ぎょーむ日誌 2004-02-(01-10)
2004 年 02 月 01 日 (日)
-
0600 起床．
朝飯．
コーヒー．
0700 自宅発．
晴．
0710 研究室着．
装備の準備して
0725 研究室発．
0745 原さん・松木さん・綿貫さん夫妻と合流．
原さん運転する車に乗って札幌発．
定山渓方向へ．
-
1 時間ほど走って札幌国際スキー場が近づいてきた
……
と思ったら，
先行していたはずの綿貫さんたちが追いかけてきた?
じつは本日は
豊羽鉱山
から入山するんで，
定山渓すぎたらすぐに進路を変更しなければならなかったのだ．
綿貫さんたちはその分岐で待機しておられたんだけど，
われわれはその前を素どおりしちゃったわけで
……
-
0950 無意根山荘前着．
装備の準備．
本日は無意根山頂ではなく，
主稜線まであがったら「逆」方向にススみ，
ひとけのない支尾根をつたって鉱山に降りてくる，
という計画だったよーで
……
スキーにシールを装着して 1010 出発．
-
まずは，
ずっと以前に営業停止になった豊羽鉱山スキー場を登る．
[標高 770m 付近]
樹林帯の中を登高中．
背景右手は定山渓天狗岳なんだけど，
よくわからんね．
天気はだいたい晴．
落葉して雪に埋もれてる樹木に対して
「これは何でしょう」
なる原さんクイズが連発．
二次林ではハンノキのたぐいなどが多かった．
[主稜線めざして]
標高 970m 付近．
先行トレイス多数．
私は斜面上での簡単な方向転換しくじって雪に埋もれてしまい，
この写真を撮ったときにはうしろからのそのそと
皆さんを追尾していた．
標高 1000m ふきんで無意根山主稜線にでる．
われわれは無意根山と逆方向にススむ．
とうぜんこちら側にはトレイスなし．
残念ながら，
羊蹄山やニセコの頂部は雲におおわれていた．
[昼飯休憩]
1200 ごろ昼飯休憩．
背景の平らな山は無意根山 (1460m)．
綿貫さんが持参されたワインなどがあけられる．
この時点ではほぼ無風．
[1111m ピーク]
昼食後，
主稜線を北西に進んで 1310 下降点 1111m ピークに到達．
途中は突発的に横なぐりの雪になったり．
標高 1000m の稜線をスキーでラッセルしながら進むという体験は
なかなか得がたいものかも．
ちなみにこのあたりではこのぐらいの高度でちょうど森林限界となる．
[たき火]
豊羽鉱山方向にくだり，
もう下の町 (というか無人の村というか)
が見えてきたあたりでたき火．
枯れ枝を集め，
ダケカンバ樹皮で着火する．
湯をわかして味噌汁・コーヒー．
50 分ほどのんびりする．
-
1540 廃校になった豊羽小学校に下山．
車をとめてあるところまで戻る．
荷物をつんで無意根山荘前出発．
綿貫さんたちとはここで別れる．
私は松木さん・原さんたちと
豊平峡温泉
へ．
-
1640 豊平峡温泉着．
入湯料 1000 円，
ということで前回の小金湯 (500 円) などより高い．
露天風呂につかって，
原さんの D 論の内容など拝聴していたンだが
……
湯がヌルかったので気づかなかったんだけど，
ハナシをきいてたら実に 2 時間ちかくも費して
(1650-1840)
しまっていて，
ですね．
すっかり待ちくたびれた松木さんに，
原さんともどもに叱られてしまったのでした．
うう
-
豊平峡温泉，
なかなか気をてらった趣向を好むよーで
……
温泉なのに，
なぜかしらかなり本格的なかんぢのする
北インド料理屋
があるんで，
そこで晩飯．
「世界一美味なナム」
を自称するだけあって焼きたての本格的なナムがうまかった．
[ナム焼きかま (タンドリー?)]
