ぎょーむ日誌 2009-07-(11-20)

2009 年 07 月 11 日 (土)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． そうじ．
• 昼飯． 怠業． 1410 自宅発． 曇． ちょっと雨． 1430 研究室着．
• 1.5 年ほど前 に苦闘していた八甲田湿原植生あれこれ計算， なぜかしら論文の共著者になっていたので， 論文原稿を読んでみる．
• うーむ …… ホントにアタマの中からキレイさっぱり内容が脱落していて， 何がどうなっているのやら?
• さてさて， どう修正すればいいのかな， といった案もカタまっていないけど撤退． 1930 研究室発． 1945 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづいております ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): イソップベイカリーのクロワッサンとか．
  • 昼 (1230): キャベツ・ネギ・ハムのサラダのサンドイッチ． リンゴ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.8 合． ニラ・ブナシメジ・卵の炒めもの． ヨーグルト．

2009 年 07 月 12 日 (日)

• 0700 起床． ねむい． ぐったり． 朝飯． コーヒー． ぐったり怠業 ……
• でオワってしまった． 午後は 1 時間ぐらい寝てしまった．
• [今日の運動]
  • で， うんどう休養日もつづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): キャベツ・ネギ・ハムのサラダのサンドイッチ．
  • 昼 (1330): 蕎麦． リンゴ． この季節になると「はずれ」のリンゴの確率がかなり高い． 次のシーズンまで買うのはやめたほうがよさそう．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． ネギ卵炒飯． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ． ヨーグルト．

2009 年 07 月 13 日 (月)

• 0820 起床． ちょっと回復． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 雨． 0930 研究室着．
• 北大ネット (HINES) に関するメモ． IP アドレスとドメイン名は無関係， のようだ． 少なくとも HINES の承認が出れば， どの場所でもどんなドメイン名でも使える． どんな DNS server を使っているのやら．
• ちょっとメイルかきとか．
• 八甲田群落論文のヤブにとびこんでもがいてみる …… 少しはこのヤブの中の方向感覚がわかってきた．
• ということで， いろいろ質問 & コメントメイルかき． 時間かかる．
• 送信． ぐったり． しかし少し見とおしがよくなったのですっきり． 時刻はすでに 13 時すぎ． すぐ近くにある北部生協に行ってみる． うっかり 2F 書籍部に入ったら 40 分ぐらいとらっぷされてしまった …… アブない場所だ． 1F 食堂で昼飯． 支払いのときに， 現在の IC カード型プリペイドカードの使いかたを理解してなくて (いいわけ: 使うの初めて)， レジの行列を 20 秒ばかり止めてしまった．
• 昼飯くいながら， 現在の「仕事のとどこおりぐあい」 を検討してみた． あえて「着手する・ススめる優先順位」 をつけるならこんなところかな?
  1. 岩波本
  2. 共著論文 (主著者でないもの) …… これは驚くべきことに現在 9 本も関与している! (させられている?) …… さらに悪いことに， どれも終わりがまだ見えてない ……
  3. 自分が主著者の論文 …… まずはアリケンカ論文をさっさと再投稿したい
  4. 9 月の計算統計学会の発表の準備
  5. 11 月以降 (?) の授業の準備 …… 今年度は地環研での統計学授業はどうなるか不明 (連絡がめちゃくちゃだから)， ただし霊長研での集中講義がある
  気分的にはアリ論文を最初にさっさと投稿して， 「脱」アリしてしまいたい． しかし， そうすると岩波本がどんどんあとまわしになるので， まずはこれに着手したほうがよさそう．
• とにかく， 岩波本は毎日少しずつでもススめていかなければ終わらないだろう． 可能であれば， 週に 2-3 日はそればっかりやったほうがいいような．
• ということで， 前後左右よく考えずに， とりあえず岩波本の LaTeX ファイルに (やみくもに，ともうしますか) とりくんでみる．
• いろいろと関連書類をみなおしてから， とりあえず， 講義のーと を岩波 LaTeX スタイルにながしこむ努力．
• 夜になってから北大構内走に出ようとしたんだけど， 雨にはばまれてしまった．

[工学部 R313A 室: 甲山・工藤部屋]

