ぎょーむ日誌 2001-01-(01-10)
2001 年 01 月 01 日 (月)
- 0900 起床．
今日は午後起きにならなかったな．
よく晴れているようである．
- (一言近況)
新年，
明けましておめでとうございます．
今年もよろしくお願いいたします．
(20010101)
- ラジオのニュース聞きつつコーヒー飲む．
朝から都内あちこちで渋滞の模様．
ごくろーなことである．
東京圏に住む連中ほど
混雑なんかを真摯に愛する人々も珍しい．
- 外づけ計算機にされてしまった Mate の内部時計が
どんどん狂っていくんだけど，
こいつは今のところ直接ネットにつながっていないんで
補正しようがない
……
いや闇ネットで
ThinkPad につながっているじゃないか，
ということで，
のーと PC 時計サーヴァー化作戦発動．
/usr/doc/xntp3-5.93
の文書を読みつつ．
- まずサーヴァー側だけど
……
これは単に
/usr/sbin/xntpd
で良いようだ．
& つける必要なし．
Port123 で起動している．
さて一方，
床置きにされている Mate から
これを参照するには
……
うーん，
どうにもわからんが
/usr/sbin/ntpdate -u (NTP サーヴァー名)
というふうに -u オプションつけんと
いかんようだ．
ともあれ，
闇ネット内で時計の補正ができるようになった．
ThinkPad 内の時計は PPP 接続したついでに
どこかの NTP サーヴァーを見て補正すればよいのである．
- 朝飯とて，
昨晩炊いた飯と
昨晩煮ておいた野菜で味噌味雑炊．
元旦朝から雑煮ならぬ雑炊食ってるやつも珍しいんだろうか．
冬山合宿みたいですな．
- スゴロクがわりというわけでもないが
(……などと言いわけしなくてもよさそうだケド)，
電算乱数迷宮双六 Nethack で 2 時間ほど遊んでしまう．
わりと順調に進めていたんだけど，
最後にうっかり cockatrice
(コカトリス :
おんどりの卵から生まれ，
頭と足と羽はニワトリ，
胴体と尾はヘビで，
ひとにらみで人を殺したといわれる伝説上の怪物
(研究社英和辞典電子版))
の卵を食ってしまって，
石の彫像になって死んでしまいました．
いつものごとく Nethack らしい理不尽な結末である．
- さて，
正気にかえったところで仕事にとりかかろう．
自宅闇ネットのルーターであり
外づけ計算機である Mate にアクセス．
ofr2000 の起動準備運動．
- うーん，
地形補完やるところで，
やはり GMT がないとまともに動かん．
とはいえ，
使ってるコマンドは surfarce と grd2xyz
だけだからなぁ．
- 一計案じて，
このふたつの GMT 実行ファイル (バイナリーファイル)
を ofr2000 ディレクトリーに組み込んでみる．
環境変数 $GMTHOME を
ごまかせばちゃんと動作してくれるはずである
……
よーし，
うまくいった．
自分で地形補完プログラムを作るまでは，
これでしばらくごまかすことにしよう．
少なくとも手持ちのマシン・共同研究者のマシンに
GMT をインストールする阿呆らしさからは
脱却できるはず．
- さて，
コードというよりシステムの改良に
取り組むのだが
……
やはり ssh まわりの設定がへっぽこで
使っていて不便だ．
腹をくくって ssh 設定に取り組む．
- その過程でわかったことを列挙すると
……
- /etc/ssh/ssh_config の
AgentForward は yes にしないとダメ ?
(自信なし)
- $HOME/.shosts のパーミッションは要注意．
これが 600
(スナワチ所有者以外ノ
読ミ書キを禁ズ)
になってないとまずい ?
しかし 644 でも通ってるような．
664 は不可．
- 環境変数 HOSTNAME に要注意．
私の場合，
ルーターの名前を浜松町で
設定したときに mate にしてたんだけど，
その後自宅闇ネットの都合上で
/etc/hosts 上は kubo-yami になる．
これが矛盾してると
X の Forwarding がうまくいかない．
首尾一貫させる必要あり．
- 最後の HOSTNAME 問題でぢたばたしてるときに
……
またやってしまった．
X を無理矢理通して
ThinkPad の画面上で Mate の
netcfg を使って設定結果を見てるときに
うっかり eth0 を inactivate してしまった．
これはつまり
……
岩場で懸垂下降してる最中に
荷重のかかってるロープを自らナイフで
切断するようなものである．
Mate はネット機能を失い，
闇ネット経由の呼びかけに応答しなくなった．
- しょうがないんで鍵盤つける．
液晶ディスプレイを取り付けるのは面倒なので，
ココロの中の画面を参照しつつ login．
面倒なことはやめてそのまま reboot．
- 闇ネット復旧．
復旧したときに気づいたんだけど，
この自宅闇ネットみたいに
ルーターひとつだけの「閉じた」ネットなら
闇側の route 設定やらなくても OK なんだな．
北大や浜松町の闇ネットは表・闇双方に
別の IP アドレスをもつルーターあるんで
ちゃんと設定せんといかんわけだが．
- 以上の顛末をぎょーむ日誌に書きつつ
……
以前から気になってた CSS
(かすけいでぃんぐすたいるしーと)
をちょっと変更してみる．
箇条書の「・」の色指定に関するものである．
私の Linux 用あるいは北大にあった Mac 用の
Netscape 4.* では「・」の色だけが緑で，
文章は黒っぽい色として表示されていた
(これは意図どおり)．
しかしながら，
浜松町で M$-IE 使う機会があったんだけど，
これだと文章まで緑になっていた
(しかも行頭に「・」なき list-item は黒)．
- この場合，
どちらのブラウザーの解釈が正しいのか
判然としない．
手元に二冊ばかり CSS 解説書があるけど，
どちらもへっぽこで役に立たん．
しばらくは「・」 も文章も黒，
というふうにしてみる．
- ふう．
ひと休み．
ほうじ茶を淹れ，
木村屋のシナモンレーズンパンを切って食べる．
一昨日マルエツで一斤 380 円で買ったものである．
高いけどおいしい．
明後日ぐらいまでは食べられそう．
- 実は上記設定中に，
久しぶりに急に九州地方の焼酎が飲みたくなった．
うーん，
突然なぜなんだろう．
ここ 2 年以上飲んでないのに，
味覚・嗅覚・触覚系の情報が
脳内ですごく精密に再現されたんですね．
「うまそうだなぁ」
と思ったんだけど，
「飲んでもしゃーないやろ」
という声も脳内で聞こえたんで，
ま，
たしかに，
そうだよね，
と作業を続行．
- さて，
ひととおり環境が整ったので，
ofr2000 のめんどくさい推定系を少しでも
簡潔にする作業を続ける．
- 朝昼と変わりばえしない晩飯を食ったあとに，
新年から始めようと試みる習慣
――
英語本の朗読に着手してみる．
- ま，
近ごろは日常的に英語でしゃべらんといかん
機会が多いんだけど，
私の場合かなり無茶苦茶な文法でしゃべってるんで，
少し口を鍛えたほうがよろしいかろうという
反省に基づいている．
とはいえ，
英語の文法書見るのは嫌だし，
(言語・音楽を問わず)
聴覚系情報処理能力が劣悪なんで
耳で聞く教材も使いたくないし
(使えないし)
……
ということで，
目で見て口に出せばよい朗読なのである．
- え ?
そんなに聴きとり下手くそだったら
リスニングをまず鍛えたらって ?
