ぎょーむ日誌 2004-03-(01-10)

2004 年 03 月 01 日 (月)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． ふらふらと歩いてるうちに， Dennis さんの下請け計算に関するアイデアがカタチを成してくる …… しかしこれは 3/4 以降のぎょーむだ． まずはアカマツ． 0920 研究室着．
• うーむ， なかなか着手できん． 解説じみたものを書かねばならんのだけど． ついつい， 昨日の計算のつづきが気になって， ですね．
• とか言ってられる状況ではないんで， とりあえず「補償」モデリングの説明かきはじめる． 1230 ごろ一区切りついたんで， できたところまでアップロードして， 小林さんにメイルおくる．
• 先週の木曜日に修理にだした ThinkPad X31 がもどってきたんで， 受とりにいく． ふーむ， なぜか楽器関連の カワイテクノセンター が IBM の計算機を修理しているのである． 木金土日で札幌⇔浜松往復って， すげー速いぢゃん． いや， ありえん速さだ． 北海道に支社があるのか? それはともかく， 処置内容はマザーボード交換． あ， たしかに直ってる．
• と思ったら， さっそく小林さんからメイルが． 過去数日ぶんの ThinkPad 240Z 上での作業の同期をとって (これはすぐに終了)， 作業場を復帰した ThinkPad X31 に移す．
• 説明文をちょい直してから昼飯． 昼飯後に追加発注な作図プログラムを作る …… が， かかる事態は予想されていたので， 使いまわしする部分は common.R というファイルにいれといたんだよね． で， 各作図プログラムからは source(common.R) してやればよい． 細かいレイアウト指定でちょっとてこずったけど， まあ簡単にできてしまった． R による自動作図にもなれつつあるなぁ． eps を png に変換してアップロード．
• その後も小林さんとメイルやりとりしながら， 作図・解説文書きを続ける．
• 夜になってそのあたり一区切りついたんで， またサイズ分布問題にとりくんでみる …… というか， それに必要とされる R プログラミング技術を調べる， というような．
• R の関数内でデータを書き換える方法の検討．
  • .Alias を使う --- これはかなり邪道っぽいようだ
  • assign() とか <<- とか使ってみる --- まあ， このあたりがふつーっぽいような， しかしあまり楽しくない
  • いっそのこと setClass() & setMethod() 使ってみる --- コストの点ではあまりマシではないかも
• うーむ． 2020 研究室発． 2030 帰宅． 体重 74.0kg． 晩飯．
• 現実逃避に Amazon 古本から届いたのを読んでると， すごく夜ふかししてしまった． まぬけだ．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． 納豆．
  • 昼 (1330): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・豆腐・コンブの味噌汁．
  • 晩 (2210): 米麦 0.7 合． ニラ卵とじ．

2004 年 03 月 02 日 (火)

• 0930 起床． うげ． コーヒー． 1000 自宅発． 曇． 1010 研究室着．
• 一日中， 狂気の複合確率分布最尤推定の収束計算 …… これはもはや小林さん発表では使わぬことが確定してんだけど， 計算できるところまでやってしまおう， と．
• で， 一日ついやしてよーやくにして 「原理的には可能だけど， 実際にはすごく難しい」 ということを納得させられた． 下の図のごとく， 同じ計算方法を使っていても， 樹木個体ごとにうまくいったりいかなかったり．

• まあ， 収穫としては R プログラミング技術あれこれと， この stem サイズ分布問題はこれ以上ひねくっても何もでてきそうにない， という確認がとれたことか． ということで， 一週間におよんだアカマツ計算ぎょーむ終了． 2000 研究室発． 2010 帰宅． 晩飯．
• で， 次の仕事である林冠射影問題だ． これまた下請け． 半年ぶりの三次元計算ぎょーむとなる． 三次元問題のカンをとりもどすべく， 紙にいろいろとらくがき． この計算を効率よく始末するには， 三次元の二次元への射影をうまく活用するところが鍵だ． 実際の観測データが無きに等しい状況なんで， うまい問題設定も同時に考えないといけない． 統計学は使いどころナシ． さーて， 来週の横浜独房群再訪まで， 何ができてることやら．
• [今日の食卓]
  • 朝 : 食ってない．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． シュンギク．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ニラ卵炒飯． うどん．

2004 年 03 月 03 日 (水)

• 0940 起床． うーむ． 健康のため三次元空間問題の考えすぎには注意しましょう． もはや開きなおって朝飯． コーヒー． 1020 自宅発． 晴． 1030 研究室着．
• このテの計算はひさしぶりなんで， 肩ならしのため， まずは天球三角再帰分割のプログラムから書きはじめてみる． うーむケガれ言語 Perl で新しくクラスを定義するのもしばらくやってなかったんで， そのケガれっぷりにやられる． しかししばらくするとケガれにそまってくるので， 問題ない． 一方で呪われ言語の呪われはいくら使っても， マシにはならない．
• ともかく三角形が分割できるところまで書いて， 北大構内走． 晴れてるがかなり寒い． 三月になってから真冬日がつづいてるようで． 昼飯．
• 午後はその天球三角分割がうまくいってるかを調べる作図まわりの整備． Pov-Ray で作図すんのも …… ある象限だけ示すとこういうふうにばきばきと分割されていく， という方式．

