ぎょーむ日誌 2010-12-(11-20)

2010 年 12 月 11 日 (土)

• 0840 起床． よくねた． 怠業． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー．
• 雨． 怠業． 研究室ねっと雑用ちょっと．

• 1330 自宅発． 曇． ちょっと雪． 昼飯． 1440 研究室着．
• イヤな査読ぎょーむが一件あって， しかも関係者の誰からもイヤがられてるので督促もこないのだが …… いつまでもてもとにおいとくとキモチ悪いので， なんとかしてみようという努力 ……
• 努力はみのらず， 撤退． 1810 研究室発． AEON 桑園で 買いもの． 1850 帰宅．
• 1855 自宅発 ミニ大通公園 走． 気温は 8°C ぐらいでこの季節にしては比較的たかい …… が走ってる途中に雨がふってきた． 15 分ほどガマンして走ってたらやんだ． 1940 帰宅．
• 晩飯の準備． 晩飯．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): ぱん吉のパン． レタス・ベイコンの煮物． ヨーグルト． リンゴジャム．
  • 昼 (1340): 自宅ちかくの「風香」居酒屋ランチ， 親子丼．
  • 晩 (2040): 米 0.5 合． まゆみさんのおばあちゃんからいただいた ふやき御汁． コマツナ・豆太の油揚の煮びたし． ダイコン・まめイカの煮物． ダイコンの皮・ニンジンの中華あじな炒めもの．

2010 年 12 月 12 日 (日)

• 0730 起床． 雪がどんどんつもっている． 本日はかなりの確度で真冬日， との予報． ウーロン茶． 怠業． 朝飯の準備． 朝飯． 紅茶．
• 1055 自宅発 ミニ大通公園 走． 歩道はちょっと走りたくない積雪状態． 車道は圧雪されてるのでそちらを走る …… 私の走るコースはあまり車の行ききが少ない． 1130 帰宅． 体重 70.4 kg．

[みに大通，また積雪]

これは午前に走ったときではなく， 夕方に西の端から自宅のある東方向をながめたもの．

• 買いもの． 後日のためのメモ: 北 5 条生協 (正式名称: コープ札幌植物園店) には洗濯用の液体せっけんあり (つめかえパック)． 帰宅．
• うろうろ． 昼飯． うろうろ．
• 17 時ごろ帰宅． 怠業． メイルかき．
• 晩飯の準備． 晩飯．
• Ubuntu の grub 設定がうまくできない． sudo startupmanager で何でもおてがるにできる …… とかんちがいしてたんだけど， どうもうまくいかない． /boot/grub/grub.cfg なんかも /etc/grub.d/ 以下と何やら関係があったり．
• boot loader である grub まわりを下手にいじると起動不能になるので， 設定変更したいときにはきあいをいれてやるべきなのだが …… どーにもこーにもきあいが入らん．
• さらにどうでもよいが， Xfce4 の session データは /home/kubo/.cache/sessions/xfce4-session-kubo:0 といったところに保存されているらしい， とわかった． ふう

[北大生協脱力ねた]

北大生協 考案のかっぷりんぐ丼とか「研究者の卵」 とか …… なんだかむかわ町その他でも カップリング丼 つくってるみたいですね． 脱力． さすがにまだ カップリングまんじゅう なんかはないようで．

• [今日の運動]
  • 雪上 ミニ大通公園 走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): AEON のパン屋 (パン工場) のバゲット． モッツァレッラチーズ・バジル・プチトマト． ヨーグルト． リンゴジャム．
  • 昼 (1320): 自宅ちかくというか， 知事公館ちょっと南のラ・トルテュでおいしいごはんをいただきました．
  • 晩 (2020): 米 0.5 合． 豆太の豆腐． コマツナ・豆太の油揚の煮びたし． ダイコン・まめイカの煮物．

2010 年 12 月 13 日 (月)

