ぎょーむ日誌 2012-04-(21-30)
2012 年 04 月 21 日 (土)
-
0720 起床．
ラジオ体操．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
0910 研究室着．
-
うーむ
……
-
午前中はいろいろどたばたで終わった．
昼飯．
-
手元にある岩波本 LaTeX 原稿ファイルに (再校ではなく)
初校の結果を反映させる単純作業
……
-
うーむ，
第 3 章のぼろぼろぶりは，
すごい．
-
第 3 章までしか終わらなかった．
1700 研究室発．
なぜかしら札幌駅で晩飯．
札幌駅北の小映画館
蠍座
で「孤独な惑星」をみた．
なぜかしら身のまわりで発生した「周防さん」ブームの余波みたいなんだけど，
やはり綾野剛さんというのはこういう俳優さんで，
「カーネーション」のキャスティングが意表つきすぎなんでしょう．
2130 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
ピーマン・ベイコンのピザ．
- 昼 (1300):
北大生協のサンドイッチ．
- 晩 (1820):
札幌駅地下でおかゆ．
2012 年 04 月 22 日 (日)
-
0800 起床．
よくねた．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
AEON 桑園で買いもの．
アルミ製の物干し竿なんかも．
-
昼飯の準備．
昼飯．
-
1320 自宅発．
曇天．
1350 研究室着．
-
柳田さんが分子生物学 (生命科学) 方面における論文捏造について
つぶやいておられるので，
Retweet．
-
岩波統計モデル本
の原稿を修正する作業，
第 3 章から第 11 章まで．
-
1850 研究室発．
風が強い，
というか暴風．
なぜかしら今日も
2130 帰宅．
-
家賃しはらう．
水道代は 2060 円．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
冷凍ピッツア生地にトマトソースをぬって，
チーズ・ピーマン・タコからあげ・オリーブをのせて焼いたもの．
リンゴ．
ヨーグルト．
- 昼 (1230):
チンゲンサイ・ピーマン・豚肉のソース焼きそば．
ソースはおたふく
……
なぜかしら，
AEON 桑園で売っていたので．
- 晩 (1930):
Avion でおいしい晩ごはんをいただきました．
2012 年 04 月 23 日 (月)
-
0640 起床．
ちょっとねぼうした
……
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
うー，
今朝もやや不調．
-
研究室ねっと雑用．
Mac OS X の web browser (Safari とか Firefox)
で PDF ファイルの表示・印刷ができなくなるので何とかならないか，
とゆーものだが
……
調べて実験してみたら，
次のような手順でなんとかなった．
-
Safari や Firefox といった web browser を完全に終了する
-
HD 内の Library 内の Internet Plug-ins 内の Adobe... なんちゃらという
plugin をすべてフォルダの外にだす
-
web browser を再起動する
-
Kindle DX もふちょー．
ファイルを書き換えようとすると，
「読み込み専用」 device うんぬん
……
どうもファイルシステムがぶっこわれているようなので，
まずは修復
(残念ながら，この作業はゐんどーづ側でやるしかなさそう
……
dosfsck を使えばよかったのかな?)，
Kindle そのものを再起動すれば OK
……
かな?
-
どーにもサエない月曜日・午前でありました．
昼飯．
-
空間構造ある Cardamine 遺伝子切断の統計モデル，
計算傭兵ぎょーむ．
いままで 24 loci を個別に推定していたんだけど，
その方式ではそろそろムリがあるとわかってきたので，
全体を一括して推定する方法に変更する
……
しばらく放置してた自分のコードを読解するのはしんどい．
-
うーむ，
まあこんなところかな
……
たとえば，
データとの対応は，
このように見ぐるしくなる．
for (i in 1:N.sample) {
for (j in 1:N.cut) {
Cut[i, j] ~ dbern(p[i, j])
p[i, j] <- (
(1.0 - o.err[i, j]) * q[i, j]
+ o.err[i, j] * (1 - q[i, j])
)
o.err[i, j] ~ dbern(p.err)
logit(q[i, j]) <- (
intercept
+ cover[Locus[i], j] * Cover[i] # standardized
+ locus[Locus[i], j]
+ genotype[Locus[i], j, Genotype[i]]
+ r.spatial[Locus[i], j, Grid[i]]
)
}
}
-
まだ，
北大くらうどとやらが使えない状況なので，
時代おくれな Dell desktop 機 (ちょっと離れた某区画内で隠匿稼働中)
に仕事をなげてみる
……
[古い Dell Desktop PC]
あまり計算は早くないので，
さっさと北大くらうどの戦力化が必要．
この古 PC と同クロック数ながら，
手元にある ThinkPad のほうが格段に計算が速いんだけど
(cache がでかくて，しかも並列化できるので)，
このマシンは家に持ち帰ったりするやつなんで．
-
追加できたら，
下のごとく「マイ ISO」とかいうわけわからん項目に，
このように追加される．
-
さて，
これを VM にインストールする方法だが
……
これは簡単だろうと思っていたんだけど，
ぜんぜんそうではなかった．
「インスタンス」
(現在の CentOS 5.3 --- あら? 実体は 5.5?)
