ぎょーむ日誌 2004-02-(11-20)

2004 年 02 月 11 日 (水)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー．
• したうけ計算ぎょーむが滞納してるのに， なぜ休日はひどくだらだらしてしまうのだろーか ……?
• 気がつくと， PukiWiki の新ヴァージョンで遊んでいるし． VikiWiki も少し試してみて， 自在性高くて静的 HTML page 生成とか面白いと思ったんだけど， やはりユーザーが多い PukiWiki のほうが便利かも， とそちらに流されてしまった．
• …… で， 私の錯乱した仕事アロケイションはこれで多少は救済されるのだろうか? 「ぎょーむ日誌」 のごとく時系列順に「やったこと・考えたこと」 が記録されていくのは， これはこれで便利ではある． とくに一つのことだけやってりゃいいときは． しかし， 現時点のごとく下請け仕事が破綻気味になると， Wiki とかに逃げると …… なんかいいことあるんだろうか?
• つまりは web browser とテキストエディター vim がうまく連動してくれてたら， それでいいだけなのかもしれん． 現時点で， じつはそれを最もよく実現してるのは Zope だったりする …… しかし， 個人用途でこれを導入するのはちょい大げさな気もする．

[Clie T600C]

ウスい・軽い・低機能が利点の PalmOS 機 …… こういうのも持ってるわけですが． 「スケジュールど忘れ」 防止などに有用 (な場合もある)． 中古機を通販で買ったらそれがコワれてたんで， やや新品っぽい中古機に無料で交換してもらえた， という経緯をもつ． Linux 側のカーネルがうまく仕立てられなくて， いまだに低速なる赤外線通信のみ． Linux 側では Jpilot でデータ管理．

• しかしこのあたりいくら工夫してみたところで， 私はまるちたすくな人間にはなれんよーな気がする． 一度にひとつをぢりぢりと． かの Don Knuth でさえも

  私は一度にひとつのことしかやらない． 計算機科学者のいうバッチ処理だ ……

  なわけだし (``Out of their minds'')．
• Wiki めぐり にも疲れたので， 1500 自宅発北大構内雪上走． 曇天 1545 帰宅． 体重 73.8kg． 昼飯．
• 1700 自宅発． 札幌駅の薬局にいったついでに本屋に 1900 研究室着．
• 仕事ススまず． うう． 北大図書館 web のあちこちをひっくりかえしてみたり． このサイト， 「ちゃんと考えて作ってます」 ってかんぢで， しかも応答も速くてなかなかいいよな． 不安定かつへっぽこな北大ネットワークのそれとは大ちがいだ．
• うう …… 2250 研究室発． 2310 帰宅．
• 映画 ThunderBirds， 楽しそーだな． 非日本語サイト のほうが情報充実してる． Lady Penelope が上品っぽくなくて残念 …… とひたすら時間浪費ばかりする私． あ， 生活周期が．
• [今日の素読]
  • うう
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1500-1545． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジ・コンブ・アサリの味噌汁．
  • 昼 (1610): 米麦 0.7 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジ・コンブ・アサリの味噌汁．
  • 晩 (2340): 米麦 1.0 合． ダイコン・ニンジン・ブナシメジ・コンブ・アサリの味噌汁． ネギ・豆腐・シラタキ・ホタテの煮物．

2004 年 02 月 12 日 (木)

