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ぎょーむ日誌 2012-04-24

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

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2012 年 04 月 24 日 (火)

0620 起床．ラジオ体操．弁当・朝飯の準備．朝飯．コーヒー． 0750 自宅発． 0820 研究室着．
昨晩やらせていた推定計算には 11.2 時間を要したのだが (遅い PC を使ったので)， locus の収束がへろへろだな．

これは考えてみれば …… というか，考えるまでもなくあたりまえのことで， Cut1 と Cut2 でぜんぜん平均が異なるのに，一個の intercept で線形予測子を構成したので失敗している，と今さらながらに気づいた．

> xtabs(Cut ~ Locus)
Locus  V1  V2
   1  228  18
   2  310  10
   3  303  11
   4  281   4
   5   90   1
   6  261   2
   7   48  11
   8  313  54
   9  254   4
   10 223   7
   11 306  18
   12 159  85
   13 311  52
   14 310 225
   15 309   4
   16 311  49
   17 303   6
   18 311 289
   19 309   0
   20 204 173
   21 184   4
   22 292   4
   23 295   2
   24 235   1

そのあたりをごちゃごちゃと修正して，また遥かなる 11.2 時間 MCMC の旅に送りだす．ふう．
この長征， ThinkPad (4 core) で並列化すれば 4-5 時間で終わるかも．そっちでやるべきか ……
ということで， ThinkPad にきりかえる． 4 core のうち三つを同時に使って計算中 (n.chains = 3 なので)．休み core はときどき交代する (下の図の xosview では，cpu 0-3 のうち 1 が休んでいると示されている) …… そういうことをやるから overhead が発生するのか? まあ，たぶん帰宅時刻ごろまでには計算終了するでしょう．

ということで，このあたりをより早く終了させるべく，またまた北大くらうど問題にとりくむ．
北大くらうどを使いたい理由のひとつは，研究室の web server 代替なのだが …… 気のせいか，ここ数日，現在の web server 機の通信速度が落ちているような気がする．もし本体の問題だとすると， ethernet board がそろそろ壊れてきたのかな?
で，北大くらうどだが，本日もいろいろとばかばかしい試行錯誤を余儀なくされた ……
- (OS を別ものに変えるための) ISO image のアタッチといったことはできるが，アタッチした ISO image で boot できない
- 「利用者講習会」資料によると，「申請」時に ISO image を指定せよということになってる …… あらかじめ CentOS な VM をひとつ申請しておいて，それをつかって ISO をアップロード，さらに別の VM を申請しろということか?
- よくわからないので，まず現在の VM は「取消」にしてみる
- すると利用料すべてを計算機センターにとられて予算残額ゼロになった
…… というなかなかナイスな展開．
とりあえず，現状のばかばかしさに忍耐しつつ，共同利用・共同研究担当にカネを返すようメイルを書く．すでに昼休み時間なので，昼飯．残念ながらメイルだけではハナシが通じないような気がするので， 13 時すぎに電話でもするか．いやはや．
情報基盤センター (内線 2951) に連絡．返金については協議中なので，ちょっと待てとのこと． ISO image インストールについては，技術のわかるヒトが本日は休みなので，また後日とのこと …… まあ，ゆっくりしますか．
研究室ねっと雑用がらみで，大学の「サーバ証明書プロジェクト」である UKPI サイトをちょっと調べてみる …… 申請にさきだって， Apache でごちゃごちゃすればよいのはわかったけど，それを提出する先は北大の情報基盤センターなのか? なんかそのあたりイヤだな ……
朝から始めた WinBUGS 計算，わずか 2.36 時間で終了した …… Dell Desktop PC (single core) だと 11.2 時間もかかったのに． ThinkPad X201s 4 core 並列化計算，なかなかすごいものですな (単純にクロック数だけ比較すれば同じぐらいなのに) …… cache の大きさのちがいが重要なんだろうか?
で，推定結果は …… うーむ， intercept と genotype の区別がつきにくい …… といったところかなぁ．

