生態学のデータ解析 - 統計学授業 2013

• 統計学の授業やります (2013 年度前期後半, 2013 年 7 月)
  • 「植物生態学特論 I」の一部, 2013 年の 7/1 (月) から開始
    • 誰でも参加できます
    • 事前のもうしこみなどは何も必要ありません (聴講のみで，単位を必要としない場合)
    • 全部ではなく部分的に参加してもらってもかまいません
  • 教科書「統計モデリング入門」 (あるいはやや古いですが: 2008 年の講義のーと)
  • 月曜日・水曜日の 3 講目 (13:00-14:30)
  • 教室: 地球環境科学研究院 A 棟 A809 (エレヴェイターでてすぐ前の部屋)
  • 短縮 URL: http://goo.gl/82dgC

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第 1 回: 7/01 (月) 観測されたパターンを説明する統計モデル  

• 投影資料 kubostat2013a.pdf
• 教科書「統計モデリング入門」
  • 参考: 2008 年の講義のーと
• R のインストール

第 2 回: 7/03 (水) 確率分布と最尤推定 

• 投影資料 kubostat2013b.pdf (とりあえず版……ちょっと修正すべき部分が多々あるんだけど，なおしている時間がない)
  • 修正すべき点: mean() の使いかた，尤度の評価方法，推定量・推定値，などなど
• Example data: data.RData
  • how to read the data using R? -- load("data.RData")

第 3 回: 7/08 (月) 一般化線形モデル: ポアソン回帰 

• 投影資料 kubostat2013c.pdf (とりあえず版……ちょっと修正すべき部分が多々あるんだけど，なおしている時間がない)
  • 修正すべき点: 最尤推定とか
• 例題データ: data3a.csv
  • うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

  d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2013/Fig/poisson/data3a.csv")

第 4 回: 7/10 (水) モデル選択と検定 

• 投影資料 kubostat2013d.pdf (とりあえず版)
  • 参考: FAQ モデル選択
• 例題データ: data3a.csv
• parametric bootstrap 尤度比検定: pb.R (関数 get.dd() と pb() の定義)
• うまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

•   d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2013/Fig/poisson/data3a.csv")
• source("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2013/Fig/lrtest/pb.R")

第 5 回: 7/17 (水) 一般化線形モデル: ロジスティック回帰 

• 投影資料 kubostat2013e.pdf (とりあえず版)
• 例題データ: (logistic 回帰) data4a.csv, (offset 項) d2.RData
• CSV file をうまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

•   d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2013/Fig/binomial/data4a.csv")

第 6 回: 7/22 (月) 一般化線形混合モデル 

• 投影資料 kubostat2013f.pdf (とりあえず版)
• 参照: glmmML 紹介
• data.csv- CSV file をうまく読めない場合は R 上で以下の命令を実行してください:

•   d <- read.csv("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/stat/2013/Fig/glmm/data.csv")

第 7 回: 7/24 (水) 階層ベイズモデル 

• 投影資料 kubostat2013g.pdf (とりあえず版)
  • 本/データ解析のための統計モデリング入門 の第 8-10 章の例題や，2011年の授業 の第 4-6 回なども参考にしてください
• R から WinBUGS を使う: R2WBwrapper.R
  • R2WBwrapper.R をうまく読み込めない人は source("http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/r/R2WBwrapper.R") を試してください (インターネットに接続された状態で)