iso をデタッチしてから，
ubuntu な ISO をアタッチして，
インスタンスの再起動．
再起動にはけっこう時間がかかる．
-
で，
再起動してもアタッチされた ISO file は無視されて，
しつこく CentOS が起動する．
-
時間ぎれ．
1745 研究室発．
買いもの．
1820 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
研究室のネットワーク (そういえば，以前は「闇ネット」とよんでいたなぁ)
にもぐりこんでみると
……
遅い子がゐんばぐすにてこずっていました．
まだまだ時間かかりそうだな．
-
[今日の運動]
-
うんどうしてない
……
またうんどう不足ぎみな日々がつづいている
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・油揚げの味噌汁．
ゴボウの煮物．
- 昼 (1230):
研究室．
米 0.7 合．
興部ハーブソーセイジ．
エダマメ天．
ゴボウの煮物．
ミニトマト．
キャベツ．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
ネギ・カブ・油揚げの味噌汁．
ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)．
キャベツのサラダ．
2012 年 04 月 24 日 (火)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
0820 研究室着．
-
昨晩やらせていた推定計算には 11.2 時間を要したのだが
(遅い PC を使ったので)，
locus の収束がへろへろだな．
-
ということで，
このあたりをより早く終了させるべく，
またまた北大くらうど問題にとりくむ．
-
北大くらうどを使いたい理由のひとつは，
研究室の web server 代替なのだが
……
気のせいか，
ここ数日，
現在の web server 機の通信速度が落ちているような気がする．
もし本体の問題だとすると，
ethernet board がそろそろ壊れてきたのかな?
-
で，
北大くらうどだが，
本日もいろいろとばかばかしい試行錯誤を余儀なくされた
……
-
(OS を別ものに変えるための)
ISO image のアタッチといったことはできるが，
アタッチした ISO image で boot できない
-
「利用者講習会」資料によると，
「申請」時に ISO image を指定せよということになってる
……
あらかじめ CentOS な VM をひとつ申請しておいて，
それをつかって ISO をアップロード，
さらに別の VM を申請しろということか?
-
よくわからないので，
まず現在の VM は「取消」
にしてみる
-
すると利用料すべてを計算機センターにとられて予算残額ゼロになった
……
というなかなかナイスな展開．
-
とりあえず，
現状のばかばかしさに忍耐しつつ，
共同利用・共同研究担当
にカネを返すようメイルを書く．
すでに昼休み時間なので，
昼飯．
残念ながらメイルだけではハナシが通じないような気がするので，
13 時すぎに電話でもするか．
いやはや．
-
情報基盤センター (内線 2951) に連絡．
返金については協議中なので，
ちょっと待てとのこと．
ISO image インストールについては，
技術のわかるヒトが本日は休みなので，
また後日とのこと
……
まあ，
ゆっくりしますか．
-
研究室ねっと雑用がらみで，
大学の「サーバ証明書プロジェクト」である
UKPI
サイトをちょっと調べてみる
……
申請にさきだって，
Apache でごちゃごちゃすればよいのはわかったけど，
それを提出する先は北大の情報基盤センターなのか?
なんかそのあたりイヤだな
……
-
朝から始めた WinBUGS 計算，
わずか 2.36 時間で終了した
……
Dell Desktop PC (single core) だと 11.2 時間もかかったのに．
ThinkPad X201s 4 core 並列化計算，
なかなかすごいものですな
(単純にクロック数だけ比較すれば同じぐらいなのに)
……
cache の大きさのちがいが重要なんだろうか?
