ぎょーむ日誌 2007-02-(21-28)

2007 年 02 月 21 日 (水)

• 0730 起床． 0745 自宅発． 曇． 0800 研究室着． 朝飯． コーヒー． 竹中さんが来られたので朝のモデリング雑談．
• 0930 から 40 分間ほど学術交流会館で 2/25 (日) の北大二次試験 (学部) のカントク説明会． 今年の受験者数は 5637 人ほどだそーで． そのうち 160 人が詰めこまれる某試験室を担当予定 …… もちろんその部屋には 7 人つけられる．
• 1030 より 研究室セミナー． 今日は江川さんと田辺さんでそれぞれ サロベツ湿原の播種実験結果報告と 苫小牧 12 樹種実生の重量分配解析． どちらもよく整理された報告でした．
• 輪読会の予習してから， 1300 前に昼飯 …… 食ってるうちにふと気になったので院生にお尋ねしてみると， 本日の輪読会は中止 (?) だそーで． やや脱力． 窓の外は吹雪．
• さて， ようやく自由時間 (ホントに自由時間か?) をとりもどしたわけだが …… 母子里林冠モデル 論文はさっさと投稿してしまいたいし， それから「計算さっさとやりましょうよ」 (督促メイルいただいてしまった) あれこれもいろいろあるわけだが …… 今月 3 個めの査読にとりくまねばならんのでしょうなぁ． 明後日がしめきりなんで． うう． 少なくとも， もう今年度は査読はぜんぶ拒否だー!
• とりあえず， 時間かせぎメイルとか， その他メイルかき．
• 査読．
• …… で， なかなか読ませる 60 ペイジ超の論文原稿をかなり読みススんだところで， ふと気づいたんだが …… ひょっとしてこの論文って， 投稿先のちょっとふうがわりな (としか思えぬ) 編集長の決めた editorial policy とやらから完全に逸脱してやしまいか， と思って編集長たちからのお達しを読み直してみたんだけど …… 嗚呼， やっぱりこちらの方向に逸脱している論文をこのぢゃーなるに投稿したら 却下になる， とわかった．
• はい， お気の毒さまですとそのあたりを説明する 200 words ぐらいの短い作文やって査読報告のフォームをうめて査読報告書完成． 1712 送信． 一件落着． あー， 他人が勝手に決めた規準で論文の採否が決められるのはラクだ． ヘンな編集長でよかった． とくに今のような状況では．
• たまっていたメイル返信を 5 通ほど片づける …… だけで一時間を費してしまった．

[院生の机の横の本棚に……]

並べられていたモノ． いやー， お互いばててますねえなどと雑談しつつ， 撮影させてもらいました．

• 返信できてないメイル， 残り 3 通． しかしこちらはすぐにどうこうなりそうなやつではなくて， ですね．
• 1830 より， 院生たちが Heike Lischke さんをお茶部屋で歓待するべく 準備してくれた手巻ずしパーティーにおよばれしたので (ひょっとして専門用語通訳として?!)， 出席． 2 時間ほど楽しくすごす． 明日が移動日の Heike さんは成田空港で数時間ヒマとのことで， 皆でわやわや相談して Narita-san (神社ではなく寺だったとは!) どうでしょう， とおススめしてみる．
• そして夜中まで稲葉さんと石狩浜植物作図問題 in R を楽しむ． Tinn-R の挙動はなかなか tricky， だという気がしてきた．
• 2240 研究室発． 2255 帰宅．
• [今日の運動]
  • ばてばて休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ジャガイモ・ニンジン・豚肉の煮物． ニシン．
  • 昼 (1245): 研究室お茶部屋． 食パン．
  • 晩 (1840): 研究室お茶部屋． 手巻ずし．

2007 年 02 月 22 日 (木)