• 天球全体ではこうなる．

いくらでも細かく分割できる． 分割された一個一個の三角形のカタチや面積はけっこう異なっている． そのあたり気になるヒトは初期値を 正二十面体 で与えればよい (頂点計算法は こちら などで紹介されている)． 今回はまちまちでもかまわないので， 安直に正八面体を分割している．

[立体角 120°]

オリの底から天を見上げる

• とりあえずこういう分割天球を使うのはまたあとになるんで， これはしばらく放置だな． ということで， 次に射影問題の計算方法の細部を検討してみる．
• そんなに難しい問題ぢゃないハズなんだけど， つまる．
  • 林冠を射影する平面を設定する -- 法線ヴェクトルは光線の入射角
  • この法線ヴェクトルに直行する回転軸ヴェクトルを計算する -- Z 成分はゼロ
  • 林冠全体をこの回転軸を中心に ……
  というところでふりーづしてしまった．
• よくわからんまま 2000 研究室発． 2025 帰宅． 体重 74.2kg． 晩飯．
• 晩飯後もしつこく回転問題を検討 …… なんか迂遠なことやってるような気もするけど， 二段階で対処してみることに． つまり， まず Z 軸まわりに回転して， つぎに X 軸まわりに回転． アイデアとしてはこれでよさそう． 自作の Perl 三次元クラス PolarXyz に Rotate_around_{X,Y,Z}axis なるめそっどを追加する …… うーむ， 角度で指示するより (cos, sin) を与えるほうがいいかな．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1320-1400． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0950): 米麦 0.7 合． 納豆．
  • 昼 (1410): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ナバナ．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． キャベツ・ニンジン・エノキダケ・牛レバのカレー．

2004 年 03 月 04 日 (木)

• 0920 起床． うー． 朝飯． コーヒー． 1010 自宅発． 曇． 1020 研究室着．
• 林冠射影の Perl プログラム書きに着手． Canopy & Foliage クラスを定義して， と．
• 1200 林冠回転試験． まあ， こんなもんでしょうか．

[林冠回転]

銀河衝突ではありません． 20×20×3m の範囲に直径 60cm の球形 ``葉群'' を散らばる空間を林冠 (緑) と見立てて， こいつを Z 軸まわりに 45°， X 軸まわりに 45°， また Z 軸まわりに -45°回転したもの． (0, 1) を北とすると， これは北東方向仰角 45°の視点で見おろした射影 (黄)．

• ここからが面倒なんだよなあ． どうしたもんだか． しょうがないから， うだうだと整理してみるか． 実際のコードはえてしてこういう仕様からは逸脱していくモノ， ではあるが． (後記: 以下は間違い を含む …… ただしくは 2004.03.09 を見よ)
  1. 光線の「入射方向を見る」単位 vector v = (vx, vy, vz) がきまる
  2. この v の x-y 平面への射影を単位 vector 化したもの w = (c vx, c vy, 0) を得る; ただし c = (vx2 + vy2)-0.5
  3. Z 軸まわりの回転方向を決定する; 時計まわりに θ すなわち
     • cosθ = w • (0, 1, 0) = c vy
     • sinθ = (1 - cos2θ)0.5
  4. X 軸まわりの回転方向を決定する; 時計まわりに φ すなわち
     • cosφ = v • w = (vx2 + vy2)0.5 = 1 / c
     • sinφ = (1 - cos2φ)0.5
  5. 上で定めた θ & φ を使って， 葉群の座標を (fx, fy, fz) を (rx, ry, rz) に回転する
  6. (ここから下は回転後の世界を考えている) 各葉群がどのセクターに所属しているか調べる
  7. 各セクターの光量子量を割り当てる
     • 全セクター等価 (完全な平行光線)
     • 入射角によって単位エネルギー量と セクターあたりの密度が決まる
  8. 各セクターにおいて; 所属している葉群があるなら; 「近い」葉群から順番に
     • その葉群における光量子減衰量 ΔL を計算する
     • その葉群に ΔL を Add_PPFD() する
     • 光線から ΔL 減らす
  9. 以上をすべての光線入射角においておこなう
• 時計回り・反時計まわりで錯乱した …… ちなみにこれは原点に視点を置いたときに， どっち方向に回ってるように見えるか， という定義になる (人間が「外」から見ると， 「時計回り」は反時計回りにみえる)． で， 回転させる方向なんだけど， ようするに 「光源」に近い部分を「つまみあげる」 ように回転する方法， と考えればよい． すると上のように， Z 軸まわりを時計回り & X 軸まわりを時計回りが正解となる．
• とりあえず北大構内走． 上でてきとーに書いてる「セクター」化問題が， まだまだ面倒を内包してるよーで． 曇． 昼飯．
• 計算もいっぺん見直してから， まずは Projector なるクラスを作ってみる …… まずは入射角 vector にもとづいて林冠を回転するところまで． これは vector 計算して Canopy->Rotate(...) するだけである． ここまでは 1650 ごろできた． 次がよくわからん． Projector 使って回転した三次元図をながめつつ考える．
• いろいろ作画しつつながめてるうちに， Z 軸まわし → X 軸まわし → Z 軸逆まわし， とゆー投影をやって， その世界でセクターを切るのが無難なように思えてきた． 見かけ上おなじサイズの領域を設定して， と …… ただしこれは「見かけ」だけで， 実際の「光量子流入回廊」の断面積は入射角によって変化する． 天頂方向からだと大で地平線方向からだと小 …… 具体的には光源の仰角を φ とすると， sin φ に比例する．
• セクターとゆーか， quadrat と呼ぶことにした区画わけをやるところまではできた …… 射影林冠が細かく分断される． quadrat なる命名がいいのかどうかよくわからん． また変えるかも． 新しく Projector に追加した部分の簡単な動作試験終了 1930．
• 辺縁効果 (edge effect) を除去するために， 林縁に近いところにある林冠は捨てるべきだろーか． しかしそうするにしても， これは生産力を見積もる段階 (つまり一番最後) で捨てるべき領域を決めればよい． というか， この段階は R で計算したほうがよいのかも． どうせ作図とかやらんといかんし．
• ところで， この林冠を三次元にぎゅんぎゅん回転させたり， 区画わけしたりすんのを Perl でやらせてんだけど， 速い． 体感計算待ち時間ゼロ． 呪われ言語 C++ が必要かも， と懸念してたんだけど， この程度の計算なら Perl で十分かも．
• とはいえ， 一連の試験運転では葉群の個数をまだ 1000 におさえてるんだよねえ …… 来週のデモンストレイション用ではもっと増え， さらに全天から光線がトんでくるので， 計算時間は現在の 1000 倍以上になっちまうんだろう． それでもまぁ 10-20 分以内には終るんだろうから， けっこうなことだ．
• しかし quadrat ごとの光の計算はどうやったら良いものやら． まぢに考えるとアタマがへんになりそうだ． 近似計算でごまかすかなぁ． いま作ってるのは 「ぷろとたいぷ」 だし． しかしその近似計算とやらも， どうやればいいのか明らかではない． 光量子流入回廊を円柱型， と考えてみるか?
• ばててきたので 1950 研究室発． 2010 帰宅． 体重 74.4kg． なンで体重ふえるわけ? 晩飯．
• ぢりぢり検討してみたけど， やはりある種の奇妙な近似は避けられないところだ． エネルギー的につじつまがあってりゃそれでいいわけだけど， 回廊 (これは円柱形にしてもご利益ウスいとわかった) と葉群のサイズそれぞれに注意が必要 …… まあ， 汎用のプログラムつくるわけぢゃないし， 来週のデモンストレイション用にすぎないわけだし， っつーことで． しかし， 土日は 夕張 にふらふらとついていくことになってるんだが， だいじょぶなんだろか． 2500 消灯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1420-1450． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0940): 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・エノキダケ・牛レバのカレー．
  • 昼 (1510): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・ニンジン・エノキダケ・牛レバのカレー．
  • 晩 (2110): 米麦 0.8 合． タマネギ・ショウガ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．

