ぎょーむ日誌 2007-03-(01-10)
2007 年 03 月 01 日 (木)
-
0655 起床．
3 月になったけど今朝も寒い．
気象庁の記録
によれば本日の最低気温 (札幌) は
-7.4°C．
朝飯．
コーヒー
……
ふと気づくと 3/20 (火) 夜の
自由集会
で何を話すか一生懸命かんがえている自分を発見．
寒くてももう 3 月なんだよね
……
0900 自宅発．
晴．
0915 研究室着．
-
自由集会で階層ベイズモデルについて説明しないといけないんだけど，
たぶん 45 分間ぐらいでハナシを終えないといけないので，
構成としては，
たとえば，
-
導入:
混合モデル (最尤推定)
vs 階層ベイズモデル (MCMC 計算)
-
実例:
階層ベイズモデルの適用例 (屋久島シュート伸長)
-
検討:
MCMC 計算は何をやっているのか，
など
といったかんぢになりそうだな．
1/24 (水) の
統計学授業
をもうちょい整理したカタチで．
-
1320 ごろまで
母子里林冠モデル
の原稿ひたすらみなおし．
-
昼飯後は見なおし結果を原稿に反映させる
……
とはいえ，
まだ何か単純ミスが残存してそうな気がする．
気になるけど，
時間かけても改善されそうにないんで，
(私も含めて 8 名もいる)
共著者の皆さんにメイル．
1418 送信，
一件落着
……
しまった，
原稿 PDF ファイルアップロード忘れてた!
ということで，
rsync
してお詫びメイル送信，
と．
-
技術力のない北大ネットなヒトたちが作った北大教員
データベイス
が改築されたわけだが
……
なぜか私が文学部
の所属にされてしまってるんで，
修正するべくログインしようとしたんだけど入れなかった．
阿呆らしいので，
そういう顛末があったということだけをここに記録して，
放置．
-
また母子里論文共著者の隅田さんに光計算まにあっくなメイル書いたり
……
このあたりってほんとに植物生態学の，
なんというか，
魔窟だ．
-
さて，
母子里原稿はしばらく
(早くとも明日の夕方までは)
放置しとくことにして，
次にやるべきことだが
……
近場・若手重視，
ということで石沢さんのアミノ酸データに取り組むか
(性別は無関係です念の為)．
まずは
二日前
のぎょーむ日誌をみる．
-
で，
水槽中の「石」アミノ酸データも含めて計算させてみたんだけど
……
まあ，
こんなところかしらん?
時間 0 における「石」は tank 7-9．
-
これでまた一件かたづいたかな，
いやいやまだまだ危ないかな，
と考えていると
……
プリンター雑用．
ふーむ，
また不良再生トナーカートリッジ (Cyan 残量 32%) かしらん?
疑惑なんだけど，
古典的ながらカートリッジふってキャリブレイションとったら，
とりあえずは Cyan が少し出るようになったので，
もう少し様子をみることに．
-
で，
次は時間的に少しアブないかんじがしてきた
(しかし先日の試験カントク中の検討ではそれほど難問ではないかもしれぬ)
屋久島葉寿命モデルの再計算を
……
とネラったかのようにトドマツ実生分布メイルがとびこんできたので，
そちらを検討．
-
1845 研究室発．
1900 帰宅．
体重 68.6kg．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0750):
米麦 0.6 合．
卵焼き．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
- 晩 (2030):
米麦 0.8 合．
大家さんからめぐんでもらったけんちん汁．
2007 年 03 月 02 日 (金)
-
0720 起床．
朝飯．
コーヒー．
屋久島葉寿命再計算の WinBUGS 化の問題にいきなりハマりこんでしまった
(といっても「アタマの中でのプログラミング」だけど)
……
0915 自宅発．
晴．
0930 研究室着．
-
明日の
進化植物学研究会
関連の連絡，
とか．
幹事の小林君が今日は森林総研わーくの日なので，
その代理で．
-
backup 体制がまだ十分ではない server 機
(先日 HDD をまるごと交換したアレ)
のその場しのぎ的なメンテナンス作業．
-
昨日，
後藤さんから送っていただいた
トドマツ母子地図
を彩色印刷出力しようとしたら
……
また昨日と同じく Cyan トナー不調か．
そしてこれまたカートリッジふり + 再キャリブレイションで
(おそらく一時的に)
修復した．
-
そしてその地図や昨日 uploader でアップロードしてもらった
原稿ながめつつ，
