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ぎょーむ日誌 2000-02-(01-10)
苦情・お叱りは, たいへんお手数かけて恐縮ですが, 久保 (
kubo@ees.hokudai.ac.jp
) までお知らせください.
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2000 年 02 月 01 日 (火)
0850 起床. のそのそ. 0945 自宅発. 曇り. 1016 JR 琴似駅発. 1032 研究室着.
<ちゃんどら> の動作を調べているうちに, これは おそらくフューズがとんでしまったような状態なのだろう, と推定してみた. そこで フューズが交換可能かどうか 本体をばらばらに解体して調べてみる. しかしながら, あまりにも日本人的な 精密機械のごときレイアウトで詰め込まれた 本体内にはフューズのような冗長で贅沢な部品はない. したがって 定格外の電流電圧で 電源ボードが破壊されたのだと 結論せざるをえない. すなわち 直すだけ無駄 (買い換えたほうがマシ) ということだ. マヌケなユーザーによって 再起不能なところまで 壊されてしまった計算機は哀れだ.
脳内からエンドルフィンだか何だか 脳内麻薬が極端に欠乏したような状態が しばらく続く. まことに神経細胞たちとはやっかいなものだ.
【一言近況】 不注意でお気に入りの計算機を 壊してしまいました. データーは生き残ってるんですが …… まぁ, みなさんも気をつけてください. (20000201)
その寄木細工のような複雑な内部から 2.5 インチのハードディスクだけはなんとか取り出し, <Exceed> に移してみる. まぁ,脳移植みたいなもんかな …… 谷甲州「終りなき索敵」で 死体から脳外記憶装置を回収して, データーだけは 何としてでも生き残らせるようとしていた状況 を思い出す.
あるいは「風の谷のナウシカ」(宮崎駿) か. 「亡びは私達のくらしの すでに一部になっている」 「私達は血を吐きつつ くり返し その朝をこえて とぶ鳥だ」 (第七巻). はいはい, 何度でもこえてみせますよ.
…… ということで, 機械は変れど私はいつもと同じような環境で この「ぎょーむ日誌」など書いているのである. まぁ, バックアップは <鳳翔> に毎日とっているんだけど, 完全に復元するのは面倒だからね.
宮本さん, インドネシアから帰国. 2ヶ月か3ヶ月ぶりのような ……
1500 講座セミナー. 西村さんの研究報告.
1600 研究室で発注してた液晶プロジェクターが届く. B5 サイズで重さは 2.5 Kg ほど. 一同感銘うける.
さっそく <Exceed> をつないで試験運転しようとすると, 内蔵ハードディスクが破壊済みであること発見. さすがは日▲※○機!! まったく期待を裏切りません.
甲山さんの PowerBook などつないだりして 液晶プロジェクターの試験は行われる. すばらしい画質. 煌々たる明るさ. 「科学の進歩目に近く,未来に夢を走らせて」 とは京都市山科区の花山中学校の歌詞で, 作詞はなんと 森林生態学者の四手井綱英先生なのでありました (学校の近くに住んでおられた).
さーてと, またまたやってくれた日▲※○機製品による ハードディスク崩壊. これと対決しなければならない. もはやここまで現象が決定論的だと 当方はまったく驚かない. 「今回は早かったねえ」 と思いつつ, IBM 製ハードディスク (これはもともと<ちゃんどら>内蔵だったもの) を取り出し 待機状態にあった 東芝製ドライヴ (これは大学前の PC 工房で修理用に買ったもの) に入れ換える. まことに不思議なのだが, この腐れ日▲※○機製品にとっては この東芝製のほうが「相性」がよさそうなのだ. boot sequence の挙動など見てるとそれがわかる.
入れ換えたハードディスクドライヴには 先日すでに最新カーネルなどが作って入れてあり, 基本的な設定もすませてある. ふう, あの作業は無駄ではなかった. 「どうせ,遠からず完全にぶち壊れるだろう」 と予想ずみであったので, 自分用のデーター (ありとあらゆるファイルすべて,ですね) 高速復元可能な状態で <蒼龍> 内で 待機させておいた. その固まりを <Exceed> に転送して, 新しいドライヴ上でほどいていく.
とはいえ, 「誰のマシンとしても使える」 つもりで待機させておいたノート PC を, 自分がもっぱら使う機械として復元していくには ある程度時間がかかってしまう. メイラーを入れ換え, モデム駆動用のソフトウェアをダウンロードしてきて 再構築して, ニュースリーダーも作り直して …… あーあ, 今日は一日中こんなことばかりやってるな. ちくしょう. ま, どうせこの機械の場合, 近いうちに またまたドライヴを壊してくれる公算大なんだが.
修論書いている大学院生の要請で <蒼龍> のハードディスクに「辞典盤」という 辞書一式を入れる. 13 GB ハードディスクだから CD-ROM 一枚分ながしこんでも 別にどうってことない.