また xtabs() でもとデータをながめてみると，こんなかんじで．

> xtabs(Cut ~ Genotype + Locus)

, ,  = V1
        Locus
Genotype  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
      1  35 37 37 36  0 37  0 37 33 36 37  1 37 36 37 37 36 37 36 18 37 35 37 33
      2  25 28 28 28  1 28  1 26 20 25 25  0 28 28 28 28 28 28 28 27 28 28 28 27
      3  19 21 20  9  0  0  0 21 20 19 21 19 21 21 21 20 20 21 21 20  0 20 21  0
      4  18 18 18 17 18 18  0 19 19 18 19 18 19 19 19 19 19 19 19  0  1 18 19 10
      5   0 14 14 14 14 14 13 14  0  4 14  0 14 14 14 12 14 14 14  1 13 14 14 14
      6  10 10 10 10  8 10  0 10  9  7 10 10 10 10 10 10 10 10 10  8  0 10 10 10
      7   6  6  6  6  1  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6  6
      8   5  5  5  0  5  5  0  5  4  2  5  0  5  5  5  5  4  5  5  0  5  5  5  0
      9   0  5  5  5  2  5  1  5  1  4  5  0  5  5  5  5  5  5  5  3  1  3  5  4
      10  1  5  5  5  0  4  0  5  5  0  5  4  5  4  5  5  4  4  5  3  0  4  5  5
      11  5  5  5  5  1  5  0  5  5  0  5  5  5  5  5  5  5  5  5  5  0  5  5  5
      12  3  4  4  4  0  4  0  4  4  3  4  0  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4
      13  4  4  4  4  4  4  0  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  0  0  4  4  2
      14  0  4  4  4  4  4  4  4  4  3  4  4  4  4  4  4  4  4  4  0  0  4  4  4
      15  3  4  4  4  2  4  1  4  3  4  4  0  4  4  4  4  4  4  4  1  4  4  2  4
      16  0  4  4  3  0  4  0  4  0  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  2
      17  1  4  4  4  0  4  0  4  4  2  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  4  0  4
      18  4  4  4  0  0  0  0  4  4  1  4  4  4  4  4  4  4  4  4  1  0  4  4  0
      19  2  3  3  3  0  3  0  3  1  1  3  0  3  3  3  3  3  3  3  2  3  3  3  3
      20  2  3  1  3  3  3  0  3  3  2  2  2  3  3  3  3  3  3  3  3  3  2  2  2
      21  3  3  3  3  0  3  0  3  3  2  3  2  3  3  3  3  3  3  3  2  0  3  3  3
      22  3  3  3  3  0  0  3  3  3  0  3  3  3  3  3  3  3  3  3  3  0  3  3  2
      23  2  3  3  3  0  2  0  3  3  3  3  2  3  3  3  3  3  3  3  3  3  2  3  2
      24  2  2  3  3  0  2  0  3  3  2  3  0  2  2  3  3  2  3  2  3  2  2  3  3
      25  2  2  1  2  0  2  0  2  0  0  1  1  2  2  2  2  1  2  1  1  0  1  2  2
      26  2  2  2  2  0  2  0  2  2  1  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  0  2  2  2
      27  2  2  1  1  0  1  0  2  1  1  2  1  1  2  1  2  2  2  2  1  1  1  2  2
      28  2  2  2  1  2  2  0  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  1  2  2  2  2  2  1
      29  2  2  2  2  0  0  0  2  2  2  2  1  2  2  2  2  2  2  2  2  0  2  2  0
      30  1  2  2  2  0  2  0  2  2  2  2  0  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2
      31  2  2  2  2  0  2  0  2  2  0  2  2  2  2  2  2  2  2  2  1  0  2  2  2
      32  2  2  2  2  0  0  2  2  2  1  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  0  1  2  2
      33  0  2  2  0  0  2  2  2  2  2  2  0  2  2  0  2  2  2  2  2  2  2  2  0
      34  1  2  2  2  0  2  0  2  2  1  2  0  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2
      35  2  2  2  2  0  2  0  2  2  2  2  0  2  2  2  2  2  2  2  0  2  2  2  2
      36  2  2  2  2  0  2  0  2  1  2  2  0  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2
      37  0  2  2  2  0  2  0  2  2  1  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  0  2
      38  0  2  2  2  0  1  0  2  2  1  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  2  0  2
      39 55 83 80 81 25 70 15 86 69 53 82 52 84 84 83 85 80 84 83 60 49 76 77 63
	
