ぎょーむ日誌 2004-03-(11-20)

2004 年 03 月 11 日 (木)

• 0840 起床． 東横イン新横浜 本館 のせまい一室． 0900 チェックアウト． えーと宿泊前にすでに支払ってた額は 6300 円ほどで 追加料金ナシ． ホールで無料給食をもらう． コーヒー． 0920 同発． 曇．
• 0925 JR 新横浜発． 横浜線は根岸線と同経路で大船につながってるんで (厳密にいうと 東神奈川で根岸線に切り替わる? …… よーわからん)， 原理的には新杉田まで直で到達できるハズなんだが …… 実際には大船まで行く列車はマレなので， 横浜で京急に乗り換える． 0950 快特で京急横浜発． 上大岡で普通に乗り換えて 1005 杉田着． せまい商店街路地を歩く．
• 1015 地球フロンティア 独房群着． 私は以前ここの計算傭兵をやっていた …… ならば今回は計算義勇兵としてやってきたわけか? 玄関を回避する経路は知っているんだが， 研究者棟にもぐりこむためのカードキーもってないんで， 正面突破するしかないのか． 受けつけのおねーさんの手をわずらわせて 生体系変動予測領域 の Dennis Dye さん呼んでもらう．
• Dennis さんに案内されて生態系グループ収監区画へ． 独房といっても下っぱ傭兵たちはパーティション (といっても 4.5 畳ぐらいはあるんだけど) 内に． 皆さんにご挨拶． 今回， 私をここに呼んだ Dennis さんはグループ長なので 個室を使っている．
• 機を見るに敏な佐藤さんのすばやい森林モデリング議論を まだ計算・作図が片づいてないんで， 空き部屋でそのつづきを． 生態系グループにはまだまだ空き場所がある …… が， ここで計算傭兵として働きたいと考える生態学者があまりいないので， こういう状態は継続していくんだろう．
• 昼飯くってから， Dennis さんと研究相談開始． えーと， 私に宿題として与えられていたのは， こういう林冠射影システムを構築して ……

[円盤状葉群]

林冠がホントに傾いてるわけではなく， こういう射影林冠によって 「ナナメ上に光源があるときの光減衰」 の様子を計算してる状況を図示したもの． 葉群にぶちあたると光柱が削りとられる， という電算機図による比喩表現．

• こいつを全天に配置された光源すべてについて計算していって， こういう結果を導きだすこと．

[少し曇った日にこそ]

林冠の光合成速度が最大化される， という計算結果． 単純化のため温度・蒸散まったくかんけーナシ． かんかんに晴れていて， 直達光成分ばかりだと林冠の 「光利用効率」 が低くなるのである (LAI とかによるけど)．

• Dennis さんは生態学者というより， リモートセンシングの専門家でおもに biogeochemistory の学会とかに出没するヒトであるけれど， こういう問題を思いつくぐらいなので 光分布とか光合成に関しては私などよりよほど詳しい．
• で， 私の仕事は彼の意図をつかんで， それを計算システムのかたちにまとめあげていく， という部分 …… 今回は単純な問題だったんで， ほぼ先方のネラいをつくことができたよーだ．
• ひととーり解説して， これでヨシということになったんで， この prototype を実戦に使える方向の検討をススめる …… 天球光分布に関して北米某所で観測され続けている データを使ったもの， に置き換えて計算してみることを第一の目標とする． 林冠構造については， とりあえず現在の単純化されたモデルを使うことに．
• また彼は visualization 重視するヒトなので， 三次元作図に関して私が思いつかなかったアイデアをいくつか． 計算下請け業者の手際よい使いかたを， よくよくご存知のよーで．
• 本日相談すべき案件はすべて片づいたので， 皆さんにご挨拶してから 1550 独房群発． 1605 京急杉田発． よーし帰宅ラッシュとかにはまきこまれずにすみそうだ． 羽田空港まで 590 円． 上大岡で特急に乗り換えて 1610 発． 羽田行き急行に乗り換えて 1635 京急蒲田着． 1645 羽田空港着． ANA チェックイン機に AIRDO 航空券つっこんでみるが …… 便は早いほうに変更されたんだけど 1815 発， ということで出発まで一時間ちかくある． 羽田空港内うろうろする．
• 今日は東京まわりで風速 31m/s が観測されたとかで， 飛行機やりくりが遅れてるよーだ． 1820 地階発で空港内バス旅行に出る． 強風のため成田に着陸できなくて羽田に逃げてきた 外国航空会社の機体をいくつか見かける． 1825 AIRDO 21 便 B767-200 (3 号機) taxing 開始． 1830 離陸． Venables & Ripley MASS 本とかながめてるうちに 1950 千歳空港着． 昨日押収されてしまったナイフをうけとり， JR 快速エアポートにのって 1904 同発． 2040 札幌着． 買い物などしてから 2000 帰宅． はあ， これで 2 月末- 3 月上旬の期限つき下請けぎょーむは 一区切りついたか． 脱力． 晩飯．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 東横インの無料給食． にぎり飯． 味噌汁．
  • 昼 (1150): 独房群カフェテリア． A 定食 (本日は豆腐あんかけ) 340 円．
  • 晩 (2300): 米麦 1.0 合． ニラ卵とじ．