• 0640 起床． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 晴． 0845 研究室着．
• 森林モデリング関係の論文読み， ちょっとばかり．
• 志水さんが地衣類繁殖モデルの観測まわりの原稿をもってこられたので …… どんどん「回避不能」ぎょーむが堆積していく ……
• 母子里林冠モデルの論文原稿しあげ， まずはこれをやってしまわなくては …… しかし隅田さんコメントがなかなかたくさんあって， ですね． しかも査読者なみにキビしい …… うう， でも改善に時間かけるなら投稿前のほうがいいよね．
• 匍匐前進的地雷原突破的進捗 …… にくたびれたので 1320 昼飯調達北大構内の旅． 研究室お茶部屋にもどって昼飯．
• 昼飯後， なぜか院生部屋で甲山さん & 甲山さん院生たちとデータ解析雑談． 細根って重量的にはたいしたことなさそうだし， ちょっとカタチをみたからといって 機能・活性が特定されるわけでもないだろうし ……
• ぜんぜん関係ないハナシだけど， 日本生態学会大会まわりの全般的なオンライン化， 竹中さん の尽力でかなり進捗してることがわかった …… これ， 外注してたら数百万円ぶんの仕事だよ． しかも， 私だったらお金もらってもやりたくない， ぐらいのたいへんさで．
• また母子里原稿修正にとりくむ．
• 途中， 小林さんとメイルやりとりしたり， 北大図書館に HUSCAP 連絡したり， とある論文著者に LAI 計算についてお尋ねしてみたり ……
• どうも甲山さんは会議・いべんと疲れなのか， 研究アイデアがいろいろでるよーで …… ぱいぷ樹木 の再論文化ですか． まあ， 今年の 10 月末にまたパイプ樹木発表やらんといかんわけだけど．
• また母子里作業．
• 急に空腹になってしまったので撤退． 1850 研究室発． 1905 帰宅． 体重 68.2kg． 晩飯．
• 一週間前 に起動不能状態におちった ThinkPad X31 の修理にとりくむ． 交換部品 (mother board + 下部筐体) は Yahoo! auction で入手ずみ． IBM site においてある 保守マニュアル をダウンロードして， それを読みつつ作業してみる …… と意外とあっさり mother board 交換に成功した． 作業時間は一時間ぐらい．

[ThinkPad X31 復旧]

上の写真は下部筐体 + 液晶パネル + 鍵盤に分割した状態． 写真内左上はマニュアルを表示してる予備機 ThinkPad 240Z． 左の写真は復旧成功後の起動状態． X31 の利点のひとつとして分解が容易， ということがありそう． 作業はけっこう慎重にやったけど． HDD はユニット式になっているので， 壊れ機からぬいてこちらにさしこむだけ．

• [今日の運動]
  • またまたうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.6 合． 納豆． ニラ・ナメコ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 北大生協にぎり飯 2 個．
  • 晩 (1940): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ピーマン・ネギ・ショウガの炒めもの． ニラ・ナメコ・豆腐の味噌汁．

2007 年 02 月 23 日 (金)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0935 自宅発． 曇．
• 予備機 ThinkPad 240Z から rsync で復旧した ThinkPad X31 に差分バックアップをとる． 240Z はまたしばらく休眠してもらうことに．
• おそらく北大の腐れ cache server かルーターまわりが壊れぎみで， Gmail など AJAX なサイトがまともに動作しなくなっている．
• 気になるけどどうしようもないので放置． 母子里林冠モデル 投稿前改訂作業のつづき．
• 昼飯くいつつ作業ぢりぢり．
• しかし昼食後， Annika さん方面のネット雑用で夕方すぎまで …… ばてた． 一個だけ収穫あった． Dell や Hewlett-Packard のオンラインストアで 英語版ゐんどーづ搭載マシンを発注できるんだけど， これを指定すると鍵盤配列は US なやつになる， とのこと (北大生協によると)． ふーむ ……
• さーて， また原稿なおしを …… と思っていたら， まったく原因不明ながら上顎右犬歯の内側 (裏側，小臼歯との境目) の歯が数ミリにわたって「欠落」してしまった． どうなってんの? としばらく動転．
• とりあえず自宅から至近距離にある歯科医を予約． 明日の 1030． 日曜日とか試験監督やらされるしねえ …… あ， 痛みとかはないんだけど．
• 原稿なおしがうだうだと長びきつつあるなあ， と懸念しつつ 2010 研究室発． 2025 帰宅． 体重 68.6kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • いかん， うんどう休養日がつづく ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.6 合． ネギ・豆腐の味噌汁．
  • 昼 (1340): 原稿なおしつつ北大生協にぎり飯． 二個．
  • 晩 (2050): 米麦 0.7 合． ニラ・ナメコ・豆腐の味噌汁． ネギ・豆腐・卵の炒めもの．