このちんたら遅いノートPC <Exceed> で コンパイル作業などいろいろやってたら すでに真夜中近くになってしまった. 江島さんにいただいた (引越しのさいに不要になった) 掃除機をかかえて帰宅することに.
2310 研究室発. 2325 JR 札幌駅発. 2355 帰宅.
PPxP の動作確認. よーし, なんとか PCMCIA カードのモデムを認識してくれた.
今日の食卓
朝 (0930): 昨夜の残りの野菜シチュー.
昼 (1350): ビスケット数枚と紅茶.
晩 (0040): 朝と同じ.
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2000 年 02 月 02 日 (水)
0830 起床. 雪.
昨夜は書いてる気力なかった「ぎょーむ日誌」を いまごろに. 朝から何やってんだか.
1145 自宅発. 実は腕時計も先日壊れてしまったので 時計屋にみてもらう. こいつも修理不可能と判明. けっこう気に入ってたんだが. 新しいのを探してもらう. 条件は 文字盤がアナログで ライトがつくもの. ほとんど選択の余地ない. 4400 円. ああ, ふだん貧乏生活していても 不注意ひとつでお金がどんどん飛んでいくわけだ. 1216 JR 琴似駅発. 1232 研究室着.
「あ,喉飴. 風邪ですか. ぼくも先週は喉が痛くて……」 「風邪ではありません. 鯖です」 「さば」 「先日,鯖を食べてたときに笑わされてしまって」 「はあ」 「それで鯖の切り身が口から鼻へと」 「なんともはや」 「それでその鯖をとったら喉と鼻が痛くなったので, 喉飴なめたら治るか, という実験をやっているのです」 「……あまりにも想像を絶した独創的な試みです」
牧さんからミズナラとウダイカンバの シュート動態の話を教えていただく. 牧さんは機構論的なモデリングで決着をつけようと しておられて, それはまことに方向としては正しいとは思うのだけれど, 手持ちのデーターとの対応を考えれば, まずは現象論的なモデリングから始められては どうでしょう, というようなコメントをしてみる. 不可知論 …… いや自然科学って, まぁそういうもんでしょう. 形而上学的な自然科学者も掃いて捨てるほどいるのは 知ってますが. 他ならぬ私自身ときどきはそうなるわけだしね.
浦口さんに最尤推定プログラムが遅れていること お詫びする. 昨日一日が失われたので, 今日は明後日の東京お役所的出張の準備に 着手しなければならない. もちろんプログラミングのほうが ずっと重要な仕事なんだが ……
道立林試の明石さんが来訪される. 最近は明石さんも Linux や LaTeX に少々 ハマっておられるとか. エゾシカの影響を考慮した 森林動態モデリングなどができないだろうか, といった話をうかがう.
1530 遅い昼飯を食いながら お茶部屋でのんびりしてる人達と, 北大生協と九大生協の食堂における 手抜き技法の類似と相違は何か だとか, ちかごろの女子高校生の示す display は 行動生態学的に理解すべきなのか 文化人類学的な文脈で解釈すべきなのか といった諸問題に関して真剣な議論を行う.
静男さんがマレイシアの調査から帰国する. お土産のドリアンの匂いが建物の中に充満する. 有機溶剤か揮発性燃料みたいな匂いなので 「ガスもれではないか」 との騒ぎが発生. 「あれはドリアンでした」 なるお詫びの張り紙があちこちに貼られることに なってしまった.
MagicPoint ファイル作りを続ける. しかしサブプロセスが うまく画面の一番上で走らないので, 新しいソースコードなら解決してるかと 思って拾ってみたけど, やはり (以前と同様に) うまくコンパイルできない.
けっきょく今回も HTML プレゼンテイションやる と方針を転換. やれやれ.
1920 研究室発. 1940 JR 札幌駅発. 2100 帰宅.
晩飯食って一休み. 仕事を再開する.
今日の食卓
朝 (1000): まだ残っている野菜シチュー. ブロッコリーって シチューに入れて何度か 温めなおすと溶けてしまうんだ. 知らなかった.
昼 (1520): 朝炊いた飯をタッパーに入れて 弁当として持参. お茶部屋に転がっているふりかけ で食おうかとしたところ, 牧さんが 「私の昼ご飯のおかずの残りです」 と筑前煮をめぐんでくださいました. 利他的な行為に感涙さそわるる.
晩 (2130): 朝と同じ. 自分でもよくわからない動機で 豆腐半丁とキャベツを加えて 温め直す. 味が薄まったので 固形スープとクレイジーソルトを 添加してみる. もともとの野菜は原型とどめぬほどに 煮崩れている. 何を食っているのか 自分でも 次第にわからなくなってきた.
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2000 年 02 月 03 日 (木)
0550 起床. うう,寒い.