それは心配御無用．
なぜならば対話においては，
ちょっとやりとりすれば
ねいてぃぶなヒトはこちらの英語力を
正しく最尤推定して
それに合わせた喋りかたで用件を伝えるので，
とりあえず国内・日常に限定してよいなら
問題ないのである．
私でさえ
日本語ねいてぃぶじゃない人と
日本語で話すときは
教科書的じゃぱにーずで喋ってるぐらいだし．
- どうせ晩飯食った直後は脳から血流が引いていくし
(つまり黙読だの鍵盤打ちだのやってると
眠くなるということ)
……
昨年のうちにも何度か着手したんだけど，
新年からココロも新たに継続してみよう，
と．
- で，
読む本として選んだのは
``Analytical Population Dynamics''
(Royama, 1992)
である．
カナダ在住の蝋山さんの個体群生態学の教科書ですな．
とても良い内容であり
(かなり影響されました)，
英文も平明であるように思える．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
PartII Analysis of classic cases の前文と
Chapter 5 Analysis of the lynx 10-year cycle
- 5.1 Introduction,
- 5.2 Fur-return statistics
as an index of lynx abundance
図表除くと 8 ペイジぐらいかな．
読むのに 30 分かかった．
- そのあと風呂に入って，
ここ数日放置されてた無精髭などそる．
- 囚人も毎日運動の時間があるように，
東京流刑地とて一日中籠城してる必要もあるまい．
ということで，
2120 ごろ外に出る．
あ，
向いのスーパーのマルエツ，
元旦から開店してる．
ここは 2400 まで営業とか
何とも悲壮感ただよう店なのである．
何となく立ち寄り 4 個 150 円の
リンゴ (見切り品) など買う．
そうだ，
コーヒー切れてた．
正月ぐらい良いコーヒー買っても
……
と思ってるのに手はいつもの 400g 398 円の
Saving シリーズに延びてしまう．
誰か，
私に勇気を．
- これまた年中無休で今日は 2400 まで営業してる
(ふだんは 0200 まで)
本屋 TSUTAYA 大森町駅横に立ち寄る．
新しくてちょっと良さげな HTML/CSS 本
「詳細 HTML 基本活用辞典」
(ノマドワークス，新星出版社，
2000 年 12 月 15 日，2000 円)
が出てたので買ってしまう．
Netscape6 や i-mode にも対応してたんで．
- 2220 ごろ帰宅．
温めた牛乳など飲みつつ
買ってきた HTML 本に目を通す．
xhtml まで視座にいれたしっかりした内容．
しかも 620 ペイジもある．
悪くない買い物だったと思う．
- 今日の食卓
- 朝 (0950):
米 0.4 合．
ハクサイ・ニンジン・タマネギ・油あげの雑炊．
だしは昆布・干しシイタケで，
例によってだしがらも食う．
今回は味噌味．
- 昼 (1410):
米 0.3 合．
朝の残り．
- 晩 (1910):
米 0.6 合．
また同じような雑炊なんだけど，
今回は麺つゆ味．
2001 年 01 月 02 日 (火)
- 1200 起床．
われながら良く寝るなぁ．
外は今日も晴れているようである．
- コーヒー・朝飯．
- 昨日買った HTML 本や図書館から年越しで
借りている本を読む．
- 晩飯まで仕事に関係ない本を読み続けた．
ともあれ，
これで借りていたのは全部返せる．
- 晩飯食ってから，
「本年の努力目標」
たる英語本朗読．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
PartII Analysis of classic cases の前文と
Chapter 5 Analysis of the lynx 10-year cycle
- 5.3 Early theories of the 10-years cycle
- 5.4 Statistical Characteristics of the lynx cycle
- 5.5 Review of statistical models of the lynx cycle
- 5.5.1 Linear second-order
autoregressive model
- 5.5.2 Eleventh-order
autoregressive model
- 5.5.3 Linear autoregressive
with periodic perturbation
- 統計学的モデリングの部分を読んでる最中に，
昨年末に読んだ論文の統計学的いんちきに気づく．
Subsection が 三つもあって長い Section 5.5 の
途中で休憩して，
それを再点検してみるとやはり
いんちきくさいものだった．
ふーむ，
英語の訓練だけでなく
副作用的な有用性もあるのかも．
- その後，
夜の大森に散歩に出かける．
まず大森東図書館の返却口に借りてた本を投函．
どうせ 1/5 まで休みだから，
そんなに急がなくてもよいのだけど，
まぁついでということで．
- 今晩は旧東海道すじをふらふらと歩きつつ，
さきほど気づいた
統計学的いんちきらしきものがクロなのか，
改善手段はあるのか，
などなど考えながら歩く．
どうも情報十分でなくて
判然としないところあるんだけど，
可能性としては未必の故意か確信犯か，
というところまではしぼりこめたような気がする．
改善案は
……
その枠組の推定法をやめるほかない．
これは，たぶん，そうだろう．
- 旧東海道ぞいの生鮮野菜
(という表現が適切でない野菜も少々あるが)
を比較的安くあつかっている
コンヴィニエンスストアーで野菜を少々調達．
あ，
この価格って懐かしの北海道・セイコーマートより
断然安いじゃないか．
ニンジン (大) 3 本 135 円，
とか．
帰宅してからそれらの野菜で味噌汁を作る．
明日以降に食べるものである．
- 今日の食卓
- 朝 (1220):
米 0.4 合．
雑炊．
内容は昨日と同じ．
味噌味．
- 昼 (1520):
米 0.4 合．
雑炊．
朝の残り．
お，
大晦日に作った野菜汁が
すでにつきた．
- 晩 (1910):
スパゲッティー．
ニンニクの茎を少量の水で茹でて
顆粒状クリームシチューの素を加えた
いんちきなもの．
2001 年 01 月 03 日 (水)
- 1000 起床．
- 朝飯食ってコーヒー飲む．
- ……
おっと，
いかん．
4 時間も Nethack でつぶれてしまった．
今回も順調に進めて
``幸運の石'' を回収した Gnome's Mine からの帰路に
``まだらゼリー''
とゆー弱っちいモンスターやっつけようとしたら
自爆してしまって，
そのとばっちりで即死しました．
あいかわらず不条理だ．
しばらくは削除しておくか，
これ．
正月休みとやらも今日でおしまいだし．
- 外づけ計算機 Mate に闇接続して
ofr2000 の推定系の改善作業．
やりたいのは成長・死亡について
別々の経路ができかけてるのを一本化してしまいたい，
ということだ．
- あまりはかどらぬまま昼飯．
昼飯食ったあとに気分転換に本読み．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
PartII Analysis of classic cases
Chapter 5 Analysis of the lynx 10-year cycle
- 5.6 The lynx cycle as a nonlinear
denisty dependent process
- 5.6.1 Asymmetry in the lynx cycle
- 5.6.2 Nonlinear reproduction surface
- 5.7 Application of nonlinear density-dependent
models to the lynx cycle
- 5.7.1 Second-order logistic model
- 5.7.2 Predator-prey interaction model
- 5.8 Nonstationary aspects of the lynx cycle
- 5.9 Discussion
第 5 章ヤマネコぐるぐるが終わった．
蝋山さんの場合，
いろいろなモデルを公平に検討し，
さらに自分の工夫がうまくいかなかった場合，
それを正直に書くというところが
(私も含めた)
そこらのモデル屋と違うところだ．
- にしても，
動物の個体群動態のモデリングは
難しいモンですなぁ．
個体数がわからんからなぁ
……
ヤマネコでわかってるのは
取り引きされた毛皮の量なんですよね．
- 年末年始にきた数通のメイルに返信する．
考えてみれば昨年の 29 日以降，
会話のない日々だなぁ．
メイルの来信もほとんどないし．
- ……
なーんか，
室内の古雑誌など粛正してるうちに，
捨てるつもりのそれを熟読
……
というありがちなパターンですでに夜中．
- やれやれ
……
年末年始は仕事がほとんど進まなかったなぁ．
自宅闇ネット構築したり
英語本朗読始めたのは収穫ではあったけれど．
- ああ，
明日の弁当の準備せんといかんし，
