ぎょーむ日誌 2001-12-(11-20)

2001 年 12 月 11 日 (火)

• 0720 起床． やや不規則な生活．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー．
• 0750 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0801 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0830 京急上大岡発． 0845 研究所着．
• 齡コホートのみ「ニセ」アカマツにおいて， ぱいぷ逸脱な枝先端部が次第にぱいぴーになる過程を 決定論的モデルとして書き直す作業． サイズの小さい順に収束速度が一定となるように削減していく …… というふうにすればいいのかな． とりあえず割り算を一個減らせる．
• このあたりの元アイデアを以前にご教示してくださった 牧先生 からさらにいろいろとコメントをいただく． ご提案に対して， データが無いんで そんなにパラメーター増やしても推定できません， と当方の窮状もうしあげると， ほほほモデリングとはこうするものよと 先生の華麗にして富豪的パラメーター推定法の一端を教えていただいた …… データがたくさんあったら何をやってもいいんだ， というカタルシスを体験してしまった．
• 1130 死亡モデルの変更終了． なんとなくよさそうなカタチには収束する． しかし枝末端がどんどんアンバランスになっていくような気がするなぁ． 大量生産→大量粛正でむりやりぱいぷな樹木にされるわけだが． ちょっと極端すぎる． できごとの順番を少し変えたほうがいいんだけど …… さて， ここで観測と矛盾生じないように， よく考えないといけないんだよね．
• どうしたら良いのかよくわからないので， とりあえず昼飯．
• 昼からも試運転の続き． ちょっと細工して「ニセ」アカマツ構成部品が 現在の日本の総人口を超えてもさっさと計算できるようにしてみる． 速い． しかしなんか変だな ……
• わかった． Perl であつかえる整数には上限があるんだ． 1569268996 …… 15 億 7 千万か． だいたい毎年 4 倍ぐらいに増えるから 20 世代にいく前にこの数に到達する． どうしたもんだろ．
• 最初のころはともかく， いつまでもこの一定速度で増え続ける， ってのが問題なんだよね． うう． それなのに重量は 20 世代で 10-20 倍ぐらいにしか増え …… うん?? これはどう考えてもばぐだ．
• いつものごとくつまらんミスだった． 毎年毎年あたらしく生成される RedpineStemCohort に->SetDensity() で材密度教えてやるの忘れてた． まぬけだ． そして修正プログラムで計算させてみると …… 10 年間で 10 トンの純生産，か． 地球ふろんちあ的に解釈するならば， こんな妖怪じみた植物が増殖したら 一瞬にして大気中から CO₂ が消失して 地球寒冷化するわけだな． ともあれ， これで首尾一貫した結果出力になった． さてどうしたものか． 時刻は 1405．
• 時間とともに各コホートは ぱいぷ樹木になるという性質をいれてるから …… 根本のほうから猛烈に枯れ上がっているんだけどなぁ． しかし先端部では指数関数的増殖を食い止められないんだよね． うーむ．
• 根本方向で枯れが生じたら， それにあわせて「その先」も落ちるようにしてみるか? いまでも根本→先端への影響波及はあるんだけど， 徐々にしか伝わらないんだよね． どういう計算すればいいんだろう． 個々の部品間の親子関係ってのはやめたしなぁ．
• まぁ， 単純に考えて比例配分にするか． たとえば 下・上ふたつのコホートがあって， 下の面積が 10 で上の面積が 20 とする (上述のようにゆっくりとしかぱいぴーにならないので， こういう食い違いは生じうる)． 下で 1 死んだらその上では 2 必ず殺す， と (さらにぱいぷ教の教えるところに従い 残りの 9:18 という比率が 1:1 に近づいていく)．
• 1450 根本→先端への強い波及効果も含めた 死亡モデルができた …… おお， ぱいぷ教の呪いが体中をすばやく回ってしまうので 発散するばかりであった樹木部品個数の増殖に ずずーっとブレイキがかかった． パラメータいいかげんなんであいかわらず 地球に氷河期をもたらす植物ではあるんだが．
• 収束の時定数を少しあげると強烈にやせ細る (とはいえまだまだかさばるのだが)． これはなかなか …… 時定数 0.2 とすると個体 2213 の場合， 20 年目あたりでは材乾燥重量が 190Kg ぐらい (この値はホンモノよりかなり重い?)， 部品 (まぁ茎ということで) の個数約 17 万， なんと 16 万加入して 14.6 万死ぬというような回転なんだよね． ということで正味 1.4 万個ほどしか増えていない (重量的にも約 10% の増加)． しかしこの回転率は異常に速すぎるんじゃないのかな．
• 作図でもしてみるか． このあたりは以前の作図スクリプト (Perl+Gnuplot 連携ワザ) が使いまわせる．

こういう結果でだいたいいいんだけど (重量過大だけど) …… 実験区の個体のくせにあとから追いついてくるのがいるな． こりゃまたどうしてだろう．
• いろいろ調べてみて， バグでもなさそう， という結論． これでもいいんだけどちょっと見てくれが悪い …… そうだ， 成長曲線を少し曲げてみれば ……

