ぎょーむ日誌 2009-07-(21-31)

2009 年 07 月 21 日 (火)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 曇． 最高気温 20°C 未満の日がつづく． まあ， 涼しくてけっこうなコトだけど． 0840 研究室着．
• 藤沼君の外来植物-野性ブタ論文原稿を読む． Rhett Harrison が修正してくれたので， でだしの部分は …… まあ， われわれでは書けないような作文になっている． しかし， introduction 節の後半からはあまりちゃんと見てもらえなかったようで， へろへろなものとなり， 難読．
• とちゅういくつか， 別件のデータ解析こんさるいくつか．
• 午前中はそれで終わってしまった． 昼飯． 外は雨．
• 午後も 2 時間ほど外来植物論文原稿よみ． まあ， まだまだ投稿できる段階ではない， とわかった．
• 八甲田山湿原の迷宮でもがく ……
• すでにこんな時間か …… 今日も岩波本を進捗させられなかった． 1950 研究室発． 2010 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどうしてないし
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 食パン． ソーセイジ． 卵焼き． トマト．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． タマネギ・ニンジン・トマト・鶏肉のカレー． ヨーグルト．

2009 年 07 月 22 日 (水)

• 0750 起床． ねむい． きぶん悪い． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 今日はけっきょく北大では日蝕は観察できなかった． 0945 研究室着．
• 八甲田湿原群落あれこれ階層ベイズモデルの再計算．
• なぜか苫小牧研究林から不思議な写真が．

[北岡たわー]

…… とよばれてるそうです (拡大)． 小池研究室の北岡さんでしょうなぁ …… で， この苫小牧で宮田さんが何やら実験するそうです．

• で， 八甲田なんだが …… 新しく追加する植物種の「在・不在」計算， けっこうめんどうだ． そもそも， この群落解析には species という概念のないんだけど， species ごとの特性を説明変数にする必要がある． やっかいなのは「葉の角度」(!) というやつで， 「不在」の場所ではとうぜん測定しようがない．
• で， 何ともベイズ的な工夫なンですが， 角度欠測な plot は「まわりをみて」， つまり測定した plot を参考にして欠測をうめる， という手段でとりつくろうことにした． このモデリングにはいろいろな方式があるんだけど， とりあえず一番安易とゆーか手抜きな方式でごまかすことにした． すなわち， 観測値のわりざん値． 悪しき作法ですな．
• しかし計算はまあ問題なくオワった．
• で， 他の計算もあれこれ細かいところを修正 …… いつものごとく， 「観測誤差と個体差の区別がつかない」 問題などなど．
• 結果とりまとめて， ファイルアップロード． メイル連絡．
• で， ひとくぎりついたと思ったら， 松田君からお花見おサルことテングザル論文続報 …… American Journal of Physical Anthropology で major revision ですか． まだまだ油断できませんな． しかし， physical anthropology って何かしらん? と思ったら 自然人類学， 「人類やチンパンジーやゴリラなどヒト科の共通祖先からどのように 原生人類が進化してきたのかを解明する学問」 とのことで， 形質とか進化とか何の関係もない， このお花見おサル研究なんかを こういうぢゃーなるに投稿しても査読してもらえるんだねえ ……
• ついでに何やら宣伝が …… 8/2 の NHK ダーウィンが来た! でテングザル & 松田君が登場するそうです． なになに， TV をもってない久保さんは NHK オンデマンド で見ればよいわけですか …… って， これ 有料 のよーで．
• で， 査読報告よみだけでオワってしまった． 松田君に連絡メイルかき． 1850 研究室発． 1900 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． タマネギ・ニンジン・トマト・鶏肉のカレー．
  • 昼 (1230): 研究室． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2120): 米麦 0.8 合． アジの塩焼き． ダイコン・ニンジン・豚肉の味噌汁． ホウレンソウ． ヨーグルト．

2009 年 07 月 23 日 (木)