とすると，
これから材料の買いだしだの米を研いだり
……
そうだ液晶ディスプレイを
また浜松町に輸送できるように準備して，
と．
おっと自宅闇ネットの計算機間でファイルの同期を
取るのを忘れんように．
- 今晩の今後の予定は買い物に行って，
寄り道しないでさっさと帰って，
弁当なんかの準備して，
風呂に入って寝る．
- ……
とゆー雑用をこなすぐらいは，
まだ，
できるようだ．
2345 状況終了．
- 今日の食卓
- 朝 (1020):
米 0.4 合．
ニンジン・切り干しダイコン・糸コンニャクの
味噌汁．
- 昼 (1500):
米 0.4 合．
味噌汁と冷や飯で雑炊．
- 晩 (1930):
米 0.6 合．
昼と同じ．
2001 年 01 月 04 日 (木)
- 0700 起床．
ねむ．
昨晩は早く寝ようとしたんだけど
0300 ごろまで寝つけなかった．
- 朝飯・弁当の準備．
シャワー．
ひげそり．
体重 71.8 Kg．
ふーむ，
運動不足．
朝飯．
コーヒー．
- 0755 自宅発．
晴れ．
冬の大森は太陽光発電が十分に可能な
光量が得られるなぁ
(たしか気温高くないほうが発電効率良いはず)．
年末年始に蓄積した燃えるゴミを出す．
とはいえ，
私の場合は一週間貯めてもスーパーでもらう袋 (中)
二つぶん弱にすぎないんだけど．
今朝は液晶ディスプレイを浜松町独房群に輸送．
ただし計算機は ThinkPad だけなので
そんなに重くない．
環七の首都高渋滞情報表示板．
あれ，
今朝はがらがらだぞ．
0812 東京モノレイル流通センター発．
浜松町の気温 3 ℃．
0830 研究所着．
Dennis さんと新年のあいさつを交わす．
- さっそく，
北大から計算機不調の質問メイル．
えーと，
一般ユーザーで NFS 使えません．
はい，
それは /etc/fstab の NFS のところに
user と書いて一般ユーザーでも使える
許可を与えましょう．
- BookPC と ThinkPad の間で rsync で同期をとる．
えーと，
つまりここでは BookPC と ThinkPad の間で，
自宅では Mate と ThinkPad の間で
ディレクトリーの中身をそろえれば良いわけだ．
ただし ssh が参照する
host 名はちとややこしいことになっている．
現在の対応法だけ書いておくと，
自宅では闇経由で kubo-yami という名前の Mate 接続し，
浜松町では一度表ネット側にまわって kubo という
名前の BookPC に接続する．
rsync を呼び出すシェルスクリプトを
そろそろ改良せんといかんな
(web site のディレクトリーに関しては
<鳳翔> とも同期を取らんといかん)．
- 無線玉 (わいあれすとらっくぼーる) が絶不調なので
(機械部を掃除してるんだけどポインターが
なめらかには動かん)，
節を屈してマウスを BookPC を取り付ける．
非常に残念なことに，
現状ではこのマヌケな電気鼠のほうがはるかに使いやすい．
うう．
無線玉に失地回復の余地はあるのか．
- 森林総研の柴田さんが昨年末に送ってくださった，
小川開空度測定地点の地図が届く．
おお，
こういう配置になっていたのか．
なかなかにややこしいぞ．
- 1000 北大・地域生態でドクター取った西村さんが
ここのアーキテクチャーグループのメンバーとして
浜松町に来られる．
うーむ，
ネクタイなんぞして
まっとうな勤め人を偽装してますな．
区画は私の隣に．
書類書きに忙しそうである．
- おお
……
なつかしの (元) 愛機 PowerBook540c 改まで
東京流刑地・浜松町独房群送りになったか．
私を追っかけてきてくれたのかしらん．
彼女の魅惑のグラビアとミステリアスなプロフィールは
明日のぎょーむ日誌に (予告)．
- 森林総研から送っていただいた開空度データに関して
小川モデリングメイリングリストに質問を投稿．
全天写真から計算された開空度が
どれもこれも 10% 未満の小ささである．
このあたりの面積補正に関する質問．
しかし地平線に近い方向は重要ではないとは
思うんだけどなぁ．
空隙分布の元データとか無いんだろうか．
- E*cel → Text 変換された開空度データを解読する
Perl スクリプトを書こうとしたんだが
……
ちょっと中断．
今日送られてきた元ファイルの
部分的プリントアウトと比較するかぎり，
E*cel の Text 変換ってかなりでたらめだと思う．
インデントと有効ケタ数に関して．
これは元ファイルがもう一度届くまで，
しばらく待つことにするか
……
- 事務関係の変な E*cel ファイル一斉送信．
うへー．
まてまて，
Gnumeric の試験運転に使えるぞ，
これは
……
うん，
Gnumeric で問題なく開けているように見える．
- ま，
観測データ関係は元ファイルが届いてから
考えることにして，
それまではけったいな推定系を
もうちょっと単純化しよう．
これは年末から取り組もうとしてるものの
進捗のない問題である．
- さすがに独房内だと他にやることがないので，
面倒な改良はぢりぢりと進んで行く．
- 一区切りついたんで，
昼飯にしよーか．
え，
西村さんの PowerBook がネットにつながらない?
なんとすでにこのドメインの IP は枯渇状態なのか，
DHCP を指定されてますな．
MacOS8.1 では DHCP がうまく設定できんのだろうか．
ルーターも DNS サーヴァーも手動で切替えられんよーだ．
謎．
とりあえず甲山さん用に確保されている IP アドレス
一個を使ってもらうことにすると
……
うん，
固定アドレスだとうまくいくんだよね．
- 昼飯食ってから，
また終わりの見えない改良に取り組む．
- 甲山さんからメイル．
春香山に山スキー
に行って来たそうで，
うらやましいかぎりです．
- 動態パラメーター推定のために
シミュレイター動かすところで，
静的パラメーターファイル読まなくなる．
何がおこったのかよくわからんので，
Filereader
クラスのエラー処理を
改善してエラー発生位置を特定しやすくしてみる
……
う．
いきなり core 吐いた．
Filereader
含む
lib_basic.a
作り直したときは
lib_evision.a
のほうも直さんといかんのだった．
- エラー発生位置特定．
なるほど，
ダミーの mortality (各樹種) を食わさんといかんのに，
そのファイルをこれまでのごちゃごちゃで破壊したから
動かなかったわけね．
こういうことで動作がストップしないように
改善せんといかんかな．
とりあえず以前の推定結果ファイルを
ダミーとする．
うん，
まぁしばらくはこれで動かそう．
- 小川モデルのパラメーター推定系を単純化するために，
推定道具の mlfitting を高機能化せんといかん
事態に追い込まれる．
つまりいままで mlfitting の入力値として
double しか受けつけてなかったのを
string も食わせるような設計にしないといけない．
しかしただでさえ遅い mortality 推定を
これ以上遅くするわけにもいかんので，
string-string 比較をやらせてはダメ．
ということで，
パラメーターファイルの中で
マクロ展開というか，
STRING Alive 0
STRING Breakage 1
STRING Together 1
STRING Withered 1
とゆーふうに
「データーファイル読み込み中に
Alive を見つけたら 0 に置き換えなさい」
なる指示を書くのである
(さらにこの整数を
必要もないのにわざわざ浮動小数にするんだから
ますますアホらしい)．
- あー，
早く mlfitting は捨ててしまいたい．
これまでの反省点多数を反映させた
高速汎用最尤推定プログラム mlest を作ろうと
計画してるんだけど，
これまたいったいいつのことになるのやら．
もはや mlfitting に新機能は
付けないつもりだったのに，
ますますわけのわからぬ機能拡張が
繰り返されている．
- 何とか最小限の改造で上のような機能を追加してみる．
まさにコードをもぐり込ませる
……
とでも表現したくなるような．
こういう作法はダメなんです．
- う．
データーファイル読み込んでくれん
……
あ，
ひょっとして状態を表すコードは
もっと複雑だったかナ
……
56632 Alive
392 Alive?
40 Alive?_Recruitment
1336 Alive_Recruitment
240 Breakage
4 Breakage_Recruitment
152 Together
8 Together_Recruitment
924 Withered
8 Withered_Recruitment
うーん，
こんなにややこしかったか．
しかし良く見ると ? だの _ だのの後ろを捨てれば良い．
しかし mlfitting は便利なケガれ言語 Perl ではなく
正規表現の苦手な呪われ言語 C++ で書かれているのである．
- しょうがないんで，
またしても温泉旅館無秩序拡張工事的に
chop なる関数を新しく作り，
指定した全てのトークンの後ろの文字列は
抹消するようにしてみた．
- ふう．
死亡率推定に関しては多少は改善された．
しかし，
まだ成長率のソレが残されてるな．
新規加入率?
