生態学のデータ解析 - R-primer/plot 実習 1

• R のとりかかり

  

  • R の点々など
• 実習でつかうデータファイル (CSV): data.csv (←以下では，このデータファイルを使います!)
• R-primer/data.frame 実習 1 も参照

もくじ

• data.frame のデータを表示する
• 図を順にかさねていくわざ

data.frame のデータを表示する 

> d <- read.csv("data.csv")
> plot(d$size, d$seed)

> plot(d$size, d$seed, pch = 19)

> plot(d$size, d$seed, pch = 19, col = c("blue", "red")[d$treatment])

# 上の図に legend を追加
> legend("topleft", legend = levels(d$treatment),
     pch = 19, col = c("blue", "red")[d$treatment])

図を順にかさねていくわざ 

• plot() でわくを描いて，lines(), points(), legend() などを追加していく方式がよい
  • par(new=TRUE) による方法は使わないほうがよい (わくを何重にも描くことになったりするから)

> plot(d$size, d$seed, type = "n") # わくだけ描く

> dC <- d[d$treatment == "control",] # treatment が control のデータだけ
> dC <- dC[order(dC$size),] # size 順にならびかえる
> lines(dC$size, dC$seed, pch = 21, col = "blue") # 線を追加

> dX <- d[d$treatment == "trtX",] # treatment が trtX のデータだけ
> dX <- dX[order(dX$size),] # size 順にならびかえる
> lines(dX$size, dX$seed, pch = 21, col = "red") # 線を追加

> legend("topleft", legend = levels(d$treatment),
        pch = c(21, 19), col = c("blue", "red"), lwd = 1)