• 0730 起床． ねむいけど， 少し回復． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． ひさしぶりに朝から晴． 0920 研究室着．
• 過去 3 日間まったくススめていなかった 岩波本の第 2 章の改訂作業をススめる．
• しかしあまりススまぬうちに， 外付け HDD バックアップ作業にはまってしまった． このハードウェアは 2005-08-09 に …… 何やらおびえながら 購入したものだったよーで． 先日， その (もと) 大学院生が返却してくれたので， 私が使ってみることに． 容量 80 GB．
• で， 私がバックアップすべき全データは 現時点で 3-4 GB 程度なので， HDD に「/home/kubo 以下を rsync でまるごと差分バックアップ」 スクリプト書き & 試験に少々てこずっておりました． まあ， これでネット上のさーばー以外にも高速ばっくあっぷ 可能な場所が増えた， とゆーことで．
• ほかにも細かい用事がわりこむ．
• でオワって昼飯． ちょっと紙きれのたぐいの整理． これでかなり混乱状態がおさまった．
• 岩波本作業のつづき．
• 八甲田湿原群落の地上部バイオマスに関するメイルかきにとらっぷされる …… うーむ， 「いなかった種」 のあつかいがイマいちだったことに， いまさらながら気づいた． まあ， なんとでも対処はできるけど， どうしたもんですかね．
• 岩波本作業のつづき …… 確率分布なる考えかたを説明する第 2 章， 修正していくのがすっかりイヤになったので， ひと区切りつけて第 3 章の作業にススむことにする． 本の最初から最後まで何度もぐるぐるまわることになるんだろう．
• 1840 研究室発北大構内走． 1920 研究室もどる． 1930 研究室発． 1950 帰宅． ひさしぶりに測定してみたら …… 体重 73.0 kg． まあ， こんなところか．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): ハムサンドイッチ．
  • 昼 (1230): 研究室． ハムサンドイッチ．
  • 晩 (1930): デンスケでサバ弁当．

2009 年 07 月 24 日 (金)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• データ解析こんさるメイルかき， あれこれ．
• …… で， 午前中がほぼオワってしまった． やれやれ．
• 午後はじりじりと岩波本の第 3 章にとりくむ．
• 1830 研究室発北大構内走． 1910 研究室もどる． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 食パン．
  • 昼 (1220): 研究室． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2110): 米麦 0.8 合． ニラ・シシトウ・卵の炒めもの． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ． ヨーグルト．

2009 年 07 月 25 日 (土)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー．
• 早めに起きたのはいいんだけど， どうにもへろへろしたかんじで一日休養しておわった． よく休んだので元気になった．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0720): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1230): 蕎麦．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． アスパラガス・ベイコンの炒めもの． オクラと豆腐． トマト． ヨーグルト．

2009 年 07 月 26 日 (日)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー．
• 1330 自宅発． 曇． 1350 研究室着．
• うーむ， いろいろメイルがきている ……
• 宮田さんと苫小牧シュート論文の introduction 節に関する相談．
• なんでも， 奈良まち しぐれ なるうたがあるそーで．
• 夜まで八甲田湿原群落の再計算． 途中で葉角度の確率分布化を忘れていたことに気づいたので， 最初からやりなおし …… 結果はまあ「バイオマス分画」(種) は標高には影響されない， と． まあ， 2007 年 9 月末 に八甲田湿原で苦闘してたときに作った図， あるいはもっと単純に xyplot(sqrt(massA) ~ alt | sp, groups = evergreen, data = d) としてみた図 (下) を見てもそうなっているわけだし．

• ファイルアップロード & 報告メイル． とりあえず， 一件落着か?
• 2020 研究室発． 2040 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1250): スパゲッティー．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． ダイコン・ニンジン・豚肉の味噌汁． トマト．

2009 年 07 月 27 日 (月)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• 何やらまたアヤしげなことを …… 未来の自分のド忘れ用に書いておくと， e-Rad なるアカウントはすでに取得ずみ．

