ぎょーむ日誌 2001-02-(01-10)
2001 年 02 月 01 日 (木)
- 0700 起床．
6 時間ぐらい寝たかなぁ．
やや眠い．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0800 自宅発．
曇．
0815 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 4 ℃．
0835 研究所着．
- APM だか電池だかがかなり壊れ気味の
ThinkPad 560E のハードディスクからかすかな異音．
そろそろやばくなってきたかな ?
- 出張報告書など書く．
- 何ゴトも究めずにはいられない
長谷川さん (京大・農) が
林学会大会の講演要旨用の
pLaTeX スタイルマクロ
を公開しておられる．
林学会は今後も出席予定とかないけど，
スタイルマクロの書き方はとても参考になります．
- 北大・地域生態系学講座のメンバー表など
少し手直し．
これで雑用は終了かな．
あ，
変なのがもう一個残ってた．
- 広島での議論をメモにまとめ直そうとしてるうちに
午前中終わってしまう．
- 弁当食いつつ久しぶりに netnews 読む．
ニュースグループ fj.rec.sf において
軌道エレヴェイター話もりあがってる．
- うおお，
なんとかつて日本語による rogue の解説本が存在し，
しかもそれがいまや
ネット上で公開
されていたとは !!
……
失礼しました．
Rogue (
こんなかんぢ
)
とは，
私がときどき多大の時間をばかみたいに浪費してしまう
Nethack という
心イヤシ系ならぬ心スサミ系の
ゲイムの祖先にあたるものです．
どうもその後の調査 (?) によると，
現在出回ってる計算機上のろーるぷれいんぐげいむ
の大半はこの眷族から影響うけてるようですなぁ．
いやいや逆方向の影響も多大でしょうけど，
くわしく調べてないんでわからない
……
なにしろ主要な参考資料が吉田戦車の
「はまり道」
なもんで．
- 午後もぽつぽつと散発的に生じる雑用を片付けつつ，
アカマツ個体モデルの強引なアイデアを
強引に見えないようにまとめよう，
と努力してみる．
- 横に出る枝は「側枝」
……
ならばまっすぐ伸びるのは ?
……
「主軸」だろうか．
側枝と主軸．
なんか対応がよくないような．
ふだんはブックエンドにしかなってない
岩波「生物学辞典」を調べると
……
「主軸」でよさそう．
ただしそれに厳密に対応するのは「側軸」
のようだ．
しかし側枝しか聞かんなぁ
(おそろしいことに
強化 canna 辞書は側枝・側軸という変換をする
……)．
主枝ってのはヘンなんだろうなぁ，
きっと．
- 北大のメイルサーヴァーまわりのちょーし悪いらしく，
早朝に<鳳翔>から発信された
定時報告メイルが 1400 ごろになってこちらに届く．
- アカマツモデル考えてるうちに，
「太さの距離」とかそれによって決まる確率，
とか必要になってくるらしい，
とわかる．
どうして私が係わると何でもかんでも
確率論的モデルになるのか．
あ，
しかし PipeTree は今のところ
完ペキに決定論的だな
(あわせるべきデータないから)．
- 以前に浦口さんから教えていだたいた
gnuplot ワザなのだが
……
plot '< grep tree2234 data.txt | grep age0' u 1:2 w lp
てなふうに，
リダイレクションというかパイプ的な処理が
plot 行内でできてしまうのである．
- そういうのを組み合わせて図を表示してみると
……
実験に使われた全てのアカマツ個体において，
一年生シュートの一番細いやつでも，
当年生の最小シュートよりは太い，
とわかって安心．
あ，
でも考えてみれば必ず「子」のいる
一年生シュートばかり測ってるんだから，
「必ず細いのがいる」
とは当り前の結果なのか．
- 茎の「太さの差」というものを
確率で表現できないか，
というアイデアにとりつかえれる．
直感的にはなんか良さそうなんだが
……
りくつがわからん．
- とトラップされてるうちに歯医者にいく時刻．
1735 研究所発．
1741 JR 浜松町発．
1751 JR 大森着．
1758 歯科医院着．
1808 診察室へ．
今日は歯科衛生士のおねーさんが
私の口内で何やら工作作業を．
事後の説明によると，
小臼歯に開けられた大穴を修復する「土台」
を埋め込んだとか．
ということで，
明日もまた通院しなければならぬ．
今日の診療費 1190 円．
1820 歯科医院発．
歯科医院において
恐怖を超克した俎上の鯉状態で冷静に考え始めたところ，
今回の問題は「確率で距離を表現」
というようなモノではなく，
たたみこみ (convolution) のようなものを考えてるんだ，
とようやく理解できたのであった．
買物などして 1850 帰宅．
- なんか仕事がはかどらんな．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 2 Structures and patterns of population processes
- 2.1 Introduction
- 2.2 Pure density-dependent processes
- 2.2.1 Order of density dependence
- 2.2.2 Linear first-order processes
- その驚くべき独創性に満ちた第 1 章をして
読者を翻弄せしめた蝋山本も
第 2 章の出だしはごくふつーの一次元の
離散時間の個体群密度動態の紹介である．
しばらくはふつーの話が続く．
- 今日の食卓
- 朝 (0730):
米 0.5 合．
ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・
あぶらあげの炒めもの．
- 昼 (1215):
弁当．
米 0.9 合．
朝と同じ．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
キャベツ・シイタケ・豆腐の雑炊．
キムチの素で味付けした安直なるもの．
2001 年 02 月 02 日 (金)
- 0700 起床．
0100 ごろに寝たか．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0745 自宅発．
曇．
0802 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 3 ℃．