2004 年 03 月 05 日 (金)

• 0840 起床． 朝からばててる． 0900 自宅発． 晴． 0910 研究室着． コーヒー．
• 1000 から 論文セミナー， 本日は M2 森君がバルト海アマモの ヘテロ接合度 (個体内; 遺伝子座数 9) とクローンサイズの関係を調べた論文を紹介． 調査地によっては heterozygocity とクローンサイズのあいだに 正の相関あるよーなないよーな， というかんぢなんだが …… あとから考えてみると， これって論法としてはけっこうオカルト的なんではなかろうか． とはいえ， 私のほうも， いつもながら microsatellite 遺伝子と連鎖の関係をうまく理解できてないんだが． 1120 終了．
• 早起きしたのでばてた． あるいは計算ばてかもしれん． メイルやりとり． お茶部屋に逃げると， 某院生の出身中学校で刀をふりまわす中学生というニュース， ネットワーク上ではどういう速度で報道されてくか， という調査につきあってさらにばて． 追出コンパ委員会から何か一筆かけと言われて， ますますばて． 昼飯．
• また林冠射影問題にとりくむ． quadrat は corridor と改名し， 独立したクラス Corridor とする．
• 手抜きな近似計算 (Beer 則の誤用もしくは濫用) する関数かけた …… ところで， ナナメからくる光線の光量子密度 (PPFD; µmol m^-2 s^-1) を設定しようとするところで， またつまった． この「面積あたり (m^-2)」って， ふつーは何の面積をさすのだろうか? 「水平」においた板なのか， それとも光線と直交する板を考えてるのか …… 谷さんとちょい相談して， 「水平においた板 1m²」 というようなものを念頭におけばよい， という結論になった． 理由は， ふつーに使われてる光量子センサーがそういうカタチをしてるから (で， センサー内で µmol m^-2 s^-1 への換算計算やって出力されてる)．
• しかしこの問題は考えてみると， そう単純ではない． 仰角 45°に点光源 L があったとしよう． たとえば 「葉面が L から出てる光線と完全に直交してる場合」 にうけとる光量と 1.0 とする． この設定で， もし葉面が光源のほうをむいてるんではなく「真上」 をむいてたとすると (つまり完全に水平な葉面)， 受け取ることのできる光量は 0.71 (= 2^-0.5) ぐらいになってしまう …… つまりモデルの中ではいろいろな場合について考えんといかん， ということかね．
• たとえば， いま葉群なるものを「球形」としてるけど， これをたとえば円盤型であっていろんな方向をむいている， とか …… まあ， 今回は幸か不幸か間に合いそうにないから， やらないけどね．
• じゃあ今回はどうすればよいか? 葉群を球形なんぞと仮定し， かつ上述のごときいんちきな近似計算をやってる， というここまでの虚構と矛盾しないウソをでっちあげねばならぬ． それはすなわち， 葉っぱがホントに球面状に形成されていて， どんな方向からトんできた光線であっても効率良く受け取れる， と仮定しつつ受光量を計算すればよい． すばらしい． なんで自然界には これほどまでに優れたボール型葉っぱというものが存在しないのか? マリモとかそう?
• ま， いま考えてるのは葉っぱではなく葉群で， そのカタマリの中で個々の葉っぱの方向が …… うんぬん， という言いわけのほうが無難かな． いやー， これはこれでマズいんだよね． 葉群が受け取った光量子が個々の葉っぱに 再配分してやらんといかんから． とか言いだすと， 一枚の葉っぱであっても光のあたってるところと， あたってないところで …… とかいうワケわからん検討に迷いこんでしまう． 植物生態学を研究してるみなさん， 光合成ってのは決定論的な何ものか， としてとらえたがる傾向があるけれど， じつはむしろ ``ひどく確率論的'' な現象， としてパラメーター推定とかせんといかんのぢゃないの? その生理的詳細が解明されるにつれ．
• ともかく， 以上の諸点を考慮すれば， いまの計算において天球光分布を決定するアルゴリズムはこうなるだろう．
  1. 天球を三角分割していって光源位置をきめる
  2. 各光源の相対強度 Ri を決定する; これは光源の位置と 「晴れてる日」「曇の日」 とかの設定で変わる (とはいえ， いまのところ観測データがあまり無さそうなんで， てきとーに)
  3. normalizer を C = Lstandard / (Σ Ri sinφi) で計算する; ただし Lstandard は光量子センサーとかで測定される 「その場所の明るさ」 で φi は光源 i の仰角