2004 年 03 月 12 日 (金)

• 0850 起床． うう． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 曇． 0940 研究室着．
• 1000 論文セミナー， 本日は西村さんで， 欧州アルプス南の湿原の植生とけみかるな状態の対応について． この分野に瀕出する多変量解析というか多変量射影術の基本と使いわけが 多少は理解できるようになった …… が， どうしてこの著者たちは一回やればすむはずの計算を何回も何回も 繰りかえしてしまうんだろうか?
• で， 終ったらまた Matt の熱帯林計算問題にまきこまれる …… 切断分布の推定ができない? それってももともとの上側 BA とかの計算まちがってるんでは， というような指摘．
• 東京みやげを自宅に置き忘れてきたんで， 取りにもどってついでに昼飯． また研究室にもどってきて， そのお菓子一個とともに雪野さんに航空半券提出． 甲山さんに出張報告とゆーか出張雑談． 北大生協にいって修理なった ThinkPad X31 受け取る． なんでも輸送中にがたがたゆられたせいか， 起動不能という 「現象は再現されませんでした」 とのことなんだけど， 「予防交換」 とやらで主基板と鍵盤が交換されてしまった． まあ， 動けばいいや． そのまま郵便局に行って， とあるヒトへの借金を現金書留にて送らねばならぬことに． 送金 7000 円に対して手数料 500 円 + 二重封筒 20 円．
• 研究室にもどって X31 が問題なく動作するのを確認． ThinkPad 240Z → X31 に rsync かけて作業場を移す．
• 東京・横浜出張の余波あれこれ． 加賀屋さんからはデータ格納方式の見本が送られてくる， Dennis さんからは林冠射影問題の議論の続きが送られてくる ……
• しかし時間のたいはんは， なぜかしら Matt の熱帯林めんどう計算問題の解決にあてられてしまった． いろいろヒネくったあげくに， 最終的にはわりと単純な関数型にて 切断分布がだいたい推定できたよーだ …… 分散の関数はまだ systematic にズレてるようですが．

[くとうのあと]

かとーオフィスの白板に書き散らした数式の一部． 今回の BA 分布推定問題では， 明確に下限のさだめられた切断分布 (つまり条件つき確率分布) を推定せんといかん， という状況だった． 別に難しくはないんだけど， 不注意ミス混入する余地がいろいろあって， ですね ……

• 1850 研究室発． 研究室の追出コンパ一次会は研究室から歩いて 5 分， というか私の通学路の途中にある和食屋だった． 以下は翌日に摂州方面に送られた報告の一部改編したもの; 皆から愛されているとあるヒトの相転位現象に焦点があてられている:

  以前は銭湯「江札湯」があったところは いまや和風居酒屋 (やや高級感演出) になってしまい，そこで豚肉しゃぶしゃぶの一次会でした． 目撃者のハナシによればワインなどかなりお召し上りになってしまって， ですね …… ○○さんウォッチャーたちの 「追いコンで相転位が発生することは間違いないけれど， それは二次会以降であろう」 という事前の予測を上まわってしまいました． 一次会終了時点でのご様子は， 外形標準的には泥酔したヒトかつ 彼女らしい言動の増幅というかんぢに近いんですけど， ときどき数十秒間正気になったり， また元にもどったり，と振幅の激しさが観察されました． で，二次会に行く・行かない発言もころころ変わって北 12 条駅の階段を 上がったり下がったりすること数度． 最後は 南北線 に乗ったんですけれど， すすきのでは下車拒否して， そのまま自宅とは反対方向の真駒内方面へ ……

  どうなってしまったんでしょうか． つきそいの浦口さんがいたからだいじょうぶだとは思うんだけど．
• 二次会はすすきの nouvelle e·mi·si なる居酒屋． 私は片隅でえたのーる free な液体をなめつつながめていたんだが …… そうですね， かとー先生絶好調， というところでしょうか． かとー直観主義の世界が展開していって， それに不慣れな連中は錯乱するばかり． 札幌市営地下鉄南北線に乗って 2350 すすきの発． 2400 北 12 条駅着． 雪とかふってるなぁ． 2405 帰宅．
• [今日の食卓]
  • 朝 : 食ってない．
  • 昼 (1230): 一時帰宅して昼飯． 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・シイタケの炒飯．
  • 晩 (1900): 北11西3 (もとは銭湯「江札湯」あったところ) の創作和食屋 (というかなんというか) 「ひだまり庭」 (web site が ない?)．

2004 年 03 月 13 日 (土)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー．
• 脱力な土曜日 …… って， 今週だけじゃなくいつものことか．
• 1530 自宅発． 曇． 古本屋とかふらふら． 1700 研究室着． 札幌ドームにわざわざ コンサドーレ 開幕戦を見にいった宣教師殿が， 試合の流れを変えた「誤審」 やった審判を呪殺せんとしている． おそるべし．
• 仕事ススまず． 何しにきたんだと思いつつ 2030 研究室発． 2040 帰宅． 晩飯． 平和なる完全怠業日．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 「北欧」胡麻パン．
  • 昼 (1330): チンゲンサイ・シイタケの卵炒飯．
  • 晩 (2200): 米麦 1.0 合． チンゲンサイ・タマネギ・エノキダケのカレー．

2004 年 03 月 14 日 (日)

• 0840 起床． 朝飯． コーヒー．
• さて， 怠業はどこまで継続するのか?
• 1300 自宅発北大構内走． ちょい雪． 1340 帰宅． 昼飯．
• 1500 自宅発． 曇ちょい雪． また古本屋とかふらふらと． ここしばらく出費が続いていたんで手持ち現金がなくなりつつある． 徒歩で札幌駅南まで行って ATM へ． 1700 研究室着．
• メイル書きに時間かかる． 2130 研究室発． 2150 帰宅． 体重 73.8kg．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1310． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・タマネギ・エノキダケのカレー．
  • 昼 (1355): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・タマネギ・エノキダケのカレー．
  • 晩 (2320): 米麦 0.8 合． コマツナ． キャベツ・豆腐・ホタテ・コンブの味噌汁．

2004 年 03 月 15 日 (月)

• 0830 起床． 朝飯． コーヒー． 0910 自宅発． 晴． 0920 研究室着．
• 一日中， 種子発芽問題にとりくんでた． この問題は難しく， さらに R だけでやるのもてくにかるに難しい面あれこれ．
• なンで R だけでやろーとしてるかというと， Unix 系以外では Perl 実行環境はヘボいから． あ， しかし MacOS X は Unix 系だったか．
• R によるデータ変換作業， というのはなかなかに難しく， 効率良い作業やらせようとすると難しさが倍加する …… 誰か Effective R というような本を書いてくれんだろうか (そんなのは出版されるみこみゼロであるけれど)． この言語上では巨大データ扱われること多々あるのに， むやみにデータの複製が発生しているようで， なんとも気色わるい．
• ついでに言うと， いつもながら xyplot() 系という便利なんだけど難解な作図関数にはナヤまされる． 今回の進歩としては， panel.superpose() の使いかたと， par.strip.text まわりが少々わかってきた， というところなんだが …… 前途遼遠． しかも xyplot() でどんな複雑な作図でもコナせるわけでないのかも， という気もしてきた． 何もかも panel に渡すわけにはいかんよーなので． ということで， par(mfrow = ...) とふつーの作図関数の こんびねいしょんワザでやっつけたほうが速いかも， と考えてる作図問題もあったり．