昨日から考え続けている
アカマツ再構成の確率論的モデルの
アイデアが徐々にまとまってくる．
0820 研究所着．
- 来週に北大出張せんといかんようなので，
書類書き．
- そういうものの複写を取ろうとしたら，
複写機が重篤なジャミング故障．
事務の人に手伝ってもらって直す．
- 書類書き終えて，
「ニセ」アカマツ再構築にとりくむ．
「当年生・一年生の stem サイズ分布は一定」
に続いて，
また新しいインチキ仮定を導入しなければならぬようだ．
すなわち「非同化部分 (葉っぱじゃないとこですね)
は (推定しようのない) ある率の維持コストがある」
というモノだ．
この率はホントに推定しようがない．
- いや，
待て．
ひょっとすると上述のいんちき維持コストはいらんかも．
それぬきでモデリングしてみよう．
- 再構成系はメドがたってきた．
ここでいうサイズとは茎の基部直径である．
- サイズの小さい親 (茎) から
順に子供茎集団の中から主軸を選ぶ．
- 主軸のサイズは親よりも小さい．
- 親サイズに近いサイズの
茎が主軸として
選ばれる確率が高い
(親-子が似ている確率が高い)．
- 主軸として選ばれなかった (子供) 茎は
すべて側軸となる．
- 側軸に関しては子供が親を選ぶ．
- 側軸のサイズは主軸より小さい
(したがって親より小さい)．
- 側軸のサイズに近いサイズの
主軸を持つ親が選ばれる確率が
高い
(子供どうしが
似ている確率が高い)．
- 親-主軸サイズ差が大きいところに
属する確率が高い．
……
これでどの親・子供の茎ももれなく，
アカマツ分枝に関する「小林ルール」を反映させつつ，
親子の再構成ができているはず，
だ．
- これのダメなところは，
子供の配分が終わる前に
親のサイズが決められてしまっている，
ところだ
(アカマツ苗の解体データはまさにそうなってるわけだが)．
実際には親の肥大成長は子供の稼ぎに依存しているのに．
- 正当化というかいいわけとしては
……
当年生→一年生のサイズ変化は
決定論的であるというモデルなので，
上で言う
「親(一年生) のサイズに依存して決まる」
というのは，
単純な変換によって
「親になる前の当年生のときのサイズに依存して決まる」
と言い換えることができる，
ということか．
「当年生・一年生のサイズ分布は不変」
といういんちき仮定をのんでしまえば，
上の論法が使える．
- 次の問題は逆にこれをシミュレイション系に適用するところだが
……
うーん，
これは難しいな．
上のように再構成した親-子茎の関係から，
「サイズに依存した増殖率」
みたいなものを定義してやらんといかん．
しかし，
この「増殖」とは何を表すのか．
サイズか数か．
- 昼飯食いつつ考えてみたけど，
よくわからないんで，
シミュレイション系については
メドがたたないまま，
とりあえず再構成してみて，
いんちきなる親子関係を生成して
その様子を調べつつ考えてみる，
という方針で行く．
- 上の再構成ルールはろくでもないシロモノかもしれないが，
ひとつ良い点はサイズこと基部直径だけで
親-子復元を試みることができる，
という点である．
サイズ分布不変うんぬんという変な仮定も
計算には不要 (いいわけには必要になりそうだが)．
しかし「log(太さ)の差で決まる確率」
という確率分布はでっちあげねばならない．
確率というよりスコアーだな．
- さっさと終わらせたいので，
いきなり Perl スクリプト書かずに，
まずはここに
(実際には採用されないかもしれないケド)
その手続きを書いてみよう．
今日は「いそがばまわれ」というぽりしーなのである．
- rebuild サブルーチンに
@parents と @children を渡す．
- まず @parents の要素である
親に主軸を与える．
親のサイズは x とする．
すべての親に対して
小さなサイズの親から順番に:
- 総得点 total_score
をゼロにする．
- サイズ x 以下の全ての
@children 要素に対して，
size_score( x - y )
を与える．
ただし y は
子供のサイズ．
total_score +=
size_score( x - y)
- 次に一様乱数
U[ 0, total_score ]
を発生させて，
「当たり」の子供を選ぶ．
- 「当たり」の子供に
マークをつける
(これは主軸になる)．
- つぎに @children の中で
マークのついてない全ての個体
(そのサイズは z とする)
に対して:
- 総得点 total_score
をゼロにする．
- サイズ z 以上の親
(サイズ x ) と
その選ばれた主軸
(サイズ y ) に
size_score( y - z ) *
diff_score( x - y )
を与える．
total_score に加える．
- 次に一様乱数
U[ 0, total_score ]
を発生させて，
「当たり」の親を選ぶ．
- これを作ってる最中に思いついたしょうもないワザ．
sort { rand( 1 ) <=> rand( 1 ) } @list
これで @list の並びが無茶苦茶になる
(シャッフルされる)．
ああ，
しかしこれでは十分に混ざらん場合もあるなぁ．
- とりあえず主軸を選ばせる実験をやってみたところ，
- size_score は
exp( - $diff * $diff )
ぐらいが無難か．
$diff は規格化の必要なし．
- 親に関しては「小さいサイズから」ではなく，
「大きいサイズ」から選ばせたほうが
マシなようだ．
この場合，
トップ 3 シュートぐらいの
親-子対応はほぼ固定されてしまうケド．
というようなことがわかった．
小さな親に対応する小さな子供が全部出払った，
ということも理論的にはありうるのだけど，
「親に近いサイズの子供が選ばれる」という
ルールのおかげで実用上は無視
……
してよいのだろうか．
ちょっと「子供いません」チェックをつけておくか．
- ぢりぢりと進めていると，
甲山さんから面倒な最尤推定問題の発注．
ふつーのやつなら mlfitting で
(信頼性については慎重に検討せねばならんけど)
どのような確率論的モデルであっても
すぐに数値的に解いてしまうんだけど，
生長量のばらつきに加えて
測定誤差も同時に考慮しろというご注文なれば
ちと面倒ですな．
まじめに複合確率分布を計算するのは
しんどいばかり，
というかんぢなので，
「誤差カーネル」で重みづけ
(条件つき重みづけ conditional weighted か?)