  4. 各光源の強度を Li = C Ri と設定する
  こういう計算をやることで， この数値世界の中であっても 「1 秒間に水平に置いた 1m² の板に 全方向から飛んできて衝突する光量子の個数」 は 1500 µmol とかになってるわけ (Lstandard = 1500 とすれば)．
• ふーむ， やはり Corridor 内の近似計算方法は 欺瞞能力がびみょーにマズいような気がするな． まあ， 自分の構築した虚構体系ではこうなってます， というのが明示的に説明できるようになっているんだから， それでヨシとするか．
• しかし全天からの光線うちこみをやる前に， ある方向からだけの放射について作図してみることにする． つまり Corridor なるものの可視化だ． Perl に特有な ``ad hoc めそっど'' とでも言うような関数を定義していって， Pov-Ray にわたす …… よーし全 Corridor， 光柱を一斉発射， だ．

と， まぁこういうふうになる． 緑球が林冠なるものを構成する葉群である． 黄色い円柱が Corridor ごとの光量変化を表現している． 葉群にぶつかると光柱が「削られてる」様子がわかる． Pov-Ray で透過 (transparency) 指定するには color rgbf <r, g, b, f>．
• 上の図では林冠のほうがナナメになっているのはなぜか …… それは実際に計算したいのは 「もし斜め上に光源があったら」 という状況で林冠が受けとる光量なんだけど， これをばか正直にやるよりも， むしろ逆に 光に関しては常に「垂直うちおろし」， 林冠のほうをぐりぐり回してやったほうが計算がラク， ということでこういう問題解決になった．
• さて， どうして「うちおろし」 (look-down) 式なのか? 以前作ったよーな 「うちあげ」 (look-up) を使わない理由は， 今回は 「ある方向から流れてこんでくるエネルギー総量」 つまり Corridor を走りぬける光子の個数をこちらの思いどーりに統制してやる必要がある． そのためには「うちおろし」のほうがむいてるからだ．
• このあたりに関連する計算は来週木曜日の独房群再訪まで， ある程度やっとかんといかんわけで …… 嗚呼．
• 2100 研究室発． 2120 帰宅． 体重 74.2kg． 晩飯．
• 作図まわりをもう少しヒネる． そして明日・明後日は夕張で 進化植物学研究会 に参加するんで， 林冠回転計算は今週はここまで． いやー， ひさびさの三次元問題， それも大急ぎでやったんで， ばてた．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 : 食ってない．
  • 昼 (1350): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． タマネギ・ショウガ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． タマネギ・ショウガ・エノキダケ・豆腐の炒めもの．

2004 年 03 月 06 日 (土)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． うだうだしてから 0910 自宅発． 曇． 0920 研究室着．
• 1020 平尾君の車に乗って地環研前出発． 1035 低温研の加藤さんと合流して北区役所前出発． 道央道をとおって盲腸線 (あるいは「金の切れ目が道の切れ目」) 道東自動車道 へ． ほとんど片側一車線 …… しかし， これは妥当なところである． というのも， 車道のこちらがわもむこうがわもほとんど車なし (土曜日なのに)． 1130 自動車道降りる． 札幌からここまで 2200 円． 1153 今回の会場 ひまわり 着． もと高校校舎を改築した宿泊研修施設である．
• 開会まで時間あるんで昼飯を食いに出る． 夕張駅 周辺は東西を山にはさまれた狭隘な地形だ． 炭鉱最盛期には 11.6 万人の 人口 がいまや 1.4 万人で毎年 550 人ずつ減少中， ということで街中はサビれてる印象はある． いまの夕張市は メロン と映画祭 に依存しているよーで． あちこちに， 往年の名作映画の 看板 が展示されてる (その映画をやってるわけではない)．
• 事前に検索して調べておいた「カレーそば」 の店は満員御礼店外行列状態だったんで， これは翌日に再訪することにして， 第二候補のラーメン屋へ． ここが聞きしにまさるすごい状況の店舗で． しかし店内はやはり満員． しょうがないので三人して 20 分間ほど猫をみてすごす (北海道は寒いので猫はめったにみかけない)．