-
で，
推定結果は
……
うーむ，
intercept
と
genotype
の区別がつきにくい
……
といったところかなぁ．
-
また
xtabs()
でもとデータをながめてみると，
こんなかんじで．
> xtabs(Cut ~ Genotype + Locus)
, , = V1
Locus
Genotype 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
1 35 37 37 36 0 37 0 37 33 36 37 1 37 36 37 37 36 37 36 18 37 35 37 33
2 25 28 28 28 1 28 1 26 20 25 25 0 28 28 28 28 28 28 28 27 28 28 28 27
3 19 21 20 9 0 0 0 21 20 19 21 19 21 21 21 20 20 21 21 20 0 20 21 0
4 18 18 18 17 18 18 0 19 19 18 19 18 19 19 19 19 19 19 19 0 1 18 19 10
5 0 14 14 14 14 14 13 14 0 4 14 0 14 14 14 12 14 14 14 1 13 14 14 14
6 10 10 10 10 8 10 0 10 9 7 10 10 10 10 10 10 10 10 10 8 0 10 10 10
7 6 6 6 6 1 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6
8 5 5 5 0 5 5 0 5 4 2 5 0 5 5 5 5 4 5 5 0 5 5 5 0
9 0 5 5 5 2 5 1 5 1 4 5 0 5 5 5 5 5 5 5 3 1 3 5 4
10 1 5 5 5 0 4 0 5 5 0 5 4 5 4 5 5 4 4 5 3 0 4 5 5
11 5 5 5 5 1 5 0 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5
12 3 4 4 4 0 4 0 4 4 3 4 0 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4
13 4 4 4 4 4 4 0 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 0 0 4 4 2
14 0 4 4 4 4 4 4 4 4 3 4 4 4 4 4 4 4 4 4 0 0 4 4 4
15 3 4 4 4 2 4 1 4 3 4 4 0 4 4 4 4 4 4 4 1 4 4 2 4
16 0 4 4 3 0 4 0 4 0 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 2
17 1 4 4 4 0 4 0 4 4 2 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 4 0 4
18 4 4 4 0 0 0 0 4 4 1 4 4 4 4 4 4 4 4 4 1 0 4 4 0
19 2 3 3 3 0 3 0 3 1 1 3 0 3 3 3 3 3 3 3 2 3 3 3 3
20 2 3 1 3 3 3 0 3 3 2 2 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 2 2
21 3 3 3 3 0 3 0 3 3 2 3 2 3 3 3 3 3 3 3 2 0 3 3 3
22 3 3 3 3 0 0 3 3 3 0 3 3 3 3 3 3 3 3 3 3 0 3 3 2
23 2 3 3 3 0 2 0 3 3 3 3 2 3 3 3 3 3 3 3 3 3 2 3 2
24 2 2 3 3 0 2 0 3 3 2 3 0 2 2 3 3 2 3 2 3 2 2 3 3
25 2 2 1 2 0 2 0 2 0 0 1 1 2 2 2 2 1 2 1 1 0 1 2 2
26 2 2 2 2 0 2 0 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 2 2 2
27 2 2 1 1 0 1 0 2 1 1 2 1 1 2 1 2 2 2 2 1 1 1 2 2
28 2 2 2 1 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 1
29 2 2 2 2 0 0 0 2 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 0 2 2 0
30 1 2 2 2 0 2 0 2 2 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
31 2 2 2 2 0 2 0 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 1 0 2 2 2
32 2 2 2 2 0 0 2 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 1 2 2
33 0 2 2 0 0 2 2 2 2 2 2 0 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 0
34 1 2 2 2 0 2 0 2 2 1 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
35 2 2 2 2 0 2 0 2 2 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 0 2 2 2 2
36 2 2 2 2 0 2 0 2 1 2 2 0 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2
37 0 2 2 2 0 2 0 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 2
38 0 2 2 2 0 1 0 2 2 1 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 2 0 2
39 55 83 80 81 25 70 15 86 69 53 82 52 84 84 83 85 80 84 83 60 49 76 77 63
-
, , = V2
Locus
Genotype 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
1 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 3 0 1 35 0 1 1 36 0 22 0 0 0 0
2 2 0 0 0 0 0 1 3 0 0 1 0 0 25 0 2 0 28 0 27 1 0 0 0
3 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 1 17 0 21 0 0 0 21 0 19 0 0 0 0
4 1 0 0 0 0 0 0 4 0 1 1 0 2 18 0 1 0 19 0 0 0 0 0 0
