ぎょーむ日誌 2009-01-(11-20)
2009 年 01 月 11 日 (日)
-
0830 起床．
ありゃー，
また電燈つけっぱなしで寝てしまった
……
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
怠業．
-
昼飯．
1425 自宅発．
曇．
気温は高い
……
と思ったけど，
本日の最高気温をあとで調べてみたら
+1°C
だった．
1440 研究室着．
-
「蟻」原稿の準備でオワってしまった
……
しかも本日はまだ図の準備の途中で終了．
-
1935 研究室発．
1950 帰宅．
うんどう．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0920):
シリアル．
- 昼 (1310):
米麦 0.8 合．
ネギ・卵の炒めもの．
- 晩 (2230):
米麦 0.8 合．
ハクサイ・ネギ・ブナシメジ・すりみだんごの煮もの．
コンブサラダ．
ヨーグルト．
2009 年 01 月 12 日 (月)
-
0850 起床．
うーむ
……
なんでこんな時刻に?
ずれが悪化してますなぁ．
朝飯．
コーヒー
……
う．
怠業するつもりはなかったのに怠業してしまった
……
1145 自宅発．
曇．
1200 研究室着．
-
The Lichenologist 編集部とまたメイルやりとり．
どうもこれはまだ accept になってないらしい
……
けど印刷にまわす準備はやってる，
ということで chief editor による点検が accept 前の
必要条件なんだろうか．
ともあれ，
メイル使えるんだったら他の連絡とかもメイルでくれればいいんだけど．
-
昼飯．
-
なぜかしら研究室のかたづけ．
不要本の整理．
ついでにお茶部屋に堆積してる新聞もヒモでくくって，
いっしょに B1F 紙すて場まで運搬．
B1F 紙すて場は末期的状況．
かとー蔵書をお茶部屋に運ぶ作業．
それによって本棚がひとつあいたので移動．
ついでに廊下に放置されてる冷蔵庫も移動．
-
「蟻」日本語解説かきのつづき．
本日も作図作業のみ．
論文では推定結果をこういう事後分布な図にしているのだけど，
まあ「蟻」なヒトたちにあまり「ベイズモデルとは何か」
とかあまりきちんと説明しないまま下のような図を見せても
……
たぶんダメだろう．
ということで，
もっと情報を剥奪した作図のプログラミング．
-
どーでもいいけど，
上の図って
1.5 年も前
のぎょーむ日誌に掲載されてるやつなんだよね．
モデリングは 1.5 年前に終わっているのに
-
論文はまだ accept されてない
(先月 16 日
に出した revision で OK ではないかな
……
というのは楽観的すぎるか?)
-
「蟻」解説記事かき
という状態で，
まだ「脱」アリできていない．
うう．
-
caption とかはまだだけど，
とりあえず図の部分はできた．
これはかなり情報が落された図でちょっと不本意なんだけど
……
まあ，
この解説文の主題はベイズというより「データをよく見て統計モデリングしましょう」
ということなので
「へー，攻撃確率が条件によって変わるってこう推定できるんだ」
とさえ伝わればそれだけでヨシとしよう
……
-
1920 研究室発．
買いもの．
1950 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0910):
米麦 0.6 合．
ハクサイ・ネギ・ブナシメジ・すりみだんごの煮もの．
- 昼 (1340):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
ハクサイ・ネギ・ブナシメジ・すりみだんごの煮もの．
- 晩 (2040):
米麦 0.8 合．
ミズナ・シイタケ・鶏肉の鍋もの．
2009 年 01 月 13 日 (火)
-
0755 起床．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
晴．
0935 研究室着．
-
「蟻」解説記事準備のつづき．
論文でつかった LaTeX なテイブルも B5 版サイズにむりやり
おしこんでいく
……
図表だけで 6 ペイジになった．
もひとつぐらい図が必要そう．
-
1030 より
研究室セミナー，
本日は保要さんでサロベツ湿原のモウセンゴケ (2n = 20)
とその倍数体ナガバノモウセンゴケ (2n = 40)
の
(ついでに両者の F1 不稔な
サジバモウセンゴケ
(2n = 30)
もまじってるかもな)
データからわかる繁殖の様子など．
先日の GLMM 解析ですな．
-
忘れものしたのでいったん帰宅．
1205 研究室発．
帰宅．
昼飯の準備．
昼飯．
1300 研究室にもどる．
自宅がちかいと便利ですな．
-
また「蟻」解説かきのつづき．
和文解説記事だからといってうっかりひきうけると，
こういうオモ苦しい圧迫にやられる
……
-
さきほど「査読しませんか」とゆー不幸のメイルがきたので，
オモ苦しい気分で「そんなことやってる場合ぢゃないよ」
と 1 秒で断る決意をしたんだけど，
同時に
「誰か別の査読者を紹介しないとこういう不幸のメイルの呪いは解けないかも」
と不安になってしまったので，
送られてきた要旨を 10 秒で読んで
「ああ，こういう問題ならまさに某氏にぴったり」
と (他の部分はよく読まずに)
不幸のメイルの新しい送り先と
「私ではなく彼を不しあわせにしてください」
と要約可能な文章をしたためたメイルを担当編集者に返したんだけど
……
数秒後に自動返信されてきたメイルをちらっとながめてみたら，
さきほどの「某氏」がまさに担当編集者 (つまり不幸のメイルの送り手) だった!
