help.start()
すると web browser から起動中の R にアクセスする．
R は web server としてふるまい，
リクエストのあった help の HTML ファイルを動的に生成する
(startDynamicHelp)．
rsync
で同期して，
R.css をちょっとヒネっただけのもの．
しかし今や静的な HTML ファイルは生成されないので，
package を新しくしても help は新しくならない．
site-library
ディレクトリ (Ubuntu 版だと
/usr/lib/R
と
/usr/local/lib/R
に分散して存在する)
のどこかにある help の Rd
ファイルをさがし，
それを何か
Rd2HTML()
のたぐいで変換することなのだが
……
どこに help データがあるのか，
よくわからん!
00Index.html
ファイル
(例)
は現在でも静的に生成されているので，
これは rsync
でとりこむ．
sudo R
な状態で，
options(help.try.all.packages = TRUE, htmlhelp=TRUE) make.packages.html(temp = FALSE)によって
/usr/lib/R/doc/html/packages.html
が生成されるので，
これも rsync
とかする．
このあたりも自動化．
sudo apt-get install r-doc-html
とかやっとかないと，
この
00Index.html
がインストールされてない場合があったり
……
00Index.html
のリンクからたどってみた．
packageDescription
とかだと，
いろいろわからないこともあるので．
うーむ，
どこかにどの関数の help ファイルはこれこれ，
と対応づけるデータあるはずなんだが．
Sys.sleep(0.1)
とか姑息なブレイキが必要．
dynamicHelp.R
まわりなんかをもっと詳しく調べればいいのかもしれないけど．
options(browser = "/usr/bin/wget -r -nc") help.start()こっちのほうがよっぽど速い． しかし， これでは毎回全ファイルが更新されるんだよね．
fsck.ext3
でとりあえず修復．
1．発表数が２以下の分野は廃止し、第２希望の分野に統合するか、第２希望が廃止分野の場合は第３希望の分野へ統合（ESJ55は、１件のみ第３希望を選択）。にとりくんでみる． 「分野 1, 2, 3」だけがとりあえず必要なのだが，
> d <- d[, c("登録番号", "分野1", "分野2", "分野3")]
としてみる．
> summary(d)
登録番号 分野1 分野2 分野3
Min. : 2 26_生態系管理: 24 25_保全 : 30 00_なし :157
1st Qu.: 254 25_保全 : 20 26_生態系管理: 23 02_植物個体群: 10
Median : 616 21_行動 : 16 20_動物生活史: 16 26_生態系管理: 10
Mean : 626 27_外来種 : 16 15_種多様性 : 15 01_群落 : 8
3rd Qu.: 956 14_進化 : 14 14_進化 : 14 19_動物個体群: 8
Max. :1372 16_数理 : 14 02_植物個体群: 13 20_動物生活史: 8
(Other) :139 (Other) :132 (Other) : 42
えーい，
またかたよってるな．
> g1 <- table(d$分野1) # 発表者数を数えてね
> sort(g1) # 発表者数の少ない順にならべてよ
06_送粉 08_菌類 09_微生物 18_動物繁殖
1 1 1 1
07_種子散布 24_古生態 29_物質生産 23_分子
2 2 2 3
05_植物生活史 12_フェノロジー 20_動物生活史 02_植物個体群
4 4 4 5
04_植物繁殖 11_遷移・更新 28_都市 15_種多様性
6 6 6 7
03_植物生理生態 13_動物と植物の相互関係 22_社会生態 01_群落
8 8 8 9
19_動物個体群 10_景観生態 14_進化 16_数理
10 13 14 14
17_動物群集 30_物質循環 21_行動 27_外来種
14 14 16 16
25_保全 26_生態系管理
20 24
ポスター部会からのもうしいれで，
「口頭発表の分野わけとポスター発表の分野わけが重ならないように」
(ポスター賞の審査員確保のため)
とゆーハナシがあるのだが，
現時点で 13 個以上の発表がある分野は，
発表日数が二日間にまたがることに決定．
このあと，
少数分野廃止 → 移行があるので，
さらにこれは増える可能性がある．
> g1[g1 < 3] # 発表者数が 3 未満のやつはどれかな? 06_送粉 07_種子散布 08_菌類 09_微生物 18_動物繁殖 24_古生態 29_物質生産 1 2 1 1 1 2 2これらのグループは消滅する (第 2 希望以降のグループになる) ことに決定． まあ， やはり前回と同じよーなかんじで．