• 0710 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0900 研究室着．
• 再インストールした Ubuntu 10.04 で LaTeX を使う作業．
• 来年度のじゅぎょーの相談． 植物生態学 I は今までどおり甲山さん・春木さん， II は植物生態学コースにもどられた工藤さんと久保で， といった案でいくもよう． 起学のほうはナシか? どうなることやら．
• Ubuntu 10.04 な LaTeX 戦力化作業のつづき． てきとーに texlive 一式をいれたつもりなっていても，

  ** WARNING ** Failed to load AGL file "pdfglyphlist.txt"...
  ** WARNING ** Failed to load AGL file "glyphlist.txt"...
  [1
  ** ERROR ** Could not find encoding file "H".
  

  といったエラーがでるので，
  • Lucid Lynxで日本語TeX環境を構築する方法
  • Texダウンロード・インストール
  • ubuntu10.04 に日本語tex環境を作る
  などなどを参考にさせてもらいつつ， てさぐりで作業をやってみる．

  # /etc/texmf/dvipdfmx/dvipdfmx.cfg の最下行に
  
  f jis-cjk.map
  
  # を追加
  
  sudo update-vfontmap
  
  # update-vfontmap がなければ下記でインストール
  sudo apt-get install xdvik-ja
  
  # CMap の追加
  sudo apt-get install gs-cjk-resource cmap-adobe-japan1
  
  # http://w32tex.org/current/ の dvipdfm-w32.tar.xz をとってきて
  cp -R ./share/texmf/fonts/map/agl/ $HOME/.texmf-var/fonts/
  
  # インストール結果を反映させるためには，
  # 下記の操作が必要な場合も
  sudo mktexlsr
  sudo update-texmf
  

  ヤミの中をうろうろしてるうちに， どーにかこーにか使えるようになった．
• で， 自分のがなんとかなったと思ったら， 三浦さんの ThinkPad R50e の HDD の容量がたりない …… 問題．
• 13 時ごろまでがんばったけど 2 GB ぐらいしかあかなかった．
• 昼飯． しばらくあとでちょっと調べてみたところ (Norton AntiVirus に原因があるのでは? と疑いつつ)， そうかもよ とご指摘しているヒトがいたので， ふたたび三浦 PC を調べてみたら …… C:\Program Files\Common Files\Symantec Shared\VirusDefs 以下が 10 GB 以上になってた．
• 古いパターンファイルとか tmp なんちゃらのフォルダは捨てていいだろう， と削除しようとしたのだけど Admin 権限がなく不可能 …… Admin login のやりかたがわからんので， しょーがないから再起動・F8 押し・セイフモード起動して， 強引に 10 GB ぶん消してやった．
• いやはや． ぐったり．
• Ubuntu のプリンター設定で苦闘． LIPS4 driver ではいまいちうまくいかなくて， CANON LBP-3410 使うためには LIPSLX driver が必要， なのか? とりあえず印刷できるようになったけど．
• 統数研 共同利用 に申請しませんかね， とのお知らせがあったので， とりあえずアカウントづくり． 申請作文はまた後日．
• じつは土日に べいづ本輪読会 があるのでその準備をしなければならない ……
• あまりススまぬまま撤退． 1840 研究室発． 買いもの． 1910 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日になってしまった ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): バゲット． おこっぺソーセイジ． ネギ・ブナシメジのバター炒め． ヨーグルト． リンゴジャム．
  • 昼 (1320): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (1930): トマト・カリフラワー・ニンジン・レンコン・パプリカ・エリンギ・ベイコン・タコの洋風鍋物． 雑炊．

2010 年 12 月 14 日 (火)

• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 雨． まだそれほど寒くない． 今日の夜から猛烈に寒くなるとか． 0920 研究室着．
• 生態学会雑用つづく． 口頭発表ちゅういがきをもっと細かくしろみたいな指摘があったので， めんどうだけど以下のように修正してみた．

