ぎょーむ日誌 2001-01-(21-31)
2001 年 01 月 21 日 (日)
- 0900 起床．
日曜日なのに目覚し時計にて起床．
- 朝飯．
コーヒー．
洗濯機動かす．
昨晩調べておいた歯医者にいやいや電話かけてみる．
日曜日でも診療してるとのこと．
すぐに来いと言われて，
あわてて出る準備．
あ，
健康保険証 ?
あちこち探しまわったあげく，
山装備の救急箱を調べると
……
やっぱりこんなトコに．
- 0940 自宅発．
晴れ．
うわっ．
雪が数センチ積もってる．
そうか東京でも雪ふるんだ．
JR 大森方面に急行．
0955 針ヶ谷歯科医 (3764-5202) 着
- 保険証出して問診票書いて待つこと数分．
あまり広くない診察室に．
歯科医一名えーと看護婦じゃなくて
歯科衛生技術士 (?) 一名で
日曜朝から
診療台 2 台の上で
患者が次々と回転していってるのである．
見ていて異様な多忙さである．
- 歯科医の先生，
私の欠壊した小臼歯をちらっとみて，
いきなり X 線写真室送りにする．
これが全天写真ならぬ全周写真というか，
カメラが私の頭蓋骨の後ろをぐるっと半周回ると
なぜか歯のパノラマ写真ごときものが撮影されてしまう，
という今考えても仕組のよくわからぬ機構
(後ろから撮ったのにどうして首の骨が写ってないんだ?
とか)．
- 診断，
重篤な虫歯．
神経に到達するところまで侵食．
まずは麻酔うたれて台上に放置される
(なにしろマルチタスク処理なので，
その間にも他方の患者がどうこうされている)．
- あとは特に変わったこともなく，
ドリルできーきー削られてよくわからぬモノで
その穴が埋められる．
1035 診療終了．
「神経の治療しましたんで」
とやらで 2450 円．
ああ，
もっと早く来てれば
こんなに払わずにすんだんだろうな．
反省．
明日も通院しろと指示される．
となるだろう，
と思って駅の近くを選んだのだ．
- 外出ついでに自宅用 Ethernet LAN PC カード買いにいく．
歯科医院から歩いて 3 分ほどで JR 大森．
1045 同発．
多摩川を渡った川崎まで 160 円．
いつものごとく京急川崎横のヨドバシカメラに．
- あれっ?
10 Mbps 専用でもそんなに安くないぞ．
ヨドバシなら 2000 円以下であったと思ったんだが，
私の錯覚か．
先月末に秋葉原で買ったより 100 円安い
2250 円 Buffalo の PC カードを見つけてそれを買う．
書籍などぱらぱらと見て，
結局何も買わずに 1130 同発．
京急川崎から大森町へ．
- 大森町商店街で，
これまたいつものごとく，
TSUTAYA に寄って何も買わなかったり，
100 円ショップで食品だの電池だと買ったり，
八百屋で野菜やミカンを調達したりして
1300 帰宅．
- 口の中に麻酔うたれたり歯を削られたりして，
あまり食欲ないんだが昼飯を食う．
-
東京めたりっく通信
から郵便．
おお，
まだ私のコトを覚えていたのか．
よーやく工事の通知かな，
と思いきや，
xdsl.ne.jp 上にメイルアカウントだの
web スペイスだの作ってあげましたなる
脱力モノのお知らせ．
何がどうなってるのかわからぬが，
まだしばらくは我が家に ADSL 回線はやってこないらしい．
- 買って来た PCMCIA カードは ThinkPad 難なく認識され，
ただちに利用可能．
Linux の pcmcia-cs もずいぶん進歩したモノだ
(今 ThinkPad560E に入れてるのは 3.1.21)．
- 早起き (!) がたたって，
夕方から夜にかけて 3 時間熟睡してしまう．
これからどうなるんだろうね．
- 「歯医者ショック」
のせいか，
晩飯食ったあともどうも仕事に着手できん．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 1 Basic properties
and structure of population processes
- 1.7 Effects of density-independent factors
- 1.7.1 Vertical pertubation effect
- 1.7.2 Lateral pertubation effect
- 1.7.3 Nonlinear pertubation effect
- 長くて難しい前節に比べれば，
分量だんぜんに少なく
内容もぐっと平明な 1.7 節である．
この本で用いられている再生産曲線
R = f( X, Z )
における
(X は個体群密度で Z は環境の状態を表す変数)，
環境 Z の役割を分類しましょう，
という内容．
f() を上下に平行移動する場合を vertical effect，
f() を左右に平行移動する場合を lateral effect，
f() の関数型を変えてしまうのを nonlinear effect
と呼ぶことに．
ひたすら理論的な議論に終始した前節と違って，
上の 3 クラスいちいちに実際に適用できそうな
具体例が述べられている．
- 蝋山本の理論的な核心部たる第 1 章もあと少しでおしまい．
ところで，
上のような環境の効果の分類は類書にありそうでいて，
実はなかなかないのである．
というのも，
ふつーの個体群動態教科書では
なんちゃらの公式というような
