ぎょーむ日誌 2010-12-(01-10)
2010 年 12 月 01 日 (水)
-
0600 起床．
0610 自宅発．
時間もあるので，
もよりの桑園ではなく札幌駅に行ってみることに．
あいかわらず氷点下の気温．
さむいよー
-
0625 JR 札幌着．
0634 快速エアポートに乗って同発．
0713 新千歳空港．
保安ゲイト通過，
多量のマッチ・ライター没収されてるおじーさんがいた．
-
0750 AIRDO 12 便 10C 搭乗．
B767-300 まあ満席にちかい．
0800 taxing 開始．
機内サーヴィスの
サッポロ珈琲館コーヒー．
朝飯．
国交省アンケートなるものに回答．
BUGS コーディングのためのメモづくり．
-
0930 羽田着陸．
のりつぎ．
[羽田空港内]
ANA 249 機材到着遅れ．
ちょっと ThinkPad で作業．
-
1025 搭乗 15D．
B777-200 ほぼ満席．
トリプルセヴンはひさしぶりだなぁ．
1035 taxing 開始．
羽田こんでてなかなか離陸しない．
離陸後，本州南岸反時計回りループ．
南アルプス上空．
そうか，ANA は機内サーヴィス限定だった
と気づいたんだけど
……
ワゴンがきたのでお茶 (無料) もらう．
今日は札幌発・羽田発どちらの便もけっこうゆれる．
BUGS なマニュアル・論文よみ．
-
多々良河口や九大の上空をとびこえて，
1220 福岡空港着陸．
うーむ，
福岡ばか陽気．
気温 +20°C．
いきなり季節が二ヶ月ぐらいもどった．
1236 地下鉄にのって空港発．
福岡市地下鉄でも SUICA が使える．
中洲川端でのりかえて，
1248 同発．
1258 箱崎九大前．
-
2008 年 3 月
にここにきたときには，
もうこの箱崎キャンパスにくることはないだろう
(まあそのうちに西のほうに移転するので)，
と思っていたのだけどまた来てしまった．
前にも書いたよーに，
地下鉄駅まわりなんて激変．
ラーメン屋以外は何もかもかわった．
てっとりばやく昼飯．
-
1330 九大の粕谷さんの研究室着．
じゅぎょーの準備．
[第三会議室]
理学部 3 号館の西側をしめてた数学系の移転にともなって，
すばやくその空地にたいして領土拡大したらしい生物学科の
ものとなった部屋．
-
14-17 時，
25 人ぐらいの参加者あいてに
WinBUGS 講習会，
最初のほうは統計モデリング入門 (GLM 解説)
みたいなハナシを．
-
1740 九大発．
十数年の歳月をへて生残していた
ふなこし
(なんと食べログまで!)
で粕谷さんと晩飯．
スポーツ統計学のハナシとか．
1900 国道 3 号線ぞいのリーセントホテル着．
-
明日の
WinBUGS 講習会
のどろなわ準備，
BUGS コーディング
のメモづくり．
-
あまりおもしろくないメモになったな
……
真夜中，
4F の大浴場 (いや，中浴場ぐらいか?)