  ＊ 口頭発表用の *.ppt あるいは *.pdf 形式ファイルのファイルサイズは 20MB 以下まで、かつ 1 ファイルのみにしてください。写真を多用される方は、解像度（あるいは画素数）を落とすなどの工夫をしてこの制限に対処してください。このファイルサイズの範囲内におさまるのであれば，ファイル内うめこみ動画再生など上記ソフトウェアの諸機能の利用は可能ですが，発表者が意図したとおりの動作を必ずしも保証するものではありません。

  どーなることやら?
• 土日の輪読会の準備のつづき．
• 研究室セミナー， 本日は宮崎さんがかなりの労力をついやして得たブナ・ミズナラの 花芽形成・開花過程のデータを楽しむ回． 自分の勝手な解釈もまじえて要約してみると， ブナの場合は， 夏のある時期に何か外的なシグナル (気温とか? このあたりのハナシは今日はナシ) で LEAFY 相同遺伝子が発現して (翌年使われる) 花芽の形成が始まりそう， というあたりがわかってきた． この花芽形成の初期は解剖学的にはなかなか判別しがたいもので， 9 月ぐらいに比較してみると LFY 相対発現量と花芽形成速度に対応ありそう (LFY 少ないところでは花芽成長がゼロと観察される; また LFY は花芽形成過程そのものによっても発現する?)． で， どうもそのあと (前年) 芽内の花芽器官 abortion みたいなことが生じてるみたいで …… ブナの研究やってるヒトとか， 前年のうちに花芽が準備されていて， みたいなことを簡単に言ってるけれど， 細かくみると前年夏-秋のあいだにも発達させたり 撤退したりいろいろなウゴキがあって単純ではないのでは， とゆー気がした．
• 昼飯．
• 生態学会雑用のつけたし． くだんの注意書きみてると poor point なヒトたちは， pptx ぢゃなくて ppt でとかコマかいことが書いてあって， 不安になったので口頭発表ファイル web uploader (だけでなく大会 web システム一式) を構築しておられる竹中さんにお尋ねしてみたところ …… なんと file の content-type で識別しているからだいじょうぶ， とのこと． なるほどうまいやりかただな (というか，conent-type でそこまで区別ができるとは知らなかった) ……
• 生態学会さーばー雑用． 研究室ねっと雑用．
• Trendy セミナー， 本日はフタバガキ科樹木の二本だて．
• 最初は上谷浩一さんで， 樹木の集団遺伝学あれこれ． 大きな属である Shorea は系統樹かいてみるといくつかのかたまりにばらける (Hopea などで分断される) とか， Neobalanocarpus という一属一種の樹木があるんだけど， これはずっと以前にできたフタバガキ科の雑種だったとか， Shorea curtsii のハプロタイプ地図かいてみたらマレイ半島とボルネオ間の距離がすごく離れていて， しかも間に他種のハプロタイプがはさまっているとか (形態的には別種ではないとのことで……久保憶測: 半島と島で独立に雑種による種分化?)， カラスザンショウのデンプン合成系の酵素 4 つを調べたらひとつでまったく 変異がなく (近縁のイヌザンショウでは変異あり)， これって Charlesworth (2010) いうところの selective sweep なのではとか (うーむ，おもしろいけど酵素ひとつでそんなに圧倒的に適応度が上昇するもんだろうか?)．
• 次は市栄智明さんで， Dipterocarpus aromatica を開花させる至近要因は何か， ということで …… 環境要因的には乾燥， 開花を左右する個体内部の状態として重要なのは幹のリン (P) 動態では， ということで熱帯林内に雨よけのカサを伸張してみたり， クレーンにつりさげられて幹のあちこちからサンプルをとったり …… 野外実験は難しいのでこれはまだまだ進展中のハナシ．
• 1820 研究室発． 雪． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• あいかわらず生態学会雑用つづく ……
• 2210 自宅発 ミニ大通公園 氷点下の雪上走． ミニ大通は夜間工事とかでめんどうなことになっているので， 知事公館や近代美術館のまわりをぐるぐる走る． このあたりは横断歩道すくなく， 街灯がかなり多いので走りやすい． 東側・南側の車の通行量がやや多いので今までさけていたのだが， 積雪のせいか気にならないていどの流量だった． 2250 帰宅．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.7 合． ネギ・ブナシメジの味噌汁． ダイコン・まめイカの煮物．
  • 昼 (1220): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (1940): 米 0.5 合． ダイコン・ネギ・タラすりみのスープ． キャベツ・ピーマン・ショウガ・豚肉の炒めもの．