考えたくない．
どうせ新規加入などは当分ほうっておいてよいのだ．
- 一区切りついたんで帰宅することに．
西村さんは独房生活一日目から
多忙にしておられるようである．
1755 研究所発．
1812 東京モノレイル浜松町発．
1845 帰宅．
- 晩飯食いながらラジオのニュース聞く．
新潟がぐらぐら揺れてるようである．
伊豆諸島の次は日本海側か．
次は関東平野か．
なんか近ごろあちこちでまた揺れてるような気がする．
東京流刑地は頻度少ないけど，
かえってブキミだ
……
- 晩飯食ったらもーれつに眠くなる．
睡魔には負けませんでした．
しかし 2 時間を空費．
なーにやってんだか．
しかも夜になってコーヒー飲んでしまって
……
うう，
いきなり眠気がトんでしまった．
危険だ．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
PartII Analysis of classic cases
Chapter 6 Snowshoe hare demography
- 6.1 Introduciton
- 6.2 Evidence for the 10-year cycle
- 6.3 Annual changes in demographic parameters
- 6.4 Ecological process determining natality
- 6.4.1 Dependence of natality
on relative body-weight changes
during winter
- 6.4.2 Pregrancy rate and litter size
- 6.4.3 Effect of overwintering condition
on litter size in summer
- 6.4.4 Effect of overwintering contidion
on pregrancy rate in summer
- この章から前章ヤマネコのエサたる
カンジキウサギが増えたり減ったりという
話になるんだが
……
これはあたかも，
昨日の
「動物個体群調べるヒトはたいへんですなぁ」
という私の同情とも揶揄ともつかぬ感想に対する
動物なヒトたちの反撃のようである．
ヤマネコなどよりはるかに詳細に調査可能な対象である
ウサギをこれでもかこれでもかと偏執的に調べあげ，
妊娠率は何で決まるかリターサイズは何に依存するんだ
と解明していくのである．
これらのモデリングは
`Rochester 研究' `Yukon 研究'
と呼ばれる
じつに執念深い別々のウサギ調査プロジェクトに
基づいているのである．
そのしつこさあきらめの悪さ恐るべし．
そして，
こーいう細かいコトの積み重ねで
ついには北米大陸北部のありとあらゆる
動物個体群に見られる「10 年周期振動」を
まとめて説明してやるぜい，
もの静かな著者の密かな野望が
この章の冒頭で語られたりしているのである．
野外動物個体群生態学とはこれだ !
というかんぢでしょうか．
- メイルなど書いているとすでに 2400．
コーヒー効きすぎで眠気なし．
神よ．
- 今日の食卓
- 朝 (0720):
米 0.6 合．
昨日の味噌汁に豆腐と冷や飯投入した雑炊．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
豆腐とニンニクの茎の炒めもの．
- 晩 (1910):
米 0.6 合．
朝の雑炊の残り．
2001 年 01 月 05 日 (金)
- 0700 起床．
眠い．
昨晩もなかなか寝つけなかった．
- 朝飯・弁当の準備．
体重 71.6 Kg．
シャワー．
朝飯．
コーヒー．
- 0755 自宅発．
今日も晴れ．
燃えないゴミだし．
寒い．
といっても札幌なら 11 月上旬なみぐらいか．
0815 東京モノレイル流通センター発．
車内で Filereader 改良案をいろいろと考えてみる．
浜松町の気温 2 ℃．
0835 研究所着．
- 北大院生を偽装していて
とくに匿名を希望する料理人から
Mac で暗号化パスワードなファイル転送に関する質問．
Mac で安全な通信と言えば，
Nifty Telnet SSH
が有名だが，
それでどうやら
scp できる
ようである．
- mlfitting の追加機能 chop 関数周りを整備．
パラメーターファイルにおいて
セパレイターというか
chopper (ぶっちぎり token 集合) を指定できるようにする．
mlfitting はもはや次世代版の実験場と化しつつある．
- 特定の数値や文字列をうめこまないように，
できるだけ注意してコーディングしてるつもりなんだが
……
とくにディレクトリー名などの文字列は
ついうっかり混入させてしまいがちである．
- 小川推定系簡略化への最後の難関，
成長率．
何が難しいかといって，
推定に使うデーターを Perl スクリプトの中で
フィルタリングしちゃってるのである．
- 死んだりして成長が測定されなかった
個体は除く．
- 測定ミスと思われる異常値の除去．
これは現体制のまま残すべきか．
それとも mlfitting にフィルタリング機能をつけるか．
ふう．
- 西村さん持参の PowerBook に
Phaser
のプリンター記述ファイルを読ませて，
設定しようとしてるんだけど，
呪われ気味のようである．
どうした
MacOS8.1．
[Apple PowerBook540c 改]
1995 年 1 月購入．
当時は修士 2 年生．
価格は何と 50 万円近いものであった．
おそらく私の生涯において購入した
最も高価な計算機になるだろう．
さらに (写真でわかるとおり美しい)
英語配列鍵盤・CPU の交換
(MC68040 33MHz → PowerPC603e 100MHz)
その他修理で
どんどん財産を食いつぶしていった．
しかもソフトウェアも自費で買っていたので
(一番高価だったのは PowerMachTen という
PowerMac 上で動く BSD Unix 7 万円)
たぶんこの機械には
100 万円ちかく蕩尽したはず．
渡米も経験したあと，
1998 年手放して
北大の成田さんが使うことに．
ここでもあれこれと修理されたり，
某国に渡ったり．
その後，
西村さんが使うことになり，
2001 年正月に東京流刑地で私との
再会を果たすのであった．
CPU は前述のとおり．
RAM 40 MB，
ハードディスク 320 MB，
FDD 内蔵，
Ethernet Port (ただし Apple 独自の AUI)・
SCSI Port 内蔵
(なんてぜいたくな !)，
ただし PCMCIA Port なし
(当時は普及してなかった)．
TFT 256 色 640x480 液晶ディスプレイ，
バッテリー 2 個
(ただしもはや作動しない)，
重量 3 Kg 超．
|
- 推定系りすとらの方針が立たぬうちに昼休み．
大門交差点近くの郵便局に
先日購入した本の代金の振り込みにいく．
外は晴れているせいか，
暖かく感じる．
- 所用を終えて，
西村さんと雑談しつつ昼飯の弁当．
ぼそぼそとした会話になりがちなのは
両者の特質などではなく，
やはりここが独房群であるからだろう．
- 再送していただいた xls なファイルを
gnumeric で開こうとしたんだが
……
やはり Excel4 ファイルはダメか．
西村さんの PowerBook540c の
Excel[45] でもダメ．
ああ呪われ．
- どうしようもない問題は放り出して
(別ヴァージョンのM$-E*cel
で再々送していただけませんか
なる厚かましいお願いメイル出したけど)，
これまたダメダメ感のある
推定系りすとら問題にとりくむ．
- 初めて内線電話転送法を理解する．
なんだ「保留」ボタン押すだけか．
と電話の苦手な私が学習するのであった．
- 某国の省庁改変のごとく名前だけつけかえたような
りすとら．
ファイル数はあまり減らなかったけど，
手数は多少は減ったか．
尤度がみょーだと思ったら，
サンプルあたりの尤度だったか．
- 推定系のとおしの作動試験
……
たしかに全自動ではあるけれど，
ちっとも簡単なかんじがしない．
昨年 10 月よりマシになったのは
推定速度だけじゃなかろーか．
- さて，
ふと気づいてみればもともとの動機である
「グラフ描きを簡素化したい」
という工程までたどりついたわけだが
……
mlfitting にあれこれと機能を加え，
それの呼び出し Perl スクリプトに
手を加え
……
たはずなのに，
あまり簡単になりそうにない．
なんでだ．
- ここまで来て投げたくなる．
しかし投げるとまた暗黒世界に逆戻りである．
というのも，
ごの全自動を目指したシステムの中で，
グラフ描きの一ヶ所だけファイルを手動で
直さんといかんところがある．
すべてはこの一点を修復するための作業であった
(ま，
その過程でいろいろと呪われぎみだった
コードを修復できたわけですが)．
- なんかあまり見通しのないまま，
mlfitting の入出力パラメーターファイルを
読み込むような Perl スクリプト書きに着手する．
入出力 ?