時間かせぎメイルかき．
-
ようやく屋久島再計算問題にとりくむ．
時刻はすでに 1100 すぎ．
いやはや．
牛原さん修論原稿，
一年以上前の計算メモとプログラム，
そして先日の試験カントク中に失敬した使用ずみ張り紙の
ウラに書かれた WinBUGS コードとか参照しつつ．
-
屋久島葉数データの構造:
22 樹種
×
1-2 場所
×
1-2 明るさ
×
1-3 個体
×
1 シュート，
か．
昨年 1/13
に作った図などをながめる．
-
とうめんの仕事にはぜんぜん関係ないが，
OpenBUGS
が Linux 上の WINE 上で動作することわかった．
そして OpenBUGS サイトをひさびさに見にいくと，
一年前から更新が止まったまま．
だいじょうぶなのかね，
このプロジェクトは．
-
昼飯．
-
屋久島データの整理整頓うだうだやってると
……
-
低温研から母子里コメントいくつかいただく
……
原稿修正，
やっておくか．
と修正して
make pdf，
rsync でアップロード．
自分でもまだまだチェックしたほうが良さそうだなあ．
とりあえず，
皆さんには「投稿は月曜日以降にします」と連絡する．
さっさと投稿したいんだけど，
ここまで予定がのびてしまった現状で今さらアセってもしょうがないんで．
-
また屋久島データにとりくむ．
じつは
今年 1 月
にシュート伸長データを「教材化」解析やったときには，
なぜか和名順で樹種コード 1, 2, ..., 22 としていた．
これでも首尾一貫してるからいいんだろうけど，
なんとなくややこしくなりそうなので，
このあたりの改善からとりくんでみる．
といっても学名の省略形に変えて再計算するだけなんだけどね．
-
まてまて，
この 22 樹種の記号で
2005 年大晦日
に苦闘したことを思い出してしまった
……
いかん，
また同じテツを踏むところだった．
-
なぜかまた突然に矢澤さんと熱帯林 (Pasoh)
データ解析雑談．
樹冠下とか樹冠長径 vs 短径といった「制約」のありそうな
観測値を説明する Bayesian モデリング
……
はまあともかく安直なやつならできるだろう，
と．
-
なぜか空間統計学の pseudo likelihood ハナシとなる．
生態学でこのあたりとなると，
依然として Jorge たちの
計算
(2001 年の EcoRes 論文)
が重要だよなぁ
……
まあ，
今でもこういうことのためには MCMC 計算が必要なんだけど，
彼らもこういう近似尤度法は使わないで Bayesian で定式化するんじゃないかな．
-
またスケジュール調整の必要が
……
とやってると，
Google Calendar
でもキーボード shortcut が使える，
とわかった:
-
d - 一日のスケジュール
-
w - 週のスケジュール
-
x - 次の 4 週間のスケジュール
-
m - 月のスケジュール
-
a - アジェンダ
-
c - 予定を書きこむ
-
q - quick add
-
j または p - 昨日・前週・前月
-
k または n - 明日・翌週・翌月
-
今日は屋久島データをひねくるだけで終わってしまったか
……
1905 研究室発．
1920 帰宅．
体重 68.2kg．
晩飯の準備．
晩飯．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
米麦 0.6 合．
ダイコン・ワカメの煮物．
- 昼 (1255):
研究室お茶部屋．
米麦 0.5 合．
ワカメスープ．
- 晩 (2110):
米麦 0.7 合．
ジャガイモ・タマネギ・豚肉の煮物．
ナガイモのモズクあえ．
コマツナのゴマあえ．
2007 年 03 月 03 日 (土)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
1005 自宅発．
曇．
1022 研究室着．
-
1030 から 2F 講堂で
進化植物学研究会
(今回は「日帰り」形式)．
最初は北大農学部の
江口君，
で北大苗畑で 3 年前からやってる
FACE
実験のうち，
水分生理的な結果の説明．
私のおおざっぱな理解だと，
高 CO2
条件下では気孔ひらいてる時間短くてよい
→
気孔コンダクタンス低下
→
葉・葉柄・当年生シュートの通導性低下，
とここまでは順当な気がするんだけど，
ハナシは地下部につながっている可能性があるかも，
ということで
……
葉内 N 濃度が低下
(そんなにルビスコとかいらんから)
→
見かけ上 C-N バランスが変わる
→
地下部が応答，
細根量が増大?
