生態学のデータ解析 - 国際水研統計モデル講習2012 s7

• 国際水研統計モデル講習2012 の第 3 日目の内容あれこれ

捕獲数から集団サイズの推定 

• 金岩さんからの提案
• ファイル:
  • 架空データ: data.RData
  • データの作図例: matplot.R
  • WinBUGS の R コード: runbugs.R (BUGS コードもこの中に入っています)
    • R2WBwrapper.R
  • 推定結果: post.bugs.RData
  • 予測の作図: prediction.R
• 架空データの作図: 9 ヶ所の調査地で 10 回の捕獲をした場合の個体数減少のシミュレイション，左は個体数の減少 (1 は捕獲前)，右は各捕獲でとれた尾数 (1 は一回目の捕獲)

• 10 回捕獲は現実的ではないので，最初の 3 回だけの捕獲数を利用
• 3 回捕獲のデータにもとづいて DeLury 法で全個体数を場所ごとに推定する

• 得られた結果にもとづく全個体数 (捕獲前) の予測と「真の値」の比較

CPUE の統計モデリング 

• 水野さんからの提案
  • 参照: 市野川さんのすばらしい glm_longline_presentation.pdf CPUE 標準化の説明
• ファイル:
  • 架空データ: data.RData, 「真」の CPUE
  • 「わく」の作図: plot.R
  • GLM あれこれ: 正規分布, ポアソン分布, ポアソン分布GLMM
  • WinBUGS の R コード: runbugs.R (BUGS コードもこの中に入っています)
    • R2WBwrapper.R
  • 推定結果: post.bugs.RData
  • 予測の作図: prediction.R

体長サイズ分布 

• 水野さんからの提案
• ファイル:
  • 架空データ: data.RData
  • WinBUGS の R コード: runbugs.R (BUGS コードもこの中に入っています)
    • R2WBwrapper.R
  • 推定結果: post.bugs.RData
  • 予測の作図: prediction.R
• サイズに依存する (ばらつきのある) ハコへのしわけ

• ハコごとのサイズ分布

• 再構成されたサイズ分布 (ヒストグラム) と「真」の (離散的な) サイズ分布