おとなりの R313B 前には工藤さんが作った， このような紙がはりだされた． 院生たちは「カッコいいなぁ」とほめる． これをみた露崎さんが対抗して作ったものは ……

[工学部 R313B 室: 露崎・久保部屋]

なんだか心霊写真 (拡大) みたいですけど， 「中島みゆきを一日一度は聞く会 ♥ 北海道大学大学院地球環境科学研究院支部   工学部出張所」 だそーです． いつのまにやら， 私にも「会員番号 008」 とかがふられているし ……

• 1855 研究室発． 雨． 1920 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • またうんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): キャベツ・ネギ・ハムのサラダのサンドイッチ．
  • 昼 (1350): 北部生協． 生協サンドイッチ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． 麻婆豆腐． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ． ヨーグルト．

2009 年 07 月 14 日 (火)

• 0750 起床． よくねた． 朝飯． 0830 自宅発． 曇． 0845 研究室着． コーヒー．
• ここ 「耐震工事難民キャンプ」 みたいな 工学部 R 棟では本日も (学内のどこかからの) 耐震工事移転作業のひっこしが． なんともおちつかない．
• 岩波本作業． 昨日はポアソン回帰の講義のーとを 第 3 章として岩波本 LaTeX ファイルにながしこむ， という作業をやってみた． 今日は (まったく何の工夫も思慮もなく) 残りの部分全部をながしこんでみる …… ごちゃごちゃと細かい修正が必要．
• とりあえず， 本文 157 ペイジになった． 赤穂さんの カーネル多変量解析 は本文 198 ペイジなので …… つまりこの講義のーと的な内容をもっときちんと書くと， だいたいそれぐらいの分量になりそう．
• 最後の章には， 時系列とか空間統計モデルについて言及しようか， と考えていたけど分量的に無理かもしれない． それからモデル選択 & 検定は独立した章であつかわない 予定だったんだけど， 分量的・内容的に独立した章にするのがよさそう．
• とまあ， やみくもに LaTeX 化してみると， いろいろわかります， と． こんなかんじで目次が生成されたり，

• 図表も入って「本」っぽく組版されるわけで．

• 昼飯．
• 午後は印刷出力してみた岩波本の全体的なみなおし …… これはあちこち修正というか， 全部かきなおすぐらいのつもりでやらなきゃダメだな． モデル選択は独立した章にするか?

[北大図書館・北図書館]

難民キャンプこと工学部 R 棟のひっこし騒音がうるさくなったので， すぐ近くにある 北図書館 4F に避難． ここは静かでいいねえ． 期末試験が近いのか， 学部生たちが何やら勉強にはげんでいた． この図書館は「教養部」に該当する建物と直結されているんだよね．

• 工学部に移転して良いこと．
  • 図書館が近い
  • 北大構内走ルート (軟舗装歩道) に近い
  • 生協に近い
  といったところか．
• 矢澤さんとちょっと熱帯林 ``outlier'' 議論． とくに Pasoh の 1985 年毎木調査結果の DBH 測定値はなかなか fantastic だそーで．
• 1900 研究室発北大構内走． ひさしぶりに走るので， 「りはびり」と称して 30 分できりあげる． 1930 研究室もどる． 宮田さん論文の discussion 節をちょっと見直し & ちょっと議論． 2015 研究室発． 2030 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 30 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． 梅干し．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ブロッコリー・鶏肉のカレー． ヨーグルト．

2009 年 07 月 15 日 (水)

• 0750 起床． まあ， よくねむれたほうでしょーか …… 朝飯． 0800 自宅発． 曇 …… 雨がふってきた． 0810 研究室着． コーヒー． 最近は研究室で朝のコーヒーのんでる (露崎家からコーヒーメイカーを寄贈していただいたので)． そうだ， 大学院生むけの 「営業のおしらせ」 を研究室雑用 wiki にでも出してみるか．