プレゼンテイション HTML ファイル作成を続行. Netscape Navigator に組み込まれている css (カスケイディングスタイルシート) エンジンのデキが あまりにもひどくて バグに満ち満ちているので 気絶しそうになる. なにしろ レイアウトを変更すると 文字の色が勝手に変わってしまうのだ. そういった オブジェクト間の意味不明な相互作用は 合理的な解釈をまったく拒否している. いま使っているのは Navigator4.08 なんだけど, ヴァージョン上げればマシになるのかな. <ちゃんどら> で 4.61 使ってたときはこれほど無茶苦茶では なかったような気がする.
vim というエディターで日本語を入力しているうちに 次第に canna (freeware のかな漢字変換サーヴァー) と canna 用 kinput2 (かな漢字変換クライアント) の使い方を学習していく. 前の Wnn6 とそのユーザー辞書は ハードディスクパーティションごと 日▲※○機 <Exceed> (いま使ってるマシン) に潰されちゃったもんで.
1020 自宅発. 晴れ. 今日野外調査に行った人達は雪山を楽しんでいるだろう. 札幌フードセンターでミカンなど買う. 1052 JR 琴似駅発. 札幌駅横のヨドバシカメラに寄る. 1115 研究室着.
メイリングリスト管理プログラム ezmlm に関するメモ. 配信されるメイルの subject に [foo-ml 132] と いった prefix をつける方法がわかった (SoftwareDesign 2000年2月号 p.36). <鳳翔> で動いている いくつかのメイリングリスト全ての 設定を以下のように変更してみた.
すでにあるメイリングリスト用ディレクトリー (例えば ml とする) を tar zcvf する. 終ったら元の ml ディレクトリーを削除.
さらに ~/.qmail-ml-* というシンボリックリンクを ことごとく削除.
もう一度同じメイリングリストを
ezmlm-make -P -u -f ~foo/ml ~/.qmail-ml foo-ml hosho.ees.hokudai.ac.jp
……というカンジで作り直す. オプションの意味は
-P : 非公開メイリングリスト
-u : 登録ユーザーのみ投稿可
-f : prefix をつける
最初に退避しておいた ml ディレクトリーを復元 (これは新しいディレクトリー内に上書きしてる).
ml ディレクトリー内に 新しくできた prefix ファイルを編集. [foo-ml] → [foo-ml #] とすると 通し番号が打たれる.
……と寄り道なんかしながら, 延々と HTML ファイルによる 営業活動の準備を進める. 意外と遅々としてはかどらんな.
Netscape 4.08 のマヌケさに愛想がつきたので, 4.7 というのをダウンロードしてみる. 動く速度は少し速くなったが …… あああ, これってあまり賢くないぞ. やっぱ終ってますなあ.
んじゃ, 4.61 はどうだろう …… ちょっとマシかな? あー, わけわからん.
1950 研究室発. 2002 JR 札幌駅発. ちょっと買物. 2045 帰宅.
晩飯食って, 営業活動用 web page の作成を再開. Netscape で css 使っててイヤなのは 対応のないタグ書いたりをすると browser がいきなり落ちてしまうことだ. バグなのか仕様なのか.
終りなき作業つづく.
ひととおり完成したので, 研究室から借りてきた液晶プロジェクターを 使って自室の壁で幻灯試写会. 念のためすべてのファイルを <鳳翔> に送る. 0200 ごろ寝る.
今日の食卓
朝 (0850): よくわからん炒め物. 昨夜買った二把 50 円の 見切られチンゲンサイ一把と キャベツ数枚を軽く下ゆでする. 豆腐半丁 (昨夜の残り) を炒め, 上記野菜を投入. 何を考えたか, まだ少し残ってた野菜シチューも 投入されてしまう. 醤油と胡椒とキムチの素で味付け. 味のほうは …… そんなにマズくないと思うんだが …… はいはい, 私の味覚に関する批判なら いつでも受け付けております.
昼 (1330): 研究室お茶部屋で弁当を食べる. 朝食のときに余分に作っておいた 炒め物ごときものと 余分に炊いておいた飯をタッパー容器に つめて持参.
晩 (2100): ニラ玉スパゲッティー. 米が切れてたの忘れてた. ニラを炒めて 「すき焼きわりした」なるもので 味付け, 卵が一個だけ余ってたので それも入れて, スパゲッティーと混ぜてみる. なんか今日は野菜の皮とか むいたりするのが面倒で.
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2000 年 02 月 04 日 (金)
0520 起床.
0600 自宅発. 雪. 0622 JR 琴似駅発. 0636 JR 札幌駅発「快速エアポート」 0700 ごろ日の出. 家で朝から濃いコーヒー飲んだんせいか, ちょっとキモチ悪くなってくる. 0712 新千歳空港着.
0735 JAS100 便に搭乗. エアバス A300-600R. うーん, 千歳→東京の第一便なのに 客の入りは 50 % に満たないぞ. 経営大丈夫なのか. 0745 タクシング開始. 全乗客の搭乗がさっさとすんだせいか, もっとも早く動きだす. 誘導路のずっと後ろのほうから JAL と ANA の朝の第一便が追随してくる. 両社ともに B-747 ジャンボジェット.