• 0920 起床． オワってるなぁ． 朝飯． コーヒー． 1030 自宅発． オワってる． 雪． 1040 研究室着．
• いろいろとふと途切れてしまったので， とりあえず締め切りせまりつつある論文原稿査読に着手する．
• お， ここしばらく呪われぎみな群集がらみの問題かよ …… しかし， どちらかというと (私のところにまわってくることからわかるように) 計算問題のたぐいなので， ぢりぢりと解読していく．
• 昼すぎに北大構内走に出ようとしたら， 雪． あきらめて昼飯を食う． すると雪がやんだ． うう．
• 1400 すぎにひととーり読み終えた． 面白くはあるけれど， 計算のひとつひとつが疑問手ばかりだ． お茶部屋にふらふらと流れていくと， そこらあたり詳しそうな料理人氏がいたので， 疑問のひとつを聞いてみる …… そのハナシから判明したのは， これは群集っぽいけど群集生態学の論文ではない， ということ． 部分集合の構造だけ考えて機能は考えてないから …… ふーむ， 群集なヒトたちと個体群な連中 (私はどちらかといえばこちら) のカイリは意外と深いのかもしれん． ともかくここで取り扱ってる問題は， ますます数理モデルより (特定の生物的性質からの中立性が高い) と納得できたんで， いよいよ気楽だ．
• ともかく査読報告かきに着手してみて， まずはわかりやすいミスから列挙していってみる． さて， どこまで破綻が波及していくか． 幸か不幸か， 計算が緊密に連係してるわけではないので， あまり波及しなくてすむのだろう．
• とススめてたんだけど， また Matt の熱帯林データ問題 (とうぜんながら群集とゆーか多種系とゆーか) …… まあ， 私が数理モデルの導出とその計算の具体的な手順を示せば， あとは彼が自分でやってくれるわけだが (しばらくのあいだは)． なにかひどく恐ろしい結果が出てくるよーな気がしてならない． ひと区切りついたと思ったら， 時刻はすでに 1730．
• 雪野さんと予算消化のハナシあれこれ …… 雇用と旅費， と．
• 苫小牧督戦隊の出動情報， 今回は林長せんせーつき， のようで．
• けっきょく査読報告かきは途中でとまったまま． 1950 研究室発． 2010 帰宅．
• 晩飯くったらいきなり寝てしまった． 夜中に目をさます．
• [今日の運動]
  • なんもやってないな …… 昼間はけっこう吹雪状態だったもんで．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 米麦 0.7 合． ネギ・豆腐・シラタキ・ホタテの煮物．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ネギ・豆腐・シラタキ・ホタテの煮物．
  • 晩 (2030): 米麦 0.7 合． ネギ・豆腐・シラタキ・ホタテの煮物．

2004 年 02 月 13 日 (金)

• 0720 起床． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 晴． 0830 研究室着．
• 1000 論文セミナー， 本日は長谷川宣教師殿が自著論文 (in press) の紹介． シュート動態の行列モデル． 一次枝が限られた「寿命」をもつのであれば， 同じ行列モデル使うにしろ 1 シュートからスタートした 生涯繁殖価的なものを評価したほうが， 観測結果と比較しやすいよな． 意味あるかのように見える「初期値」を使うか， もしくは初期値非依存にするか， だ．
• 甲山さんがやってきて passage がどーのこーのとオソろしげなことを．
• 1300 北大構内雪上走． 気温高い． もどって昼飯．
• 予算消化のための雑用あれこれ． 支払いの確認． 人やといの確保． 航空券・宿泊の手配 …… ひととーりかたづいたらすでに 1600． 苫小牧直径成長モデリングに対するお返事書きにまた 1 時間ほど．
• Trendy セミナーペイジの準備． 次は生態学っつーより biogeochemistory っぽくて 手ごわそうだから， 地環研のあちこちにセミナー案内だすかな (そのスジの専門家に来てもらうため)． ということで LaTeX 版を作ったり．
• 仕事ススまん …… お茶部屋に逃げ出す． ユーラシア西辺境の蹴球事情に興味あるため 意外なほどに彼の地にくわしい料理人氏と 地図をながめつつ欧州地理歴史雑談． 中世以来連綿として絶えなかった局地戦争内紛を， いまもサッカーだのラグビーだのといった形式で継続してるようで． フロイスは好戦的だと評したわけだが， 連中に比べたら日本人はじつに太平を重視してると言えるんでは．
• 地図をながめてると， 小菅せんせーがやってきて (御自分の趣味たる) Lego だの Volkswagen がどーのこーのと． Lego はデンマーク起源． そして VW 本社おく Wolfsburg は Hanover 東方に位置し， すなわち旧東西ドイツ国境まぎわなる意外性 …… といったどーでもよい知見ばかりが得られた．
• 1950 研究室発． 2000 帰宅．
• またしても， 晩飯後にいきなり寝てしまって 夜中に起きるというぱたーん ……
• 地環研周辺の通信途絶． これまた北大ネットワークの問題だ．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1345． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.7 合． エノキダケの卵とじ．
  • 昼 (1400): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． エノキダケの卵とじ．
  • 晩 (2200): 米麦 0.7 合． 麻婆春雨．

2004 年 02 月 14 日 (土)