• 今朝も難民キャンプへの物質搬入 (耐震強度に難点のあるどこかの建物から追い出されたヒトたちの) で朝からがらがらごろごろとうるさい． まあ， この工学部 R 棟の容積は一定なので， そのうちに何も運びこめない状態になって終了すると期待しているのだが ……
• 岩波本かき， というか流しこんだ「講義のーと」の全面かきなおし． introduction 的な 第 1 章 を現段階で書くのは難しそうなので， とりあえず確率分布を導入する第 2 章のかきなおし．
• と思ったら， 矢澤さんと Pasoh 毎木調査データをみなおす作業に ……
  • Pasoh データは CTFS の (樹木の状態をあらわす) coding 規約を無視
  • 観測年度によって coding の方式が異なっている
  • (やはり熱帯林なので，バットレスとかがじゃまして) 大径木の胴まわり測定は困難
• てなかんぢで午前中はオワってしまった． 熱帯林論文かきを終わらせるか， 古い解析をやりなおすか， 新しい解析をススめるか， なやましいところ．
• 昼飯．
• 第 2 章の修正のつづき．
• 例によって耐震工事難民キャンプへの物質搬入音 (ごろごろ) がなかなかやかましいので， また北図書館 4F に避難．
• 宮田さんと苫小牧シュート論文相談． 樹高とともに， 「葉面積わる葉重量」 といった割残値がどうなるか， といったことを実際に測定している論文って， どんなかんぢですかねぇ， といったハナシ．
• 雨っぽいので北大構内走はやめとく． 1925 研究室発． 1950 帰宅． 晩飯の準備 …… やってたら， なぜかしら急に腹痛． 二時間ほど横になってたら， なおった． 真夜中ちかくに晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ブロッコリー・鶏肉のカレー．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2330): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジの味噌汁． ホッケ・ネギの電磁波酒蒸し． ヨーグルト．

2009 年 07 月 16 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． 0820 自宅発． 曇． また雨ふりそう． 気温ひくい． 0840 研究室着． しかし工学部の建物内はなぜかしら気温が高いような気がする． コーヒー．
• 岩波本にはまりこむとキリがないので， とりあえず ZI 解説論文原稿の修正にとりくむ． 予定としては， これが久保最終ターンだそうで ……
• おっと …… 9 月上旬の 統計関連学会連合大会， 今日から参加もうしこみなので， ぽいっと申し込んでみる． なにしろ今回は何やら しゃべらないといけない んで (えーと，9/8 (火) 昼すぎまでに京田辺におればよい，と)， 残暑キビしいであろう近畿地方内陸部に行かねばならぬ仕儀に． うけつけ番号 0004 番． 参加費 4000 円で， 生体学会大会とかと比べると半額以下． 懇親会 (7000 円) にはでない． クレジットカードで支払おうとしたんだけど， インターフェイスがぶっこわれていたので …… 面倒なので銀行振込にきりかえる． 手数料 210 円
• ついでに， 宿泊・航空券も手配を ……
• と思ったら， 矢澤さんの熱帯林モデリングやりなおし検討にまきこまれる．
• このあたりのモデリングに苦闘してたのは 2.5 年前 あたりなのだが …… 「きちんとやらねば」 と考えていた当時ならばやらなかったであろう， 「いいかげんな」 定式化をススめてみる． 理由はことごとく 「一回の観測では個体差と観測誤差が区別できないから」 に由来するもの． わざとしては，
  • 観測誤差のきめうち (一種の主観事前分布)
  • 樹高のように測定誤差も難解なやつは， 観測値を対数化 (これはかなり敗北感がある)
  といったところか．
• ひとくぎりついた …… ように思えたので， 残暑・京田辺往還の旅準備． 宿泊場所が近くにないんで …… 奈良市内に宿泊することにした． 会場まで近鉄で 20-30 分ぐらい． 旅ぎらいなのに 3 泊もしないといけないので， 狭暗室・無料給食な 「純びぢねすほてる」 系は避けて， 平城京そばのほんのちょっとばかり良いところ (といっても Yahoo! 宿泊だと朝食付きで 8800 円だったけど) にする． 航空件の予約． こちらは安いやつで関西往復 2.7 万円． ただしキャンセルしたら執行猶予ナシで 1.4 万円とられるバクチ系．
• てな作業に一時間以上もついやしてしまった． うう． てぎわが悪い． 昼飯．
• で， さっさと ZI 解説論文原稿の修正だの， 岩波本のつづきを …… と思っていたのだが， 午後は夕方まで矢澤さん熱帯林データ解析 BUGS code の試行錯誤の苦闘を楽しむことになってしまった．
• ゐんばぐすの Trap 窓がでていた原因あれこれ．
  • パラメーターに初期値が設定されていなかった
  • パラメーターに設定されていた初期値が不適切だった
  といったところ． 今回は「log(マイナスの値) を評価した」 といった系はなかった．
• どーにかこーにかモデルの改良・単純化に成功し， MCMC 計算はできるようになった． いつのまにやら私の計算機が熱帯林計算用に 徴用されてしまっているのだが ……
• ぐったり． 「ゐんばぐすの問題ありコードを修正しつつ， 院生にその作業内容を説明」 というのは教育方法としては悪くないかもしれないけれど， やってるほうのアタマはかなりバテる． アタマの中で， 計算機のコトバを処理している領域と， 人間のコトバを処理している領域が同時に動いているかんぢだ．
• メイルいろいろくる． アタマがぐったりしたのか， メイル返信かきとらっぷにはまってしまった．
• けっきょく， 本日は岩波本かきも ZI 解説論文修正もまったくススまなかった …… 1930 研究室発． 1950 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ダンベルあげさげ 30 × 3 回． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジの味噌汁．
  • 昼 (1220): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 梅干し．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジの味噌汁． 卵焼き． ヨーグルト．