だいたいこんなもんか． うまくいった．
• なぜ数の変化しか見てない個体群生態学的なモデリングが， 前の (一応はかーぼんばじぇっともどきを計算してみせる) 生産生態学的なモデリングと同じか それよりマシそうな計算結果を出せるのか． 先のモデリングは観測された個体の枝先を生産器官とみなして， その個体差だけに着目するものであった． そういった先端部にも実験処理の影響らしきものは出てるんだけど， 個体によってずいぶんと反応が異なっているので， その差異をうまくいかしたモデリングは難しい．
• 今回のはいわば個体全体のカタチがどう歪んでるか， に着目していると言える． 以前に図で示したように， 処理区によってこのパターンが異なっているのである (実験処理区の樹木たちは根本付近での成長が悪い)． そこでぱいぷもでるという呪法によって， この歪みを常に個体全体の部品増殖の時間変化に波及させることによって (成長の悪い部分が一種の「ボトルネック」になっている)， 実験区の個体は成長が悪くなるという計算結果を出している．
• 個体全体のカタチのデータを見たときに 「なーんだ，ぱいぷもでるって全然成立してないじゃん」 と考えてたのを 「いや，もし無理矢理にでも成立している， と仮定するなら樹木はどう成長するだろうか?」 と発想を切りかえたところが反攻の起点になっていたのである
• …… と対外的にはこういう一見もっともらしい一連の説明でよいのかな． 反攻といっても，全体としては「わー」と敗走中に ちょっと足を止めて一発喰わせてやった， ぐらいのもんだし． これ以上の成果拡大は全く期待できないので， このへんで落しどころをさぐらなくては．
• 今日はここまで， か． バグが残ってるとイヤなんで， まだ挙動点検せんといかん． 1810 研究所発． 普通に乗って 1820 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1830 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1850 京急川崎発． 1920 帰宅．
• また変な時間帯に寝てしまった．
• 今日の食卓
  • 朝 (0730): 米 0.6 合． ナバナ・マイタケの炒めもの．
  • 昼 (1205): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (2000): 米 0.6 合． キャベツ・ニンジン・切り干しダイコンの味噌汁．

2001 年 12 月 12 日 (水)

• 0700 起床． ちかごろ睡眠時間が不規則化しつつある． 眠い．
• 朝飯・弁当の準備． あ， 飯炊くの忘れてた． しょーがないんで弁当のぶんだけ炊く． シャワー． 朝飯． コーヒー．
• 0745 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0751 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 学位論文準備その他で私などよりよほど多忙な とーや師匠 (九大) から私のとあるへぼへぼプログラムに関するご教示をいろいろと頂いたので 再点検してみる． うーむ． アタマの痛い出来だったなぁ …… 作りかけたまま途中で放棄してる部分もあるし． かなりひどい．
• すぐに直せるところは少し手をいれて …… 個体群動態的なる新「ニセ」アカマツ運転試験のつづき．
• いらないコード削る． 確率論モデルのごまかしによって高速化してた部分とか (これは億とか正気ではない数が出て来なくなった時点で すでにコメントアウトしてた)． これで多少は遅くなるけど問題ない． 到達重量からみて数万個程度の部品を操作できればよい， とわかってるんで．
• まぁ， ボトルネックならぬぱいぷねっくというアイデアは それほど悪くなかったよーで． ホントに「カタチ」だの通導太さだのが 成長を律速してるのかどうかはわからないけれど．
• なんかつまらんバグとかまだ残存してそうな気もするけど， いろいろ動かしても特に問題なさそうな気もするし …… と思いつつ午前中終了．
• 昼から計算結果をきれいに整形する Perl スクリプトたちの改善に取り組む．
• Perl でよく使うワザとして

	my $name = "kubo";
	print <<END_OF_BUFFER;
	NAME: $name
	Location: Dokubo

	mail: $name@jamstec.go.jp
	END_OF_BUFFER

とすると

	NAME: kubo
	Location: Dokubo

	mail: kubo@ees.hokudai.ac.jp

というような出力が得られる便利な機能がある． これって print に渡すんではなくて， いきなりスカラー変数に代入できるんだねえ． my $buffer = <<END_OF_BUFFER; というふうに． 知らなかった (けど，そういう機能があるのでは? と期待しつつ試行錯誤してたら発見できた)．
• このあたりを利用して作図スクリプトなど修正してみる． 線ごとに個体番号を自動的にくっつけるようにしてみた． 線が混んでるところであまりラベルが重ならないように 座標計算を少しだけ工夫．

• さて， では他の論文の図・表は …… うう， 壊滅状態だな． 全部作り直しか． まぁ，表作成は半自動化されてるから， そんなに手間ではない． 図については， もともと上に表示してるのだけが重要で， あとは概念説明の図だったから …… うう， モデルが別モノになってしまったんで そういうのは全部描き直しか?
• そうそう RankCohort ってのが重要だったんだよね， 以前のやつは …… と思いつつそのへんの tpng ファイルを削除． この tpng なるは Unix 系でよく使われるドローイングソフトウェア． 近ごろは cygwin 上でも動くとか．
• うーん …… 表が前とはまったく別物になりそう， と表生成コードを大量粛正しつつ検討する． 以前のは枝の先っぽの重さがどうとかそういう 表だったんだよね． もしかしたら表はいらんのか? いや， まったく別モノが必要なんだろうなぁ．
• 使途がはっきりしないのに， こういう図を作ってみたり．

[個体#3043のカタチ変化] タテ軸はその茎が何年目に生まれたかで (下が根本方向，上が先端方向)， 横軸はその齢ごとの合計断面積 (意味不明な量ですが) を計算したもの． まぁ，時間とともに枝は伸びて幹は太くなる， というような図だと思ってもらってもいいんですが …… 「下」のほうは常に太ってるのに， 「途中」はいったん太ったのが痩せてるのがわかりますね． これがぱいぴー制約というやつです (おお，いつの間にかこの造語が定着しつつある …… おもに私の内面で)． つまり「下」に合わせよう， として痩せてるわけです．