数式に発想がしばられていて，
それだけを解説すれば良しとしているからである．
それに対して，
特定の公式にとらわれるのではなく，
個体群で実際に生じそうな挙動と
人間の考える数式モデルで表現できそうなパターンの
双方をまずは大局的にとらえよう，
この蝋山本のスタンスであるように思える
(むろんのことながら，
この後の章のより具体的な問題には
より具体的な定式化がなされていく)．
- もう真夜中か
……
明日の飯の準備とかせんといかんな．
- 今日の食卓
- 朝 (0905):
米 0.7 合．
昨晩のカレーの残り．
- 昼 (1330):
米 0.7 合．
雑炊．
キャベツ・ネギ・シイタケ・あぶらあげ．
かつおぶし・味噌味．
- 晩 (2000):
米 0.5 合．
昼の残り．
2001 年 01 月 22 日 (月)
- 0730 起床．
昨晩，
寝る前に魔がさしてメイルを取ったところ，
パラメーター推定に関するなかなか難しい質問来て，
目がさめてしまったのである．
やはり 2400 すぎたらメイル読んではいかん．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
眠い．
- 0805 自宅発．
曇．
気温高い．
0822 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 5 ℃．
0840 研究所着．
- 気になってた推定問題に関して，
浜松町に置いてる統計学本調べてみる
……
まあ，
一般的なコトはこれでわかったような気分に
なれるんだが．
- 調べているうちに，
しだいに不安になってきたので，
検定 Perl スクリプトを一個書いてみることにする．
- 質問されたのは，
パラメーター推定のときの外れ値の取り扱いである．
調べてみると，
確率分布として正規分布を仮定している場合には，
Grubbs-Smirnov 検定
(Smirnov-Grubbs 検定?)
すれば良い，
とわかった．
- 北大・宮本さんの
統計学 Perl モジュール
を利用させていただいて
(t-値の計算が必要なのである)，
その Grubbs 検定コードを作っていく．
- どうにか動いて，
試験運転も終わったのは 1250．
ふう．
試験運転では Box-Muller 法で発生させた
標準正規乱数のサンプルによけーな外れ値を
つけたデータ読ませて調べてみた．
gs_test.pl は stepwise 的に
このよけーな値を取り除いていくか．
調べてみると，
正規乱数標本に付け加えたよけーな値が
そんなに外れていない場合は，
当然ながら「外れ値」とは認定されない．
- ふう．
つかれた．
昼飯にしよう．
- 飯を食いつつ細かい手直し．
飯食ったら歯磨き．
今日も歯医者に行かねばならない．
ああ．
- メイル連絡して，
外れ値話はいったんおしまい．
- 今週は領域セミナーでしゃべらないとダメなんで
その準備と，
あと研究計画書なるものを提出しなければならないんで，
ちょっとあせりぎみである
(どちらも何の準備もしてないんで)．
- しかしながら，
先週末にやりかけていた，
開空度計算の評価試験のとっかかり部分は
もうちょっとだけ進めておこう．
今日，
何とかそれに一区切りつけておかないと，
もはや月末までそれにかかわってる
時間がなさそうである．
- 小川シミュレイターを観測点開空度評価モードで
呼び出せるような Perl スクリプトを書いていると，
北大から「外れ値」追求メイル．
なけなしの勇気をふるって
時間稼ぎメイルを送ってその場をしのぎつつ，
午前中に作った gs_test.pl の
入出力まわりをイッキに改良．
すごくぷれっしゃーのかかる作業でした．
<鳳翔>の FTP サイトに置いちゃって，
解説メイル送信．
gs_test.pl で使わせてもらった
Pstatlib 作者の宮本さんにも Cc で送る．
どうにかこうにか終了したのが 1605．
- まぁ，
今までデータ解析する上で「外れ値」ってのを
放置しておいたむくいでこのような
ドロ縄作業になってしまったわけだ．
とはいえ，
Grubbs-Smirnov 検定って
正規分布の母集団から標本した場合しか使えんからなぁ．
考え方を応用すれば，
他の確率分布に関しても検定を構成できるんだろうか．
- 小川「とりあえずここまでのとりまとめ」
作業に復帰．
- さて，
結果出そろったんが
……
なんかうまく描画できんな．
あ，
つまらんミス見つけた．
三つのテイブルを結合するところだ．
しかしもはや歯医者に行かねばならぬ時刻．
1740 研究所発．
1746 JR 浜松町発．
1756 JR 大森着．
ここまで 160 円．
1800 駅の近くの歯科医院着．
- 待つことしばし．
今日もすごい勢いで患者が回転している．
1825 診療．
今日は麻酔なしで処理されたんで，
自分の歯がどうされてるか，
よくわかった．
つまりドリルででかい穴開けられて，
そこに薬剤つめられて，
何か可塑的な素材で一時的にフタされてる，
という状況だったのである．
今日もそれが繰り返された．
しばらくは歯科医通いになりそうである．
- 1835 診療終了．
今日は 410 円．
次は木曜日の 1815 か．
1855 帰宅．
- (一言近況)
虫歯で歯医者通いやってます．
痛いのを長期放置しておいたら，