[ラーメン「のんきや」]

おばあさんがひとりでやってるラーメン屋． 雪に埋もれてるかんぢ． 飼猫と野良猫が屋根をうろうろしている．

• 私はばてぎみ弱りぎみだったので「かけラーメン」 (450 円; ふつーラーメンは 600 円)． あまりラーメン屋とか行かないので (せいぜい半年に一回ぐらい)， 適正な評価かどうかわからんのだけど …… 札幌のそこらのラーメン屋よりよほどおいしいと思った (ばててるにもかかわらず)． 麺は西山製麺製で これは当地 default． ところで， 北海道のあまりおいしくないラーメン屋には 塩辛さと脂でスープをごまかすところがある． しかしここは (ありがたいことに) 塩辛くもなく油分も少ないから， だしの味がはっきりわかり， しかもそれに滋味がある． 食ったら体調回復感アリ．
• 1315 ふたたび ひまわり へ． すでに皆さんおそろいのよーで． 1330 進化植物学研究会 始まる．
• 今回は小菅せんせーの差配で 6 名の発表があった (本日 3 名，明日 3 名)． 一人あたり発表と質疑応答に 1 時間ほど使うので， 内容について深くつっこめる． そして今回は 6 名ともたいへん面白い発表であった． ひじょーに勉強になった．
• 1 番手． 北大地環研 生態遺伝 の亀山さん． タヌキモ という水生植物は独立した一種だと分類されてるんだけど， じつは イヌタヌキモ と オオタヌキモ の雑種第一代 (F₁) かつ不稔ではなかろーかと． あちこちからのサンプリングや葉緑体 DNA 分析 & AFLP 分析．
• 2 番手． 京大農学部の河村さん． ウスノキ (落葉) と シャシャンボ (常緑) という二種の低木の分枝ルールとその光可塑性． こういう低木たちの 「地上部なんて使い捨て」 な生きかたは (とくにウスノキ)， じつは木本としてはかなり賢い選択なのではなかろーか …… ぱいぷ樹木 の電気盆栽なんかに苦労させられてると， つくづくそう思う．
• 3 番手． 横国大環境情報の 豊田さん． 8 年周期で発生する キシャヤスデ (ときどき大発生 して鉄道運行妨害するんで「汽車ヤスデ」)， これが植物に与える影響が齢とともにどうかわっていくか， という研究． リターと土壌のあいだを上下する成虫は 意外と植物の役に立ってなくて幼虫のほうがマシかも， というような．
• 本日の研究発表終了． 温泉 ユーパロの湯 に行ったり， 晩飯くったり， 夜おそくまで「懇親会」で皆さんと楽しく議論したり．

[懇親会]

酔っ払って「絶好調」モードの人たち多数． ふだんはなかなかお会いする機会のない 生態遺伝 の皆さんからいろいろと研究のハナシなどなど 教えていただいた …… あれこれノロケ話のあいまに．

• 2530 就寝． ばてた．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): パンケイキ．
  • 昼 (1250): 夕張のラーメン屋「のんきや」 かけラーメン．
  • 晩 (1820): 宿泊研修施設ひまわりの食堂． バイキング式なので， 食べる量を制限できてじつにありがたい． さすがは学校の元校舎だけあって， 選べる副菜あれこれは給食を連想させるものであった．

2004 年 03 月 07 日 (日)

• 0730 起床． 進化植物学研究会 第二日目， 夕張市の宿泊研修施設 ひまわり． 朝飯．

[食堂においてあった]

缶ビールの箱． はりがみに書いてあることは真実． ただし， われわれへの， ではなく東映の映画 「北の零年」 撮影のヒトたちへのもの． 大人数がここに宿泊して夕張ロケやってんだよね …… むろん主な俳優たちは別宿だけど． 横からぴーすしてるのは元映画部部員の某林長殿．