> levels.g <- levels(d$分野1) > levels.g [1] "01_群落" "02_植物個体群" "03_植物生理生態" "04_植物繁殖" [5] "05_植物生活史" "06_送粉" "07_種子散布" "08_菌類" [9] "09_微生物" "10_景観生態" "11_遷移・更新" "12_フェノロジー" [13] "13_動物と植物の相互関係" "14_進化" "15_種多様性" "16_数理" [17] "17_動物群集" "18_動物繁殖" "19_動物個体群" "20_動物生活史" [21] "21_行動" "22_社会生態" "23_分子" "24_古生態" [25] "25_保全" "26_生態系管理" "27_外来種" "28_都市" [29] "29_物質生産" "30_物質循環"
> d$分野2 <- factor(d$分野2, levels = levels.g) > d$分野3 <- factor(d$分野3, levels = levels.g)こうすると， たとえば， こんなふうに
sapply()
と
table()
のコンビネイションわざでこんなのができるんだよね．
> sapply(1:3, function(k) table(d[, sprintf("分野%i", k)]))
[,1] [,2] [,3]
01_群落 9 12 8
02_植物個体群 5 13 10
03_植物生理生態 8 5 2
04_植物繁殖 6 6 0
05_植物生活史 4 6 2
06_送粉 1 1 1
07_種子散布 2 1 0
08_菌類 1 2 0
09_微生物 1 5 1
10_景観生態 13 9 2
11_遷移・更新 6 5 1
12_フェノロジー 4 5 1
13_動物と植物の相互関係 8 4 3
14_進化 14 14 2
15_種多様性 7 15 3
16_数理 14 9 2
17_動物群集 14 12 5
18_動物繁殖 1 3 4
19_動物個体群 10 13 8
20_動物生活史 4 16 8
21_行動 16 5 2
22_社会生態 8 3 2
23_分子 3 7 0
24_古生態 2 2 1
25_保全 20 30 4
26_生態系管理 24 23 10
27_外来種 16 3 2
28_都市 6 2 0
29_物質生産 2 3 0
30_物質循環 14 4 1
しかしこれは無意味なテイブルだな．
上でやった「levels 変換」はのちのち役にたつのだが．
> # 発表数 3 未満のグループを廃止 > g <- d$分野1 > table.g <- table(g) > removed.g1 <- levels.g[table.g < 3] > removed.g1 [1] "06_送粉" "07_種子散布" "08_菌類" "09_微生物" "18_動物繁殖" "24_古生態" "29_物質生産"今度は 243 人の発表者のうち， 以上の発表グループを第一希望にしてるヒトたちは， と ……
> people.removed.g1 <- g %in% removed.g1 > # 243 名のうち第一希望グループで発表できない人 > sum(people.removed.g1) # その合計 10 名 [1] 10第一希望が通らなかった人たちを第二希望に移動してみる．
> # 第一希望が通らなかった人たちを第二希望に
> g[people.removed.g1] <- d[people.removed.g1, "分野2"]
> sort(table(g))
06_送粉 07_種子散布 18_動物繁殖 24_古生態
0 0 0 0
29_物質生産 08_菌類 09_微生物 05_植物生活史
0 1 1 4
12_フェノロジー 23_分子 02_植物個体群 20_動物生活史
4 4 5 5
11_遷移・更新 28_都市 04_植物繁殖 15_種多様性
6 6 7 7
03_植物生理生態 22_社会生態 13_動物と植物の相互関係 19_動物個体群
8 8 10 10
01_群落 10_景観生態 14_進化 16_数理
11 13 14 14
30_物質循環 17_動物群集 21_行動 27_外来種
14 15 16 16
25_保全 26_生態系管理
20 24
まーたまた昨年と同じく，
「第 1 希望 菌類」
「第 2 希望 微生物」
みたいに，
第 1 希望も第 2 希望も廃止されちゃうグループだったんですね．
はい．
登録番号 分野1 分野2 分野3
26 80 06_送粉 04_植物繁殖 13_動物と植物の相互関係
29 90 07_種子散布 13_動物と植物の相互関係 02_植物個体群
51 201 09_微生物 08_菌類 15_種多様性
58 235 24_古生態 23_分子 19_動物個体群
110 558 07_種子散布 13_動物と植物の相互関係 <NA>
146 767 29_物質生産 01_群落 <NA>
151 790 08_菌類 09_微生物 <NA>
207 1127 24_古生態 01_群落 10_景観生態
211 1152 18_動物繁殖 20_動物生活史 25_保全
230 1267 29_物質生産 17_動物群集 <NA>
> g[51] <- "15_種多様性" > g[151] <- "15_種多様性"と設定して， 集計をやりなおしてみる．