• 0900 起床． うーむ． 朝飯． コーヒー．
• 地環研は北大ネットから切り離されたまま．
• 休日無気力症候群， どーにかならんのでしょうか …… 修論ばて， とでもしておくか? ああ， しかしそろそろ来年度の ……
• 1540 自宅発北大構内走． 曇天． 1630 帰宅． 体重 73.4kg． お， 気温あがると体重へるのか? なンと今日の札幌の最低気温は +0.1℃だったりするのだ． 脱氷点下はひさしぶり． また数日後には寒くなるという予報なんだけど． おそい昼飯．
• 1800 自宅発． 1810 研究室着． かとーさんがスキーからもどっておられる …… さっそく内側から北大ネットワークの不調をチェック． どうも計算機センター内にある地環研用ルータがぶち壊れてるかんぢ， のよーで．
• 釧路大会の参加うけつけ用サーヴァーは， 私の机の横にあるんどね． 締め切り直前にこういう通信途絶状態になったら 目もあてられんな．
• ということで北大のネットワークはへぼい． 管理してる連中が土日に復旧してくれる見こみはウスいので， たぶん月曜日までこれが続くとあきらめたほうがよさそう． いやはや．
• お電話攻撃はまったく好きではないんだが， 北大ネットワーク管理に責任をもつハズの 情報基盤センター のネットワーク掛 (内線 3456) に電話かけてみる． あまり期待してはいないんだが …… やっぱ， ダメだ． 誰もいない． 連絡掛のバイトぐらいおいとけよ (年間 100 万円ぐらいで実現すると思うんだが)． 彼らの想定では 「土日にネットワークが止まるなんてありえない」 となってるようですな． あるいは， 止まっても何もさしつかえない， とか． 後者なら「北海道的なおおらかさ」 と評するべきなんだろーか．
• で， 仕事ススまず．
• 1930 研究室発． 1940 帰宅．
• 完全怠業日になってしまった ……
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1540-1630． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回 …… こちらは冗談のよーな回数であるけれど， これでも私の筋力の限界なのである． 腕・肩とかの筋肉がぜつぼー的に弱くて， ですね． そもそも右腕はヒジが変な方向に折れてるし， そのせいで両肩の関節はこわれぎみだし． しかしこのままではますますヨワっちくなるばかりなので， とりあえず「3 回」から始めるのであった． 目的は肩こり軽減．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.7 合． 麻婆春雨．
  • 昼 (1650): 米麦 0.7 合． モヤシ・卵の炒めもの．
  • 晩 (2220): スパゲッティー． レトルトパウチドのカレー． なンか料理もめんどう， というかんぢで．

2004 年 02 月 15 日 (日)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． ひょっとして雨とか降ってるわけ? いや， みぞれか．
• 地環研はあいかわらず北大ネットワークから「えんがちょ」状態． さっさと修復しやがれ， ってかんぢなんですが．
• 気分的には昨日よりはマシか …… しかし午前は無為に流れゆきつつある．
• あれこれぢたばたしてから 1400 自宅発北大構内走． ちょい雨か? 気温は高い (+3℃ぐらい)． おかげで車道は水たまり状態だ． 1445 帰宅． 体重 73.2kg． 気温たかくなると体重おちるのか． あるいはよーやく北大構内走再開にカラダが応答しつつあるのか．
• 昼飯くってると， (やはり自宅にいる) かとーさんからメイル． なるほど地環研内のいくつかのサーヴァーは外からアクセスできる， と． 調べてみると接続可不可 host の IP アドレスが首尾一貫してない． ということは …… 階 hub でなんとかなるのかな?
• 1530 自宅発． 曇． 1540 研究室着．
• さっそく 8F の階 hub の電源をいれなおしたら， 接続が復旧した (階 hub りせっとが必要だった最近の事例は， おそらく 2003.07.19)． しかしながら， これは A 棟 8F だけの問題ではなく， やはり ABC 全棟の hub がいっせいにオチたらしい， ということがわかった (推定時刻 02/14 の 0100 すぎ)． つまりやはり HINES に何か問題あったらしい． これは明日以降に解明されるであろう．
• その後， 地環研内の連絡で 3F にある基幹 hub リセットも必要かも， というのもわかってきた (今回は 8F hub リセットの前に， 3F の両 hub はリセットされていた)．
• lpq で「どーも変だ」と思ったら sudo /etc/init.d/lpd restart．
• かとーさんがすぐにあらわれ， すぐに帰っていった．
• 苫小牧から 1997-2003 年の気象データを送っていただいたので， フィルタリング計算例を作図してみる …… をを， 実際のところ年によっては凄まじく欠測しちゃってるわけね …… 楽しいぢゃありませんか．