2007 年 02 月 24 日 (土)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 洗濯．
• 1025 自宅発ですぐ目の前にある創成川わたってすぐの おおつか歯科． 予約とってたんだけど土曜日はこんでいるので 50 分ほど待つ． その間， トドマツモデリングのメモ書きしてたら意外と簡単に ベイズモデル化できるような気がしてきた．
• 1120 から 20 分もかからずに診察・治療終了． 昨日午後なぜか欠落した上顎右犬歯裏側， ドリルで削られてあっというまにきれいに補綴されてしまった． 基本診療料 + 検査処置 + 修復補綴で 2820 円．
• 帰りに創成川上で信号まちしてたらカモのつがいが泳いでるのを見かけた． こんなところでエサとれるのかしらん? 何やら積雪してる岸をあさっていたけど．

• 昼飯後， 東区北 9 の Homac でうろうろしてゴミ箱 (1800 円ぐらい) かったり， ついでに隣の SportsDepo で山スキー背負い用の安物かつ 軽いスキーバッグ (1500 円ぐらい) 買ったり．
• なんだか帰宅して怠業してるうちに …… 晩飯．
• そして明日は朝から夜まで試験カントク (北大のとある学部の二次試験のため)．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): クラッカー．
  • 昼 (1420): 自宅となりの 北 12 生協斜め南の卯和の昼定食． 鶏団子の青菜春雨スープ．
  • 晩 (1930): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・ネギ・ショウガ・ニンニク・カキの炒めもの．

2007 年 02 月 25 日 (日)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0745 自宅発． 曇． 0755 研究室着． 0800 研究室発． 0805 北大二次第二試験会場着．
• 1730 に釈放されるまでここですごす． 今回はながーい待ち時間をひたすら Bayesian modeling やってつぶす． 最初， 牛原さんの屋久島葉寿命モデルの BUGS 言語化の概要を考えてて， こりゃーなかなか工夫が必要だなぁと手順かいてみて， やはり紙の上コーディングでもやってみるかと書いてみたら， 意外としんぷるだった …… ただし昨年の計算と同じく， 休眠・二度伸びに関しては 「別の推定結果を事前分布として使う」 といった妥協はあるけど．
• そのあとは昨日の歯医者待合室で考えてたトドマツ倒木更新データを 解析するモデルとか， アカマツ「補償」モデルとか， 懸案の宿題についていろいろと具体的な見とおしをたてることができた …… まあ， 試験監督時間も使いよう， ということで．
• 試験監督から釈放されて (ねぶそくぎみで) へろへろと研究室に撤退してくると …… 夜中まで稲葉さんと 石狩浜海浜植物 データの R 作図． このややこしいデータに関して， 割算とかよけーな計算とかやらずにとにかく 「そのまま見える」 ようにあれこれと工夫してみる．

• 本日は真夜中前に釈放していただいて 2320 研究室発． 2335 帰宅． 体重 68.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • へろへろうんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0730): 米麦 0.4 合． 海藻スープ． リンゴ．
  • 昼 (1145): カントク控室． 幕の内弁当．
  • 晩 (2415): キムチ納豆スパゲッティー．