• あまりアタマは使わないで午後の作業おわり． 1750 研究所発． 普通に乗って 1800 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• 今日は晩飯後もそれほど眠くならない． ひょっとしてアタマを使わなかったせいか?
• ぎょーむ日誌に「◯大式統計学」とか「割り算は間違いのもと」とか 怪しげなことばかり書いてたのを， ドミニコ会ベルナール某のごとき粕谷さん (九大) に見つかってしまい， 私は身の潔白を申し立てるために 世を騒がすつもりなどなかったのですと釈明するメイル書かねばならぬことに． とはいえ， 粕谷さんもまた割り算にかぎらずあれこれ怪しげな操作によって 算出された変量を用いたデータ解析にはかなり懐疑的なようで (いつものごとく最節約的な情報密度の高い文章を送っていただいたので， このあたりは私の勝手な解釈)．
• 今日の食卓
  • 朝 (0720): うどん．
  • 昼 (1220): 弁当． 米 0.8 合． キャベツ・タマネギ・エリンギの炒めもの． というかキャベツが多いんで煮物に近い．
  • 晩 (1920): 米 0.6 合． キャベツ・タマネギ・エリンギの焼きそば．

2001 年 12 月 13 日 (木)

• 0700 起床．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0745 自宅発． 曇． 雨が降りそうだ． 特急に乗って 0750 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• うう． なぜかいつものようにさっと何かを始められない． 「ニセ」アカマツにかんして 狙いどーりの計算結果だせるとわかったんで 脱力モードか?
• 午前中いっぱい使って， 下のような図を個体ごとに自動的に生成する gnuplot 連動 Perl スクリプトを作る． なぜ自動作図を重視するのかといえば， 解析結果・計算結果なんぞというものはモデルを変更すれば いくらでも変わってしまうので， そのたびにグラフ作成ソフトウェアを手動操作して …… という作業を繰り返すのはまったく耐えがたいからだ (しかもあの憎むべき電気鼠にたくさん触らなければならない!)． 「なまけるための手間なら惜しまない」 というふうにしておかないと， 今度はモデルの改良のほうがおっくうになるので たいへんに危険なのである． なにしろ， 私は自分の構築したモデルが まるで信用ならないと認めるのに何のためらいもないのだから．

• さて， 上の図はべつに何の変哲もないよくあるような …… と思うだろう． 図中で cm2 だの 105 だのが使われていることに 着目していただきたい． これを gnuplot に生成させようとするならば 多少の工夫が必要である． こういう上つき文字の出力方法について 以前に gnuplot 使いの院生の人に質問されたけどわからなかった． ということで， ここにいわばその宿題の解答例を書いておく．
• まず term の指定だけど， これは

	set term postscript eps enhance 24

というふうに指定する．最後の 24 は フォントサイズである．
• X 軸のラベルは

	set xlabel "total area (cm^{/Helvetica/size=16 2})"

というふうに指定した． つまり ...^{...} と書けば上つきになる (…… gnuplot 歴 8 年にして初めて知った …… !)．
• 目盛の 10x の部分も同様である (こういうのをいちいち手で書いてるといらいらするので Perl による助けが必要不可欠なのである)． あと title (図では age 04とか書いてるところ) を修飾しようとするとバグなのか仕様なのかかなりレイアウトが 変になるので， オンラインヘルプで help key として その項を熟読し，

	set key left Left samplen 2 width -1

というふうに直してやらないといけない． width -1 というような 謎の値指定に関しては試行錯誤で求めるほかない …… ようだ．
• さらに改善したい人は web page 検索エンジンで gnuplot superscript xlabel というようなキーワードを使って調べればいいのかもしれない． 私は Quick Guide to GNUPlot という手短なまとめなんかを参考にした． インドの このペイジ もよさそう． さっきの X 軸ラベル指定は /Helvetica/size=16 ではなくて /Helvetica=16 と書いたほうがよいのかな?
• ということで， gnuplot 謎解きと作図プログラミングだけで午前中終了． 弁当はまたキャベツ炒めものか． 一個 80 円のキャベツで一週間ぶんの野菜炒めが作れるのは 経済的ではあるけれど．
• 先週の種生物シンポ発表準備を英雄的にも gnuplot で行った 都立大の 小澤さん の研究日誌を拝読すると …… やはり Adobe Illustlator による修飾が必要でしたか． 私も大学院生のころは Mathematica 出力を直すときに この Postscript 世界における万能ソフトウェアのお世話になったもんでした．
• ともあれ， 午前中で gnuplot による自動化ぱいぷもでる宗教画プロットは終了． もし論文の図として使うなら， あとは LaTeX ファイルに \includegraphics{...} で取り込んで自在にレイアウトすればよいだけだし．
• 表生成 Perl スクリプトを少し修正してみる． これは LaTeX との連動である．
• しかし， どういうふうに表を作り直すか， という腹案もないので …… 気がつくと 雑談メイルを丁寧に書き上げてみたり， 当面は関係ない統計学本など熟読してみたり． うーむ， 逃避だ．
• 久しぶりに「ニセ」アカマツドラフトを取り出してみて， どういうふうにとりまとめを変更するか検討してみる． なんかずいぶんと簡単になるなぁ． 前のモデルの中核的な概念であった 生産効率 production_rate と 茎階級コホート RankCohort が 二つながらに無くなってしまったんで． まぁ， これでずいぶんと説明はラクになるだろう． ぱいぷもでるなんぞという他人の創作した虚構に依拠して 何かを述べてみせる， というのはそれなりに腹立たしいことではあるが．
• いらん説明をどんどん削除してみる． そうそう， stem.type ∈ {main, sub} とか stem.rank_class ∈ {rising, fixed} とか あったなぁ． せっかくでっちあげたこのへんのアイデアも全部廃棄か …… こういうのを削除してしまうとホントに何も残らない． さすがは中核概念， とでもいうべきか． つまりほとんど一から書き直しということだ．
• 粛正につかれたので撤退． 1840 研究所発． 普通に乗って 1810 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 1900 帰宅．
• いかん， 晩飯食ったらまた寝てしまった．
• 今日の食卓
  • 朝 (0710): 米 0.6 合． キャベツの味噌汁残り． 卵焼．
  • 昼 (1230): 弁当． 米 0.8 合． キャベツ・タマネギ・エリンギ炒めもの．
  • 晩 (1930): 米 0.6 合． キャベツ・タマネギ・エリンギ・ニンニク茎の雑炊．