  【電子申請システム（科研費）】
  １．平成２１年８月２４日（月）以降は、これまでログインに使用して
  いたＩＤ・パスワードは使用できなくなります。
  ２．上記期日以降は、e-Radから発行されたＩＤ・パスワードでe-Radに
  ログインし、学振電子申請システム（科研費）に接続することになり
  ます。
  ３．電子申請システムを使用する他の事業（国際交流事業、研究者養成
  事業）については、従来どおり電子申請システムから発行されたＩＤ
  とパスワードを使用します。
  

• 他にもやるべきコトはいろいろあるのだが …… 岩波本にとりくむ． 2 日間まったく作業してなかったので．
• ともかく， これに関しては， 講義のーとをアタマから最後まで 一回きちんと見直せば完成するはず， といったたぐいの幻想は捨てて， 「何度も何度も見直して本のカタチにする」 とカクゴを決める必要がありそうだ．
• R 作図わざ本を翻訳したときも， 何度も詳細に見直していったけど， このときは各部の作業が独立していたかんじだ． ところが岩波本の場合は， ある部分を見ていると他の部分なんかも気になったりして， なかなかススまない．
• そこで， 現時点では 他の部分はあまり気にしないように， とりあえず深いりは避けて直せるところは直したい， という気分になっている． つまり， 全体を何度かざっと表面的に直していってから， 全体の整合性をとるような作業をしたい， といったところで．
• とにかく， 現時点での見直し作業では， 内容に踏みこんだ検討がほとんどできない段階のようで， 表面的な修正にだけ時間をとられている．
• しかしまあ元ねたナシの， ゼロから書いていくよりは講義のーとベイスで書いていくほうが ラクなのだろう． 最終的には， ばっさり削られる部分や新規に書く部分もでてくるんだろうけど．
• とちゅう昼飯など食べつつ， 第 3 章 (ポアソン回帰) を表面的にざっとなおしていく．
• ひとまず第 3 章の「ざっと見」 はオワったことにしてしまおう …… 時刻は 14 時前．
• さて， 論文再投稿するんで原稿みてください， という案件がふたつあるのだが …… 松田君のテングザル論文原稿と， 鍋嶋さんの苫小牧樹木直径成長論文．
• …… どちらを放置しておいたほうがコワいだろうか， と検討している自分に気づいてしまった．
• そして気づいたら， 苫小牧樹木直径成長論文原稿をチェックしていた ……
• 雨がふってきた．
• 苫小牧樹木成長論文みなおし作業， 鍋嶋さんが書かれた部分を (ひとまず) とおりぬけて， 私が書いた統計モデリングまわりを読む． いろいろ修正すべき部分がみつかる．
• Results 節の手前でチカラつきたので撤退． なかなかしんどい． 2020 研究室発． 雨． 2040 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづきますなぁ ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジ・豚肉の味噌汁．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン．
  • 晩 (2200): 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジ・豚肉の味噌汁． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．

2009 年 07 月 28 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• 岩波本， 今日は第 4 章 (モデル選択と検定) と「とりあえずざっとひととーり修正」 にとりくんでみる．
• 岩波「確率と情報の科学」 の 調査観察データの統計科学， 明日発売か …… おもしろそうな内容だなぁ．
• なぜかしら圧迫感を感じる．
• 昼飯．
• 15 時ごろから昨日の苫小牧樹木直径成長論文の見なおしのつづき．
• 読めばわかるけど， 鍋嶋さんの作文は重厚である． 巨石を密につみあげた古代建築のようなものかもしれない． 石のひとつひとつで立ち止まってしまう． 石の形状・配置は適切である， と思える． しかし何かひっかかる． こう修正できるんじゃないかな， といった修正案を考えてしまう． しかし修正しようとすると， 上下左右前後の石がそれを許さない …… といったかんぢで． 重い．
• これがテングザル松田君のおきらく作文なら， パラグラフまるごとぽいっと気軽に削除・書き直しできるのかもしれない ……
• くたびれてきたので， 1900 研究室発北大構内走． 1945 研究室もどる． 1955 研究室発． 2020 帰宅． 体重 73.4 kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・豆腐・ハムのサラダ．
  • 昼 (1250): 道外からお客さんが来たのでいっしょに昼飯． 北大北側から出てすぐの Monte Rosa でサンドイッチ． 静岡産紅茶とかいただいてしまった．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・豚肉のカレー． キャベツ・ネギ・豆腐・ハムのサラダ． ヨーグルト．

