ぎょーむ日誌 2001-02-(11-20)
2001 年 02 月 11 日 (日)
- 1100 起床．
う．
良く寝た．
- 地域生態学講座のお茶部屋で朝飯食いつつ，
「Linux 機導入したいんですけどー」
という谷さんとあれこれ相談．
そろそろ
(現時点においてコスト/パフォーマンスの良い)
800-900 MHz 級の共用マシンを新しく
導入していいんじゃないだろうか．
- 熱帯林パラメーター推定システムの整備．
小川用のそれの流用である．
- ……
いろいろやってると，
結局，
環境変数の事前の設定などいつものごとき
パターンに収束していく．
ある程度ややこしいシステムだと，
こうなってしまうのである．
- 1530 パラメーター自動推定システムが
どうにかひととーりできた．
- ちょっと買物にでて，
ミカン (宿泊費) や
着替えの靴下を調達．
- 生長解析のほうは gnuplot 呼びだしスクリプトを
つけておく．
- 今日は講座の長老・成田さんの結婚式 & 披露宴で
院生の皆さんは東西に奔走．
役立たずな私も電話番をつとめる．
会場への
地図
．
- 1640 グラフ自動描画系も完成．
ま，
ひとまずは良し．
- 1820 成田さん披露宴会場である 北 1 東 1 の
旬の蔵
に向かう．
4 人ずつタクシーに乗る．
- 1900 から 80 人ばかりが集まった盛大な会．
多くの院生の尽力で落ち着いた良い進行でした．
- その後は二次会に出たり，
0030 すぎに研究室に戻って来て朝方まで
お茶部屋話が続いたり
……
- 今日の食卓
- 朝 (1210):
米 0.5 合．
シュンギク・シイタケを煮たもの．
麺つゆ味．
- 昼 (1500):
米 0.5 合．
朝と同じ．
- 晩 (1910):
ごちそうあれこれ．
2001 年 02 月 12 日 (月)
- 1100 起床．
なぜかまだ北大．
寝たのは 0500 すぎだったような
……
楽しく酔っ払ってるヒトたちにつきあっていたのである．
私は飲んでませんよ．
- 午後はなんとなくお茶部屋ですごす．
- 1530 ごろから浦口さんの研究について教えていただく．
まだ取りまとめ中のところ多々あるようで
……
うーん，
なんかすぱっとまとめる良いアイデアが出せない．
- 1940 A 棟 8 F お茶部屋発．
1951 JR 札幌発．
空港まで 1040 円．
2026 JR 新千歳空港着．
手荷物預ける
(ThinkPad と外づけ計算機 Mate はデイパックで運ぶ)．
2115 に羽田行きのはずの機の到着遅れてるらしい．
2120 ようやくその JAS 122 便搭乗．
Airbus A300-600．
あわてて機内整備したもんだから
目の前のポケットに機内誌無い．
くそう．
- 2150 よーやく離陸．
なぜか前回と同じく羽田までの道中は
三次元モデルの計算法ばかり考える．
今日の課題は
「円柱に内接する回転楕円体」
でした．
前回と同じく東京湾上空で正解に到達．
2315 深夜なので一番海側の C 滑走路を南→北と着陸．
2340 手荷物回収．
2350 京急羽田発．
0001 京急蒲田で乗り換えて
品川方面行き最終の普通電車に乗る．
0006 京急平和島着．
明日の食糧など調達して
0015 帰宅．
ふう．
空港から近いと，
こーいうときは助かる．
- 今日の食卓
- 朝 (1110):
昨晩の残りものをかじりつつ
コーヒーなど飲む．
- 昼 (1530):
米 0.5 合．
- 晩 (0040):
スパゲッティー．
豆腐・タマネギのトマトソース．
トマトは缶詰もの．
2001 年 02 月 13 日 (火)
- 0715 起床．
5 時間弱寝た．
ややねむ．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0750 自宅発．
曇．
氷点下 7-9 度だった
札幌に比べると東京はヌルい．
0809 東京モノレイル流通センター発．
定期券が切れてるので浜松町までの 330 円切符買う．
財布の中の残額は数百円．
うう．
浜松町の気温 2 ℃．
0825 研究所着．
- (一言近況)
札幌から戻ってきました．
久しぶりに大学院生の皆様と話すと，
こう頭の中がリセットされるような
……
(20010213)
- 午前中は出張報告書いたり
(でっちあげ作文が必要)，
また出張申請を二通も書いたり
(何やってんだか)，
メイル連絡したり，
で終わってしまう．
- そうそう，
今朝うっかり ThinkPad の入った
デイパックを落っことして起動できなくなった．
Kernel panic である．
ブートの様子を観察してるとメモリーが
おかしくなったようだ．
ところが，
うかつなことに手持ちのねじドライヴァーは
でかすぎて ThinkPad のメモリーベイを
開けられない．
しょうがないんで，
何事につけ用意のよい事務のかたにお願いして
工具セットを貸してもらう．
開けてみると予想どーり，
SDRAM が外れかかっていたので，
はめ直すと無事にブートできるようになった．
- 自宅の外付け計算機 Mate にバックアップが取って
あったとはいえ，
やはり返信すべきメイルなど収めた HDD に
アクセスできないとあせるモンである．
今度から細いドライヴァーも常備しておかなくては．
- 昼飯食ったあとに，
北大地環研管理者ネットワークから
ssh 情報が流れてくる．
なんでも，
ssh (暗号化されたリモートシェル) の
1.2.x 系はヤバい，
とのこと．
私が使ってる openssh の 2.3.0 は
ssh protocol 1 互換モードも含めて大丈夫らしい．
とはいえ，
VineLinux のサイトを見ると
openssh 関連のパッケイジが
update されていたので，
そいつらを放りこむ．
- なんか仕事がはかどらん．
開空度計算進めるべきか．
これは大改造が必要．
今週金曜日の森林総研 15 分間研究紹介の
準備すべきか．
まぁ，
まだあとでもいいんじゃない．
「枝の分配」で見通しの悪くなった
「ニセ」アカマツをどうにかせんといかんか．
うん．
そうだなぁ．
これはいつ終わるかわからんし
……
という方針はたったんだけど．
- biometry という生物統計学メイリングリストの
サーヴァー改装のご案内など来る．
過去メイルを検索できるようになったようだ．
今は混んでるだろうから，
また後日調べてみよう．
- 金曜日に筑波の森林総研にお邪魔するというだけで，
宇宙開発事業団りぢちょーあての書類書かされる．
先方で森林動態データベイスを作るっていうんで，
データ使ってる側から
あれこれ述べろというモノなんだけど，
それが「委嘱」という形式になるんで
「本業には差し支えありません」
云々などと書かれた紙切れをたらい回しにする
儀式が始まるわけだ．
ああ，
お役所わーるど．
- 会議なんてのは，
ふつーならば頼まれても出たくはないんだけど，
小川を始めとする各地の調査地の
毎木データを E*cel 牢獄から救済するためにも
まっとうなデータベイス化は必要であろう，
というはなはだ利己的な動機から参加することになった．
とはいえ，
科学技術振興事業団の
お役所プロジェクトの一環である
この森林動態データベイス化が
より良いものをもたらすかどうかは，
まだよくわからぬところではあるが．
- 「ニセ」アカマツ枝の分配については
良いアイデアもないまま，
個体の全部の茎集合全体に
親子関係をつけてしまおうとする
……
あーん ?