2001 年 12 月 14 日 (金)

• 0730 起床． ちょっと寝坊気味．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0800 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0811 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0840 京急上大岡発． 0855 研究所着．
• 今日は「ニセ」アカマツ仕事ではなく， 査読ぎょーむを片付ける予定である． 今年 6 回目の査読． 私のところに回ってくるのは たいてい変な統計学的手法を含んでいるので， まずはそれがまともかどうか検討しなければならない． 今回の論文原稿ではカテゴリカルデータを無理矢理に数量化， というごく基本的なミスをやってるのが すでにわかっているんだけど．
• ざっとひととーり読んで午前終了． 統計学的モデリングの部分は把握した． 多変量データの解析なんで難しいのはわかるんだが …… ちょっとヤバそうなところがいくつかある． 意味不明な検定法の使い分けとか， 多重共線性 疑惑な独立変数たちとか， 確率論的な根拠の無い lumping とか． おそらく手法をよく理解しないまま使ってるんだろうな． さて， どうしたもんかね， と思いつつ昼飯．
• 昼飯食ってから手もとの統計学本など調べてみる． ネット上での統計学的手法解説ペイジなんかも なかなか便利ですなぁ．
• 1430 文献調査終わり． やはりこの方法論は問題アリだな． とわかるとそのあとのでぃすかっしょんとか まじめに読む気がしないんだよね． たぶんも一人いるはずの査読者もモデル屋ってことはないだろうから， その方面はそちらにおまかせするか．
• さて， どこまで丁寧にコメントを書かねばならないのかねえ． 基本的なところから説明しないといけないわけ? いくらなんでもそこまでは ……
• 面倒だなぁ， と思ってるといつまでたっても終らないので， とりあえず要点を列挙して査読報告を書きはじめてみる．
• 夕方に安岡さん (領域長つまり中ボス) が来て， 「今年の成績表」を配布． 私は 5 段階評価の 3． まぁ， 今年度でクビ， ではないということ． もうちょっと大きなスケイルのモデリングやるよーに言われる． そりゃあ無理ですよ， と思ったんだけど先日受講した衛星データ講習会の内容をふと思い出す． あれを悪用すれば何かできるかも ……
• 査読報告作成， まだ問題点列挙すら終ってないけど撤退． 1820 研究所発． 普通に乗って 1830 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1840 京急上大岡発． 1920 帰宅．
• うーむ， 査読報告完成しないままに寝てしまった． 〆切は 2 週間後だけど．
• 今日の食卓
  • 朝 (0740): 米 0.6 合． キャベツ・タマネギ・エリンギ炒めもの．
  • 昼 (1230): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1940): 米 0.6 合． 朝と同じ．

2001 年 12 月 15 日 (土)

• 1130 起床． 週末惰眠．
• 風邪気味の甲山さん (北大教授兼任の地球ふろんちあグループ長つまり小ボス) と週末ばての私との間でメイルやりとり． 中ボスの安岡さんが言ってるすけいるあっぷとやらが どれぐらい可能性があるのか検討してみる．
• 日本の地面の 70% は森林で …… 総面積はおよそ 2500 万ha ということらしい． さて， もし仮に 1ha の森林の動態 1 ステップぶんを計算するのに 1000 分の 1 秒かかったとしよう． すると 2500 万ha を計算するのに必要な時間は 7 時間ということになる． まぁ， がまんできる計算速度だ．
• これは実現可能な数値なのかどうか …… 森林 1ha 中に存在する「胸高直径 (DBH) 5cm 以上」 (このよく使われる基準には特に何か意味があるわけではない) の樹木の個体数はだいたい 1000 ぐらいのオーダー …… いっぽうで， ちかごろの安物 CPU 1 個の計算能力はだいたい GFLOPS (ギガフロップス) のオーダーなので， 1000 分の 1 秒のあいだに約 100 万回の浮動小数点数計算ができる． 樹木 1 個体あたりにわりあてると 1000 回の計算．
• 樹木の動態モデルはどうせかなり簡単化しなければならない (おそらく一次元粒子モデル) ので， 1 個体 1000 回は単純に考えれば十分すぎる計算量だ． となれば， 律速はむしろ HDD への読み書きで生じるのだろうなぁ ……
• 当代の計算機の性能から考えると， 数十万円の市販 PC (HDD 読み書きの多少速いモノ) で 2500 万ha 250 億個体の森林動態シミュレイションは作れないわけでもない， というかんぢではあるな． まぁ， 地球ふろんちあ中ボスと面談するたびに 「すけいるあっぷ」 「そんなの無理です」 談義を蒸しかえすのも芸がないんで， 来月提出しなければならない来年の研究計画には， この病的な計算に関する予備的研究， という項目でも含めておくか．
• 今日の食卓
  • 朝 (1150): 餅． どうしてもちなんだろうね．
  • 昼 (1420): ニンニク・エノキダケのスパゲッティー．
  • 晩 (2030): 米 1.0 合． ネパールカレー． 一月前に某博士より下賜された香辛料一セットが残っていたので， 土曜日なのに少し気合を出して作ってみる． といっても， ナス・タマネギ・ピーマン・トマトをスパイスと炒めて 少々煮るだけなんだけど．

2001 年 12 月 16 日 (日)