へ．
ばてた．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
AIRDO 機内で
モリモトのゴマもちパン．
- 昼 (1310):
[サバ塩焼き定食]
豚汁つき．
地下鉄の箱崎九大前駅のちかくで．
600 円．
分量，
かなりのものでした．
- 晩 (1900):
ふなこし
のレバニラ炒め定食．
680 円．
2010 年 12 月 02 日 (木)
-
福岡滞在二日目．
0645 起床．
ほー，
札幌で震度 3 の地震．
朝飯．
コーヒー．
ぎょーむ日誌・メイルかきとか．
0850 宿発．
0900 九大着．
-
ゐんばぐす講習会
午前中は階層ベイズモデルの説明・
BUGS 解説
などなど．
-
昼飯．
-
午後は三村さんに提供していただいた植物のデータ解析実演．
-
皆さんの前で試行錯誤しているうちに，
これは以前に考えていた簡単な
重量分割モデル
ではあつかえないとわかった．
理由は簡単にいうと，
ゼロゼロの原点をとおらないため．
-
16 時すぎに終了．
生態学研究室のお茶部屋で休憩したり，
地上部・地下部問題を試行錯誤したり，
この問題について議論してみたり．
-
18 時すぎ九大発．
雨．
晩飯．
20 時すぎ宿にもどる．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
宿の朝飯．
和食ビュッフェ．
- 昼 (1240):
国道三号線，名島ふきんの定食屋「米一」．
粕谷さんと．
- 晩 (1830):
箱崎九大前ちかくの中華料理屋「天天」．
粕谷さん・三村さんとたのしく晩飯．
2010 年 12 月 03 日 (金)
-
福岡滞在三日目，
最終日．
0650 起床．
朝飯．
コーヒー．
ぎょーむ日誌かきとか．
0900 チェックアウト．
二泊 + 朝食で 1.4 万円．
悪天は東に去り，
福岡はおだやか．
0920 九大着．
-
0930 よりゐんばぐす
講習会
のつづき．
本日は別所君提供のデータを使って，
階層ベイズモデルづくり実演．
-
とはいえ「データを使った作図重要」というぽりしーなので，
R によるデータ処理・作図実演にも時間をかける．
複数の列を
paste() や sprintf()
で組み合わせて新しい列を作って，
それを利用して xyplot()
するとか
……
意外とこういう方法が知られてなかったりするんだよね．
-
階層ベイズモデルのほうはわりと簡単に作れたのだが
……
ランダム効果をあらわすパラメーターが多すぎて
(しかもネストしすぎていて)，
step 数 5000 ぐらいではうまくいかなかった．
-
しかし私の ThinkPad は計算おそいので，
これ以上は時間をかけるわけにもいかず
……
最後は step 数が足りなくて収束しないとは，
こういう状態のことですといった失敗例を説明して，
1150 ごろ実質二日間の九大ゐんばぐす講習会が終了．
みなさん，
おつかれさまでした．
-
1248 福岡市地下鉄の箱崎九大前発．
SUICA ですいすい．
中洲川端でのりかえて，
1303 同発．
1312 福岡空港着．
今日は風はすこし強いけど，
天気は悪くない．
-
「新千歳空港，
風がつよくて着陸できないかも」
とゆーあなうんす．
-
1455 JAL 3515 46D，
B767-300 搭乗．
今回はなんとなく機体最後尾の座席にすわってみたんだけど
……
おそろいのブレザー & 赤いネクタイ着用
(とはいえ，全員が同じ服装だったわけではないが)
の体格のよいにーちゃんたちがそのあたりにぞろぞろと乗りこんできた
……
たぶん札幌に試合にいく J2 のどこかのサッカーチームなんだろうな，
と見当がついたんだけど，
ブレザーについてるバッジのエンブレムみてもどこのチームなのかわからない．
風邪よけのマスク着用してる選手も数名．
プロ選手もたいへんですなー
-
あとで調べたら
ロアッソ熊本
だった
……
翌日はコンサドーレ札幌との試合で 0-4 で敗退．
遠路おつかれさまでした
……
-
乗機，
1505 taxing 開始．
機内ではサッカー選手に囲まれつつ，
仕事とは関係ない SF 小説よんでた．
JAL はふつーに機内さーびすなるものをやってる．
千歳にちかづくにつれ機体ゆれたけど，
1715 定刻着．
雨．
しかし，
気温たかい +12°C．
積もってた雪はぜんぶとけてる．
どーなってるの?