0755 離陸. ますますキモチ悪い. リンゴジュースもらう. 軽食はない. セコいぞ,JAS. 頭の中で今日使う HTML ペイジの内容を 反芻してるうちに間違いに気づいたので, <Exceed> を取り出して修正する. いやぁ, 便利ですな. 0910 羽田着.
0926 モノレイル羽田空港駅発. 件の便が一番のりだったせいか, 車内がらがらに空いてる. ぼんやりしてるうちに都心に運ばれる. 0950 モノレイル浜松町着.
1010 怪しげな プレゼンテイションしなければならぬ 会場に到着. 「地球フロンティア」 …… うーむ, 正気じゃないネイミングだ. 80 分待機.
1130 気候モデル屋というか, そのなれのはてみたいな人たち相手に モデリングの説明. 先日, 講座で購入した液晶プロジェクターが大活躍. いやぁ, 便利ですな. 昨日から来てる甲山さんもいる. すべてはこの人の陰謀である.
「これからの地球環境問題を考える上では バイキンなんかのモデリングも必要かもしれませんな」 「さよーでございますか」 「昔プリンストンに Robert May っておったでしょ. 彼なんかは最近バイキンのモデルやっとる」 「それは知りませんでした」 「有名になっとりますよ. えいど,の …… あれって日本で何と言いましたかな」 「…… あのー, ひょっとして AIDS のことでしょうか」 「そう,それだ」 「AIDS ってバイキンじゃなくて, virus なんですが (それに最近の仕事でもないじゃん)」 「そんなのは知りませんが, 生態やってる人は ともかくそういう小さいやつのモデルを ちゃんとやらなくては」 「あのー, May の AIDS のモデルって, HIV virus のモデルじゃなくて, 感染したヒトがどう増え死んでいくか, ということを調べる疫学の動態モデルなんですが」 「だったら 地球環境とはあまり関係なさそうですな」
45 分ほどで終了. 早々に撤退開始. 1240 モノレイル浜松町駅発. 1305 羽田空港着. 時間あるので, 今回の旅の供 「統計学けんか物語 ― カール・ピアソン一代記 ―」 (安藤洋美,海鳴社) を読む. この著者のものはどれも面白い. この一冊はとくに興味深い. 科学者って 100 年前から ちっとも進歩しとらんな.
1440 JAS115 便搭乗. おおお,今回は B-777 (トリプルセヴン) だ!! 各座席に 6inch ほどの液晶ディスプレイが. さっそく映像を切り替えて機外の様子など見る. 1505 離陸. 疲れが出たのか一時間ほど気絶. 気がつくと千歳に着陸する直前. 1620 新千歳空港着.
1632 JR 千歳空港駅発. 1709 JR 札幌駅着. 1720 研究室着.
京大の八木さんが研究室に来訪されたので, みなで札幌駅北口の「つぼ八」に行く. 1930 研究室発. けっこうなイキオイで清酒が飲まれていくのを 眺めながら, 私は烏龍茶などすすってみる.
2350 JR 札幌駅発. 0020 帰宅.
今日の食卓
朝 (0530): ビスケット 5枚, コーヒー.
昼 (1325): 羽田空港内のドトールコーヒーで ミラノサンドA と アイスコーヒー (セットで 520 円). 外食は実はニガテで, とくに一人だと立往生してしまう. 20 分ほど空港内をぐるぐる回った末, 一番無難そうなところに入る. ミラノサンドA なるものは, 生ハムとレタスを バゲットにはさんだだけのもの である. 何がミラノなんだか.
晩 (2000): 札幌駅北口の居酒屋「つぼ八」にて 刺身盛り合わせ・ ホッケの開き・ シュウマイ・ ラム空揚げ・ キノコフライ・ 焼きとり などなど居酒屋的メニューをこなす.
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2000 年 02 月 05 日 (土)
0930 起床. 晴れ.
1155 自宅発. 1250 JR 琴似駅発. 1330 研究室着.
アロメトリー解析用 最尤推定プログラミング 続行.
温かい缶紅茶買うつもりが 冷たいのをかってしまって, とてもくやしい気持になる.
プログラミングは片付いていないが, おなかが減ってきたので 帰宅することに. 研究室の大学院生たちが まだまだがんばって仕事してるので, こそこそと撤退準備. 1955 研究室発.
今日は絶不調だったなぁ.
今日の食卓
朝 (1000): チンゲンサイ・ キャベツ・ エノキダケの炒め物.
昼 (1400): 弁当. おかずは朝と同じ. 浦口さんに 「ちょー早食い」 と評されてしまう. そうかな.
晩 (2120): 豆腐・ キャベツ・ ニンニク・ ニラ・ シイタケの炒め物. うーん, なんか似たようなものばかり 食ってるな.
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2000 年 02 月 06 日 (日)
1000 起床. 曇り.