インド出身の職人さんが焼いてました．
-
1950 温泉発．
2050 北大地環研前まで送っていただく．
ありがとうございました．
-
2240 研究室発．
2300 帰宅．
2400 消灯．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0610):
シリアル．
- 昼 :
行動中に氷砂糖なめたり，
ピーナッツかじったり．
- 晩 (1910):
豊平峡温泉
カリー ．
私はチャナマサラ (ヒヨコ豆のカレー)．
巨大なナムつき．
2004 年 02 月 02 日 (月)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0900 自宅発．
曇．
0910 研究室着．
-
えせこんさるたんとな一日．
-
1000 苫小牧直径成長モデリングのことで
鍋嶋さんがみえる
……
と書くと「借金とり」のようだけど，
本日午後に農学部フィールドセンターのほうで D 論公聴会があるんで，
それを見物のついでに，
ということで．
嗚呼，
しかし「宿題」が片づいていないのに
雪山に遊びに行ってたりした私はいつその点を追及されるのか落ち着かず，
ここ数ヶ月で
R
使用技術の著しい発展によってどんどん進捗しつつある
鍋嶋さん解析の結果をフォローしつつ，
樹木直径成長のいよいよ不思議なる世界に驚かされる，
という
……
まあ，
アタマがしげきされる時間でした．
-
昼飯後しばらくして，
鍋嶋さんはここの塩寺さんと農学部方面へ．
私には
「うーむ，その問題はどうやったらいいのか
……
ちょっと考えさせてください」
的やすうけあい宿題がたくさん残されてしまった．
うう
-
とりあえず一区切り
……
と思ったら Matt 質問かい．
これがまたややこしくて．
現在，
大澤君が修論発表練習でつるしあげられてるらしいが，
放置だ．
-
で，
Matt の質問はまた niche 計算問題．
niche 間 distance ねえ
……
-
その答えが見えないうちに，
次の質問．
まったくの別モノ
(このヒトはよくこれをやる)．
sampling 問題．
そんなに急にアタマ切りかえられるかっつーの．
そして基本的に，
ややこしい．
しかしまあこれは樹種なるものを
「壷の中のたま」
のごとく扱える問題なので，
その意味ではラクか．
-
しかし問題は解けず，
どんどん宿題化していきますよ．
-
すでに夜．
で，
今度は M2 大澤君の怪しげ一般化線形混合モデル (Poisson)
問題につかまる．
データを仔細にみると，
怪しげ推定結果が得られた原因はデータの偏りと，
さらに死亡個体・生残個体をまぜて解析してる，
というところにあり．
-
さらに夜中までかかって解明できたことは
……
CRAN package のひとつ，
glmmML()
は「サンプル数が少ないわりに推定すべきパラメーター数が多い」
という悪しき状況においては，
挙動がヘンになる．
具体的には start.sigma
によって到達しうる最尤推定値が変わる
(とうぜんながら AIC などモデル選択基準で選ばれるモデルも
start.sigma に依存する)
……
-
これはてっきり
glmmML()
のバグなのかしらんと思ったんだけど，
そうではなかった．
同じく M2 森君の種子生産量の一般化線形混合モデルにおいては，
start.sigma
を変えても結果は変化せず
……
データ数がそれなりに多く，
パラメーター数が少ないためだ．
こういう状況では glmmML()
は何の問題もなく動作しているようである
(少なくとも首尾一貫している)．
-
経験論的に結論を導くならば，
「
start.sigma の値に依存して
glmmML() の結果がふらふらと変化するようなら，
(それはたぶんサンプル数が少ないから)
混合モデル使うな」
ということなんだろう．
こういう便利な道具にも限界はある，
ということで．
-
2510 研究室発．
かなりのいきおいの降雪．
2520 帰宅．
体重 73.6kg．
お，
また修論やせか．
晩飯．
-
過去 24 時間，
人類の中でもっとも生態学データ解析問題によって
アタマの中を掻き乱された人間は，
おそらく私ではなかろーか．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.7 合．
納豆．
- 昼 (1240):
「きゃら亭」
昼定食 (サバ)．
- 晩 (2540):
シリアル．
2004 年 02 月 03 日 (火)
-
0830 起床．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