• 1400 起床． 週末時差， いよいよ危機的． なんとかしなくては．
• 今日は (今日も) 仕事はやめといて， かわりに運動でもして体を多少でも疲れさせよう， と決意． しかしながら， この排ガス・粉塵舞う東京都の片隅で 外気をふかぶかと吸いこんだりするのはかなり気分が悪い．
• 壁にはっている大田区の地図を見る …… どこか車の流量が少ないところはないか? 第一・第二京浜． 産業道路． 環七・環八． 首都高羽田線・湾岸線 …… うーむ． 完ペキに包囲されてる．
• 多摩川 …… 多摩川の河川敷はどうだろうか? いちおーここは多摩川緑地運動公園ということになっている． 電車から毎日見てるんだけど， たしかに芝生など植えられており緑地的である． 第一京浜 (国道15号) がド真ん中をつっきっている …… しかし， 河沿にその両翼 2000m ほどに拡がっている． それ以外に車の流量が多そうなのは， 対岸後背地に走る府中街道か． 川の水面は汚塵を吸い取ったりしないもんだろうかねえ． 拡散問題において吸収壁ふきんは粒子の濃度が低下するから …… などとうだうだ考えつつも， 様子を見に行くことにしてみる．
• 1600 上下ジャージにいつもの黒ブルゾン着用して自宅発． ローソンで電気代支払う 3980 円． 髪がぼさぼさになってきたので， いつもの第一京浜・環七交叉点の床屋で すごく短くに切ってもらう． 2400 円．
• 1652 普通に乗って交叉点横の京急平和島発． そーなんですよ， 定期券使って移動できる範囲しか検討してなくて …… 川崎のひとつ手前， 六郷土手で降りる． 六郷川とは多摩川下流の古名である． 駅を出て数分歩くと河川敷に出る． すでに日没の時刻であり薄暗い． しかし対岸の暴力犯罪都市・川崎は 夜になれば電飾その他いよいよけばけばしく， その照り返しのおかげで 外灯もないこちら側の様子もだいたいわかる．
• 軽くストレッチなど． たいへんゆっくりした速度でジョギング開始． 10 月に縞枯山に行って以降， ホントに体うごかしてないからなぁ． 芝生の上を上流方向に走る． こんな空気のところで 心肺に負担をかける運動やって大丈夫なのか心配だけど， 知覚しうる範囲には車はほとんど見えず音にも聞こえぬので， 大丈夫だろうと開きなおることに．
• 1000m ほど進出したところで河川が湾曲して 河川敷がなくなっているので， もっと河沿のルートを探りつつ今度は下流方向に走る． 40 分ほどかけて二往復したところで， 今日の運動は切り上げ． 走った距離は 4000m ぐらいか? ばてたというより， いきなり運動したのでカラダが驚いてるかんぢだ．
• クーリングダウンしつつストレッチングしてから， 土手の上をでれでれと下流方向に歩く． 江戸時代の渡し場にかけられた六郷橋 (第一京浜) をわたって相模の国・川崎に潜入． 旧東海道の狭い道を京急の駅にむかって歩く． 怪しい金融業の電飾看板がひしめきあうようになると， そこは京急・JR 川崎駅のすぐそばである．
• 京急川崎横のヨドバシカメラの書籍コーナーで 計算機本などつらつらと眺める． 1850 京急川崎発． 1900 京急大森町着． 買い物などして 1930 帰宅．
• 今日， 少しばかり土手を走ってみた感触では， 運動不足とか言う以前に， カラダがもう動かされることにぜんぜん慣れてない， と言うか …… 毎日ちょっと負荷のある運動をやったほうがよいのかも． 独房群の昼飯時間に 30 分ほどでもいいから脱柵してみるかねぇ ……
• 晩飯食って風呂など入ってぼーっとしてると， すでに真夜中近い． これではいつもの休日とかわらんなぁ． まぁ， せいぜい早めに寝るよう努力してみるか．
• 今日の食卓
  • 朝 (0600): 米 0.8 合． 昨晩のカレーの残り． いえ， これは早起きしたんではなく， 寝ようと努力したのにいつまでも眠れず， 空腹になってこの時刻に飯を食ったわけです．
  • 昼 (1430): スパゲッティー． 昨晩のカレーの残り．
  • 晩 (2030): 米 1.0 合． 昨晩のカレーの残り．

2001 年 12 月 17 日 (月)