自宅にこもって最尤法プログラミングの続き …… あああ, やっぱダメだ. こんな汎用性のないプログラミングでは まるっきりダメダメだ. サブモデルを変更するたびに いちいち尤度関数の 一次と二次の導関数を 導出してやらなければならない. 三元連立の非線形尤度関数ですでに発狂しそうだ. くそう, こうなったら抜本的に ケリをつけてやる. 数値微分だ. 打ちきり誤差・丸め誤差という 二匹のバケモノの跳梁するこの世界には 足を踏み入れたくなかったんだが …… いや, 最尤法を使うかぎり, けして逃れることはできない問題だ.
Newton-Raphson 法と Polytope 法の どっちがマシなのか. 尤度関数の形に依存してるんだろうな. 両方とも作って比較したほうが良さそうだ. まずは前者か.
汎用性を追求するなら ふつーの配列を <vector> か 何かで書き直したほうがよさそうだ. ふう. 小さな問題だが, これもめんどーだ.
……と決意したものの, いつ終るともしれぬ面倒と 正面から組み合うのは 勇気が必要だ. いつものことなんだが.
ぢりぢりと進む. 葡匐前進のように. とりあえず行列と逆行列をまとめた Matrix クラスを作ったりして 古いプログラムを書き換えていく. 最後は原型とどめぬほどに書き換えられるんだろう. …… 一次元のヴェクターは配列のままでいく.
いまやってるのは一次元の確率分布なんだが, 多次元に拡張した場合, 問題がすさまじく面倒になることに気づく. パラメーターの数が増える, というだけでなく, データーの
一点ごと
に 多次元確率空間のなかで 「最尤原理を満たす確率分布」 ってのを探索せねばならない. これって無茶苦茶にたいへんそう. しかし 立ち向かわねばならんのだろうな. いずれは.
ともあれ, 今は一次元のほうだ …… 日がくれると調子があがる. われながらどうなってんだろ. 2140 数値微分のところ以外はひととおり作って, コンパイラーに通るようにする. はは. 一番面倒なところから逃げてどうする.
夜中になってもプログラミングは終らない.
今日の食卓
朝 (1020): ビスケット 10 枚・ コーヒー.
昼 (1510): 豆腐・ キャベツ・ ニンニク・ ニラ・ シイタケの炒め物. うーん, なんか似たようなものばかり 食ってる …… って, これは昨晩の残りの材料そのまま 使ってるんだよね. え? 同じ材料で 違う料理作るぐらいの 創造性を見せろって?
晩 (2040): 昼と同じ. というか昼の残り.
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2000 年 02 月 07 日 (月)
0940 起床.
プログラミング続行. どうして, こんなシンプルな問題にてこずってるのか. 言い訳するなら, 着手する前にあれこれと考えてしまうからである. 一回だけ使うプログラムであれば 誰だってすぐに取り掛かれるだろう. しかし, これから末ながく, しかも自分だけでない多くの人が使うものであるなら 「どういう使われ方するか」 を多少なりとも考えなければならない …… とはいえ, このあたりが頭の中で整理できてないのは, 今までロクなものを書いてなかったむくいなんだろうな.
いままで最尤化されるモデルパラメーターの型を double (倍精度浮動小数点) にしてたけど, いろいろと制約条件とか面倒になってきたので, Parameter というクラスを新しく作って, 全体を直してみる. 良くなったのか悪くなったのか.
<Exceed> が てきぱき動いてないような気がするので, XFree86SVGA の 設定をいじって 256 色モードに落してみる. 画面表示に関しては多少は速くなったかな. やっぱ VideoChip の Neomagic がいかんのだろうか. 当り前のことだけど, 画面全体の色はなんかヘン. RAM に関してはたいして節約になってないような.
コンパイルエラーの刈り取りは GUI 版 vi (!! どーです驚いたでしょう) である gvim でやる. ex モードで make するだけで 問題ある行の全てを示してくれる. さーてと, いろいろ新しく導入したクラスのバグとりはすんだ. 外堀は埋められつつあるな.
朝から飯を食ってないので, 数値偏微分行列の計算関数を書きかけの段階で, 昼飯を作ってみる.
Parameter クラスをあらかじめ作っておいたのは 正解だったとわかった. 数値偏微分を計算するときに モデルパラメーターの値を 「ちょっと上」とか「ちょっと下」 に変更するときにすごく便利.
うーむ, 尤度の計算と偏微分行列の生成って 分離したほうがいいのか そうでもないのか.
さーてと, 一応完成した …… だけど 真のバグ取りはここから始まる. 数値計算の本が必要なんだけど手元にないんで 学校にいくことにする. <Exceed> はいつまた壊れてもおかしくないので, 最尤法プログラムは束ねて固めて先に北大に送っておく.
1510 自宅発. 1535 JR 琴似駅発. 1550 研究室着
浦口さんにプログラミングの遅れに関して あれこれ弁解がましいこと申し上げる. 最尤法と尤度比検定の枠組に対する 確信が弱まったカンジで不安になった. そこでお茶部屋のホワイトボードを駆使して, 最尤推定法によるモデル推定という手法を 牧さんとかとーさんに「教化」してみる. 「ああ,なるほど」「そうなってるんですね」 と納得されると, 私自身の狂信度が上昇してココロの平安が実現する. イエズス会ならば この愚行を大いに称賛してくれるだろう.