1734 快速エアポートに乗って同発．
札幌の次は桑園に止まると思ってたんだけど，
そのままとおりすぎて琴似まで行ってしまった．
数分まつと上り列車がきたので，
1820 琴似発．
1822 桑園着．
雨．
-
買いもの．
1850 帰宅．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0710):
宿の朝飯．
- 昼 (1230):
[ひさしぶりの九州らーめん]
国道 3 号線ぞいの味千拉麺・箱崎東店．
野菜ラーメン 700 円．
考えてみればラーメン食べることじたい，
ずいぶんとひさしぶりだ．
- 晩 (1940):
米 0.5 合．
ネギ・カジカの味噌汁．
ニシンの刺身．
豆太のよせ豆腐 + 福岡みやげの柚子胡椒．
2010 年 12 月 04 日 (土)
-
0900 起床
……
よく寝てしまった．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
生態学会・札幌大会の会場名がよーやくきまったので，
口頭発表の会場・時間わりデータの最終出力生成．
物質循環とか植物群落のセッションはこむようなので，
でかい会場に移動する．
-
ダウンロードできるところにファイルをおいて，
これでいいですかね，
と大会企画委員会 maling list に連絡．
これで一件落着かな?
-
どーにもこーにもアタマがくたびれたので，
ひさしぶりに
ミニ大通公園
走．
今年はもう積雪でダメだと思っていたのだが，
雨 + 高温のせいで雪が完全になくなってしまった．
1230 自宅発
うんどう不足の日々が続いていたので，
ばてる．
今回は早めにきりあげて，
1300 帰宅．
体重 71.0 kg．
-
昼飯．
-
生態学会ざつよう，
ちょっとだけ予想外の展開
……
上記ファイルは，
学会事務局であつかうのか
(今年度は)．
だったらゑくせるファイルに変換せんといかんなぁ．
-
open ゑくせるとしては，
ちかごろは OpenOffice.org の Calc ばかりが注目されてるよーだが
……
こういう用途のためには，
意外と
gnumeric
がおてがるかつ便利だったり．
-
買いものうろうろ．
-
帰宅して紅茶．
-
どーにもこーにも怠業したいきぶん
……
怠業．
-
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0940):
AEON 桑園のパン屋で買ったパン．
チーズ．
ヨーグルト．
リンゴジャム．
- 昼 (1340):
ナメコ・ネギ・ニンニク・ベイコンのスパゲッティー．
- 晩 (1930):
福岡でかってきたもつ鍋パック，
ニラ・キャベツ・ナメコもいっしょに．
最後にラーメンの麺．
2010 年 12 月 05 日 (日)
-
0740 起床．
怠業．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
-
-
1215 自宅発
ミニ大通公園
走．
曇．
寒くない気温．
1300 帰宅．
体重 70.8 kg．
-
1340 自宅発．
うろうろ．
昼飯．
うろうろ．
1550 研究室着．
-
……
いやはや，
ThinkPad X31 を家におきわすれてきてしまった
……
-
1630 研究室発．
買いもの．
1700 帰宅．
洗濯もの干し．
怠業．
晩飯の準備．
晩飯．
-
怠業ないちにち
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
モンクールのパン．
ヨーグルト．
リンゴジャム．
- 昼 (1420):
札幌駅南でお好み焼き．
- 晩 (1950):
米 0.5 合．
ダイコン・油揚の味噌汁．
味噌づけホッケのグリル．
ホウレンソウ・シイタケ・卵の炒めもの．
蒸しサツマイモのショウガ・バターあえ．
2010 年 12 月 06 日 (月)
-
0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0830 自宅発．
曇．
今日はまだ寒くない．
明日から寒くなるとの予報．
0850 研究室着．
[北 5 条のコープさっぽろ]
正確には「植物園店」．
今までなかった牛乳パック回収箱が設置された
……
-
10 時から理学部で，
大江さん・
小川さん
とコオロギデータ解析のハナシ．
[コオロギデータあれこれ]
実験の全貌がよくわかりました．
空気圧で浮上させられた発泡スチロール玉の上をころころ歩くコオロギ．
体の動きと体軸の変化が同時みえるデータで面白い．
そして，