して尤度を評価してみる，
ってのはどうだろう．
ともかくこのような方法が使いものになるかどうか
推定実験が必要
……
というような返信で時間をかせぐ．
- あ，
また歯医者タイムだ．
日曜日に浜松町独房群は停電になるので
独房内闇ルーターBookPC を
shutdown -h now
する．
- 1735 研究所発．
1741 JR 浜松町発．
1752 JR 大森着．
1757 歯科医院着．
1805 診療室に．
いつもは「患者回転率最大化」一点に
全ての経営努力を傾注する当医院なんだが，
今日は難しいのがいるらしく，
私はそのまま放置されて
なんと診療台上で 15 分以上待機させられる．
となりの患者のエナメル質とダイヤモンドドリルの激突から
発生する高周波きゅいーん音に耳をかたむけつつ，
確率論的モデルを頭の中でひねくる．
ようやく歯医者先生がやってきて，
やはりドリルでもって
昨日組み込まれた「土台」とかいうもの
周辺を掘削．
なんでも大半が削られてしまった
私の右上小臼歯は義歯になっちまうらしく，
セラミック製 85000 円がおススめ，
という驚くべき通達．
今日は決定しなくてよいとのこと．
うーむ．
ああ，
もっと早くに治療しておけば．
ともあれ，
しばらくまだ通院が続くようである．
1840 歯科医院発．
今日は診療費無し
……
それはいいんだが，
これって昨日やるべき作業を
今日やっただけ，
ってことじゃないのだろうか．
ふらふらと夜の大森・平和島近辺をさまよいつつ，
セラミック義歯どうしようか，
どうせ歯並びとか悪いし
今さら審美的側面重視の治療ってのもなぁ．
しかし他のオプションが示されないので，
ちと判断しかねる．
全金属義歯でもかまわんのだけど，
セラミックを推す先方に対して
正当化の立論ができん．
うーん，
デスクトップ計算機一台分値段のセラミック，
計算機は数年の寿命だが義歯は
もうちょっと長期使うかなぁ
……
あれこれ考えつつ
1920 帰宅．
NTT から 12 月中旬から 1 月中旬の
料金請求があり，
11000 円超 !!
おかしいな，
近ごろは回線使用時間を
かなり圧縮してるはずなんだが．
年末の浪費的接続が効いてるのか．
ああ，
どんどんまぬけな散財が．
- 晩飯食ったら，
確率づかれか歯医者づかれか被請求づかれかで
そのまま寝てしまった．
起きると 0030．
うーむ，
明日
(いや，すでに今日，だ)
午前中も歯医者に行かねばならんのだが．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 2. Structures and patterns of population processes
- 2.2 Pure density-dependent processes
- 2.2.3 Nonlinear first-order processes
- 2.2 節はふつーの話が続く．
今日は再生産関数が曲線，
つまり非線形モデルとなり
カオスの発生がどーのこーのというもの．
ふつーである．
しかし最後に自然の個体群では
密度依存は X(t) だけでなく X(t-1) にも
かなり影響されてるはず，
という著者独自の見解を後で強調する予定，
なる文章に出会い，
読者は戦慄をおぼゆるのである．
しかし「ふつー」な 2.2 節は
まだまだ 15 ペイジほど続くのである．
- 今日の食卓
- 朝 (0710):
米 0.6 合．
チンゲンサイ・タマネギ・シイタケ・
あぶらあげの炒め煮．
またしてもキムチの素による味付け．
あ，
カツオブシも入れてたな．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1950):
米 0.6 合．
雑炊．
材料は朝・昼と同じ．
2001 年 02 月 03 日 (土)
- 0900 起床．
土曜日なのに「寝たきり」でないのは，
歯医者通いのためである．
- 朝飯食って
コーヒー飲んで自宅発．
1000 自宅発．
晴れ．
第一京浜 (国道 15 号) と環七交叉点にある
デイリーヤマザキなるコンヴィニエンスストアーで
電話料金・ガス代支払．
それぞれ 11614 円・2221 円である．
ああ，
電話代電話代．
よくまあ市内かつ計算機どうし通信だけで
これだけ使えるもんだ．
近ごろ励行している
「3 分以内に通信切断」
作戦が功を奏して来月の請求は 3 割減 !
