおざっぱな配列はできたんだが
……
ぜんぜんハナシがつながっていない．
そして 30 分間のハナシにたいして，
紙しばいが長すぎる．
-
また，
明日以降にナヤむことにして
……
過去 4 日間 (!) も放置してしまった岩波本作業のつづき．
-
ちょっとだけススめて，
撤退．
1840 研究室発．
1855 帰宅．
ちっこい無線 LAN router うけとる．
晩飯．
設定の試行錯誤．
[無線な試行錯誤]
院生部屋の無線 LAN は私の研究室には届かないので，
ちっこい無線 LAN router (というか bridge というか)
を 3000 円ほどで買ってしまった．
Planex
GW-MF54G2
(これは最新型ではないので安く買えた)．
いろいろ設定の試行錯誤して時間とられてしまった．
PC カードは Corega
WLCB-54GT．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.6 合．
ホッケの電磁波酒蒸し．
- 昼 (1230):
研究室．
米麦 0.8 合．
梅干．
- 晩 (2100):
米麦 0.8 合．
ナス・豚肉の炒めもの．
ヨーグルト．