(水利用効率・窒素利用効率が上昇してるにもかかわらず)
→
「よぶんな」
窒素などが別方面に使われているのかも，
という植物はカシこいのかバカなのかよくわからぬ現象らしきものがあるかも，
とのこと．
ついでに，
窒素すくない「味のうすい」葉っぱは，
いやそれゆえにというべきか，
虫にばりばりと食われてしまうそうで
……
-
昼飯．
みなさんと北大生協 (中央) へ．
江口君に
FACE 実験の Bayesian modeling が
Clark-Gelfand 本
に載っていますよと紹介したり．
植物生理学 (とくに生態学よりなやつ)
の実験データ解析はこの方向に変わっていくのはまちがいないだろう，
と吹きこんでみたり．
-
次は北大の室蘭臨海実験所の
本村さん
で生態学ではなく細胞生物学・発生学よりのハナシだったんだけど
……
このあたり不勉強な私にはなかなか驚きの内容ばかりだった．
藻類の定義として現時点で妥当なモノとしては
「酸素をだす生物のうち，
コケ・シダ・種子植物を除いたもの」
とならざるをえないとか，
ふつーは母親由来の細胞内小器官が残るんだけど
藻類のうち同型配偶子をつくってるものは葉緑体が
父母どちら由来のものも残るとか，
真核生物なる構造の進化と有性生殖は不可分だと考えられていて
その理解には藻類の研究を避けて通れないとか，
細砲分裂時の紡錘体形成時の中心体などは父親配偶子の鞭毛由来だろうとか，
父親由来の細胞内小器官を「消化」する機構はおろか認識のしくみさえ
まだ何もわかっていないとか
……
-
次は東北大の
板垣さん
で，
オオヤマオダマキやサワギキョウといった花序を作る多年生草本の
花序内の両性花の役割，
とか．
このあたり，
研究室まわりでよく聞くハナシなので
自分ではよくわかっているつもりだったんだけど，
じつは示されるデータが限定されているときにその中間を補間して
ハナシを理解できるほどにはわかっていなかった，
と判明してしまった
……
繁殖生態学ってのは，
いろいろな意味で難しい
(フェノロジーがらみは何でも難しい?)．
-
最後は
永光さん
で道央回廊北部-中央部におけるセイヨウマルハナバチがらみの
一連の研究まとめて紹介，
という豪華な内容．
概要
はすでにネット上でも公開されている．
永光さん自身の「理屈篇」で示されたように，
外来生物の生態学は群集生態学にほかならず，
群集生態学ってのは (集団遺伝学と同じく)
全容をつかみがたい集団の
「組成自体に依存する組成動態」
みたいなところがあって
(「組成」ではなくホントは局所密度)，
そういうハナシだとするとこれまた Bayesian ですね，
というハナシをあとで研究室お茶部屋で．
-
1700 ごろおひらき．
1745 研究室発．
北大正門前の居酒屋
ででんがでん
で研究会懇親会．
2030 帰宅．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0900):
米麦 0.6 合．
ナガイモのモズクあえ．
コマツナのゴマあえ．
ナメコ汁．
- 昼 (1210):
北大生協中央．
サケ・イクラという北大ふう
ひな祭りちらし寿司．
オクラ・モロヘイヤあえもの．
440 円．
- 晩 (1820):
研究会懇親会．
豚肉・水菜の鍋物．
鍋のしめは蕎麦だった．
2007 年 03 月 04 日 (日)
2007 年 03 月 05 日 (月)
-
0800 起床．
朝飯．
コーヒー．
0930 自宅発．
曇のち雨．
雪がかなりとけた．
しかし次の寒冷前線が接近中．
すでに風がつよい．
0945 研究室着．
-
屋久島のつづきやりたいんだけど，
母子里問題にケリもつけたい
……
ということで，
とりあえず投稿先の
Agricultural and Forest Meteorology
まわりの確認．
Elsevier サイト．
投稿規定よんで，
Journal のアカウントとって「擬似」投稿操作
……
やっぱり本文・図・表ばらばらかつ cover letter が必要，
ときたか．
その他あれこれと細かい指示あり．
なかなかめんどうだけど，
Elsevier のシステムでは incomplete submission の状態を保存できるので，
ここで放置．
-
あ，
瞬間停電した．
1102．
1724 にも瞬電．
どうなってんの?
