ぎょーむ日誌 2003-03-(01-10)

2003 年 03 月 01 日 (土)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー．
• えーい， もう 3 月になってしまった …… しかし悪しき習慣と化しつつあるのか， 休日の朝はだらだらとすごしてしまう．
• しかしだらけてばかりもいられないので， メイル書きなど．
• 昼飯食ってから 1300 自宅発． 曇． 1310 研究室着．
• 樹木のサイズと種子生産量について， ちょっとだけ調べる． James Clark の種子散布モデル (1999) では， 幹の断面積に比例， としているな． その根拠となっている Eric Ribbens の論文 (1994) によると …… 離散値だけ調べる最尤法では dbh2 が一番よろしかった， と …… げ， また Pacala 先生とかが関与してるハナシだな， これは．
• 1420 北大構内走発． 今日は気温が高くあちこち水たまりあって走りにくい． 1500 研究室帰着．
• ひさしぶりに Matrix Population Models (Caswell, 2000) を見直して， 「生涯に残しうる種子数の期待値」 は純再生産率 (net reproductive rate) という名前だったと思い出す．
• で， Caswell 本ではこの純再生産率 (R₀ と表記) と individual fitness の関連について議論されており……
  • R₀ は個体に関する情報があればよいので 観測データから評価しやすい
  • 多くの研究では R₀ を適応度としている
  • Caswell は R₀ を適応度を構成する component と考える (ESS など調べたい場合には R₀ だけでは不可)
  • 動態モデルのパラメーターが時間変化する場合には，個体ベイス で R₀ を評価するのが良い
  まあ， こういうことに留意すればよろしいということのよーで．
• ついでながらその節の最後に， 生活史パラメーター間に trade off ごときものがある場合は， 個体ごとに推移行列つくれというようなことが． そりゃいったい何なのと， 引用されてる文献 (McGraw and Caswell, 1996) 調べてみる …… うーむ， どういうつもりなのか? 個体観測されたデータ (この論文では鳥の集団) から個体それぞれ生涯を行列で表現するのは， まだいいとして， だ． どうして，その固有値を相対化すると「適応度」になるわけ?
• 私は鳥個体たちのこういうデータあるんなら， もうちっとマシな確率論的モデルが構築できると判断する． 行列モデルでは個体の内部状態依存モデル (卵産んだら死にやすくなる，とか) がうまく表現できないための苦肉の策なのか?
• 一般講演 (ポスター発表) の準備とて， PipeTree の再計算に取り組む …… うん? なんか挙動不審だな， と思ったら， 自作汎用ライブラリにおける考えの足りない改造に原因が あったと判明． こういうところにつまずいて時間を浪費する．
• どうにかこうにか計算してくれるようになったので， とりあえず現状 (パラメーター設定) などを 再確認する試運転にかかる．
• 30 個体計算はとうぶんおわりそうにないので撤退． 2000 研究室発． 2010 帰宅． 体重 72.4kg．
• X における鍵盤設定． いつもやりかたをど忘れするなぁ …… 設定ファイル /etc/X11/XF86config-4 の keyboard 項において Option "XkbOptions" "ctrl:swapcaps" とすると， Ctrl と Caps Lock を入れ換えられる．
• 生態学会大会 に出発まであと 18 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1420-1500． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0920): パン． コーヒー．
  • 昼 (1230): チンゲンサイ・エリンギの焼きそば．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・ブナシメジ・豆腐のカレー．