一本ずつしかない
二年生-三年生茎の間で対応がつかない?
調べてみると三年生のほうが
ごくわずかに成長速度遅い．
ということで，
きちんとした誤差補正も面倒なので，
「1% ほど子供のほうが生長が速くても許す」
といういいかげんなルールを追加する．
あ，
こんなインチキで全部親子の対応ついた．
今のところは．
- 次にアロメトリーだが
……
どうしてくれよう．
そうだ，
いつものごとく「太さ」-長さの関係を見るのではなく，
「速さ」-長さってのはどうだろうか．
意味不明ぎみだが，
このモデルの中では首尾一貫する．
「速さ」がある時刻での太さと，
最大到達茎長さを決める，
というモデルである．
- まだまだ片付いてないけど，
歯医者タイムなので撤退準備．
1740 研究所発．
現金を下ろす．
1750 JR 浜松町発．
1805 JR 大森近くの歯医者着．
- 今日は仮歯の入れ換え．
来週には陶器製のそれが完成するとか．
1815 歯科医院発．
今日も治療費はいらず．
帰りがけに旧東海道商店街で
野菜をあれこれと買う．
1850 帰宅．
- う．
いつものごとく晩飯食ったら 2 時間ほど寝てしまった．
- 夕方にやってた，
「速さ」-長さアロメトリー問題．
うん．
まぁ，
なんか age 非依存な非線形回帰式に帰着できるかもしれん．
しかし，
今回のシミュレイションの方針としては，
そういう定式化ではなく，
むしろリサンプリングによって
(速さ，長さ)
のペアをデータから拾って来る，
というほうが無難な気がする．
そうしようそうしよう．
- 2300 食品大量調達のため，
第一京浜むかいのスーパー・マルエツに．
味噌・麺つゆなど味付け系，
煮干・サバぶしあれこれ，
コーヒー・茶のたぐい，
などなどを調達する．
「NHK 今日の料理」 2 月号，
特集
「生活習慣病をらくらく防ぐ」
480 円か
――
ふと気づくと，
それもなんとなく買ってしまっている．
- 北大に行ってわかったのは，
私がかなりだめな食生活を送ってる，
と多くの人々が誤解していることである．
うーむ，
それほど貧しくはないはずなんだが．
「今日の料理」
でも読めば同じ材料でも
見栄えのする料理のヒントでも得られるかもしれない．
- ひっさびさに今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 2. Structures and patterns of population processes
- 2.2 Pure density-dependent process
- 2.2.4 Linear second-order process
- あいかわらずふつーな第 2.2 節が続く．
今回は
X(t) = f( X(t-1), X(t-2) )
で，
しかも f() がリニアーな式の場合である．
いやぁ，
こういうモデルはひさびさですな．
植物ではあまり使われない．
しかし生長解析とかには使えるのかもしれない．
なにしろ著者・蝋山さんの見解では，
自然は f( X(t-1), X(t-2) ) なモノらしいのである．
うーん，
しかし昆虫の密度と違って樹木の直径生長量なんかは
X(t-1) と X(t-2) の相関が高いんじゃなかろーか
……
今までちゃんと調べてこなかったけど，
小川データなんかで見るべきなんだろうな．
ああ，
その結果「独立同分布」というような
大前提が崩れてしまうかもしれん．
- 今日の食卓
- 朝 (0725):
米 0.5 合．
昨晩のトマトソース．
- 昼 (1215):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
野菜雑炊．
チンゲンサイ・葉タマネギ (千葉県産)・
シイタケを昆布だしで茹でて，
味付けは麺つゆ少々．
2001 年 02 月 14 日 (水)
- 0750 起床．
眠いなぁ．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
う．
時間か．
- 0815 自宅発．
曇．
曇天な毎日．
0832 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 1 ℃．
0853 研究所着．
- さて，
と．
「ニセ」アカマツ問題をぢりぢり進めなくてはならんのだが
……
今まで，茎という部品の
「ある時刻 (齢) での太さ」と
「茎ごとに固有な生長関数」が
一対一でばちんと対応していて
(という仮定というかでっちあげというか)，
その長さについては
観測された値をそのまま使う (不変)，
という方針だったのだが
……
そういえば「重さ」という観測値もあったなぁ，
と思い出す．
えーと，
これはどういうふうになっていたっけ．
- all_dump.pl という手持ちデータを
全部出すスクリプトで調べてみると
……
そうか，
「◯齢の茎の重さ」
というふうに齢ごとにまとめて
総重量を測定されてる．
ということで，
「ニセ」アカマツ構成部品としては
やはり
(太さ，長さ)
ペアが一番細かいわけだ．
とはいえ，
材密度でも計算してみるか．
- なーんか，
実験区のほうが
「つまって」いてばらつき大きい，
としかわからんな．
さて，
どうしよう．
[重さと材密度]
いや，相関を見てる
のではなく，処理区
によるばらつきの違
いを眺めてるだけな
んですけれど ……
[茎と葉の重さ (当年生)]
で，曝露実験とゆー
のをやると，葉っぱ
の量が増えるのに茎
は軽いんだよね．ト
レイドオフか効率低
下なのか ……
葉っぱの重さも 4 標本 × 2 処理区
だからなぁ
……
当年生シュートの個数の分布は
処理間でそれほど差がないように見える
(とはいえ分散大きいし，
やはり 4 標本どうしの比較なんだけど)．
- 昼飯を食いつつ取りまとめを考える．
- 生産は当年生茎だけが行うもの，
としよう．
常緑とはいえ，
針葉の古いやつなんて生産には
ほとんど寄与してない，
ということらしいんで．
- えーと，
当年生針葉も存在しないことにしよう．
むろん当年生茎そのものが光合成してるわけないんだが，
それを言い出すと面倒になるばかりなので
(観測データとの整合性などなどの問題あるんで)，
茎が光合成してるかのように見せかけるのである．
ええ，
そうですとも．
そうに決まりました．
- さて，
その茎の生産したものがどこに配分されるか，
というと
……
- (自分も含めた)
既存の茎の肥大生長．
各茎の肥大生長量は
その茎に「固有な」
生長曲線によって決まってしまう．
いやおうなく．
- 新しく作る茎．
むろん葉っぱ (針葉) も作られるんだが，
それを言い出すと面倒になるばかりなので，
葉っぱの生産はここでは考えないのである．
証拠隠滅のためなら，
私が「ニセ」アカマツの葉っぱを
むしって食べてしまってもよい．
- これらの配分先に回した重量の合計のことを純生産と
仮称することにして，
(純生産)/(当年生茎の合計重量)
を生産率と呼ぶことにする．
この生産率なるパラメーターの値は
観測データを利用して計算できる．
なんとならば，
「すべての茎は固有の生長曲線を内蔵しており，
それは時間の関数である」
というでっちあげから，
観測樹木個体の「一年前」の状態が
決定されるからである．
つまり現在の一年生茎が当年生であったときには
コレコレのサイズであり
(他の齢の茎も同様)，
それがこの一年間でこれだけ太ったあげく，
ついでに新しい茎をこんだけ作りました，
と逆算してみせればよいだけだ．
- かかる作為的なサブモデルによって，