2010 年 12 月 15 日 (水)

• 0720 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 雪． 気温 -6°C， 風はないのに寒い． 0900 研究室着．
• 土曜日の輪読会の準備． なかなかススまん．
• 研究室ネット雑用， 少々． お， 来週も系統地理学のハナシが ……
• あまり進捗ないまま昼飯．
• ぢりぢりとススめる．

• 1810 研究室発． 雪はやんでる． 買いもの． 1900 帰宅． 晩飯の準備．
• 1955 自宅発 ミニ大通公園 走． 気温 -7°C， すごく寒い． 2040 帰宅．
• 晩飯．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米 0.6 合． ダイコン・ネギ・タラすりみのスープ．
  • 昼 (1200): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (2120): 米 0.8 合． タマネギ・トマト・タコ・ホタテのカレー． キャベツ・ミズナ・キュウリのサラダ． カリフラワー・ニンジンのピクルス．

2010 年 12 月 16 日 (木)

• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． しかし雪はしばらく消えそうにない． 0930 研究室着．
• 放置してしまったデータ解析こんさるでぢたばたしてみる ……
• で， 午前終了． 昼飯．
• 土日の輪読会の準備のつづき．
• と思ったら， 院生たちから「研究室 web site のペイジが文字ばけ!」 通報． IE8 を使っている院生たち， iso-2022-jp えんこーどなペイジが読めませんとのこと． 調べてみたら， 昨日の Windows Update KB2416400 (MS10-090) をあてると バケる そーで (twitter 検索) ……
• IE8 の挙動観察めも: iso-2022-jp なペイジをひらくと Shift-JIS エンコード (もじばけ)． リロードボタンをオスと JIS エンコードになり (最初からそうしろよ!)， IE8 の「エンコード」をみると ● 日本語 (JIS) といったかんじでグレイ表示になっている．
• 院生たちの挙動観察めも: 院生たちには「web page のリロード」という概念はない， もしくは web browser の page cache という概念がない．
• とりあえず研究室 web site のうち， よく見られる部分でかつ iso-2022-jp だったのを UTF-8 にしてみる． ペイジ生成 perl code にも修正が必要． やれやれ， きまぐれ Microsoft のせいでよけーなネット雑用が ……
• Microsoft は数日以内にこれをもとにもどすのではないかな， とゆーのが私の希望的憶測． 影響があまりにも大きすぎるから． ということで， 全 UTF-8 化はしばらく放置してみることに．
• しかし， よせばいいのにぎょーむ日誌生成の UTF-8 化に 30 分を費やしてしまった …… ただし日誌じたいは最新のものにしか UTF-8 化されていない．
• ぎょーむ日誌生成 Perl スクリプト調べてるうちに， いろいろとバグがあることがわかった． いやはや． その修正にまた時間を費やす．
• 輪読会の準備， ぢりぢり ……
• 1800 研究室発． 本日はすすきので忘年会 …… うーむ飲み放題 2500 円の忘年会こーすというのは， なかなか「油っぽい」とわかった． 2120 帰宅．
• 自宅すぐちかくの温泉．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米 0.5 合． ダイコン・ネギ・シイタケ・油揚の味噌汁． キャベツ・ミズナ・キュウリのサラダ．
  • 昼 (1230): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (1840): すすきの「グランド居酒屋富士」． あげたものいろいろ．