……
ということで，
おわびメイルかき．
やれやれ．
-
「蟻」解説，
図表はでそろったので本文をぽちぽちと書きはじめる．
-
夕方からはベイズカエル本セミナーの予習．
-
1840 研究室発．
フィールドセンター会議室でベイズカエル本輪読会．
本日は第 3 章で平均値の推定方法と割合の推定方法，
それぞれに無情報な事前分布と階層事前分布の両方の比較とか．
この本，
あいかわらず「?」な内容が多くて，
「フクロウが 50 年以上生きることはないので，
年あたりの死亡確率は 1/50 = 0.02 とする」
って何?
……
死亡確率 0.02 だと平均死亡年令が 50 になるのであって，
全体の約 1/3 はそれ以上長いきするぢゃん!
-
入門書なんだから簡単化した例題で概念を説明する必要がある，
というのはわかる．
しかしそれだったら (実在する) フクロウの死亡確率みたいに (一見簡単そうだけど)
じつはめんどくさい例題なんかとりあげなきゃいいぢゃん，
と思うんだけど，
原著者はこのあたりのセンスが
……
「ない」とは言わないけど，
ちょっとハズしてるとゆーか，
「びみょー」だよなぁ
……
と思いつつ
2100 北大農学部発．
2115 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
シリアル．
- 昼 (1230):
米麦 0.8 合．
シュンギク・油揚の味噌汁．
- 晩 (1800):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
レトルトパウチドカレー．
2009 年 01 月 14 日 (水)
-
0820 起床．
うーむ．
0845 自宅発．
雪．
0900 研究室着．
朝飯．
コーヒー．
-
いろいろメイルかきとか．
窓の外は吹雪になったり，
いきなり晴れたり．
-
とあるデータ解析依頼 (やや急ぎ系?)
があったので「蟻」解説かきはいったんほうりだして，
そちらにとりくんでみる．
なんとならば，
植物の重量分配問題であり，
これはいままでさんざん苦闘してきたので，
その経験と作図プログラム
(とくに昨年の修論したうけでいろいろ開発したもの)
を使えばあっという間にカタづく，
と楽観していたため．
-
この憶測は部分的にはあたった．
ベイズモデリングや MCMC 計算そのものは，
それこそあっという間にかたづいた
……
しかし作図でツマづいてしまった．
これは昨年の修論したうけ解析がかなり奇怪な設定
(わかりやすく言えば甲山さん的な設定)
になっていて，
それにあわせた読解困難な作図プログラムになっていたためである．
作図プログラムから読解困難な部分を削除して，
わかりやすいものにする，
という過程は意外と技術的に困難なモノだった
……
作図プログラム改訂が終了したらとっくに 13 時すぎてた．
うう．
やれやれ．
がっくし．
-
発注者むけの簡単な解説メイル書きにさらに 20 分ほど費やしてしまった．
まあ，
結果はわかりやすいものでしたよ．
BUGS code，
事後分布表．
脱「なんでもかんでもあろめとりー」うんどうを推進しますかね．
核心部は地上部の総重量 (exp(log.totalw[i])) のうち p[i] を葉
(y[i]) にまわし，残りを x[i] にまわす，という部分です．
# weight allocation between root and shoot
x[i] <- exp(log.totalw[i]) * (1.0 - p[i])
y[i] <- exp(log.totalw[i]) * (p[i])
logit(p[i]) <- logit.p[i]
logit.p[i] ~ dnorm(mean.logit.p[i], tau.tree)
mean.logit.p[i] <- (
bb[1] + bs[1, Spc[i]]
+ (bb[2] + bs[2, Spc[i]]) * (log.totalw[i] - Mean.log.totalw)
)
このようなモデリングによって，いいかげんな因果関係を仮定する
アロメトリーを回避できます．
-
昼飯．
-
お茶部屋で宮田さんと苫小牧樹木光合成議論．
-
来月末の「北海道若手生態学研究会」
(なかなかスゴい改名ですな)
の 案内ペイジ
が アナウンスされる．
誰でも参加できます．
-
ぐったりしてないで，
「蟻」解説かきをすすめなくては
……
-
スウェーデンに帰国された Annika さんから
「北大のメイル転送設定どうやるの?」
質問が
……
いつまでたっても複雑怪奇なままの北大ネット世界をしばし探索すると
……