5 1 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 2 14 0 12 0 14 0 1 2 1 0 1
6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 10 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0
7 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 6 0 0 0 0
8 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 5 5 0 0 1 5 0 0 0 0 0 0
9 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 4 5 0 1 0 5 0 3 0 1 0 0
10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1 1 0 0 0 4 0 4 0 0 0 0
11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0
12 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 4 1 0 0 4 0 4 0 0 0 0
13 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0
14 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 0 1 4 4 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0
15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1 3 0 4 0 0 0 0
16 0 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 4 0 4 0 0 0 4 0 3 0 0 0 0
17 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 4 0 1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0
18 0 1 0 0 0 0 1 2 0 0 0 4 0 4 0 0 0 4 0 4 0 0 0 0
19 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 3 0 1 0 3 0 3 0 0 0 0
20 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 3 0 0 0 0
21 0 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 3 0 3 0 0 0 0
22 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 3 0 3 0 0 0 3 0 3 0 0 0 0
23 2 1 0 2 0 0 0 2 1 1 1 0 0 0 0 0 0 3 0 2 0 0 0 0
24 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 3 0 3 0 0 0 0
25 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 2 0 0 0 2 0 1 0 1 0 0
26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0
27 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 2 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0
28 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0
29 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 2 0 1 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0
30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0
31 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 0 1 0 0 2 0 2 0 0 0 0
32 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 2 0 1 0 2 0 1 0 0 0 0
33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 2 0 2 0 0 0 0 0 0
34 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0
35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0
36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 2 0 0 0 0
37 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0
38 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0
39 7 2 5 1 0 1 6 17 1 4 7 27 15 46 2 18 2 76 0 45 1 0 1 0
locus ごとかつ genotype ごとの差異，
なるものをここから見つけるのは，
かなり難しいかもしれないなぁ．
-
genotype
まわりを単純化して，
再計算を命じてみる．
帰宅時刻までには終了するだろう．
-
情報基盤センターから電話．
とりあえず「取消」前の状態に復旧してくれたとのこと．
たすかった
……
-
情報基盤センターのヒトたちは電話などでの応対は丁寧なのだが，
いかんせん，
複雑機械な北大計算機迷宮を整理整頓したり，
わかりやすいマニュアルを準備したりといったことは
……
たぶん，
できないのであろう．
-
今回は ISO image による OS がうまく行きそうだ．
昨日の作業と比較すると
……
うーむ，
-
いったん VM (インスタンス) を停止 (ここが昨日と異なる)
-
ISO をデタッチ
-
Ubuntu の ISO image をアタッチ
-
VM の起動
これで正解なのかな?
-
ぐだぐだやってると MCMC 推定計算のほうも終了．
モデルを簡単化したので，
計算時間は 1.64 時間に短縮された
……
しかし結果がいまいちだった．
今度は locus がー
-
とりあえず，
北大クラウドに Ubuntu のインストールを完了させる努力．
えーい，
100 GB もある HDD をどうやって切ればいいんだ
……
-
ひととーりインストールしてみたけど，
うまくいかない
……
「うまくいかない」原因の答えは上の画像中にあり，