2003 年 03 月 02 日 (日)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． 1100 自宅発． 曇． 1115 研究室着．
• おっと， BookPC では 75 年目で paging 発生してしまったか …… っつーか， 昨年 11 月ごろの「地下部に同化物の 30% を転流」 改造のときにあれこれ改造した余波で， そもそもシュート数が増えてるわけで …… ちょい， まずいな． X 止めた状態で計算させるか?
• 苫小牧から Samba の設定をどうにかしてくれメイルが昨日から来信している． あそこっていまだに ISDN だから ここからリモートログインできないんだよね． 現状をメイルでいろいろとお尋ねして， ネット上で Samba あれこれを調べてみる (私は自分ではこれ設定したことがない ……苫小牧で動いてるのはかとー先生の設定によるもの)．
• あいかわらず彼の地では 「院生のケガれたマシンを教官・事務官の LAN に 直接接続するとケガれがひろがる」 といったたぐいの計算機ネットワークに関する呪術的理解が支配的なんで …… 院生たちの計算機はルーターを介して庁舎内 LAN に接続されている (さらにそのうち一台が静的 IP マスカレイドの対象になってる， とも判明)． で， NetBIOS over TCP/IP でもってそのルーターを越えてみせろ， という命令． やれやれ． このあたり とか これ なんかが答えか? domain master = yes とか?
• ためしにお茶部屋 Linux 機に Samba 入れてみると …… 2.0 からはずいぶんと設定ファイルの様子が違うようで．
• といったよくわからぬ雑用の裏では， PipeTree 計算の試行錯誤が始まっていたり． まぁ， 今回は「それらしく見える」あたりを探す微調整でいいだろう．
• と思ったけど， じつはこれはけっこう難しい問題だとわかった． 昨年 12 月はじめごろの ぎょーむ日誌 も見直してみる …… やはり「シュート数増えすぎ」と指摘しているな．
• つまり， まったくばかばかしいことなんだけど， このパラメーターセットでは計算がほとんど進まない． 当初の予定では 2 月ごろにライブラリを抜本的に直すつもりだったんだけど …… なにも進捗なく終わったのはこれまた記録されているとーりで．
• とりあえず光合成曲線というか光→資源変換曲線を少しへぼくしてみる (f_Imax = 100 → 80)． はてさて， どうなることやら．
• というような計算をじたばたやってると夜になっていた． とくに匿名希望する料理人氏がここから最も近い回転寿司， すなわち JR 札幌駅南面の高層建築 (名前どわすれ……ビッグカメラとか入ってるアレ) 10F にある「とっぴー」(北海道局在?) に行こうとなぜかしら提案． 合計 6 人ほどで 2120 研究室発． 2145 到達したものの， それはちょうど受注停止の時刻であった． まわりを見回すと， 駅周辺の店はいっせいに閉店していく．
• もはや店をさがす気力もなく， 札幌駅北面の居酒屋・魚魚丸で寿司を注文して， むりやりに寿司気分にひたる． 2310 帰宅．
• 生態学会大会 に出発まであと 17 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1345-1420． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 昼 (1430): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・ブナシメジ・豆腐のカレー．
  • 晩 (2215): 上述のような次第で， 札幌駅北側の魚魚丸でなぜか寿司など少々．

2003 年 03 月 03 日 (月)

