ぎょーむ日誌 2005-11-(21-30)

2005 年 11 月 21 日 (月)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0920 自宅発． 晴． 0935 研究室着．
• 屋久島計算に着手したいところなんだけど， イヤなぎょーむのほうを先にすませることにする． すなわち， 例の査読． 締め切りは来月初めなんだが．
• すでに 1250 か． どういうヘンな計算やってんのか (二箇所意味不明な部分をのぞき) ぜんぶわかった． やはりトホホな内容． つっこみどころが多くて査読報告かきがめんどくさくなりそう． とほほ． 日ごろの行いが悪いので， こういうハズレ原稿ばかり読まされることになるのだろうか． とりあえず昼飯．
• 院生からの質問でみょーな問題に少しばかりとりくんでみる． PDF ファイルで「印刷不許可」といった属性をつけられているものがある． これは Acrobat reader はもちろん， xpdf のような非 Adobe な PDF 読みソフトウェアでも印刷できん． ところが gv だの pdf2ps だのといった， つまり ghostscript に直接ほうりこむと， とりあえずは印刷できてしまうんだよね …… 用紙設定とかすごくヘンになるんだけど．
• いやだなあと思いつつ査読のつづき． とりあえず計算意味不明なところの点検 …… 一分後， この論文のすべての論点が依存しきっている計算結果なるモノが 完璧無比なるまちがい に他ならない， と確認できた． そして， これは不まぢめなる査読者たる私からすると大もうけだ …… とゆーのも， これで査読報告かきが格段にラクになる． 何しろ計算結果はことごとく完全にまちがいなんだから． 生態学における観念論的な論文ってのは， かくのごとく一瞬にして崩壊しうるのである．
• しかし， まあ， われながらカンが悪い， というか …… なーんか意味不明だよなあ， といぶかしく思ってもそのまま 「まあこれが正しいと仮定して」 などと読みススんでしまった． ここはぱっと 「これはまちがい， したがってこれ以降は全部まちがい」 と気づくべきだった．
• さーて， さっさと報告かきをすませて …… と作業にかかるまえに， も一度だけ「まちがいに至る過程」を点検することに． 「この著者はすごくおかしい， はずなんだが …… いくらなんでもこんなまちがい残したまま論文投稿しないよな， ふつーは． ひょっとしたら私のほうがヘンなのか?」 と例によって不安になってしまったので．
• 狂ってるのは先方， と確認． 安心して査読報告かきにとりくむ．
• 1500 より肉体労働． またしても 7F 「夜逃げ」退官教授まわりのごたごた， というか． 今回はスチール書類だな二個を地下一階に輸送する， という任務． かとーさんほか院生二名にてつだっていただく． A 棟はいろいろな意味で欠陥建造物で， 1F から倉庫たる地下一階にモノを運ぶエレヴェイターがない， その欠陥のひとつである． 巨大なスチール書類だなを階段経由で人力輸送せねばならん …… この作業をいままでなんべんやらされたことか．
• 12/9 晩 - 12/11 東京出張決定． なんか雑談
• 1740 査読報告， よーやく書けた． ラクに書けるはずだったのにえらく時間かかってるよな． いやはや． 見直し．
• いつものごとくアタマ痛くなる敵国語バグを修正して， PDF ファイル化． 腐れわーどフォーマットな form は OpenOffice でひねくって， 1820 ごろえいやっと送ってしまう． けっきょく， まる一日がかりだった． われながらまぬけだ．
• アタマりはびりのためお茶部屋で大学院生と雑談． 1930 研究室発． 雨ぱらぱら． 2000 帰宅． 体重 73.8kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日 ……
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): バゲット．
  • 昼 (1305): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． トマト・タマネギ・イカのソース．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー． ホッケ電磁波酒蒸し．