2007 年 02 月 26 日 (月)

• 0730 起床． 寝不足へろへろ感かなり解消された． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 晴． 今朝は冷えこんだので車道上は粉雪「波紋」の拡散が見られる． 今日は今シーズン最後の真冬日となるか? 0855 研究室着．
• 1030 研究室セミナー， 本日は稲葉さんで石狩浜のハマエンドウの話． ここの海浜植物の中でもこいつは特にばりばりと虫に食われてしまうやつなので， この先もひたすら食害の影響とか調べることになってしまいそう ……
• セミナー後， なんだか堆積しているメイル返信かき． なんでこんなにあるんだ．
• そして来週の仙台出張なんだが …… なぜかしら私だけ航空券・宿泊予約がされてないとわかったので， ネット上でとってみる． この時期は空いてるのかどちらも問題なく予約終了 (航空券はその場で購入)．
• なにやら 樹木のモジュール構造は繁殖にどう関わっているのか 自由集会のペイジ宣伝しろ， とのお達しが …… 私はここで「このあたりのデータ解析をもっときちんとやりましょう」 とかコメントして嫌がられてみる予定．
• 昼飯．
• 昼飯後， 輪読会． 本日は院生たちが苦手としている 「集団の数はどのように変化するか」 章 …… このあたり， 生態学教科書の最初のほうにでてるハナシなんだけど， ここの大学院ではそういう教育はしてないんだよね． まあ修士二年間でつめこめる知識は限定されているわけだけど． (後記: 書き忘れてたけど著者 Silvertown の説明もよろしくないと思う)
• 1630 ごろ終了． Bayesian statistics によるメタ解析 (というかきちんとしたメタ解析はその背後に Bayesian 的な考えかたを必要とするものなのだが) で世界のあちこちの熱帯林巨大 plot の解析してみました， という Condit 論文を矢澤さんに教えていただく．

  Condit et al. (著者数多すぎ!) 2006. The importance of demographic niches to tree diversity. Science 313: 98-101. (url)

  熱帯林群集生態学と Bayesian 群集データ解析両方面において 勉強になる論文．
• その後， 出張まわり雑用だとか， Annika さんと Dell online store で PC 購入 …… しかしこれは最後の最後の「注文」ボタンでシステムエラーとなって 終わった． Dell へぼいよ． 明日もう一度ためしてみてダメだったら， 北大ネットが何か腐れている可能性あるけど (端末依存の故障ではない， というところまでは調べた)．
• 今日も母子里原稿のなおしができぬまま一日がオワってしまった． いやはや． 2000 研究室発． 2015 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • なぜかうんどう休養日つづく
• [今日の食卓]
  • 朝 (0800): 米麦 0.5 合． 納豆．
  • 昼 (1245): 研究室お茶部屋．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ハクサイ・シュンギク・ネギ・ブナシメジ・鶏の水炊き． ナメコのダイコンおろしあえ．

2007 年 02 月 27 日 (火)