そう．
mlfitting の出力ファイル
(パラメーターの推定値などなどを列挙したもの)
はそのまま入力ファイルとして使えるのである．
- あまりやる気のないままなんとなく
コード書きに着手．
ちょっと書いてテスト．
あ，
まぬけな正規表現ミスばかり．
とほほ．
すでに脱力状態か．
- 森林総研の柴田さんを年頭早々から何度も
お手数かけて開空度分布データ
E*cel98 版送っていただく．
さーて，
これで ek ぶらんど gnumeric-0.60
で解毒ならぬ解読できるはず
………
gnumeric 無限ループに突入．
おそるべしげいつ表計算の呪い．
- アタマに来たので，
xlHtml という邪道なソフトウェアの使用を決定．
これは日本語文字を Unicode に変換するんで
JIS に戻すために tcs なるフィルター利用．
このふたつを組み合わせたシェルスクリプトは
baka2html.sh
なる無体な命名なされている．
- さあ，
これで呪われファイルから毒を取り除けるか
……
よし，
うまくいった．
あちゃー，
有効数字のケタ数が 10 を越えていて，
しかも入力者の手によるものでない
デタラメなケタが続いている．
まぁ，
こんなのはあとから適当に切断すればよい．
さらにさらに，
E*cel4 のテキストファイル変換では，
1 アイテム 2 行という変な状態にあったわけだが，
元ファイルではちゃんと 1 アイテム 1 行という
書式であった．
すなわち E*cel4 が勝手に行を
折り返しやがったのである．
くそう，
呪われている．
- どうしてくれようこの HTML ファイル．
w3m -dump
でテキストファイルに変換．
ようやくにしてまっとうな
テキストデータファイルになってきたな．
- E*cel 疲れを感じたので撤退．
1815 研究所発．
1838 東京モノレイル浜松町発．
旧東海道商店街の八百屋で
久しぶりに (高価でない) 生鮮野菜を調達．
1910 帰宅．
- 晩飯食うとまた眠くなる．
うう．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
PartII Analysis of classic cases
Chapter 6 Snowshoe hare demography
- 6.5 Cause of body-weight changes during winter
- 6.5.1 Winter foods
- 6.5.2 Quantity of food
- 6.5.3 Effect of food distribution
on hares' foraging
- 6.5.4 Nutritive value and digestibility
- 6.6 Lagged density dependence natatility
- これらの節では，
例の偏執的調査プロジェクトにおける
ウサギのエサ関連のまとめである．
著者はエサの量だけでなく質
(タンパク質がどれだけあるか消化しやすさはどうか)
といったことがウサギの冬期痩せに影響するという
モデリングを行っている．
さらにはエサの空間分布の影響まで言及．
最後にエサ (植物) の回復時間を考慮すると
ウサギの妊娠率は昨年だけでなくそれ以前の
ウサギ密度に影響されることが説明できるという．
調査者も著者もあいかわらず執念深く
いろいろな要因を検討してますなぁ．
- 今日の食卓
- 朝 (0720):
米 0.5 合．
タマネギ・干しシイタケの雑炊，
コンソメ味 (ただし固形スープ)．
- 昼 (1230):
弁当．
米 0.8 合．
タマネギ・干しシイタケを
コンソメ味 (ただし固形スープ)
で炊いたもの．
- 晩 (1930):
米 0.6 合．
ハクサイ・ネギの雑炊．
味付けには
邪悪な顆粒状中華スープの素を使用．
2001 年 01 月 06 日 (土)
- 1220 起床．
う．
また 12 時間寝てしまった．
- 朝飯だか昼飯なのかよくわからんけど，
うどんを食べる．
コーヒー飲む．
- 昨晩は途中まで書いて寝てしまった
「ぎょーむ日誌」
を書いてアップロード．
- 北大の院生の塩寺さんから
「データ解析うまくいきません」
メイル．
拝見すると，
例によって例のごとく毎木データを
(サイズ) クラスにわけてクラスごとの平均取って
……
という
せっかく苦労して取った
毎木精度をどぶに流し去ってしまう
悪しき生態学伝統の解析というやつである．
まぁ，
せっかくの機会だから個体ベイス教を布教しましょう，
ということで，
(サイズ密度だの成長速度なんかの)
「クラスごとの平均をむやみに取る」
という変な作業はやめたほうが良い，
とおすすめします．
「クラスごとに平均」
というのは計算がうまく行かなくなり
データがわからなくなる諸悪の根源です．
毎木データなんだから，
解析も (解析途中では) 平均化しないで
毎木解析すればいいんです．
と，
いつものごとく霊感商法的な文言から始めて，
いきなりややこしい確率論的モデルを
押しつけるのはやめて，
わりと単純で簡単な個体ベイスの解析法を
例示して説明．
- 洗濯．
体重 71.8 Kg．
うーむ．
1620 買い物に出る．
しかし手持ちの現金ほとんどないんで
……
平和島の ATM が最寄りなんだが，
今日は北糀谷まで歩いてみるか．
産業道路 (国道 131 号) を
羽田空港方向に歩いて行く．
晴れ．
- 北糀谷から進路を西に．
キネマ通り商店街という
昔はおそらく映画館あったんだろうという
商店街を通過すると京急蒲田駅近くで
第一京浜 (国道 15 号) に出る．
そこから大森のほうに戻るんだけど，
特に用事もなく梅屋敷商店街に入り込む．
てきとーなところで再び北に折れて，
平行して走る大森町商店街にトラヴァース．
100 円ショップなんかで
安い食料品を買い込む．
本屋・古本屋に寄る．
1730 帰宅．
4 km ぐらい歩いたか．
- それから夜中すぎまで
古本屋で買ったぶ厚い「謀略熱河戦線」
(谷甲州) に取り組む．
- あ，
今日は朗読するの忘れてた．
いやはや．
反省．
- 今日の食卓
- 朝 (1300):
うどん．
乾麺 130g ぐらいだったか?