実験区の当年生茎集団による生産は
対照区に比べてますます貧弱になるハズ．
個体ごとに異なるとする生産率の値を
上のように「推定」してしまうと，
そうならざるを得ないだろう，
というのが読みスジなのである．
詳しくは，
この生産率とかいうのを計算してみてから．
- さらに個体全体の体積膨張の速度は次第に鈍化する．
竹中さん言うところの
「シンク要求」
じゃないけど，
既存の茎も「固有の速度」とやらでもって
ぶくぶくと太らねばならず
(という仮定をすでに与えてしまったんで)，
そちらに資源を取られて
(古い茎が
「俺はこれだけ太らねばならんのだ」
と言って来るとその要求量は必ずぶんどられる)，
当年生茎の生産は少なくなるはずである．
すると翌年の純生産はさらに落ちる，
という悪循環である．
やれやれ，
個体としてはすぐに破綻してしまいそう
……
- さーて，
これで
「茎という個別の部品が単位なんだけど，
(データ無いんで)
それら部品間のつながりの見えない樹木個体モデル」
のアイデアは出そろったかな．
では，
ヤバいところにできるだけ触れないようにして，
(部品間の相関を可能なかぎり
考慮しない)
帰無仮説的な動態モデルを考えるとしたら，
その一試案はこうだ
……
-
当年生茎の総重量に
生産率なるもの掛け合わせて
純生産が決まる．
-
各茎の齢をひとつ増やす．
-
一年生以上の茎が要求する
肥大生長に必要な資源を純生産から
融通する．
-
余った資源を新しい当年生茎の
生産に充当する．
-
当年生茎に回す資源を
個別の当年生茎として分割する．
分割するサイズは
各当年生茎の「生長速度」
で決まる．
その速度分布は
観察されている当年生茎の
速度分布を流用する．
- よくわからんけど，
材密度は個体ごとに固有ということで．
そーすると，
実験区のほうが多少密になるワケですか．
で，
長さは「速さ」とセット．
一緒に分布からひろってくる．
これで
「速さ」→ (太さ・長さ) → 体積 → (材密度) → 茎重量
とつながりますかね．
- ま，
あと三次元樹木図を作れと言われるだろうから，
例のいんちきな親-子分配法で当年生茎を
一年生の先端にでもくっつけてやればよろしかろう．
観察されてる速度分布からリサンプリングするので，
上記分配法は破綻しないのである．
なぜ，
親子関係づけが処理の末端に位置してるかというと，
こんな怪しげなサブモデルに樹木個体の挙動を
左右されるのはイヤだから，
である．
- 観察されたというか強引に算出された速度分布から
リサンプルするとなると
……
実験区では「遅い」個体が増えるだろうな．
そうか．
このあたりを
生産率に反映するようなモデルにすれば
……
- それはともかく，
その生産率なるものを推定する Perl スクリプトでも
書いてみますか．
- ……
なんてのは
面倒だなぁ，
とネット上に逃避してると
……
お，
オアフ島沖の <LosAngels> 級原潜と
日本の水産高校実習船の衝突事故報道に隠れるよーに
……
バレンツ海に沈んだ
<Krusk>
はやっぱ魚雷自爆でした
って
……
うーむ，
ロシア人め．
なんていんちきな．
さんざん衝突説・陰謀説を連呼してたくせに．
- 生産率推定用兼シミュレイション用の
茎クラスをぢりぢりと書き始める．
今回は All Perl な方針なので，
この「Perl モジュールでクラスを書く」
という作業に
面倒感がつきまとうのである．
Perl でオブジェクト指向じみたことをやると
あまり楽しくない．
すでにいくつか「ニセ」アカマツ用の
モジュール書いてんだが．
- とりあえず茎クラスが生産率推定に使えそうなところまで
書けてテストできたので帰宅準備．
腹減った．
1805 研究所発．
モノレイル駅で定期券買う．
一月分 10300 円．
久しぶりに浜松町の本屋 dan に寄る．
付け焼き刃的ながらデータベイスに関する
かなり初歩的な解説書を買う．
1830 東京モノレイル浜松町発．
1900 帰宅．
- またまた晩飯食ったら 2 時間ほど寝てしまった．
そして「ニセ」アカマツの
生産率推定スクリプト書きがなかなか進まない．
-
Tu-22
が北海道付近にて領空侵犯という報道．
うーむ，
ロシア人め．
どうせ来るなら私が札幌にいるあいだに
北大上空を航過しろ．
見たかった，
ツポレフの超音速爆撃機．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 2. Structures and patterns of population processes
- 2.2 Pure density-dependent process
- 2.2.5 Nonlinear second-order process
- 2.2.6 Higher-order process
- ふつーな第 2.2 節もようやく終わりである．
まず 2.2.5 ではやはり
X(t) = f( X(t-1), X(t-2) )
なんだけど f() が非線形な関数である場合について，
計算例が紹介される．
というのも，
非線形な場合はあまり記号操作的な解析は
有効ではないからである．
線形な場合との対応をよく考えられたパラメーターセットで
もってあれこれと計算．
非線形なのでカオスみたいなのが出る場合もあるけれど，
著者は
こういうのは面白いけど
実際の個体群ではカオスなんて稀じゃなかろーか，
という冷静な見解を述べる．
このあたりはハヤりものに弱いモデル屋たちとは
一線を画している．
つづいて長い 2.2 の最後に位置する 2.2.6 では
三次以上の動態が紹介されそうになるけれど，
二次以下の動態をこよなく愛する著者によって，
ごくあっさりと切られておしまい．
- 今日の食卓
- 朝 (0800):
米 0.5 合．
一昨日の豆腐トマトソース残り．
- 昼 (1215):
弁当．
米 0.9 合．
一昨日の豆腐トマトソース残り．
- 晩 (1930):
米 0.6 合．
豆腐・葉タマネギ・シイタケ・麸の味噌汁．
煮干だし．
だしがらも食う．
ホウレンソウおひたしサバぶし麺つゆ味．
お，
久しぶりに一汁一菜が実現．
2001 年 02 月 15 日 (木)
- 0730 起床．
なんか 0400 すぎまで寝つけなかった．
その前に寝たむくいか．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
ひげそり．
- 0810 自宅発．
晴れ．
燃えるゴミだし．
0825 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 0 ℃．
晴れてると気温低いのか，
やはり．
0845 研究所着．
- 来月下旬の報告会とやらで発表せねばならんので，
英文 title をでっちあげてみる．
メイルでグループ長の甲山さんにおうかがいをたてる．
- いつも浜松町では，
独房内の自作闇ネットにつなげた ThinkPad を
BookPC の液晶ディスプレイ上の
ターミナルに呼び出しているんだが
……
その ThinkPad 内の
vim を使ってると Backspace が
Delete のように動作することがある．
stty -a
してみると
erase = ^H
というふうに割り付けられている．
これで良いはずなんだがなぁ，
と思いつつも，
stty erase ^H
(最後の ^H は Ctrl+v, Backspace で入力)
定義しなおしてみると，
vim 内で Backspace 機能するようになった．
うーむ ?