なかなかひどいことになりました．
もっと早めに行けばよかった．
(20010122)
- う．
Grubbs-Smirnov 検定づかれか
歯医者づかれか，
晩飯食ったら 3 時間ほど寝てしまった．
- 私が寝てる間に，
北大では gs_test.pl の改良がすすみ，
直線回帰対応版までが開発されてしまったようである．
うーむ，
おそるべし
……
- 真夜中ちかくなってから，
夕方の作業の続き．
いかんな，
これは．
ちゃんと比べてみると，
三次元モデルを使った開空度の計算値と
小川の観測値があまり一致してない，
とわかった．
すなわち三次元モデルがあまりよろしくないのである．
- そこから 0400 ごろまでパラメーター調節など．
全然ダメ，
という領域からはぬけだす．
が，
やはりよくない．
図なんかのアップロードは明日，
ということで．
- やはり計算方法変えるかな．
しかし変えても
良くなるのか，
判然としないトコロが．
- う，
「今日の朗読」
できなかった．
蝋山本のおそるべき第 1 章も
あとは短い 1.8 と 1.9 で終わるのに
……
- もう 0500．
さっさと寝るか．
- 今日の食卓
- 朝 (0740):
米 0.5 合．
豆腐・キャベツ・エノキダケを炊いたもの．
麺つゆ味．
- 昼 (1300):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1920):
米 0.7 合．
朝と同じ．
2001 年 01 月 23 日 (火)
- 0730 起床．
2 時間ぐらい寝た．
まぁ，
その前に 3 時間寝てるわけだが．
しかし眠い．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
いかん．
朝飯食いつつ寝てしまった．
- 0830 自宅発．
曇．
数分遅刻するな．
0846 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 4 ℃．
0901 研究所着．
- なんか朝から疲れた．
眠い．
- 午前中はメイル書きと，
開空度関連の作図，
開空度計算のごく簡単な解説ペイジ作り，
で終わってしまう．
- なんかみょーに時間かかってるな．
VineSeedPlus から gnuplot の
新しいやつを取ってくると，
gd の新しいやつを要求され，
gd を新しくしようとすると linuxconf が
古いやつ使ってんだよと怒られ，
じゃあ linuxconf も新しくしましょうとすると
ncurse も新しくしてくれと要求され
……
というありがちな rpm ちぇいんに
ハマったのがまずかったのか．
- 昼飯食ってから，
ちょっと手直し．
まあ，
こんなものかな．
- (更新情報)
小川モデル開発
のペイジに
「開空度の観測値と計算値：とりあえずの比較」
を追加．
(20010123)
- さて，
研究計画書なるものをでっちあげるために
何か所かにお頼みメイルを出さねばならんのだが
……
なんか面倒感あって，
Netscap6 などダウンロードして遊んでしまう．
うーむ，
「ぎょーむ日誌」の
<li>
が正しく表示されん，
とスタイルシートをあれこれとひねくる．
- いかんいかん，
と気を取り直してメイル書き．
1430 終了．
- 〆切もせまってきたんで，
しょうがないから研究計画書に着手する．
- 事務の人から電話．
出張の書類について．
「あのー
……
この先方からいただいた書類にある
バクロ事件
って何でしょう?」．
はい．
出張先の多忙な事務担当の方が
「曝露実験」
を誤って入力されたモノです．
- ……
ふと気がつくと，
ネット上の文献で gdbm だの
データベイス関連モノばかり読んでいる．
はい．
仕事に復帰．
- いやいややってるとなかなかすすまなくて
ますますいやになる．
- なんか使いまわしのきく文書はないかと，
ディレクトリーを探す．
「ぎょーむ日誌」みたいに役にたたんことばかり
書かれたファイルはいくらでもあるんだが
……
- 1750 研究所発．
浜松町の本屋 dan で
データベイス関連の本をちょっと漁る．
SQL ねえ
……
もうちっと気軽な dbm 系の本なんかは全然ないな．
1834 東京モノレイル浜松町発．
1905 帰宅．
- う，
今晩は晩飯食ったあとに
コーヒー飲んだり風呂に入ったりして，
いきなり寝込んでしまわないように努力した．
しかし仕事進まなかった．
ねむー
- あ，
当面の仕事に直接関係ない知見は得られた．
ライブラリー glibc に DBM (Berkley のデータベイス DB)
が含まれているコトはわかった．
Unix 使いの場合，
一番身近にあるデータベイスはコレだ．
Perl や C から操作することができる．
- Perl で取り扱う場合の，
ごく簡単な例を示そう．
#!/usr/bin/perl
use DB_File; # Berkley DB を使う
$db = tie %hash, 'DB_File', './test.dbm'; # データベイス作成
$db->put( "kubo", "tak" ); # データ追加
$hash{ "kubo" } = "takuya"; # データ変更
とくに「保存」みたいなことはやらずに終了．
カレントディレクトリには