- 昼 (1800):
ほうじ茶．
パンケイキ一枚焼く．
理由はよくわからんのだけど
卵一個投入すると，
常にうまく焼けてしまうのである．
- 晩 (2330):
雑炊．
ハクサイ・ネギ・サヤインゲン．
中華味．
2001 年 01 月 07 日 (日)
- 0830 起床．
腹が減って目が覚めた．
- ああ，
しかし朝飯食ってしまうと，
また昼すぎまで寝てしまった．
ホントに我ながらよく寝れるな．
- で，
そんなふうに寝ても悪夢にうなされて
1300 再起床．
ふう．
- コーヒー飲みつつ，
ネット上のニュース読む．
お，
Linux の新カーネル 2.4.0 が出たか．
今回の改善点は SMP が良くなった，
USB 対応がマシになった，
カーネルが httpd サーヴァー機能を
補助するようになった，
というようなコトらしい．
PPP 接続なんであまり情報をあされない
(いつになったら ADSL 来るのか)．
ま，
version 2.4.10 ぐらいまでは
手を出さずに静観するかな．
- 1500 すぎ，
来客．
まーた，
どうせ押売りか新興宗教だろう，
と思ったら
……
なんとなんと
平八郎提督
．
突然の訪問．
昨年末に某製造業寡占企業
つくば研究所を出て漂泊の旅に出られた，
と聞いていたのだが
……
[みかん]
ありがたくもミカンを
おみやげにいただく．
- とりあえずとてもふつーの客は
上がってもらえぬ当家の畳敷の部屋に
ご案内．
お話を伺うに，
ここより西方 20km ばかりに在する
某大学工学部にお勤めなるとか．
なんだ，
漂泊の旅はあっさりと
切り上げられたようである．
- 夕刻より近くの回転寿司，
さらに大森町駅横のコーヒー屋にてご馳走になる．
平八郎提督には 10 年以上前から
たかりっぱなし状態が継続しており，
じつに恐縮のきわみ．
- 京急大森町駅にてお別れ．
明日 (祝日) も仕事だそうで．
大学の先生もたいへんである．
- 帰宅すると，
北大のかとー先生よりご教示メイルいただく．
呪われ E*cel の解呪法として，
- gnumeric で解読する場合には，
数分間の時間を要することある．
- shareware な Linux スプレッドシート
Wingz3.11
ならばもっと速い．
といった情報．
- さっそく当家の外づけ計算機 Mate の gnumeric を
自宅闇ネット経由で呼び出して，
開空度測定結果のファイルを食わせてみたんだが
……
どうもダメみたいですね．
これは．
CPU を 20 分間全力運転しても，
まるでダメ．
- まあ，
xlHtml という代替手段で何とかなってるし，
Wingz とかも使えるみたいだし．
- おっと，
今日は忘れないように
……
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
PartII Analysis of classic cases
Chapter 6 Snowshoe hare demography
- 6.7 Analysis of mortality
- 6.7.1 Mortality factors revealed
by radio telemetry studies
- 6.7.2 The predator complex and
its impact on a hare population
- 6.7.3 Grouse as part of prey complex
- 6.8 Interaction between predator and
prey complexes
- さーて第 6 章の核心部たる
カンジキウサギの死にかたである．
というのもウサギ死亡の 6 割以上は
捕食によるものであり，
死亡すなわちほぼ食う-食われる関係と言えよう．
このあたりは例によって
偏執的な研究プロジェクトのテレメトリー観測で
ごりごりと定量化されていくのである．
次にウサギを食うものは前章のヤマネコだけでなく，
コヨーテだのフクロウだの色々と同定されている．
そこで食うもの複合体 (predator complex)
なるもの考えるんだが，
じつは種ごとに「機能の反応」違ってる
(これはウサギにどれだけ依存してるか，
などに左右されている)
と観測調査では明らかになってるんだけど，
モデルでは強引にプールしてしまう．
一方で，
食うもの複合体などと言うものを考えてしまえば，
食われるもの複合体 (prey complex)
もでっちあげねばならなくなる．
で，
それらの構成員であるウサギとライチョウでは
不思議と個体群の振動の位相が一致してるように
見えるのである．
著者はここから北米大陸北部における，
食う食われるもの 10 年振動とか，
複合体密度振動のシミュレイションを決める
パラメーターはこれこれとか，
その動態の構造安定性だとか，
大陸東西両端での位相のずれとか，
先行研究者のデータ読み取り間違いによる
位相のニセずれとか
……
話は壮大なんだが，
ちょっと強引に取りまとめているように思う．
- 今日の食卓
- 朝 (0840):
雑炊．
昨晩の残り．
- 昼 (1700):
平八郎提督と回転寿司．
第一京浜ぞい大森町駅近くの
「日本海」．
ご馳走になってしまいました．
- 晩 (2330):
蕎麦を茹でて食べた．
2001 年 01 月 08 日 (月)
- 1300 起床．
うう．
終末的週末．
はっ，
いつの間にか世紀末という便利語が
前世紀の遺物に
……
- 休日を愚かしく浪費する癖は
今世紀末まで修復されそうにないものの，
夕方になり，
ようやく仕事に着手．
- 先週送っていただいた開空度データファイル．
E*cel98 →
xlHtml →
tcs →
w3m という経路で
まっとうなテキストファイルに変換可能，
と書いた．
しかし，
有効ケタ数合わせたり
何やらで補修が必要なので，
上のフィルター群を呼び出しつつ
置換工程いれたりする Perl スクリプト書く．
- 怪しげなかんじの xlHtml だが
……
なかなか優秀である．
よけーな行・列は拾わないし，
E*cel なデータファイルにありがちな
空欄は
で
(non-breaking space)
きちんと充填してくれているし
……
この を
てきとーな文字列 (null とか NaN とか --- とか)
で置換すれば，
w3m で html → txt 変換したときに，
タテヨコ関係が維持されるな．
- E*cel が勝手に捏造した小数点以下 10 数桁の数値
(これってどういう処理なんだろうか?
割算の端数ではなさそうだし ……
E*cel の内部表現に関係ありそう)
を切断するような関数を書く．
Perl って四捨五入な整数化関数が
標準ではないんで (ま，必要ないからだろーが)，
正規表現の復習も兼ねて自分で作ってみる．
- さてさて
……
これでようやくマトモになってきた．
二十以上あるカラムから
当面関係ありそうなところだけ
cut -f
するとこういうかんぢである．
#x y site num DL1988 SL1988 DL1990 SL1990
1 25 1.2ha 1 2.72 2.90 5.27 5.13
3 25 1.2ha 2 3.06 3.35 2.38 2.68
5 25 1.2ha 3 0.51 2.01 0.34 2.46
7 25 1.2ha 4 1.36 0.89 1.02 1.34
9 25 1.2ha 5 5.44 2.68 3.40 1.12
……
DL が地標高 1m での直達光で SL が散乱光ね．
- じつはここからがタイヘンそうだな．
6ha 調査区内にある 1.2ha コアプロット内では，
これらの数値 (263 観測点)
がほとんど 10% 未満なんである．
そういうものなんだろうか．
光量データあつかうのはこれが初めてなんで，
ちょっと見当つかん．
- 思ったよりも面倒になりそう，
と理解できたんで，
この仕事は放り出して風呂に入る．
その後，
晩飯の準備．
晩飯．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
PartII Analysis of classic cases
Chapter 6 Snowshoe hare demography
- 6.9 Effect of resource depletion
on hare population dynamics
- 6.9.1 Effect of starvation
- 6.9.2 Effect
of lagged density-dependent natatility
- 6.10 Inter-regional synchrony
of the population cycles
- これで第 6 章ウサギの円舞はおしまい．
第 6.8 節でやっぱウサギ死亡といえば捕食でしょう，