[xyplot()]

こーいうものです． R では作図機能が重視されている． これは統計学的な問題解決には (とくに Tukey 以来の探索的データ解析の文脈においては) 「良い図を作る」 ことが本質的であるからに他ならない． 一方で， ヘボい図を作って「にせ相関」にだまされたりする場合も多々あるわけだが ……

• で， データ変換・作図に見とおしがたってきたんだけど， 統計モデルの推定がこれまた難しい， ということに気づかされてきた． この種子どもめ …… というか， 私がこの現象をよくわかってないんだな． どうやら， 単純に Logistic 回帰的にやるのはマズくて， むしろ Poisson 回帰的な計算をやったほうがよいのかしらん? あまり変わらんかな?
• 当講座の種子発芽問題の権威たる下野さんにお尋ねしたところ， 少しは勉強しなさいよとゆーことで 解説論文を貸していただけた． これは 1984 年のものでありながら， こんにち使われている数理モデルの多くを網羅していて， ですね …… なるほど， いわゆる生存解析のごとき手法は使えるわけだが (ただし， 下野さんいわく「現在でも使ってるヒトはほとんどいない」そーで)， めんどーなわりにはご利益ウスいような． しかし数式をながめてるうちに， 比例ハザードモデル っつーのは私が使おうかどうか検討していた offset つき Poisson 回帰のそれに近い (平均値の定式化は同じ)， ということがわかった．
• しかしデータ変換と作図でチカラつきたので 2040 研究室発． 2100 帰宅． 体重 73.6kg． 晩飯．
• で， さっさと寝ようとしたんだが …… ネット本屋 Amazon からとどいた ``The future is wild'' が面白くて夜更ししてしまった (そしていま調べたら日本語版のほうが安かったぢゃないか! -- 後記: 私が買ったのはペイパーバック版だったんで訳書より安い)． 100 年後の未来とかそれほど見たいとは思わんけど， 2 億年後の生物たち， ってのは観察してみたいもんだ．
• [今日の運動]
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0850): 米麦 0.7 合． キャベツ・豆腐・ホタテ・コンブの味噌汁．
  • 昼 (1530): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． コマツナ． R にヤられていて昼飯食ったのが こんな時間になってしまった．
  • 晩 (2210): 米麦 0.7 合． キャベツ・豆腐・ホタテ・コンブの味噌汁．

2004 年 03 月 16 日 (火)

• 0850 起床． 朝飯． コーヒー． 0930 自宅発． 晴． 0940 研究室着．
• 今日は何やら進展のない日だった． やったことは: 短い書類かき (1 時間ぐらい)， メイルやりとり (2 時間ぐらい)， Matt の熱帯林計算こんさるたんと (1 時間ぐらい)， カエデ原稿あれこれ (1 時間ぐらい) …… 北大構内走・昼飯・雑談・ぎょーむ日誌・その他雑用 (釧路大会関係とか) 集計しても 3 時間ぐらいか． これら全部で 8 時間ぐらい． しかし， かとーオフィス滞在時間は 10 時間ちょいなんで， 2 時間ちょいがナゾの消失をとげている． うーむ? 計算とかプログラミングとか何もやってないのになぁ． 1 時間は完全怠業していたとして， 残り 1 時間ちょいは? ほんとにナゾ．
• カエデ原稿を latex2rtf にかけてみた． latex2rtf するまえに *.aux & *.bbl ファイルなどを make とかで生成しておく． 出力された RTF ファイルは投稿用というか受理後の印刷原稿用には十分， というかんぢだ． ただし別行数式と図表はかなりダメ． しかし印刷原稿用なら問題ない …… というのも， どうせ MS 数式オブジェクトなどという 奇妙な埋め込みデータなんかは 印刷屋さんが削除するからだ (とはいえ， ちかごろの数式掲載の書籍にはこれを修正せず そのまま使ったものが 散見されるけれど …… 学術誌ではまず見かけない)． そして RTF はテキストエディターで自由に編集できる (私はバイナリーファイルだと思ってた)． すくなくとも Vim では OK で， これで開くとタグが色つきになる．
• ``The future is wild'' を講座お茶部屋に置いといたら， けっこうウケた． 植物生態学の研究室だけあって， みなさん 2 億年後の植物がどうなってるか気になるそーで．
• 今日は何をやったんだろーかと思いつつ 2050 研究室発． 2100 帰宅． 晩飯．
• ともかく先週の東京-横浜出張が片づいて， きあいぬけてる． 明日以降やらねばならんこと:
  • 発芽モデリング -- できるところまでさっさとやってしまう
  • 直径成長モデリング -- 「3 月ちうに」 なる林長殿要請あったしなぁ
  • 訪花データ変換したうけ -- R によるデータ変換なかなか難しい， と思う今日このごろ
  • 査読報告 -- 3/19 まで
  • アカマツ論文原稿改訂 -- これもはやくせんといかん
  • 釧路大会雑用 -- 要旨入力画面「かすたまいず」 その他 やる気なし雑用
  順不同ですよ順不同
• 電話代 1952 円． 電気代 2543 円． やはり冬は電気をたくさん使ってる．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1310-1345． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0910): 米麦 0.8 合． キャベツ・豆腐・ホタテ・コンブの味噌汁．
  • 昼 (1400): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． レトルトパウチドカレー．
  • 晩 (2140): 米麦 0.8 合． チンゲンサイ・タマネギ・豆腐の炒めもの．