よーやく，
わざわざ https://www.hines.hokudai.ac.jp:20000
から login して設定変更すればよい，
とわかった．
きわめてわかりにくい経路で到達した．
そして将来的にはまた別の場所に移転するであろう，
と．
-
解説かき，
あまりススまぬまま撤退．
1910 研究室発．
かなりの降雪．
1925 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0910):
研究室．
食パン．
- 昼 (1400):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
フリーズドライ野菜スープ．
リンゴ．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
ホウレンソウ・豚肉の炒めもの．
ヨーグルト．
2009 年 01 月 15 日 (木)
-
0730 起床．
ねむいねむい．
朝飯．
コーヒー．
0920 自宅発．
曇．
0935 研究室着．
-
いろいろメイルかき．
研究室雑用．
-
「蟻」解説かきはいったん中断して，
松田君の書いたテングザル原稿読解にとりくむ．
まずは私が書きなおしてさらに松田君が修正した
Discussion 節をしつこく修正
……
松田君は私などより文生成能力が高いように思えるのだが，
ときどき高くなりすぎてハナシが飛躍しがちですなぁ．
川の水位とサル寝場所の局所密度はあまり関係なさそう，
とゆー単純な結果に関する discussion が，
いつのまにやらサルの集団川渡りにおけるワニ回避に関する
先行研究についての議論になっていたり，
ですね
……
まあ，
ベイズ統計モデルの結果よりサル・ワニ合戦のほうが楽しいけどね．
-
サル作文に苦しんでみる．
-
すると藤沼君がタイで開催される熱帯林関係の学会か何かの
ポスター原稿 (しかも本日出発!) をもってきたので添削．
例の Clidemia hiruta と wild pig のハナシですな
……
-
けっこう時間かかってしまった．
昼飯．
-
イノシシが片づいたのでまたサル作文修正にもどる．
Introduction 節のりすとら
……
といってもアタマと末尾をなおしただけ，
なんだけど．
まあ，
松田君がすでに整理を進捗してくれていたんで．
-
ひととーりできたように思えるんで，
そのファイルをダウンロードできるようにしてから，
ボルネオにメイルを送る．
-
A 棟耐震工事時の物品疎開調査のための調査．
いまいる部屋の机・本棚その他なんでも測定，
リスト作り．
-
ボルネオからテングザル写真が送られてきた．
松田君が森から州都コタキナバルにもどってきたので．
[Klias の森]
コタキナバルからみて南西の方角にある
クリアス
の湿地帯，マングローブと川辺林の境界で伐採の激しいスカスカの森
だそーです．
(
拡大)
[サルジャンプ]
テングザルはそういう森でも生きてるようです．
テングザルおとくいの樹上ジャンプ．
(
拡大)
[子連れジャンプ]
子ザルが母ザルにしがみついてる．
(
拡大)
-
A801 院生部屋のプリンターのトナーがきれかけている
……
ということで，
ウミガメ関連論文のダウンロード & 印刷して，
トナーぎれにおいこみ，
トナー交換作業．
夜間にきれるとやっかいだからね．
2000 研究室発．
寒い．
2015 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.8 合．
ネギ・卵の炒めもの．
キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
リンゴ．
- 晩 (2120):
米麦 0.8 合．
キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
ヨーグルト．
2009 年 01 月 16 日 (金)
-
0730 起床．
ねむい．
朝飯．
コーヒー．
データ解析こんさるメイルかき．
1000 自宅発．
晴．
しかし今日も真冬日になりそう．
1015 研究室着．
-
苫小牧樹木直径成長モデルがまた reject でした，
という連絡をいただいたので，
査読報告よんでみる．
これは Ecological Modelling にいっぺん投稿して，
review されたのでそれにあわせて改訂して再投稿したもの
(昨年 10 月アタマに再投稿)．
またまた Ecological Modelling 的に時間がかかっているなぁ
(3 ヵ月は同ぢゃーなるの水準からすると短いほうか?)