test.dbm
というファイルが生成されている (
file test.dbm
すると
test.dbm: Berkeley DB 2.X Hash/Little Endian (Version 5)
と出る)．
- さて次にこれにアクセスするには，
たとえば以下を実行すると
……
#!/usr/bin/perl
use DB_File; # Berkley DB を使う
$db = tie %hash, 'DB_File', './test.dbm'; # すでにある test.dbm を開く
print $hash{ "kubo" }."\n"; # データ表示
先の Perl スクリプトの最後で行われた
「データ変更」が反映されて takuya
という値が表示される．
- いやー，
すごく簡単ですね．
ちょっと問題なのは
test.dbm
がテキストファイルではなく，
なんかバイナリーなモノになっちまってる，
というぐらいか．
- ということで，
使える局面ありそう．
glibc 依存ではあるが
(Unix 系 OS で動かすぶんには問題ないな)．
小さなファイルならわざわざ DBM 使う意味ないから，
巨大ファイルの読み書き変更なんかに．
- 使える局面ねぇ
……
もし，
これで Perl スクリプトなんかと
C++ なシミュレイターなんか
(Berkley DB は C/C++ からも上と同様に操作できる)
の間で
データ読み書き & やりとりが高速化されて，
データファイルのサイズがコンパクトになるならば
……
自作したメモリ浪費的 Filereader クラス
(DBM と機能が似てる)
はりすとらだな．
ま，
Filereader もテキストの
小さなパラメーターファイルなんかを
さっと読ませるには便利ではある．
しかし，
もはや森林内の数万本の樹木個体とか
樹木個体を構成する数万本の Pipe なんかを
BEGIN-END 構造に格納する必要は無くなる．
- ふと思いついたんだが，
開空度計算用の三次元データ格納してなお，
十分なアクセス速度を発揮するならば
……
- ……
ま，
このあたりはいずれ評価試験やりませう．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 1 Basic properties
and structure of population processes
- 1.8 Concept of density dependence
- 1.8.1 Connotations of `density dependence'
- 1.8.2 Density-dependence process
and density-dependent regulation
- 1.8.3 On the idea of detecting
density dependence
and population regulation
- これでようやく第 1 章終わりである
(1.8 までだった)．
最後の節は density dependence という語句に対する
著者独自の見解である．
まず最初に一般に密度依存といった場合に，
(1) 密度変化と統計学的な相関のある要因 (広義)
(2) 密度変化と因果関係もつと考えられる要因 (狭義)
のふたつあるが，
この区別はそう簡単ではない．
ところで 1.6.2 で述べられたように
著者が `density-(in)dependent'
というような語を使う場合は後者の意味で，
しかもその要因が密度に影響される場合に限定，
という独自の定義をかかげる．
前節 1.7 で見たような再生産速度をふらつかせても
(しかもその影響が密度によって異なるとしても)，
個体群密度に影響されない (天候などの) 要因は
これを密度依存とは呼ばないのである．
なぜ，
かかる定義になるのかと言えば，
それはこの章で繰り返し述べられてきた，
個体群の persisitence を実現するための
regulated な状態を
実現するのは密度そのものに
密度変化が左右される場合のみ，
という理論的な背景がある
(密度非依存な機構だけでは定常状態は実現しても
fragile ある)．
- 最後の最後の 1.8.3 では，
じゃあそういう密度依存だの個体群の regulation
をデータから検出できるか，
という話なんだが，
実はそれはなかなかに難しい，
という話になる．
時系列データとったときに時間相関をひねくって
ある種の統計量を構成したときに，
それが -0.5 という値に収束すれば regulated
な集団で，
まったくデタラメに変化する集団ではゼロになる．
実際のデータで計算してみるとこの -0.5 からゼロの
間に収束することが多い
(この統計量は収束が遅い ――
信頼性をあげるには大量のデータが必要である)．
ということで，
判定が困難．
あるいはもっと悲惨な場合というのがあって，
その統計量が収束しない．
さらに深刻なのは，
データ (標本) から推定されたその統計量が
必ずしも一致推定量になってない
(個体群動態の過程に依存する)，
と「ええっ，いまさら」な難点もある．
とはいえ
「気候変動だけで個体群の変動が説明できる」
というような気候説に対抗するためにも，
理論的には persistence な集団を生成しうる