2004 年 03 月 17 日 (水)

• 0700 起床． 朝飯． コーヒー． 0820 自宅発． 曇． 0830 研究室着．
• さっさとデータ解析あれこれやってしまいたいなぁ， と思いつつ査読ぎょーむに先に着手してしまう． 明後日がしめきりなもんで． いやはや． で， やはりというか， 読むほどに時間のかかりそうな予感がつのっていく．
• 今年も 11 月末に統計学 授業 やらねばならんことに． しかも回数は 2 回に減った (講釈師密度が増加したため) …… 2 回で何を説明すればいいのか．
• 講座の ThinkPad 240Z の AC アダプターが見つかりません， って? ふーむ． ちょっとそのへん探してみたけど見つからづ --- 夕方になってかとー先生から連絡いただき， これは Matt が持ってるとわかった． 彼の ThinkPad の AC アダプター壊れたんで， その代替ということのようだ．
• 1300 北大構内走． 曇ちょい雨． 昼飯．
• 昼飯後も査読つづき ……
• いきなり atlas なる会社から腐れたゑくせるファイル送られてきた， と思ったら …… まーたまた釧路大会関係とゆーか J-STAGE がらみだった (たぶん J-STAGE のしたうけ)． 生態学会大会の初期設定用ファイルって， いまさらなんじゃらほい． Linux 上で Gnumeric でもって解毒してみたんだけど …… 本来ならばたいして複雑でもない構造のデータを， ケイ線ぐちゃぐちゃのゑくせるファイルなんかにするのは， よせ． 人間 & 計算機プログラムの双方にとって読みとりづらい． 手作業で入力する気なのか? 日本のあいちーびぢねす業界って何なんだろーね …… なんで「Web エキスパート企業」を僭称してる会社が， ゑくせるなどという特定のソフトウェアに依存したファイル (しかもメイルで) 送りつけるわけ? 爆弾テロか? いんたらくちぶな web site 構築する技術もないのか? Web application server ってコトバ知ってる?
• ともかく， 私は Cc: になってたんで， 受け取らなかったふりをしてやりすごそう． 関与したくないねえ．
• 「ケイ線ぐちゃぐちゃ」 は本邦の伝承芸能であり， お役所・企業のみならず 研究者の中にもこのスタイルを愛用するヒトいるんだが …… なんというのか， こういう無意味な偏執が 社会全体ですげー効率さげてると思うよ． 先日提出した科研費の報告書も， 紙面上ハコだらけでヒサンというかなんというか． LaTeX 科研費マクロ のおかげでずいぶんと助かったけど．
• 1915 査読報告提出． ふう． 今日はこれで一日が終ってしまったか． ともかく， 「楽しくない」系の仕事はひととーり片づいた． あ， 釧路大会雑用が残ってたか． これはしばらく放置だ．
• 1940 研究室発． 2000 帰宅． 体重 74.2kg． なンか太ってるなぁ． なぜだろう． 晩飯．
• 自宅で休眠状態にあった ThinkPad X20 の復旧作業． お， これまで boot 時に BIOS が ``Fan Error'' とか警告してたんだけど， なぜかしらそれが止まった …… 計算機って放置してたら自動修復するものなのかしらん． 2420 消灯．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1300-1330． ストレッチング．
  • 腹筋運動 30 × 3 回． 腕立ふせ 3 × 3 回．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0840): 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・タマネギ・豆腐の炒めもの．
  • 昼 (1350): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.7 合． チンゲンサイ・タマネギ・豆腐の炒めもの．
  • 晩 (2230): 米麦 0.8 合． キャベツ・エノキダケ・タチのシチュー． タチ とはスケソウダラの精巣． 北海道ではふつーに売られている．