- 明日，
つくばの森林総研のデータベイス会議で
小川シミュレイターの簡単な紹介 (15 分)
をやらねばならんので，
先月末の研究発表 HTML ペイジ生成システムを流用する．
いやはや．
近頃は使いまわしばかりだな．
ある意味，
効率的ではあるが．
新しくて楽しい movie クリップファイルでも
作ってみたいケド，
その時間なさそう．
- movie と書いたとたん
「そういや ImageMagick と連動する mpg 作成ツール
を入れてなかったな」
と気づく．
なんとなくインストールしておかないと
落ち着かなくなったので，
ring.crl.go.jp の ImageMagick ディレクトリから
mpeg2vidcodec-1.2-1.src.rpm
を拾ってきて rpm --rebuild．
試験運転してみる．
- 報告会 title を事務担当の女性に送る．
「おひさしぶりです」
という返事をいただき，
顔が思い出せなくてアセる．
こっちじゃなくてシーヴァンスにいるヒトだから，
たぶん昨年の 6 月にお会いしたんだろう
……
- 森林総研行きの経路を確認しておいたほうがよさそう，
ということで，
浦口さんに先週教えていただいた
goo の路線 & 時刻表
を調べてみる．
これは到着時刻と料金が同時にわかるので便利である．
その前に JR 牛久駅 → 森林総研のバスを調べてみるか．
関東鉄道バスのいいかげんなサイトはあてにならんので，
筑波大の院生が作ってるペイジで調べる．
1000 までに現地に着きたいなら，
どうも確信もてんけど 0910 発に乗ればよいらしい．
ま，
ダメなら徒歩 (30 分ぐらい だったか)
かタクシーだ．
では，
0910 までに JR 牛久着するには
……
0742 JR 大森 → 0817 JR 日暮里 → 0907 JR 牛久，
かな．
少し早起きせんといかん．
JR の運賃は 1110 円．
- 明日の会議用の研究紹介ペイジをまとめていく．
気分を変えるためにスタイルシートを変更．
背景色を白にしたので，
文字色もそれにあわせていく．
とにかく時間が限られているし，
データベイス構築の専門家つまり
生態学非専門家も聞き手に含まれているので
細かい話はどんどん削る．
- 最後のほうのクリッカブルマップ用の図を
日本語化したところで，
昼飯休み．
- 昼飯食ってからも明日の準備が続く．
自分で書いた英文を読んでると
アタマが痛くなってくるので，
どんどん日本語に置き換えていく．
- なんかいまいちだな．
データベイス屋たちには何を見せたら
ウケるんだろうか．
とはいえ，
明日は森林のヒトも来れば
統計学な御仁もいるんだよねぇ．
- 発表の準備のかたわらで
シミュレイションでもやらせて新しい movie でも
作ろうかと思ったんだが，
えらく時間がかかる．
やはり 4 倍増すなわち 20000 本を一編に計算
するのは苦しいのか．
「科学」〆切に終われていたときは，
これでよく間に合ったな
……
そうか思い出した．
樹冠モジュールが多すぎるんだな．
開空度のつじつまあわせで
いまそういうドつぼにハマっているんだった．
そうだそうだ．
- 1530 発表の体裁はひととおり整ったけど，
小川シミュレイションはまだまだ時間かかりそうだ．
中断を発令．
例の開空度あわせる試行で
樹冠モジュールの数がかなり増えてしまったのが
原因である．
ということで，
やはり開空度計算部分は全面的に修正されるべきだな．
見通しは立っている．
しかし，
今月末ぐらいまでになんとかなるだろうか．
- 発表の準備のほうは限界効用に到達した
(と，
こういうときだけ怪しげな進化論・経済学用語を
用いる)
ことにして，
まだ個体ごとの生産率 (とか呼ぶことにしてる変換率)
すら計算できていない「ニセ」アカマツの作業に
復帰しますかね．
- ……
とその前にまた明日のバスの時刻を
調べ直してみると
……
あ，
やっぱり
森林総研の web site にあった
か．
で牛久発のバスの時刻は
……
0900 かな?
いや，
まぁ早起きもしんどいので
0920 にしてみよう．
すると大森発は
……
0747 でも OK かな．
常磐線ってけっこう頻繁に出てるのね．
ならば自宅発は 0720 でよゆーだろう．
でも結局，
起床は 0630 ごろになりそう．
- 1715 言うところの生産率が出た．
曝露実験区 4 個体の当年生茎は
一年間に自分の重量の
{ 3.3, 3.3, 3.5, 5.2 } 倍の
生産を行っている
(それらは個体の各部に配分されたり，
新しい当年生茎を作ったりする)．
それに対して対照区では
{ 4.3, 4.9, 5.4, 6.0 } 倍だ．
当然ながら対照区のほうが大きそうな値のセットになった．
そうなるように「生産率」というのを定義してるんだから．
- 平均値を計算して「検定にかける」ことに
研究の喜びを見出している
全国 65536 人の生態学者の皆さん．
まだがまんです．
さらにこの差を拡大するような
シミュレイションによる追撃戦が先です．
もし処理区ごとの平均を計算する必要あるなら，
それは最後の最後に行うべきです．
- えーと，
生産力の高い個体ほど，
新しい当年生茎の生産に充当する
割合が増えているようにみえる．
つまり，
よゆーあったら
先端の生長にまわすってことで OK でせう．
- 腹減ったから帰ろうかな．
1800 研究所発．
本屋 dan で今日は MySQL 本を買う．
1818 東京モノレイル浜松町発．
1850 帰宅．
- 晩飯食ってから買って来た MySQL 本をぱらぱらと見る．
これは明日の森林 DB 会議とは直接関係ない．
とはいえ，
昨日買った「図解でわかるデータベースのすべて」
(小泉修，1999 年，日本実業出版社，2500 円)
の影響はある．
こっちは非常に分かりやすい入門書だったので，
「なーんだ SQL だの
りれいしょなるでーたべいす (RDB) なんて簡単ぢゃん」
という気分になって，
これは自分の仕事に使えるかも，
と買ったのが今日の
「MySQL 徹底入門」
(日本 MySQL ユーザー会，2001 年，翔泳社，3200 円)
である．
- この MySQL 本は新しいだけでなく，
PHP, Ruby, Perl, Java といった言語との
インターフェイスのサンプルコードもたくさん載せているので
なかなか使えそうなものである．
たぶん呪われ言語 C++ からも使えるんだろう．
- えーと，
簡単に解説しておくと SQL というのはデータベイス用の言語で
ISO や JIS で規格化されてるものです．
データベイス定義・データベイス操作・トランザクション管理の
機能があります．
この言語はフリーな Data Base Management System (DBMS)
である MySQL や PostgreSQL
あるいは有料の DBMS で利用できます．
いろいろな DBMS があるわけですが，
私が予測するその使い分けは
……
-
Berkeley DB
:
すごく単純で高速な DBMS．
SQL ではなく独自の関数群で操作する．
使えるデータ構造は (key, 値) のペアだけである．
自作プログラム内あるいは
プログラム間でちょっと多量のデータを
やりとりするときに使えそう．
-
MySQL
:
もうちょっと規模大きく複雑なデータ構造をもつ
毎木調査データや
シミュレイションなんかの大量の計算結果の
収納に使えそう
(ただし同時に利用する人数が少ない場合)．
- PosgreSQL:
利用者が多数になったらこっち．
- その他有料のもの:
機能的には PostgreSQL と変わらんみたいだし，
値段も高いので使う機会はなさそう．
……
というところだろうか．
MySQL は速さ・手軽さ重視で，
PosgreSQL は安全性と堅牢さ重視というかんぢである．
- お勉強すると眠くなり，
ふと目をさますと時刻はすでに 2330．
うう．
2 時間ほど寝てしまった．
- ここに
「Perl でおぶじぇくと指向するのはめんどう」
みたいなコトを書くと，
案の定
Ruby 過激派生態学セクト