「密度依存性」に著者はコダわるのであり，
このあたりの具体的な理論の詳細は
次章以降に語られるのである．
- 今日の食卓
- 朝 (0740):
米 0.5 合．
豆腐・キャベツ・エノキダケを炊いたもの．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1915):
米 0.7 合．
朝と同じ．
2001 年 01 月 24 日 (水)
- 0700 起床．
寝たのは 0330 ごろだったか．
やはり夜にコーヒー飲むといかんようだなぁ．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
いかん．
また朝飯食いながら寝てしまった．
- 0815 自宅発．
晴れ．
0832 東京モノレイル流通センター発．
富士山良く見える．
浜松町の気温 3 ℃．
ATM で少し現金を下ろす．
0850 研究所着．
- 昨晩はまとめる気力でなかった蝋山本 第 1 章最後の節を
「ぎょーむ日誌」にまとめる．
いやはや朝から何やってんだが．
- 2 月中ごろの依頼出張に関する問い合わせが来たので
調べてみる
……
なるほどー，
私の場合，
出張依頼状というのは
地球観測システム本部というところの
副部長というのに出せばよいのか．
ああ，
お役所わーるど．
- 午前中は明後日のセミナーの準備の着手
(なんじゃこれは)
で費される．
- 昼飯食おうとすると，
森林総研の正木さんよりメイル．
POV-Ray で
こういう図
を描く Perl スクリプトについての問い合わせ．
そのデータ → POV-Ray が小川モデルディレクトリから
分離しても動作するように調節．
- あ，
よけーな機能をつけて遊んでしまった．
README ファイルをいいかげんに書いて，
<鳳翔> の FTP サイト送りにする．
- 発表の準備の準備．
Perl スクリプトと Makefile を整備する．
- 正木さんから「幻の方眼」の片方は実は保存されていた，
とわざわざメイルにて送っていただく．
「散乱光」モデルのほうである．
[点格子]
すこし昔はこういう方眼で
全天写真読んでた，という
歴史的なモノである．これ
は全 448 点の「散乱光」モ
デルのほう．拡大図などは
こちら
．
- ぢりぢりとしか進捗しなかったまま
1740 研究所発．
来週の広島出張の航空券を調達．
往復ともに特割で合計 35000 円．
この出張はかなり背水の陣と言える．
とはいえ，
金曜日までは目前の問題に集中せざるを得ない．
1804 東京モノレイル浜松町発．
1840 帰宅．
- 晩飯食った後に 2 時間ほど寝てしまう．
目を醒ますために熱めの風呂に入る．
作業続行．
- 2330 むかいのスーパー・マルエツに
食料品買いだし．
明日の食事を作る．
- 0200 までぢりぢりと進める．
今日・明日は「今日のろーどく」はお休み．
ま，
(面白いんだが)
苦しい第 1 章も終えたことだし．
- 今日の食卓
- 朝 (0710):
米 0.5 合．
キャベツ・タマネギ・エリンギ・シイタケ・豆腐の
……
まぁ，
ごった煮です．
味付けは塩胡椒・鶏ガラスープの顆粒という
安直なモノ．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1930):
米 0.7 合．
朝と同じ．
2001 年 01 月 25 日 (木)
- 0730 起床．
0300 すぎには寝たかなぁ．
ねむい．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
- 0805 自宅発．
曇．
0822 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 3 ℃．
0840 研究所着．
- 明日のセミナーの準備．
使う機材は液晶プロジェクター &
HTML ファイル &
Netscape の予定なんで，
昨日からその HTML スライド作りを
やってるのである．
- 自分の web site 内から使いまわしのきく
材料を集める．
集めるといっても複製を取ってると
タイヘンなことになるので，
置き場所への経路をつける Perl スクリプトの
調整に苦闘する．
- 見てくれはほぼスタイルシートで何とかするつもり
……
くそう Netscape4.76 の css 実装部と来た日には
……
と毎度毎度同じコトばかり．
進歩がないなぁ，
われながら．
- 1300 近くになって昼飯．
css に呪われていたのである．
- 昼飯食いながらネット上のニュースとか見てると
……
我が家から歩いて 20 分のセガ．
その株価なんだけど，
家庭用ゲイム機から撤退を発表したとたん
ハネあがってしまったそうで．
なかなか楽しいですね．
- 午後からもゴミあさりのような作業
「使える絵はないか」
が続く．
明後日のセミナー．
聞き手は森林生態学ではないヒトたちばかり
(これまでたびたび非専門家にハナシをしたので，
その点に問題に感じてるわけではないんだが)．
時間 20 分だけなので，
絵を見せて
「この分野のモデリングはこういうものです」
などどてきとーな説明してれば終わってしまうだろう．
- 数式の画像断片ファイル化には
latex2html
を使ってみる．
あれ，
ヘンだぞ ?