2009 年 07 月 17 日 (金)

• 0740 起床． 朝飯． 0820 自宅発． 曇 …… ちょっと晴れてきた． 0835 研究室着． コーヒー．
• 矢澤さんしたうけ計算， 12000 MCMC step に 11.8 時間を費して終了していた． さすがに， 昨日あれこれ工夫しただけあって， 収束は良い …… ように見えたのだが ……

• じつは burn in が不十分だった， とわかった． こういう burn in 不十分なサンプル列であっても， R-hat は 1 に近い値になってしまう， つまり R-hat だけ 見ていてもダメ， という教訓でした．

• このモデルの事後分布からのサンプリングのされ具合がだいたいわかったので， 再計算を命じる． 10000 MCMC step (burn in 6000 MCMC step)， 予想計算時間は 10 時間， 本日 19 時ごろには終了するだろう．
• で， 矢澤さんがきたのでそのあたり相談．

[ミズナラ・シナノキハルニレの苗]

実験室にて撮影 (拡大)． 手前が シナノキ ハルニレ (うーむ，まちがい指摘をいただきあわてて修正) で， 奥がミズナラ (これはカシワとの雑種では? 疑惑があるとか)． 札幌の苗木屋さんから買ったもの． 宮田さんが苫小牧での実験につかう予定．

• ありがちな高齢登山者「百名山ぶーむ」遭難とでも申しますか， トムラウシ で 10 名ばかり疲労凍死する事故が発生． ちょうど工藤さんたちがその近くのヒサゴ沼で調査中なんだけど， さわがしいことになっているだろうな．
• 今日も「耐震工事の難民キャンプ」こと工学部 R 棟への 荷物搬入ががらがらごろごろうるさいので， 北図書館にさらに避難する．
• ZI 解説論文の修正作業． 予定ではこれが久保最終ターンなのだが， けっこう直すべきところがぼろぼろと見つかりますよ ……
• 図書館内で昼飯． 昼飯後も修正作業．
• 精神的にしんどい 「何度も読んだ原稿をさらに読みなおして， 問題のある箇所を発見する作業」 フェイズはひとまず終わったので， 14 時ごろ工学部にもどる． お， 引越し屋さんたちが廊下の壁の保護材 (「養生」というそーで) を撤去しつつあるな． やかましい搬入作業は終了しつつあるのかな? よしよし．
• ZI 解説論文原稿， 修正をわーどファイル上に反映させていく作業， もいっぺん点検しつつ． もーなんだか， さいきんはこの呪われソフトウェアばっかり， の世界になっちょりますよ． いやはや．
• 夕方から， 宮田さんと苫小牧シュート論文 discussion 節かきなおし作業のつづき． さくじつの BUGS code 修正と同じく， 「説明しながら，修正案を考える」 といった作業なのでアタマがばてきる． とりあえず， discussion 節はひとまず終わり …… 途中で 耐震工事疎開準備・作業 (かなり時間をとられていた) が入ったとはいえ， この節だけでひと月以上も「がんばって」しまいましたなぁ．
• 矢澤さん熱帯林再計算したうけ， 予想どーり 10 時間弱で終了． しかしながら， モデルの中の非線形な部分 (例の悪しき，DBH→樹高なところ) の収束が「びみょー」に悪い． 図でみると， やはり非線形な部分は変化がゆっくりしていたため & 計算時間を短くしようとサンプリング間隔を短くする， といったケチなことをやったため． n.thin = 10 を n.thin = 30 にあらためて， 再計算． 予想計算時間は 18 時間． 終了するのは明日 14 時ごろ， のはず．
• ばてばて． 2020 研究室発． 2040 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． ネギ卵炒飯．
  • 昼 (1230): 研究室． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． ニラ卵． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．

