ぎょーむ日誌 2001-01-23

2001 年 01 月 23 日 (火)

• 0730 起床． 2 時間ぐらい寝た． まぁ， その前に 3 時間寝てるわけだが． しかし眠い．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． いかん． 朝飯食いつつ寝てしまった．
• 0830 自宅発． 曇． 数分遅刻するな． 0846 東京モノレイル流通センター発． 浜松町の気温 4 ℃． 0901 研究所着．
• なんか朝から疲れた． 眠い．
• 午前中はメイル書きと， 開空度関連の作図， 開空度計算のごく簡単な解説ペイジ作り， で終わってしまう．
• なんかみょーに時間かかってるな． VineSeedPlus から gnuplot の 新しいやつを取ってくると， gd の新しいやつを要求され， gd を新しくしようとすると linuxconf が 古いやつ使ってんだよと怒られ， じゃあ linuxconf も新しくしましょうとすると ncurse も新しくしてくれと要求され …… というありがちな rpm ちぇいんに ハマったのがまずかったのか．
• 昼飯食ってから， ちょっと手直し． まあ， こんなものかな．
• (更新情報) 小川モデル開発 のペイジに 「開空度の観測値と計算値：とりあえずの比較」 を追加． (20010123)
• さて， 研究計画書なるものをでっちあげるために 何か所かにお頼みメイルを出さねばならんのだが …… なんか面倒感あって， Netscap6 などダウンロードして遊んでしまう． うーむ， 「ぎょーむ日誌」の <li> が正しく表示されん， とスタイルシートをあれこれとひねくる．
• いかんいかん， と気を取り直してメイル書き． 1430 終了．
• 〆切もせまってきたんで， しょうがないから研究計画書に着手する．
• 事務の人から電話． 出張の書類について． 「あのー …… この先方からいただいた書類にある バクロ事件 って何でしょう?」． はい． 出張先の多忙な事務担当の方が 「曝露実験」 を誤って入力されたモノです．
• …… ふと気がつくと， ネット上の文献で gdbm だの データベイス関連モノばかり読んでいる． はい． 仕事に復帰．
• いやいややってるとなかなかすすまなくて ますますいやになる．
• なんか使いまわしのきく文書はないかと， ディレクトリーを探す． 「ぎょーむ日誌」みたいに役にたたんことばかり 書かれたファイルはいくらでもあるんだが ……
• 1750 研究所発． 浜松町の本屋 dan で データベイス関連の本をちょっと漁る． SQL ねえ …… もうちっと気軽な dbm 系の本なんかは全然ないな． 1834 東京モノレイル浜松町発． 1905 帰宅．
• う， 今晩は晩飯食ったあとに コーヒー飲んだり風呂に入ったりして， いきなり寝込んでしまわないように努力した． しかし仕事進まなかった． ねむー
• あ， 当面の仕事に直接関係ない知見は得られた． ライブラリー glibc に DBM (Berkley のデータベイス DB) が含まれているコトはわかった． Unix 使いの場合， 一番身近にあるデータベイスはコレだ． Perl や C から操作することができる．
• Perl で取り扱う場合の， ごく簡単な例を示そう．

	#!/usr/bin/perl
	use DB_File; # Berkley DB を使う
	$db = tie %hash, 'DB_File', './test.dbm'; # データベイス作成
	$db->put( "kubo", "tak" ); # データ追加
	$hash{ "kubo" } = "takuya"; # データ変更

とくに「保存」みたいなことはやらずに終了． カレントディレクトリには test.dbm というファイルが生成されている ( file test.dbm すると test.dbm: Berkeley DB 2.X Hash/Little Endian (Version 5) と出る)．
• さて次にこれにアクセスするには， たとえば以下を実行すると ……

	#!/usr/bin/perl
	use DB_File; # Berkley DB を使う
	$db = tie %hash, 'DB_File', './test.dbm'; # すでにある test.dbm を開く
	print $hash{ "kubo" }."\n"; # データ表示