• ともかく全データを作図して見てもらえるようにする． さーて， どうしたもんかのう， と思いつつお返事かき． このプロジェクトのボスにして驍勇なるデータ解析者たる 鍋嶋さんはかかるふらつき記録から 最大限の情報を引き出すべく検討をススめておられる． したうけの私は 「まあ，できるところからぼちぼちと」 などとひよってみたり．
• 今日も思うようには進捗せず 2110 研究室発． 2130 帰宅． 晩飯．
• 地環研ネットワーク管理者メイリングリスト …… なンと， ああいう通信途絶状況では， ネットワーク委員会が各階の hub をリセットしてまわるの? 私はそのネットワーク委員とやらなんですけど．
• 2430 消灯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 22. The Picasso of Statistics
    • Tukey's versatility
  • These examples, the first Fourier transform, and exploratory data analysis, are just part of Tukey's enormous output. Like Picasso going from cubism, to classicism, to ceramics to fabrics, Join Tukey marched across the statistical landscape of the second half of the twentieth century, from time series, to linear models, to generalizations of some Fisher's forgotten work, to robust estimation, to exploratory data analysis. From the deep theory of metamathematics, he emerged to consider practical problems, and finally to consider the unstructured evaluation of data. Whenever he put his mark, statistics was no longer the same. To the very day he died in the summer of 2000, John Tukey was still challenging his friends and coworkers with new ideas and questions about the old.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1400-1450． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): パンケイキ．
  • 昼 (1500): 米麦 0.8 合． タマネギ・シラタキの卵とじ．
  • 晩 (2210): 米麦 1.0 合． トマト・タマネギ・エリンギ・豆腐・煮干のシチュー．

2004 年 02 月 16 日 (月)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• 7F hub に関しては自動復旧したよーで． 大学のセンターから何か操作したのかしらん?
• 本日は， 鍋嶋さん・日浦さんがこちらに見えるので， 苫小牧直径問題をさらにススめておかねばならぬわけだが ……
• とりあえず R で気象フィルターまとめて呼び出す関数をつくり， これを使った Poisson 乱数の生成を試みる． つぎにこのように生成された乱数から逆に気象フィルター (現在はてきとーなるパラメーター値を与えてる) を推定できるかどーか， というところなんだが ……
• optim() を使ってパラメーターを最尤推定する関数をつくっていく． これにもテコずったわけだが， 実際の計算もまた遅い． R は便利だけど， 少々めんどうな計算やらせただけでえらく時間かかるような気がする． 私の R プログラミング技術がへぼへぼである， という点を考慮してもだ．
• すでに正午すぎてしまったんで， 計算まち時間に昼飯でも食おうと思ったんだけど …… どうも自分で作った弁当を食べる食欲がわかない． 苫小牧からのお客さんたちあいてに 計算ススんでない現状を説明せねばならん重圧のせいだろーか? そこで北大生協中央食堂売店にパンなど買いに行く．
• それをお茶部屋でしょぼしょぼとかじってると， さっそく鍋嶋さん来着． 日浦さんもすぐその後に．
• 苫小牧直径成長データのモデリングぎろんあれこれ． 日浦さんが「りたー」 (落葉など) データ使えんかと提案． とりあえず， 「はあ」 などと言ってみるが， これは後から考えてみると意外と使いどころが難しいデータかもしれん． どの個体からでたリターなのかもわからんし， 落ちてきたリターの一部をひろってるだけだし．
• つづいて， しめきりに関して …… うう． はやめにやらんといかんのだろうね． 誰にとっても．
• さて， 気象データを直径成長モデルに組み込む部分であるが …… ひとことで要約すると， 簡単モデルしか使えんということ． ハナしながら， 少し精度のあらい推定計算やらせてみたんだけど， やはり推定しくじってるところを サブモデル間で「融通しあう」傾向がある (これはこの推定問題に限らない問題ではあるけれど)． ということで， あまり複雑化するとこのあたりがややこしくなるだろう， と．
• しかし光合成速度季節変化のデータとかみると， 「時間依存」な関数がもういっちょ必要になるのかな， と思ってみたり． 時間はヤメて累積気温とか累積 PPFD とかで代用できんのかな?
• 直径成長モデルの数式にあらわれる現象論的な項 「中程度のサイズで直径成長の平均は最大となり， それより大きくなると成長わるくなる」 は鍋嶋さんアイデアで置き換え可能なのかもしれん． これは面白そうなところだ．
• 気象データ欠落問題． 苫小牧研究林 近辺のあめだすデータ利用のハナシがでたんだけど …… 「あそこは海に近すぎる」 「千歳は内陸すぎる」 などなど． で， あとから思いついたんだけど， これってごくごく単純なぢう回帰モデルに帰着してしまえばいいんでは?