• 0800 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 雪． 0900 研究室着．
• 1100 ごろまで BookPC のメモリ (現在は 320 MB) を増設しようという悪戦苦闘で浪費されてしまった． そこらの使われてないマシンから抜いた SDRAM を追加すると， 起動はするんだけど 5 分ぐらい使ってると止まるんだよね …… ナゾ．
• 増設はいったんあきらめて， X を落とした状態で計算させる． しょうがないので， かとーオフィスでは棚の上で「外付け計算機」やってる ThinkPad X20 を机の上にもってきて， ここでメイル書きとかの作業やる． BookPC は計算に専念．
• 雪の勢いが衰えないので今日は北大構内走やめ． 時間もないし． 昼飯くってるヒマすらなし．
• 1300 より 講座セミナー ， 今日は M1 森君のシウリザクラ繁殖にまつわるハナシ． 自家不和合性 (自分の花粉で結実できるかどうか)， 結実率， 種子散布の時空構造， マイクロサテライト配列による親子判定の準備， といったあたりのこれまでの成果が報告される …… けっこういろいろなデータが取られているではありませんか． 花序ごとに結実率が異なるために overdispersion が発生していそうで， めんどそうなかんぢでありますなぁ．
• セミナー後に昼飯． 昼飯後に正門前のパーツ屋 PC 工房 にメモリ調達にでかける． 256MB SDRAM が 3980 円， 安い …… と思って買おうとした． しかし親切にしてまにあっくな店員のにーちゃんと談判してみるに， どうやら私は 3 年ほど前に Yahoo! オークションで調達した BookPC には使用できそうにない， と判明した． ちかごろ売られている SDRAM は規格が異なるため (昔はチップが両面にならび，現在のは片面にしか並んでいない)， 2 年以上前の PC には適合しないようだ (マザーボードの問題)． いやはや． もはや増設のすべはない， ということのようで．
• かとーオフィスにもどってくると， セミナー直前に開始した PipeTree 30 個体計算は ぢりぢりと進みつつある． 現在 30 年目， メモリ使用 60% か． 30-40 年あたりがピークのはず， なんだが． これが 100% をこえると paging が発生して， 計算は続行されるものの事実上の停止状態におちいる．
• かとーオフィス内は二台の計算機 (Lex と BookPC) が全力で計算してるせいか， 気温が高くなってるような気がする． Lex は 何やら数日間ほどぶっつづけで宣教師殿 (本人は別室からリモートで) に酷使されているんだよね …… と思ったら風邪で早退か． 宣教師は死んで計算 job を残す．
• メモリ使用はじつにちびちびと増えてる． 計算林分内部の構造が複雑化しているかためか (ややこしくなると明るさ計算に使うメモリが増える)， あるいはメモリーリークなのか? リークだったらイヤだなぁ．
• 昨日から計算待ち時間をつかって， 「どのように」ポスターを作れば楽ちんかを調べていた． いつものごとく LaTeX 使いたいわけだが， これででかいポスター作るための a0poster という document class が CTAN に入っている (かっこいい作例としては これ とか これ)．
• これで簡単にでかい原稿だの A4 縮刷版だのが作れるんだが …… 問題はここらへんには A0 プロッターなんぞという機械はない， ということだ． A0 と指定して生成される postscript ファイルを無理矢理 A4 プリンターに送り込んでも， 全体の中のごく一部が印刷されるにすぎない．
• すなわち問題は， A0 で 1 ペイジの postscript ファイルを A4 で 16 ペイジの postscript ファイルに分割 するにはどうしたらいいか? ということだ．
• これは世界のどこかにいる賢人殿が， きっときっと解決してくれているに違いない， という確信を内心で最強に強めておいてから全力ネット検索 …… あった (検索の勝敗をわけるのはこういう気合いです)．
  1. まずこの ペイジ で紹介されているように， ghostscript (gs) を使って postscript 出力を EPS に変換する．

     gs -q -sDEVICE=epswrite -sOutputFile=out.eps -r600 -q - < input.ps

  2. このようにして得られた out.eps を epssplit (Perl スクリプト) を使って， A4 に分割すればいよい． 例としては

     ./epssplit --orientation Portrait --scale 0.9 out.eps > splited.eps

     てなかんぢか． 横幅を A4 タテ 4 枚におさめたい場合は --scale 0.9 と少し縮小する必要がある． また， 印刷時に「ふち」で内容が消える場合は， 上の epssplit 実行時に マージンも指定すればいいんではないだろうか．
• いやー， すばらしい． 講座のカラーレイザープリンターでも 分割印刷ができましたよ …… さーて， それでは内容を考えるか．
• LaTeX マクロ a0poster の example をいろいろとひねくってみて， ポスターのアタマだけはできた．

• 計算のほうはぢりぢりとしてススまず． そしておそらくメモリが足りなくて 84 年間計算はできないだろう． メモリを HDD 上に退避させる paging によって， 70 年あたりで (事実上) 止まってしまうにちがいない．
• ポスター作成のめどはたちつつあるけれど， 掲載すべき計算のほうはどうなるかわからない …… まぁ， 最悪の場合は昨年 11 月の計算結果そのまま という逃げもあるんだけどね． 2310 研究室発． 2325 帰宅． 晩飯．
• 生態学会大会 に出発まであと 16 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • ばたばたしていて本日は運動ナシでした
• [今日の食卓]
  • 朝 (0820): 米麦 0.7 合． ターツァイ・エノキダケの炒めもの．
  • 昼 (1440): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ターツァイ・エノキダケの炒めもの．
  • 晩 (2340): ターツァイ・エノキダケの焼きそば．