いろいろと調べてみると，
先日 libpng を更新したたたりのようである．
そっちを更新したら
libgr-2.0.13-23vl2.i386.rpm
というのもいれねばならない
……
よし，
うまくいった．
- 終わりの見えないまま
1735 研究所発．
今日も歯科医院がよい．
雨．
まだ一月というのに，
雨とは何ごとか．
恐るべし巨大排熱都市・東京流刑地．
1740 JR 浜松町発．
なんでも鶴見でヒトが線路に落っこちたとかで，
品川で数分停車．
1755 JR 大森着．
ここまで 160 円．
だぁ，
なんで
こんなものがプラットホームの
ド真ん中に
……
[日本考古学発祥地]
傍若無人にも JR 大
森プラットホーム中
央にそびえる石碑．
貝塚と海苔しか自慢
するモノがないのか
ねぇ，大森 ……
- 1800 歯科医院．
予約は 1815 だが，
いきなり診察室に召喚される．
あわただしく歯に詰めれた薬品除去され，
また詰め替えられる．
歯の中に何か出し入れされると
ちくちく痛いのだけど，
虫歯を放置した罰として受け入れるほかあるまい．
「神経の治療は今日で終わりました」
とかでまた X 線写真取られる．
そうか私の神経はイカれていたのか．
今回はパノラマではなく，
自分で口腔内にフィルムを
問題箇所に押えつけてのピンポイント撮影，
という感じであった．
1810 診療終了．
あいかわらず回転速い．
今日の治療費 910 円．
明日も通院しなければならぬ．
雨の大森を歩いて
1830 帰宅．
- 晩飯食ってからもぢりぢりと作業続行．
- あ，
家賃を払っておかねば．
ネット経由で振り込む．
- そうだ．
「科学」のネット公開解禁だな．
- (更新情報)
解禁日になったので
岩波「科学」の解説記事
「長期観測データを解析する
森林シミュレイター」
をネット上で公開．
(20010125)
- 時刻は 0030．
さてさて．
いつになったら準備が終わることやら．
- 今日の食卓
- 朝 (0740):
米 0.8 合．
キャベツ・タマネギ・エリンギ・シイタケの
クリームシチュー．
- 昼 (1255):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1930):
スパゲッティー．
ソースはシチュー残りを流用．
2001 年 01 月 26 日 (金)
- 0730 起床．
2 時間ぐらい寝た．
ねむい．
気合いで起きる．
- 朝飯・弁当の準備．
シャワー．
久しぶりに体重測定．
71.0 Kg．
運動不足のわりには体重減ってる．
虫歯やせか．
朝飯．
コーヒー．
- 0755 自宅発．
雨．
0815 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 4 ℃．
0835 研究所着．
- 午後のハナシの準備．
どうしてこうぎりぎりになるんだろうね．
- それほど眠くはないが，
気分は悪い．
- 1140 ようやく 20 分間のハナシに必要な
スライドショー的 web page 出そろった．
しかし推敲まだまだ足りん．
それより問題なのはホントに 20 分程度で収まるかという
問題である
(最悪の場合は質疑応答時間を勝手につぶして
30 分まで使えるだろうが)．
メインの流れは
16 枚，
Perl スクリプトで自動生成した目次も含めて 17 枚．
問題はこれらから私の web site のあちこちに
ハイパーリンクが飛んでるだよね．
寄り道ばかりしてたら時間かかりそう．
- 内容的には変わりばえしない，
ヌルいものである．
あれこれと手法を列挙しているだけ．
しかし非専門家を相手に話すのだからこれで良い，
としておこう．
- 昼飯食ってひと息つく．
- 午後も準備続行．
- グループ長たる甲山さんや
領域長・安岡さんが独房群に来訪．
- 1320 会議室に液晶プロジェクター設置．
なんとこの怪しげ研究所の住友浜松町ビルには
そこそこの液晶プロジェクターが二台も備蓄されてるのに，
使われるのは今回が初めてらしく，
投影試験とかやってると
通りすがりの事務の人たちが
「どうやって使うんですか」
と見物していく．
- どうでもいいが
ThinkPad の APM はぼろぼろ．
電池をまともに認識しない．
いや，
APM ではなく電池が壊れているのか．
- 1400 生態系変動領域のセミナー．
今日は私と Dennis さんでそれぞれ 30 分ずつ．
Dennis さんはリモートセンシングが専門なので，
水循環モデリングやってる他のグループの人たちも
聞きにきている．
- で，
私の発表なんだが，
時間的にはそこそこであったが，
伝達できた情報量は貧弱なものであった．
英語で発表する場合はもう少し準備に時間をかけたほうが
よろしかろう，
という教訓．
うう．
ま，
図版はそれなりには用意したから，
視覚経由ではあれこれと押しつけられたか．
あ，
これが
スライド一覧
です．
クリッカブルマップを初採用したところが，
多少は工夫したところ．
- Dennis さんのりもせん話はその分野の近ごろの進展を
いくつか紹介するもの．
そちらの専門家どーしの質疑応答を聞いてると，
観測衛星依存のデータ信頼性とか
衛星画像フィルタリングのアルゴリズムに依存してるハナシ
なんかがいろいろあるらしいと分かる．
あと，
グループリーダーの発表とだけあって，
生態系領域内の他のグループとの共同研究についての
可能性をあれこれと示唆．
さて，
あーきてくちゃーモデルをスケイルアップできるのか ?