ぜーたくなことに 256 色ではやはり見にくいような 気がするので, <Exceed> を 32 bit color mode に戻す.
思ったより数値微分というのは使いでがあるような気がする. 少なくともプログラミングの段階では とても便利だ (Parameter クラスが意外な健闘してるカンジだ). 問題は誤差だな.
試運転始めるが core を吐くバグがわからん …… あ,これはつまらんバグだった. しかし, まだまだバグは残っている. 無限ループ落ちのつまらんバグをもひとつ撃退.
お茶部屋でユニさんの料理を皆でいただく.
バグ取りは延々と続く.
牧さんがシュート動態モデルで面白そうな結果を 計算しているので, それについていろいろと教えていただく.
0000 研究室発. JR は無理だが地下鉄なら間に合うかと 北 12 条駅に行ってみるが, 0006 が最終であった. すでに遅し. 歩いて帰ることにする. 再び構内に突入して北大を斜めに横切り, 札幌競馬場の北側をかすめる. 氷点下の寒空のもと凍り付いた歩道を進む. 0125 帰宅. 久しぶりに長時間運動した.
今日の食卓
朝昼兼用 (1350): キャベツ・ニラ・シイタケの炒め物. 冷蔵庫の残り物です. 味付けが例の「すき焼きわりした」 なる怪しげな調味液から離脱できない. 炊飯器で一合炊いたんだけど, おなか減っていたので全部食べた.
晩 (2100): インドネシアの鶏肉料理. ユニさんが作ったのを お茶部屋で大学院生たちといただく. きちんとイスラム的に処理された 鶏肉をタケノコ・ヘイゼルナッツ とスパイスで一時間ほど煮たとのこと. スパイスが上等な肉の繊維にまで 染み込んでいて とてもおいしかった.
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2000 年 02 月 08 日 (火)
0910 起床. 晴れ. 朝飯. バグ取り.
1100 自宅発. 1120 JR 琴似駅着. 列車出たばかりで, 次のは 20 分後. 天気もよいので 学校まで歩いていくことにする. 1200 研究室着.
1200 より講座ゼミ. 昼飯食いながら. 今日は D1 たち. 下野さんが高山植物の生活史特性の 可塑性と遺伝的分化について. 谷さんが林床大型草本のフェノロジー. どちらも面白そうではあるが, 難しそう.
1500 終了. 九大足寄演習林の田代さんが見える.
逆行列バグが取れず. おそらく すごくつまらんミスのはずなんだが ……
1630 より樹木・森林の「アーキテクチャー会議」. 趣旨などは
甲山さんのペイジ
を参照のこと. 環境研から竹中さんに出張していただく. 低温研から隅田さん・高橋さん, 足寄演習林から田代さんも参加していただく.
会議の最初の90分ほどは甲山さんと私が 比較的わけのわからん話をやる. 甲山さんが背景説明ならびに 地球環境がらみのプロジェクトとの関連という やつを説明するんだが, 果して何人が粗筋を理解できたか. 続いて私なんだが,
パイプ樹木のペイジ
など示しながらあれこれとモデリングの 説明してみるんだけど, 知ってる人には冗長な繰り返しということだろうし, 知らない人には説明不足というカンジであった. 私が面白いと思ってる光量計算の部分の説明は 少しマニアックすぎるような気がしたので, てきとーにはしょって分かりにくくなった. 一方で, 樹木成長の部分は 「このモデルはなかなか良いのだ」 というような宗教的布教欲をあおるものではないので 熱意のない説明となり, すなわち良く考えられてない説明なので わかりにくくなったわけだ.
私のほうへの質問はやはり光量計算の部分ではなく, 樹木成長のモデルに集中する. ま, そういう顔ぶれであるわけだし.
パイプ樹木のパイプとは パイプモデルの 現象論的な側面を考えてるのか, もう少しパイプの機能みたいなものを 考えているのか.
どんな樹木形成モデル作ってみても だいたいそれらしい形になるもんだ.
一方で, 枝のそれらしい太さ成長の再現は 難しいかもしれない. 枝の太さを決めるモデルは どうすべきか.
大枝レヴェルの撹乱による 死亡みたいなことは入るのか.
貯蔵期間→シンクへの振り分けは 「シンク強度」に応じて ということになると思うが…… この強度というのは枝の太さに関連 あるというようなモデルはどうか.
質問や意見に対して, パイプモデルの特性に関するものは 「モデリング担当」たる甲山さんに回し, 「もっと別のモデルを」という要望には 「そういうアイデアが自分で実現できるように, プログラムを作ってあります」 とプログラミング下請け業者の私は コードを示して「ほら,簡単でしょ」 …… うーん不誠実な対応ではなかった, と思うんだが.