• 0900 より研究発表後半部．
• 4 番手． 北大地球環境の谷さん． D 論と同じ内容で， 高茎草本 6 種 (具体的には ヨブスマソウ， チシマアザミ， オニシモツケ， ハンゴンソウ， エゾイラクサ， バイケイソウ) の春→秋の地上部成長について． 以前はよくわからんかった同化量計算方法とかよくわかった．
• 5 番手． 帯広畜産大生態系保護学 の大坂さん． 帯広周辺の分断された森林内の 大中小のサイズの樹木の組み合わせパターンについて． 動態データはあまりないけど， これだけでも森林動態の断面がかなりうかがえて興味ぶかい．
• 6 番手． 京大理学部動物行動 の松原さん． 都市部でもよくみかける ハシブトガラス とハシボソガラス がそれぞれ餌をどのように探して取っているか， というもの． 前者は発見→地上降下， 後者は地上降下→探索→発見， という手順をふむようだ． カラスのような物覚えのよい生き物あいてに実験するときは， 材料や誘引にかなり工夫せんといかんそーで．
• …… ということで， 1230 全発表終了， 今回の勉強会おわり． アタマが刺激された． 小菅せんせーをはじめ準備に尽力された皆様， おつかれさまでした．
• 1255 また平尾君の車に乗せてもらって研修所発． 昨日は入れなかった蕎麦屋で昼飯． 他の皆さんもぞろぞろとこの店にあらわれる． 1340 同発． 道東道→道央道をとおって 1510 研究室帰着．
• なんとなくばててしまって仕事ススまず． うう． お茶部屋で雑談など．
• 2220 研究室発． 2240 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0740): 米麦 0.7 合．
  • 昼 (1310): 昨日は満員で入れなかった蕎麦屋 「藤の屋」 の名物「カレーそば」(640 円)． 雪に埋もれた石切神社参拝階段の途中にある (地図)． 「蕎麦屋のカレー」 とは思えぬほどスパイスを効かせていて， なかなかうまい …… 蕎麦ものとしてはぢゃんくではあるけれど．
  • 晩 (2330): 米麦 1.0 合． モヤシ・ニラ・卵の炒めもの．

2004 年 03 月 08 日 (月)

• 0850 起床． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着． 朝飯． コーヒー．
• またまた ThinkPad X31 が壊れましたよ． 昨晩までは問題なく動いていたのに， 今朝になったらまったく起動せず． たぶんまたマザーボードか電源まわりが壊れたんだろう． 一週間前にマザーボード交換したばかりなのになぁ． IBM ThinkPad って意外と脆弱なんじゃないのか?
• まあ， いつものごとくバックアップは取ってあるんで， ThinkPad 240Z を仕事マシンとしてすぐに再復帰 …… rsync でファイルのバックアップ機から同期をとるだけのことだ． これは 10 秒ほどで終了． 全データ問題なし． あ， ぎょーむ日誌ファイル， 昨晩おそくに書いたところは復旧できんな．
• 今週の水曜木曜日の出張関連とか， 金曜日の講座追出コンパ関連の連絡でばたばたと．
• 九大山岳部メイリングリストがひさしぶりに稼働状態にある． 私が現役部員だったころと比べると， 計画立案段階での情報収集と 自分たちの活動記録の保存・閲覧・検索に関しては 飛躍的に簡単になったなぁ …… なにもかも web にあげてしまえばよいのだ． しかし現役部員たちはそれに気づいてないので指摘してみる．
• 林冠射影問題に復帰． とりあえず， 「光源」ごとに光のわりつけだな． 仰角 φ の光源の座標を (x, y, z) ただし x2 + y2 + z2 = 1 とすると， sinφ = z ですな …… というような天球上の光量わりあて計算の関数をぢりぢりと書いてみる．
• 1330 北大構内走． 昼飯． ぶち壊れ ThinkPad X31 をまた北大生協に持っていく． もどって来ると 1430．
• 研究科の教官旅費はめでたく消化ずみのよーで …… ということで， 3 月は次の東京横浜スギ花粉まみれツアーが終了すれば， 今年度の出張はおわり， か．
• 林冠射影問題のつづき． 全天走査して明るさ分布だすところまでは計算できた． しかしつじつまがあわない． そして球状葉はいまいち面白くない． 試験運転には便利であるけれど．
• LaTeX を呪われフォーマットに変換する latex2rtf を実験してみる． まあ， こんなもんでしょうか． version もどんどん上がっていってるし．
• 林冠射影， shoot-down な世界がちょろちょろとアタマの中に浸透しつつあるンだが …… 天球分割と光量子密度を関係づける計算方法ってのは， 何とーりかありうるのお． うーむ．
• どうやればつじつまがあい， どうやれば破綻が生じるのか， が解明されたところで本日の計算終了． いやはや， どうなることやら． 2130 研究室発． 2140 帰宅． 晩飯．
• 三次元ヴェクトルたちが頭の中でぐるぐる回転して眠れん．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1330-1400． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): 研究室お茶部屋． 「北欧」あんぱん．
  • 昼 (1410): 研究室お茶部屋． 「北欧」ポテトサンドイッチ．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． キャベツ・モヤシ・ブナシメジ・煮干の味噌汁．

2004 年 03 月 09 日 (火)

• 0850 起床． ばて． コーヒー． 0920 自宅発． 曇． 0930 研究室着．
• さーて， 明日から関東流浪の旅だし， さっさと林冠射影問題をやらねば， と思っていたのに …… Matt の熱帯林計算こんさるたんと業で午前中がツブれてしまった． 計算状況はひどく呪われきっていたんだけど， 数時間かけてどうにか脱出への糸口が解明された． 原因は甲山学派などでよく用いられる「上側 BA」 なる奇妙な指標の奇妙な性質によるもので …… これはふつーの確率分布で表現するのは 原理的に不可能 とわかった． 確率分布をあてはめたければ切断分布など 条件つき 確率分布を適用せんといかん． なんでいままでコレに気づかなかったんだろうか． 私が上側 BA とか使わんから， かな．
• 雪ふってるんで北大構内走やめ． そもそも時間がない． 昼飯．
• 熱帯林からまだ開放されづうだうだと．
• 1400 すぎによーやく林冠射影問題に復帰． まずは天球上の光源の強度の設定だが …… 天球分割三角形の面積で規格化してみるか． いまだに釈然としないところもあるけど． まあ， 森林全体を「十分に」多いつくす半球に放射される エネルギー量を制御してる (近似的に)， という状況のつもりなんだし．
• つぎに球状葉をヤメて円盤状葉にしてみる． どうも葉っぱが平面的でないといまいち面白くない． ということで， プログラム変更してみるんだが， 急いでるときにかぎってバグがなかなかとれん． うう．

