生態学のデータ解析 - 統計学授業 2014

• 統計学の授業やります (2014 年度前期後半, 2014 年 7 月)
  • 「植物生態学特論 I」の一部, 2014 年の 7/2 (月) から開始 (全 7 回)
    • 誰でも参加できます
    • 事前のもうしこみなどは何も必要ありません (聴講のみで，単位を必要としない場合)
    • 全部ではなく部分的に参加してもらってもかまいません
  • 教科書「統計モデリング入門」 (あるいはやや古いですが: 2008 年の講義のーと)
  • 月曜日・水曜日の 3 講目 (13:00-14:30)
  • 教室: 地球環境科学研究院 A 棟 A809 (エレヴェイターでてすぐ前の部屋)
  • 短縮 URL: http://goo.gl/XeBR2x

---

---

第 1 回: 7/02 (水) 観測されたパターンを説明する統計モデル  

• 投影資料 kubostat2014a.pdf
• 教科書「統計モデリング入門」
  • 参考: 2008 年の講義のーと
    • 参考リンク 『ダメな統計学』
• R のインストール

第 2 回: 7/07 (月) 確率分布と最尤推定 

• 投影資料 kubostat2014b.pdf (とりあえず版)
• 例題データ: data.RData
  • ダウンロードした data.RData を R で読みこむときには load("data.RData")
    • めんどうならネットに接続して load(url("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2014/Fig/distribution/data.RData"))

第 3 回: 7/09 (水) 一般化線形モデル: ポアソン回帰 

• 投影資料 kubostat2014c.pdf (とりあえず版)
• 例題データ: data3a.csv
  • うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

  d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2014/Fig/poisson/data3a.csv")

第 4 回: 7/14 (月) モデル選択と検定 

• 投影資料 kubostat2014d.pdf (とりあえず版)
  • 参考: FAQ モデル選択
• 例題データ: data3a.csv
• parametric bootstrap 尤度比検定: pb.R (関数 get.dd() と pb() の定義)
• うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

•   d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2014/Fig/poisson/data3a.csv")
• source("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2014/Fig/lrtest/pb.R")

第 5 回: 7/16 (水) 一般化線形モデル: ロジスティック回帰 

• 投影資料 kubostat2014e.pdf (とりあえず版)
• 例題データ: (logistic 回帰) data4a.csv, (offset 項) d2.RData
• CSV file をうまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

•   d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2014/Fig/binomial/data4a.csv")

第 6 回: 7/23 (水) 一般化線形混合モデル 

• 投影資料 kubostat2014f.pdf (とりあえず版)
• 参照: glmmML 紹介
• data.csv- CSV file をうまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

•   d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2014/Fig/glmm/data.csv")

第 7 回: 7/28 (月) 階層ベイズモデル 

• 投影資料 kubostat2014g.pdf (とりあえず版)
  • 本/データ解析のための統計モデリング入門 の第 8-10 章の例題や，2011年の授業 の第 4-6 回なども参考にしてください
• R から WinBUGS を使う: R2WBwrapper.R
  • R2WBwrapper.R をうまく読み込めない人は source("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/r/R2WBwrapper.R") を試してください (インターネットに接続された状態で)