2004 年 03 月 18 日 (木)

• 0740 起床． 朝飯． コーヒー． 0840 自宅発． 曇． 0850 研究室着．
• てぎわよく片づけねばならぬハズの種子発芽問題にとりくむ． 実験条件に対して意外と複雑な応答を示すらしい， とわかったんで， まずはそのあたりを明らかにするための作図プログラムを作る．

[複雑なる現象を整理する]

R による作図． 状況がよくわからぬまま統計モデルあてはめることはできんからね． こういう面倒そうな作図に関しては， たしかに R は便利なプログラム言語といえるなあ． コードも短くまとめることができるし．

• お，雪がふってる．
• 作図によってだいぶわかりやすくはなったんだけど， 統計モデルのあてはめはなかなかヘンだ． まあ， モデルがよくないわけだが …… しかし， これって一般化線形混合モデルが使えない， というか glmmML() ではうまく計算できない例なのか? mixed model でかえって 尤度とかかなりよろしくない， という状況なんだよね． start.sigma とかにも依存するし． うーむ
• 1600 すぎ苫小牧の村上さんが見えたので， お茶部屋で雑談など． お， 地震 か． 札幌では震度 1 ってことだけど， ここ A 棟 8F では震度 3 弱ぐらいのゆれ．
• とくに匿名を希望する料理人氏がとつぜんに ギョウザぱーてぃの提案． なンでも来月から内地で料理修行の旅に出るので， という趣旨のよーで． とーとつだなぁ． 1850 研究室発． 地下鉄北 12 条駅から 10 分ほど北上して北 34 条駅着． 料理人氏自宅はここから近い．
• ギョウザ作製労働． 合計 180 個． これを 7 人ばかりで食ったわけで …… いやー， たんのうしました． 他にも棒々鶏・ナムル・中華ふう冷奴・ダイコンサラダなどなど．

[ぎょうざ]

左はとくに匿名希望する料理人氏宅の壁にびっしりと はりつけられている映画のチラシ． 右はちょっとコゲてしまったギョウザ， 最初の 20 個．

• 2500 料理人氏宅発． かなり寒い深夜， 広大なる札幌市北区 (のごく一部) を北→南と縦断して 2535 帰宅．
• [今日の運動]
  • 北大構内走 1310-1345． ストレッチング．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0750): 米麦 0.8 合． コンブサラダ．
  • 昼 (1400): 弁当． 研究室お茶部屋． 米麦 0.8 合． キャベツ・エノキダケ・タチのシチュー．
  • 晩 (2230): 料理人氏宅でギョウザぱーてぃ．

2004 年 03 月 19 日 (金)