  (TOEF 気温) ~ (A 地点気温) + (B 地点気温) + (C 地点気温) + ...

  てなかんぢで． 欠落してない部分はことごとく推定計算に使えるわけだし．
• 1700 すぎに本日の検討終了． おつかれさまでした． そしてつかれました．
• なぜかこういう日にかぎってあれこれメイルが． 次の生態学会和文誌には J-STAGE とやらの 操作説明は掲載されないでありましょう (このあたりのスケジューリング， どうなってんの?)． いろいろと連絡． そして， 春一番ならぬ呪われゑくせるファイルどもの襲来とともに， 来年度修論 したうけぎょーむの封印は吹き飛ばされた …… (しかしいつになったら着手できることやら)

[まつきさんから写真おくっていただく]

豊羽鉱山からの登り． 無意根主稜線直下．

• 2045 研究室発． 雪． まだまだ寒い日々はつづく． 2100 帰宅． 体重 73.6kg． 晩飯．
• いかん． すげーばてた． 2400 消灯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): パンケイキ．
  • 昼 (1250): 北大生協のパン． でも少し食っただけ． 1730 ごろに残りも食った．
  • 晩 (2130): スパゲッティー． トマト・タマネギ・エリンギ・豆腐・煮干のシチュー．

2004 年 02 月 17 日 (火)

• 0750 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• さっさと査読報告書きを終らせねば， と思いつつ R の機能拡張を呪われ言語とかで書く， という方法を調べてしまう …… これってめちゃくちゃに 簡単 ぢゃん． 基本的には R CMD SHLIB ... でデキてしまうわけね． 感銘うける． あとはラッパーの問題か． あっちの世界でオブジェクトの初期化とかできんのかしらん? そうか static 使うのか．
• どくほー化 にともなって 「過半数代表」 なるものを選出いかんそうで， 1F 会議室に投票にいく． なぜかくもまぢめに命令にしたがってるのか? じつは， この投票率がある閾値を超えぬかぎり 「選挙やりなおし」 のループがひたすら続く， という設定になってるんだよねえ．
• 来週の難解そうな Trendy セミナー にそのスジの専門家に来てもらうべく， 要旨を掲示する． といっても A 棟内にしかはれなかった．
• さきの土日の地環研ネット「えんがちょ」事件の真相は 闇の中にあるよーで． 石渡さんの問合せに対する基盤センターからの返信は以下のとーり:

	　特に設定を変更したとかは、ありません。
	　ただし、一部のHUBがハングアップしており、電源の
	切断投入で回復したものは、ありましたが、原因について、
	特定できませんでした。
	　よろしくお願いします。

	　追伸：現在一部の方で、DHCPサーバからIPを取得できない
	　　　　現象があり、対応中です。

• わかることは:
  • 情報基盤メディアセンターは 北大ネットで生じる事故を把握できない
  • 大学内のある部局だけが「えんがちょ」 されることがありうる → hub リセットでなんとかなる?
  • むこうからこちらの hub の電源の切断投入 なるわざが使えるらしい
• 午後はさっさとしあげねばならぬ査読報告かきのために， 原稿よみなおし …… 何を言ってるか， の理解はますますススんだわけだが， 「ホントにこれでいいのか」 という疑念もまたいよいよ深くなるわけで．
• 使われてる統計学の基本的な概念について， そもそもこういう定義って許されるのだろうか， などと手もとの統計学本を何冊も調べてみたり．
• とかやってるうちに， 報告はしあがらぬまま夜になってしまった． 1830 研究室発． 1900 までにクリーニングにだしてたセーターとか回収せんといけなくて， ですね． 1850 帰宅． 体重 74.0kg． 晩飯．
• お， 春日山シカ食害森林 のヒトたちの研究が新聞サイトにのってる (しかし新聞サイトなんで， すぐにリンク切れになるでしょう)．
• biometry で変数変換ぎろん続いてる． 下は粕谷さんの投稿 [biometry:2442] からの部分的引用である． なるほど最初から overdispersion (「過分散」) を強調， という説明方法か．