2005 年 11 月 22 日 (火)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0915 自宅発． 晴． 0930 研究室着．
• メイリングリスト biometry に一般化線形混合モデル (GLMM) 質問に関する， 回答を作ってみて送信してみる． Analysis of deviance ってよくわかってないんだよね …… GLM 系のモデルで deviance って「分割」できるのかしらん? そんなの無理では， という気分なんだけど． むろん同一データに対する異るモデルごとの deviance は計算できますよ．
• 1050 ぐらいから 研究室セミナー (ただし今回はこのセミナーペイジには要旨とかはのってない)， 本日はセミナーのたびに何か事故など発生させる北村君． 今回も定刻に登場しないので 事故・病気・逃亡などいろいろな憶測がとびかったけど， いままでのところで一番無難な (と思えてしまうことこそが問題なんだろうが) 「遅刻」 にすぎなかった． ハナシは 阿寒調査地 のアカエゾマツ 121 本に digital micro probe で穴あけて年輪しらべました， というもの． 年輪気候学まわりにつなげようとしてるんだけど， 何かアブなそう．
• 来年三月末の生態学会・新潟大会あとに 「データ解析合宿」 みたいなことをやろう， 粕谷さん が企画していて私などがなんとなくその周辺をうろうろしている． 私はうろうろしてるだけなんだけど， 山口さん が「合宿 (?)」会場となる 新潟会館 などすでに手配してくださった． これで概要はある程度みえてきて (まだまだ変更される可能性も高いけど)，
  • 日程: 3/29 (水) 朝 - 3/30 (木) 昼すぎまで??
  • 参加可能人数: 最大 15-20 名ぐらい??
  • やること: みんなで 36 畳部屋でごろごろする??
  というかんぢだ． うーむ， アヤしげ …… あ， 私も宿泊予約せんといかんのだろうか．
• 昼飯．
• 屋久島計算に復帰する前にやらねばならぬもうひとつの原稿読み． 昨年ここで滞在研究していた Matt が甲山さんたちと共著論文原稿を 準備してんだけど， なぜかしら私までそこに含まれてしまっているので， 熱帯林もでりんぐのハナシを読まねばならぬ． これは昨日の査読より難度が高そうな気がする ……
• やはり， ぢりぢりとしかススまん． やっぱ 157 樹種もあるよーな多種系は何がなんだかわけわからんね， とぼやきつつ (屋久島計算も多種系にほかならぬわけだが) …… いきなりかとーオフィス掃除してみたり， 北大生協に廃棄計算機の有料ひきとりの方法を メイルでお尋ねしてみたり． 何やってんだ．
• 熱帯林原稿よみつづく．
• 北大生協より返信いただく． 生協では計算機回収なぞやってません， とのこと． うーむ， ここの会計係に問い合わせるしかないか (しかし答えをもってなさそう)．
• 上記の「合宿」に来そうなヒトをあげるように， と粕谷さんから言われたので， てきとーにあげておきました． 粕谷さんメイルを今晩うけとったヒト， いきなりですんません．
• 熱帯林原稿， どうしたもんかね状態のまま撤退． 1900 研究室発． 1930 帰宅． 2110 自宅発北大構内走． 2145 帰宅． 体重 73.4kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 35 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0830): 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー． ホッケ電磁波酒蒸し．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (2220): 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー． ホッケ電磁波酒蒸し．

2005 年 11 月 23 日 (水)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー．
• いやはやー …… 昨晩から怠業状態とゆーか， またひさびさに NetHack の迷宮にはまりこんでしまった． これってすごくタマシイをうばうソフトウェアだよねぇ ……
• 1500 すぎもとの世界にもどる． ずっと座りっぱなしだったんで， カラダこわばる． とりあえず北大構内走． 1535 自宅発． 曇天． 走ってる最中に日没時刻． 1635 帰宅． 体重 72.6kg． おそい昼飯．
• まる一日怠業とゆーわけにもいくまい， ということで 1740 自宅発． 1755 研究室着．
• しかし熱帯林論文原稿よみススまん ……
• ススまんとか言ってるのは原稿を前に苦吟してるのではなく， 何の関係もないことをネット上でしらべたりしてススまないのである．
• しかしこれではいつまでたっても帰宅できないので， しょうがないので一番面倒そうな部分の読解にとりくむ． ここ以外は， まあふつーのというか Matt & 甲山わーるどなんだが． いや， この難解な部分こそ両者の特徴が顕現しているので回避していた， ということか?
• 一時間ほど費してどういう計算やってんのかわかった …… というか， 部分的には「思いだした」とでもいうべき状態． いやー， かとーオフィスであーだこーだ議論してた内容だったんで． しかし私の知らん部分も多々あるな．
• そして今だったらもうちょいマシな助言したかも， という気が …… いやいや， 熱帯林みたいな多種系のデータは そう簡単にモデリングなんぞできるもんではない． ましてや， 多種共存うんぬんといったアヤしげなるハナシをしたいのであれば ……
• ところで， これって他人には何やってんのかわからんだろうな， という気がする． ついでに言うと私は 「どのよーに計算されたか」 は (自分でゼロから推定計算プログラム作れるぐらい) 理解しているんだけど， こんなふうに計算して 157 樹種の「特徴づけ & 分類」 とやらをやっちまっていいのかどうか， よくわからんのですよ． 見たところ， 根拠 free のような． うーむ， やはり Matt & 甲山わーるどとしか言いようがない．
• そしてアタマの片すみにある不安は， (この原稿よみさっさと片づけてとりくむべき) 屋久島シュート問題ってのがこれまた正真正銘の多種めんどう問題なんだけど， これにべいづ推定的な考えかたを導入することで見とおしよくなるのかどーか， というあたり …… くそう， 「群集」な連中 (とくに気温たかめの地域を好むヒトたち) ってのは何でこう 「ひたすら種数ふやす」 こと自体を目的としてるかのよーなサンプリングばかりやりたがるんだろうねえ．
• といった思考ループにおちこむだろう， とゆー「予感」があったので NetHack の迷宮なんぞにひきこもってしまったのかもしれぬ．
• 冷静に考えると， いま私に要求されてることって 「これってそもそもすごくヘンなんぢゃない?」 と斬新な視点からの警鐘だのどらまちっくな大どんでんがえしとかではなく …… そうではなく， Matt & 甲山 (その他共著者の熱帯なヒトたち) わーるど には疑問をさしはさまずに， 計算まわりのてくにかるなまちがいとかそういったものを指摘すれば， 義理は果たしたことになるのだろう．
• などと今後かたづけてしまうべき作業の内容が (ぎょーむ日誌を書くという行為によって) 少しばかりは整理されてしまったところで時刻は 2237． 生活周期をこんなんでずらすのもナンなので， 本日は撤退するか．
• と敗退感ある撤退． 2245 研究室発． 2300 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 60 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): バゲット．
  • 昼 (1710): 米麦 0.6 合． ネギニンニク卵炒飯． 海藻スープ．
  • 晩 (2330): バゲット． キャベツ・ネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．