> sort(table(g))
06_送粉 07_種子散布 08_菌類 09_微生物
0 0 0 0
18_動物繁殖 24_古生態 29_物質生産 05_植物生活史
0 0 0 4
12_フェノロジー 23_分子 02_植物個体群 20_動物生活史
4 4 5 5
11_遷移・更新 28_都市 04_植物繁殖 03_植物生理生態
6 6 7 8
22_社会生態 15_種多様性 13_動物と植物の相互関係 19_動物個体群
8 9 10 10
01_群落 10_景観生態 14_進化 16_数理
11 13 14 14
30_物質循環 17_動物群集 21_行動 27_外来種
14 15 16 16
25_保全 26_生態系管理
20 24
これでめでたくどのグループも発表数が 4 以上になった．
> table.g <- table(g) # 再計算 > removed.g <- levels.g[table.g == 0] > removed.g [1] "06_送粉" "07_種子散布" "08_菌類" "09_微生物" "18_動物繁殖" "24_古生態" "29_物質生産"243 人分の確定「発表グループ」の水準つけなおし (30 水準から上の 7 個を除いた 23 水準) はこれでよい:
> g <- factor(g)
> table(g)
01_群落 02_植物個体群 03_植物生理生態 04_植物繁殖
11 5 8 7
05_植物生活史 10_景観生態 11_遷移・更新 12_フェノロジー
4 13 6 4
13_動物と植物の相互関係 14_進化 15_種多様性 16_数理
10 14 9 14
17_動物群集 19_動物個体群 20_動物生活史 21_行動
15 10 5 16
22_社会生態 23_分子 25_保全 26_生態系管理
8 4 20 24
27_外来種 28_都市 30_物質循環
16 6 14
> sort(table(g))
05_植物生活史 12_フェノロジー 23_分子 02_植物個体群
4 4 4 5
20_動物生活史 11_遷移・更新 28_都市 04_植物繁殖
5 6 6 7
03_植物生理生態 22_社会生態 15_種多様性 13_動物と植物の相互関係
8 8 9 10
19_動物個体群 01_群落 10_景観生態 14_進化
10 11 13 14
16_数理 30_物質循環 17_動物群集 21_行動
14 14 15 16
27_外来種 25_保全 26_生態系管理
16 20 24
243 名の発表者の皆さんの発表グループ確定．
めでたしめでたし．
> as.matrix(table(g)[table(g) > 12])
[,1]
10_景観生態 13
14_進化 14
16_数理 14
17_動物群集 15
21_行動 16
25_保全 20
26_生態系管理 24
27_外来種 16
30_物質循環 14
いまごろゑくせる上でポスター分野わけに苦闘しておられる
関さんにあらかじめのご注進におよんでみますか．
久保です．口頭発表の分野わけの準備のため，データを いろいろと調べているところですが，第 1-3 希望などを 調節してみたところ，以下の分野で 10_景観生態 13 14_進化 14 16_数理 14 17_動物群集 15 21_行動 16 25_保全 20 26_生態系管理 24 27_外来種 16 30_物質循環 14 発表数が 12 をこえていました．これらの分野では口頭発表 の日程が二日以上になります．つまり，これらの分野では 口頭発表とポスター発表の日程が重なりそうです． 発表数 13-14 のところは何人かポスターに移動していただい て一日におさめることが可能かもしれません (口頭発表数合計 が 243 なので，現状の会場わくでは収容できないので)． しかし発表数が現状で 15 をこえている分野では，必ず二日に またがるものと考えたほうがよさそうです．
久保です．口頭発表会場・発表時間帯について，ちょっと お尋ねしたいことがあるのですが…… 私の予想「口頭発表数は東京大会で 203 だったから，札幌 も同じぐらいだろう，全体で 240 発表ぐらいの部屋・時間 わくを確保しておけばだいじょうぶだろう」……がくつが えされてしまって，口頭発表数は 243 になってしまいまし た． 現在，口頭発表からポスターに移動していただく人を探し ている最中なのですが，発表数が 240 以下になっても， ある会場では (発表分野ごとの発表数のばらつきの関係な どで) 3 時間×2 日間の発表わくをはみだす可能性があります． そこであらかじめ教えていただきたいのですが…… 口頭発表のいくつかの会場で，08:45 開始とか 12:15 終了， といった開始時間の変更は可能でしょうか．皆さんのご意見 をお聞かせください．
hosho
のシステムを自滅的にぶっこわしてしまった．
これには以前からの惰性で，
Vine Linux 4.2 をいれてたのだけど，
ring server の下をつらつら見てたら
「お，5.2 があるぢゃん」
とか思って /etc/apt/sources.list
をちょっと書き換えて
apt-get
してしまったのだが
……
ぢつは 5.2 って beta3 ぢゃん!
