ぎょーむ日誌 2004-02-20

2004 年 02 月 20 日 (金)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• 1000 論文セミナー， 今日は平尾君がホッキョクグマの assignment test による 分集団推定ついて紹介． 1995 年に出たこのあたりの嚆矢となる論文だ． この推定計算は個体の遺伝子から所属集団を推定する， というものなんだが …… アイデアは簡単なんだけど， いくらでもヒネりようがある「わざ」になっている (観測データの不十分・欠落・不確かさがたいへん重要で， そのあたりを人間の作った仮定で補わねばならないので)． 私の憶測では， おそらくこんにちでは， このあたり Markov Chain Monte Carlo (MCMC) 法で計算できるようにモデルを改善してるやつが， 少なくとも一人はいる， とみた． いかにも MCMC してくれー， というようなシステムなんで (突然変異の仮定が必要かも， というようなあたりとか) …… で， 検索してみたら ぞろぞろ でてきやがった． やっぱり， 誰でも思いつくアイデアだったか．
• けっきょく集団遺伝学においても， 乱数を使ったシミュレイションが必要不可欠な道具なんだよね (人間のアタマはこういう確率論的計算にむいてないような気がする) …… まあ， これは生物の個体数とかその時空変動とかを扱う研究であれば， 同じことが言えるわけだが．
• 北大構内雪上走． 晴． しかし気温はそれほど高くない． 昼飯．
• アカマツでーたにまた取り組む． この少ない点々の中から意味のありそうな「関係」 を見いだしていく， という …… 先週まで数万点もの気象データから情報を抽出する 苫小牧直径成長モデルに取り組んでたのに． どうして， こう両極端なデータセットばかりなんだろーね． アタマがヘンになりそうだ．
• 資源アロケイションの差をみる， すなわち連続値ぶんの連続値 …… これはやりたくない計算のひとつなんだが． いや， 冷静に考えればそンな計算やる必要ないな．
• 夜までかかってわかったこと (ただし実際の推定計算はまだまだ):
  • Amax と葉重の関係を説明する補償モデル (3 parameters) はなんとか推定できそう (optim() 使う) --- 光合成効率がよいと sink 機能増大ってのが， いまいちよい説明ではなさそうだが
  • Allocation は原点とおる資源分割モデル (処理・無処理それぞれ 1 parameters; AIC 確認ずみ) でなんとかなりそう
  • 当年生 stem と一年生 stem の重量比較 --- 処理区では「再生産」できてない， ただし一年生 stem 総重量は 直径成長「後」であることに注意
  • シュート先端だけの stem 再生産モデルの可能性 --- また墓穴になりそうだけど， 再検討の余地はあるかも
  • 各 stem の太さ→長さ関係 --- 処理区は「細長く」 かつ「遺棄」 stem が多い (場合分け最尤推定? 2-3 parameters + 2 parameters?)
  うーん， 使えそうなのはこんなところか ……
• 眼光紙背ばて． 1940 研究室発． 2000 帰宅． 体重 74.4kg．
• あしたは 地区会， はるかなる苫小牧のそのまた辺境まで行かねばならぬ (釧路大会雑用が知らぬ間に増量されたら困るんで)． 早起きの必要あり (周りの人々はだれも行かないので)．
• [今日の素読]
  • Salsburg, D. 2001. `` The Lady Tasting Tea -- How statistics revolutionized science in the twentieth century''. Owl Book.
  • Chapter 23. Dealing with Contamination
    • Box becomes a statistician
  • I said [to the colonel] one day, ``You know, we really need to have a statistician look at these data because they are very variable.'' And he said, ``Yes, I know, but we can't get at statistician; there isn't one available. What do you know about it?'' I said, ``Well, I don't know anything much about it, but I once tried to read a book called Statistical Methods for Research Workers by a man called R.A. Fisher. I didn't understand it, but I think I understand what he was trying to do.'' And he said, ``Well, if you read the book you'd better do it.''
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1230-1310． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ショウガ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1330): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ハクサイ・ショウガ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2100): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ショウガ・豆腐の炒めもの．