2005 年 11 月 24 日 (木)

• 0840 起床． コーヒー． 朝飯． 0940 自宅発． 晴． 0955 研究室着．
• また熱帯林わーるど原稿よみ． 計算のめんどうな部分は昨日きちんと理解できたわけだが， それでも結果の図表が理解できない， というあたりがスゴい． よく見たら 157 樹種ぢゃなくて 499 樹種だった． 成長速度が size + crowding とやらに依存してんのが 157 樹種なわけね．
• さらにこの 157 樹種が分割されてて …… といったナゾの table どもを解読していく． 「有意差ありましたマークつけずに図表を示すのが 不安で不安で耐えられないんで， とにかく無理やりでも検定してみる」病にとりつかれてるのは， 日本人だけではなかった．
• 昼飯後も解読つづく． すぐに投げ出してしまいそうになるんで， ネットから隔離された図書館閲覧室に逃げる． ここにもネットにつながった端末はあるんだけど， 図表解読がイヤになったからといって検索エンジンで遊ぼう， というかんぢではない． なにしろまぢめそうな学生たちに包囲されてるわけで．
• 以上のような苦闘を切りぬけて， 499 樹種から選ばれた 157 樹種がさらに数段階の階層構造ある よくわからぬ分類に落着するか， というところは全部わかった． 分割された種数をあるルールにしたがって和をとると， ちゃんともとどおりの樹種数になる． ついでに彼が言うところのこのへんてこな trade-off とやらの正体も． これってやっぱり ……
• かとーオフィスにもどると甲山さんが来たんで， そのあたりも質問してみると， 予想どーりというか， 熱帯野郎 (熱帯林多樹種共存 trade-off 野郎?) なヒトたちだけでつうじる特殊文化みたいなもん， だとわかった． 以前に論文紹介であった， King の熱帯林シュートもこういう 「ちょー回帰法 (ちょー現象論?)」 やってるしなぁ． 甲山-King-Matt ワールドと仮称するか．
• などとうだうだやってるうちに (つまりコメントとかのまとめとか進捗してないうちに)， 1630 より Trendy セミナー， 本日は東京農工大の 酒井憲司さん． カオス農学， ミカンやドングリの豊作・凶作のモデリング． 不規則にみえる時間変動はことごとくカオス， という論調． 気温とかの外部要因は影響しない， とここまで断言する人もめずらしいかも． それこそ， 「熱帯林」「多種」の同調した masting とかどう説明するのか， と質問しようかと思ったけどやめてしまった． 熱帯林ばてかも．
• で Matt の熱帯林論文原稿へのコメント書き， ぜんぜんススまぬまま本日はすごすごと撤退． 2045 研究室発． 絶不調だ． 2100 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.6 合． キャベツ・ネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 昼 (1310): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． キャベツ・ネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (2120): 米麦 0.9 合． キャベツ・ネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．

2005 年 11 月 25 日 (金)