……
と思っていたら，
どうも reviewer を二人とも変えてしまったようで．
少なくとも一人は完全に別人．
そしてこの別人氏が reject 判定なので
(もひとりは minor revision)，
こういう結果になった．
いったい何がどうなっているのやら．
-
別人氏の reject 理由は単純で成長モデルに time autocorrerlation
が入ってないから．
あのですねえ，
その点についてはちゃんと言及しているのだけど
……
うーむ私の書いた部分で言及してたつもりなのだが，
例によって作文がまずかったのか?
-
あ，
GLMM と GLM の区別もついてない．
こりゃー，
ひさしぶりに「こんなうかつな査読者がいるから，
method 節の statistical modelling 小節はしつこくしつこく
書かねば」
という気分にさせられましたよ．
いやはや．
-
まあ，
reviewer 二人ともえらく長い (ある意味では丁寧な)
査読報告つけてくれたわけだが，
それぞれの結論は
-
細かい点をなおせば OK
-
他の生態学ぢゃーなるなら OK だが，
Ecological Modelling 論文としてはダメ
(理由: 時系列モデルぢゃないから)
といった判定で，
editor は他のぢゃーなるに投稿するか，
樹木成長モデルの AIC によるモデル選択を強調して
Ecological Modelling に再投稿したら，
との判定．
うーむ，
これまで合計 4 人 (3 人?)
いや以前の投稿も考えるともっとたくさんの査読者の
誰にも指摘されていないのだが
(おそらくまったく気づいていない)，
じつは他ならぬこの AIC による
モデル選択まわりこそはこのデータ解析の最大の問題点なんだよね
(ということで，いつの日かベイズモデル化して再解析したい，
と考えていた)．
-
昼飯たべつつメイル書き．
けっこう時間かかる．
-
「赤紙」ともうしますか，
生態学会の某委員会の下ばたらき 3 年間やることになる．
まあ，
ホントに年に数日間だけ部品の一部として働けばいいんだろうけど
……
ヘンなゑくせるファイルとかばかばか送られてきたりして，
不幸な気分になるんだろうな．
不幸だ．
生態学会へのこのたぐいのご奉行はこれで最後になればよいのだが．
-
サル論文原稿の introduction 後半，
かなり書きなおす必要あり，
ということで匍匐前進的にとりくんでみたのだけど，
節の最後まで到達せづ
……
1850 研究室発．
1905 帰宅．
ちょっとうんどう．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
背筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
ストレッチ．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0820):
米麦 0.8 合．
キャベツ・キュウリ・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1300):
研究室お茶部屋．
食パン．
- 晩 (2110):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ニンジン・シイタケ・鶏肉のトマトソース煮．
ヨーグルト．
2009 年 01 月 17 日 (土)
-
0830 起床．
うー．
朝飯．
コーヒー．
本日は夕方からセンター試験リスニング監督補助．
うー．
怠業．
ちょっと掃除．
-
1330 自宅発．
晴．
1345 研究室着．
昼飯．
-
うーむ，
秩父山中の原人ならぬ賢人から教えていただいのだけど，
吉田戦車の逃避めし
はまことに興味ぶかい
……
-
仕事あまりススまぬまま
1625 研究室発．
1630 農学部着．
センター試験リスニング監督補助のため．
監督控室で複雑きわまりない「事故時の対処」
なるものをよんでみる．
-
1715 試験場本部から IC プレイヤーの箱をかかえて，
4F 大講堂の試験室へ．
定員 130 人の出席 114 名となかなか大人数なんだけど，
私のようなリスニング補助専門要員 3 人追加して合計 8 人で
この受験生をみるので一人あたりの作業量はそれほど多くない．
-
機器の配布，試験運転のシークエンスが終了．
回答時間は 30 分間のみ
……
無事に終了．
やれやれ「再開テスト」
--- これは再試験とは異なり，機器の不具合などがあった場合に同日におこなわれるもの
---
はまぬがれたか．
-
私のてきとーなる憶測だけど機器のハードウェア的な故障率は 1/1000
よりずっと低くおさえられているのではないかな?