apt-get
でやるとだいたいコケるのだが
……
ぎょーむ日誌にそういう苦闘の記録があるはずだけど，
もはや検索する気にもならづ．
hosho 修繕中]
$ nmap 192.168.1.20 Starting Nmap 5.00 ( http://nmap.org ) at 2010-11-18 15:55 JST Interesting ports on 192.168.1.20: Not shown: 995 closed ports PORT STATE SERVICE 23/tcp open telnet 80/tcp open http 515/tcp open printer 631/tcp open ipp 9100/tcp open jetdirect
8F 植物生態の久保です．ちょっと，A710 室のネットワーク について相談させてください． A710 南側ドアのそばにあるプリンター Brother HL-5380DN に ついて * さんから「他の階からも使用したいので，IP アドレス を (A7-8F ネット管理者の久保が) とってほしい」という依頼を うけました． ようするに他の階から A710 のプリンターで印刷できればいいん だろう，と考えて昨日いろいろとネット設定の工夫をしてみたの ですが，他の階から印刷させる設定は不可能でした． ということで，次なる策として，A7F の配線を組みかえて，A710 内の * 研の皆さんを北大ネットに直接接続する計画を考えていま す．プリンターも北大ネットに直結になりますので，どこからでも 利用可能になりますので． おそらく A710 移動以前は皆さん直接に北大ネットにつなげておら れたと思いますので，このように変更して問題ないように考えてい るのですが，いかがでしょうか．ご意見いただけると助かります．まあ， これでしばらく放置しとこう．
hosho
の様子を調べる
……
うーむ，
proftpd
(これも捨てたいしくみだ)
に不正なアクセスがあるなぁ．
Nov 19 10:22:01 hosho proftpd[9041]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session opened. Nov 19 10:22:12 hosho proftpd[9042]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session opened. Nov 19 10:22:24 hosho proftpd[9045]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session opened. Nov 19 10:22:36 hosho proftpd[9047]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session opened. Nov 19 10:22:47 hosho proftpd[9048]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session opened. Nov 19 10:22:59 hosho proftpd[9049]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session opened.以前につくった
/sbin/iptables
設定 bash スクリプトを使って 218.106.246.*
からのアクセスを「暗黒の深淵」に DROP
する設定をしてみる．
$ sudo /sbin/iptables --list Chain INPUT (policy ACCEPT) target prot opt source destination ACCEPT all -- anywhere anywhere DROP all -- 218.106.246.0/24 anywhereちゃんと設定できてるようだが ……
Nov 19 10:24:21 hosho proftpd[9089]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session opened. # この時刻に iptables 再起動 Nov 19 10:29:21 hosho proftpd[9089]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - Session timed out, disconnected Nov 19 10:29:21 hosho proftpd[9089]: hosho.ees.hokudai.ac.jp (::ffff:218.106.246.114[::ffff:218.106.246.114]) - FTP session closed.おお， うまくいった．
sudo /etc/init.d/avahi-daemon stop
して
sudo /sbin/chkconfig avahi-daemon off
しておく．
単能
web server 機には
Avahi
いらない?