• 0730 起床． 朝飯． コーヒー． 0845 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• 論文セミナー予習．
• 1000 論文セミナー， 本日は小山さんで湿地の やちぼうず (tussock) 形成するスゲは ``ecosystem engineer'' か? を野外実験工夫して調べましたというハナシ． 河口の湿地みたいなじめじめしたところでは， 土がもりあがってる場所つまり谷地坊主みたいなところで成長がよい (ネズミにも食われないし)． しかし谷地坊主を作ってるスゲは「地下部だけ」 でもけっこうおじゃま効果ある (水を吸うからか?)． いっぽう， このスゲどもが inter tussock なところに落ちたものが wrack (残骸) であり， こいつらは更新・成長を阻害してるらしい． つまり正負どちらにも環境を改変してるよーで．
• 1120 ごろ終了． 研究室にもどると来年一月のセンター入試監督の連絡． とりあえず曜日は自由に選べるようなんで， 第一日目の土曜日は避けて日曜日を希望しておく． 第一日目は拘束時間が 40 分長く， しかもあの (とらぶる多発の予感がする) 「英語リスニング試験」 があるからだ． さーて， どうなることやら．
• サロベツのやちぼうずはまたちがうかもねー， といったやちぼうず雑談してから昼飯．
• さっさと終わらせなくては， と思いつつまた熱帯林原稿よみ & コメント書き作業に．
• もう内容はまったく承知しているんで， コメント書きなんて簡単にできそうなもんだが …… これがダメ論文却下すればよいだけの査読報告かきより難しくて， 先日からずっと苦労している． ともかく瑣末な問題だけに集中しよう， と努力してんだけど， あたりまえのことながら瑣末なこともつきつめていくと 大問題に発展してしまうのである． たとえばここでいう ``life history traits'' ってヘンすぎー， ですめばよいのだけど， そもそも life history traits ってこういうもんでしょ → 個体の生き死にルールと個体群の構造はこう関連してるでしょ → すると両者をかくのごとく「現象論的」につなげるのはヘンでしょ， と「土台ひっくりかえし」経路をつっぱしることになる．
• この熱帯林問題にはふかいりしたくないというココロが， かえって作業効率を悪化させている， というみかたもできるかもしれない． しかしながら， ふかいりしたらたいへんなことになるのもたしかだ．
• 1630 より研究院 (つまり学部) セミナー． 本日は新任助教授である野田隆史さんで 「転換期にある岩礁性潮間帯の群集生態学: テーマ，スケール，およびアプローチ」 …… ああ， 本日は朝から夜まで群集群集だ． 野田さんの現在の研究とそれにつながる背景を説明するもの． 多様性がどーのこーのというハナシを聞きつつアタマの中でモデリングなどしてると …… これってモデルの形式としては集団遺伝学の (地理的変異とやらをあつかう) それに似てるな， と気づいた．
• 1800 ごろ終了． しかし熱帯林方面はススまず． 1920 研究室発． 1950 帰宅． 北大構内走にでなくては， とうだうだしてたらいつのまにやら雨ざーざーふってきた． こちらも撤退． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどうしてない
• [今日の食卓]
  • 朝 (0810): 米麦 0.7 合． 卵焼き． 海藻スープ．
  • 昼 (1230): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． キャベツ・ネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (2230): 米麦 0.9 合． ネギ・マイタケの味噌汁．

2005 年 11 月 26 日 (土)

• 1050 起床． 朝飯． コーヒー．
• まるいちにち怠業． 怠業の頻度・強度は 「ススまないぎょーむ」 に使った時間に依存する， というモデルで予測できるのだろうか?
• 一年にいちどぐらいしかでないまんが ヒストリエ， ちかごろ第三巻がでた (新刊なのに置いてない本屋が多くて探すのにやや苦労する)． 昨年のぎょーむ日誌にも読んだ記録ある． 「アナバシス」の続巻またされる主人公 エウメネス 少年のごとく， また一年後までつづき読めないわけだが ……
• いやー， 岩明均の歴史ものって独特の地理感覚あっていいよね …… 大域的にも局所的にも． ヒストリエの場合， 大域的というのは紀元前四世紀ごろの (内陸の「蛮族」におしこまれてるようにも見える) 地中海文明， その黒海まわりまでのびる植民都市ネットワークのおもしろさ， というか．
• 局所的には， たとえばこういう鳥瞰図とか．
  