2003 年 03 月 04 日 (火)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 雪というか地吹雪か． 0910 研究室着．
• じつにばたばたした一日だった．
• 三次元虚業ライブラリのメモリリーク発見． ありがちな初歩的なやつなんだが …… STL コンテナの値としてポインターを格納するときは， delete する・しないをきちんと判断すること． 一ヶ所これを間違えて「ぢりぢりメモリリーク」の原因になっていた．
• ともあれこれで無事に計算終了してくれそう …… な気がする．
• さらに好材料． 風邪から回復し Lex での計算を終了した長谷川宣教師殿が Lex (CPU は良いけどマザーボードがかなりへぼい機械) のメモリの増設 (256MB→320MB) の奇蹟を!
• 昼ごろになっても天候よくない． 今日も北大構内走に出られなかった．
• なんとかなりはじめたパラメーター推定の試行錯誤．
• 計算待ち時間に苫小牧 Samba 問題 (と言いつつこれはかとー先生にほとんどおまかせしてしまった)．
• そして付け焼き刃な実験計画法・分散分析問答． 異世界だよねえ ……
• 日本語とはなかなか奇怪なもので …… 分散分析における fixed effect (平均値にだけ影響与える効果) を「母数効果」， random effect (分散にだけ影響与える効果) を「変量効果」， とゆーそうだ． 知らなかった． これらを組み合わせた混合模型 (mixed model) を調べることが 多いわけだが．
• そもそも， いろいろな確率分布でパラメーター推定とかやってる私としては， すべての要因を fixed だの random だのに分類できる， と信じて疑わない等分散・正規分布のヒトたちの幸福をうらやむわけだが．
• 母子里で行われている生態学研究について調べようと思って， 小林さんと低温研の加藤さんにあれこれお願いメイルをかく． 送っていただいた画像資料の ファイル変換作業に少々てこずる．
• えーい， 石井さんの訪花ハナシに数時間ほどトラップされてしまった．
• 今日はポスター作業はまったく 2140 研究室発． 吹雪ぎみ． 北 12 生協で食料かいこみ． 2200 帰宅． 体重 72.8kg．
• 生態学会大会 に出発まであと 15 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • 運動できんなぁ
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・シイタケの炒めもの．
  • 昼 (1320): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・シイタケの炒めもの．
  • 晩 (2230): 米麦 0.7 合． ミズナ・タマネギ・シイタケ・豆腐の炒めもの．

2003 年 03 月 05 日 (水)

• 0820 起床． 2500 ごろまでメイル書きしてたので眠い． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 晴． 0900 研究室着．
• PipeTree (というか三次元虚業ライブラリ) はちょっと挙動不審かも， と思って gdb の監視のもとで 計算させていたんだが …… なにも問題なく 84 年間計算が終了しているな．
• 現在計算させているのは稼いだ資源の 25% を意味もなく 地下に捨てている version なんだが …… 集団状態における樹高 4-8m 時代における バトルで太らなくなる， というところが観測データとはずれているところ． つまり pipe モデルだか da Vinci 則からだか 観測データは逸脱 しているというのが今さらながら強調すべきところなんだろう．
• むろんこの界隈には「ぱいぷの生き死に」というよくわからぬ概念で 逃れる方法があるわけで …… つまり死にパイプを増やすしかないのか?
• と思ってたら甲山さんがきて， その時間領域ではまだ枝が増えてる， とのこと． ふーむ?
• 1240 北大構内走発． 晴． 1310 研究室帰着． 昼飯．
• 午後はポスター準備と計算のつづき．
• 腹減ったので撤退． 2030 研究室発． 2050 帰宅． 体重 72.4kg．
• 晩飯くったらすぐに寝てしまう． しかし夜中におきてマシな計算結果をだす方法なぞ考えてしまう．
• 生態学会大会 に出発まであと 14 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1240-1310． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ミズナ・タマネギ・シイタケ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1330): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ミズナ・タマネギ・シイタケ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケの炒めもの．