• 0700 起床． 眠い． しかし昨日は少々カラダ使って時差解消を目指したおかげで， 0200 すぎには眠れていたと思う．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー．
• 0740 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0750 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 独房内からはネットワーク使えず． なんでルーターを取り換えるだけで， 金曜日夜から月曜日午後までかかるワケ? とはいえ， ここの管理者集団に何かしらまっとうなことを期待するのは苛酷にすぎる， とゆーもんだろう． せいぜい今日の午後にはネットワークが復旧することを 祈念するばかりだ．
• 内側ルーターすらぶち切ったまま放置している． このため独房群ネット内の計算機にも到達できない状況にある． 私はこういう事態への備えとして， 独房区画内闇ネットを構築して普段から運用してる． おかげで， ThinkPad と 闇ルーター BookPC とのあいだで ファイルやりとりができる．
• 金曜日に着手して土日は放置していた査読報告作成の続き． やはりこんなのはさっさと済ましておくべきだった …… というのも， 内容がすっかりアタマからぬけてるので， また一から読み直すことに．
• 1030 独房群内ネットワークは動き出したようだけど， 外にはまだつながらない．
• 午前中はくだんの統計学的手法原稿の問題点を列挙のつづき， の途中で終ってしまった． さっさと報告など完成させなくては．
• 昨日の多摩川河川敷における「試運転」の結果， カラダが動かせる状態ではない， と判断したので， 昼飯時間を利用して少しずつ体の慣らし運転を試みてみるとにする．
• 1210 ジャージ上下に着替えて独房群内の人目につきにくい経路を選んで脱柵． 丘陵上の住宅地をゆっくりと走りながら登っていって富岡公園に出る． 公園内をちょっとばかりふらふらして戻る． 1235 独房群帰着． あと 10 分ぐらいゆっくりしててもよかったかな． 昼飯の弁当．
• カラダを動かせるように慣らしつつあるところだけど， なかなか具合は悪くない， ような気がする． 走ってるだけなのに上半身も軽く筋肉痛， とかね． なるほどこっちも使ってないまま放置されてたんだ， というような． 歩調良く歩けるような気もする．
• 1300 ごろに徐々にネットワーク機能が回復． おお， さっそく mlfitting 使いの浦口さんから …… ユーザーサポート業を優先することに．
• 浦口さんのわかりやすいエラー報告見ながら動かしてみると …… あ，わかった． mlfitting 2000 年版と 2001 年版の違いが原因か． なるほどヴァージョンあっぷとは難しいものだ ……
• 自宅より遅かったデータ転送速度は …… 新しいルーターになって多少はマシになったか? しばらく様子みないとわからないけど．
• 査読報告作成の続き …… いままでちゃんと読んでなかった結果・議論の節とか ながめてるんだけど …… ぼろぼろとアラが． (その手法が正しいかどうかはともかく) 計算の結果として得られたのと 逆のことをとうとうと述べておられる． いったいどうなってるのか． 最初からハナシつくってあったの?
• もうアラ探しが嫌になったのでヤメ． こんなの投稿前に自分でチェックしてくれよ， と言いたい． これまで列挙したポイントに補足説明でも加えて 報告の体裁を整えてしまおう， としてみる．
• 列挙した項目の個数を減じつつ要点をしぼっていく． だいたいできた． あとは総論みたいなことを少し書けば終りだ． 腹減ったので撤退． 1810 研究所発． 高さ 50m にもなる巨大クレーンが何本も吃立する 独房群横怪しい工事 (脱柵対策の監視塔にしてはでかすぎ) はえらい勢いで続けられている． 普通に乗って 1820 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1830 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1850 京急川崎発． 1910 帰宅．

[独房群横の突貫工事] 同じ敷地内で独房群よりでかい建物がふたつも …… 早朝から夜まで，おそらく二交替制で作業してる模様． 何を作ってるのか? 莫大な予算をどうやって取ったのか? なぜ急いでいるのか? …… なぞの多い怪しげなモノです．

• う， 晩飯くったらまた寝てしまった． われながらまぬけな ……
• 今日の食卓
  • 朝 (0710): 米 0.6 合． チンゲンサイ・タマネギ・ピーマン・シイタケの炒めもの．
  • 昼 (1245): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1930): 米 0.6 合． アスパラガス・ダイコンナ・チンゲンサイ・ ピーマン・シイタケ・エノキダケ の炒めもの．

2001 年 12 月 18 日 (火)

• 0600 起床． 眠れなかったので早起きしてしまった． まぁ， 今日一日ぐらいはもつだろう．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． シャワー． コーヒー．
• 0700 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0712 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0735 京急上大岡発． 0750 研究所着．
• 昨晩は一文字も書き進まなかった査読報告をぢりぢりと完成させる． 0920 送信． 一件落着． 意外と手こずった． 勉強にはなったけど．
• 衛星データに関する布石メイル．
• おお， ありがたくも 鈴木準一郎さんから都立大特別セミナーのご案内いただく …… 演者 Colin Birch? うーむ， どこかで聞いたような． 面識ないはずだけど． ともあれ面白そうなのでまた金曜日に多摩川遡行してみますか．
• なんか， 独房群 DNS サーヴァーが腐ってるような気がするなぁ．
• 「ニセ」アカマツの作業に復帰しなければならないんだが …… その前に新しいワザの動作確認．
• 先日， とーや師匠のメイルで bash の trap ワザを教えていただいた． これは，たとえば，

	trap "echo '### Interrupted by Ctrl+C ###'" INT

としておくと， Ctrl+C でその bash スクリプトの実行を止めたときに， ### Interrupted by Ctrl+C ### なる警告文を発して終了するのである． この部分を関数呼び出しにしてやれば， たとえばロックファイル/テンポラリファイルの削除といった 「中断後の後始末」機能を付加できる．
• で， ふと考えたのは， あの無節操言語 Perl にこれと似たような機能が無いはずがない， と思ってしらべてみたら …… やはりありましたね． Perl グローバル変数 %SIG を用いるのである (perldoc perlvar 参照)． 使い方は簡単で， たとえば，

	sub interrupted {
		die "### Interrupted!! ###\n";
	}
	$SIG{'INT'} = \&interrupted;

としておけば， 実行中に Ctrl+C を押して中断しようとすると， 関数 interrupted が呼ばれる， というしくみである．
• 今日は独房群では珍しいことにまっとうな会話が． Dennis さんが特別独房 (ヒラ囚人の押し込められてる三方壁独房区画ではなく もっと厳重な …… 特重独房?) から看取の目を盗んで出てきて， 「こういう計算できないか」 と …… ああ，計算発注問い合わせですな． 国際計算下請け業者としては応じないわけにはいかない．
• Journal of Geophysical Research なる雑誌に載った Gu et al. (1999) によると …… 完全に晴れわたった空の下では 林冠全体の光合成効率はかえってよくなくて， 少し曇ってたほうがよい， とゆー観測結果が得られたそうな．