  これは黒海沿い小アジア (パフラゴニア) のギリシア植民都市ティオスの， さらにそこから少し離れた 環濠集落 (北海道ふうにいうと開拓農村?)． この図にかぎらずすごく細かく描きこまれている ……
• というとすこし語弊あるかもしれない． 岩明まんがは背景などはほとんど「白」の場合が多い． しかし何か描かれていれば 「これってそうとうに調査研究して絵にしたんだろうなぁ」 と思わせる建築物・道具なんかが示されていて， ですね．
• 上の図なんかも (この画像では何もわからんだろうけど)， まあじつに想像力かきたてるもので， ここはこういうふうに利用してるんだろうとか， こっちはあとから増築されたんだろうとか， 日本の小城なんかと同じような「縄張り」だよなあとか．
• 少しはカラダも動かさなくては， ということで 1900 自宅発北大構内走． 1940 帰宅． 体重 73.2kg． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 40 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1030): パン．
  • 昼 (1430): 蕎麦．
  • 晩 (2200): 米麦 0.8 合． ニラ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・豚肉の炊きこみ飯．

2005 年 11 月 27 日 (日)

• 0940 起床． 朝飯． コーヒー．
• う． 今日こそは面倒をかたづけてしまおう， と思ってたのにまた怠業してしまった． とりあえず 1250 自宅発北大構内走． 曇天． 1355 帰宅． 体重 73.4kg． 昼飯．
• 1600 自宅発． 曇． 1615 研究室着．
• しかし， 気のススまぬぎょーむに着手できづ， お茶部屋雑談にとらっぷされてしまう． おかげで生物指標なるものを教えてもらうことができた．
• 撤退とゆーか敗退． 2220 研究室発． 2250 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 65 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (1020): 米麦 0.5 合． ニラ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・豚肉の炊きこみ飯．
  • 昼 (1420): 米麦 0.5 合． ニラ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・豚肉の炊きこみ飯． うどん．
  • 晩 (2340): 米麦 0.7 合． ニラ・ニンジン・ショウガ・ニンニク・豚肉の炊きこみ飯． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．

2005 年 11 月 28 日 (月)

• 1000 起床． いぜんとして絶不調感あり． 朝飯． コーヒー． 1110 自宅発． 晴． 1125 研究室着．
• いつまでも「へっぽこ状態」を楽しんでるわけにもいかんので， 今日こそは終了させるつもりで面倒にとりくむ．
  • ぎょーむ: とある熱帯林多種系のデータ解析した論文のコメントを書く
  • めんどうなこと: 抜本的に直してしまいたいんだけど， それをやると当方はさらに悲惨な状況においこまれるだろう …… かといって核心は避けて表面的な問題点指摘だけに 「ふみとどまる」のは意外と難しい作業だと発見しつつある
  • きょうくん: 熱帯林とか 「多種共存」 & とれいどおふ問題とかにはちかよらない
• ここまで開きなおると， さすがに作文も進捗する． 進捗する， といっても今まで一ヶ所でぢりぢりしてたのが， 前にむかって匍匐前進をはじめた， というぐらいのものだが．
• 二時間ほど費してひととーり書けた． 1300 から露崎さんのところで大原さんと生態学会北海道地区会雑用の手伝い． 二年に一度の地区会長・委員投票の開票・集計作業． 40 分ちょいでぜんぶ終了．
• かとーオフィスにもどって熱帯林原稿へのコメントみなおす． 1400 フロリダの Matt あてに送信． ようやく， ようやくにして (ひとまずこの作業は) 終わった． 一件落着．
• 昼飯． 脱力． すでにばてた．
• ようやくにして屋久島問題に復帰． とりあえずの準備運動として …… 生態学での Bayesian inference の使われかたの現状， みたいなことのわかる論文など探してみる． うーむ， じつはこういう手法ってとっくの昔から使われまくっているわけね． 例によって例のごとく， 本朝の生態学なヒトたち (私もふくめて) が世界から取り残されてただけか．
• なぜこのように普及してるかと言えば， たとえばちょっと面倒な最尤推定に直面してしまうと 「えーい， こんな (計算技術的に難しい) 推定計算はもうべいづ & MCMC 法でやっちまえ」 という方向にもっていきたくなるわけですよ． あなたが Bayesian な考えかたを理解できているなら．
• で， 1600 から 1900 まで牛原さんと屋久島シュート動態モデリングを べいづな方向で解決していく相談． なんだかうまくいきそうな気もしてきた．
• そのあと， なぜかしら川合さんと 「与えられた資源分布を生物の『にっち』がどう分割していくか」 問題の検討． うーむ， このヘンてこモデルが開花 vs 訪花昆虫に使えると見ぬくとは， なかなかのものです．
• 2115 研究室発． 2130 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日
• [今日の食卓]
  • 朝 (1020): リンゴ．
  • 昼 (1440): 研究室お茶部屋． 北大生協の野菜サンドイッチ． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐のシチュー．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐・エビすりみのシチュー．

2005 年 11 月 29 日 (火)