会議室でこんな話ばかりしててもしょーがないんで, 北 18 条の
塩野屋
なる飲み屋に移動する.
おじさんたちはタクシーで先行したので, 大学院生たちと大学通りを歩いて北を目指す. 女性大学院生たちの会話. 「竹中さんの声って人柄が出て良いカンジですよね」 「そうそう. 久保さんのしゃべり方が攻撃的なのとは 対照的だよね」 …… ということで, 私の不人気の原因の一端が解明されたようだ.
塩野屋にて北海道的魚介類を楽しむ. 今日も清酒が熱燗や冷やでぐいぐい飲まれていく 様子を見物しつつ, 烏龍茶などすすってみる.
2230 ごろお開き. 2325 JR 札幌駅発. 0030 帰宅.
今日の食卓
朝 (1000): 昨日の昼飯の残りの炒め物.
昼 (1200): 弁当. おかずは朝と同じ. 飯は朝昼あわせて一合.
晩 (1830): 塩野屋で ホッケ・ハッカク・キンキ・ ナマコ・ホヤといった 北海道的魚介類を賞味する.
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2000 年 02 月 09 日 (水)
0700 起床. 晴れ.
0800 自宅発. 0820 JR 琴似駅発. 0840 研究室着.
0930 昨日の会議の続き.
メモ
を取りながら参加する.
【更新情報】 「アーキテクチャー会議」なるものの 簡単な
メモ
を公開. このファイルの URL は近日中に変更されます. (20000209)
会議してる席に液晶プロジェクターとネットに 接続された計算機があると便利ですな. 「こういうモデルがあったはずだが……」 というときに, すぐにネットに探しに出かけることができる.
1330 ごろ昼飯を食いに行く. 竹中さん・田代さんが帰られる. お疲れ様でした.
修論書いている大学院生が 「Linux で動く gnuplot や Ngraph では 棒を塗りつぶした 棒グラフが描けない」 とご不満の様子なので, Topaz というさらに高機能なやつを 拾ってきて, <蒼龍> 上でコンパイルしてみる. てってー的な CUI 指向で ちょっとふつうのとは使い勝手が違うカンジだが, 慣れるとなかなかよい.
しかしながら, 修論締め切りに追われている多忙な大学院生は そのころには gnuplot で描いた棒グラフを Tpng で加工して色つき塗りつぶし棒グラフを 作ってしまっていたのであった.
かとー大先生, Topaz を見て 「やっぱグラフ描くのは Mac かなぁ」. この人は Linux 用の R (あの有名な統計パッケイジ ``S'' の イミテイションであるフリーウェア) すら使っているというのに ……
ふたたび,かとー大先生. VineSeed (新ヴァージョンの VineLinux 準備版) に 入っている XFree86 の日本語フォントがなかなか 見やすいとのこと. まず Vine1.1 の XFree86-xfs-3.3.3.1_jp-1 と ek ブランド rpm パッケイジ の chkfontpath-1.5-1 を入れ, 次に VineSeed の XFree86-jpfonts-2.0-7 にアップグレイドしてみる. おお, たしかに良くなった. 何より文字のサイズ・フェイスの種類が増えたのがよい.
さっそく他のLinux マシンのフォントも変更してみる. 一部には不評であった.
グラフソフトやフォントを入れてみる …… うーむ, 実はこういう安易な作業は, 最尤法プログラミングがうまくいかないという 厳然たる事実からの逃避なのであった. いやはや.
牧さんがシュートのサイズ依存的な死亡傾向を発見したので, そのモデリングと最尤法によるパラメーター推定方法の 検討をお手伝いしてみる. これも逃避だ. あー, しかしながら ここでもやはり多元非線形連立方程式を 陰的に解かなければならぬこと判明. すなわち件の (ある程度は汎用性がある) 最尤推定プログラムを完成させなければならぬ, ということだ.
というのに, まことに軟弱なことに, 腹が減ったので帰宅することに. 2000 研究室発. 2030 JR 札幌駅発. JR 琴似駅を出るころには どしどし雪が降ってきた. 2110 帰宅.
早起きしたせいか 晩飯食ったらすでに眠くなってしまった. ああバグ取りが.
今日の食卓
朝 (0740): キャベツの味噌汁.
昼 (1430): クラーク館 2F 「きゃら亭」 のハンバーグ定食 (750円). 和風ソース大根おろしつき.
晩 (2140): 朝の味噌汁に具を追加したもの. 豆腐・ダイコンを入れてみる. 飯は今朝 炊飯器で炊いたものを, 「保温」にして 一日放っておいたんだけど, やはりぱさぱさになってしまった. これはやっちゃあ いかんことなんだなぁ.
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2000 年 02 月 10 日 (木)
0550 起床. 0650 ごろ明るくなる. 晴れ. 10-20 cm ほど雪が積もったか.
朝から昨日のぎょーむ日誌を書いてみたり, 会議のメモに手を入れたりする.
バグ取り続行. 早起きしたせいか, 現実逃避のためか, 10 時から 11時までまた寝てしまう.