[円盤状葉群]

林冠がホントに傾いてるわけではなく， こういう射影林冠によって 「ナナメ上に光源があるときの光減衰」 の様子を計算してる状況を図示したもの． 葉群にぶちあたると光柱が削りとられる， という電算機図による比喩表現．

• えーい， 計算結果がヘンだと思ってたら， 先週の 木曜日 にやった計算が間違ってた． 林冠回転において， 「林冠を持ち上げる」 角度は正しくはこうだ (光源が天頂にあれば回転しない; 地平線方向にあれば 90°回転):
  • X 軸まわりの回転方向を決定する; 時計まわりに φ すなわち
    • cosφ = v • (0, 0, 1) = vz
    • sinφ = (1 - cos2φ)0.5 = (vx2 + vy2)0.5 = 1 / c
• さて， 円盤状葉群を採用した理由は， 下のようなふたつのタイプの林冠で差が出てほしいなぁ， という希望によるもの． 左側の林冠では円盤葉が全部「真上」をむいてるのに対して， 右側ではでたらめな方向をむいてる， という状況． よーし， 左側をコヒーレント林冠 (coherent canopy)， 右側をランダム林冠 (random canopy) とでも命名してみよう． どちらも林冠の極限形態になっている．

• 計算に要する時間は， と …… 葉群数 1000， 回廊数 256， 光源数 256 という設定で dellpn (Pentium4 2.4GHz) に計算させると 61 秒． Perl 数値計算だからこんなもんかねぇ． 呪われ言語 C++ に置き換えたところで， せいぜい数倍速くなるぐらいだろう．
• ちなみに明日からの出張で持ち運ぶ ThinkPad 240Z (Celeron 0.5GHz) だと同じ条件のもとで 250 秒． まあ， クロック数をそのまま反映してるよーで． せめて ThinkPad X31 (PentiumM 1.6GHz) が壊れてなかったら．
• 納得のいく計算結果は得られつつあるが， いまいち面白くないのう． 2110 研究室発． 2130 帰宅． 体重 73.6kg． 晩飯．
• 晩飯後もコヒーレント & ランダム林冠をヒネってるうちに， 面白い状況が存在することに気づいた． 天頂光源に全エネルギーを集中する 「門司-佐伯極限」， これは「極限」の名にふさわしく (ってまた自分で勝手に命名してみたんだけど)， ひじょーに偏った分布を生成するとわかった …… よしよし， これを使えば明後日の横浜独房群での Dennis さんへの説明がかなり楽ちんになるぞ．
• げ， もう真夜中すぎてるぢゃん． まあ， 明朝はそんなに早い出発ではないけれど．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 : 食ってない．
  • 昼 (1300): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． キャベツ・モヤシ・ブナシメジ・煮干の味噌汁．
  • 晩 (2220): 米麦 0.9 合． キャベツ・モヤシ・ブナシメジ・煮干の味噌汁．

2004 年 03 月 10 日 (水)