曇．
0930 研究室着．
-
昨日どとーのごとく聞かされたハナシの整理．
とりあえず，
残り時間すくない順に片づける
……
ということで，
シウリザクラ計算やりなおし．
芽の個数のモデリングに関しては
混合モデルはやめる，
ということで．
-
1330 D 論公聴会会場に移動．
1345 谷さんの発表．
一時間ほどでまったく無難に終了．
-
1500 特に匿名を希望する講座専属料理人の D 論発表．
とゆーのも，
この人物は料理人が本職なんだけど偽装身分としては
某動物生態学講座大学院生，
となってるんで．
河川生態系と分解者を中心とする群集のハナシ．
私はこのあたりぜんぜん詳しくないんで，
あまり理解できまい，
と思っていたんだが
……
意外にも説明がよく準備されたしごくまっとうなものであったため，
メモをとりながらハナシを追っていくと
「システムをどうモデル化し，
何をどう調べたか」
というのが実によくわかった．
それが把握できたんで，
あとはデータの流れの理解に専念できる
……
この点に関しては，
まあ
「典型的な生態学者」
というか，
まあシステムの特徴をうまく捉えてないわけだ．
いろいろそのあたり質問しようとはしたんだけど，
副査たる甲山さんが質問時間のたいはんを費して
私が聞こうと思ってたことを追及してしまった．
-
1600 あれこれひととーり終了．
-
皆さん，
D 論のうちあげに行ったわけだが，
なんとなく「予感」がしたので慰労会幹事の平林さんに
「納税」だけすませて，
私はデータ解析下請け業などなど．
-
……
するとですね，
やってきましたよ．
1900 ごろだったか，
やはり居残り組 M2 大澤君
「修論発表の準備してたら PC 壊れました」．
マザーボードがぶちこわれたようで
……
私の周辺では，
この部品が壊れる事故はここしばらく頻発してるような気がする．
そして修論生の機械がこういう時期にダメになる，
というのもありがちなことで．
-
ということで，
あわてずさわがず休眠状態にしてあった超小型デスクトップ PC，
NEC Mate を箱から取りだす．
匡体を外しハードディスクドライヴをぬき，
大澤君 PC の HDD と交換する (HDD は無傷だったんで)
……
復旧作業は 90 分ほどで終了．
彼も Linux 使いなんで，
部品交換後の設定はすばやく片づいた，
というか．
[差し迫った状況で壊れる機械]
HDD をぬきとっているところ．
部品交換じたいには難所なし．
OS まわりの設定として注意すべきは，
kudzu
を正しく動作させるところ，
が最も重要 (ふつーは起動すれば自動的にチェックするけど)．
あと XFree86 はマウス設定をちゃんとやらないとコケる．
-
2120 研究室発．
2140 帰宅．
体重 73.6kg．
晩飯．
-
なんたることか，
こんどは ThinkPad の IDA まわりが不調気味なんで，
その調査と修復に時間を費される．
とりあえず仕事に差し支えなさそうだけど，
修理にだすべきか?
2500 消灯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 1.0 合．
納豆．
- 昼 (1300):
「北欧」豆パン．
- 晩 (2210):
スパゲッティー．
ニラ・ショウガの炒めもの．
2004 年 02 月 04 日 (水)
-
0850 起床．
不規則生活のたたり，
か．
朝飯．
コーヒー．
0950 自宅発．
雪．
1000 研究室着．
-
D2 平尾君が植物パッチ間の地理的距離・遺伝的距離に関する
データ解析質問
……
ちょいひねった randomization というかんぢで．
なるほど，
こういう手口はよく使われてるわけだが，
もうちょっとマシな方法があるような気もする．
明示的なシミュレイションやってパラメーター推定する，
とか．
-
鍋嶋さんから送っていただいた，
苫小牧気象データをながめてみる
(これまた鍋嶋さんからご教示いただいた
R
の
library(ts)
はそういう目的のためにはじつに便利なものだ)
……
で，
いいわけめくのですが，
私はこういう気象時系列データを解析対象としてみるのは初めてなんだよねえ
……
これは単純に加重カーネルを推定すりゃいいってもんじゃない，
と気づいた．
ようやくにして．
とほほ．
-
外は吹雪で北大構内走にでれん．
昼飯．
1400 から修論練習会につきあう．
-
1530 から夜までアタマ痛くなる群集生態学問題．
なんで私がこういう甲山さん・Matt 問題にまきこまれてるのだろうか．
怪しげなる甲山統計学のダメな理由を敵国語で説明せんといかんので，