-
とりあえず，
母子里原稿投稿用に三分割された PDF ファイルを生成する準備はできた
……
と多少こったしくみを作ってしまったのだけど，
これはバカげた無駄だったと判明．
ただ単に
dvipdfmx でペイジ指定
PDF ファイル生成すればいいだけじゃないか
(ペイジ番号きめうちにする必要あるけど)．
われながら阿呆だと，
ぼうぜんとしつつ cover letter かき．
これで書面はととのった．
-
ということで，
原稿みなおしのつづき．
-
いったん休憩して昼飯．
窓の外は雨．
-
さて原稿みなおし (私があまり得意ではない作業)
の続きを
……
と思ったんだけど，
なんとなくメイル書きとかに流れてしまったり．
えーい，
すでにあれこれ準備は整ったわけだから，
原稿みなおして投稿すればとりあえず母子里論文問題は
これでひと区切りのはず，
だ．
-
と言い聞かせて取りくむ．
何で自分の作文よむのは楽しくないのかねえ
……
やっぱり下手だから?
他人の作文よむのはそんなに嫌いではないんだけどなぁ．
「得意」かどうかはともかく．
[苦行と報酬]
8000 語長の長ーい自分原稿
(しかも内容のかなりの部分は三次元計算とか)
を読むのは私にとってなぜかなかなかの苦行
……
とゆーことで，
リンゴ (サンふじ) だのゆで卵 (昼飯の残り，ラップの中)
だのを目の前に並べて，
「終わったらこれを食べてヨシ」
状態で作業．
-
1815 よーやく読み終わる．
とりあえず共著者たちに
「あとしばらくしたら投稿しますよ」
メイル送信．
ちょっとひと休み．
ふう．
-
気になるのでまた原稿みなおし．
表紙に，
``MS submitted to AFM on October *, 2006''
などと楽観的すぎるメモが残されていたので，
本日づけに変更．
この 4 ヶ月間わたしはいったいいくつの下請け計算をやったのだろうか
……
この 1/3 年間にいろいろな問題にとりくんでたよーな
……
-
おっと，
「投稿しますよ」
通知をだしたのはいいけど，
最新の PDF ファイルをアップロードしとくの忘れてた．
-
まあ，
もはや修正の気力も飽和してしまったので，
投稿作業にかかる．
2022 投稿終了．
これは同ぢゃーなるに今年になって投稿された 72 本目の原稿らしい，
とわかった
(……
ではなく 67 番目?)．
はてさて，
どうなることやら．
とりあえずは，
一件落着ということで．
-
投稿だけでまる一日つかってしまった
……
えーい，
われながらまぬけすぎる．
2110 研究室発．
2125 帰宅．
体重 68.2kg．
晩飯．
-
そして明日・明後日は東北大学におじゃまします．
生物相互作用に着目した高山・亜高山生態系の脆弱性評価 ...
の年度成果報告を拝聴しにいくために，
と他人ごとのように
……
してられなくなるのやもしれませんなぁ．
-
[今日の運動]
-
腹筋運動 30 ×
3 回．
腕立ふせ 10 ×
3 回．
スクワット 100 回．
-
[今日の食卓]
- 朝 (0830):
米麦 0.6 合．
豆腐の長芋おろしあえ．
ネギ・シイタケのすまし汁．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
海藻スープ．
ゆで卵．
リンゴ．
- 晩 (2320):
ダイコンおろし + うどん．
シイタケ・豆腐の炒めもの．
2007 年 03 月 06 日 (火)
-
0600 起床．
ねむい．
本日から仙台一泊出張．
0630 自宅発．
晴．
0640 JR 札幌駅着．
自動チェックイン機で航空券うけとる．
空港まで 1040 円．
0648 快速エアポートに乗って同発．
0725 新千歳空港着．
空港内うろうろ．
しかしたいていの店は 0800 開店．
ということでゲイトくぐって搭乗口ふきんの店で