……
になっていればいいなぁ
……
- 1020 JR 大森近くの歯科医院着．
1030 診療室に．
歯医者先生セールストークの
「長持ちする」
を真に受けたふりをして，
陶製義歯の作成を依頼．
そう高価な奴です．
これで ThinkPad 代替機調達準備時期は
半年以上先送りである．
せいぜい壊さないように使わなくては．
今日はむやみやたらと歯形をとられる．
1050 診療終了．
今日も診療費不要．
来週の火曜日にまとめてどかんと取られる予定．
JR 大森前の西友 4F の本屋 LIBRO に寄る．
貧乏なので何も買わずに出る．
[JR 大森駅前]
せまくてごちゃごちゃ
してるばかりである．
いちおう映画館などが
ある．
- 帰りがけに散髪していく．
びんぼーのくせに髪は毎月切りたいほうなのである．
1130 第一京浜 (国道 15 号) と環七交叉点にある
散髪屋着．
20 分間待ち．
いつものごとく短く刈り上げてもらう
(しかし 30 日ほどでまたうっとうしく伸びる)．
散髪料 2200 円．
1215 同発．
1225 帰宅．
- 昼飯食ってでれでれとする．
早起きは体に毒ですな．
- 夕方から夜中にかけて，
「ニセ」アカマツのばらばら死体の
数値的な再構成というか枝分配モデルに取り組む
……
日付変更時刻すぎたあたりで判明したことには，
ここ数日あれこれ工夫してみた確率論的モデルの
吐き出す結果はどれもこれもウソくさい
(何をやっても嘘であるのはもちろんなのだが，
ごく簡単に嘘だとバレてしまうようなシロモノ，
というような意味合い)．
- 腹立たしいことに，
窮余の一策として構築した確率ヌキの
決定論的で工夫のない分配法は，
知恵をしぼったそれより
まっとうに見える結果を出してくれる．
ちくせう．
- もう面倒くさくなったから，
これで再構成したパターンから，
枝数分布 ( Poission 分布か?) &
側軸サイズ分布 (なんか気色悪い確率分布)
のパラメーター推定でもやりますかね．
とほほ．
- ええと，
結局，
全体としてどういうパターン出せって発注だったっけ．
こんなんで実験群と対照群で差が出るのか
……
うーん．
動態データ無い．
ならば，
なんか曲芸が必要だな．
うーん．
苦しい．
- 今日のろーどくは無し．
- 今日の食卓
- 朝 (0910):
米 0.6 合．
キャベツ・豆腐の炒めもの．
麺つゆ味．
- 昼 (1250):
弁当．
米 0.8 合．
キャベツ・豆腐のカレー．
ほうじ茶を飲む．
- 晩 (1930):
米 0.5 合．
キャベツ・豆腐のカレー．
2001 年 02 月 04 日 (日)
- 1200 起床．
「寝たきり」してしまった．
- のそのそと朝飯など食った後に，
「ニセ」アカマツモデリングの続き．
昨晩は
「もはやこうなったら，
何もかものんぱらめとりっくにしてやる」
というやけくそな決意をしたところで
終わったような記憶がある．
- とりあえず個体ごとに「再構成された」
(でっちあげられた，と読む)
枝の親子関係を見る．
- 「処理区ごと」
として
ひとくくりにされていた個体たちの間にある
明瞭な差異がうかびあがってくる．
E*cel な解析のまずい点のひとつは，
なんでもかんでも (相関を調べる前に)
平均化してしまう (すると相関がわからなくなる)，
というコトにある．
Perl ベイスの簡単なデータベイスの中で
解体データは少しばかり原型をとりもどした，
という気分になる．
- とりあえず簡単な描画スクリプトを書いてひと休み．
買物に出かける．
1605．
くもり．
- 京急大森町商店街で野菜買ったり 100 円ショップで
あれこれと買ってみたり．
なんとも懐かしくて安い道産米が 5Kg
1620 円で売られていたので買う．
- 1710 帰宅．
昼飯を食う．
- アカマツ (実物) の茎のサイズ分布を茎齢ごとに
描いてながめる．
これまた個体ごとにずいぶんと異なる値が得られた．
さて，
これの当年生と一年生の間の差異から
「茎の太さの生長量」
みたいなものを推定できないか，
と考える．
うーん，
いつものように何か確率論的生長モデルを構築して
パラメーター推定する，
というワザが使えん．
ならば決定論的にするわけだが
……
「当年生のものは 365 日後には
一年生のサイズまで到達します」
ってのは面白くないなぁ．
これでは毎年毎年同じサイズ分布が
生成されてしまう．
何よりまずいのは，
曝露実験処理区において，
貧弱な当年生の茎を作ってるほうが
当年生→一年生となる期間は成長率良い，
となってしまう．
くそう．
- 2030．
サイズ分布のグラフをながめつつ，
それをアタマの中でタテヨコ変換などなどしてるうちに，
発想の転換に成功．
またしてもばかげた仮定なんだけど，
それを一個放りこめば，
問題が全部片付く，
と気づいた．
これは茎の生長サブモデルのハナシだけでなく，
依頼人が最終的に出してほしーと考えている
いささかヤラせぎみの結果に直結する一手だ．
つまり「詰み上がった」ということである．
- その仮定とは
「当年生茎のもとになる『芽』は昨年の
ある時刻 ( t = -1 ? ) において一斉に生成され，
