[07:26 地環研前に集合]
遅刻しなくてよかった
……
0740 ごろ出発．
宮田さん車にのせてもらって，
支笏湖畔ルートで苫小牧へ．
library(gnlm)
があったんで，
これでいいんじゃないでしょうか，
と返信してしまった．
で，
今日になって気づいたんだけど，
これって CRAN pacakge じゃなくて，
Lindsey さん
の個人サイトにおいてあるやつだな．
library(gnm)
で
example(gnm)
したら問題なく終了したんだけど，
Warning message がでた
(この example の結果とは無関係)．
perl=TRUE は UTF-8 ロケールに対してのみ完全実装されています
……
うーむ R 内部の UTF-8 化ぷろぢぇくとが進行してますな．
help(gnlr)
だけではその挙動はよくわからず，
gnlr()
関数の定義をよく読む必要がある．
たとえば，
負の二項分布は以下のように定義されており，
尤度を評価している pnbinom()
の関数の使われかたに注意する必要がある．
`negative binomial` = {
fcn <- function(p) {
m <- mu1(p)
t <- sh1(p)
s <- exp(t)
-sum(wt * (cc * (lgamma(y[, 1] + s) - lgamma(s) +
s * t + y[, 1] * log(m) - (y[, 1] + s) * log(s +
m)) + log(lc - rc * pnbinom(y[, 1], s, 1/(1 + m/s))
)))
}
const <- wt * cc * lgamma(y[, 1] + 1)
}
メールしてんだけど。無視かい？本社セイコーマートの人とは違うのかい？そろそろ「不安」になってきたようだね． いーかげん北大にメイルだしてることに気づけよ．
（2009年度 正会員学会費：5,000円） 郵便振替： 00190-2-173844 応用統計学会 5,000円 もしくは、 みずほ銀行 大塚支店 普通口座 1281134 応用統計学会 5,000円会費はネット経由でぽいっとふりこむ．
make pdf
して，
rsync
による同期を命じて，
共立出版にメイルかいてみる．
library(lattice)
作図，
つまり全データによけーな加工を加えずに俯瞰する図を作ってみる．
これをやると全体の傾向がわりとはっきり見える
(点の色は個体内の位置)
……
低温研で、低温科学という冊子を毎年発行しているのですが、 昨年度（2008年）は、「光合成研究法」を発行しました。 冊子体は部数が限られているのですが、 http://www.lowtem.hokudai.ac.jp/LTS/index.html から、ダウンロードできるようになっています。
library(lattice)
な作図コードを書いてみた．
<content>
とかの中に & 記号とか入ってるとよくないみたいだね．
0920 自宅発．
曇．
0935 研究室着．
toef-ml，
移転．
library(R2WinBUGS)
経由だとダメで，
WinBUGS を直接使えばよい，
といったハナシがあるわけだが，
そのあたりホントなのかどうか，
よくわからない．
久保返信:
しかし R2WinBUGS 経由というのが問題なのかどうかよくわかりません． ちょっと調べてみたのですが，R2WinBUGS は 1. R で script.txt という WinBUGS スクリプトを生成する 2. R から呼び出された WinBUGS が script.txt を読んでそれを実行する といった手順で動きます．このときに私の使っている R2WinBUGS 2.1-14 だと script.txt 内の thin 指定は thin.updater(値) になります．これはよけーな ものは記憶しないメモリ節約モードのはず，なのです．これは WinBUGS manual が正しければ，という前提なのですが，manual p.26 の Samples ... subsection の thin の項にはそう書いてあります． ということで，R2WinBUGS を実行したときに，呼び出された WinBUGS のモニ ター上で thin.updater(値) が表示されてるかどうか，確認してみてください．