bootable すなわち
B がついてる #1
ではなく，
#3 にシステムをインストールしたため．
しかもそれに気づくのにかなり時間かかった．
-
気をとりなおして再インストール．
上記の
#1 には /boot
をわりあてる．
-
待ち時間には，
この北大クラウドのシステムである CloudStack についての
解説
もちょっと読んでみる
……
これって日立がてきとうに作ったものではなく，
できのよい汎用品なんだね．
-
やっと
……
やっとうまくいった
……
インストールでここまで苦闘したのはひさしぶりだ．
Ubuntu 11.10 server 版 (64 bit)．
上下の画像に見えてる「窓」は，
北大くらうどの VNC．
-
Ubuntu のいいところは，
R とかの最新版が
sudo apt-get install
なんかですぱすぱとインストールできること．
CentOS
なんかつかってられませんよ
(これも Linux distribution のひとつではあるのだが)
……
-
おっと帰宅時刻だ
……
部屋をでて，
ついでに秘密区画に隠匿している Dell Desktop PC
lex
(計算に 11.2 時間かかるやつ)
を止めてから大学をでる．
とにかく，
今後はますます研究室内から計算機 hardware を減らしていきましょう．
1800 研究室発．
買いもの．
1830 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・カブ・油揚げの味噌汁．
ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)．
キャベツのサラダ．
- 昼 (1220):
研究室．
米 0.7 合．
ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)．
イカ天．
エダマメ天．
ミニトマト．
ブロッコリー．
キャベツ．
- 晩 (1940):
米 0.5 合．
ネギ・アサリの味噌汁．
ニラ・シイタケ・豚肉の炒めもの．
レタス．
モヤシ・ネギのポン酢ゴマあえ．
2012 年 04 月 25 日 (水)
-
次なる改善の策もとくに思いつかないので，
ただただ単純に MCMC step 数を 28k から 38k 回に延伸して再計算して見ることに．
上述のごとく北大くらうどでも WinBUGS が実行できるようになってしまったので，
そちらで試しに実行させてみる．
下に示しているがごとく，
64-bit な Unbuntu Linux 上の wine-1.0 で 32-bit な (しかもとてつもなく古い)
WinBUGS がみっつ同時に実行されております．
-
計算終了を待たずに 1700 研究室発．
クラーク会館地下で散髪．
前回は 3/14 だった．
1810 終了．
買いもの．
1840 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
自宅から北大くらうどに ssh して帰宅時にしこんでおいた計算結果を確認してみた．
計算量を 1.35 倍に増やして，
計算に要した時間は ThninkPad でやったときと同じ 1.65 時間，
つまり北大くらうどのほうが 1.35 倍速い．
まあ，
WinBUGS みたいな 32-bit ソフトウェアを 64-bit マシンで無理やり動かしてる
overhead みたいなものもあるのかも．
-
結果は上のごとしで，
サンプリングの長さを 1.35 倍にしたぐらいでは，
あまり改善されない．
Locus まわりの見なおしが必要だな
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
ネギ・油揚げの味噌汁．
イカ天．
キュウリ・モズク酢．
- 昼 (1230):
研究室．
米 0.7 合．
ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)．
イカ天．
エダマメ天．
ミニトマト．
ブロッコリー．
レタス．
- 晩 (1900):
米 0.5 合．
タマネギ・アブラゲ・ブナシメジ・豚肉のスープ．
麻婆豆腐．
キャベツ・ネギ・タマネギ・ハムのサラダ．
2012 年 04 月 26 日 (木)
-
1820 研究室発．
1840 帰宅．
晩飯の準備のてつだい．
晩飯．
-
なぜかしら，
翌日に気づいた情報が，
(またしても) 超光速通信によって過去に到達したのだが
……
著者も知らないうちに，
値段 3990 円にされてしまった
岩波統計モデリング本
が
Amazon で予約可能
になっている (5/19 発売?)．
お，
Twitter
も……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
タマネギ・アブラゲ・ブナシメジ・豚肉のスープ．
キャベツ・ネギ・タマネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1240):
なぞのらんち寿司．
- 晩 (1940):
米 0.5 合．
キャベツ・ブナシメジ・油揚げの味噌汁．
カレイの煮付け．
豆腐・ホタルイカ．
2012 年 04 月 27 日 (金)
-
0620 起床．
ラジオ体操．
弁当・朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0740 自宅発．
晴．
0810 研究室着．
-
なぜかしら昨日のぎょーむ日誌にも書かれているけれど，
岩波統計モデリング本
が Amazon で予約可能
になってしまっていたので，
なんかそのあたりのどたばた．
-
本を送るヒトのリスト作りとか
……
-
昼飯．
-
午後はこんさるメイルかき．
-
Cardamine 再計算．
先日からつづく「なかなか収束が改善されない」
問題だけど
……
まあ，
こういうのは WinBUGS の特性ともうしますか，
線形予測子を可能なかぎり短くし，
logit(q[i, j]) >- (
locus[Locus[i], j]
+ genotype[Genotype[i], j]
+ r.spatial[Locus[i], j, Grid[i]]
+ cover[Locus[i], j] * Cover[i] # standardized
)
事前分布をこういうふうに設定してやると，
for (j in 1:N.cut) {
mean.locus[j] ~ dnorm(0.0, Tau.noninformative)
mean.cover[j] ~ dnorm(0.0, Tau.noninformative)
for (lc in 1:N.locus) {
locus[lc, j] ~ dnorm(mean.locus[j], tau[1])
cover[lc, j] ~ dnorm(mean.cover[j], tau[2])
r.spatial[lc, j, 1:N.grid] ~ car.normal(Adj[], Weights[], Num[], tau[3])
}
for (gt in 1:N.genotype) {
genotype[gt, j] ~ dnorm(0.0, tau[4])
}
}
うまくいったりすることもあるわけです．
-
さらに，
このように線形予測子を短くすると，
計算時間も短くなるわけで
……
0.8 時間ほどでオワった
おおざっぱにいって倍速化?