2009 年 07 月 29 日 (水)

• 0850 起床． よくねむれなかった． ねむい． 朝飯． 0920 自宅発． 曇． 0935 研究室着． コーヒー．
• この日はけっきょく夜まで苫小牧樹木直径成長論文の 原稿ファイル修正作業でオワってしまった． わーどファイルな一日 …… さいきんはもうこの呪われソフトウェアばかりで， すっかりイヤになります． うう．
• 細かいあれこれも途中でいろいろわりこんできた． 週末のおうぷんキャンパスの院生ばいとの手配， 生体学会さーばーの点検， 呪われわーどファイルの中に複数の異なる用紙サイズが混在して 印刷出力できません (私もいーかげんこのソフトウェアにヤラれてるわけだけど 「文書かきソフトウェアはわーどしかありえません」 といった MS おひす大好きヒトたちほど， その「文書モデル」を理解しないまま使用し， その結果としてファイル内部の構造が複雑怪奇なものに 発展させがちのように思える)， 院生データ解析あれこれ ……
• ほー， 共立出版のサイトの 2009年10月以降の主な刊行予定 に R Graphics 翻訳版が入ってますな． いつになることやら．
• 苫小牧樹木直径論文の改訂はのそのそとしたもので， 日没時刻ちかくになってようやく終わった． 鍋嶋さん・日浦さんに連絡． 1920 研究室発北大構内走． 2000 研究室もどる． 2030 研究室発． 2050 帰宅． 体重 74.0 kg …… うーむ， 解釈としては「うんどう休養日つづく」→「急にうんどうの日々」 と変化させたときに (理由はよくわからないんだけど) 生じる水収支のくずれによる体重急増． たぶん塩分摂取量のびみょーな変化とかも関係してそう． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・豚肉のカレー．
  • 昼 (1230): 研究室． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． キャベツ・ネギ・卵の炒めもの． ヨーグルト．

2009 年 07 月 30 日 (木)

• 0740 起床． ねむいよー． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴ときどき曇． まあ， 今日も暑くない一日になるはず． 予報では， 本日の最高気温は 24°C， とうぶん真夏日にはならない， とのこと． 0910 研究室着．
• 2 週間ちかく放置しているイヤなぎょーむがひとつあって， そいつをそろそろ終わらせたいところだが …… しかし， 昨日はけっきょく岩波本がススまなかったので， まずはそちらから先にとりくむことにしよう．
• モデル選択 & 検定をあつかう第 4 章に， きまぐれに FAQ モデル選択 をはりつけてみた． どうなることやら．

• 上を見ればわかるように， 本文もまだまだ修正しないといけないんだけど， 現時点である章の詳細な修正に没頭すると， まったく身うごきできなくなる …… ということで， 次の第 5 章に移ることにする．
• 講義のーととは順番をいれかえて， この第 5 章が二項分布とか offset 項をあつかう 「何でも割算するな!」 章となる．
• 昼飯後もぽちぽちと作業をつづける．
• dvipdfmx 使用時に

