ぎょーむ日誌 2012-04-27

2012 年 04 月 27 日 (金)

• 0620 起床． ラジオ体操． 弁当・朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0740 自宅発． 晴． 0810 研究室着．
• なぜかしら昨日のぎょーむ日誌にも書かれているけれど， 岩波統計モデリング本 が Amazon で予約可能 になってしまっていたので， なんかそのあたりのどたばた．
• 本を送るヒトのリスト作りとか ……
• 昼飯．
• 午後はこんさるメイルかき．
• Cardamine 再計算． 先日からつづく「なかなか収束が改善されない」 問題だけど …… まあ， こういうのは WinBUGS の特性ともうしますか， 線形予測子を可能なかぎり短くし，

  	logit(q[i, j]) >- (
  		locus[Locus[i], j]
  		+ genotype[Genotype[i], j]
  		+ r.spatial[Locus[i], j, Grid[i]]
  		+ cover[Locus[i], j] * Cover[i] # standardized
  	)
  

  事前分布をこういうふうに設定してやると，

  	for (j in 1:N.cut) {
  		mean.locus[j] ~ dnorm(0.0, Tau.noninformative)
  		mean.cover[j] ~ dnorm(0.0, Tau.noninformative)
  		for (lc in 1:N.locus) {
  			locus[lc, j] ~ dnorm(mean.locus[j], tau[1])
  			cover[lc, j] ~ dnorm(mean.cover[j], tau[2])
  			r.spatial[lc, j, 1:N.grid] ~ car.normal(Adj[], Weights[], Num[], tau[3])
  		}
  		for (gt in 1:N.genotype) {
  			genotype[gt, j] ~ dnorm(0.0, tau[4])
  		}
  	}
  

  うまくいったりすることもあるわけです．
• さらに， このように線形予測子を短くすると， 計算時間も短くなるわけで …… 0.8 時間ほどでオワった おおざっぱにいって倍速化?
• で， この問題に関しては， 収束も格段に改善されました， ということで．

• はてさて， これで一件落着したのかな? …… 1730 研究室発． 買いもの． 1810 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• なぜかしら明日から道北の豊富町で湯治となったので， 旅じたくなんかを ……
• [今日の運動]
  • 朝のラジオ体操．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0700): 米 0.5 合． キャベツ・ブナシメジ・油揚げの味噌汁． キャベツ・ネギ・タマネギ・ハムのサラダ． レタス．
  • 昼 (1230): 研究室． 米 0.7 合． 塩ザケ． エダマメ天． ミニトマト． ブロッコリー． レタス．
  • 晩 (1940): 米 0.5 合． キャベツ・油揚げのスープ． ネギ・ブリの塩・酒煮． ホウレンソウのゴマあえ．