コーヒーとパン買う．
-
朝飯くってると仙台いきの皆さんぞろぞろとそろう．
北大 (地環研 + 低温研) からは合計 10 人が移動することに
(ただし工藤さんは本日も札幌で用事があるので，
夕方に仙台着)．
0810 ANA 720 便搭乗．
0825 定刻どおり taxing 開始．
離陸．
[B737-500]
札幌-仙台をつなぐ機材はコレでした．
およそ 130 人のりの ANA 最小定期便ジェット機
(レシプロだとボンバルディアのもっと小さいやつがある)．
今朝は満席．
-
機内では Clark-Gelfand
Bayesian 本
ながめる．
0945 仙台空港着．
晴．
暖かい．
さすがは本土．
-
0955 バスで空港発．
駅まで 910 円．
1030 仙台駅着．
タクシーに分乗して東北大理学部をめざす．
15 分ぐらいで青葉山の上に．
小型タクシーで 1600 円ぐらい．
ECOAS PD の及川さんに迎えにきていただき，
13 階だての合同棟 (博物館奧)
に案内していただく．
植物生態は 10F．
ながめがよい．
[青葉山からの眺望]
[合同棟 2F 講義室]
わりと予定がツマっていて一人 15 分ぐらいで．
写真中で発表してるのは平尾君で，
なかなかトリッキーな遺伝構造ハナシだった．
山地湖沼プランクトン群集，
八甲田山湿原植物群落構造，
大雪山エゾコザクラ & ツガザクラ，
阿寒トドマツ，
山地湖沼バクテリア群集，
山地湖沼食物連鎖解析，
などがどんどん紹介されていく．
質問時間あまりない．
-
部屋からおいだされる時刻になってもまだ一件のこってしまったので，
旧棟 (?) 共同講義室でつづきを．
ミジンコ二種の交雑・遺伝子浸透について松島さんの興味ぶかい報告．
私の感想なんだけど，
形質が変わるような雑種はすぐにいなくなって，
どうでもいい遺伝子の浸透だけが生じてるんじゃないかしらん
……
というものなんだけど．
-
1800 ごろおひらき．
河田さんの研究室におじゃまして雑談少々．
懇親会の時間になったのでタクシーで青葉通り・国道 4 号
交差点のダイエーに集合．
ダイエー横の牛たん屋で懇親会．
工藤さんもここで合流．
-
2105 おひらき．
寒冷前線通過で寒い．
雪もぱらぱらと．
2115
仙台ワシントンホテル
着．
チェックイン．
朝食つきで一泊 6000 円．
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0740):
新千歳空港搭乗口付近．
もりもとパン．
そういえば，
もりもとの工場って千歳にあるんだっけ．
- 昼 (1220):
理学部生協のレストランアオシス．
仙台ふう (?) 豚丼 (写真下左)．
中華ふうでした．
682 円．
- 晩 (1910):
牛たん屋
利久．
おいしかった
(写真下右)．
2007 年 03 月 07 日 (水)
-
0720 起床．
仙台二日目．
よく寝た．
朝飯．
コーヒー．
0910 チェックアウト，
宿発．
ここ大手町から 20 分も歩けば青葉山上の東北大理学部に到達するだろう，
というヨミなんだが
……
[登城，開始]
晴．
春ですなぁ．
とのんびり登りはじめる．
「直登ルート」があるはずなんだけど，
よくわからんので昨日のタクシー経路をたどる．
登れども登れどもなかなか頂上が見えない
……
[登城……]
出発から 25 分後の 0935 理学部着．
さらに合同棟への登りがあって
0937 会議室着
……
7 分ちこく．
-
生物相互作用に着目した高山・亜高山生態系の脆弱性評価 ...
来年度のとりくみに関する会議．
野外研究者の習性に関する久保観察なんだけど，
「データもっともっともっと取りまくれば自然現象を『説明』できるはず」
と思いこんでいるところがあるんだよね
……
人間のアタマはそこまで良いのかしらん?