2003 年 03 月 06 日 (木)

• 0810 起床． 朝飯． コーヒー． 0850 自宅発． 今日も晴． 0900 研究室着．
• PipeTree 計算を補正していたら， 予算年末で購入していただいたプリンターとどく． Canon LBP-2810 …… あのプリンターの乾重量 56kg もあったのか! どうりで 4 人がかりでなければ運べなかったわけだ．
• 印刷試験． Mac と Linux は問題ナシ． Windows でてこずる …… と思ったら IP アドレスがぶつかっていた． これは私のミス． しかし Windows 9x で TCP/IP 経由で印刷させるのは あいかわらず難しいねえ ……
• 大量の梱包材を処分して， 案内メイルをながして 1405 作業終了． ばてた． 昼飯にする．
• ぢりぢりと計算のつづき． 待ち時間にポスター準備のつづき．
• 今日はなんたる一日なのか …… PlotNet 予算消化のために発注されていた Dell デスクトップ機が来着． 長谷川宣教師殿は発注をとりまとめてくれた かなりの hispec 機 (Pentium4 2.4GHz, 1GB RAM, 160GB RAID HDD) なんだが …… いろいろな意味ですばらしい ことに OS ナシとして発注されたんで， これからインストールせねばならない．
• 作業の大半はかとー先生に負うことになってしまった， で私はおまかせして計算でもやってりゃいんだけど， この「入魂」の工程のかなりを横で眺めていたので， また多くの奇蹟を目の当りにしてしまった ……
• まず OS ナシ機でも NT4 ベイスの OS loader とやらが pre-install されてるわけだが …… こいつは莫迦すぎてなんの役にもたたづ． こんなのは無視して， 宣教師殿の RAID 講釈をうかがいつつ， Vine Linux 2.6r1 インストーラーで起動する． にしても， RAID って不思議だよなぁ．
• Vine インストールはいつものごとく難なく終わった． しかしながら， boot すると， 原因不明な kernel panic によってコケるんだよね．
• この問題はかとー先生の「起動しない Linux 機の Linux kernel を入れ換える」 という超絶技功によって救済された． まず， 「これは Pentium4 (i686) 専用に構築された Linux カーネルに問題があり， i386 汎用として作られたカーネルなら何とかなるだろう」 とハッカー特有の直観 (私などには完全にナゾ) によって正しい方針がたった． つぎに Vine インストーラー CD でブートしておいて， すばやく裏の bash に切り換え． また mknod ワザその他を駆使して作業できる環境をととのえ， CD から i386 kernel の rpm に交換 …… これはいってみれば， 意識不明かつ原因不明で死にかけている患者において 臓器移植を敢行するがごとき離れわざ， と形容すべきもの …… で， それによって， ちゃんと起動するようになったんだよね． すごい．
• 無事に動作することが確認されたので， ディスプレイなどはとりはずしてしまう． すなわちネット経由で使う「計算サーヴァー」 として機能するわけだ．
• このマシン (いちおー PlotNet 予算で買ったので dellnp というつまらぬ命名にする) の実用動作試験， ということで PipeTree 計算をやらせてみる． おー， 速い速い． もちろん 「dellnp は RAID が不安定かもしれないから」 と宣伝してまわって， 他のユーザーが入らないようにしてるのでさらに快適．

• とはいえプリンターと OS ナシ機まわりでのばたばたにあけくれてしまって， ポスター準備すすまず非常にまずいと危惧しつつ撤退． 2040 研究室発． 2055 帰宅． 体重 72.2kg．
• 晩飯くったら， どうもバテ感がでてきて， ですね ……
• 生態学会大会 に出発まであと 13 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • 晴れていたのに運動してない …… 予算消化機材の運搬その他をのぞけば
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1410): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
  • 晩 (2130): 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケ・豆腐のスープ． じつはこの朝昼に食ってた炒めものには， 間違ってトウガラシが「どかっ」と入ってしまっていてですね …… 辛味のすくない韓国トウガラシだから まだ助かってるんだけど， やはり辛くてそのままでは食べにくい． で， 豆腐といっしょにスープにすると， ちょうどよいかんぢになった．