  ３．角度変換を行なって分散分析や重回帰で分析するとまずいことはあるでしょうか。大きく分けて、３つあります。１つは、２元以上の配置や重回帰になると、変換の効果が交互作用の項に影響して、存在しない交互作用が’湧いてきて’しまいます。第２には、ｎがちがう場合です。そもそもｎがちがうと等分散になりません。また、ｎがちがう場合には割合としては同じ値でも情報の量としてはまったく異なるでしょう。たとえば、同じ0.2であっても、2/10と20000/100000ではその値の意味は大きくちがいます。角度変換をすると、割合にしますから、普通、ｎのちがいは見失われます。第３には、overdispersionです。角度変換で分散がｎのみの関数になるような特別な場合のoverdispersionと言うのは考えられないわけではありませんが、そもそも角度変換はoverdispersionを想定していないので、overdispersionには充分対応できません。

  ４．ではどうすればいいか、ということになりますが、overdispersionに充分に注意を払って、離散的（あるいはカテゴリカルな）なデ−タの解析のための方法を使うのがいいと思います。参考書としては、Agrestiのカテゴリカルデ−タ解析入門（サイエンティスト社）などがいいでしょう。

• 晩飯をくうとすぐに眠くなってしまう日々 …… 2230 消灯． ばててんのかねぇ?
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1330． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.9 合． シシャモ甘露煮．
  • 昼 (1350): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． トマト・タマネギ・エリンギ・豆腐・煮干のシチュー．
  • 晩 (1930): 米麦 0.7 合． トマト・タマネギ・エリンギ・豆腐・煮干のシチュー．

2004 年 02 月 18 日 (水)

• 0830 起床． うーむ， 10 時間ほど寝たわけだが …… それでもいまいちな． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0930 研究室着．
• 1130 査読報告書き， よーやく終了． ファクシミリで送る． その後もメイルやりとり．
• 意外とスバやい日浦さんから， 直径成長に関するメイル …… 気温が細砲分裂を促進， と． うーむ， 気温カーネルどうしたものか． そういや dendroclimatology (年輪気象学) なんて分野があったねえ．
• 釧路大会オンライン要旨入力は「外注」されるわけだが， そのあたりの細かい指示は私がやらんといかんよーで …… しょうがないので， 問い合わせメイルおくる．
• 1240 北大構内雪上走発． 晴れてるのでサングラス着用 (でないと路面がよく見えない)． 30 分ほど走ってからいったん帰宅． 本日は着替えをもってくるのを忘れてしまって， ですね． ついでにシャワー． 1350 研究室もどる．
• 故障気味の UltraBase X3 (ThinkPad X31) かかえて北大生協に修理に出す． ついでに書籍部にたちよる． さらに購買部で昼飯を調達して， 旅行部で航空券うけとり (これはいつも待たされるので， 研究室まで配達してもらったほうがよいのかも) …… という北大生協めぐりをやってしまった． 昼飯．
• biometry に投稿メイル書いてしまった． しかし時間がかかったわりには不出来．
• Matt が直径成長モデルのゼロ成長がどーのこーのと言うので， 鍋嶋さんモデルと同じく離散確率分布モデルにしたら， と安直に提案． なンとおどろくべきことに， 彼のモデルでは平均と分散がほぼ等しいそーで …… ということはとりあえず Poisson 分布か?
• よーやく， アカマツ問題にとりくめる． これは昨年末の香川出張いらいだ …… もちろんアタマからは完全にぬけ落ちているので， まずはそこらへんから復旧して， ですね．
• 当時のぎょーむ日誌 見ても， うどんのことが書いてあるばかりで， かんぢんの解析については何も書かれていない …… 役にたたん． そのときに書いた簡単なプログラムは残っているので， このあたりだけが手がかりだ． あ， 当時のメイルやりとりはわりと有用かも ……

  とりあえず「各シュートの葉重量と茎重量は何に依存して決まるか」 という統計モデリングがきちんとできれば，なんとかなってるんでは， という気がしてます (楽観的かもしれませんが)．