というのが私の懐疑的なみかた．
-
会議の一番最後はモデルな分担者たちの話．
河田さんは一般原理を導出するモデル→個々の事例にあてはめる，
という方向性でいくので，
私はその真逆で個々のデータに見られるパターンをまず説明できる
統計モデルの構築，
というモデリング戦略を提示してみる
(下の図はその場で作った Wiki ペイジ)．
-
1200 すぎ会議終了．
1228 理学部前バス停発．
1245 仙台駅前 (といっても駅からけっこう離れている) 着．
220 円．
空港いき高速バスはこの時間帯は 15 分おきに出発してると確認してから
仙台駅 (エスパル) 地下の蕎麦屋で昼飯．
1330 仙台駅前発．
(非北海道的な) 内地的風景ながめてるうちに
1410 仙台空港着．
[B-767-300]
今回は B767-300 で往路 (B737-500) とくらべると座席数は 5 割増．
しかし今回は空席もけっこうある．
-
1450 ANA 725 便登場．
定刻どーり 1500 taxing 開始．
離陸．
機内ではまた
Clark-Gelfand 本
読み．
1634 新千歳空港発．
車内では甲山さんと Bayesian モデリング雑談．
曇天．
雪．
1710 JR 札幌駅着．
いきなり -4°C．
風雪．
季節が 2-3 ヶ月もどったかんぢ．
1725 研究室着．
-
1920 研究室発．
ちょっとふらふらと寄り道してから
1940 帰宅．
晩飯．
-
ふーむ，
やはりあの合同棟は「隔離」棟なのかしらん
……
-
[今日の運動]
-
[今日の食卓]
- 朝 (0800):
ホテル朝食．
ビュッフェ形式．
期待してたわりには
……
まあ，
ふつーだった．
- 昼 (1300):
エスパル仙台地下の蕎麦屋「丸松」．
大ざる 680 円．
下の写真のごとくせいろ三段がさね．
けっこうおいしかった．
- 晩 (2100):
米麦 0.7 合．
レトルトパウチドのカレー．
[丸松の大ざる]
せいろ三段がさね．
ちゃんとそば湯もでる．
お茶がそば茶だった．
2007 年 03 月 08 日 (木)
-
0730 起床．
朝飯．
コーヒー．
0915 自宅発．
曇．
0930 研究室着．
-
広島大出身で北大中川研究林
(地域資源管理分野)
の
池上佳志さん
が
交通事故
で亡くなられた．
詳しい状況はよくわからない．
残念なことです．
皆さんも冬季の車の運転には注意されてください．
トラックと衝突、ＲＶの男性死亡 美深 2007/03/07 13:59
【美深】七日午前九時五十分ごろ、上川管内美深町西里の国道で、同管内音威子府村音威子府、団体職員池上佳志さん（３５）のＲＶと、美深町西里、運転手木曽良二さん（６１）の大型トラックが衝突し、池上さんは脳挫傷で間もなく死亡した。木曽さんにけがはなかった。美深署によると、現場は直線道路で、路面は圧雪アイスバーン状態。同署はＲＶがスリップし対向車線にはみだしたとみて調べている。
(北海道新聞)
-
メイルかきあれこれ．
そうだ，
浦川さんの
ユキモチソウ一般講演
ポスターにもコメントしなくては
……
-
そしてようやく自分の一般講演で使う屋久島データ再計算にとりくむ．
まずは樹種名記号の整理，
と．
-
久しぶりに
R2WinBUGS
を使ってシュート休眠・二度伸び確率論的モデルの再計算
……
計算時間，
およそ 5 分．
うん?
作図まわりがいまいちおかしい?
-
作図プログラムの修正に苦闘．
牛原さん屋久島データの作図プログラムを作ったあとに，
田辺さん苫小牧データ用にこのあたり新しくしたため
……
で，
このあたり修正しても
二度伸びに関しては何か Bayes 統計モデル推定計算
に何かヘンなところあるかも，
という気がしてきた．
-
まあ，
いったん昼飯でも食って休憩して
……
と思ってお茶部屋にいくと，
すでにそこは戦場状態．
今晩の研究室追い出しコンパの準備の渦中であった．
こそこそと撤退．
北大生協にいって無加工で食える昼飯をさがす．
研究室の自室で昼飯．
-
屋久島データみなおしてて，
よーやく思いだしてきた
……
-
2005 年 3-7 月 + 7-9 月の両期間で
シュート伸長が観測されたのは 30 シュート
-
そのうち 20 シュートは途中で節を形成しているので
(
discrete == "Y")
「二度伸び」となる
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残り 10 シュートは単なる
7 月の観測後も成長が続いているだけ
上の図も修正．
計算やりなおし．
-
しまったこのデータに特有な樹種省略名問題にまたやられた
……
もう一回変換が必要．
うう，
イヤになるねえ
……
とまたプログラム変更とか計算・作図やりなおし (順番が変わるので)．
上の図はすでに変更ずみのもの．
-
葉寿命計算用データの準備をぢりぢりと．
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1820 ごろより研究室の追いだしコンパ．
M1 五人衆を中心とするひとびとの尽力によって，
たくさんのごちそうが並べられた
……
いやー壮観ですねえ．
おつかれさまでした．
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2105 研究室発．
2120 帰宅．
-
深夜 R こんさる．
軸を太くする作図法．
x <- rnorm(100)
y <- rnorm(100)
plot(x, y, axes = FALSE)