上記の thin.updater が設定されていてもメモリが足りなくなることがあるか もしれません． しかしながら，WinBUGS が確保するメモリを増やす方法はないのではないかと 思います． そこで，とりあえずの姑息な回避手段としては，WinBUGS を途中で止めて，途 中で sample の一部を改修，また R2WinBUGS から WinBUGS を呼びだして先ほ どの続きを計算させる，といった方法をとるのがよいかもしれません (私自身 はこれをやったことはありませんが)． 「続きを計算させる」ために，途中で止めた計算結果を格納している bugs オ ブジェクト内に last.values として格納されている「最後の MCMC sample」 を使うことになります． 参照: http://hosho.ees.hokudai.ac.jp/~kubo/ce/BugsClass.html たとえば bugs オブジェクトを b とすると b[[3]]$beta とすると 3 番目のチェインの beta というパラメーターが vector もしくは matrix の形でとりだすことができます．これを次のパラメーター初期値として 使えば MCMC 計算の続きができます．ただしそのためには，すべての stochastic node の値が last.values に格納されている必要があります． つまり全体の手順をまとめますと， 1. てきとーなパラメーター初期値を設定 2. R2WinBUGS から WinBUGS を呼び出して計算させる 3. WinBUGS 終了，結果を bugs オブジェクト b に格納 4. 必要なら結果を b$sims.array などから回収 (b のコピーなど) 5. b$last.values でパラメーターを初期化 6. 2. にもどる といったなかなかめんどうなものになりますが，とりあえず大きな規模の計算 もできるのではないかと思います．送信してから気づいたのだが (ちかごろ R2WinBUGS の bugs() 関数を直接つかってなかったので気づかなかったのだが) ……
bugs()
関数のパラメーター初期値 inits
の指定は
n.chain と等しい長さの list
list
を生成させる関数
bugs(..., inits = b$last.values, debug = FALSE, ...)
ってなかんぢで，
そのままぽいっとわたせばよい．
R2WBwrapper.R
でも改造してみるか
……
set.param("beta", function() random(100))
といった指定は可能．
あとは，
「n.chain と等しい長さの list」
をわたす方法かな
……
/var/www/vhosts/esj.ne.jp/conf/httpd.conf
を書きかえてしまうんだよね
……
/etc/httpd/conf.d
に kubo.conf
なるファイルをおき，
<VirtualHost 203.104.99.221:80> ServerName esj.ne.jp:80 ServerAlias www.esj.ne.jp UseCanonicalName Off SuexecUserGroup wwwesj psacln SuexecUserGroup comadmin comadmin ... </VirtualHost>てなかんぢで強引に
VirtualHost
設定をやっとく．
この
/etc/httpd/conf.d
内の設定ファイルは httpd
起動時にアルファベット順に実行されるので，
kubo.conf
のあとに Plesk 設定を読む
zz010_psa_httpd.conf
が実行されても，
すでに上記 VirtualHost は設定されているので，
設定をうわ書きされない，
と．
chown
したら動いたので，
やっぱり何か関係あるのかな?
library(lattice)
な第 4 章は終了し，
library(grid)
な第 5 章に突入している
……
しかし，
時刻はすでに 1530．
うう．
library(lattice)
な作図によって，
「ばらつきはほとんど個体差・花差だけだろう」
とゆー結果になっても驚かない準備ができたので，
とりあえず BUGS なコードとか書いてみる．
これはすごく単純で，
胚珠数・花粉数ともにばらつきがある，
花差・個体差がある，
おそらくあまり説明になってない説明変数 5 個ばかりと，
その交互作用項が 3 つばかりある，
といった階層ベイズなポアソン回帰モデル．
*** 様 植物生態学コースの久保です．6 月 6,7 日の北大祭の環境科学院施設公開における サイエンスパフォーマンスについて御連絡さしあげます．私は生物圏専攻担当の北大 祭施設公開実行委員を申しつけられております． 昨年，** さんの研究室の院生の xx さんに担当していただいたサイエンスパフォー マンス「……」が好評でしたので，今年度もお願いしたいと考えております．御検討 いただけると助かります． 日程は， 6/6 (土) 11:00-17:00 6/7 (日) 11:00-16:00 となり昨年度と同じように実施していただければ，と考えております． よろしくお願いいたします． たいへん恐縮ですが，連休あけぐらいにお返事をいただけないでしょうか． 不明な点などありましたら御連絡ください．まあ， 大学院生の xx さんなるヒトたちが不幸になるのかな …… お祭り好きな院生もけっこういるみたいだけどね， と自分にいいわけしてみる event 嫌いな雑用係であった．
** 先生 ではなく
** 様 表記だッ
……
やっぱり，
どうでもよいコトだった
……