• 0850 起床． えーい． コーヒー． 0920 自宅発． 雪． 晴れてるけど． 0930 研究室着．
• 発芽問題， 一般化線形混合モデルからは撤退して， 一般化線形モデルだけで始末しよーかな， と検討中． この問題はホントのところは混合モデルであつかうべき状況 だと思うんだけど …… glmmML() が計算してくれたランダム変量の期待値が処理ごとに偏っている． おそらく「シャーレごとにばらつきがある」 という仮定が適切ではないんだろーな (それからモデルはやや複雑であるのに対して 使えるデータ数もびみょーな気がする)． むしろ 「種子ごとにばらつく」 というのがマシな考えだという気がするんだけど， これはちょいたいへんになるんで， 今回は見送るか， というところ．
• で， glm() による予測と実際の発芽数を比較すると …… とりあえずの近似としては， まあまあよくできてんぢゃなかろーか， ということで． 残ったパラメーター数は 4． これをいろいろな日数にかけて合計したものが， この統計モデルの線形予測子である．
• しかし 95% 信頼区間なるものを描画してみると， 明らかに overdispersion になってる …… いや， あるいは必要な変数が入ってなくて線形予測子が不適切である， とか． しかしもうこの実験に関してはどういう変数いれたらよいものやら．
• というような検討で午前が終ってしまったんで， 北大構内走にでようとしたんだけど …… なんかたくさん雪が降ってるな． 走るのやめ．

[3 月の降雪]

今日の最高気温は +0.4℃， 真冬日にちかい．

• overdispersion な状況が気になってしょうがないんで， R で手軽な (つまり関数を自作せんでも結果が得られる) 方法をしつこく試してみる．
• 一般化線形混合モデル glmmML() ふたたび． 今度は各シャーレだけでなく， 各観測日でもランダム変量が入る， と仮定するモデリング …… お， 今回は呪われぎみな状況に陥らずに最尤推定値が得られたぞ． よしよし．
• しかし， 問題あれこれ存在することに気づいた． まず glmmML$frail が処理ごとにひどく偏ってる． で， これの線形予測子と発芽数の関係を調べてみると …… やはりダメだな．
• じゃあ別の一策として， Poisson → 負の二項分布の置き換えを考えてみる． MASS ライブラリ中の glm.nb() を使ってみたんだけど …… なるほど推定結果そのものはよくなる． Variance は Poisson で期待されるときの 約 1 + 2μ 倍だ (θ = 0.53)． しかし， この関数というかオブジェクトって， offset つけた状態で stepAIC にほうりこむと， いまいち挙動がヘンという気がする． まあ， あえて使うこともないかなぁ． ちょっと放置することに．
• さきほど混合モデル試しをやってるときに思いついたんだけど， 妥協案として treatment を独立変数としてふつーの glm() にほうりこんでみる． これは， いわば実験処理日数の足し算 & 引き算の組み合わせでは 説明しきれんかった非線型なる部分を押しこんでしまう項だ． で， やってみると線形予測子がかなり改善された． あいかーらず overdispersion ではあるけれど．
• で， この路線で報告をまとめてみる． 2045， できた． ばてた．
• 2130 研究室発． 2210 帰宅． 晩飯．
• [今日の運動]
  • うんどう休養日， でした
• [今日の食卓]
  • 朝 : 食ってない． 昨晩， ギョウザを食いすぎたせいか， あまり食欲がない．
  • 昼 (1530): 北大生協サンドイッチ．
  • 晩 (2240): 米麦 1.0 合． キャベツ・エノキダケ・タチのシチュー． まだ残ってる．

2004 年 03 月 20 日 (土)

• 0900 起床． 朝飯． コーヒー． いつものごとく週末怠業．
• 怠業ふりーづ， というか …… カラダ動きたくない状態． でれでれ． じつは昨晩とある古本屋で旧版 銃夢 8 冊 (#1-8) 800 円で入手したんで， それをながめていたり．
• 昨日はほうりだした発芽の一般化線形混合モデルをすこしばかり ヒネってみる …… treatment ごとの補正 & 毎日毎日のランダム変量で だいたいはうまくいくな． で， 前者の補正なるものも処理内容を数量化して線型結合すれば 表現できそう， というところまではわかった． しかし， まぁ， とりあえずはこういう複雑化はやらんでもいいでは， というかんぢ．
• というようなこと以外はなにもしないで， 一日が終ってしまった．
• [今日の食卓]
  • 朝 (0930): 米麦 0.7 合． コンブサラダ．
  • 昼 (1330): スパゲッティー． キャベツ・エノキダケ・タチのシチュー．
  • 晩 (2030): 米麦 1.0 合． ニラ卵スープ．