-
で，
この問題に関しては，
収束も格段に改善されました，
ということで．
-
はてさて，
これで一件落着したのかな?
……
1730 研究室発．
買いもの．
1810 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
なぜかしら明日から道北の豊富町で湯治となったので，
旅じたくなんかを
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0700):
米 0.5 合．
キャベツ・ブナシメジ・油揚げの味噌汁．
キャベツ・ネギ・タマネギ・ハムのサラダ．
レタス．
- 昼 (1230):
研究室．
米 0.7 合．
塩ザケ．
エダマメ天．
ミニトマト．
ブロッコリー．
レタス．
- 晩 (1940):
米 0.5 合．
キャベツ・油揚げのスープ．
ネギ・ブリの塩・酒煮．
ホウレンソウのゴマあえ．
2012 年 04 月 28 日 (土)
-
0620 起床．
晴．
下の画像中央付近の白い山はいまだ冠雪している手稲山．
ラジオ体操．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
今日からなぜかしら道北の豊富温泉湯治の旅にでることに．
-
まずは徒歩で自宅発，
9 時すぎに南 2 条 (プリンスホテル北側)
のレンタカー屋でクルマを借りて自宅にもどる．
行き先は 330 キロメートル以上はなれた北端の町．
[マーチ]
ほとんどの区間，
私が運転することになった．
自動車運転は 3-4 年ぶりなんだけど
……
0950 ごろ自宅発．
とにかく運転に不慣れなので，
「最短距離で高速道路にのってしまおう」
という発想で新川 IC にむかう
……
ところが，
行ってみたら IC は閉鎖，
何やら事故が発生してしまったようで．
この「閉鎖」のせいで，
そこから次の IC である札幌北までは
(札幌市としては) 異例の渋滞となり 3 km
ほど移動するのに 30 分以上を費やした．
[道央道の岩見沢 SA]
連休初日なんだけど，
道央道はまったく混雑していない
……
まあ，
この時期，
サクラが咲いてるわけでもないし，
樹木の葉っぱもまだぜんぜん出てないので，
道北方面にあそびにいく理由はまったくないわけだが．
写真左上のよくわからぬモノは三笠のアンモナイト化石．
[深川で昼飯]
1250 ごろ，
国道 12 号ぞいの手打ち蕎麦屋「ななつほし」．
店主がおもしろいヒトでした．
蕎麦をくってから，
深川-留萌自動車にのって 50 km ばかり離れた
日本海側の町である留萌をめざす．
留萌からは日本海側のオロロン街道をひたすら北上．
[道の駅・ニシン番屋]
1440 ごろ，
小平町の道の駅
でひとやすみ．
このあともずっと日本海ぞいの道．
ここも連休初日なのにすいている．
「ひさしぶり運転者」
としては助かる．
[豊富温泉着]
1710 ごろ．
よーやくついた
……
逗留先は
ニュー温泉閣，
クマちゃんが出迎えてくれました．
-
運転でばてばてだったのか，
部屋につくなりいきなり 30 分間ほど，
気絶するみたいに寝てしまった．
晩飯．
夜にちょっと風呂．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米 0.5 合．
キャベツ・油揚げのスープ．
卵焼き．
キャベツ・ネギ・タマネギ・ハムのサラダ．
レタス．
- 昼 (1250):
深川でもりそば大盛り．
- 晩 (1900):
宿の晩飯．
「温泉湯治プラン」
なので，
ふつーの，
ひと皿ぶんぐらいオカズが多いかんじの晩御飯でした．
つまり，
意味不明・無秩序に皿数の多い，
ありがちな温泉宿めしではなかったということで．
2012 年 04 月 29 日 (日)
-
豊富温泉湯治旅の 2 日目．
0710 起床．
よくねた．
朝飯．
-
ぎょーむ日誌かきとか．
無線 LAN のつながりがいまいち悪い
……
-
10 時すぎに，
豊富温泉街の
ふれあいセンター
へ．
これは簡単に説明するなら，
「豊富温泉の町営銭湯」とでもいうべきものなのだが
……
ともかくここは「豊富温泉はアトピー・乾癬といった慢性皮膚病に絶大にキクらしい」
という全国的な評判にこたえてやろうじゃないか，
といった方針で運営しているようなところで，
道内にいくらでもあるふつーの町営温泉のたぐいとは一線を画したものである．
-
周辺の旅館などでも石油成分豊富な豊富温泉がひかれていて，
それは加水・ろ過されたものなんだけど，
ふれあいセンターのそれは「源泉」，
アトピーな皆さんが渇望してやまぬアブラべたべたな湯なのである
……
もっとも以前にくらべれば「ウスくなった」そうだけど．
-
当方だって「家庭内感染」(するものなのか?)