と強調しておきながらその他の要因もまた
くわしく検討してしまうのが，
この本のスタイルである．
ふたつある偏執的ウサギ追跡プロジェクトにおいて，
Yukon 研究ではそれほどでもないが，
Rochester 研究においては冬期飢餓を
重視しているのである．
生態学は詳しく調べれば調べるほどわからなくなる，
というマーフィの法則どーり，
後者の研究においては
「腹ぺこウサギは天敵に捕まりやすいんだ」
などといってネコの食べ残しとワナ捕獲ウサギの
肝臓なんかを生理学的に解析したりするもんだから，
このあたりは私の森林動態モデリング同様，
なんだかわからない死亡モデルになりつつある．
しかし繁殖に関しては，
食の欠乏はそれにも影響与えるだろうが，
ウサギサイクルにはそんなに影響与えんだろう，
重要なのはあくまでも死亡≒食う食われる相互作用，
というのは著者のゆずらぬところである．
たしかに新規加入がふらついても
集団動態にはそれほど顕著な影響ないかもしれぬ
(何しろ対数スケイルで振動するんだから)．
最後に東西に長い北米大陸内で見られる
ホ乳類密度 10 年振動位相の同期に関しては，
Moran なる人物のリクツ (1953) で
説明できてるじゃない，
ということである．
すなわち，
どの個体群でも動態パラメーター
だいたい同じだろうから，
すっごく寒い冬なんかがいっぺんあれば，
集団動態がリセットされてしばらくは
同期してるみたいに動くんだい，
という主張．
まぁ，
なんというか．
- 今日の食卓
- 朝 (1320):
蕎麦を茹でて食べた．
- 昼 (1730):
パンケイキ焼く．
コーヒー．
- 晩 (2230):
米 0.7 合．
ハクサイ・ニンジン・タマネギ・
サヤインゲン・干しシイタケの
八宝菜風．
とはいえ，
例の中華とりがらスープの素で
味付けしたココロザシ低い料理であるが．
2001 年 01 月 09 日 (火)
- 0700 起床．
3 時間ぐらい寝たか．
- 朝飯・弁当の準備．
体重 72.0 Kg．
運動不足だろうな，
これは．
昨日は雪が降ったらしいけど，
部屋から一歩も出なかったんで
気づかなかった．
朝飯．
コーヒー．
- 0745 自宅発．
晴れ．
寒い．
0805 東京モノレイル流通センター発．
定期券が先週末で切れたんで，
浜松町までの切符 330 円買う．
京浜運河に渡来した水鳥がまた増えたような．
浜松町の気温 2 ℃．
定期券買おうとすると長い行列．
帰りがけにしよう．
0825 研究所着．
- 歩いたりモノレイル車内で，
小川モデリングなんかのデータ処理系に
ついて考えてたんだが
……
BEGIN-END な構造のファイルを読ませる
Filereader クラスを変えんといかんなぁ，
という結論．
現在のは片っ端から読み込んでいって，
階層構造内の位置を表す string を key とする
map を生成して
……
というふうになってる．
この方式は問題をいろいろと惹起しかねないわけで
……
- 巨大ファイルの読み込み時に
メモリーを食いつぶす．
- 複雑な階層構造に，
じつは対応できていない
(これは一括読み込みの問題ではなく，
私のへっぽこ設計の問題なんだが)．
- 階層の ID が整数型に制約されてる
(う …… 同上)．
なんだ，
一括読み込み方式の問題は第一点だけだったか．
ともかく，
それを解決するには
逐次読み込み方式にせざるをえない．
そうすると，
ファイル構造に少しばかり制約をつくんだが，
これは仕方あるまい．
こんなふうになるんだろうか．
BEGIN FOREST ABC
(先にここが読まれる)
(GetNextItem でたどっていく)
……
BEGIN TREE 1
(GetNextNode とかでここに飛び込む)
……
(GetNextItem でたどっていく)
……
END TREE 1
BEGIN TREE 2
(GetNextNode とかでここに飛び込む)
……
END TREE 2
BEGIN TREE i
……
END TREE N
(ExitNode とかでここに戻る)
(ここに書いてあることは後から読まれる)
(GetNextItem でたどっていく)
……
END FOREST ABC
- とはいえ，
小さなファイルを読み込む場合なんかだと
内容をすべて map につっこむ
Filereader の簡便性は捨てがたいから
……
逐次読み込みの新しい input クラスを
作るべきなんでしょうな．
- いちいち GetNext... とかするのはうっとうしいなあ．
書式にもっと制約を加えて，
非階層データはイッキ読みして map につっこむかな．
そうすると現ヴァージョンとの兼ね合いもよい．
いや，
しかし階層構造の無い巨大ファイルだと
メモリーが足りなくなるか．
やはり新規作成か．
- ふと思い出して，
Wingz3.11 を試用してみることに．
rpm パッケイジのサイトは混んでたので
wingz-311.tar.gz というのを取ってくる．
ソースではなくバイナリーである
(
製造元のサイト
見るといろんな OS 用のを出してるみたいだ)．
ああ，
しかしなんとしたことか，
開空度ファイルはこれでも開けないのである．
まあ，
xlHtml あるからかまわんのだけど．
- とはいえ，
入力系の大改善などに取り掛かるまえに，
gnuplot 呼び出しの自動化を終わらせなくては．
これができたら，
小川の現ヴァージョンは凍結して，
入力系を改善．
開空度データを読ませる Eye は
樹木個体ではなく方形区の子分にすべきなんで，
階層構造がいろいろとややこしくなるのである．
あ，
include というような構文が
使えるようにすべきなのかも．
- 見通しのたたぬままコード書き．
- お，
西村さんがいつのまにか PowerBookG3．
「あ，よさそうなマシンですね」
「安かったですよ．
ハードディスクが小さくて 10GB しかないから」
「いやはや，
いままで 320MB (PoerBook540c 改) だった
ヒトが 10GB で『小さい』ってコトはないでしょう」
- 森林総研の正木さんからデータ送られてきたり，
それについて ofm-ml で質問してるうちに
午前終了．
- 昼飯食いつつネット上のニュースなど見る．
fj.lang.perl より．
E*cel は 65535 行しか CSV ファイルが読めない !
なんかスゴい
……
どういう了見で作っているんだろうか．
- 昼飯食ったあともメイル書き．
小川開空度問題と，
あと広島の小林さんと樹木個体モデリングの相談．
- 正木さんから送っていただいたファイルが
複雑な変換を経て unix コマンドでは扱えない
JIS 呪われな ``?'' で始まる名前になる．
ふつーの手段では消せないので，
あまり好きではない mc (midnight commander)
を rpm -Uvh
(ぱっけいじいんすとーる)
してファイル消去．
毒をもって毒を制する．
- 1430 コード書き再開．
えーと，
gnuplot 自動呼び出しのやつである．
うう，
この末端にトラップされたまま
なかなか脱けだせん．
- 甲山家の新しいイヌの写真画像を
拝謁させていただく光栄によくする．
なんだかずいぶんとまた小型のようで．
- Perl スクリプト書き，
初歩的なところでつまづく．
どうして
use lib
してもモジュール置場へのパスが通らんのだろう
……
なるほど，
ふつーの変数で
use lib $ofr_home;
てなこと書いてもダメなんだな．
ユーザー定義の変数が評価される前に，
最初にコード内の全ての use
文が評価されるわけだ．
ということで，
どうせ環境変数を設定してるんで
use lib $ENV{ "OFR_HOME"};
というふうにするしかないか．
%ENV
はさらに早く評価されるからである．
BEGIN { $ofr_home = ... }
でもいいのかもしれんが，
ちょっと邪悪なかんぢですな．
これは．
- さーて問題は，
Perl では初挑戦の関数の再帰的呼び出しである．
再帰呼び出しだけだったら
別にどうってことないんだけど，
このときにファイルハンドルが重複する
……
default では
ファイルハンドルはグローバルなんだよね．
つまり再帰呼び出し先で
close
されたり何かされたりして，
まずい．
なんかこのあたりをごまかすことできないか
……
あ，
わかった．
local
使うんだ．
sub function {
...
local *HANDLE; # my ではなく local
open HANDLE, ...; # 新しくファイルを開く (A)
...
function ...; # 再帰呼び出し (別のファイルが開く)
# (A) で開いたファイルは保持したまま
...
close HANDLE; # (A) で開いたファイルだけ閉じる
...
