ぎょーむ日誌 2007-03-10

2007 年 03 月 10 日 (土)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯 & 怠業． 1225 自宅発． 晴． 1240 研究室着． 昼飯．
• 屋久島照葉樹葉寿命階層ベイズモデル再計算， その準備のつづき． シュート内データと樹木個体データは分離したほうがよさそうなので， そのあたりデータ変換 R プログラムを改造． このあたり， 小手先でごまかすことも可能なんだけど， やはり出発点にもどってやりなおしたほうがのちのち便利なのである．
• こういう日でもデータ解析こんさるメイルはとぎれない． とりあえずの返信かき．
• 1530 ごろから BUGS プログラムのばぐ取り開始． R2WinBUGS から呼ばれる WinBUGS 上のばぐ取りはさまざまな困難をともなう． Error message がちょー不親切， とか． 私自身は難しいバグ取りに慣れているので (これは「海でおぼれたときに何とかする方法に慣れてる」 ぐらいのヘンな表現かも) まあ何とかなるんだけど …… このソフトウェアが普及したら， そのあたり慣れてない皆さんは アタマおかしくなる苦悩の渦中に投げこまれることになるだろう．
• そして私などは 次の自由集会 あたりからこんなモノを徐々に普及させようともくろんでいるのである …… いやはや， これって最終的には自分のクビをしめていることになるのかしらん?
• で， 葉寿命モデルのばぐ取りの最中に， もとデータのまちがいらしきものも見つかる (生態学のデータ解析ではよくあることだ)． 葉数もゼロ + 葉痕数もゼロってどういうこと? 照葉樹のシュートにはそういう節もあるわけ …… なくて， これは入力ミスではないかと思う． もとデータ (ゑくせる!) ファイルまで遡及して ゼロ-ゼロになってることを確認してから， とりあえず牛原さんにお尋ねメイルだしてみる．
• しかしわれながらうかつというか， 今までこんなヘンなデータが含まれてることに気づかなかった …… いや， 2005 年の年末-2006 年の年頭あたりでいろいろ図を描いてるうちに 気づいたはずなんだけどすっかり忘れていた， ということだろう． とりあえずそういうヘンなシュートをもつ樹木個体は解析から除去する．
• 1705 よーやく， 一番簡単な version の階層ベイズモデルの MCMC 計算が疾走するようになった． 樹木個体数は 193 なので Thikpad X31 でも 1000 step 2 分ぐらいで計算する． そして 1000 step でそこそこ収束してるように見える． よしよし．
• お茶部屋でちょっとひと休み …… して院生たちからいろいろとお話をうかがっているうちに， 先ほどの「質問メイル発信」はたいへんたいへんにまのぬけた行為である， とわかった． 返信はとうぶんないだろう． うーむ， しかしそういうハナシがあったとは …… 世の中はいろいろと不思議なことが．
• お茶部屋雑談の衝撃からたちなおって， また屋久島ベイズモデルのプログラムかきのつづき．
• と思ったらまたデータ解析こんさるメイル． うーむ， 極値分布 に「直線回帰」ふぃっとか …… しかし， そこを争点にするといつものごとくドロ沼化しそうなので (とゆーか私はまだ極値分布理論をよくわかってないのだ)， 悲しいかな現状では言われたとおりに R コード書きなおして返信． とりあえず， R には極値分布などをあつかう evd, evdbayes, evir, extRemes, ismev などなどの package がある …… そして， どれも Alec Stephenson さんが関与してるよーで．
• 屋久島ベイズモデルの WinBUGS 化， いいぐあいで進行中． BUGS 化の最初の難関であった 「なんちゃって可変長配列」 はこの実装で問題なさそうだ．
• 昨年の最初の解析のときと同じく， (あの C-N コーダーなるロクでもない割算値ばかり吐きだす機械で測定した) 窒素濃度まわりのパラメーターの収束がよろしくない． 窒素の測定誤差をてきとーに固定して (論文化するときは修正が必要かも)， 計算させると下の図のごとくかなりマシになった． もうちょっと長くとるべきなんだが， まだプログラム改造中なんでそのへんはあとまわしだ．

• なるほど， 明るさには左右されてないか …… ただし， これはまだシュート成長 (休眠 & 二度伸び) を考慮してないモデルなのでこういう推定結果になるんだろう． シュート伸長の休眠をいれた場合， 明るさに依存して， アヤしげな窒素濃度測定値には依存しなくなるんではないかな．
• ちょっと休憩して google news など見てると …… 粕谷さんのハナシが 新聞記事 になってることに気づいた． この「発情期をずらす」うんぬんはちらっと聞いたことがあるような気がする (データ解析雑談で)． そしてその師匠 (?) である伊藤さんも先月の 新聞ねた になっておられるね．
• なンでこんな記事をみつけたかといえば， 「生態学会松山大会が中止になりました」 とかいったニュースないかしらん， などと祈念しつつ「生態学」とかキーワードにして検索してたため．
• シュート成長の事前分布関数を生成する R コード書き．
• 2210 研究室発． 晩飯． 2320 帰宅．
• 屋久島データ， もうちょいひねくる． うーむ， 暗所のスダジイ (code: Cc) なら 20 年連続休眠もありえる? まあ 「いくら休眠しても死なない」 という前提の推定がまちがいなんだろうけど ……
• [今日の運動]
  • またまたうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.6 合． 麻婆豆腐．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． 一昨日の追いコン料理の残り …… といっても窒素りっちな食べものはすでに消失していたので， ダイコンおろしとキャベツの千切り．
  • 晩 (2240): 北 14 西 2 の瀋陽飯店． レバニラ炒め定食 630 円．