KuboLog 2012-04-23

苦情・お叱りは，たいへんお手数かけて恐縮ですが，久保 (kubo@ees.hokudai.ac.jp) までお知らせください．

2012 年 04 月 23 日 (月)

0640 起床．ちょっとねぼうした …… 弁当・朝飯の準備．朝飯．コーヒー． 0750 自宅発． 0820 研究室着．

うー，今朝もやや不調．

研究室ねっと雑用． Mac OS X の web browser (Safari とか Firefox) で PDF ファイルの表示・印刷ができなくなるので何とかならないか，とゆーものだが …… 調べて実験してみたら，次のような手順でなんとかなった．

Safari や Firefox といった web browser を完全に終了する
HD 内の Library 内の Internet Plug-ins 内の Adobe... なんちゃらという plugin をすべてフォルダの外にだす
web browser を再起動する

Kindle DX もふちょー．ファイルを書き換えようとすると，「読み込み専用」 device うんぬん …… どうもファイルシステムがぶっこわれているようなので，まずは修復 (残念ながら，この作業はゐんどーづ側でやるしかなさそう …… dosfsck を使えばよかったのかな?)， Kindle そのものを再起動すれば OK …… かな?

どーにもサエない月曜日・午前でありました．昼飯．

空間構造ある Cardamine 遺伝子切断の統計モデル，計算傭兵ぎょーむ．いままで 24 loci を個別に推定していたんだけど，その方式ではそろそろムリがあるとわかってきたので，全体を一括して推定する方法に変更する …… しばらく放置してた自分のコードを読解するのはしんどい．

うーむ，まあこんなところかな …… たとえば，データとの対応は，このように見ぐるしくなる．

    for (i in 1:N.sample) {
        for (j in 1:N.cut) {
            Cut[i, j] ~ dbern(p[i, j])
            p[i, j] <- (
                (1.0 - o.err[i, j]) * q[i, j]
                + o.err[i, j] * (1 - q[i, j])
            )
            o.err[i, j] ~ dbern(p.err)
            logit(q[i, j]) <- (
                intercept
                + cover[Locus[i], j] * Cover[i] # standardized
                + locus[Locus[i], j]
                + genotype[Locus[i], j, Genotype[i]]
                + r.spatial[Locus[i], j, Grid[i]]
            )
        }
    }

まだ，北大くらうどとやらが使えない状況なので，時代おくれな Dell desktop 機 (ちょっと離れた某区画内で隠匿稼働中) に仕事をなげてみる ……

[古い Dell Desktop PC]

あまり計算は早くないので，さっさと北大くらうどの戦力化が必要．この古 PC と同クロック数ながら，手元にある ThinkPad のほうが格段に計算が速いんだけど (cache がでかくて，しかも並列化できるので)，このマシンは家に持ち帰ったりするやつなんで．

さて，遠隔計算環境をととのえるべく，先日はチカラつきてしまった北大くらうどの設定努力のつづき．

CentOS を捨てて Ubuntu を入れたいのだが …… ISO image file をどうやったらアップロードできるのかわからん．

で，いろいろ四苦八苦しているうちにわかった．また意味不明な北大計算機ぢゃーごんなんだけど，

	malt1.hucc.hokudai.ac.jp
	malt2.hucc.hokudai.ac.jp
	malt3.hucc.hokudai.ac.jp

これらの Unix 機はなぜかしら アプリケーションサーバ などと呼称されており，この北大くらうどとは何の関係もない 計算機の/home/ 直下に ISO file を置くのが正解! …… そんなの，ふつーわからんよ．

とにかく hucc なヒトたちは，このあたりの説明がまったくダメです．

malt* なんちゃらには wget があるので， URL さえ指定すれば Ubuntu ISO image をぱっと取得できる．で，これを北大くらうどにもっていくのも試行錯誤が必要で (一歩ごとに試練がある)，下の「ISO 追加」の小窓のごとく指定しないといけない (名前はでたらめでもよさそうだけど)．

追加できたら，下のごとく「マイ ISO」とかいうわけわからん項目に，このように追加される．

さて，これを VM にインストールする方法だが …… これは簡単だろうと思っていたんだけど，ぜんぜんそうではなかった．「インスタンス」 (現在の CentOS 5.3 --- あら? 実体は 5.5?) iso をデタッチしてから， ubuntu な ISO をアタッチして，インスタンスの再起動．再起動にはけっこう時間がかかる．

で，再起動してもアタッチされた ISO file は無視されて，しつこく CentOS が起動する．

時間ぎれ． 1745 研究室発．買いもの． 1820 帰宅．晩飯の準備．晩飯．

研究室のネットワーク (そういえば，以前は「闇ネット」とよんでいたなぁ) にもぐりこんでみると …… 遅い子がゐんばぐすにてこずっていました．まだまだ時間かかりそうだな．

[今日の運動]

うんどうしてない …… またうんどう不足ぎみな日々がつづいている

[今日の食卓]

朝 (0700): 米 0.5 合．ネギ・油揚げの味噌汁．ゴボウの煮物．
昼 (1230): 研究室．米 0.7 合．興部ハーブソーセイジ．エダマメ天．ゴボウの煮物．ミニトマト．キャベツ．
晩 (1920): 米 0.5 合．ネギ・カブ・油揚げの味噌汁．ニンジン・レンコン・ゴボウ・シイタケ・鶏肉の煮物 (いり鶏)．キャベツのサラダ．

ぎょーむ日誌 2012-04-23

2012 年 04 月 23 日 (月)