ひどく疲れる．
しかもそれはじつに独特なる植物群集わーるどの中で展開されているのだ．
-
2030 研究室発．
雪はやんでる．
2040 帰宅．
体重 74.0kg．
晩飯．
-
うう，
アタマの中から変てこな群集統計モデル推定問題が消去できなくて，
眠れない．
いやはや．
2500 消灯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.7 合．
キャベツ・エリンギ・ショウガ・ホタテの炒めもの．
- 昼 (1250):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
キャベツ・エリンギ・ショウガ・ホタテの炒めもの．
- 晩 (2200):
米麦 0.7 合．
キャベツ・エリンギ・ショウガ・ホタテの炒めもの．
ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．
2004 年 02 月 05 日 (木)
-
というような試算や作図や報告あれこれ．
-
大澤君が修論発表の準備を
magicpoint
でやってんだけど，
その postscript 変換ツールたる
mgp2ps
にバグあるらしい
(ささいなところなんだけど)
……
で，
うだうだやってると，
Postscript 黒魔術宣教師殿がどこからともなく現れて，
その呪われた秘技を用いて，
とりあえずワクだけは赤くしてくれたんだが
……
中が塗りつぶされてないぢゃん．
-
吹雪のなか現金を獲得すべく駅の南にある ATM に進出．
その後，
いつものごとく書店集中分布地帯で足止めをくらう．
-
いったんもどってから，
2050 研究室発．
2110 帰宅．
体重 73.8kg．
-
なんか本日もばてました．
2300 消灯．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
北大構内走 1240-1320．
ストレッチング．
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．
- 昼 (1330):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．
- 晩 (2230):
米麦 1.0 合．
麻婆豆腐．
2004 年 02 月 06 日 (金)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0840 自宅発．
晴．
0850 研究室着．
-
Postscript 黒魔術宣教師殿いわく，
-822 0 rlineto stroke
というような部分を
-822 0 rlineto closepath eofill stroke
とでもすれば，
ハコは塗りつぶされる，
とのこと．
ふーむ，
面妖なる秘技だ
……
と思ったら，
夜になって magicpoint
改竄という抜本的なテをうってこられた．
うーむ
-
R
の time-series object
ts
について調べる
……
これって
「1 単位時間のあいだに f 回観測しました」
みたいなデータにはむいてるんだろーけど．
はたして，
年内の日変化みたいなのを表現するのに適切なんだろうか．
frequency
ではなく
deltat
を設定すればいいのか?
というわけでもなさそう．
-
ということで，
当面はふつーの
data.frame
に格納したまま気象データをあつかうことにする．
降水量に関する時間加重カーネルと変換フィルター，
と．
-
……
などと R プログラミングに没頭してたら，
論文セミナー
でるの忘れてた．
あほあほだ．
-
R で 365 × 365 の行列計算なんぞやらせたら，
遅くて遅くてやってられん，
と判明．
北大構内雪上走．
本日も晴．
昼飯．
-
上述のような莫伽計算は回避して，
加重カーネルの「カタチ」に応じて計算範囲を限定するやりかたに変更してみる
……
おお，
少なくとも 10 倍以上は速くなった．
-
1400 から 1800 ごろまで修論発表練習
……
あのー，
来週の月曜日が本番なンですが．
このヒトたちの強気ぶりにはつくづく疲れる．
-
さらにその後もサクラ組のふぉろーにおわれる．
この時期にこれだけ手がかかる，
とゆーことは私の今年度の修論サポートぎょーむ
(計算奴隷，ともいう)
もまた失敗だった，
と成果判定せざるをえませんなぁ．
一年前
とあまり状況がかわらん．
その反省
も十分には活きていない．
うーむ．
昨年度のほうが
(leaf miner 計算の発表はうまくいったぶんだけ)
マシなぐらいか?