2010 年 12 月 17 日 (金)

• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0800 自宅発． 曇． 0810 研究室着．
• ぎょーむ日誌 UTF-8 化作業で少しつまずく …… なんとかなった．
• 1/6-1/7 に東京に出張しなければならなくなった． えーと， 1/6 札幌→東京がなぜかしらほぼ満席状態． 逆方向はそれほどでもないのに．
• あとはずっと明日からの 輪読会 どろなわ準備．
• 説明の補助資料として， エルゼビアのサイトから図をかっぱらってきて， かみしばいにしてみたり．

• 今日は大学の近くで晩飯．
• 2250 研究室発． 遅くなった． 2320 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.6 合． ダイコン・ネギ・油揚の味噌汁． キャベツ・ミズナ・キュウリのサラダ． トマト・卵の炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室． ぱん吉のパン． リンゴ．
  • 晩 (2000): ごはんやデンスケのばらずし．

2010 年 12 月 18 日 (土)

• 0700 起床． 0710 自宅発． 雪． 寒い． 今日は真冬日． 0740 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• 輪読会の準備． 会場の準備も．
• 0930 から 1800 ごろまで， Bayesian_Inference 輪読会． 今回は個体群サイズなどを部分的なデータから推定するようなハナシあれこれ， いろいろ勉強になる．
• 1830 研究室発． 桑園で晩飯． 買いもの． 2100 帰宅．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): ぱん吉のバタール． カリフラワー・ニンジンのピクルス． キャベツ・ミズナ・キュウリのサラダ．
  • 昼 (1230): 北大生協中央食堂． イカかき揚げ丼． サラダバー．
  • 晩 (1910): なぜかしら桑園高架下で焼肉．

2010 年 12 月 19 日 (日)

• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 雪． 0900 研究室着．
• 本日も， 10 時から 18 時ごろまで， Bayesian_Inference 輪読会． 今回は個体群サイズなどを部分的なデータから推定するようなハナシあれこれ， いろいろ勉強になる．

[Link & Barker 本]

この本， なかなかめんどうで， なかなか一人では読めないようなものかも． 短期輪読会であつかってよかった．

• 著者たちのこだわりとして， 「これをギブスサンプリングでやるには」 という解説がよく入ること． そんなの WinBUGS になげてしまえよ， と思うのだけど． まあ勉強にはなります． で， そのややこしいギブスサンプリングの解説と いともたやすく書ける BUGS code 例が乖離してたり， あるいは事後分布を明示的に BUGS code 内で書いてしまうとか …… まあ， 他の本ではなかなか見られない展開．
• With ecological applications なる副題がついているけれど， あつかっている例題は， なンといいますかこあな個体群動態なデータばかり． 個体数推定あれこれ (標識再捕獲とか)， 欠測・誤認個体のあつかいでの線形台数てくにっく駆使とか， 動態モデル推定とか． ひさびさに個体群生態学な世界にどっぷりと …… まあ， たまには悪くないもんですな．
• 12 章の例題なかなかおもしろかった． いわゆる適応度たる個体群の増殖速度 (マルサス係数) を推定するもんなんだけど， 産仔速度・死亡速度といったパラメーターのあつかいで
  • 「平均的な個体」を想定するようなモデル (いわゆる推移行列モデル)
  • パラメーターに個体差がある個体ベイスモデル
  の両者で適応度 (厳密には前者は集団適応度で後者は個体適応度の平均) がかなり異なる (常に前者がでかい)， というもの． これって何か生態学的な意味あったり， 「推移行列の予測はいつも楽観的」 といったバイアスと考えてよいのか? すでに誰かが指摘していそうだけど． Caswell 本 (2001) だと section 11.3 (p.295)
• 今回は関東方面 (東邦大・東大) から若い院生 3 名が参加してくれて， しかも皆さんすごく勉強してるし自分の担当部分の説明もじつによく準備されていた． いやー， すごいなあ ……
• 1810 研究室発． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 「Lucidにおける i8xx 系グラフィックチップのフリーズに対するワークアラウンド」 (URL)． とりあえずやってみたけど， 変わったよーな， かわってないよーな．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， つづく．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): AEON パン工場のパン． カリフラワー・ニンジンのピクルス． キャベツ・ミズナ・キュウリのサラダ．
  • 昼 (1300): 北大生協の中央食堂． 日曜日もやってる． ライス M・味噌汁・サラダバー．
  • 晩 (2000): トマト・ブロッコリー・カブ・レンコン・パプリカ・エリンギ・ベイコンの洋風鍋物． バゲット．