• 0905 起床． 生活周期， さっさともどさなくては． 朝飯． コーヒー． 1010 自宅発． あられまじりの雨． 1025 研究室着．
• 毎週火曜日 1030 から研究室セミナーなんだけど， 予想どーりというか， 今回担当の某隠匿道師匠が (たぶん 「このあまりにも貴重なる観測データを 無知矇昧な連中の目から護りとおすには， もはやわが身ごと消え去るよりほかにすべなし」 といった理由で) 逐電してしまったので， 本日はナシ (ということは昨日わかってたのだが)． そういや， いかなる偶然か， 本日は雨の中から雷鳴が聞こえるな．
• 屋久島シュートモデリング， いちばん簡単なところからとりくむ． すなわち， シュート伸長の休眠現象の推定． さて， こいつをべいぢあんふうに定式化しようとすると …… 最初の一歩でさっそく足どめをくらう． 「樹種差」と「個体差」， この両者をどうやってうまく推定してみせるか， という問題だ．
• 問題じたいは簡単で， 無情報事前分布を用いてそぼくに推定させると なにかしら面倒なことになるかも， という気分になってきた． 次の状態は果たして区別できるのだろうか， ということ．
  • 樹種差はあるけど個体差はない
  • 樹種差はそこそこ個体差もそこそこ
  • 樹種差はないけど個体差はある
  さーて ……
• よくわからぬままふりーづぎみになっていると， 実吉さんからケムリ発芽実験種子データのさしかえ問題， というデータ解析こんさる． うーむ， これってどうだったっけ， と二人でふりーづしつつ作業をススめる．
• やったことはミヤマハンノキの死亡種子をとりのぞく， というもの． 呪われゑくせるファイルから CSV ファイル出力で データ救出して vimdiff してみると …… たしかにミヤマハンノキだけが違う， と確認． 新旧データを merge する Perl スクリプトを書き， あとは R で全処理 (ほぼ) 全自動化されてるんで， あっというまに解析・作図やりなおし終了．
• 昼飯． 女性大学院生密度高い． そして来週月曜日の某氏の予備審うちあげを口実に 「おいしいものを食べましょう」 欲求が表面化し嵐のようにお茶部屋でうずまいている． こそこそと逃げる．
• また屋久島シュート事前分布問題． よくわからない問題は， いつものごとく基本にたちかえって考えてみよう． たとえば， 樹種差・個体差の無情報事前分布をどちらも 独立同分布 (IID) の正規分布だとおいてみよう． そして (個体の状態) = (樹種差) + (個体差) だとすると， {樹種差, 個体の状態} は (定義から) 相関 sqrt(0.5) = 0.71 ぐらいの二次元 (二変量) 正規分布になる (ただし「個体の状態」のほうは variance 二倍)． なるほど．
• このことから， 樹種差と個体差をそれぞれ IID の正規乱数として生成させないですませるやりかたがある， とわかる． つまり (相関を自由に指定できる) 二次元正規分布を無情報事前分布としてみる， としてみたほうがすっきりしてるのかもしれない． この (まさに「個体差」の重要性を定める) 相関は超事前分布 (hyperprior) で指定してもよいし， 「無情報」などと称しつつもてきとうに都合の良い値 (> 0.71?) とかを与えてしまう， という方策もありえる．

[相関 0.71 の二次元正規分布の例]

横軸は標準正規乱数 (x とする)． 縦軸は x にもひとつ標準正規乱数くわえて 0.71 倍したもの． これは R の library(MASS) の mvrnorm() 使った場合の mvrnorm(n, c(0, 0), matrix(c(1, 0.71 * 1.41, 0.71 * 1.41, 2) ,2 ,2)) と同じ．