- 甲山さんから飯を食いに行かないかとのお誘いだけど，
今日も歯医者に行かねばならないのである．
- 1735 研究所発．
1743 JR 浜松町発．
1755 JR 大森から歩いて数分の歯科医院着．
今日も患者が高速回転してる．
1810 診療室へ．
またしてもドリルできーきー削られ，
なんかよくわからぬ可塑性物質で
歯の掘削あとの型をとられる．
たぶん修復用の部分的な義歯を成型するのに
使うんだろう．
1825 終了．
あいかわらず速い．
今日の診療費 300 円．
手間がかかってるように思えたわりには安い．
たぶん歯の穴に治療薬とか埋め込んだりすると
高くなる計算なんだろう．
外科的 (?) 治療は相対的に安い，
ということか．
1840 帰宅．
- 晩飯食うといきなり気絶したみたいに寝てしまう．
目をさますと真夜中．
- それから朝まで glibc のデータベイスにアクセスする
Perl スクリプトや C++ コードを書いてた．
- あ，
「今日のろーどく」
忘れてた．
- 今日の食卓
- 朝 (0745):
米 0.5 合．
クリームシチュー残り．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1910):
米 0.7 合．
朝と同じ．
2001 年 01 月 27 日 (土)
- 1400 起床．
寝たのが 0600 ごろだったか．
乱れた生活ですな．
- で，
研究計画書というのをとっととでっちあげねばならんのだが，
もちろんワキ道にそれてしまうわけで，
今日は一日中データベイスの試験評価で費されたのであった．
- 先日も言及していた Berkeley DBM は glibc の一部として
同梱されている．
よくわからんけど Perl から呼び出されているのは
/usr/include/db.h
ではなく
/usr/include/db1/db.h
らしい，
とわかったんで，
C++ による読み書き試験コードもこちらを使う．
というか
オンラインマニュアル man
がこちらしかないのである．
- 試験内容は簡単なもので，
[0,1] の一様乱数をキーとする
データ 10 万件を test.db に新規登録する
出力試験．
つぎにその test.db を片っ端から読んでいき，
内容を変更していく読み・変更試験である．
- 結果は以下のとおりであった．
乱数キーのデータベース (10 万件)
| 言語 |
格納形式 |
新規登録 |
読み・変更 |
| Perl |
HASH |
約 20.5 秒 |
約 12.5 秒 |
| C++ |
HASH |
約 18.3 秒 |
約 4.0 秒 |
| Perl |
BTREE |
約 16.9 秒 |
約 7.1 秒 |
| C++ |
BTREE |
約 14.5 秒 |
約 2.4 秒 |
- 結果は以上のとーりである．
やはり，
この規模のデータになると BTREE
のほうが速いようだ．
Perl と C++ の比較でいうと，
書きこみは両者でそれほど差はないけれど，
読みは C++ のほうが速そうだ．
- ……
てなことやって一日終わってしまった．
夜中に食糧調達に出かけると
また数センチの積雪．
雪が降ってたようである．
- あ，
いかん．
今日のろーどく忘れてた．
- 今日の食卓
- 朝 (1420):
うどん．
麺つゆ．
ワサビ．
- 昼 (1930):
米 0.8 合．
シイタケ・油揚の入った卵どんぶり．
- 晩 (0030):
パンケイキ．
小麦粉 1kg 99 円だったので，
つい買ってしまった
……
2001 年 01 月 28 日 (日)
- 1300 起床．
ほんとに週末は寝たきり状態だな．
NHK の TV 受信料うんぬんに叩き起こされた．
だからウチには電波受像機ありません，
とこれで一体何度同じことを言わせるのだろうか．
- 明日から広島出張なので，
あきらめて研究計画書作成に着手する．
31 日提出なんだけど，
それまで東京流刑地を離れるのである．
- なかなか進捗せんなー，
と外に逃げたり，
京急大森町駅横の本屋で
SoftwareDesign 誌を買ってみたり，
さらには帰宅してそれを熟読したり
……
- 時刻は 0030．
まだできんなぁ．
明日の出張大丈夫だろうか．
- う．
今日も「今日のろーどく」が
……
- 今日の食卓
- 朝 (1330):
パンケイキ．
コーヒー．
- 昼 (1820):
スパゲッティー．
トマト豆腐ソース．
シイタケ・ニンニクスライスいり．
トマトは缶詰もの．
安いし失敗がない．
- 晩 (2330):
昼と同じ．
2001 年 01 月 29 日 (月)
- 0700 起床．
眠い．
2 時間ほど寝た．
計画書なるものはいちおーでっちあげた．
- 朝飯の準備．
朝飯．
コーヒー．
- 0730 自宅発．
0736 京急大森町着．
羽田まで 360 円．
この駅は普通しか止まらない．
0744 同発．
0747 京急蒲田着．
0753 同発．
0804 京急羽田着．
0826 バスに搭乗．
乗機まで移動．
あ．
みょーに古臭いけどぴかぴかの飛行機が．
Boeing 707．
まだ飛んでるのか．
なになに「アンゴラ共和国」?