先の Perl スクリプトの最後で行われた 「データ変更」が反映されて takuya という値が表示される．
• いやー， すごく簡単ですね． ちょっと問題なのは test.dbm がテキストファイルではなく， なんかバイナリーなモノになっちまってる， というぐらいか．
• ということで， 使える局面ありそう． glibc 依存ではあるが (Unix 系 OS で動かすぶんには問題ないな)． 小さなファイルならわざわざ DBM 使う意味ないから， 巨大ファイルの読み書き変更なんかに．
• 使える局面ねぇ …… もし， これで Perl スクリプトなんかと C++ なシミュレイターなんか (Berkley DB は C/C++ からも上と同様に操作できる) の間で データ読み書き & やりとりが高速化されて， データファイルのサイズがコンパクトになるならば …… 自作したメモリ浪費的 Filereader クラス (DBM と機能が似てる) はりすとらだな． ま， Filereader もテキストの 小さなパラメーターファイルなんかを さっと読ませるには便利ではある． しかし， もはや森林内の数万本の樹木個体とか 樹木個体を構成する数万本の Pipe なんかを BEGIN-END 構造に格納する必要は無くなる．
• ふと思いついたんだが， 開空度計算用の三次元データ格納してなお， 十分なアクセス速度を発揮するならば ……
• …… ま， このあたりはいずれ評価試験やりませう．
• 今日の朗読
  ``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
  Part I Theoretical bases of population dynamics
  Chapter 1 Basic properties and structure of population processes
  • 1.8 Concept of density dependence
    • 1.8.1 Connotations of `density dependence'
    • 1.8.2 Density-dependence process and density-dependent regulation
    • 1.8.3 On the idea of detecting density dependence and population regulation
• これでようやく第 1 章終わりである (1.8 までだった)． 最後の節は density dependence という語句に対する 著者独自の見解である． まず最初に一般に密度依存といった場合に， (1) 密度変化と統計学的な相関のある要因 (広義) (2) 密度変化と因果関係もつと考えられる要因 (狭義) のふたつあるが， この区別はそう簡単ではない． ところで 1.6.2 で述べられたように 著者が `density-(in)dependent' というような語を使う場合は後者の意味で， しかもその要因が密度に影響される場合に限定， という独自の定義をかかげる． 前節 1.7 で見たような再生産速度をふらつかせても (しかもその影響が密度によって異なるとしても)， 個体群密度に影響されない (天候などの) 要因は これを密度依存とは呼ばないのである． なぜ， かかる定義になるのかと言えば， それはこの章で繰り返し述べられてきた， 個体群の persisitence を実現するための regulated な状態を 実現するのは密度そのものに 密度変化が左右される場合のみ， という理論的な背景がある (密度非依存な機構だけでは定常状態は実現しても fragile ある)．
• 最後の最後の 1.8.3 では， じゃあそういう密度依存だの個体群の regulation をデータから検出できるか， という話なんだが， 実はそれはなかなかに難しい， という話になる． 時系列データとったときに時間相関をひねくって ある種の統計量を構成したときに， それが -0.5 という値に収束すれば regulated な集団で， まったくデタラメに変化する集団ではゼロになる． 実際のデータで計算してみるとこの -0.5 からゼロの 間に収束することが多い (この統計量は収束が遅い ―― 信頼性をあげるには大量のデータが必要である)． ということで， 判定が困難． あるいはもっと悲惨な場合というのがあって， その統計量が収束しない． さらに深刻なのは， データ (標本) から推定されたその統計量が 必ずしも一致推定量になってない (個体群動態の過程に依存する)， と「ええっ，いまさら」な難点もある． とはいえ 「気候変動だけで個体群の変動が説明できる」 というような気候説に対抗するためにも， 理論的には persistence な集団を生成しうる 「密度依存性」に著者はコダわるのであり， このあたりの具体的な理論の詳細は 次章以降に語られるのである．
• 今日の食卓
  • 朝 (0740): 米 0.5 合． 豆腐・キャベツ・エノキダケを炊いたもの．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1915): 米 0.7 合． 朝と同じ．