}
これでファイルハンドルが局所化されて，
function
を再帰呼び出ししても安全です．
- ようし，
これで自作 Perl スクリプト内の世界に限るとはいえ，
gnuplot スクリプトで include 文が使えるようになった．
include して必要な部分だけ直す，
ということができるわけです．
- えーと，
あとは樹種ごとに呼び出して gnuplot 呼び出して，
EPS で出させて，
型ワクになる TeX ファイル生成して
……
簡単なことばかりなんだけど面倒．
もう 1730 すぎたし帰ることにしようっと．
- 1745 研究所発．
モノレイル定期券売場，
この時刻でも長い行列．
しょうがないんで私もその末端につく．
定期代一月 10300 円．
1814 東京モノレイル浜松町発．
1850 帰宅．
- う．
晩飯食ったら意識が途切れたみたいに
2 時間寝てしまった．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Preface
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 1 Basic properties
and structure of population processes
- 1.1 Introduction
- さて今日は先の章に進む前に本の最初に戻って，
そこから読み直すことにする．
Part I はこの個体群生態学本の理論篇たる部分なんだけど，
著者はまっとうなヒトなので
preface の最初に堂々と明記されてるように，
この本は読者が自分のモデルを使って
データを解析する方法論を提供するものであり，
Chapter 1-4 の数式に満ちた章もまた
当然それに従うのである．
とくに最初の章は蝋山個体群生態学に特有な概念や用語が
いろいろと出て来るんで，
ゆっくりと読んでいくことにしよう．
- 今日の食卓
- 朝 (0715):
米 0.6 合．
昨晩の残りで雑炊．
- 昼 (1230):
弁当．
米 0.8 合．
昨晩の残りの八宝菜ふうなモノ．
- 晩 (1920):
米 0.7 合．
よくわからぬ雑炊．
ハクサイ・ネギ・エノキダケ・麸．
昆布だし味噌味．
2001 年 01 月 10 日 (水)
- 0840 起床．
ちこくだちこく．
寝たのは 0300 ごろだったか．
目覚し時計のアラームをセットするの
忘れてた．
- 弁当の準備．
- 0845 自宅発．
曇．
しょうがないんで，
少しだけ早い京急-都営浅草線経路を選ぶ．
京急平和島まで走る．
そのかいあって，
平和島で満員の特急に乗れた．
0850 同発．
う，
起床直後の走りと満員電車つめこみで
かなりキモチ悪い．
車内でナマあくびでる．
大門で降りてローソンで朝飯調達．
0910 研究所着．
ふう．
ばてた．
- 小川開空度データの利用方法に関して，
ofm-ml の質問メイル書き．
全天写真読み取りの際に正木さんが使ったという
格子点を計算によって再現しようと画策してるんだが
……
アルゴリズムをほぼ決定したときになって，
よくわからなくなった．
私は魚眼レンズってのは正距円錐図法で
投影されてるモンだと思いこんでいたんだが
……
全天写真に地平線が写るってことは
こういう単純な平面投影ではない
(とれみー法だと地平線は無限遠になる)．
うーん，
どういう変換なんだろうか．
- しばらくするとだんだん起動状態になってきたんで
(メイルは寝ぼけた状態でも書けるようだ)，
いつになったら終わるかわからぬ末端処理
gnuplot 自動描画 Perl スクリプト作りの
続きに着手．
- ofm-ml で魚眼レンズについて問い合わせてみる．
説明していただいたところによると，
正射影レンズ (後述) を使っておられるらしい．
しかし，
ふつーそんな魚眼レンズを使うだろうか，
と疑問だったので
Canopy Mania
なヒトたちのメイリングリストで
このあたりのことをお尋ねする．
……
- おそい昼飯の弁当食ってると，
さっそく竹中さんが魚眼レンズ問題に関して
メイリングリストで回答してくださった．
ふつーの魚眼レンズは等距離射影するとか，
ニコンには正射影レンズある (
ニコン正射影魚眼レンズの解説ペイジ
)
とか．
どうも小川で使われたのはニコンのレンズらしいんだけど，
ニコンといっても
ニコン魚眼レンズ一覧
いろいろある
……
ということで，
また小川モデリングなメイリングリストに質問投稿．
- 天球上の太陽の軌道計算必要だろうか，
とちょっとネット上を漁って
計算プログラム
をとってきてコンパイルしてみたりする．
時刻・経緯から太陽の方角を計算．
うーん，
でも，
いま調べたいのは春分-夏至-秋分に太陽が
天球上を「掃く」領域だからなぁ．
えーとえーと，
太陽って一年中真東から昇るんだっけ ?
でも小学校の理科の教科書では，
たしか天球上の太陽の軌跡は
夏・冬で平行に走っていた記憶があるから
……
うーん．
- そうか，
一年中真東から日の出，
だったら毎日毎日昼が 12 時間になるじゃないか．
えーと，
ならば，
北緯 N 度における春分・夏至の日の出の方角は ?
- 春分の日は真東だろうな，
南中高度は 90-N 度．
- 夏至の日は ?
日の出の方角わからんな．
南中高度は 90-N+23.4 度，
だろう
……
天球上の太陽の軌跡が
春分のそれと平行だとすると
……
当然，
夏至の日の出は真東より北に偏る．
で，その方位なんだけど
……
うーん，
図を描けば計算できるとわかった．
しかし，
あまりすっきりした量にならんな．
何かここまでで間違ってるんじゃなかろうか．
考え直してみよう．
- ああ，
理学博士なのに日の出の方角もわからない
- なんかあちこちとメイルのやりとりが続いて
何しろ 4 正面なのである．
- 小川モデリング ML
- Canopy Mania ML
- CREST の小林さん
- 北大の甲山さん
コード書きが進まない．
しかしあれこれと勉強にはなりますなぁ．
まぁ，
メイル来ないときは数日間にわたって
(返信要する)
来信なし状態が続くんで，
たまにはいいのかな．
- 最後に Canopy Mania ML で竹中さんから
当方の考えが及んでいなかった問題点について
ご指摘．
うーん，
まあ，
宿題ということで．
詳細はまた明日．
- 1800 研究所発．
1818 東京モノレイル浜松町発．
旧東海道ぞい八百屋で野菜やミカンを調達．
1855 帰宅．
- どーもダルくて晩飯後の仕事はかどらん．
- 今日の朗読
``Analytical Population Dynamics'' (Royama, 1992)
Part I Theoretical bases of population dynamics
Chapter 1 Basic properties
and structure of population processes
- 1.2 Persistence of populations
- 1.2.1 Empirical perception
- 1.2.2 Idelization and definition
- 1.2.3 Control of populations
- 今日は不調なので一節だけ．
蝋山個体群生態学の persistence の定義である．
これは動物の個体群密度がじっと落ち着いてるという
ことなどではさらさらなく，
たとえそれが対数スケイルで
ふらふらというかばんばん振動していたとしても，
その二次モーメント (分散のような量) が
一定範囲に収まる
――
つまり有界であるならその個体群は persistence と
呼ぶのである．
つまり，
第 5-6 章で見たようなヤマネコだのカンジキウサギだのの
動物個体群の密度は短期間に 10 倍増えたり
100 分の 1 に減じたりを
いつまでもしつこく繰り返してるのがふつーで，
そういうデータあつかいたい，
と著者は考えている．
こういう集団は間違っても平衡状態というやつではないし，
かといって確率過程でいうところの定常状態とも
必ずしも同じではない．
ということで，
そういう「しつこいふらふら」集団の挙動を特徴づけるべく
persisitence なる語が導入されたのである．
- 夜中に米切れに気づく．
まだ日付変更時刻まで 20 分ある．
第一京浜むかいの根性だけで 2400 まで開店の
マルエツにいく．
- 今日の食卓
- 朝 (0930):
ローソンで買ったあんパン (100 円)
かじる．
- 昼 (1250):
弁当．
米 0.8 合．
ハクサイ・サヤインゲン・エノキダケ・麸の
よくわからぬ煮物
(のごときもの)．
かなり破綻している．
- 晩 (1910):
米 0.5 合．
今日の昼用に作った残りを流用して，
やはりよくわからぬ雑炊．
あ，
豆腐追加した．