で背腹の要所要所で左右対称にカユいスポットこしらえてるんだ，
ひとつその「湯治用」とやらに入ってやろうじゃないか
……
と堂々たる態度にて乗りこんではみたものの，
脱衣場からガラスごしにのぞいてみれば，
すでにこの時刻から治療に専心する男ども十名ばかり，
汗をかきつつ真剣なるおももちにて，
広からぬ楕円形の浴槽ぐるりととりかこんであたかも
「難治性の慢性皮膚病治療に関する円卓会議」
とでもいった様相を呈しており
……
ただれているわけでもなければ
恒常的変色領域など皆無に等しい私ごときが入りこめる余地などあるハズもなく，
「こりゃまた失礼しました」
と荷物をまとめて別棟の「一般用」の浴槽にすたこらと逃げ出したのであった．
-
11 時すぎにはふれあいセンターからでて，
またレンタカーのマーチに乗って昼飯と道北うろうろに出かけた．
[悠遊ファーム]
昼飯は
悠遊ファーム
でいただきました．
豊富町から稚内市に入ってすぐあたり．
人里から離れたかんじだけど，
けっこう人気があって昼飯を食べにくるヒトたちでにぎわっていた．
甘いジャガイモをたくさん食べた．
その後は日本海側の道を北上．
ノシャップ岬へ．
これは東の最北端・宗谷岬と対をなす，
西の第二最北端の岬．
[ノシャップ岬の灯台の光源]
なぜかしら，
岬先端付近に位置する灯台が一般公開されていたので，
ここを管理する海上保安官たちの「どうぞ」という勧誘にしたがって，
高さ 43 m ほどのタワーにのぼってみた．
電球は意外と小さいものだった．
[岬の先端から]
その灯台を見たところ．
高さは北大・地環研 A 棟より低いはずで，
いつも 1F - 8F 間の階段のぼりおりをしている私には，
たいしたことないだろうと思ったんだけど
……
けっこう急勾配の狭い階段で，
螺旋階段でもないのに「ぐるぐるまわっている」感つよくて，
なかなかしんどい．
海上保安官たちの勧誘についついのってしまったうんどう不足な皆さん，
かなりつらそうでした
……
-
ノシャップ岬で見たかったのは，
ここにある日本最北端のレーダー基地・通信傍受施設群．
稚内分屯地
は陸・海・空三自衛隊がいるところ，
北方監視の最前線といったところ．
たぶん，
山腹の中ほどにあるのが陸自の監視レーダー (球状のレドーム内にアンテナがある)，
山頂付近にあるのが空自のものだろう．
[稚内港へ]
ノシャップ岬から車で 10 分ほどで稚内港についた．
海上保安庁の巡視船を見物．
二隻が停泊していて，
いずれも
第一管区
所属．
これは PM12 もとうら．
[PL117 れぶん]
こちらのほうが大きい．
どちらも船首付近に大きな機関砲が搭載されていて，
キャンバスで被覆されていた．
[稚内港北防波堤ドーム]
同じ場所にあった
防波堤ドーム，
全長 427 m，
かつては国鉄の仮乗降場みたいなところだったとか．
ふしぎなギリシアふう柱列．
-
稚内から 30 km 南の豊富町をめざす．
全行程の南半分は
豊富バイパス
とよばれる高速道路ふうな (ただし，ほとんど片側一車線)
無料の自動車専用道路になっている．
北半分の道路 (国道 40 号)
も「高速道路ふう」改装が進行中で，
将来は旭川あたりから稚内までそういう道路で結ぼうというプランなのだろう．
-
豊富バイパスは途中の豊富北 IC で降りて，
その近くにある
レティエ
でジェラートとか食べて休憩．
[豊富温泉街]
豊富温泉にもどってまたふれあいセンターで黄色い湯につかる．
湯から出て，
玄関ロビーから外をみた図．
温泉街といってもこういう小規模なもので．
手前の炎は，
なんでも温泉と一緒に噴出する天然ガスを燃やしているそうで
……
このあたりの暖房燃料なんかはこの天然ガスでまかなえているらしい．
-
晩飯．
あげぜんすえぜん生活．
-
宿の温泉に入る．
今日の入浴回数は 4 回．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
宿の朝飯．
- 昼 (1230):
悠遊ファームのハンバーガー．
サラダ・ジャガイモ・コーヒーは好きなだけとってよい．