あと， データとしては少し曇ってるところで散乱光の絶対量が高くなる， と．
• つまり …… すかっ晴れだと直達光が方向限定で入射してくるので， 日なたは光飽和で日陰はまっくら． それに対して少しばかり曇ってると， 光源からみて陰になってる部分にも散乱光あたるもんだから， そのへんも光合成やってくれて森林の林冠全体としては よく光合成するようになる， というリクツのようで．
• Dennis さんのアイデアとしては， この著者たちの憶測を当社の 三次元モデル のたぐいで実際に計算して示せないもんだろうか? というもの． Dennis さんはりもせんデータの解析をもっぱらとするヒトなんだけど， 地域ごとの「曇りがち」度を加味してその場の CO₂ 吸収を評価してみたい， という動機のようで ……
• まぁ， 概念研究に耐えるだけの計算システムなら そんなに技術的にも難しくなかろう， ということで試製版の開発を請け負ったところで午前終了． さーて， どうなることやら．
• 1205 ジャージ上下に着替えて独房群内の人目につきにくい経路を選んで脱柵． 富岡公園前峰までゆっくり走って登り， 今日は本峰を登ってみる． 独房群大外回りというべきコースで帰還したんだけど， これは幹線道路わきを 500m ほど走るのでよくない． やはり公園内うろうろして往路の住宅街を戻ったほうがいいな． 1235 独房群帰着． 昼飯の弁当．
• NASDA 関連の秘密社団法人 ESTO の秘密エイジェントとして一囚人をよそおって独房群内に潜入調査している 齊藤さんと秘密会談 20 分ほど． 今朝の布石メイルに素早く対応してくださったのである． 衛星データで植生を見分ける話の概要をうかがう． なんでも近ごろでは 2m から 1m 将来的にはさらに高い解像度で 樹種の判別ができるようになりそう (宇宙からの観測ですよ!)， ただしデータの値段はむちゃくちゃに高い …… などなど． ちかぢか 齊藤さんの手引きで植生専門のお仲間が独房群潜入を 試みる計画あるそうなんで， そのときにでも技術的な問題をもう少し詰めてみよう， となる．
• うむ． 今日は独房群内でまっとうな会話をふたつもやってしまった． 関東流刑以来初めてのことだ．
• ともかく， どちらもすぐにかかれそうにないので， アイデアの部分だけメモにまとめておく．
• 甲山さんから雑談とも研究うちあわせとも分からぬメイル． くだんの全日本 2500 万ha 森林動態シミュレイションという ホラ話がなかなか気に入っておられるようで …… 甲山さんは私などよりもよほど数理生物学的なヒトなので， 隙あらばシステムに近似計算を押し込もうとされる． 当方は 「そこは近似しなくてもいいのでは」 「シミュレイションでやったほうが安全では」 「データがあるだろうからそもそも計算などしなくてもいいのでは」 とたしなめねばならう仕儀に．
• 合間に郵便受けを見に行くと …… かなり驚いたことに Paul Moorecraft (悪童 Pacala 先生子分→めでたく自由の身となって Harvard) が論文別刷をわざわざ送ってくれた． これはアマゾン盆地の森林バイオマスを patch 齡近似 (別名: 甲山近似) その他いろいろなワザを駆使して計算するもの ( 要旨 , Ecological Monographs 71: 557-586)． この patch 齡近似のところで Kubo 私信 (いやはや論文出してないんで) としてるから送ってくれたのか． もう 4 年間ほど連絡もとってないのに律義なヒトだなぁ． どうもどうも．
• そのへんの論文など眺めたりしてて一日が終ってしまった． 1800 研究所発． 普通に乗って 1812 京急杉田発． 特急に乗り換えて 1820 京急上大岡発． 1905 帰宅．
• うう， 今晩も仕事すすまず ……
• 今日の食卓
  • 朝 (0615): 米 0.6 合． アスパラガス・ダイコンナ・チンゲンサイ・ ピーマン・シイタケ・エノキダケ の炒めもの．
  • 昼 (1250): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1920): 米 0.8 合． キムチ雑炊． キムチ・切り干しダイコン・ネギ．

2001 年 12 月 19 日 (水)

• 0700 起床． 眠いけど昨日の睡眠不足状態は脱した， ように思う．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー切れなので紅茶． シャワー．
• 0740 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0751 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• なんかメイル送信とかユーティリティツールの補修とかで なかなか仕事に着手できん． うう．
• 1100 すぎから， 「ニセ」アカマツ作業の再開． 以前のヴァージョンと比べて ずいぶんと短くなってしまったコードを印刷してみて， 動態モデルを簡単に説明する方法を検討してみる． 数式として書くべき部分を， この夏に試行錯誤してた表記法を応用して 以下のように紙に書き出してみる．

	stem.diameter = stem.growth_rate * sqrt(stem.age),

	cohort.elements = {stem ∈ STEM | stem.age = age},
	cohort.total_area = Σ_{stem ∈ cohort.elements} stem.area,

	daughter_cohort = tree.cohort[age],
	mother_cohort = tree.cohort[age+1],
	... for each daughter_cohort for all age ∈ {1, 2, ..., tree.age - 1},

	daughter_cohort.pruning_area = tree.pruning_rate
		* (daughter_cohort.total_area - mother_cohort.total_area),