そのときのサイズ (直径，ここでは)
どの芽も同じである」
というもの．
- これと，
以前から考えてたインチキ仮定
「一年生の茎のサイズ分布は
現在観測されているものを上限とする」
を組み合わせれば，
茎が何でもいいけどたとえば logistic 生長するとして，
茎 i は t = -1 において
共通の値
Di( -1 ) から肥大が始まり，
t = 0 において当年生茎のサイズ観測値
Di( 0 ) を通過し，
t = ∞ (これもばかげてるな) に一年生茎のサイズ
Di( 1 ) に収束する，
という決定論的モデルによって，
i によって異なる「成長速度」が一義的に得られる．
すなわちこれが成長速度の分布になる．
- 対応する上限値の設定でまたちょっとしたごまかしが
必要になるね．
まぁ，
上限値は一年生の観測値を使うのではなく，
(1 本しかない) 三年生の直径なんかを使ってもいいか．
どうせいんちきなんだし．
こっちのほうが便利かな．
そうすれば一年生の成長率も「推定」できる．
いづれにせよ，
どこかそんな遠くないところに何か上限があればよいのである．
- ま，
上の仮定のヘンさを気づかれなければ，
実験区では茎の成長率が低く，
対照区では高い，
と推定された成長率の分布が「なまデータに基づいて」
それらしく得られる．
あろうことか，
(決定論的モデルなんで)
見てくれは悪くない
「推定結果」
のグラフまで生成されるはずである．
あたまいてー
……
そう．
今回もまた，
悲惨な勝利であっても敗北よりはマシ，
なるウェリントン公爵流ということで．
- そして茎の生長が悪ければ，
あとはへなちょこな樹木にするのは簡単じゃないかな．
まだ，
茎サイズ依存的な生産力ごときものを決めてないけど，
何とかなるだろう．
- ハナシはできたんで，
あとは作業を進めるばかりだ．
これは，
前途遼遠．
メシでも作ろうかな．
- 晩飯食ってから，
サイズ分布・アロメトリーグラフを
自動生成していく Perl スクリプトを
整備してみたり，
「ニセ」アカマツ web ペイジの準備をしてみたり
……
- (更新情報)
「『ニセ』アカマツ構築の試行錯誤」
のペイジ始めました．
(20010204, 20010205 題名少し変更)
- などとごちゃごちゃやってたら，
もう 0100 すぎ．
あ，
明日の食事の準備とか何もやってない．
生長速度の「推定」とかまだやってないけど，
今日はこれぐらいで切り上げるか．
- うう，
今日も
今日のろーどくはなし．
- 今日の食卓
- 朝 (1215):
スパゲッティー．
米が尽きたので．
ソースは昨日のカレーの残り．
- 昼 (1730):
冷蔵庫に冷や飯が残っていたので
雑炊．
キャベツ・ネギ・乾燥ワカメを具にして，
いんちきなる中華風スープの素で味つけ．
- 晩 (2230):
米 0.7 合．
空知産米「きらら」である．
昼のキャベツスープの残り．
2001 年 02 月 05 日 (月)
- 0710 起床．
なんかあまり寝たような気がしない．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0755 自宅発．
晴れ．
燃えるゴミ出し．
0815 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 3 ℃．
0835 研究所着．
- 昨日の停電に備えて停止していた
BookPC を起動．
あれっ，
ネットにつながらんぞ．
たぶんこのフロアーのルーターが
止められたままなんだろう．
やれやれ．
0900 すぎには復旧するかな．
- 液晶ディスプレイは寝ぼけたままなのか，
ちょっと画面がちらつく．
そして 0900 すぎてもネットは回復しない．
- 0930 すぎても途絶状態．
ネットすらつながらない独房は落ち着かない．
1000 すぎてもダメ．
給料取りのくせに間抜けな管理者だなぁ．
ルーターぐらいさっさと起動してほしいもんだ．
- さて，
昨晩考えついた決定論的な成長率の推定なんだが，
どうも logistic 式を当てはめるのはよろしくない．
たいていの場合，
年取った茎のほうが若いやつに比べて
初期成長速度遅い，
と推定されてしまうからだ．
これはむしろ，
齢依存的な速度を仮定したほうが良いだろう．
うん，
これだと上限が存在しないから都合よいかもしれん．
植物を構成する部品が齢依存の成長速度を持つ，
とはいかにもウソくさいが．
- 1100 になっても途絶状態．
へっぽこへっぽこ．
- 1200 になっても外部との連絡は閉ざされたままである．
腐れルーター．
こういうときはけーたいあると便利なんだろうね．
とはいえ，
けーたいのルーターも少し前までは
良く落ちてたもんだが．
- さて午前中にやってた計算だが，
成長率が時間とともに減衰するようなモデルを考えると，
まぁ，
だいたいこちらの意図してたとーりの
結果を出してはくれる．
対照区に比べて実験区では推定初期速度が遅く，
さらに対照区では当年生と一年生の推定所期速度分布が
おおよそ一致している．
- これらは良い点で，
ちとまずいのは，
いくつかの個体において
一年生 (親) の一番速い茎よりも