政府専用機か
(あとでアンゴラ大統領が訪日してるとわかった)．
広島行きに乗りこみ，
0850 タクシング開始．
0900 C 滑走路を南→北と離陸．
ただちに時計回りに旋回．
陸地の上を飛んではいかんという
キマリがあるそうだ．
[これは B-777]
トリプルセヴンで
ある．広島行き．
- 機内では仕事の資料を熟読．
「翼の王国」も読まないのである．
1012 広島空港着陸．
1025 手荷物回収．
1035 芸陽バスにて同発．
JR 白市まで 380 円．
1048 JR 白市着．
1052 同発．
JR 西条まで 190 円．
1100 JR 西条着．
- ここから JR バスに乗れば
広島テクノプラザに到達できる．
しかし次のバスまで時間あったので，
小林さんのご厚意に依存して，
車で来ていただく．
いやはや今から考えると
おそれおおいことだ．
- で，
途中食事したり休憩したりしつつも
2400 までアカマツ樹木個体モデルの相談である．
まずは使えるデータの性質を
明らかにしなければならない．
午後と晩飯後に眠りこみそうになりました．
- 今晩はテクノプラザ内に宿泊．
う．
今日も「今日のろーどく」なし．
- 今日の食卓
- 朝 (0710):
米 0.7 合．
昨晩のトマトソース残り．
卵の残り一個で目玉焼き．
- 昼 (1230):
広島テクノプラザ横のうどん屋．
日替わり定食 650 円．
カレイ唐揚とうどん．
- 晩 (1900):
西条のお好み焼き屋
「詩季」
肉卵そば 650 円．
ついに (昨年 3 月に食いそびれていらいの)
宿願「広島風お好み焼き」
を食べてまんぞくまんぞく．
2001 年 01 月 30 日 (火)
- 0830 起床．
よく寝た．
外を見るとうっすらと積雪してるので驚く．
- 0930 森林衰退の研究室にまたおじゃまする．
昨日作ったデーター解析用 Perl モジュール周辺の整備など．
[広島で働く Mate]
ThinkPad で力不足な場合は闇
ルーターかつ外づけ計算機たる
Mate におまかせ．しかしここ
でも壁ぎわで働かされている．
- さらにバイオマスのデータも読み込めるように改良．
- 1600 ごろまでに買いたいデータはほぼ扱えるようになる．
広島大学・総合自然科学に移動．
実験上のアカマツを見たり．
- 1645 ちょっとセミナー
「毎木調査データから森林シミュレイターを作る：
計算生態学的方法論」．
まぁ，
かわりばえしない内容です．
院生の人々や，
広島大に移っておられた
(とは知らなかったのでびっくりさせられた)
井鷺さんが見えたり．
- 夕食終えたあとに，
使えるデータのつめ，
光合成関連．
データのうちもっとも揃っている
「シュートの基部直径・長さ」
セットを「ある程度ランダムに」
再構成する策で進めて行くことに．
- 今日の食卓
- 朝 (0840):
昨晩コンヴィニエンスストアーで調達した
鶏おにぎり (240 円)．
- 昼 (1230):
広島大学近くの
「すずらん」
でランチセット (900 円)．
ピラフ・大根牛肉の煮物など豪勢な昼食
(デザート・コーヒーつき)
でした．
- 晩 (1930):
「天亀」
で定食・嫁なべ (西条名物の酒粕なべ)
を中谷さん・平川さん・小林さんに
ごちそうになる．
どうもありがとうございました
(たかり久保)．
2001 年 01 月 31 日 (水)
- 0900 起床．
寝たのは 0400 ごろ．
モデルの構想をあれこれとひねくっていたんで，
なかなか寝つけなかった．
あ，
書くの忘れてたけどずっと
広島テクノプラザ内に宿泊してるのである．
ふつーのホテルのような宿泊設備です．
一泊 4200 円．
- 0930 森林衰退の研究室にお邪魔して，
また Perl スクリプトであれこれとデータ
をいじってみる．
- どうもパイプモデルみたいな
安直なモデルは成立してないようだ．
- かなり現象論的なモデルにすることにして
アイデアをまとめる．
とはいえ，
シュートサイズ分布の平衡，
とか強引な仮定をいろいろとおくわけだが．
- なんかこう，
サイズ分布は対数正規分布とか，
アロメトリーのべき乗式とか使わんといかんみたいね．
ああ，
やだやだ．
- とぐずってるうちに，
帰らねばならん時刻に．
まぁ，
今回はデータが操作できるようになっったのと，
強引モデリングの見通しがたったことをもって
よしとするか．
- またまた小林さんに空港まで送っていただくことになる．
1735 広島テクノプラザ発．
1815 広島空港着．
すぐに搭乗．
帰路も B-777 である．
1840 タキシング開始．
ばて気味だったのか，
久しぶり
「ふわっと離陸したと同時に熟睡」
状態．
1950 気がつくと羽田着陸．
空港内をバスで移動してると，
たしかに B-777 がハバをきかせるようになってる，
と気づく．
2018 京急羽田発．
2028 京急蒲田着．
2033 普通に乗り換えて同発．
2036 京急大森町着．
買物などして 2120 帰宅．
- 晩飯食ってぼけーっとする．
- 今日の食卓
- 朝 (0840):
昨晩コンヴィニエンスストアーで調達した
広島菜おにぎり (240 円)．
- 昼 (1210):
広島テクノプラザ内
「ウィステリア」
(来月には営業やめるらしい)
で日替わり定食
(かつどんその他)
610 円 ．
- 晩 (2150):
米 0.7 合．
ホウレンソウ・ニンジン・タマネギ・シイタケ・
あぶらあげの炒めもの．