むしろ問題は使うがわで 1000 人に一人の「かわりもの」
(とくに悪い意味でつかってるわけではないけど)
であっても 50 万人いれば 500 人ぐらいでてくるわけだからなぁ．
-
そういえば本日観察した受験者たちの中にも，
「なかなか」なヒトたちが
……
なにしろ 100 余名もいたからなぁ
……
アナログ式のでかい時計を机上におくのはいいんだけど，
その秒針作動音が「かちかち」とけっこう耳ざわりで周囲のヒトたちが
気の毒な状況だったり，
「机の上に置いていいのは受験票・時計・鉛筆・消しゴム・鉛筆削りです」
といった指示ではあったけれど，
ふつーそんなハンドルごりごりまわす式のでっかい鉛筆削りを持ってきますか?
リスニング試験中もごりごりやるの?
……
ま，
さいわいにも権利行使にはいたらなかったようだけど．
-
みなさんリスニング試験中は試験会場のうしろのほうでぷらぷらしながら，
「MCMC 計算しながらモデル選択できないか?」
などといったことを検討していた
……
問題さえ生じなければ試験第一日目夕方だけ働けばよい
リスニング監督補助は
(朝から晩まで拘束されるふつーの監督と比べれば)
お気楽なものだ
……
ただし休日出勤とはカウントされないみたいだけど．
1850 農学部発．
1905 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (1000):
イソップベイカリーのクロワッサンなど．
- 昼 (1440):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
キャベツ・ニンジン・シイタケ・鶏肉のトマトソース煮．
- 晩 (2050):
米麦 0.8 合．
マグロ・アボガド丼．
チンゲンサイの炒めもの．
ヨーグルト．
2009 年 01 月 18 日 (日)
-
0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯．
ちょっと怠業．
1025 自宅発．
今日も晴．
1040 研究室着．
-
メイルかきとかで仕事は進捗せづ，
昼飯．
うー
-
3 月の生態学会大会の旅程について調べる．
第一日目，
先日まきこまれてしまった委員会に出席したら，
とのことなので．
幸か不幸か 15 分ぐらいの遅刻で到達できそうなスケジュールか
……
朝 0648 札幌駅発だけど．
前日泊とかよりはマシか?
委員なるものはこれを最後にしたい．
会員数 3000 だかなんだかの巨大学会になりつつあるわけだし．
-
ゆーうつな気分のまま，
ついでに航空券と宿の手配もするか．
ゆーうつなので，
今回は三泊でとっとと帰ってしまうことにしよう．
3 月末に原稿〆切とかあるし．
宿はとれた．
航空券は明日以降まで待つ必要あり，
というかんぢだ．
-
今日はもう仕事はやらないで雑用かたづけに専念しよう．
なぜかしら休日だと雑用に時間をとられても敗北感がウスいので．
-
ということで，
A 棟耐震工事疎開生活の物品移転表にとりくむ
……
気分の悪くなるゑくせるファイル群にむきあう，
ということ．
-
皆さんに書いてもらった部屋ごとのファイルを比較検討しているうちに，
これらをきちんと整えるのはなかなかたいへんだ，
ということがわかってきた．
-
疎開中に使える研究室の面積がまったく不明
-
さらに困るのは疎開中の実験室の面積がまったく不明，
というかそもそも「疎開中の実験室」なるものが存在するのかどうかさえも
わからない!