  	** WARNING ** Too thin line: width=1 (1.52018e-05 bp)
  	** WARNING ** Please consider using "-d" option.
  

  といった警告がでる場合は， 指示どーりに dvipdfmx -d 5 などと指定すると抑止される． man dvipdfm してみても， いまいち判然としないのだけど．
• 岩波本作業， ばててきたので 1330 ごろ終了．
• で， 放置してたイヤなぎょーむ (査読みたいなもの，か?) を処分することに． いつまで inbox にゴミみたいなメイルを放置しとくのも 気分わるくなってきたので．
• 30 分ばかり費して処分． なンともヤな作業だった． まあ， これでこの件は完全にオワったことにしたい， ものだなぁ ……
• で， テングザル論文の改訂作業の分担ぶんにとりくむ ……
• なかなかアタマがサルにならないなぁ， とうだうだしながら主著者の松田君と図の改訂のメイルやりとりしていたところ …… 例の NHK 動物番組「ダーウィンがきた!」テングザル篇 の続報いろいろ教えてもらった． そして， 予告 (来週以降の URL はおそらく これ) の動画のテングザルが「ぽーん」とジャンプする川渡り (とゆーか，川落下とゆーか) を見ているうちに， アタマが少しサルになった． 取材ウラ日記 (来週以降の URL はおそらく これ) の写真も楽しい．
• しかし査読者の「あれこれ修正しろ」命令はなかなかめんどくさく …… 1855 研究室発北大構内走． 1930 研究室もどる． 1935 研究室発． 1955 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 35 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 食パン． 卵焼き．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2110): 米麦 0.8 合． モロヘイヤ・餃子のスープ． ヨーグルト．

2009 年 07 月 31 日 (金)

• 0730 起床． ねむい． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0845 研究室着．
• 岩波本作業のつづき． いま (とりあえず表面的に) 修正している第 5 章は logistic 回帰とか offset 項とか， 「脱」割算なデータ解析のハナシなんだけど …… 講義のーとにはいれなかったハナシとして， 「じつは， logistic 回帰と同じパラメーター推定結果とまったく同じ結果が 得られる Poisson 回帰の方法 (対数線形モデル) がある」 といったことを追加しようと考えている． 例題として， こんなもんでどうだろう， というのを 対数線形モデル としてメモしてみた．
• この作業， けっこう時間をくってしまった．
• 本文修正作業はあまりススまぬまま昼休み． 外にでてみる． いつも北大構内走している低温研-獣医学部-恵迪寮前の軟舗装歩道 (つまりエルムトンネル上) の横のベンチでのんびり．

[外で昼飯 & 昼寝]

標準的な昼休み時間からちょっとずれていたので， 休んでいるヒトはほとんどいなかった． 木陰なので涼しい． 昼飯を食って， 部屋からもってきた座蒲団と短い毛布 (冬期室内防寒用) をベンチにひいて 20 分ほど横になった． 低温研南でテニスコート新造工事をしてるんで (写真奥の工事カベの向こう)， ちょっとウルさかったけど， まあすっきりしました．

• 午後も少し岩波本作業．
• しかしいろいろとわりこみが …… Richard がモノ好きにも (とゆーか本邦ではゐんどーづ英語版を安価に入手できないからなのだが) Ubuntu 派生な CrunchBang Linux 使ってて， こいつの無線 LAN 設定をやれ， と．
• で， ぎょーむ日誌 2009-06-24 の Ubuntu 無線 LAN 化作業を参考にしたんだけど， ゐんどーづ用 driver インストールは例によって ndisgtk 経由で ndiswrapper 使って何とかなるわけだが， 設定のほうがなんだかうまくいかず． とりあえず， 不本意ながら有線化でしのぐことにした
• ついでに apt-get を駆使して日本語メイルなどなど読めるようにした …… やっぱ Ubuntu 系は package の充実度がスゴイわ．
• おサル論文の作業． 本日は図まわりの修正しか進捗しなかった．
• 1915 研究室発北大構内走． 2000 研究室もどる． 2030 研究室発． 2050 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． 鮭．
  • 昼 (1255): 低温研南の緑地． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2200): 蕎麦． キャベツ・ネギ・ショウガ・卵の炒めもの． ヨーグルト．