  …… ふーむ， 久保さん， それホンキで言っておられるんでしょうかね?
• で， いろいろと作図してみてるンだが …… どこにも相関が見えん! これを， どうモデリングしろ， と． もしかしたら mixed model (個体ごとのランダム変量，というような) で何かごまかせると思ってたのかなぁ． 考えが足りん， というか．
• 図をあれこれ R に描かせても何も進展ナシ． やりかけてた作業の記憶だけがよみがえった． ということで撤退． 1950 研究室発． あ， 雪が降ってきた． 2000 帰宅． 体重 74.2kg． むむ． 晩飯．
• 2300 消灯．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 23. Dealing with Contamination
  • ``Robust,'' in this context, may seem a strange word to American ears. A great deal of the terminology of statistics comes from British statisticians and often reflects their use of the language. For instance, it is common to refer to the slight random fluctuations in data as ``errors.'' Sometimes, the data include values that are not only obviously wrong but for which it is possible to identify the reason why they are wrong (such as the complete failure of crops to grow in a given plot of land). Such data were called ``blunders'' by R.A. Fisher.
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1240-1320． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): パンケイキ．
  • 昼 (1450): 研究室お茶部屋． 北大生協ポテトサンドイッチ．
  • 晩 (2150): 米麦 1.0 合． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジのスープ煮．

2004 年 02 月 19 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0850 研究室着．
• またアカマツデータみなおし …… オソろしいことに， R の強力な作図機能を使ってあれこれひねってるうちに， 「このへんはこっちから導出できそうだなー」 という関係が「見えて」くるよーな気もする …… むろん， 割算でねつ造された「関係」なんぞにだまされてるわけではありませんよ．
• またまたヤな雑用到来 …… 技術力その他にかなり疑問のもたれる J-Stage からヘンなファイルどもが送られてくる． どうやら科学技術振興機構の考えるデータベイス業務とは， ゐんどーづ上でうまくいきさえすればそれでよし， という大前提があるようだ． httpd 通してチェックすべき ファイル名・ディレクトリ名 にまで Shift-JIS コード使うのは止せ (Shift-JIS だけでなく， なんかみょーな文字コードが混じってるような気がする) …… といったうんざり作業に時間を浪費させられる． しかもカスタマイズ用のドキュメントが何もないお粗末ぶり (どうせたいしたカスタマイズはできないんだけど)． このへぼいシステムだけで 年間何億円もの税金を投入しちゃってるんだろうなあ．
• えーい， データ探索が中断させられてしまった．
• 農学部の堂本さんがいきなりやって来て， フィボナッチ (Fibonacci) 数と黄金分割と植物のカタチの質問を． 三者の関係がわからなかったので， あとでネット上で調べてみる． 有名な問題， ということでいろいろ見つかる (こちら とかこちら とかこちら) …… ふーむ， いままで「なんとなく関係あるらしい」 ぐらいの認識だったんだけど， 読んでみるとなかなか興味深い． 意外とぱいぷ樹木とかに使えるかも．
• 北大構内走． 昼飯． 明日が研究費書類のしめきりなんでいろいろとたいへんそうな雪野さんと ご相談あれこれ． 英文校閲に依頼した場合， 「なおしたあと」のある紙切れのコピーを提出せんといかんそうで． こんなんでウラ金化防止になっているんだろうか? (自分でてきとーに赤ペン添削すればいくらでも偽造できる) …… いや， たぶん研究科事務にとって重要なのはウラ金を減らすことではなく， いざというときに 「ウラ金化対策として自分たちはいかに努力したか」 を示す (とみなされる)， 責任のがれに使える物証なのだろう． やれやれ．
• まあ， 公的な研究費をすぐにウラ金化したがる側も まぬけさ度では似たようなもんだけど．
• で， その謝金に「所得税」までかかるのか …… おいおい．
• この問題は最終的に「全原稿提出」というところまで発展した． オワってるねえ．
• ま， いまや 「ウラ金作りといえば，北海道」 と全国的にも有名になっちまったことだし (と道民たちは信じている)．
• 六ヶ所村の鈴木静男さんがみえる．
• 夜まで， アカマツモデリング可能性の検討ぢりぢり． 同時に， Matt のモデリングこんさるたんとあれこれ --- 成長モデルに glm.nb() (MASS library) …… なんつーか私の趣味が反映されてるだけ， というか． こんなんでホントにいいのかね．
• しかしなにかうまくいかなくなるたびにしつもんされるのはつかれる．
• アカマツ怪しげ「補償回帰」に着手したところで， ばて撤退． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 体重 74.4kg． やっぱ， 気温が低くなると太るのか． ここ数日かなり寒い．
• 仕事ススまず 2400 消灯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1330． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジのスープ煮．
  • 昼 (1350): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・ニンジン・タマネギ・ブナシメジのスープ煮．
  • 晩 (2210): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ショウガ・豆腐の炒めもの． 冬の北海道内からは冗談ではなく野菜が欠乏してしまい， 内地から輸入された品の値段は高騰してしまう． そこそこに安いのはハクサイぐらい， ということでハクサイばかり食べる日々が続いている．