	

, ,  = V2
        Locus
Genotype  1  2  3  4  5  6  7  8  9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24
      1   0  0  0  0  0  0  0  2  1  0  3  0  1 35  0  1  1 36  0 22  0  0  0  0
      2   2  0  0  0  0  0  1  3  0  0  1  0  0 25  0  2  0 28  0 27  1  0  0  0
      3   0  1  0  0  0  0  0  3  0  0  1 17  0 21  0  0  0 21  0 19  0  0  0  0
      4   1  0  0  0  0  0  0  4  0  1  1  0  2 18  0  1  0 19  0  0  0  0  0  0
      5   1  0  0  0  0  0  0  2  0  0  1  0  2 14  0 12  0 14  0  1  2  1  0  1
      6   0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0 10 10  0  0  0  0 10  0  0  0  0  0  0
      7   0  0  0  0  0  0  3  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  6  0  6  0  0  0  0
      8   2  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  5  5  0  0  1  5  0  0  0  0  0  0
      9   1  0  0  1  0  0  0  0  0  0  0  0  4  5  0  1  0  5  0  3  0  1  0  0
      10  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  5  1  1  0  0  0  4  0  4  0  0  0  0
      11  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  5  0  0  0  5  0  0  0  0  0  0
      12  0  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  0  0  4  1  0  0  4  0  4  0  0  0  0
      13  0  0  0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  0  3  0  0  0  4  0  0  0  0  0  0
      14  0  0  0  0  0  1  0  1  0  0  0  1  4  4  0  0  0  1  0  0  0  0  0  0
      15  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  3  0  0  1  3  0  4  0  0  0  0
      16  0  0  4  0  0  0  0  2  0  0  0  4  0  4  0  0  0  4  0  3  0  0  0  0
      17  0  0  0  0  0  0  0  1  1  0  0  4  0  1  0  4  0  0  0  0  0  0  0  0
      18  0  1  0  0  0  0  1  2  0  0  0  4  0  4  0  0  0  4  0  4  0  0  0  0
      19  2  0  0  0  0  0  0  1  0  0  1  0  0  3  0  1  0  3  0  3  0  0  0  0
      20  0  0  0  0  0  0  0  1  0  0  1  0  0  0  0  0  0  2  0  3  0  0  0  0
      21  0  3  0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  3  0  0  0  0  3  0  3  0  0  0  0
      22  0  0  0  0  0  0  0  1  0  1  0  3  0  3  0  0  0  3  0  3  0  0  0  0
      23  2  1  0  2  0  0  0  2  1  1  1  0  0  0  0  0  0  3  0  2  0  0  0  0
      24  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  3  0  3  0  0  0  0
      25  0  0  0  0  0  0  0  1  0  0  1  0  0  2  0  0  0  2  0  1  0  1  0  0
      26  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  0  2  0  2  0  0  0  0  0  0
      27  0  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0  2  1  2  0  0  1  1  0  0  0  1  0  0
      28  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  0  2  0  0  0  0
      29  0  0  0  0  1  0  0  1  0  0  0  2  0  1  0  0  0  2  0  2  0  0  0  0
      30  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  2  0  2  0  0  0  0
      31  0  2  0  0  0  0  0  1  0  0  0  0  1  0  1  0  0  2  0  2  0  0  0  0
      32  0  0  0  0  0  0  0  1  0  0  0  2  0  2  0  1  0  2  0  1  0  0  0  0
      33  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  2  0  2  0  2  0  0  0  0  0  0
      34  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  2  0  2  0  0  0  0
      35  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  1  0  0  0  2  0  0  0  0  0  0
      36  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  2  0  2  0  0  0  0
      37  0  0  0  0  0  0  0  2  0  0  0  2  0  0  0  2  0  0  0  0  0  0  1  0
      38  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  0  2  1  1  0  2  0  0  0  0  0  0  0  0
      39  7  2  5  1  0  1  6 17  1  4  7 27 15 46  2 18  2 76  0 45  1  0  1  0