2003 年 03 月 07 日 (金)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 0900 自宅発． 曇． 0910 研究室着．
• なんというか， 1500 ごろまで PipeTree 計算なんぞに没頭していて， かんぢんのポスター作成が進まず． いよいよまずい．
• 1450 かとーオフィス発． 1505 低温研着． 小林さんから先日送っていただいたファイルを 加藤京子さんに解説していただきながら， 研究室 全体でとりくみ続けてる母子里研究の概要を伺う． 携帯式光合成測定装置を見物したり， 小野さんからもいろいろとコメントをいただいたりして， 私にもようやく全体像がわかってきた． これで何とか学部一年生あいてにうそっぽい説明ができそうだ． まぁ， わからないことがあればその場にいるはずの 植村さんに説明してもらえばいいわけだが．
• 1745 低温研発． 1800 帰着． 九大から来ておられる城田さんを歓迎するべく， 正門前 100m に位置するジンギスカン屋「山田モンゴル」 に 6 人ばかりででかける． 1850 研究室発．
• ここの炭火焼のラム (とうぜん生) はあっさりしてるかんぢなので， いくらでも食べられるような気がするんだけど， それでついつい食べ過ぎてしまうと翌日くるしい， という戦訓を得ているので …… 今日は一人前 (530 円) だけにとどめる． 最初の一人前は野菜がつく． 飯 (150 円) といっしょに食べると， ジンギスカン定食というかんぢでなかなかよろしい． 2120 帰宅．
• えーい， 仕事がすすまん．
• 生態学会大会 に出発まであと 12 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1230-1300． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケ・豆腐のスープ．
  • 昼 (1315): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケ・豆腐のスープ．
  • 晩 (1850): 北大正門前 (「松」のとなり) のジンギスカン屋 「山田モンゴル」．

2003 年 03 月 08 日 (土)

• 0930 起床． 朝飯． コーヒー． 1050 自宅発． 曇． 1100 研究室着． みなさん 進化植物研究会 にでかけてしまって， 誰もいない． すけぢゅーりんぐ破綻における第一の帰結として， これには参加できづ． 嗚呼．
• そして管木計算なんぞに没頭してポスター準備ススまず． この後におよんでサブモデルを変更． だいたい見てくれのよい計算結果が出るようになってきたんだけど， 何か「あとひと押し」でもって
  • 貧弱なる光環境からの脱出
  • 激烈なる樹冠間「なぐりあい」格闘戦
  を生き残った幸運な個体 (枝ではなく) を殺してしまいたい． 84 年時点で， ぼろぼろになりながらも生き残ってる個体数がまだ過大なんだよね．
• ということで， やや不本意な気もするんだけど 「細いわりに『重い』枝・幹は折れやすい」 というようなモデルを追加してみる． はたしてこれでひょろひょろ個体たちが死に絶えてくれるんだろうか? 個体先端 (梢端) 付近の葉だけで， しぶとく生き延びているような気もする ……
• ついでながらシュート死亡の確率論的モデルの 関数を一般化線形な logistic 型に変更してしまう． ああ， こんなところにまで GLM の魔の手が．
• 夜中までうだうだと計算して logistic 型ではダメだというのがよく理解できた． 正解はむしろ対数線形モデルにちかい (けど別もの)． こんな簡単なことに気づかないとは阿呆阿呆だ． 期限がせまってくるほどに莫迦な思いつきにひっかかるな． 時刻はすでに 2130．
• なんか計算が思ったようにいかず (個体はばたばた死んでくれるようになったけど， こんどはカタチがいまいち)， しかもそれにかまけていてポスター準備がススまず (こちらのほうがよほど危ない)． いかん． 2410 研究室撤退． 2420 帰宅． 体重 72.0kg． 計算やせ．
• 進化植物研究会 は楽しそうだな ……