から
Ruby おススめの脅迫じゃないえー忠告のメイルをいただく．
さうですね．
私ごとき
サボることばかり考えてる
いんちきオブジェクト使いには，
もはや Ruby 使用は避けられないような気がしますね．
と 2 年前の まつもとゆきひろさん北大講演会において，
Ruby 作者に愚かしい質問を発した私は思うのでありました．
- メイルなど書いてるとすでに時刻は 0220．
4 時間後に起床，
か．
今日のろーどくは無し．
うーむ．
- 今日の食卓
- 朝 (0750):
米 0.5 合．
昨晩の味噌汁の残り．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
ホウレンソウおひたし．
サバぶしあえ麺つゆ味．
- 晩 (1920):
米 0.7 合．
切り干しダイコン・チンゲンサイ・葉タマネギ・
ワカメ・シイタケの味噌汁．
煮干だし．
ここまで来ると具だくさんというより
単に乱雑なだけだなぁ．
ホウレンソウおひたし．
2001 年 02 月 16 日 (金)
- 0630 起床．
- 朝飯の準備．
今日は弁当無し．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0710 自宅発．
晴れ．
0732 JR 大森着．
0734 同発．
京浜東北線．
この時刻だと全然混んでいない．
0801 JR 上野着．
常盤線に乗り換え．
0807 同発．
データベイス本読む．
- 0900 JR 牛久着．
バスは
……
なーんだ 0910 発が正解だったのか．
0910 同発．
0923 森林総研着．
[森林総研・つくば]
またお邪魔しました．
- 1000 森林動態データベイス会議始まる．
出席者は森林総研から新山さんと
実際のデータ構造策定を行う武生さん
(たきゅうさん，科学技術振興事業団所属
ということになるらしい)，
他数名．
金とヒトを出す科学技術振興事業団のお役人 3 名．
実装をする三菱スペースなるソフトウェア会社から 2 名．
あと技術アドヴァイザリー委員として，
中静さん (京大)，
山本さん (名大)，
杉田さん (愛媛大)，
島谷さん (統数研)，
小川みふゆさん (成城大)
それと私である．
- 午前中はまず新山さんが概要説明．
三菱スペースがハードウェア・ソフトウェアの説明．
Sun Workstation に PostgreSQL
(昨日のぎょーむ日誌参照)
を載せるらしい．
フリーウェアの RDBMS が使われることになるんで
ひと安心．
武生さんからデータ構造試案の説明．
あとから伺ったところでは M$-Acess 上で
試験済みとのこと．
- 午後は私が 15 分ほど
「データ公開されるとこんな研究ができます」
紹介というか食後の娯楽提供を行う．
ところで，
今回構築されるデータベイスも
某ソフトウェア依存症になってる人々の発案で
「入力は E*cel で行う」
(で，
わざわざ変換してから PostgreSQL に読ませる)
という仕様になってる．
私が E*cel を憎むことを良く知る某氏から
そのあたりの質問があったので，
「E*cel は根絶可能か」
などを呼び出しつつざっと説明．
- 1430 会議終了．
無難に終わったように見えて前途多難，
と私は見る．
やはり手元で MySQL か何かの
「ローカルデータベイス」
を作って，
森林総研のそれと連携するようにしたほうが
よさそうだ．
- 武生さんの車で牛久まで送っていただく．
1445 森林総研発．
1500 JR 牛久着．
1505 常盤線普通で同発．
山本さん・杉田さんと同道．
森林の遺伝子動態解析や
古生態学・花粉分析などなど
データベイスとはあまり関係ない話を
あれこれと伺う．
- 1600 JR 上野着．
1602 山手線に乗って同発．
まだ「勤務時間内」とやらであるが，
知らんふりして浜松町は通過．
1622 JR 品川着．
1628 京急品川発．
1638 京急平和島着．
あれこれ買い物して 1720 帰宅．
- 晩飯食ってデータベイス本読んでるうちに
早々と寝てしまった．
- が真夜中に目が覚める．
こうなるとなかなか眠れん．
- 今日の食卓
- 朝 (0640):
米 0.5 合．
味噌汁・ホウレンソウの残り．
- 昼 (1210):
森林総研食堂で
カレーセット (450 円)．
弁当持って来ればよかった．
- 晩 (1930):
米 0.7 合．
ホウレンソウおひたし．
2001 年 02 月 17 日 (土)
- 1200 起床．
また時差週末になるか．
- 知人に海賊の末裔がいる．
戦国時代の水軍として知られる
九鬼家の家臣だった一族で，
今も志摩半島にその名は残っている．
ところで，
数代前は摂津 (兵庫県) の三田 (さんだ)
が在所であった，
という．
なぜ伊勢から遠く離れた，
それも三田のような山の中に ?
- そのあたりを伺うと
「関ヶ原で西方についたため」
とのことである．
まぁたしかに九鬼家なら織田→豊臣という
しがらみで敗軍がわについたんだろうなぁ．
で，
家臣ともどもに三田に流されたわけか，
と納得していた．
- ところがところが，
今日，
歴史もの web サイトをふらふらしてると，
事態はもうちょっとややこしいものであった，
とわかった．
例えば
この解説
によると，
関ヶ原合戦において九鬼家は
(ありがちなことに)
東西に分かれたのである．
つまり「鉄甲船」で名高い九鬼嘉隆は西方につき，
その嫡子である守隆は徳川についた．
どちらが勝っても九鬼家は存続する，
という構図である．
その読みどーりに，
戦後は九鬼守隆が鳥羽周辺を継ぐことになる．
- その守隆の後継問題でごたごたしているときに，
外様大名の水軍保有を望まなかったらしい
江戸幕府が調停と称して介入．
九鬼家を分断した上でそれぞれ三田と丹波の山の中に
封じてしまったのである
(
三田九鬼藩三万六千石
などいろいろな解説ペイジが見つかる)．
九鬼久隆についた家臣たちは
三田に移ることになったのであろう．
三田の九鬼家は幕末まで存続し，
最後の藩主であった
隆義
は維新後には子爵になっている．
この人物，
なかなか面白いです．
「殿様」があれこれやるもんだから，
その家臣たちも巻き込まれたんじゃないかな
……
具体的には関西方面の教育機関，
とくにキリスト教関係のそれの設立に関与している．
このあたり，
幕末においてすでに西洋式砲術を導入していた
啓蒙君主・隆義の関心の所在らしい．
- ……
なんてことを調べたり，
本を読んだりしてるうちに一日が終わったのであった．
ああ，
研究が進んでない．
-
連絡遅れましたが 18 日 (日曜日) は
停電のため <鳳翔> 停止します．
(20010217)
- 今日の食卓
- 朝 (1130):
スパゲッティ．
タマネギ・ニンニクのキムチ味ソース．
- 昼 (1730):
米 0.8 合．
ホウレンソウの残り．
- 晩 (2330):
うどん．
2001 年 02 月 18 日 (日)
- 1200 起床．
時差週末．
しかし良く寝るなぁ．
- どーも仕事する気になれん．
こういうときは
「世界の駄っ作機」(岡部ださく著)
を読む．
ははは，
こいつら世界大戦の火急時に
何年間もヒト・カネを浪費しまくったあげくに
こんなダメダメなひこーきしか
作れんかったのか
……
とますます仕事をやる気が失せる．
- しばらくしてから気をとりなおし，
まずは生活環境の改善にとりくむ．
洗濯機をまわしつつ掃除機をかける．
流しのまわりを少しきれいにする．
風呂便所をもうしわけ程度に掃除する．
玄関わきで山積みになったままの
廃棄予定の古雑誌・古本・古紙切れのたぐいを
ヒモでしばりあげていく．
今後しばらく食べ続けることになりそうな
トマト・ホウレンソウのソースを作る．
風呂に入って少しばかり清潔にする．
夕方すぎになって遅い昼飯を食う．
ふう．
疲れた．
また「世界の駄っ作機」でも読むかな．
- 1800 すぎに <鳳翔> が復活．
かとー先生にお手数かけたようである．
- 晩飯食ってから少し気を取り直して，
現在とどこおっている仕事とは何か ?