当年性 (子) の最速なやつのほうがわずかに速い，
ということだ．
どうせ速さは齢とともに目減りして行くので，
そのわずかな差で実質的な面倒は生じない．
ただし，
いままで「サイズによって親-子が決まる」
としていた再配分ルールを「速度によって ……」
と単純に移しかえるだけではだめで，
子のほうが優速な場合も
考えなければならないかもしれない．
いずれにせよ，
もう少しいろいろな場合について試してみなくては．
- 昼飯食いつつ，
計算チェック．
あ，
ちょっと間違ってる．
- じつはデータから推定しようのない
二つのパラメーターがあって，
ひとつは「芽」の初期サイズ，
もうひとつは茎の齢による生長率の減衰率である．
後者はてきとーでいいんだが，
前者は値を選ぶのが難しい．
- 1300．
昼飯食ってもまーだつながらんね
……
と悪口を書いてたら，
SE の人がひとつひとつの独房を巡回しつつ
「直りました，直りました」
と非システムエンジニアリング的な手段で通達を始めた．
メイルを取ってみると，
また甲山さんから難しい質問がきているので，
当方もまた時間稼ぎメイルを送る．
- まぁ，
生長率が (定数) / ( 1 + 齢 )
ぐらいかな．
意味不明なモデルだけど．
- だいたい予定していた結果が出そろったので，
とりあえずの報告ペイジをまとめてみる．
- 北大某教授との謎と恐怖に満ちたメイルやりとり．
先方から私への返信である．
> 私が札幌に呼ばれたのは被告側の弁護人をやるためだったのでは．
やぶ蛇という言葉もあります．
お呼びしたのは，その後のデスマッチでからまれる被害者役を
演じていただくためだったりして．．
- 報告ペイジはまだ完成してないが，
帰ることにする．
1750 研究所発．
札幌往復の航空券を調達．
合計 42000 円．
1824 東京モノレイル浜松町発．
1900 帰宅．
- 晩飯食ったらいきなり 2 時間ほど寝てしまう．
うう．
- 目を覚ますと広島の小林さんから，
ご教示 & お叱りメイルが届いており
……
えーと，
シュートレヴェルでは主軸-側軸という組み合わせは
ヘンではないが，
個体レヴェルでは主幹-側枝か主茎-側茎が良く使われる．
なるほど．
どうしようかな，
主茎-側茎にしようかな．
- それから色々書かれているんだが
……
世の中にはマジメな人もいるんだから，
「ニセ」とか「でっちあげる」
というような表現を濫用するのはどうでしょう，
というご指摘．
まぁ，
たしかに．
アカマツが (非生態学的な側面で) 何かと
めんどーな植物であることを完全に失念しておりました．
ということで，
ニセアカマツは現時刻をもって放送禁止用語と指定し，
「ニセ」アカマツを正式なモデル名とします．
「でっちあげる」のを報告ペイジのタイトルで使うのは
たしかに露骨で凶暴なんで，
「ニセアカマツをでっちあげる」は
「『ニセ』アカマツ構築の試行錯誤」
とお役所的な尺度でより穏当なものにしました．
まぁ，
アカマツ関係者は
その方面で苦労しておられるようなんで．
- とはいえ
当方が正気の領域からあまり逸脱しない
予防措置が必要なんで，
「ぎょーむ日誌」ではワイセツ表現が
今後も使用される危険性を否定できません．
まぁ，
ここは 18 才未満の子供は読んでないだろうから，
大丈夫でしょう．
- 0010 ようやくにして今日の報告をまとめる．
[生長曲線，一斉発射]
ちょっと面白そうでしょ．
くわしくは
こちら
．
- 長文のお叱りメイルへの反省文メイルを書いてると
時刻はすでに 0200 すぎ
……
今日のろーどくはやめておくかな．
う，
トレイニングは毎日続けないと
……
- 今日の食卓
- 朝 (0720):
米 0.7 合．
キャベツ・ネギ・ワカメを煮たもの．
キムチの素で味つけ．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1920):
米 0.5 合．
朝の残りに豆腐・タマネギを追加したもの．
2001 年 02 月 06 日 (火)
- 0730 起床．
3 時間ぐらい寝たか．
その前に 3 時間熟睡してるんだが．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0808 自宅発．
曇．
0825 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 4 ℃．
0850 研究所着．
- あ，
また計算間違いだ
……
ということであわてて訂正版を作成．
- (更新情報)
いやはや，
つまらん計算間違いをやってしまったので，
あわてて
「昨日のは計算間違いでした，
が ……」
を掲載．
(20010206)
- ということで，
訂正したモデルより，
計算間違いしたモデルのほうが使いでがありそう，
ということで，
そちらを
使ってみる．
- つまり茎の太さ x(t) = (a/b) log(1+bt) というふうに，
というふうに完全にしてみる，
というモデリングである．
微分すると dx(t)/dt = a/(1+bt) となるような．
- いろいろと苦闘してみる．
パラメーター a はシュートごとに，