2009 年 07 月 18 日 (土)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯． 怠業． 1025 自宅発北大構内走． 雨のふりそうな曇天． しかし走るのには好適． 1110 帰宅．
• 昼飯． 1200 自宅発． 曇． 1220 クラーク会館の 理髪店 で散髪．

[地環研 A 棟]

クラーク会館にいく途中で横を通ったので撮影してみた． すでにちゃかちゃか耐震工事をススめているかと期待してたのだけど， 我々が脱出したときと同じ状態で放置されてた． ちゃんと予定どーりに工事が終わるのかねぇ ……

• 前回の散髪は 5/23 か． すでに 2 ヶ月ちかく経過してた． 1320 終了． 髪が短くなってさっぱり． 1335 研究室着．
• 熱帯林したうけ再計算， 18000 MCMC step を 17.4 時間で終了． ま， こんなもんですかね (BUGS code, 事後分布表)． モデルが (よくもわるくも) 単純化されたので， 論文は書きやすくなったはず．

• 収束もこんなかんじで． 上のふたつは非線形なモデル (いわゆる D-H 関係) のものであり， 他のものより見た目の収束が悪く「うねうね」している．

• ZI 解説論文の修正作業 …… 久保最終ターンを終わらせる． 沓掛さんに連絡． これで一件落着かなぁ ……? 時刻は 16 時すぎ．
• いろいろメイルかきとか．
• 志水さんとの 地衣類 共著論文を HUSCAP に採録したい， と北大図書館から連絡があったので ファイルの準備とか． ファイルアップロード & 連絡メイル送信．
• (査読者として) とある編集部とイヤなメイルやりとりをやらねばならないのだけど， イヤなので放置．
• 岩波本の第 2 章の書きなおし， 少しだけススめる．
• 1950 研究室発． ちょっと雨． 2020 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 45 分間． ストレッチ．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1140): 米麦 0.8 合． 梅干． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 晩 (2150): 冷麺．

2009 年 07 月 19 日 (日)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 雨． さむい． 怠業．
• 昼飯． 1320 自宅発． 雨． 1340 研究室着．
• 岩波本の第 2 章の書き直しにとりくむ …… しかしあまりススまない．
• ススまないので， 帰宅して北大構内走にでも出よう …… としたのだけど， 依然として雨が降っていた． 研究室にもどる．
• 岩波本， すこしススめて撤退． 1840 研究室発． 雨． 1900 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): イソップベイカリーのクロワッサンとか．
  • 昼 (1230): タラコスパゲッティー．
  • 晩 (2000): ウナギスパゲッティー．

2009 年 07 月 20 日 (月)

• 0730 起床． 祝日． 朝飯． コーヒー． ねむい． 怠業．
• ごろごろしてたんだけど， まあ天気もちょうどいいぐあいの曇天だし， ちょっとうんどうしてみるか， ということで藻岩山にでかけてみる． 地下鉄で円山公園にいって， バスで旭山記念公園へ． そこからすぐに登山口．

[藻岩山山頂]

で， 一時間ほど歩くと藻岩山山頂． ここはロープウェイで登れるので， 観光客多数． とくにまあ， 何もないところなんだけど． 天気がよければ石狩平野全体が見わたせる．

• [今日の運動]
  • もいわ山登山．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): シリアル．
  • 昼 (1230): 山頂でサンドイッチ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.8 合． ダイコン・ニンジン・豚肉の味噌汁． サンマの塩焼．