-
耐震工事後の院生部屋などの面積が不明
ということで，
とりあえず疎開中の実験室は存在しないとか，
工事後院生部屋は必ずしも広くない，
といった仮定をもうけてファイルをぽつぽつと整理してみる．
皆さん，
各自てきとーに「移設ランク」とか記入してるんで，
いろいろ修正する必要がある．
-
このあたりの作業，
書類提出は今回だけでは終了せづ，
流動的な事態の進展にあわせて再提出が要求されることになっている．
本来なら web application のようなもので提出する側される側のやりとりを
うまく処理すべきだ
……
そういうしくみを理解できる事務担当者，
状況にあわせてデータ構造・アルゴリズムを設計できる柔軟性の高いプログラマー，
あとウェブデザイナーの合計 2-3 人が 3-4 日がんばればそういうもの
(たぶんかなり簡易なシステムだろう)
を構築できるはずだと思うんだが
……
北大は莫大な人数の職員をかかえていながら，
その能力はまったくない．
ゑくせるなんぞを使っているが，
処理は紙ベイス時代とまったく変わるところがない．
莫大な人数を人海戦術で消耗していくばかりだ．
-
日没とともにやる気が減衰していったので，
1855 研究室発．
1910 帰宅．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ニンジン・シイタケ・鶏肉のトマトソース煮．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
レトルトパウチドのカレー．
リンゴ．
- 晩 (2040):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ひき肉のトマトソース煮．
ヨーグルト．
2009 年 01 月 19 日 (月)
-
0705 起床．
朝飯．
コーヒー．
0845 自宅発．
晴．
気温高い．
しかし予報によると本日夜からまたどかっと雪がふるそーで．
0900 研究室着．
-
ゆーうつなる A 棟物品移転ゑくせるファイルとの戦いのつづき．
-
ひとまず終了．
研究室雑用 Wiki にこのあたりの修正原則などを記述し，
全ファイルにアクセスできるようにする．
研究室 mailing list に連絡．
時刻はすでに 1030 すぎ．
-
工事後の部屋の設計に関するファイル作り．
これは「標準案」にしたがえば自分は何も考えなくてよい．
一式そろえて事務とりまとめの三浦さんに提出．
時刻は 1210．
-
物品移転表などについて工藤さん・露崎さんと相談．
私がやるべきことはもはやほとんどなさそう
……
これからしばらくは，
だけど．
-
2/23 (月) に伊庭さんと統数研でもつ MCMC・ベイズ公開講座，
予約開始とともにすぐに定員がうまってしまったそーで．
気がオモい．
当方はまだ何も準備しとらんのだ．
伊庭さんのハナシはおもしろそうだけど，
私のは単なるゐんばぐす導入篇みたいなモンだよ?
-
準備といえば，来週の月曜日・水曜日にまた M1 あいての授業をせんといかん．
これまた気がオモい．
-
オモくるしくなったので昼飯．
-
雑用系ぎょーむはいったん終了したようなので，
サル論文 introduction 節の修正をつづけたいところだけど，
本日のベイズカエル本輪読会は難所「モデル選択」なので，
そちらの勉強をしてみることに．
カエル本著者は例によって「DIC で OK, OK」
みたいなお気楽なんだけど
……
-
そうそう，
モデル選択といえば霜月さんのところで
ご指摘
うけたなぁ
……
と
reversible jump algorithm
(reversible jump mcmc)
について少し調べてみることに．
-
いろいろとおもしろいことがわかってきた
……
とりあえず実用的に重要なのは，
WinBUGS Jump Interface
なるゐんばぐす plug-in が昨年 10 月に公開されている，
というあたりか．
ここで参考文献としてあげられている作者の
論文
はまだ online first に入ってるな．
-
まあ，
使いものになるかどうかはまたゆっくり調べましょう，
ということでベイズカエル本の予習．
窓の外はかなりの降雪．
強い風．
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ゐんばぐすなモデル選択規準 DIC の弱点は
D-hat
(最尤推定法でいえば最大化対数尤度に該当する量)
の推定にある．
各パラメーターの事後分布の平均値
を組みあわせたときに
deviance
が最小になるという仮定
(つまり各パラメーターにとって事後分布の平均値が
「オレの最強の値」になっている)，
これはめったに成立しないことだろう．
そもそもベイズなモデルで deviance 最小点を探索する，
というのがムリっぽいわけで
……
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この点については WinBUGS サイトの質問こーなーにも説明があって，
質問 13
の
``Why is DIC greyed out?''
に対して
DIC is currently greyed out in WinBUGS
when one of the stochastic parents is a discrete node.
The formal basis for DIC relies on approximate posterior
normality for the parameter estimates and
requires a plug-in estimate of each stochastic parent
- for discrete nodes it is not clear which estimate to use.