どこで神経を切断するかで結果がいろいろ変わったりして，
ですね
……
大学生のときにならった動物生理学の知識が意外と役にたった．
-
そして，
午後は新しくきた PD の Luis と非線形な時系列データ解析
についての議論．
拡張カルマンフィルター
(EKF)
のさらに拡張ですか
……
Bolker 本に EKF の説明があり，
これはわかりやすかった．
EKF とかじゃなくて，
階層ベイズモデル化 &
MCMC なんかでやったほうがよいのでは，
といった方向にしむけようとしたのだけど，
はたしてどうなることやら．
-
1820 研究室発．
雨．
買いもの．
1850 帰宅．
晩飯の準備のてつだい．
晩飯．
-
ThinkPad X31 が壊れて起動しなくなった．
原因は，
おそらくまたしても，
電源まわり．
-
こまったこまった．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
米 0.5 合．
ダイコン・油揚の味噌汁．
ナガイモ．
- 昼 (1230):
研究室．
食パン．
リンゴ．
- 晩 (1930):
豚肉・カキ・野菜あれこれのキムチ鍋．
卵雑炊．
2010 年 12 月 07 日 (火)
-
0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
雪．
寒い．
0920 研究室着．
-
ぶっこわれ ThinkPad を直そうとする努力．
なかなかうまくいかん．
[今年もまたこういう作業を]
中央下の皿はネジをのせるためのもの．
毎年のように壊れる
(
昨年・
一昨年)
んで，
すっかり解体にもなれたわけだが
……
うーむ，
捨てずにとっておいた ThinkPad 下半身にすげかえてもうまくいかん．
-
1030 より研究室セミナー．
ThinkPad 修繕はいったん中断．
今日は宮田さんで LMA (葉重量 / 葉面積)
なる割算値と関連するその周辺についてのハナシ．
光合成速度は窒素密度 (面積あたり)
の 0.4 乗ぐらいに比例?
とはいえ，
観測値の存在する範囲では linear っぽく見えたり．
葉内自己被陰か，
構造強化に窒素をとられているのか
……
-
昼飯．
-
ThinkPad 修復作業つづく．
[OS 見つからず]
とりあえず
昨年
あるいは
一昨年
の故障時にとりはずした ThinkPad 下半身に
SSD をさしこんで
(その他，鍵盤や液晶パネルなどもとりつけて)，
電力投入してみるも boot せづ．
さしこんだ SSD を認識してくれないんだよね
……
しかし BIOS の表示する年号に，
このマシンの古さを感じる．
[ThinkPad 復活のための奇策]
SSD を本体にさすのではなく，
USB ケイブル (を装着するためのポートが SSD についてる)
を介して本体に接続，
これで boot に成功．
Ubuntu 10.04 はなかなかいやいやちょー優秀で，
これで問題なく起動する．
この SSD にはゐんどーづ XP SP3 も入っているのだが，
GRUB を経由して boot sequence には突入するんだけど，
途中で blue screen を出してコケる．
-
えーと，
本体のほうは
昨年
取り外したやつで，
記録にもあるように本体はじつは問題ない，
しかし CPU ファンまわりがヨワりかけているかも，
といったもの．
本日取り外したやつは，
電源まわりが壊れているので復旧のみこみなし．
一昨年
のやつは問題ないかも，
上と同様の手法で起動可能性あり．
-
どうも私のもってる SSD (Buffalo)
は ThinkPad X31 にさしこんでも使えないのかな
……
いや，
昨年 8 月の記録
では使えてるな
……
謎．
-
ともあれ ThinkPad も使えるよーになったので，
たまってるメイルの処理．
-
うをー，
生態学会札幌大会雑用のつづき．
なんといいますか，
口頭発表時間割表の版下を作ってくださる人
(生態学会事務局の人)
がこの作業は初めてとのことで
……
-
先日，
gnumeric を変換用ソフトウェアとして使うとおてがる，
みたいなことを書いたが
……
このどたばたの中で，
このソフトウェアの
UTF-8 えんこーどなファイルよみこみに問題があるかも疑惑が．
-
まあ，
けっきょく私などはどたばたしただけで，
特になんの貢献もなくこの問題からは撤退．
-
今日はこんなかんじでオワってしまったよ
……
1830 研究室発．
買いもの．
1900 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