あー, ばかばかしい. バグだバグだと思ってた逆行列計算関数には 実はまったくバグがなかったことが判明した. 計算試験用に私が与えた行列がたまたま Gauss-Jordan 法では処理できない 行列だったのである. すなわち, Micro$oft ふうに述べるならば, GJ 法の「バグではなく仕様」ということになる. まあ, 最尤法の計算では行列の要素がすべて整数になり かつそれが「解けない」組み合わせである 確率は限りなくゼロに近いだろうから 大丈夫だろう …… 抜本的には LU 分解を 使うようにしなければならない. いかなる場合でも必ず解けるようにする関数を 作るのは結構めんどーだろう. よって後回しだ.
逆行列問題を解決しても, うまく計算できない. 今度は数値偏微分行列の問題か. 数値微分の数値微分を二重に計算しなければ ならないところがあるので, テンポラリーな Parameter 型変数を使う アルゴリズムに変更してみる …… うーん, まだうまくいかないなぁ. Parameter Class まわりの細かいバグを つぶしていく.
昼飯を食いながら, なんとなくラジオをつけてみる. 国会中継やってる. たぶん 「統計データーを出すと具体性がでて良い」 というような 「質問マニュアル」があるんだろう. 数字がやたらと質問の中に出てくるんだが …… なかなか悪どいぞ. 「君にも出せる有意差」(cf. 粕谷ピンク本) というほど高尚なものではない. 「日本の『食糧自給率』は 60% だから, 輸入が止まると国民の 4 割が飢える」 …… まぁ, この程度だ. 論理的な議論というより プロパガンダの表明合戦なんだろうから, これでも良いのか.
昼飯食ってもバグ取りは続く. この最尤法のプログラムは C++ で書いてるんだけど, こいつは結構ややこしい決まり事がいろいろとある. たとえば文法的に正しい書き方がわからなくなったとする. どうしたらいいか. 私の場合, ごく短い実験用コードを書いてみる. そういう実験用コードを生成するためのプログラムを あらかじめ準備しているほどだ. あいまいな点を調べられるようなプログラムを作り, コンパイルして実際に動かしてみる. 迂遠なようだけど, 確信もてる書き方を 意外と効率よく見つけ出すことできる.
1630 自宅発. 1654 JR 琴似駅発. 1710 研究室着.
1715 より隔週の怪しげセミナー. 担当は清野さん. アロメトリーの話のようなので 今回はまともなのかと思いきや, やはりキワモノ的であった. 著者のよくわからん見解によれば Corner の法則 (ついに何がホントのCorner の法則かわからんかった) は「当年生シュートの太さと葉面積は正比例」 ということになったり (パイプモデルみたいですな), 主成分分析と共分散分析を混合してみたり, どうも恣意的なんじゃないかと疑われるよーな 種間比較やってみたり …… ま, やりたい放題なわけです. 反パイプモデル闘士の牧さんが 「こんなんパイプモデルとは関係ありませんよ」 とすさんでいました.
Ngraph の魔術師・田代さんによると (参照:
かとーさんの掲示板
), Ngraph でも塗りつぶし棒グラフが書けるようです.
最尤法プログラミング続行. 完成がどんどん遅れていくにつれ, この仕事をとりまく情勢が変化していく. いまや元祖発注者である浦口さんは 私の連日の納期延長の言い訳など もはや全くアテにせずに修論どんどん書き進めるし, 来週に研究の中間報告する牧さんは 「パラメーターの推定値がなきゃ, そういう発表にします」と 早くもリスクヘッジを考え出すし, 進んでいない「しれとこモデリング」発注者の 西村さんには 「いやー,いま作ってる推定プログラムができれば, 針葉樹の成長モデルなんてすぐにできますよ」 と 未完成製品に面倒を押しつけるし ……
くそう面倒だ. しかし過程を追ってバグをつぶしていくしかない. すでに最尤化の計算が走り始める状態には なっているんだが, パラメーターセットが 明後日の方向にすっとんで行く という問題にわずらわされている. どうも今回の新機軸である数値微分のところに 問題ありそうだ.
昨日フォントを入れ換えた牧さんの <蒼龍>. 新しく導入された 「丸文字フォント」を設定した Netscape Communicator で この「ぎょーむ日誌」など表示してみて はしゃいでおられる. 「女子高生が書いた日記みたーい」
2330 研究室発. 2350 JR 札幌駅発. 0020 帰宅.
終り無きバグ取りは続く.
今日の食卓
朝 (0700): 昨夜の残りのダイコン・豆腐・キャベツの 味噌汁.
昼 (1330): 朝の味噌汁と飯の残りで雑炊を作ってみる.
晩 (0050): ダイコンの雑炊. 帰宅してみるとおかずはないのに, 冷やご飯だけがちょっと残っている. 昆布でだしをひき, 拍子木に切った大根を煮る. 味噌と冷やご飯を投入して 雑炊とする.
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