• まてよ …… ひとつの樹種はいくつかの個体から構成されるわけだよな． とすると， 個体数 n の場合は (n + 1) 次元正規分布となるわけか． まあ， 乱数生成に関しては二次元正規分布が n 個あるのとほぼ同じだが．
• そして， 無情報事前分布のごとく 「分散でかけりゃそれでいいさ」 といった投げやりとしか言いようのない状況では …… ハナシは結局のところ最初の IID 正規乱数の和， にたちかえってくることになる． なぜかというと， 「無情報」のもとでは樹種差・個体差どちらの寄与がでかいのか， それがわからないからだ． ここでの無情報相関は 0.71 なのである …… どんな事後分布がでるかは観測データまかせ， それがイヤなら相関を事前に指定せよ， ということだな．
• ということで， この場合の無情報なる {樹種差, 個体の状態} の事前分布とは， 正の相関がかなり高いように思える二次元正規分布なんで (つまりそういうふうに制約されてしまっている) …… まあいきなりわやくちゃな推定にはならいかも， と気分的におちつく (実際の事後分布はどうなるのかわかったもんではないが)．
• R こんさる． 小山さんと R で「サロベツ最近傍やちぼうず地図」を作る． 地図つくりはいつも楽しい．
• 屋久島シュート問題， 夜中までかかってシュート伸長休眠まわりの MCMC 計算による 推定部分の中核部を書いてしまう． 面倒な部分は， やはり現象の階層的な部分 (個体 in 樹種 in 樹木全体) であった． Metropolis-Hastings 法でパラメーターなんかの値を更新するときに， 尤度の評価が必要になるんだけど， このときに「自分より下」だけで尤度計算するようなしくみが必要となる．
• 今回も Perl で書いてる． R にはこみいったプログラミングが難しいという側面が， というか計算コストが重要になってくる場合の書きかた， というのを私がまだ理解してないんで．
• 重要な部分は書けた． しかし面倒が全部かたづいたわけではない． たとえば入出力まわりはまだ書いてないんだけど， これは退屈だけど面倒な部分だ． しかし本日は撤退． 2120 研究室発． まだ小雨ぱらつく． 2150 帰宅． 晩飯．
• 生活周期ずれぎみなんで， なんとか復旧したいところなんだけど …… 真夜中すぎに寝ようとして， 雑用放置を思い出してしまった． 12/9-12/11 の東京出張の宿泊・航空券の予約．
• で， ばててるのになぜかなかなか眠れん．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 5 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 米麦 0.7 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐・エビすりみのシチュー．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． キャベツ・タマネギ・ブナシメジ・豆腐・エビすりみのシチュー．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ハクサイ・ネギ・ワカサギの味噌汁．

2005 年 11 月 30 日 (水)

• 0840 起床． 生活周期， いまだ復旧せづ． 朝飯． コーヒー． 登校しようとしたら， 昨日のプログラムにばぐがあることにいきなり気づく． その場で修正作業． 1035 自宅発． 曇． 1050 研究室着．
• 登校前からのつづきで， 屋久島シュート休眠 MCMC 計算プログラムかき． 値の遷移を決定する Metropolis-Hastings 法を 「誰に」 やらせるか， という問題なんだが …… これはパラメーターなるものを「一番したっぱ」クラスとして独立させ， パラメーター自身にめとろぽりすさせるのがよろしかろう， というふうに設計を変更する． ケガれ言語 Perl の (奇妙と言われることの多い) object oriented programming 作法によって， 全体の見とおしがどんどん整理されていく．
• つまり一般化すると， べいづ推定にはモデルの階層構造を決定する「要因 (変数)」クラスと， それの奴隷としてぶらさがる「パラメーター」クラスが必要， ということかな． とりあえずパラメーターのほはそれなりに整理されてきた (継承なんぞ使えばさらにコード量は削減されるだろう)． 「要因」のほうもクラス化可能なんだろうけど， こちらを継承ですっきりさせるにはさらに面倒な工夫が必要だろう．
• というふうに， 計算プログラムを自分で書くという行為によって， べいづ推定の何たるかがだんだんわかってくるわけですよ．
• あ， われながらまぬけだ． ここはさらにもういっちょ 「尤度」なるものをクラスにして， 一番したっぱだった「パラメーター」クラスの下の奴隷として使えばよい． なんでそんな奇妙なことを， と思われるかもしれないけど， MCMC 法による値探索の試行錯誤ではこうしとくと便利なんだよね． ますますすっきり．
• 昨日も書いたんだけど， R でも当然ながらこういったプログラムが書けるはずなんだけど …… そのためには勉強あれこれ， たとえば ``S Programming'' だの 「S と統計モデル」だの 「データによるプログラミング」だの熟読して理解しないと， ある程度以上の複雑さを要求されるコードは書けないような気がする． 簡単なコードなら， R はとてもプログラミングしやすい言語なんだけどね．
• しかし， まだコード書きの段階でぜんぜん計算させてはいないんだけど …… M-H 法ってとてつもなく効率わるいような不安感が． いまさらながら． かといって (この問題に関する) Gibbs sampler を書きおろす根性もないし (たぶんそうとうに難しいだろう)． Adaptive rejection sampling という数値的なぬけ道もあるんだけど， これも面倒そうなやりかただしなぁ．
• 今年 8 月の母子里林冠 MCMC 計算の経験から憶測すると， モデルをどうひねくっても観測データになかなかちかづかないとき (モデルが悪い and/or 観測データがへん)， おそらく効率はすごく悪いだろう． まあ， 尤度の変化を追跡すればどれぐらいうまくいってないか， はたぶんわかると思うけど．
• ふろりだの Matt からメイル． なんでも American ThanksGiving day は帰省しーづんだそうで． 先日のコメントには書かなかった (書くと将来の面倒を招来しそうだから)， べいづ推定を生態学多種系めんどう呪われ問題に応用することについて 少々のべてみる．
• MCMC まわりは書けたか? 食欲いまいちなんだけど， 昼飯．
• なぜか 竹中さん に苦労のしわよせがよりまくってる新潟大会要旨入力まわり， 試験運転版が早くも稼働してるのでモルモットとして少しだけ働いてみる． 2004 年釧路大会のときに見た凶々しく邪悪な入力要旨どもを想起しつつ， いろいろと陰険な入力をこころみてみる． Knuth 先生の「拷問テスト」にははるかに及ばないけど．
• この程度ではシステムこけたりはしないけど， 要旨集編集担当 (さすがにこれは竹中さんではないヒトが担当するはず) はそこそこに苦労しやがれ， というかんぢだ (何しろ「わーどで編集」だそーで …… 実行委員会， 大丈夫なのか?)． 釧路大会のときとか， ホントにひどかったというか， 800 人も生態学会会員あつめると そうとうにおかしいやつらも混入してくるわけで．
• そういや， 口答発表のファイルはメイルで 新潟大会に送れ， とかそういうふうになりつつあるようで (しかも大会の代表メイルアカウントに)． いやー， これまた「狂ってる」としかいいようがない …… すなわち 新潟大さーばーが肥大 poorpoint つきメイルの集中爆撃くらうことになるわけですね． なにしろこの人数だから， 写真ファイル BMP 化とか独創的な工夫でこしらえた 100MB 超級ファイルの反復連続投げこみ といった荒わざでサーヴァーごと吹き飛ばさんとする 無自覚な自爆テロリストなんかもでてくるよ． 口頭発表なんか申しこまなくてよかった．
• 屋久島シュート問題のつづき． R ではない不便さで， 事前分布とかの確率密度も自分で計算せんといかん． ベータ分布とかめんどうかも， と危惧してたんだけどちょっとヘンなカタチのものを使っているおかげで， 計算は簡単になってる， とわかった．