以前
にも同じよーなコトやってるな．
３．口頭発表のファイル
受け付けたファイルの管理は実行委員会（久保）が担当する．
以下の手順が確認された．
（１）久保がファイルをダウンロード
（２）バイトによる内容の確認（詳細な動作確認はしない）
確認は１本５分として 20.5時間 あれば 確認可能．
（３）不良ファイルは著者に差し替えを求める（久保）
（過去に不良ファイルが何本くらいあったかを確認：齊藤）
（４）ファイルを会場ごとに発表順にそろえて ＣＤ に保存する
（５）3月8日に会場でレンタルＰＣにインストールする
発表者に伝えること
（１）ファイル提出締切は３月１日
（２）提出先は竹中さんに確認
（３）ファイルサイズは 20メガバイト以下
（４）ファイル形式は PowerPoint or PDF （ヴァージョンは
レンタルＰＣのソフトを確認後に決める：齊藤）
（５）ウィルスチェックの要不要をレンタル会社に確認する（齊藤）
（６）アニメ，動画ついて制限は設けない（何もいわない）
（７）会場に動作確認の閲覧室を設ける．閲覧の結果，差し替えを
求められても原則として応じない．ただし，発表が困難だと判断
された場合は例外的に対応する（バイトチェック漏れ）．
ま，
暫定的な内容なんで，
マにうけないでください．
統計学で用いられる「確率分布」の分類に関する話題です． Lawrence M. Leemis and Jacquelyn T. McQueston Univariate Distribution Relationships. The American Statistician, Vol.62, No.1, pp.45-53, February 2008 DOI: 10.1198/000313008X270448 pdf: http://www.math.wm.edu/~leemis/2008amstat.pdf 統計学の世界では数多くの「確率分布」が利用されている． 正規分布や二項分布のようなビッグネームもあれば，聞い たこともない人名が付された確率分布もある．本論文はこ れらの確率分布を平面マップ（あるいは系統ネットワーク） として描かれたチャートによって体系化する試みである． 本論文は現在ではpdfで自由にダウンロードできるが，同 論文の「紙」版には，付録としてこのチャートの折込プレ ートが別に添付されていた．この図表はパラメトリック統 計学の基礎になる確率分布間の相互関係を鳥瞰するととも に，“正規分布帝国”における従属関係を知る上でも便利 だ． Leemis によるこの確率分布の平面マップは，四半世紀前の 1986年にすでに同誌に発表されていた： L. Leemis 1986, Relationships among common univariate distributions, The American Statistician, 40: 143-146. John D. Cook の記事： John D. Cook's blog: The Endeavour, Probability distribution relationships (20 February 2008） http://www.johndcook.com/blog/2008/02/20/probability-distribution-relationships/ は， Leemis のこのチャートは統計学者にとっての「元素 周期律表」であると賞賛している．なお，Cook はこの論文 に基づく確率分布のクリッカブル・チャートを別サイトで 公開している： John D. Cook, （12 October 2008） Clickable diagram of distribution relationships http://www.johndcook.com/distribution_chart.html この図もまた教材としての利用価値は高い． さらに調べてみると，同じような目的で確率分布の間の 「類縁関係」を考察した研究がほかにもあることがわかる． たとえば下記の論文がある： Yousry H. Abdelkader and Zainab A. Al-Marzouq 2004. Probability Distribution Relationships. International Journal of Basic and Applied Sciences IJBAS-IJENS, Vol.10, No.1, pp.76-86. pdf: http://www.ijens.org/1001-91310-3434%20IJBAS-IJENS.pdf パラメトリック統計学での離散型あるいは連続型の「確率 分布」は，確かに統計学者にとって不可欠のツールである． それと同時に，これほど多くの確率分布が導出され，広く 利用されていることを考えるならば，これから統計学を学 習しようとする者のみならず，統計学を生業とする研究者 にとっても，確率分布群の適切な「分類体系化」は不可欠 だ． Leemis をはじめとする確率分布の「平面マップ」による体 系化は，「分類学的精神（la raison classificatoire）」 （Patrick Tort, 1989）が統計学の世界にも受け入れられ てきたことの証といえるだろう． To classify is human.
三中信宏です．いい週末を過ごしてます？ 百聞は一聴に如かず．どーぞ！ 「ミクの歌って覚える統計入門」 http://miku.motion.ne.jp/ VOCALOID 初音ミクの歌のパワーで、統計の基礎を楽しく 学んじゃおう。 もうつまらない教科書はいらない！ 本川達雄『歌う生物学』の伝統を受け継ぐ？『歌う統計学』！ ※今日は朝からネタが豊富だなあ．ねんのため書いておきますが， biometry はふだんはほとんど何も投稿のない 静かな mailing list です．