-
ばてたので
1950 研究室発．
2000 帰宅．
体重 73.8kg．
晩飯．
-
ばてた．
しかしシウリザクラ収拾問題がアタマのなかをぐるぐるまわってるんで，
なかなか眠れん．
-
[今日の運動]
-
北大構内走 1240-1300．
ストレッチング．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・豆腐・コンブの味噌汁．
- 昼 (1330):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
麻婆豆腐．
- 晩 (2200):
スパゲッティー．
レトルトパウチドものトマトソース．
2004 年 02 月 07 日 (土)
-
0940 起床．
えーい．
朝飯．
コーヒー．
-
う．
カラダが家の外に出ようとしない
……
-
洗濯・買い物などして，
昼飯くってから
1420 自宅発．
雪．
1430 研究室着．
-
しばらく苫小牧気象データにとりくむ．
これで気温・降水・光量子量をまとめてモデル化できそーだ
といった見とおしは成立しつつある．
で，
まだわからんところは，
次に樹木成長の観測データを使って
パラメーター推定問題が計算可能かどうか，
というあたりなンだよなぁ．
-
サクラ組のうち森君は永光家に緊急避難してしまったので
(苫小牧からの情報も加味すると，
永光家は懊悩する修論生たちの駆け込み寺状態，
のよーで)，
大澤君の magicpoint ファイルをいっしょに直していく．
今日はかとーオフィスにはヒトがいないんで，
私の机から大澤マシンに入っていたんだけど
……
おそらく USB-LAN カード + sshd 設定問題のせいで，
ログインしてから正確に 10 分後に強制切断されてしまう，
という現象になやまされる．
-
原因がどうしても特定できんので，
lex
にファイル一式をもってきて修整作業．
それにしてもこの
magicpoint
なるソフトウェアってぜんぜん好きになれないなぁ
……
仕様も仕上がりも．
-
夜になってから
霜月さん
からご指摘うけ，
LaTeX + prosper
とかだったらもっと幸せになれるのに，
ということなんだが
……
私もまったくそのとーりだと思いますよ
(ちかごろの私自身は LaTeX + slide 派 --
例: 統計学授業
の投影資料とか)．
しかしですね，
たいはんの院生は，
LaTeX の使いかたを知ってるヒトたちでさえ
「LaTeX 使う時間を最小化する人生をおくりたい」
と希求しているよーな．
そうなってしまう責任の一端は LaTeX がわにあるのかもしれん
……
-
ハナシもどして，
その LaTeX よりいらいらさせられる magicpoint
使っていくうちに，
だんだんと使いかた
(とゆーか内部モデルというか)
だの使いどころだのは
「理解」はできるようになる．
「自分がもし magicpoint の製作者であるとすると……」
といった方向から整合性を見いだしていくわけ．
たぶん，
これは 12 分間修論発表ごとき細かいハナシむきなのではなく，
もっと大雑把な概念説明なんかの投影資料を作る時間を
できるだけ短くできるよう，
という目的で作られたんではないかな．
-
それゆえに，
というべきかレイアウト機能はひどく貧弱だ
……
と言って悪ければ，
マニュアルを注意ぶかく読まないかぎり概念把握すらできぬところだ．
で，
そのモデル理解に失敗したヒトは，
局所「最適」解とでもいうべきひどく悪しき作法にトラップされてしまう，
と．
-
じつは，
内部モデルの理解失敗→悪しき作法にトラップ，
というのは magicpoint に限らず PoorPoint ごとき
他のアプリケイションソフトウェアだの，
あるいは統計学利用といった場面でも
たいへんよく見られる現象なんだよねえ．
使いかたのうまい・へたが連続的というより
不連続的になるのが特徴的なところ．
人間のアタマってのは不思議なもの，
というか．
-
2000 すぎに大澤君の発表あれこれの整理終了．
ただしほとんどは見てくれに関するもの．
内容というか，
結論じみたものについては，
なんというべきか
……
ここにも局所「最適」解トラップが散在し，
しかもそれは重層的な意味において，
なのである．
個々人によって異なるようにみえる論理的推論法
って存外にも数値的方程式解法に似てるのか?