パラメーター b は個体ごとに決まる値，
というふうにしてみる．
- 例によって個体間のばらつきでかいな．
- 昼飯食いつつ計算チェック．
- どうもうまくいかん，
と思ったら
……
ああ，
ちょっとややこしいことになっている．
自分の子供 (主軸) を
見つけられない親が出てきたな．
うーん．
- いくつか工夫をつみかさねて
問題を回避する．
パラメーター b を
全個体で共通の値にしてみたのである．
これで
成長速度のパラメーターの大小で
子供を選ぶようにした場合，
どの親も自分より小さな成長速度の
茎を見つけることができる．
- こっから先が問題なんだが
……
まぁ，
できたところまでまとめてみますかね．
- 例によってまとめが終わらないうちに歯医者タイム．
1735 研究所発．
1745 JR 浜松町発．
1759 歯科医院着．
- 1818 「すごく時間かかかります」
とオドされてた仮歯のインストール．
これはまだセラミック製のやつではなく，
その工作が終了するまでの一時的なやつである．
しかし，
回転率重視の当医院らしく，
とくに痛い目にもあわずに20 分ほどで終わってしまった．
とはいえ，
やたらと可塑性物質で
並びの悪い私の歯列の型をとられたり
(固まるまでの数分間は呼吸苦しく顎が疲れる)，
仮歯を「貼りつける」接着剤の石油化学系の
刺激臭が口内に充満してキモチ悪かったり，
患者の齢分布は平均場近似するぽりしーらしい
歯科衛生士おねーさんに
「はーい，おクチ開けてくださいねー」
と子供扱いされたりして情けなかったり
……
セラミック歯代 85000 円取られたことも含めて，
それもこれも長いあいだ虫歯を放置しつづけた
罰なのであろう．
次回は来週の火曜日．
まだ歯医者がよいが続くのか．
1845 歯科医院発．
- 85000 円，
か．
計算機一台をぶち壊したのと同じ規模の損害だ．
そういえば，
ちょうど一年ぐらいまえに愛機ちゃんどらを
壊しちゃったなぁ
……
85000 円あれば一年間にわたって
日々 200 円以上多くを食生活に投入できた．
びんぼー生活と言いつつ毎年のように，
自分自身の不注意から数万円をこえる
無意味な損失を計上してるような気がする
……
と反省しつつ夜の大森を歩く．
- あ，
明日早朝に札幌に行くのに，
お土産を買っておくのを忘れていた．
ああ，
なんて命知らずな．
また不注意によって危険な目にあうところであった．
えーと，
この大森ギンザなるふざけた名前の商店街に
お菓子屋さんとかないんだろうか．
[おーもり銀座 ?]
JR 大森近くのアーケイド街．
このあたりは屋根つきの商店
街であれば何でもかんでも
「ギンザ」なのである．
しかし何しろ大森のこととて，
商店街といっても
パチンコ屋と中華料理屋と
呑み屋と海苔屋と貝塚があるばかりで，
お土産購入できるようなところない．
- 商店街の外でようやく「本田屋」なる
和菓子屋さんをみつけて甘納豆
詰め合わせなど購入．
ここでも不注意から，
店のガラスドアに顔面をしたたかに激突させ，
菓子屋の店主を心底から驚愕させたりしたのであった．
痛い．
外科的治療費・ドア粉砕弁償費などが
あやうく今日の出費に加算されるところであった．
- 1915 ようやく帰宅．
晩飯食うと，
近ごろの悪しき生活習慣で 3 時間ほど熟睡．
夜中に目覚める．
ああ．
- 報告ペイジ作成の残務をこなしつつ，
明朝はすぐに出発できるように準備する．
なにしろ 0635 離陸予定の札幌行きである．
- 今日の食卓
- 朝 (0740):
米 0.6 合．
キャベツ・高野豆腐・切り干しダイコンを
麺つゆで煮たもの．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1950):
米 0.8 合．
朝と同じ．
2001 年 02 月 07 日 (水)
- 0530 起床．
眠い．
- 朝飯．
昨晩買ったパンなどかじる．
コーヒー．
シャワー．
- 0545 自宅発．
曇．
0552 京急平和島着．
0559 同発．
羽田まで 360 円．
0812 羽田空港着．
- すぐに搭乗口へ．
えーと，
ANA 51 便千歳行き，
今日は小さめの Boeing-767-200 か．
0630 搭乗．
0635 タクシング開始．
0645 離陸．
- 眠かったが，
機内ではパイプ樹木関連の資料を洗い直す．
0805 千歳着陸．
おお，
雪の北海道．
0820 手荷物回収．
0833 JR 新千歳空港発．
札幌まで 1050 円．
0915 JR 札幌着．
0925 北大着．
- 午前中は竹中さん (環境研) から
開発中の樹木個体モデルについて教えていただく．
これはすごく勉強になる．
- D 論審査の副査を終えて来た甲山さんともども
お茶部屋で弁当を食う．
- 午後からは甲山さんも交えてあれこれと．
- 1540 牧さんの本審の準備のため，
液晶プロジェクター持って行くが，
NFS ヴォリュームをマウントしたまま
ネットワークから無理矢理引き抜かれていた
Exceed が挙動不審．
直し方
(単に fsck /dev/hda2 するだけ)
を忘れていて，
1600 に間に合わなかった．
無念