locus ごとかつ genotype ごとの差異，なるものをここから見つけるのは，かなり難しいかもしれないなぁ．

genotype まわりを単純化して，再計算を命じてみる．帰宅時刻までには終了するだろう．
情報基盤センターから電話．とりあえず「取消」前の状態に復旧してくれたとのこと．たすかった ……
情報基盤センターのヒトたちは電話などでの応対は丁寧なのだが，いかんせん，複雑機械な北大計算機迷宮を整理整頓したり，わかりやすいマニュアルを準備したりといったことは …… たぶん，できないのであろう．
今回は ISO image による OS がうまく行きそうだ．昨日の作業と比較すると …… うーむ，
- いったん VM (インスタンス) を停止 (ここが昨日と異なる)
- ISO をデタッチ
- Ubuntu の ISO image をアタッチ
- VM の起動
これで正解なのかな?
ぐだぐだやってると MCMC 推定計算のほうも終了．モデルを簡単化したので，計算時間は 1.64 時間に短縮された …… しかし結果がいまいちだった．今度は locus がー

とりあえず，北大クラウドに Ubuntu のインストールを完了させる努力．えーい， 100 GB もある HDD をどうやって切ればいいんだ ……

ひととーりインストールしてみたけど，うまくいかない …… 「うまくいかない」原因の答えは上の画像中にあり， bootable すなわち B がついてる #1 ではなく， #3 にシステムをインストールしたため．しかもそれに気づくのにかなり時間かかった．
気をとりなおして再インストール．上記の #1 には /boot をわりあてる．
待ち時間には，この北大クラウドのシステムである CloudStack についての解説もちょっと読んでみる …… これって日立がてきとうに作ったものではなく，できのよい汎用品なんだね．
やっと …… やっとうまくいった …… インストールでここまで苦闘したのはひさしぶりだ． Ubuntu 11.10 server 版 (64 bit)．上下の画像に見えてる「窓」は，北大くらうどの VNC．

Ubuntu のいいところは， R とかの最新版が sudo apt-get install なんかですぱすぱとインストールできること． CentOS なんかつかってられませんよ (これも Linux distribution のひとつではあるのだが) ……
おっと帰宅時刻だ …… 部屋をでて，ついでに秘密区画に隠匿している Dell Desktop PC lex (計算に 11.2 時間かかるやつ) を止めてから大学をでる．とにかく，今後はますます研究室内から計算機 hardware を減らしていきましょう． 1800 研究室発．買いもの． 1830 帰宅．晩飯の準備．晩飯．
[今日の運動]
- 朝のラジオ体操．
[今日の食卓]
- 朝 (0700): 米 0.5 合．ネギ・カブ・油揚げの味噌汁．ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)．キャベツのサラダ．
- 昼 (1220): 研究室．米 0.7 合．ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)．イカ天．エダマメ天．ミニトマト．ブロッコリー．キャベツ．
- 晩 (1940): 米 0.5 合．ネギ・アサリの味噌汁．ニラ・シイタケ・豚肉の炒めもの．レタス．モヤシ・ネギのポン酢ゴマあえ．

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