の整理を試みる．
えーと
……
- 「ニセ」アカマツ：
動くようになるまでもうちょい．
動態モデルと形態・トポロジーを分離してるんで，
とりあえずは計算できるはずであった．
しかしよく考えてみると，
一ヶ所だけくだんのいんちきくさい
「親-子分配モデル」
が必要になる局面あり
(つまり，
トポロジーも完全無視，
とはいかない)．
このあたりを整理しないといかん．
ついでに Tree や Population クラスも
使いまわしがきくように定義しないといけない．
Perl のケガれた
おぶじぇくと指向プログラミング．
うう．
とりあえず目前の締切は
2 月 23 日の要旨提出 (3/9 報告用)．
- 開空度あわせ (小川と Serimbu)：
積木モデルが破綻したんで，
ちょっと抜本的に直さないといけない．
ここしばらく考えてみた結果，
(この期におよんでなお)
評価試験的に ``all polygon''
モデルを導入してみる，
という方針である．
Berkeley DB と連動させてみたいところだけど，
ちょっと無理そう．
しかし何もかも三角ポリゴンにすれば
障害物オブジェクト数は
ずいぶんと減じるはずなので，
現状の evision →
voxelmap (vitmap とでも改名するか) →
vit の枠組で処理できるだろう
(例によって無理矢理になるかもしれんが)．
とりあえず目前の締切は
3 月 2 日の要旨提出 (3/22 報告用)．
これが一番危ない．
- 某氏の陰謀により査読がまわってきている．
国外の植物生態学雑誌である．
締切は月末．
- 6 月にあるという
多様性がらみのあやしげな会議対策．
これは個人的には「敵中孤立，孤立無援」と
悲愴なカクゴを決めてるものである．
にもかかわらず，
まだ構想段階．
……
いやー，
今回は生態学会大会に申し込まなくてホントに正解だった．
そういう予感，
ありました．
整理してみると，
いろいろと追い込まれつつありますね．
- ……
と整理したものの，
夜になってから終わりの見えていない作業には
なかなか着手できない．
うう．
- うろうろしてるうちに九大山岳部関係の面倒なメイルが来て，
そちらに関する調査など行う．
- 今日の食卓
- 朝 (1230):
うどん．
- 昼 (1730):
スパゲッティー．
ホウレンソウ，タマネギ，ニンニクの
トマトソース．
味付けは塩・胡椒・トウガラシ・固形コンソメスープ．
- 晩 (2020):
米 0.7 合．
トマトソース．
2001 年 02 月 19 日 (月)
- 0700 起床．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
シャワー．
ひげそり．
- 0735 自宅発．
晴れ．
0755 東京モノレイル流通センター発．
「ニセ」アカマツを動態モデル化する
最後のごまかしをまとめる．
よし，
これで動くだろう．
浜松町の気温 6 ℃．
0815 研究所着．
-
九大山岳部
の春山合宿計画の疑問点に関するメイルを出す．
まぁ，
どこに行くにしても危険なのにはかわりないんだが．
- 京都に出張中の某博士
(と書いたら翌日にお叱りメイルいただいたので，
今日のぶんは alias 博士=博士内定)
より <鳳翔> の
バックアップをどうこうしてくれ，
との御連絡．
あ，
DoCoMo の携帯端末からメイルをもらうのは初めてだ，
と感銘うける．
しかし先方ではそのような通信手段と日▲※○機 Exceed
(まだ稼働状態にあったのだ!)
を結びつける手段を持ってないところが
画竜点睛を欠く，
と申しますか．
いやはや，
ふつーの有線モデムも持ってないんだからなぁ．
対策をあれこれやりとり．
- 昨晩，
やりかけの仕事を列挙してみたんだけど，
甲山さんに頼まれていた生長解析のパラメーター推定の
請負仕事を忘れていた．
えーと，
今度はインドネシアの
……
中央カリマンタン Sebangau プロットか．
ともかくこいつからやっつけてしまいますか．
- ついに自ら「Ruby 過激派」を称するに至った
長谷川さん (京大・農) から
おぶじぇくと指向な毎木調査解析スクリプト
作りました，
と Perl な OOP に苦闘する私を鎧袖一触に切り捨てる
ペイジのご案内いただく．
うーむ，
やはり Ruby ですか
……
- 甲山さんから依頼の Sebangau 調査地に関して，
- 上位 44 樹種 (20 個体以上) ごとの推定
- 上位 44 樹種 を樹種を無視してプロット (6 plots)
ごとの推定
という後者は趣旨のよくわからぬ計算をやる．
以前に作った熱帯林推定用システムの
(なんか考えの足りなさそうな)
流用である．
tar.gz で固めて <鳳翔> 送りに．
- ちょうど昼飯どきに片づいたので，
一休みする．
- ネット上の新聞読むと
……
宮崎シーガイア倒産，
ですか．
全国的には「なにそれー?」な報道だろうが，
バブル経済末期 (1990 年代初め)
のころに九州にいた人間としては
「ああ，とうとう
……
やはり」
といった感慨ある．
次は長崎オランダ村か，
福岡ドームか，
諌早干拓事業か，
天草の橋梁群か，
九州自動車道・新幹線の延伸か
……
- さて，
午後の仕事である．
「ニセ」アカマツの要旨をでっちあげられるようにしたい．
三次元作画などは後まわしでもよく，
「動態エンジン」とでも呼ぶべき部分が動くようにしなくては．
- で，
その部分について整理してみよう．
『』内はすでにモデルを使って計算した定数やら関数である．
- 当年生茎だけが「生産」を行う．
これは個体ごとに固有な『生産率』
に当年生茎の重量をかけたものである．
その合計を「純生産」とする
(総生産は不明)．
- どの齢の茎もそのひとつひとつに固有な
『生長速度』
に従って肥大生長する．
長さは変化しない．
体積変化と個体ごとに固有な『密度』から
「重量増分」が決まる．
- すべての茎の重量増分が純生産から引かれる．
- 既存の茎の齢を一つ増やす．
- 残っている純生産の全部が，
新しい茎になる．
- 新しい茎の (『生長速度』，長さ) セットは
「当年生茎集団」から
重複を許してサンプルされる．
この「当年生茎集団」は個体ごとに
固有でかつ不変であり，
その実体は観測された中では最新の
(つまり実験処理の行われた)
当年生茎からなるものである．
- ただし，
上の (『生長速度』，長さ) セットを
選択するに先だち，
新しい一年生茎を「親」とする
「main stem になりうる子供」の茎を
「純生産」からぬいておく．
この条件を満たす当年生茎もまた
「当年生茎」からランダムにサンプルされるが，
その条件は親の『生長速度』より小さい，
というものである．
なお，
「main stem になりうる子供」
を見つけられない親の「伸長」
(子孫にあたる茎を増やすこと) はそこでストップ
(不自然ではあるけれど肥大生長は続けるか?)．