(あとでかとー先生んうかがったところ，
/etc/fstab の nfs 設定に soft と書いておけば
自動的に timeout してくれる，
とのこと)．
- 牧さん本審は OHP 用の準備で切り抜けられた．
ふう．
助かった．
- その後はあれこれ議論したり，
「松」に本審通過おめでとう宴会に出席したり，
講座お茶部屋で楽しく歓談したり
……
しかし当方，
眠気で脳内白濁ぎみだったので，
何も覚えちゃいないのである．
- 0200 すぎに寝る．
7 階の会議室を借りる．
- 今日の食卓
- 朝 (0535):
レイズンパン．
コーヒー．
- 昼 (1220):
大学生協の幕の内弁当 400 円．
- 晩 (1840):
北大正門前の「松」で
牧さん博士号本審無事終了の宴会．
2001 年 02 月 08 日 (木)
- 0930 起床．
まだちょっと眠い．
- 1000 ごろすさまじくやつれた竹中さん
(という現象はたいへんに珍しい)
がお茶部屋にみえる．
昨晩は，
田島さんのお土産
鹿児島の限定生産品の芋焼酎
(
つわぶき もんじろう
)
をずいぶんと飲んでおられたなぁ
……
しばらくは休んでいただくことに．
まぁ，
相談すべきことは昨日のうちにほぼ終わっているし．
[二日酔いのヒト，遊ぶヒト]
弱っている竹中さんと，その
頭に造花を飾る甲山さん．
- 午前中は倒れている竹中さんの横で，
甲山さんと枝先モデルをあれこれ議論．
- 昨日，
JR の快速エアポート車内に忘れてきた
手帳を回収するべく札幌駅に．
1400 研究室発．
忘れ物取り扱い窓口で受け取り，
お礼を述べる．
帰りに北大生協に寄り，
食品や書籍を購入する．
- 夕方は生長率推定についての，
議論と準備．
- 夜は M1 の赤坂さんと，
生残過程解析のパラメーター推定法について
延々と議論．
例によって最尤法と Newton 法なんだけど，
今回は mlfitting 押しつけはやめて，
数値計算部分を自分で作ってもらうことに．
モデルは 1 パラメーターなんで，
そんなには難しくないはず
(だけど最初は苦労するだろう)．
- 0200 すぎに寝る．
- 今日の食卓
- 朝 (1000):
お茶部屋でコーヒー飲んだり，
昨晩の残りの柿ピーなどかじってみたり．
- 昼 (1220):
大学生協の弁当．
散らし寿司 460 円．
- 晩 (1930):
北 15 条の中華料理屋・美食楼で
ホルモン・ガツ野菜炒め定食 650 円．
清野さん・宮本さんと同道．
2001 年 02 月 09 日 (金)
- 1000 起床．
- 最近 Perl を使いはじめた M1 の人々と
Perl 談義．
- 1230 北大内でもっとも
「しきい高い」感のある
エンレイソウ
にて鈴木準一郎さん (低温研) と昼飯．
いつものごとく，
いろいろと興味深い話をうかがうことができた
(さらにまた昼飯をタカってしまった
……
ごちそうになりました)．
- なぜか甲山家の仔犬の写真を送られる．
ここに掲載しろ，
ってことだろうか．
[Padi]
とても小さいようです．
えーと，たしか Padi
とはインドネシア語で
米の意味と説明されて
たよーな ……
- それから 1800 すぎまで，
甲山さんと熱帯林パラメーター推定プログラムの整備．
- 夜は赤坂さんの統計スクリプト作り特訓．
「再観測区間の異なる集団の死亡率推定」
ということで，
これ
とまったく同じなんだが，
教育的配慮ということで一から試行錯誤して作り直す．
計算間違いの修復やディバッキングなんかは
目の前で失敗してみせなければなりませんよねー
……
ということで．
- 最終提出用論文を準備する
牧博士
がまた難しい作図問題を
……
gnuplotter 互助の原則に従い，
私もあれこれとやってみる．
時刻は 0200 すぎ．
- 今日の食卓
- 朝 (1020):
蕎麦．
- 昼 (1230):
北大ふぁかるてぃはうす
なる「エンレイソウ」で鰻丼．
おそれおおくも
鈴木準一郎さんにご馳走になる．
ありがとうございました．
飯ばかりたかって仕事しない私．
- 晩 (1930):
北大前の通りぞいの
「クラーク亭」
でハンバーグ定食 680 円．
2001 年 02 月 10 日 (土)
- 1000 起床．
なぜかまだ北大にいる．
- 牧さんの難問作図問題の続き．
gnuplot の multiplot モードを使うんだが，
これが呪われぎみ
……
- しかも set term (どういう出力形式をとるか)
によってレイアウトががたがたになってしまう．
- 夜までにひととおり何とかなったことにして
晩飯くって，
北 12 西 3 の江札湯に風呂に入りにいく．
- ……
といつものごとく，
忙しいのかのんびりしてるのかよくわからぬ
北大いそうろう生活は続くのである．
少なくとも多種多様の問題を取り扱ってるなぁ．
- 今日の食卓
- 朝 (1020):
蕎麦．
- 昼 (1330):
米 0.8 合．
豆腐・シュンギク・シイタケの味噌汁を作る．
棚の奥からぱりぱりに乾燥した
古い昆布を見つけたのでそれでだしをとる．
- 晩 (1930):
米 0.8 合．
昼と同じ．
[二日酔いのヒト，遊ぶヒト]
[Padi]