[進化植物研究会速報]

皆さんの期待に応えて酔いつぶれた (猫化もあり?) 某こすげせんせーと 顔面らくがきをほどこす某指導教官先生． 現地の大澤特派員のカメラつき携帯電話より．

• 生態学会大会 に出発まであと 11 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • うんどうしてない
• [今日の食卓]
  • 朝 (1000): 米麦 0.7 合． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケ・豆腐のスープ．
  • 昼 (1430): 研究室お茶部屋． 「北欧」バゲット (一本税込み 145 円)．
  • 晩 (2440): 米麦 0.7 合． 「北欧」バゲット． ホウレンソウ・タマネギ・マイタケ・チーズ・卵の炒めもの．

2003 年 03 月 09 日 (日)

• 0820 起床． 朝飯． コーヒー． 1020 自宅発． 晴． 1030 研究室着．
• ようやく PipeTree のカタチを制御するかんどころが戻ってくる． Pipe 「回収率」に手をいれればいいんだった． いやはや．
• Abies な PipeTree どものばとるは徐々にマシになってきたので， いよいよ時間切れがせまりつつあるポスター書きに着手する． 図なんかは切り貼りなんだけどな．
• ぢりぢりと作業を進めて一休み． 1330 昼飯． 今日はよい天気だけど北大構内走とかでられそうにない．
• 午後もポスター準備． ときどき計算の様子をながめる． なかなかいいねえ …… 自らの形態をりすとらして生残への努力を怠らぬ樹木個体であっても， ある日とつぜんの理不尽なる突然死を強要されていたりして． これは， 私が植物虐待を意図して PipeTree を殺しまくってるからではなく， 観測データに見られるパターンはかかる死亡様式によるもの， と判断せざるをえないため．
• とりあえずの計算結果 …… 悪くはないがやりなおしだ．

[overkilling]

ちょい殺し過ぎたようで …… 最後の 10 年間は 1 個体のみ． しかし 30-45 年あたりの苛酷なバトルをくぐりぬけたあとでも， 自力で「復旧」してくれる個体が出現するようになったんで， なかなかよろしい． 以前のはあるていど破壊されると， あとは縮小再生産的に自滅していくばかりだったから．

• 今日はさすがにぢりぢりと進捗する．
• しかし明日は早起きせねばならんので 2310 研究室発． まだ作業は 70% ぐらいのでき， か． いやはや． 2320 帰宅．
• 作業つづく．
• 生態学会大会 に出発まであと 10 日 (うち 5 日は出張)．
• [今日の運動]
  • 今日もうんどうしてない …… しかし肩こりになるんで， ひんぱんにストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． コマツナ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1330): 研究室お茶部屋． 「北欧」バゲット (一本税込み 145 円)．
  • 晩 (2340): 米麦 0.5 合． コマツナ・タマネギ・マイタケの雑炊．

2003 年 03 月 10 日 (月)