と回答されている．
まあ「何もかも正規分布・線形」なモデル以外には適用しないほうが安全そう．
J.S. Clark の論文とかでもおおざっぱなモデル選択規準として
DIC をつかった，
といったあつかいになっているし．
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お茶部屋で晩飯くってから 1840 研究室発．
すごい暴風．
雪．
気温は低くないけれど．
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1900 すぎからベイズカエル本輪読会．
本日の担当は深谷君で第 4 章のモデル選択．
著者特有のおきらくなハナシが展開されて
……
また墓穴をほっているな．
上述のように DIC を算出するためにはパラメーター
(平均値とか)
の事後分布が「左右対称」である必要がある．
第 4 章の途中でポアソン分布モデルに対して
DIC をつかったモデル選択じみたことをやっている
(上述の WinBUGS サイトの注意がきでは，
離散確率分布モデルに対して DIC は算出しないほうがよい，
となっているわけだが)．
しかしながら，
章の最後で DIC 算出に使ったモデルの平均値パラメーター
の事後分布が対数正規分布であることをいっしょうけんめい示している
……
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じつはこれは二重に墓穴で，
著者は「ポアソン分布の平均値パラメーター
λ
の事前分布に
対数正規分布を仮定したので，
λ
の事後分布も対数正規分布になるべきだ，
と考えているらしい．
これはまったくのまちがいで
λ
の事前分布と事後分布が異なっていてもぜんぜん
不思議ではないし問題も何もない
(事前分布と事後分布の確率分布が同じになるのは，
共役事前分布を使った場合など)．
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ほんとにこのベイズカエル本って「てきとー」
な内容ばかりだよなあ
(3 月に 訳本
でるわけだが)．
2105 研究室発．
2130 帰宅．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1240):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
ワカメスープ．
- 晩 (1810):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
ワカメスープ．
2009 年 01 月 20 日 (火)
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0740 起床．
朝飯．
コーヒー．
0910 自宅発．
雪．
0930 研究室着．
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ベイズカエル本
についてうだうだ書いてみる．
うだうだ．
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宮田さんと解析結果の事後分布図示についていろいろ検討してみた．
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窓の外は真っ白．
すごい降雪量．
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てなことやってるうちに午前中おわってしまった．
お茶部屋で昼飯くいつつ，
(出口のまったく見えぬ)
苫小牧の毎木調査，
せめて謝金ぐらいは捻出しないといけませんなぁ，
といったハナシを院生と．
理念はそれでよいのだが，
問題は財源だ．
私が申請している科研費があたればよいのだが
……
苫小牧毎木調査のために申請したわけぢゃないんだけどね．
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工藤さん部屋で教員数名が集まり移転プランの点検．
難所は実験室の実験台．
とくに精密天秤などのせられるようなやつ．
そして「サンプル」
(とよばれているが多くのヒトにとってはたんなるゴミ)
の収納場所．
けっきょく，
新 8F に (実質) 物置部屋がひとつ必要になるでしょう，
といったあたりまえの帰結に．
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この方面の雑用はほぼ終了したように思える．
さて次の仕事だが
……
来週の M1 あいての
授業
の準備をせねば，
とゆー重厚感あるんだけど，
とりあえずサル論文にとりくんでみる
……
ことにしよう
……
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窓の外はあいかわらずのドカ雪．
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なかなかアタマがサル作文もーどにならない
……
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しかし次第にお花見おサルこと
テングザル (proboscis monkey)
たちの世界に没入していって
……
ゲラダヒヒ (gelada)，
マントヒヒ (hamadryas baboon)，
キンシコウ (金糸猴; snub-nosed monkey)
の重層サルトリオがやたらと登場する
introduction 節の半分以上を書きなおしてしまった．
例のサル・ワニ合戦の部分なんかも久保ふうに
……
うーむ，
私の趣味を一方的におしつけているだけ，
とゆー気もするんだけど，
しかし松田君のぴょんぴょんとりっきーな文脈が，
多少はゆるゆるうねうねぐだぐだしたような気もする．
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あとは figure legends とか書けば私のターンは終了かなぁ，
というあたりで本日は終了．
明日にはなんとかなるだろう，
と思いたい．
1930 研究室発．
雪．
つもりましたねえ．
買いもの．
1955 帰宅．
体重 70.8 kg．
お，
うんどう不足のわりにはふとっていなかった．
晩飯の準備．
ちょっとうんどう．
晩飯．
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[今日の運動]
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腹筋運動 30 ×
3 回．
背筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
ストレッチ．
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[今日の食卓]
- 朝 (0810):
米麦 0.8 合．
キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
- 昼 (1210):
研究室お茶部屋．
米麦 0.8 合．
キャベツ・ネギ・ハムのサラダ．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
ホウレンソウ・ネギ・ブロッコリー・ブナシメジ・ホタテのトマトカレー．
ヨーグルト．