[「まちがえる確率」の事前分布]

f(x, 1, q) = (1 - x)q-1 / Beta(1, q) としている． Beta(1, q) = -1 / q なんで計算は簡単．

• ぢりぢりと進捗． 1845 研究室発． 今日は結局 MCMC まわりの抜本的な作りなおしに終始したか． 1900 帰宅．
• くだんのペダルとどいた …… しかしびみょーにあわない． 今さらながらペダルの規格について調べてみると (その 1， その 2)， 「多くのペダルは世界中おなじ規格なのだろう」 という私の憶測はかなりあたっていた． BC 9/16 (約 14.3mm) 径が主流だそうである． しかしながら， 「非常に稀」として BC 1/2 なる (やや小さい) 径のものもあるらしい． どうやら当家のはそちらだったようで …… うーむ．
• やはり自転車界隈はまにあっくなようで， 調べてみると BC 1/2 → BC 9/16 とネジ山を切りなおす (!! らしい) タップまで売られている (4000 円ぐらい)， と発見した． しかしさすがにそれを買うのもなぁ．
• 策がないまま晩飯．
• 晩飯後も屋久島． MCMC 計算まわりはだいたいできてきたように思うんで， データ入力・データ構造構築まわり． まずは ForestP クラスなる森林全体をあらわすオブジェクトを作っておいて， 観測データの CSV ファイルよみつつ
  • その樹種がなければ ForestP オブジェクトの一部である SpcP クラスのオブジェクトを作り
  • その樹木個体がなければ樹種の一部である TreeP クラスオブジェクトを作り
  • 個体が複数もつシュートのデータをおしこんでいく
  という手順になる．
• 階層構造森林が計算機の中に構築できたようなんで， こんどは出力まわりの関数 (言うところのメンバー関数もしくはメソッド) を書いていく． 2220 ようやく動作確認終了．
• あとは MCMC 計算を試運転するだけなンだが …… これは明日にしよう． これ以上つづけると今晩もまた寝るのがおそくなる．
• 2320 自宅発北大構内走． お， 雪がふってきた． 2410 帰宅． 体重 73.0kg．
• うーむ， ねむくならん …… やはり日没後にプログラミングとかやったらいかんな． アタマが励起されたままになる．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 50 分間．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0900): 米麦 0.5 合． ハクサイ・ネギ・ワカサギの味噌汁．
  • 昼 (1350): 研究室お茶部屋． 米麦 0.5 合． ハクサイ・ネギ・ワカサギの味噌汁．
  • 晩 (1850): 米麦 0.8 合． ハクサイ・ネギ・ワカサギの味噌汁．