par(cex.axis = 1.5) # ついでに文字もでかく
axis(1, lwd = 3, col = "blue")
axis(2, lwd = 3, col = "blue")
box(lwd = 3, col = "blue")
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0840):
米麦 0.6 合．
納豆・キムチの卵焼き．
- 昼 (1400):
研究室お茶部屋．
北大生協にぎり飯 2 個．
- 晩 (1820):
追いコン．
ごちそうさまでした．
2007 年 03 月 09 日 (金)
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0910 起床．
ねむい．
夜おそくにプログラミングとかよくないねえ．
朝飯．
1000 自宅発．
晴．
1020 研究室着．
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昨晩やってた
R
作図のつづき．
気象データ系の作図ってのは何でこんなに疲労がつのるんだろうねえ
……
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ひと区切りついたので昼飯．
ああ，
ばてばて感あり
……
窓の外は今日も雪．
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しかしいつまでもよたよたとしてられないので，
屋久島再計算問題のつづきにとりくむ．
計算 WinBUGS 化するにあたって，
全部いりモデルをイッキに作ると錯乱してしまいそうなので，
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まずはシュート休眠・二度伸び
(シュート動態)
ナシ版をつくる
-
次に R の中でシュート動態の節ごとの事前分布
(節の位置によって異なる)
を計算させる関数の準備
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1. と 2. を組み合わせてぜんぶいりモデルを作る
という手順で作業をススめよう．
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このあと横道にそれることなく 1. の作業をススめていたんだけど，
終わらないうちに体力ぎれとなってしまった．
この葉寿命モデルを BUGS 言語の貧弱な
データ構造 + 制御構造のもとで実装するのはなかななか
(下らないけどトリッキーな) 技術が必要とされるもので
(簡単に言えば固定サイズの配列しか使えない状況で
可変長配列らしきものを実現する)，
試験カントクやりながらそのあたりの問題を検討してたんだけど，
細かいところは試行錯誤となって，
ですね
……
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へろへろと撤退．
1930 研究室発．
ぱらぱらと雪．
1950 帰宅．
体重 68.6kg．
晩飯．
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0940):
リンゴジュース．
- 昼 (1330):
研究室お茶部屋．
昨晩の追いコンの料理の残り
(まだ大量にある!)
をおいしくいただきました．
- 晩 (2130):
米麦 0.8 合．
麻婆豆腐．
2007 年 03 月 10 日 (土)
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0810 起床．
朝飯．
コーヒー．
洗濯 & 怠業．
1225 自宅発．
晴．
1240 研究室着．
昼飯．
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屋久島照葉樹葉寿命階層ベイズモデル再計算，
その準備のつづき．
シュート内データと樹木個体データは分離したほうがよさそうなので，
そのあたりデータ変換
R
プログラムを改造．
このあたり，
小手先でごまかすことも可能なんだけど，
やはり出発点にもどってやりなおしたほうがのちのち便利なのである．
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こういう日でもデータ解析こんさるメイルはとぎれない．
とりあえずの返信かき．
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1530 ごろから BUGS プログラムのばぐ取り開始．
R2WinBUGS
から呼ばれる WinBUGS 上のばぐ取りはさまざまな困難をともなう．
Error message がちょー不親切，
とか．
私自身は難しいバグ取りに慣れているので
(これは「海でおぼれたときに何とかする方法に慣れてる」
ぐらいのヘンな表現かも)
まあ何とかなるんだけど
……
このソフトウェアが普及したら，
そのあたり慣れてない皆さんは
アタマおかしくなる苦悩の渦中に投げこまれることになるだろう．
-
そして私などは
次の自由集会
あたりからこんなモノを徐々に普及させようともくろんでいるのである
……
いやはや，
これって最終的には自分のクビをしめていることになるのかしらん?
-
で，
葉寿命モデルのばぐ取りの最中に，
もとデータのまちがいらしきものも見つかる
(生態学のデータ解析ではよくあることだ)．
葉数もゼロ + 葉痕数もゼロってどういうこと?