• 0600 起床． 4 時間ぐらい寝たか? 朝飯． コーヒー． 0635 自宅発． 曇． 寒い．
• 快速エアポートに乗って 0649 JR 札幌発． えーい， 朝からこんでる． 0726 JR 新千歳空港着． ここまで 1040 円． こちらもすさまじく混んでいるが …… 昨年 AIRDO が破綻して ANA と share code とやらを実施するようになったんで， ANA の自動 checkin 機が使えるようになった． そう， いままではなかったんだよね．
• 0800 AIRDO の B-767-300 に搭乗． 0812 taxing 開始， 0822 離陸． 共同運航便でも無料飲物ナシ． それはそれで落ち着いていていいんだけど (多忙そうなおねーさんに決断せまられると ココロの平和が乱れません?) …… どうも不調気味で眠いのに眠れん． 統計学本など読んでみる．
• 0940 羽田空港着陸． すでにいささかばててるぞ． 晴． 気温 6 ℃か． いっきに季節が 2ヵ月ススんだかんぢだ． 東京モノレイルに乗って 1000 羽田空港発． 1022 浜松町着． ここまで 470 円． JR 山手線で 1027 同発． 上野駅で JR 常磐線に乗り換えて 1150 つくば森林総研もよりの牛久着．
• 会議は 1330 からなんだが …… なんともハンパな時間だな． 駅前のラーメン屋で簡単に昼飯をすませてから， 1210 駅前発． 当地のバスは日に数本 (100% 真実) でしかも行き先不明なので乗りたくない． ということで， 晴れているんで (スギ花粉飛散量も多いんだろうけど) 歩いて行くことにする．
• 車どーりは多いけど人どーりのまったくない畑地転換住宅地を歩いていく …… つまりここらの人たちは自家用車に依存した生活をしておられるようで． 1245 つくば森林総研着．
• 群落の研究室に顔をだすと， すでに山本さん・中静さんが来ておられる． 雑談しているうちに顔ぶれがそろったので， 1330 より森林動態データベイスの会議．
• 今回は web から php スクリプトで PostgreSQL server たたくインタフェイスができました， という報告が中心 …… もとデータは年に数度ぐらいしか更新されないんだから， そんなのいちいち動的に結果を生成せんでもいいんでは， とかあれこれ文句をつけたわけだが …… 思えば武生さんの 2.5 年間の努力によって あの無数の猛烈なるゑくせるファイル群がかたっぱしから 解毒 されていって， その結果として SQL でも検索できるような 首尾一貫したデータベイスが構築されたんだから， これはまったくの偉業と称するべきだろう．
• というかんぢで会議は終了． 私の個人的感慨はともかくこれを今年の 10 月 1 日から 一般公開するのはかなり無茶かも (武生さんも 4 月から東京農大に移られて， いきなり河原崎さんに交替することになっちまっているし) …… あとから聞いてみたら大々的に宣伝するというより， 10 月 1 日に「ひっそり」公開開始するそうで． 運用しながら徐々に改善できますかね．
• 1745 群落研の人たち中心に 13 人ばかりでうちそろって (最後の晩餐というわけでもないが)， 牛久駅ちかくの 蓮根屋 にでかける． なかなか物量な和食コース， といいますか． けっこう満腹した．
• 東北支所の正木さんが今日から関東に移ってこられた …… ただし霞ヶ関「本省」派遣犠牲者 (期間は 2 年間) として． 「まず『一太郎』しかもケイ線ワザが使えなくてはダメだ」 と経験者の田中浩さんがこんこんと覚悟を説いておられる．
• 銘酒あれこれを機嫌よく賞味された小川みふゆさんが 「苫小牧シウリザクラ解析には負けません」 と宣言したり， しらふの柴田さんが「これからはムシよね」 と虫愛ずる宣言したり …… なにがどうなっているのやら．
• 2105 やはり駅近くの古風というかシンプルな 牛久ステーションホテル2 到着 (一泊 5500 円，駅のすぐそば)． 野宮さんに送っていただいた． ありがとうございました．
• 風呂に入って少し体調をもどす． ぎょーむ日誌書き． そしてポスター作成のつづき．
• 明日は 0616 発の列車に乗って高速帰還できるか?
• 生態学会大会 に出発まであと 9 日 (うち 4 日は出張)．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0615): 「北欧」バゲット． コマツナ・タマネギ・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1200): JR 牛久駅前の「風風ラーメン」． 「とんこつ」という旗を高々とかかげているので， ついふらふらと …… なるほど， とんこつだがちと塩辛すぎるような気もしないではないけど， 関東のひとたちの好みだとするとこれぐらいなんだろう． で， なぜか海苔など乗ってたりするんだけど， これも間違いなく関東流儀にしたがっているだけだろう． せっかくのストレイト細麺をここまでくたくたに茹で上げてしまうのは， 当方が「固」と注文しなかった不備に問題あるんだろう． あえて ひとつ注文つけるなら 650 円はちと高かないだろうか．
  • 晩 (1820): 牛久駅ちかくの 蓮根屋 のなかなか物量な和食コース． 美味しかったんだけど， 塩加減がやや茨城 bias だった．