収束速度-初期値依存性間のトレイドオフ，
とか．
-
うーむ．
2100 研究室発．
2120 帰宅．
晩飯．
-
2300 消灯．
しかし夜中に目がさめたり．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
納豆スパゲッティー．
- 昼 (1340):
キャベツ・シイタケの焼きそば．
- 晩 (2230):
キャベツ・ニラ・シイタケの焼きそば．
2004 年 02 月 08 日 (日)
-
0900 起床．
朝飯．
コーヒー．
うー
-
1300 自宅発の北大構内雪上走．
曇天．
こういう天気のときでも偏光グラスをかけてると便利だ．
というのも雪面の凹凸がよく見えるため．
50 分間ほど走る．
体重 73.8kg．
瞬間最低体重がコレではねえ．
昼飯．
-
1500 自宅発．
雪．
1510 研究室着．
-
また苫小牧気象データをひねくる
……
R で領域ぬりつぶしするには
やはり
polygon()
が無難であるか．
-
1800 ごろから
サクラ組のもひとり森君の発表内容を検討する．
さすがに永光家で内弟子生活をやってきた功徳というか，
はたまた永光マジックのおかげというべきか，
必要な材料はでようやくにして出揃ったかんぢだ．
あとはポイントを強調して整理するばかりである．
D2 平尾君の助けもあって，
2100 ごろどーにかこーにか片づいた．
まあ，
なんとかなるでしょう．
-
大澤君のほうも周りの人々のご指摘うけたよーで
……
みょーな数式が増えてしまってはいるが，
よけーな文字が意味のある文字に変換されたりして改善みられる．
ここの講座の院生三人の発表は，
明日午前である．
ぎりぎりまにあいつつある，
というかんぢか．
[修論発表会前夜]
明日の修論発表後にただちに別室に連行されて，
血液ぬきとりによるどーぴんぐ検査があることも知らずに
ヤク物依存している修論生たち．
まあ，
私としてはまっとうな発表やってくれるんなら
「失格」判定でもかまわんのだけど．
-
2130 研究室発．
2140 帰宅．
晩飯．
-
横浜独房群の Dennis さんに仕事遅れおわびメイル書きなど．
2400 消灯．
-
[今日の素読]
-
[今日の運動]
-
北大構内走 1300-1350．
ストレッチング．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0930):
米麦 0.7 合．
ホウレンソウの卵とじ．
- 昼 (1420):
シリアル．
どーもいまいちなんで．
- 晩 (2220):
米麦 1.2 合．
ハクサイ・タマネギ・ショウガ・シイタケ・豆腐の八宝菜．
2004 年 02 月 09 日 (月)
-
0700 起床．
朝飯．
コーヒー．
0750 自宅発．
晴．
0800 研究室着．
[修論発表会当日]
-
森君の最後の発表練習につきあう．
9 分 45 秒?
発表時間 12 分まで 2 分間以上余してるぢゃないか．
「ここは，こうもっと丁寧に説明しろ」
というようなコメントを．
これがアダになってしまってですね
……
-
0830 発表会場 (2F) に移動．
投影機器キャビネットの鍵を学術助成掛から借りてきて開ける．
天井すえつけ液晶プロジェクターにあっさり接続できた．
甲山さんいわく，
会場で「回覧」する原稿複写数は 3 部??
東さんが「それは D 論でしょ」
と指摘したんだけど，
なぜか 3 部ということになってしまった．
-
0900 開始．
一人約 15 分．
大澤，西村，森の順番で，
まあ内容的にはこれまでで最良のものであった
(本人比)
……
ただし皆さん時間ちょーかぎみ．
とくに練習では時間をあましてばかりいた森君が
2 分ちかくも
……
一般に
「練習に比べて本番は長くなる」
という傾向 (本番効果) があるらしい．
-
8F に撤退．
修論生ともどもにお茶部屋でばてる．
まあ，
私まで一緒にばてるべき理由はないよな．
-
石井さんの旧 MacOS 上で
Introductory Statistics with R
本の
ISwR
library の data が開けんという問題に取り組んでみる
……
library(ISwR)
で読みこんで
search()
するとちゃんとちゃんとぱすは通ってるように見えるんだが．
-
自力解決できんので，
かとー先生におでまし請う．
まず，
Mac で良く使われる Stuff It Expander
は「むりやりテキストファイル化モード」
が default になってるから，
それは外しなさい，
とのこと．
しかしうまくいかない．
最終的にわかったのは，
旧 MacOS 用
ISwR
は packaging がでたらめではなかろうか，
というもの．
Unix 用 ISwR の data directory から
ファイルをコピーすると
……
なぜかうまく読めるようになった
(こういうとっぴな策を思いつくところが，
はっかーのスゴさだ)．
-