照葉樹のシュートにはそういう節もあるわけ
……
なくて，
これは入力ミスではないかと思う．
もとデータ (ゑくせる!) ファイルまで遡及して
ゼロ-ゼロになってることを確認してから，
とりあえず牛原さんにお尋ねメイルだしてみる．
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しかしわれながらうかつというか，
今までこんなヘンなデータが含まれてることに気づかなかった
……
いや，
2005 年の年末-2006 年の年頭あたりでいろいろ図を描いてるうちに
気づいたはずなんだけどすっかり忘れていた，
ということだろう．
とりあえずそういうヘンなシュートをもつ樹木個体は解析から除去する．
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1705 よーやく，
一番簡単な version の階層ベイズモデルの MCMC 計算が疾走するようになった．
樹木個体数は 193 なので Thikpad X31 でも 1000 step 2 分ぐらいで計算する．
そして 1000 step でそこそこ収束してるように見える．
よしよし．
-
お茶部屋でちょっとひと休み
……
して院生たちからいろいろとお話をうかがっているうちに，
先ほどの「質問メイル発信」はたいへんたいへんにまのぬけた行為である，
とわかった．
返信はとうぶんないだろう．
うーむ，
しかしそういうハナシがあったとは
……
世の中はいろいろと不思議なことが．
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お茶部屋雑談の衝撃からたちなおって，
また屋久島ベイズモデルのプログラムかきのつづき．
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と思ったらまたデータ解析こんさるメイル．
うーむ，
極値分布
に「直線回帰」ふぃっとか
……
しかし，
そこを争点にするといつものごとくドロ沼化しそうなので
(とゆーか私はまだ極値分布理論をよくわかってないのだ)，
悲しいかな現状では言われたとおりに R コード書きなおして返信．
とりあえず，
R
には極値分布などをあつかう
evd,
evdbayes,
evir,
extRemes,
ismev
などなどの package がある
……
そして，
どれも
Alec Stephenson
さんが関与してるよーで．
-
屋久島ベイズモデルの WinBUGS 化，
いいぐあいで進行中．
BUGS 化の最初の難関であった
「なんちゃって可変長配列」
はこの実装で問題なさそうだ．
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昨年の最初の解析のときと同じく，
(あの C-N コーダーなるロクでもない割算値ばかり吐きだす機械で測定した)
窒素濃度まわりのパラメーターの収束がよろしくない．
窒素の測定誤差をてきとーに固定して
(論文化するときは修正が必要かも)，
計算させると下の図のごとくかなりマシになった．
もうちょっと長くとるべきなんだが，
まだプログラム改造中なんでそのへんはあとまわしだ．
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なるほど，
明るさには左右されてないか
……
ただし，
これはまだシュート成長 (休眠 & 二度伸び)
を考慮してないモデルなのでこういう推定結果になるんだろう．
シュート伸長の休眠をいれた場合，
明るさに依存して，
アヤしげな窒素濃度測定値には依存しなくなるんではないかな．
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ちょっと休憩して google news など見てると
……
粕谷さんのハナシが
新聞記事
になってることに気づいた．
この「発情期をずらす」うんぬんはちらっと聞いたことがあるような気がする
(データ解析雑談で)．
そしてその師匠
(?) である伊藤さんも先月の
新聞ねた
になっておられるね．
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なンでこんな記事をみつけたかといえば，
「生態学会松山大会が中止になりました」
とかいったニュースないかしらん，
などと祈念しつつ「生態学」とかキーワードにして検索してたため．
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シュート成長の事前分布関数を生成する R コード書き．
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2210 研究室発．
晩飯．
2320 帰宅．
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屋久島データ，
もうちょいひねくる．
うーむ，
暗所のスダジイ (code:
Cc) なら 20 年連続休眠もありえる?
まあ
「いくら休眠しても死なない」
という前提の推定がまちがいなんだろうけど
……
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[今日の運動]
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[今日の食卓]
- 朝 (0850):
米麦 0.6 合．
麻婆豆腐．
- 昼 (1310):
研究室お茶部屋．
米麦 0.6 合．
一昨日の追いコン料理の残り
……
といっても窒素りっちな食べものはすでに消失していたので，
ダイコンおろしとキャベツの千切り．
- 晩 (2240):
北 14 西 2 の瀋陽飯店．
レバニラ炒め定食 630 円．