2225 自宅発
ミニ大通公園
走．
雪すこしぱらついてて寒い．
たぶん気温は零度ちかい．
2255 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
米 0.5 合．
ダイコン・油揚の味噌汁．
モヤシをゆでて，
ゆずポン醤油・ゴマ油あえ．
- 昼 (1200):
研究室．
食パン．
リンゴ．
フリーズドライスープ．
- 晩 (1950):
米 0.5 合．
ダイコン・ニンジン・鶏だんごのスープ．
ホッケの開き．
シュンギク・モヤシ・シイタケ・油揚の煮びたし．
2010 年 12 月 08 日 (水)
-
0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0800 自宅発．
曇．
0810 研究室着．
-
ThinkPad X31 の修理のつづき．
[CPU ファン交換]
昨年
の基板交換の理由のひとつは，
こいつの不調だったので．
電源まわりが完全に死んでしまった X32
から CPU ファンだけ取り外してつけかえる．
まともになった．
-
自由集会の相談あれこれ．
来年 3 月のデータ解析集会は
こんなの．
-
Vim わざめも．
複数行の連結
J
なんだけど，
空白 (space) なしで連結したければ gJ．
-
昼飯．
-
あれこれメイルかきぎょーむ．
-
研究室雑用 Wiki (PukiWiki) の UTF-8 化作業．
Vine Linux 4.2 → 5.1 にしたらまともに動作しなくなったので
(文字ばけが原因で「編集」ペイジに移動できない，とか)．
手順:
-
PukiWiki 本家
サイトから UTF-8 な最新版 (1.4.7 だった)
をダウンロード
-
server 上のもとの pukiwiki ディレクトリ
(pukiwiki 1.4.7 の EUC-JP 版)
のバックアップをとる
-
pukiwiki ディレクトリ直下の
*.php
ファイルをいれかえる
---
ただし
pukiwiki.ini.php
は入れかえたらダメ!
-
pukiwiki ディレクトリ直下の
lib
や
plugin
を UTF-8 版におきかえる
---
plugin
は自分でいれたやつを消さないように注意
-
以前の
pukiwiki.ini.php
を lv -Ou8 などで UTF-8 にする
---
skin/pukiwiki.skin.php
なども同様
-
PukiWiki Plus!
i18n 版の SVN の
tools ディレクトリ
(http://svn.cafelounge.net/repos/pukiwiki-plus-i18n/trunk/tools/)
から
data2utf8.php.txt
を入手
-
自分の改造中の pukiwiki ディレクトリにおいて，
php -f data2utf8.php.txt
を実行して，
ファイル名とデータ一式を UTF-8 に変換する
-
おおっと変換したデータは
uid
などが変わってしまうので，
chown apache.apache *
といった変換がさらに必要 (root 作業)
……
たぶん，
これで OK
……
-
といったどたばたあれこれでオワってしまった
……
1830 研究室発．
雪．
買いもの．
1850 帰宅．
晩飯の準備のてつだい．
晩飯．
-
2205 自宅発
気温零度の
ミニ大通公園
走．
2250 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米 0.5 合．
ダイコン・ニンジン・鶏だんごのスープ．
シュンギク・モヤシ・シイタケ・油揚の煮びたし．
- 昼 (1230):
研究室．
食パン．
バナナ．
- 晩 (1940):
米 0.5 合．
ダイコンの味噌汁．
ゴボウ・ダイコン・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．
おろしナガイモ．
2010 年 12 月 09 日 (木)
-
0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
雪．
0930 研究室着．
-
昨日，
外づけ SSD からしか起動できなくなった ThinkPad，
本日もどーにも調子わるいな
……
と思っていたら，
システムを格納している
/dev/sdb1
のファイルシステム (ext3) がコワれてしまって
……
[非常事態に対処]
いつもは階ハブのコンパートメント内で
ネットにつながってるデスクトップ機をもちだしてきて，
SSD の点検とか
……