• 0900 起床 …… うーむ． 朝飯． コーヒー． 1030 自宅発． 雪． 1045 研究室着．
• 昨日， 北 12 生協でハコ (小) 買いしたリンゴ (サンふじ) の一部をお茶部屋に寄贈． 前にも書いたけど， 野菜果物類のおおくを輸入にたよっている北海道では， こういったものの値段が高くなりがちなんだけど， リンゴなど産地が近いものはさすがにそれほど高くない． 今回は 14 個で 980 円だった．
• 自力で修理したばかりの ThinkPad X31 がまた起動しなくなってアセる …… いったん電池を外して (ここで起動ボタン長おしが必要???) また装着して外部電源に接続したら起動するようになった． やれやれ．
• なんかまた堆積してるよ …… とりあえず消化 (消火?) にとりくむ．
• そして当方が試験監督やったということで， 何やら「こんな ニュース もありますよ」 お知らせまで …… ふーむ， 私はいつも試験室前中央に座ってたので眠らずにすんだんだけど， そこから後ろのほうをみたときに何やら ……
• 1300 からこんさる仕事があるので， 早めの昼飯 …… いつもならこの時間は喧騒の渦中で近よりがたいのだけど， 本日は何たる幸運か， 静かなヒトたちばかり． いつものヒトたちは外に食べにいったそうで．
• 1300 から 20 分ほど 上田研究室 の石沢さんと豊平川アミノ酸相談 …… 現時点で抜本的なモデル改良やってるヒマはないんだけど， 話しているうちにうまいぬけ道を発見した．
  • ソウ類コロニーのアミノ酸データは あたかも「別水槽」データのようにあつかい， それぞれ固有の tank 番号 & 測定処理番号 を与える
  • これまでのデータにそれらをまぜて計算
  • アミノ酸組成の事後分布を調べる
  で何とかなりそう． ここにメモしてとりあえずあとまわし．
• シウリザクラ論文原稿のコメントを永光さんが livedoor 上の wiki で整理されているので， livedoor ID を取得して書きこめるよう設定していただく． 一時間ほどコメントかき …… まあ， 単純な返事みたいなものばかりになったけど．
• 堆積メイルにとりくむ． かなりめべりさせる．
• そして， またシウリザクラ wiki．
• もひとつ雑用． 先週， 矢澤さんが関東あちこちに出張されたんだけど， そのときに出身研究室である千葉大園芸学部 緑地環境情報学研究室 から託されてきた， というモノのあつかいなんだけど …… 写真にとってぎょーむ日誌にのせればいい?! そうですか， そういうモノなんですか ……

[めいどくっきー……]

630 円． 同研究室の辣腕プログラマーこと梅沢さんが久保あてに， ということで秋葉原で買ってくださったモノとのこと． なんだかよくわからないけど， 千葉方面では「このヒトはこういうモノをもらって喜ぶキャラクターだ」 と見たててモノを送ってみる， という文化があるそうで． ふーむ …… 左のガンダムフィギュアについては後述．

[無線 LAN アンテナ?]

そして， 未確認情報ながら， なぜかこの小型送受信機は他ならぬ同研究室教授の 本城先生が秋葉原で買ってくださった， とか……? 私にはよくわからぬ常盤線ぞい贈与文化 (ぽとらっちではあるまい， と希望するんだけど) におびえ， 恐縮するばかりです． はい．

• さて上の写真左にうつってるガンダム (キャラクター) フィギュアのその後についても説明責任があるのだろう． なるほど私などはガンダム世代とか言われる コホートに含まれているとみなされているのだろうけど， 25 年ほど前に彼らのうちちょっと空想的なガキどもすべてが この世界観を肯定的にとらえていたと考えるのはまちがいである． 小学生であっても 「ありゃーダメだ，みかけだおしだ」 とアンチの立場をとるものもあり， ここまで言えばおおかたのかたが予想されているとおり， 私は自称理系少年としての立場から まったく否定的にとらえていた一人である (ただし「アンチ巨人は一種の巨人ファン」的な論法は受け入れる) …… ということで (ここはハナシが長くなるので敢えて途中省略)， このフィギュアたちはかかるモノをわざわざ道外から空輸してきた 矢澤さんとその旦那に引き取られていくことになった次第である．
• …… はあ， さーて， 気をとりなおして次の一手だけど …… 現時点で残存している雑用殲滅を優先することに．
• まずは Annika さん PC 発注問題． どうやっても北大構内 (もしくは地環研 A 棟 7-8F) からは Dell オンラインストアに発注できないらしい， とわかってきた …… だいたいこの site， かなりヘンだよ． ということで， 昨日の記憶をたよりに configuration を復活， Annika さんに「これで OK?」確認メイルを． 問題なければ北大生協経由で発注することに． そもそも Dell Latitude D520 って個人あてには販売してないみたいだし．
• もういっちょ． 北大図書館に公開してよい原稿 PDF ファイルを送る作業．
• 1740 当面の雑用は殲滅 …… いや， 殲滅は言いすぎでせいぜい 「一時的な制空権確保」 というところか．
• 母子里原稿の修正のつづき． あともうちょいなんだが ……
• 何やらどたばたと騒がしいので撤退． 1845 研究室発． 雪． 1900 帰宅． 体重 68.0kg． 晩飯の準備． 晩飯．
• さてさて， 三週間後には屋久島ポスター発表と自由集会か …… うーむ．

• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.5 合． キムチ．
  • 昼 (1240): 研究室お茶部屋． 米麦 0.6 合． モズクスープ．
  • 晩 (2030): 米麦 0.6 合． ハクサイ・ジャガイモ・タマネギ・ネギ・ニラ・ブナシメジ・豆腐・鶏ささみ挽肉のシチュー．

2007 年 02 月 28 日 (水)

• 0755 起床． 朝飯． コーヒー． 0905 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• メイルあれこれ． あ， また査読依頼だ …… うーむ， もう今年度中はもうやらないことにしてたんだけど …… 〆切が 3/31 だから， まあいいか． 今回は (私のところに回ってくる原稿としては珍しく) かなりまっとうっぽい． 査読者としては reject せざるをえないような論文は読みたくなかったりするわけで．
• そして 母子里林冠モデル 原稿をそう簡単には reject されないようにする努力のつづき．
• 昼飯調達の散歩にでて研究室にもどって昼飯． 外は晴．
• 1450 ひととーりの書き直しは終了． 「ひととーり」というのは印刷出力してチェックできる状態， ぐらいの意味． まあそれでもよーやくここまでたどりついたわけで …… 寒冷前線の通過のせいで， 窓の外は吹雪． いいねえ．
• ちょっとまた雑用． お茶部屋でひと休み． お茶部屋で院生雑談傍聴してると， たいていの場合， いつのまにか 「久保さんアレ調べてよ，アレ」 というかんぢでネット検索係として働かされている自分を発見できる．
• 母子里つづき． 投稿用の原稿 PDF ファイルアップロードの前にもう少し点検が必要であり， さらにその前に「査読者」的共著者の隅田さんに 「こう修正しました・修正してません」 メイルを書かねばなるまい．
• 北大生協から Annika さん PC の件で最終確認． 北大生協経由だと Dell に注文しても送料がかからない． しかし保守サーヴィスは (とうぜん高い) 3 年間のものしか選べない． まあ， これらがだいたいキャンセルしてるからそれでいいか， ということで発注をかける． 一件落着．
• いろいろと説明した長いメイルを作成 …… 1750 隅田さん & 小林さんに送信． 一件落着． さて， 次は原稿 PDF ファイル再アップロードにむけた， 修正原稿のみなおしだ． この作業， 苦手なんだよね …… 自分のまずい作文を読んでると集中力がぶちぶちと断線してしまう， というか (これは日本語で書いてても同様)． 他人の作文だとどんなやつでもわりと平気で読めるのにね．
• 見なおしあまり進捗してないけど， たまってる洗濯ものを片づけたほうがよさそうなので撤退． 1825 研究室発． 寒い． 明日も真冬日がまだつづくか? 1840 帰宅． 体重 68.6kg． 洗濯． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 10 × 3 回． スクワット 100 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): クラッカー． ハクサイ・ジャガイモ・タマネギ・ネギ・ニラ・ブナシメジ・豆腐・鶏ささみ挽肉のシチュー．
  • 昼 (1230): 原稿ながめつつ， 北大生協にぎり飯 2 個．
  • 晩 (2020): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ジャガイモ・タマネギ・ネギ・ニラ・ブナシメジ・豆腐・鶏ささみ挽肉のシチュー．