- 「main stem になりうる子供」
を選抜したあとに残った純生産は
「もう当年生茎が取れない」
ところまでサンプリングを繰り返す．
これらの当年生茎を全てあわせたものが，
新しい当年生茎となる．
- 新しい茎はその固有の『生長速度』にしたがって
一年分肥大生長させる．
長さは固定．
- 時刻を一つ進める．
1. に戻る．
こんなんでいいのかな．
これでは樹木の自己破産を食い止めるような機構がない．
まあ，
それもよしとしよう．
- 真面目なる小林さんからの慨嘆メイルによると，
全国的に「ニセ」樹木ブームのきざしがあるらしい．
とりあえず「ニセブナ」が某所で作られたそうである．
- 事務の方からの一斉通達メイルから憶測するに，
ここ住友浜松町ビルにおける
「昼飯覇権をめぐる弁当屋どうしの闘争」
はますます熾烈の度合を強めているようである．
しかし貧乏な私は 400 円の弁当を買うことができないので，
嵐の外から傍観するばかりである．
- 「ニセ」アカマツだけど，
まずは先日作った RedpineStem クラスを「持つ」
RedpineTree クラスを定義しないといけない．
とほほ．
まーた bless とかやらんといかん．
- ぢりぢりと RedppineTree クラスの
Perl モジュールを書きすすめる．
なんか眠い．
- 京都方面に出没してるとウワサの某博士は
某過激派「生態学セクト」
長谷川さん
の本拠地をホントに襲撃したあげくに，
ネットワークを強奪，
さんざんな狼籍におよんだらしい
(未確認ながら続報によると，
例によって
ジャイアニズム
的な理念を掲げつつ，
たちまちにして先方の最高速計算機の領有化ならびに
院生たちの「奴隷」化まで
すでに宣言してしまった，
とか)．
なんて恐ろしい．
いつになったら世界平和が実現するのか．
被災者からの報告メイルは
私の心胆を寒からしめるだけでなく，
当方への怒りに満ちた抗議声明をも含むものであった．
いや，
まぁ確かにその手引メイルを
某女性博士のけーたいに送信したのは
私なんですけどね
……
- 1815 よーやくにして，
「ニセ」アカマツ個体を初期化
(生産率の推定など)
ができるところまで，
RedpineTree クラスを書けた．
腹減ったから帰ろうかな．
rsync を駆使して
BookPC と ThinkPad の間で同期をとる．
- 1825 研究所発．
浜松町の本屋 dan により，
戦火の下で行方不明の長谷川導師
(いやセクトを率いてるから指導者かな)
の安全祈願ということで
「オブジェクト指向スクリプト言語 Ruby」
(まつもと・石塚著，4000 円)
と「バージョン管理システム (CVS) の導入と活用」
(鯉江・西本・馬場，2800 円)
を買う．
散財だなぁ．
しばらく本・雑誌は買わずにすませたい．
1858 東京モノレイル浜松町発．
旧東海道商店街でキャベツ一個とコマツナ一把買う．
合計 380 円．
1930 帰宅．
- 晩飯食う前に久しぶりに体重計に乗ってみると
……
70.2 Kg．
極度の運動不足が続いてるわりには，
増量してない．
むしろ前回測定したときよりは減じているようだ．
- 悪しき生活習慣で，
晩飯食ったら 2 時間ほど寝てしまう．
- さーて，
夜中になると目がさえてくる．
今日も「今日のろーどく」は中止になってしまうが，
もう少し「ニセ」アカマツを進めんといかん．
- 今日の食卓
- 朝 (0710):
米 0.8 合．
トマトソースの残り．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.9 合．
トマトソースの残り．
- 晩 (1950):
スパゲッティー．
トマトソースの残り．
これで終わり．
なにも連続して同じものばかり食うことないか．
2001 年 02 月 20 日 (火)
- 0730 起床．
すっげー眠い．
2 時間ぐらい寝たか．
明け方まで「ニセ」アカマツに苦闘していたのである．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯
……
朝飯食いつつ昏睡してしまった．
インターホンの音で目がさめる．
0815．
おお．
戸外には宅急便屋．
東京めたりっく通信
からのあやしげな荷物を渡される．
叩き起こされたのと宅急便を受け取ることができたので，
ケガの功名というか不幸中の幸いであった．
- 0825 自宅発．
曇．
少し急がんといかん．
0839 東京モノレイル流通センター発．
ふう．
これに乗れば 0850 に東京モノレイル浜松町に着く．
浜松町の気温 4 ℃．
0855 研究所着．
なんだ他の独房にはまだ誰もきてないなぁ．
- う．
眠くてなかなか仕事にとりかかれん．
- 昨日書いた「ニセブナ」作者
(ばらしてしまうと，
岐阜大流域環境研究センター
の村岡さん)
からメイルいただく．
それによると，
「ニセブナ」では
HemiView
で推定した光分布から，
Yplant
を使ってブナの実生に必要な光量を計算しておられるらしい．
上記 Yplant ペイジからリンクをたどると
いろいろと面白いペイジが見つかり，
たとえば
Virtual Plant Images
なんかに感銘うける．
「ニセ」植物界はますます発展しつつあり，
こちらもがんばらなくては，
と思う．
- 「ニセ」アカマツぢりぢりと進める．
複雑なモデルである．
光量計算や三次元構造などは考慮されておらず，
樹形構造も無いに等しい段階なのに，
RedpineTree クラスの Perl モジュールは
かなり面倒になりつつある．
今まで作ってきた「親-子分配」のコードなどを
バラしてモジュール化してしまう．
分配専門 (というかもはや単なるチェック用) の
スクリプトから分配関数を呼び出す場合には
RedpineTree::rebuild というふうにパッケイジ名
RedpineTree をつけて呼び出すようにする．
- 西日本方面から
文字化けメイルが来信．
フィルターかけて解読すると，
「激怒」と書かれた
ジャイアニズム
的 (今回は「のび太のくせに」論法) 内容．
当方の生命の危険を感じさせるものであったので，
ただちに昨日の
「ぎょーむ日誌」
の表現を一部改竄して再アップロード．
- 平常心を回復させつつコード書きの続き．
- しかし RedpineStem クラスを少し直したところで昼飯．
眠い．
- 午後も「ばらばらになった複数の土器の破片から
それぞれ復元するような」作業が続く．
なーんか挙動ヘン，
と思ったら
……
「一年生茎と二年生茎のあいだの不整合」
か．
そう，
いままでの rebuild では
「当年生と一年生の間の整合性」
しかチェックしてなかったんだよね．
- どうしよう．
問題を起こすのは全部で 796 本ある茎のうち
2 本だけなんだよね．
これって一番根本の茎からちょろっと出てる
変なやつじゃなかったかしらん ?