小菅せんせーに命じられて，
第 23 回進化植物学研究会
ペイジと申し込み CGI プログラムを作る．
よーやく片づいたんで昼飯くうべくお茶部屋にいくと，
甲山さんと永光さんが雑談してたので，
なんとなく加わる．
-
雪野さんに確認していただいたところ，
どうやら旅費はまだなんとか残っているよーで
……
ということで今月末か来月に，
関東流刑地の横浜独房群に再訪することになりそう．
-
Matt の Mathematica 問題にまきこまれる
……
本日は数値計算に関するもの．
ここ数年まったく使ってないのに，
見てると色々と思い出すもんですなぁ．
とはいえ，
不足しがちな記憶容量をひどく無駄なことに使ってるような気分になる．
-
数値計算ばて．
ああ，
しかし皆さん修論おつかれさま会に．
私は「納税」だけすませて居残り．
8F ほぼ無人状態に．
-
気温・降水量・光量子の時系列観測データをまとめてとりあつかう
気象フィルターの簡単な説明かき
……
はかどらん．
なぜだろう．
何かとても重大なポイントを見落としてるよーな気がして，
ですね．
-
てきとーにやっつけて
2105 研究室発．
晴れてる．
それゆえにひどく寒い．
路上で寒風にさらされつつ，
もやもやしてる気象フィルター問題を再検討してるうちに，
オソるべき可能性に気づく
……
あの莫大なる気象データから取りだしうる情報は，
少なくとも樹木の成長に関連する部分は，
ごくごくわずかなのかもしれん．
技法的なハナシなどではなく，
原理的に，
だ．
うーむ．
2125 帰宅．
体重 74.0kg．
うーむ．
-
晩飯くっても疑惑は消えず．
どうなんだろう．
数値実験的に確認すべきなんだろうなあ．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0720):
米麦 0.7 合．
ハクサイ・タマネギ・ショウガ・シイタケ・豆腐の八宝菜．
- 昼 (1330):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
ハクサイ・タマネギ・ショウガ・シイタケ・豆腐の八宝菜．
- 晩 (2220):
ニラ・シイタケ・卵の焼きそば．
2004 年 02 月 10 日 (火)
-
0845 起床．
うーむ．
朝飯．
コーヒー．
1000 自宅発．
晴．
1010 研究室着．
-
今朝は登校前にうだうだと，
樹木直径成長と時系列気象データの関連問題について考えていたんだが
……
昨晩は疑惑路線からせまっていたので，
今回は楽観路線から検討しなおしてみた．
私のアタマの中で，
計算の切りわけられてなかったんで，
整理しなおしてみると，
-
時系列気象データに何らかの変換
(フィルタリングやカーネル加重計算)
をほどこして，
変換気象変数を得る
-
直径成長の確率論的モデルにおいて，
変換気象変数への依存性を推定する
となるだろう
(ただし 1. と 2. は同時に計算される)．
-
まず，
2. のほうなんだけどこちらがどこまで複雑化できるか，
は観測年数によって決まる部分で，
今回の問題については単純な関数型しか仮定できない．
なぜかというと，
気象要因は全樹木個体に共通であるからだ．
この「全」ってのが樹種とかサイズとかの部分集合であっても，
問題は同じことである．
とりあえず，
こちらは悩むところがない．
-
さて，
問題は 1. の部分はどこまで複雑化が許されているのだろうか，
というところだ．
ひどく極端な事例で考えてみよう
……
365 日ぶんの気象観測データがあったとする．
ふつーに考えて，
これに対して適用しうる
もっとも複雑なフィルターもしくはカーネル計算は
365 パラメーターから構成されるものだ．
いや，
365N パラメーターかな?
これはもはや正気とは思えんけど
……
ともあれ，
現実的かどうかはともかくこういった最悪に複雑なモデリングは
原理的に許容されうるのかいなか?
-
私の現時点での結論としては，
おそらく許容されうるのだろう，
としておく．
1. において
パラメーター数がそのようにむちゃくちゃに増えたとしても，
評価関数である 2. において尤度が計算可能であるかぎりは，
ぜんぜん差しつかえない，
と．
実際には，
パラメーター数ふやすと怪しい推定結果が続々と生成され，
人間と計算機の苦労がそれこそ指数関数的に増大するのだとしても．
これは原理ではなく技法の問題だ．
-
苫小牧気象データモデリングに関していえば，
いまのところ事態はそこまでは悪くないのかもしれん．
えーと，
予定としては
- 気温フィルター: 2 個
-- 「最適」気温とそこからの逸脱許容
- 降水加重カーネル: 1 個
-- Δt 日前の重要度 (指数関数的に減少)
- 降水フィルター: 1 個
-- 加重平均降水量寄与のアタマうちをあらわす
- ppfd フィルター: 1 個
-- ppfd 寄与のアタマうちをあらわす
だけなんだから．
あとは葉っぱの老化効果とか考えんといかんのかな?
