ぎょーむ日誌 2009-07-17

2009 年 07 月 17 日 (金)

• 0740 起床． 朝飯． 0820 自宅発． 曇 …… ちょっと晴れてきた． 0835 研究室着． コーヒー．
• 矢澤さんしたうけ計算， 12000 MCMC step に 11.8 時間を費して終了していた． さすがに， 昨日あれこれ工夫しただけあって， 収束は良い …… ように見えたのだが ……

• じつは burn in が不十分だった， とわかった． こういう burn in 不十分なサンプル列であっても， R-hat は 1 に近い値になってしまう， つまり R-hat だけ 見ていてもダメ， という教訓でした．

• このモデルの事後分布からのサンプリングのされ具合がだいたいわかったので， 再計算を命じる． 10000 MCMC step (burn in 6000 MCMC step)， 予想計算時間は 10 時間， 本日 19 時ごろには終了するだろう．
• で， 矢澤さんがきたのでそのあたり相談．

[ミズナラ・シナノキハルニレの苗]

実験室にて撮影 (拡大)． 手前が シナノキ ハルニレ (うーむ，まちがい指摘をいただきあわてて修正) で， 奥がミズナラ (これはカシワとの雑種では? 疑惑があるとか)． 札幌の苗木屋さんから買ったもの． 宮田さんが苫小牧での実験につかう予定．

• ありがちな高齢登山者「百名山ぶーむ」遭難とでも申しますか， トムラウシ で 10 名ばかり疲労凍死する事故が発生． ちょうど工藤さんたちがその近くのヒサゴ沼で調査中なんだけど， さわがしいことになっているだろうな．
• 今日も「耐震工事の難民キャンプ」こと工学部 R 棟への 荷物搬入ががらがらごろごろうるさいので， 北図書館にさらに避難する．
• ZI 解説論文の修正作業． 予定ではこれが久保最終ターンなのだが， けっこう直すべきところがぼろぼろと見つかりますよ ……
• 図書館内で昼飯． 昼飯後も修正作業．
• 精神的にしんどい 「何度も読んだ原稿をさらに読みなおして， 問題のある箇所を発見する作業」 フェイズはひとまず終わったので， 14 時ごろ工学部にもどる． お， 引越し屋さんたちが廊下の壁の保護材 (「養生」というそーで) を撤去しつつあるな． やかましい搬入作業は終了しつつあるのかな? よしよし．
• ZI 解説論文原稿， 修正をわーどファイル上に反映させていく作業， もいっぺん点検しつつ． もーなんだか， さいきんはこの呪われソフトウェアばっかり， の世界になっちょりますよ． いやはや．
• 夕方から， 宮田さんと苫小牧シュート論文 discussion 節かきなおし作業のつづき． さくじつの BUGS code 修正と同じく， 「説明しながら，修正案を考える」 といった作業なのでアタマがばてきる． とりあえず， discussion 節はひとまず終わり …… 途中で 耐震工事疎開準備・作業 (かなり時間をとられていた) が入ったとはいえ， この節だけでひと月以上も「がんばって」しまいましたなぁ．
• 矢澤さん熱帯林再計算したうけ， 予想どーり 10 時間弱で終了． しかしながら， モデルの中の非線形な部分 (例の悪しき，DBH→樹高なところ) の収束が「びみょー」に悪い． 図でみると， やはり非線形な部分は変化がゆっくりしていたため & 計算時間を短くしようとサンプリング間隔を短くする， といったケチなことをやったため． n.thin = 10 を n.thin = 30 にあらためて， 再計算． 予想計算時間は 18 時間． 終了するのは明日 14 時ごろ， のはず．
• ばてばて． 2020 研究室発． 2040 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.6 合． ネギ卵炒飯．
  • 昼 (1230): 研究室． 米麦 0.8 合． 梅干．
  • 晩 (2220): 米麦 0.8 合． ニラ卵． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．