2010 年 12 月 20 日 (月)

• 0555 起床． なぜかしら本日中に統数研の研究費申請の書類かきをやらねばならぬことになり (しかもなぜかしら昨晩は作業時間がなく)， はやおきして対処． ねむい． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 雨． 今日は気温ややたかい． 4°C ぐらい． 明日からまた何もかも凍りつくとの予報． 0940 研究室着．
• 申請書類かきのつづき ……
• 1/12 (水) に水産なヒトたちあいての統計モデリング講習会やるんだけど …… 「このデータどうやって解析すればいいでしょう」 データファイルがどしどし送られてきた． 皆さんが何やってるかわかってすごくよいのだが， 準備がたいへんそう ……
• …… で 13 時までかかって統数研書類ひととーりできた． あとは今日中に「申請ボタン」おすだけ． 統数研の共同研究公募 web site はなかなかよくできている．

• ぐったりしつつ昼飯．
• 水産なデータなどのチェック …… うーむ， どれもこれも時系列な ……
• またべつのデータ解析こんさるメイルかき．
• セミナーの予習．
• 統数研書類は， ぽいっと「提出」ボタンをおして， と．
• Trendy セミナー， 本日は池田啓さんで高山植物の北日本・中部日本分断を特徴づける遺伝子は適応進化か? の系統地理学． ミヤマタネツケバナ の赤色レセプターの遺伝子 PHYE は北日本と中部日本で完全に別の アミノ酸配列になっているんだけど， これって何か適応進化なのかもねというハナシ．
• 他にもいろいろな植物も調べられていて， 私としては コメバツガザクラ の PHYE がちょっと気になるところで， ミヤマタネツケバナほどきれいに北・中部でわかれない． PHYE が適応的なら北・中部折衷のヘテロな個体とかが中間的な環境で 有利になるのかもと思って質問してみたら， やはり東北南部ではヘテロなやつ (一個体内に二種類の赤色レセプターもつ) がいるけど， それが適応的かどうかなのかは …… といったかんじのようで．
• あと， ミヤマタネツケバナと同属かつ周北極分布する Cardamine bellidifolia のもつ PHYE が北日本ミヤマタネツケバナ由来では (最終氷期に二次接触?) というハナシ， すごいなあ． これって氷河期に日本に逃げてきた C. bellidifolia に遺伝子が乗り移って， その後に北極海周辺にひろがったってコトなのかしらん?
• 1810 研究室発． まだ気温高い． 寒くなるのは明日の夜以降なのかも． 買いもの． 1840 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 2200 自宅発 ミニ大通公園 走． 雨のおかげで一時的に車道から雪が一掃された． 2240 帰宅．
• 明日の夜は 皆既月食 か． すでに月食状態のままのぼってくる月， 帰宅するぐらいの時刻に見られるかも．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米 0.5 合． ダイコン・ネギ・ナメコの味噌汁． カブの葉・アブラゲの煮びたし．
  • 昼 (1320): 研究室． 食パン． リンゴ．
  • 晩 (1920): 米 0.5 合． ネギ・インゲン・シイタケ・豚肉の味噌汁． ホッケのひらき． 豆太の豆腐． ナメコおろし．