ぎょーむ日誌 2012-04-25

2012 年 04 月 25 日 (水)

• 0615 起床． ラジオ体操． 弁当・朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0750 自宅発． 曇天． 0820 研究室着．
• 今日もまた北大くらうどとの消耗戦． いまさらながら， 「もしファイルシステムがぶっこわれたらどうする?」 という問題に気づいたので， HDD の partition を切り直して (Ubuntu installer だと resize のようなことができる)， あけた領域に FS 修復用の最小 Ubuntu をインストールしよう， と考えたのだが …… 例の detach/attach で何とかなるはず， と思ったのだが ISO image から起動できん．
• そうだ， 何も OS をインストールせずとも， DVD とかの ISO を入れといて， インストールせずに HDD の修復とかできれば …… などと考えたんだけど， これでも boot せづ．

  インスタンス起動 - 失敗 - Unable to create a deployment for VM[User|i-2339-5581-VM]
  

  いやはや．
• いろいろ ISO image を変えてみたんだけど， いずれもダメ． よくわからんので放置． なお， ISO image からの起動にした場合は， 「デタッチ」してから再起動すればよい …… みたいだ．
• 次． 北大くらうどを計算したうけマシンとして使う (なにしろ Xeon E7 8870 2.4GHz 4 core なんで) ための努力．
• WinBUGS はダメだった． wine が 1.2 もしくは 1.3 しか入らないんだけど， これではゐんばぐすは動かない． 1.0 でないといけないのだけど， これは最新 ubuntu 用の binary がない． では， 自分でコンパイルすればいいぢゃんと思うかもしれないが， wine のコンパイルって終わりなき悪夢のごときもので ……
• とりあえず， library(R2WinBUGS) と OpenBUGS (3.1.2) を動かせる …… というところまでは確認した． ゐんばぐすヤメて OpenBUGS にするか? どうなることやら． 当然ながら， JAGS とかは何の問題もないんだが ……
• この問題は， このあと夕方ごろに Ubuntu Launchpad 内 に wine-1.0 のバイナリを発見したので (Ubuntu は利用者が多いので，こういうのが見つかったりする)， それを dpkg -i したところ， 結果的には北大くらうど上でこれまでのように WinBUGS なんぞが使えることになってしまった． 当然ながらというか wine1.0_1.0.1-0ubuntu14_amd64.deb は大量の lib-*.deb を必要とするんだけど， これはどうやら wine-1.3 と共用 …… らしい? よくわからん．
• といった試行錯誤で午前がオワってしまった． 昼飯．
• 現在の web server のメンテナンスを少々． rsync を使ったときに， 50 MB ぐらいのファイルの同期にずいぶんと手こずっているように見えたので， これは ethernet board が壊れたのかなあと疑ったわけだが， web server としてはそんなにヤラれているようにも見えないので …… HDD に何か問題があるのかしらん? うーむ ……
• えーと， Apache2 設定関連のユーティリティとしては， a2enmod とか apache2ctl …… あまりつかわないので， いつのまにやら忘却してしまう．
• 午後は昨日ほうりなげたままになっている Cardamine 問題のつづき． とりあえず， Cut 1 と 2 の Loucus ごとのばらつきは等しい (平均は異なるけれど)， といった単純化を試みてみる．
• で， 計算まち時間に上述のごとき wine-1.0 探索と試行錯誤．
• Cardamine 再計算終了， ThinkPad で 1.65 時間． さすがにマシになってきたな ……

• 次なる改善の策もとくに思いつかないので， ただただ単純に MCMC step 数を 28k から 38k 回に延伸して再計算して見ることに． 上述のごとく北大くらうどでも WinBUGS が実行できるようになってしまったので， そちらで試しに実行させてみる． 下に示しているがごとく， 64-bit な Unbuntu Linux 上の wine-1.0 で 32-bit な (しかもとてつもなく古い) WinBUGS がみっつ同時に実行されております．

• 計算終了を待たずに 1700 研究室発． クラーク会館地下で散髪． 前回は 3/14 だった． 1810 終了． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 自宅から北大くらうどに ssh して帰宅時にしこんでおいた計算結果を確認してみた． 計算量を 1.35 倍に増やして， 計算に要した時間は ThninkPad でやったときと同じ 1.65 時間， つまり北大くらうどのほうが 1.35 倍速い． まあ， WinBUGS みたいな 32-bit ソフトウェアを 64-bit マシンで無理やり動かしてる overhead みたいなものもあるのかも．

• 結果は上のごとしで， サンプリングの長さを 1.35 倍にしたぐらいでは， あまり改善されない． Locus まわりの見なおしが必要だな ……
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操． うんどう不足な日々 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.5 合． ネギ・油揚げの味噌汁． イカ天． キュウリ・モズク酢．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)． イカ天． エダマメ天． ミニトマト． ブロッコリー． レタス．
  • 晩 (1900): 米 0.5 合． タマネギ・アブラゲ・ブナシメジ・豚肉のスープ． 麻婆豆腐． キャベツ・ネギ・タマネギ・ハムのサラダ．