-
うーむ，
fsck.ext3
でもなおらん
……
完全にぶっこわれていて，
何もかも
/lost+found
いき．
つまり，
どこに何があるのか不明状態，
ここからの再構築は不可能．
-
しょうがないので，
Ubuntu 10.04 の再インストール
……
ThinkPad につないだ USB CD drive から，
ThinkPad に USB ケイブルにつながっている SSD へ．
-
ついでにデスクトップ機の 9.04 → 10.04
化．
これはネット経由でやったんだけど，
途中で意味もなく 9.10 を経由しないといけないんで，
すごく時間かかる．
-
単純作業なのだけど，
ばてばて．
-
Debian コマンドはまだ慣れていないのだが
……
インストールサイズにあわせて package を並べるには:
dpkg-query -W --showformat='${Installed-Size} ${Package}\n' | sort -n
-
Apache2 の UserDir を有効にするには，
sudo a2enmod userdir
などが必要．
その後，
sudo service apache2 restart
とする．
おっと，
私の場合は，
sudo a2enmod rewrite
も必要だった．
-
(翌日以降の追記)
sudo a2enmod suexec
も必要?
さらに，
/etc/apache2/mods-enabled/userdir.conf
内で
AddHandler cgi-script .cgi .pl
と
Options +ExecCGI
を追加．
-
てなかんぢで一日がオワってしまった．
いやはや．
1900 研究室発．
買いもの．
1930 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
ばてたので，
本日は自宅ちかくの温泉．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米 0.5 合．
ダイコン・油揚の味噌汁．
ゴボウ・ダイコン・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．
- 昼 (1300):
研究室．
食パン．
バナナ．
- 晩 (1950):
米 0.5 合．
ネギ・マイタケの味噌汁．
ターサイ・ネギ・豚肉の炒めもの．
ゴボウ・ダイコン・ニンジン・コンニャク・鶏肉の煮物．
2010 年 12 月 10 日 (金)
-
0700 起床．
朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
雪．
0930 研究室着．
-
計算環境の復旧のつづき
……
-
いろいろメイルがわりこんできたり
……
-
そして，
とびこみのデータ解析相談
……
-
昼飯の調達．
雪．
ちょっとおそめの昼飯．
-
ちょっとまだ Ubuntu 10.04 の細かい修正がつづく
……
デュアルディスプレイの設定をするのは，
gnome-display-properties
でよいのだが，
sudo gnome-display-properties
とすることが必要
(いやはや)．
あとは xrandr
を使ってがちゃがちゃときりかえる．
-
スウェーデンに帰国した Annika さんが，
「以前に書いてくれた R コード保存してないか?」
と問い合わせてきたり
……
さがしてみたら，
あった．
-
とにかく寒くなるとあれこれといあわせが増えて，
ですね
……
-
1900 研究室発．
さむい．
買いもの．
自宅ちかくまでもどってから，
コーヒー豆がきれてることを思いだした．
ミニ大通の東端までてけてけともどり，
倫敦館で豆をうってもらう．
このへんで売ってる豆としては安いほうで，
100g 450 円．
しかしなかなか良い品で，
もちかえるとコーヒーの香りが家じゅうにほのかにただよう．
1940 帰宅．
-
本日は自分の晩ご飯だけ作ればよいので
……
1950 自宅発
ミニ大通公園
走．
やはり晩飯前のほうが調子よく走れる．
2035 帰宅．
体重 70.0 kg．
なぜか落ちてるな．
-
かんたん晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米 0.5 合．
ネギ・マイタケの味噌汁．
ゴボウ・ニンジンの炒めもの．
- 昼 (1330):
研究室．
ぱん吉のパン．
バナナ．
- 晩 (2020):
米 0.5 合．
タマネギ・シソ・ヒジキふりかけ・卵炒飯．
ヨーグルト．
リンゴジャム．