[変なやつ，2 本]
報告 2001.02.06
から抜粋．黄緑の
age2 に 2 本だけ
とても生長の遅い
やつがいますよね
(横軸が生長速度)．
- しょーがないなぁ．
この二本は「子供 (の茎) なし」だ
……
というふうに対応するように
分配の関数を書き換えるのは面倒なんだけど，
他にやりようがない．
- 1450 そのように修正終了．
ちょっとマズいのは，
この子供無し (すなわち葉っぱ無し) 茎は死なずに
肥大生長は続けてしまうんだよね
……
いまは無視するとしよう．
しかし，
動態モデル化したときに，
「main stem たる子供を見つけられなかった親」
問題が深刻になるかもしれんなぁ．
「無相関」標榜する「ニセ」アカマツモデルなんだけど，
あえて軽視しようとした「親-子の対応のつけかた」で
つまづくのかも．
- 「茎 id」の打ち方を変更して
細かいバグを片付けるのにさらに一時間．
- コード書きの合間に「ニセブナ」作者の
村岡さんとやりとりが続く．
たいへん勉強になる．
そう，
独房の中であってもネットのつながるところとは
議論可能なのである．
- 「ニセ」アカマツの生産・生長をあずかる
Production，
DiameterGrowth
といった関数を書いていく．
このへんは単純，
というかようやくにして
(ま，オブジェクト指向というほどではありませんが)
クラス化してオブジェクトに
自分自身の挙動情報を与えているご利益がでてきた．
どちらの関数もすでに RedpineTree 内に
行儀良くおさまってる RedpineStem を呼び出したり，
現時点での重量を自己申告させたり，
加齢したりするだけである．
- ためしに一年分だけ生長させてみるか
(新しい茎の生成はまだできない)
……
おお，
動いてる．
ここまで (バレにくいよう工夫した)
うそを積み重ねてきたので，
当然ながら曝露実験区より対照区のほうが
およそ数倍程度の同化物を当年生茎の生産に回してるな．
よしよし．
はたしてこの先どのような計算結果になるのか，
私にも見当つかない．
しかし，
今まではまったく静止していた闇の中で何かが胎動しはじめた．
とりあえずはこれで良しである．
- と感慨にふけってると，
甲山さんから意表をつくメイル．
昨日作った Sebangau 調査地の
生長パラメーター推定システムに関連するもの．
(甲山さん偏愛する)
直径のマイナス生長 (つまり樹木の痩せ)
が非常に少ない．
これは「きれい」すぎるのではないか．
- あー，
まためんどうなことを発見するなぁ．
しかし私の作ったフィルターに問題あったら，
そういう変な結果になるかもしれない
(そしてもうひとつの可能性は観測したヒトたちが
そうなるように樹木の胴まわりを測った，
というものである)．
白黒つけねばならない．
わっ，
歯医者タイムまぢか．
おおいそぎで grow_sbg.tar.gz を展開．
問題のありそうなところをざっとみる．
うん OK
……
と思ったら一ヶ所だけよけーな割算やってやがる．
つまらん間違いだなぁ．
修正．
しかしこれは直径差の正負には関与しない．
- うーん．
いったい何本マイナス生長してんの?
負だったら warn で警告を出すようにする．
make all (全処理行程を全自動で実行せよ)．
途中経過がスクロールしていく．
第一段フィルター通って第二段．
ここだ．
ありゃ．
マイナス生長してるのは実質上なし，
か．
- よくわからんまま，
ふたたび grow_sbg.tar.gz に圧縮して <鳳翔>
に送る．
まだちょっとよくわかりませんメイルも送信．
今日はここまで．
rsync で BookPC と ThinkPad の同期とって，
(電池が壊れている)
ThinkPad を机上闇ネット経由で shutdown．
- 1733 研究所発．
1738 JR 浜松町発．
また人身事故らしいが特に遅れもなく JR 大森に着く．
1755 歯科医院着．
すぐに診療室へ．
今日はセラミック歯の「仮どめ」ということらしい．
歯科医の先生ではなく，
歯科衛生士のおねーさんが接着剤こねたり，
ドリルで義歯を成形してみたり，
私の上顎にそれをはめこんだり，
はみ出た接着剤 (? と思うんだが) をこそげ落したり
……
とほとんど口内工作である．
一週間ほど試用してみて問題なかったら
本格的に装着するらしい．
1820 歯科医院発．
すでに大金を支払ったあとなので，
今日も追加料金は無し．
野菜など調達して
1850 帰宅．
- 晩飯食ってから今朝届いた
ADSL モデムの設置に取り組んでみる．
これは東京めたりっく通信から貸与されたもの，
ということになっている
(ADSL モデムは未だに市販されていないため)．
- なぜ自分でとりつけるのかというと，
今月 (2 月) から
「電気通信端末機器審査協会 (JATE)
の認定は，DSL モデムが第一種電気通信事業者
(NTTなど) のネットワーク
に接続されても障害などを誘引しないことの確認であり，
DSL 事業者のサービスの提供の可否が
確認されるものではありません。
ただし，この認定により，従来は認められていなかった
「お客様によるモデム，スプリッターなどの接続工事」
("DIY" (Do It Yourself)) と称します）
が可能となります」
とワケわかんないが，
めたりっくから取り付け要員を派遣しないから，
客が自分でやれ，
ということである．
たしかにそのほうが便利だ．
- 当家の変てこな配線状況を勘案しつつ，
機器の配置をあれこれと工夫する．
[ADSL モデム一式]
これで 1.5 Mbps の
通信速度が実現する
ハズであるが ……
- さて，
配線は終わったものの問題はソフトウェアである．
東京めたりっく通信の ADSL 接続は
PPP over Ethernet (PPPoE) なる方式のようである．
で，
その CD-ROM が付属しているんだけど，
これがまた例によって，
M$-Window$9x 用と Mac 用しか入っていない．
- そこで，
相変わらずアナログな PPP 接続で
Linux で ADSL してるヒトの解説ペイジ
読んでみたり，
Linux 用の PPPoE である
rp-pppoe-2.8-1
の srpm (101 KB) をダウンロードしてくる．
- ここで気をつけねばならないのは，
ppp-2.7 以上を rebuild に
先だってインストールしといたほうがよさそう，
ということである．
これは
rp-ppoe の rpm --rebuild するときに /usr/sbin/pppd を
探索して見つからなかったら，
adsl-setup などのスクリプトに NOTFOUND といった
値が書き込まれてしまうからである．
私はふだんは pppd ではなく ppxpd をつかってるので，
このあたりでちょっとマゴついてしまった．
- さーて，
/usr/sbin/adsl-setup でかなりでたらめな設定をして，
/usr/sbin/adsl-start で接続できるか
……
と試行してみたけど，
まだダメであった．
とりあえず近日中に別便で届くという
接続開始に関する書類なんかの到着を待つことにするか．
時刻はすでに 2200．
- ここでちゃんと仕事すればエラいんだろうが，
そうはならずに Ruby 本などに逃避してしまうのである．
- なんか脳内白濁してきたな．
今日はもう寝ようかな．
うう．
いろいろとやりのこしてることあるような．
- 今日の食卓
- 朝 (0740):
米 0.6 合．
コマツナを茹でてサバぶし・麺つゆ・
キムチの素で味付けしたもの．
- 昼 (1215):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じコマツナ．
- 晩 (1940):
米 0.6 合．
キャベツ・ニンジン・シイタケ・豆腐のカレー．
[重さと材密度]
[茎と葉の重さ (当年生)]