2004 年 02 月 20 日 (金)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• 1000 論文セミナー， 今日は平尾君がホッキョクグマの assignment test による 分集団推定ついて紹介． 1995 年に出たこのあたりの嚆矢となる論文だ． この推定計算は個体の遺伝子から所属集団を推定する， というものなんだが …… アイデアは簡単なんだけど， いくらでもヒネりようがある「わざ」になっている (観測データの不十分・欠落・不確かさがたいへん重要で， そのあたりを人間の作った仮定で補わねばならないので)． 私の憶測では， おそらくこんにちでは， このあたり Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 法で計算できるようにモデルを改善してるやつが， 少なくとも一人はいる， とみた． いかにも MCMC してくれー， というようなシステムなんで (突然変異の仮定が必要かも， というようなあたりとか) …… で， 検索してみたら ぞろぞろ でてきやがった． やっぱり， 誰でも思いつくアイデアだったか．
• けっきょく集団遺伝学においても， 乱数を使ったシミュレイションが必要不可欠な道具なんだよね (人間のアタマはこういう確率論的計算にむいてないような気がする) …… まあ， これは生物の個体数とかその時空変動とかを扱う研究であれば， 同じことが言えるわけだが．
• 北大構内雪上走． 晴． しかし気温はそれほど高くない． 昼飯．
• アカマツでーたにまた取り組む． この少ない点々の中から意味のありそうな「関係」 を見いだしていく， という …… 先週まで数万点もの気象データから情報を抽出する 苫小牧直径成長モデルに取り組んでたのに． どうして， こう両極端なデータセットばかりなんだろーね． アタマがヘンになりそうだ．
• 資源アロケイションの差をみる， すなわち連続値ぶんの連続値 …… これはやりたくない計算のひとつなんだが． いや， 冷静に考えればそンな計算やる必要ないな．
• 夜までかかってわかったこと (ただし実際の推定計算はまだまだ):
  • Amax と葉重の関係を説明する補償モデル (3 parameters) はなんとか推定できそう (optim() 使う) --- 光合成効率がよいと sink 機能増大ってのが， いまいちよい説明ではなさそうだが
  • Allocation は原点とおる資源分割モデル (処理・無処理それぞれ 1 parameters; AIC 確認ずみ) でなんとかなりそう
  • 当年生 stem と一年生 stem の重量比較 --- 処理区では「再生産」できてない， ただし一年生 stem 総重量は 直径成長「後」であることに注意
  • シュート先端だけの stem 再生産モデルの可能性 --- また墓穴になりそうだけど， 再検討の余地はあるかも
  • 各 stem の太さ→長さ関係 --- 処理区は「細長く」 かつ「遺棄」 stem が多い (場合分け最尤推定? 2-3 parameters + 2 parameters?)
  うーん， 使えそうなのはこんなところか ……
• 眼光紙背ばて． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 体重 74.4kg．
• あしたは 地区会， はるかなる苫小牧のそのまた辺境まで行かねばならぬ (釧路大会雑用が知らぬ間に増量されたら困るんで)． 早起きの必要あり (周りの人々はだれも行かないので)．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 23. Dealing with Contamination
    • Box becomes a statistician
  • I said [to the colonel] one day, ``You know, we really need to have a statistician look at these data because they are very variable.'' And he said, ``Yes, I know, but we can't get at statistician; there isn't one available. What do you know about it?'' I said, ``Well, I don't know anything much about it, but I once tried to read a book called Statistical Methods for Research Workers by a man called R.A. Fisher. I didn't understand it, but I think I understand what he was trying to do.'' And he said, ``Well, if you read the book you'd better do it.''
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1230-1310． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ショウガ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1330): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・ショウガ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ショウガ・豆腐の炒めもの．