ぎょーむ日誌 2010-11-12

2010 年 11 月 12 日 (金)

• 0700 起床． 朝飯の準備． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． ちょっと雨． 0940 研究室着．
• 今日は他のことはほうりだして …… 岩波本作業もほうりだして …… 「R の help ファイル」 HTML 版 の自動生成しすてむづくりに没頭していた． たまにはこういう日も必要．

• そもそもの発端は …… 何回か書いているが R は version 2.10.x 以降， help システムが抜本的に変更されたというもの． 従来は各 package コンパイル時に HTML ファイルを 静的に生成していた． しかしこれは時間がかかるとゆーことで， 現在は動的になっている． HTML 版の help ファイルをみたければ help.start() すると web browser から起動中の R にアクセスする． R は web server としてふるまい， リクエストのあった help の HTML ファイルを動的に生成する (startDynamicHelp)．
• これはたしかに package のコンパイル & インストール作業 を速めるけれど， R を起動してないときにいろいろな R help ファイルを見たいとゆーときに不便．
• R-2.9.x までは， 私のサイトにおいてる R help HTML ファイルは， ただ単に rsync で同期して， R.css をちょっとヒネっただけのもの． しかし今や静的な HTML ファイルは生成されないので， package を新しくしても help は新しくならない．
• そこで R に全 help ファイルを生成させて， それを自分の web site 内におく必要がある …… おそらく最良の手段は， 各 site-library ディレクトリ (Ubuntu 版だと /usr/lib/R と /usr/local/lib/R に分散して存在する) のどこかにある help の Rd ファイルをさがし， それを何か Rd2HTML() のたぐいで変換することなのだが …… どこに help データがあるのか， よくわからん!
• そこで次善の策として， R を web server 状態にしておいて， そこから必要とされる help HTML ファイルだけを生成させて， それを web site 内のディレクトリに保存する， という方法．
• なお， ある package の目次ペイジたる 00Index.html ファイル (例) は現在でも静的に生成されているので， これは rsync でとりこむ．
• また全体の package 一覧 は sudo R な状態で，

  options(help.try.all.packages = TRUE, htmlhelp=TRUE)
  make.packages.html(temp = FALSE)
  

  によって /usr/lib/R/doc/html/packages.html が生成されるので， これも rsync とかする． このあたりも自動化．
• Ubuntu の場合， sudo apt-get install r-doc-html とかやっとかないと， この 00Index.html がインストールされてない場合があったり ……
• で， 全関数の help ファイル生成は …… まあいろいろな方法あるだろうけど， 上記の 00Index.html のリンクからたどってみた． packageDescription とかだと， いろいろわからないこともあるので． うーむ， どこかにどの関数の help ファイルはこれこれ， と対応づけるデータあるはずなんだが．
• web server としての R はしょぼいので， help HTML ファイル生成リクエストをどんどん出すと， つまる (なぜかしら paging が発生する)． 回避のためには， Sys.sleep(0.1) とか姑息なブレイキが必要．
• dynamicHelp.R まわりなんかをもっと詳しく調べればいいのかもしれないけど．
• てなことに一日のほとんどを費やしてしまった．
• 作業がぜんぶ終わってからよーやく気づいたのだけど， ただ単に help の全 HTML ファイルを取得するだけならば， 以下のようにすればよい．

  options(browser = "/usr/bin/wget -r -nc")
  help.start()
  

  こっちのほうがよっぽど速い． しかし， これでは毎回全ファイルが更新されるんだよね．
• 生態学会札幌大会の一般講演もうしこみがしめきられた …… 口頭発表数 243!! 前回の東京大会より 40 も増えてしまった! ありえん． そしてまずいのは， 口頭発表わくは 240 しか確保してない， ということなんだよね． ちょっとこれはめんどうなことになりそうだ ……
• そしてやはり ThinkPad X31 の SSD に問題あるのか， ファイルシステム がまたおかしくなっている． fsck.ext3 でとりあえず修復．
• 1830 研究室発． 買いもの． 1850 帰宅． 晩飯の準備． 晩飯．
• 2230 自宅発 ミニ大通公園 走． お， 星が見えるなー …… と走ってたら雨が降ってきた． 依然として木星など明るい星は見えているのだが． 20 分ほどでやむ． 2315 帰宅． 体重 70.8 kg．
• [今日の運動]
  • ミニ大通公園 走 45 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米 0.5 合． ダイコン・ネギの味噌汁． コマツナ・ガンモの煮物． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
  • 昼 (1450): 研究室． ぱん吉のサンドイッチなど． リンゴ．
  • 晩 (2020): 米 0.5 合． カブ・ニンジン・エリンギ・鶏肉のスープ． アジの塩焼き． スダチ． キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．