- 晩 (1800):
宿の晩飯．
ニュー温泉閣のごはんはおいしいという評判で，
たしかにそのとおりで，
しかも分量が妥当なのがうれしい
……
他の都府県はどうか知らないけど，
北海道の温泉宿
(ついでながら北大の研究林)
の食事の分量は「飽和攻撃」とでもいうべき水準になりがちなので．
2012 年 04 月 30 日 (月)
-
豊富温泉湯治旅の 3 日目．
0700 起床．
宿の朝風呂．
朝飯．
-
一時間ほど休んで，
またふれあいセンターで石油温泉．
今日も，
治療用「湯治ゆ」は「脱衣場に入ってすぐに逃げる」ターンを
華麗にきめてしまった．
一般湯につかって小さくなる．
-
2F の休憩室でごろごろしたり，
ネットをふらふらしたり．
宿よりふれあいセンターのほうがネット環境は格段に良い．
-
そして今日もまた「道北自動車教習場」で実習．
いやー，
しかしここは自動車密度はウスいし，
道がものすごくまっすぐなのでとても走りやすい．
歩行者・自転車・二輪車がほとんどいないのも助かる．
環境省が大金を投入して大改築して昨年開館したもの
(もともとあった
サロベツビジターセンターの改築?)．
まあ施設も展示もたいへん立派なもので，
スタッフの人たちもきちんと働いていたんだけど
……
やはり季節のせいか，
来館者はあまり多くないようで．
[とりあえず昼飯]
隣接するレストハウスで．
ここでフランクフルトソーセイジとブルーベリージャムを購入，
札幌で買ったパン，
ふれあいセンターで買ったトマトジュース，
昨日レティエで買ったチーズなど．
昼飯後にセンター周辺うろうろを開始．
研究室でいろいろサロベツ研究発表とか聞いてて，
いつも「どうやって湿原の泥炭採取を?」
と不思議に思っていたんだけど，
こんなハードウェアを使っていたんだね．
先端のドリルを回転させながら前進……といった方式ではなく，
船尾に装着した二本の長大なパイルを垂直に打ち下ろして停止した状態で，
ドリルを回転させて泥炭をかきあつめるようで．
[サロベツ湿原]
高層湿原というタイプなので，
表面はあまり水っぽくない．
しかもこの季節は見てのとーり，
単なる枯れ野原みたいな光景で．
顔を地表に近づけてよくみると動植物が活動してるけど
……
サロベツ調査隊のさろべつガールズの調査始動もまだ本格化してない．
でなければ，
こんなところで私がのんびりうろうろしているはずもない．
[館内展示のひとつ]
サロベツ湿原泥炭の垂直分布．
やはり分解速度が遅いみたいで，
1000 年前の枝とかも「保存」されてるような状態みたいで．
このあと，
資料館を出てまた車で移動．西にむかって，
海岸ぞいの道路につきあたったら南に行って
……
つまりサロベツ湿原全体を反時計まわりで周回するというのが，
本日のコース．
[幌延町の風車群]
海沿いの道にならんでいる．
たしかにここら一帯はいつも風が強いので，
風力発電むきの場所かも．
サロベツ湿原の南側にある幌延のセンターは閉鎖 (?) 状態になっていたんだけど，
その近くから広規格農道を 3 km ばかり北に進むとここにつく．
ここも「放棄された」感の強いところで，
木道が水没していたり．
[トナカイ牧場]
なんだかよくわからないところ．
下記の原子力なお金で建物・施設は立派になったみたいだけど
……
[深層の真相?]
トナカイ牧場に隣接している，
日本原子力研究開発機構幌延深地層研究センター．
まあ，
これもよくわからないところで
……
とりあえず，
たてまえとしては「地下についての研究してるけれど，
だからといって，
将来この辺ぴで過疎な場所に核廃棄物をうめたいわけではありません」
といった方針だそーです．
-
また豊富町のふれあいセンターにもどって，
午後の温泉．
-
宿にもどって晩飯．
-
のんびりした日々がつづくなぁ
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
宿の朝飯．
- 昼 (1220):
サロベツ湿原センターでいろいろ食べました．
- 晩 (1810):
宿の晩飯．