しかしまあ，
原理的には許容されうるのだとしても，
現実にこれだけのパラメーターのまっとうな推定値
が得られるのかどうかは
……
ああ，
やっぱり実験せんとわからんのだろうね．
-
ひとつだけ明らかなところがある．
気象フィルターを素朴に推定させた場合，
それは樹木たちにとって「良い日」を選別するものになってる，
といった保証が存在しない点だ．
「良くない日」だけを選びとるフィルターが構成されたとしても，
ぜんぜん不思議ではない．
これは興味ぶかい．
とはいえ，
現在仮定してるよーな単純な関数型の組み合わせでは，
「良くない日」フィルターを器用にも自動構成してもらえる
見こみはあまり高くなさそうだ．
単純モデルの功罪ここにあり．
-
と，
うだうだと検討することでココロの平和を実現する代償として，
時間を失ってしまったのであった．
時刻はすでに 1140．
-
甲山さんやってきて Matt と Pasoh 群集ハナシをやりはじめたので，
それにまた巻き込まれる．
ここまでやった計算に関する部分はまだよい．
どこが怪しい・怪しくないがはっきりしてるからだ．
しかし群集生態学のお約束に依存する部分は，
どこからが怪しいのかよくわからん．
群集生態学的な帰無仮説，
とか
(そンなものあるのだろうか?)．
-
1300 北大構内雪上走にでる．
曇天．
本日は農学部の生態学系の修論発表会なので，
ばたばたと急ぐ日浦さんだの，
発表を終えてよゆーしゃくしゃくの永光・堀田師弟だのをみかける．
もどって昼飯．
-
えーと，
仕事のわりふりを考えなくては．
まず Dennis さんから要請されてる独房群訪問だが
……
3 月上旬あたりだろうなぁ．
来週あたりからアカマツの再解析をやらんといかんし，
と．
3 月第二週にしてみるかな．
-
Matt がなぜか今度は直径成長式しつもん
……
って，
そんなの自分でてきとーに数式をでっちあげれば，
と思うんですが．
-
とかやってたら，
甲山さんに専攻科教官会議なるものに連行されてしまう．
先ほどまで修論発表 (第二日目) をやってた 2F 講堂．
「○○講座○名は?」
「○○合格，○○合格，……」
といった不思議なやりとりのなされる合否判定
(判定というより名簿棒読み)，
各種委員おしつけあい
(私はすでにネットワーク委員とやらにされていた!)，
専攻科長選挙．
-
Dennis さんと連絡とって 3/11 としてみる．
その日に独房群日帰りで，
と雪野さんにおうかがいたててみる
……
すると教官旅費なるものの「消化」のため，
いやいや出張一回あたりの成果を最大化するべく，
関東でスギ花粉まみれの一泊をすべきである，
とのご指示．
うーむ．
残高みると，
たしかに関東一泊ぶんだな．
-
つくばにでも行こうか，
と思ったけど遠そうなので，
都立大あたりで大学院生のかたから
最近の縞枯山データでも見せてもらおう，
ということで鈴木準一郎さんにお伺いメイルを差し上げる．
すぐにお返事いただいたので，
3/10 に多摩丘陵の奥におじゃますることに．
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1950 研究室発．
2010 帰宅．
体重 73.8kg．
晩飯．
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明日は祝日だったか．
すっかり忘れてた．
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[今日の素読]
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[今日の運動]
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北大構内走 1300-1340．
ストレッチング．
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腹筋運動 30 ×
3 回．
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[今日の食卓]
- 朝 (0910):
米麦 1.0 合．
卵焼．
- 昼 (1400):
弁当．
研究室お茶部屋．
米麦 0.7 合．
コンブサラダ．
- 晩 (2200):
米麦 1.0 合．
ダイコン・ニンジン・ブナシメジ・コンブ・アサリの味噌汁．