• 0730 起床． 昨晩もなかなか眠れなくて， ですね． 朝飯． コーヒー． 0830 自宅発． 曇． 今日は都立大， 明日は横浜独房群訪問の旅．
• 0838 JR 札幌駅着． 0840 同発． 0916 新千歳空港着． AIRDO 航空券を ANA の機械でチェックイン． ゲイト通過 …… げ， アーミーナイフ入ってた． 明日まで千歳空港であずかってもらう．
• 0940 AIRDO 14 便 B767-300 (AIRDO 2 号機) に搭乗． 今日はなぜかほぼ満席． 0955 時間どーり taxing 開始． 1003 離陸． このあたりから不調感が昂じてきてくたばる． おそらく
  1. 三次元ヴェクトルが頭の中で回転するんで 寝つきが悪くなり眠りが浅くなる
  2. 生活周期がずれていく
  3. いつもより早めに起床して睡眠不足になる
  4. 眠気ざましと称して高濃度安物コーヒーをたくさん飲む
  5. 乗物で長距離移動する
  という連鎖が生じると， 私はかなり不調になるようだ (今回ほどではないけど先の土日の夕張行きのときも)． ヨワってるときはコーヒーとか飲んではいかんのかもしれん．
• 1120 羽田空港着陸． すでにへろへろ． 少し休んで 1154 京急快特で同発． 1210 品川で JR 山手線に乗り換え． ふーむ， ここまでの観察では車内に覆面着用者が多くないような気がする (何人かはいるけど) …… とゆーことは， 今年は現時点ではスギ花粉散布はそれほど激烈ではない， とするのが最尤推定なんだろーか． 1234 新宿着． ここまで 590 円． 京王線の橋本行き快特にのって 1241 同発． 1326 南大沢着．
• 都立大構内をよろよろと移動して 1345 植物生態学研究室 着． 可知さんと M1 大久保さんがお食事しておられるところだった． いきなり豚汁 (昨晩の宴会の残りもの) ふるまわれる． 「今日は昼飯はいらないや」 と思ってたんだけど， これはうまくてしかも食ってるとぢりぢりたる体力回復感あり． 大久保さんはシロイヌナズナ (!) の自己間引き (!!) やっておられるそーで．
• 共用テイブルに昼食とりにきた M1 中村さんから アサガオの地上部地下部競争のハナシうかがう …… なかなか周到に考えられた実験で感心してると， 鈴木準一郎さん不敵な笑みを浮かべつつ 「久保君はネット上で 『日本の生態学者は実験計画法とかやらない』 とか書いてたよね」 と書いた本人も忘れてたことを指摘しながらせまってこられたので， お詫びしてこの次第を「ぎょーむ日誌」に書くことで カンベンしていただく．
• いつものごとく， そしてどこの大学でも大学院生たちにはいろいろと教えられる． ふーむ． R の aov() で nesetd を表現するには weight/mouse とかいうふうに書くのか． こういう状況は混合モデルでやるもんだ， と決めつけてたんで， このあたりの書法とかまったく知らないんだよねえ ……
• 加賀屋さんから統計学相談とゆーか挑戦のような問題が …… 北大の下野さん研究をほうふつとさせる発芽実験の結果なンだけど …… 種子たちよ， 実験環境にそこまで敏感に応答しないでくれい， と言いたくなるようなデータ． できあいの方法は通用しそうにないので， 確率モデルを構築していくところから始める． しかし時間切れになったんでこれは持ち帰り宿題， ということに． とほほ．
• 1620 からここの皆さんあいてに統計学小セミナー． 以前にやった統計学授業 の番外篇 「例題で考える一般化線形混合モデルの導入と計算」 …… 準一郎さんの要望でこのハナシになった． 前回はこの 「例題」 がへぼかったんで， 今回は植木鉢の中の植物たち， というふうに作り変えた架空例を黒板で説明してから GLMM の説明を行う． ハナシはすぐに済んだけど， 質疑応答はけっこうつっこんだ内容になった． ある要因が random effect かどうかを判定基準は何か? -- その場で思いついた回答 「同じ実験・観測を繰りかえすときに， ある要因が (原理的に) 『再現不可能・再観測不可能』な場合には random effect とすればよい」．
• 1730 終了． 近くに晩飯に出る …… が， 院生の皆さんはお仕事に忙しく， 準一郎さんは教職員の組合の集会に出てしまったので， 可知さんと差しむかいで中華料理をつつくことに． たくさん注文されてしまった料理はどうなってしまうんだろうか， といった心配が限界に到達する直前に皆さん現れてくださったので助かった．
• 2145 その広東料理屋・ 春庭花 発． 2149 京王線南大沢発． 2155 橋本着． JR 横浜線に乗り換えて 2212 同発． 2250 新横浜着． まっくらでわけわからん． 地図がない． ホテル位置地図をけんめいに思い出しながら， 駅北口地下をさまよい， 東横インに到着 …… と思ったら， こっちは「新館」で予約してたのは隣の本館だった． 2300 東横イン新横浜本館着． なぜかしらんけど けっこう混んでるよーで．
• 各部屋に LAN ポートがあるんで (という理由で東横インにした)， もってきた ethernet ケイブルさしこんで ごそごそと接続準備． 部屋にマニュアルなし． どーせ DHCP だろう， ということで
  1. /etc/sysconfig/network-scripts/ifcfg-eth0 で BOOTPROTO=dynamic
  2. root になって (sudo ではマズい場合あり) /sbin/dhcpcd (& つけない)
  3. /etc/init.d/network restart
  でつながった． (後記: 上の 2. と 3. は逆?)
• メイルをダウンロードする． こういう通知があった． ホントにだいじょうぶなんだろか．

　今年度のPID(POP)継続申請手続きは、必要ありません。
　引き続きご利用ください。
　なお、来年度(2004年度)利用されない方は、下記の事項を記入し、
メール(Subject：PID削除申請)にて申請してください。
・PID・氏名・削除日(土曜日・日曜日・祝日は除く)
・転送設定の有無(転送設定は、下記URLのHINES Directで可能)

追伸：パスワードの変更は、HINES Directで行えます。
* * * * * * * * * * * * * * * *
北海道大学情報基盤センター
ネットワーク掛
電話:011-706-3456/2944
E-mail:hines@iic.hokudai.ac.jp
http://www.hokudai.ac.jp/hines/
* * * * * * * * * * * * * * * *

• 林冠射影の計算プログラムを修正する． 計算待ち時間に風呂に入る (部屋はすごくせまいんだが風呂は自宅のより少しでかい) …… 計算まちがいに気づいて途中で出る． プログラム修正してまた入る． うーむ．
• で， 得られた結果をヒネってるうちに， 時刻はすでに 2600 すぎ． 体力ぎれもすごく自覚できるんで， そろそろ寝ますかね．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): シリアル．
  • 昼 (1355): 都立大植物生態研究室． 豚汁．
  • 晩 (1830): 京王線南大沢駅前イトーヨーカドー内にある 春庭花． 可知さん・鈴木準一郎さんにごちそうになりました． ありがとうございます．