などなど． 少なくとも， 書くほうとしてはすごくラクだ． まぁ， 説明の文章をあいまあいまに入れていけば (というか文章の中に数式があるわけで)， 読むほうにとってもラクだと思うんだけどなぁ．
• 少なくとも d = r * sqrt(a) よりはいいではないのかな …… いや， これだけならどっちでもいいんだけど， 生態学の動態モデルでは観測データの構造にあわせた 階層状データ構造をもつので， こういった構造の階層性を明示する柔軟な表記が必要とされる． 多少ごちゃごちゃしてるとは認めるけどね．
• あ， ひとつ思い出した …… 以前に上のような試行錯誤してたときに， 数式耽美派の頭の悪い連中が d とだけ書くほうが「ウツくしい」 とか言ったりしてたなぁ．
• 1205 ジャージ上下に着替えて独房群内の人目につきにくい経路を選んで脱柵． 今日も晴天． 富岡総合公園 前峰までゆっくり走って登り， 頂上でストレッチング． 反対側に降りて主峰に登る． そのへんの山道をうろうろ走る． 往路を引き返して 1240 独房群帰着．
• やはり独房群にずっと閉塞されて時刻 1730 をぢっと待つより， 途中で 30-40 分間でも 監視の目をくぐって脱柵したりするほうが ずっと気分がよろしい．
• あいかわらず ゆっくり走る慣らし運転モード． 順調である． 走りながら登坂しても， カラダはあまりびっくりしなくなったようだ． ぢつは日曜日に多摩川土手を走ったあとで 心臓周辺の筋肉が少し痛んだんで， ああこれはもう不可逆な老化では， と危惧してたんだよね．
• ともあれ昼飯の弁当．
• 午後も午前の作業の続き． モデルがひどく単純化されてるので， あまり書き出すべきことがない． LaTeX ファイルの直し (というか事実上の書き直し) に取り掛かってみる．
• なにー， 土曜日にまた停電? おおかたロシア海軍と同じで 電気代支払いをとどこおらせて電力会社に嫌がらせされてるんだろう． まったくあんな巨大なすぱこん (ハード未完成いわんやソフトウェアをや) とか怪しげなハコ物ばかり作ってるカネあるなら， 電気代ぐらいさっさと払えばいいのに． やれやれ， 土曜日の夕方に自分用 BookPC を再起動に来ないといけない．
• LaTeX ファイルは書き直してるうちに， 以前に書いたものはほとんど消滅してしまったことに気づく． やはりさうなりましたか．
• 独房郡内やかましいのでさっさと帰ろうとすると …… 某闇ネットから救援依頼． 闇ネット同盟の誓約にもとづき， ただちに出動 …… してみたものの． うーん， よくわからん． てきとーな憶測を述べて相手が混乱してるうちに敵前逃亡 (あとからいただいたメイルによるとめでたく自力解決されたようであった …… 教訓: Epson なんかの変なネットワークプリンターで よくわからぬ ghostscript エラー出るときは 印刷 daemon を lpr から LPRng にアップデイト …… したらうまくいくことあるかも)．
• 1830 研究所発． 普通に乗って 1840 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1850 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1915 京急川崎発． 1940 帰宅．
• 今晩はいきなり気絶するように寝たりはしなかったけど， 眠気に耐えてるだけで夜中になってしまった． いやはや．
• 今日の食卓
  • 朝 (0715): 米 0.6 合． 切り干しダイコン・ダイコンナ・ネギ・シイタケの 炒めもの．
  • 昼 (1250): 弁当． 米 0.8 合． 朝と同じ．
  • 晩 (2010): 米 0.8 合． タマネギ・ピーマン・シイタケの雑炊．

2001 年 12 月 20 日 (木)

• 0700 起床．
• 朝飯・弁当の準備． 朝飯． コーヒー． シャワー．
• 0740 自宅発． 晴れ． 特急に乗って 0751 京急平和島発． 普通に乗り換えて 0820 京急上大岡発． 0835 研究所着．
• 東風フォント の設定に手間取ったり， あれこれ調べたりしていてなかなか仕事に着手できん状態．
• う． 午前中はあれやこれやだけになってしまった． しかもまだ終っていない． もっと手際よくやらんといかんねえ．
• 1210 ジャージ上下に着替えて独房群内の人目につきにくい経路を選んで脱柵． 今日も晴天． 富岡総合公園 前峰までゆっくり走って登り， 頂上でストレッチング． 反対側に降りて主峰に登る． そのへんの山道をうろうろ走る． 往路を引き返して 1245 独房群帰着． 昼飯の弁当．
• 午前のつづきで某闇ネットに潜入してちょっと作業． Vine Linux 2.1.x の /etc/vfontcap には間違いというか不整合のある設定のものが 一部に出回ってるようで． ちょっと試行錯誤してみたんだけど， こういうふうに手動で直さないといけないようだ．

	$ diff /etc/vfontcap /etc/vfontcap.nouse
	9c9
	<         :ff=/usr/share/fonts/TrueType/aliastt-mincho.ttc
	---
	>         :ff=/usr/share/fonts/alias/TrueType/mincho-mr-jisx0208.1983-0.ttf
	13c13
	<         :ff=/usr/share/fonts/TrueType/aliastt-gothic.ttc
	---
	>         :ff=/usr/share/fonts/alias/TrueType/gothic-mr-jisx0208.1983-0.ttf

あるいはほんとに /usr/share/fonts/alias/TrueType/ にシンボリックリンクをおくべきだったかも． ともかくこの件は終了．
• つぎ． 甲山さんのスライム森林モデルのメモの解読のつづき． 固体だの個体だの粒子だのといった概念に宗教的禁忌有する地球ふろんちあ， その小ボスのモデリングだけあって 森林なんてのも謎の高次元世界 (なぜか時間軸はふたつもあったり) で どろどろねばねばうごめく流体として計算されてしまうので なかなか理解が難しい． 先日の Paul Moorecraft の 論文 よりさらに発展したものと言うことなんで， 何がそんなに違うのかねとむやみに面倒な数式をおってみると …… あのー， パッチ齡近似+拡散近似なるダブル近似計算のことでせうか． いやはや何と申し上げるべきか …… とりあえずメイル出してこれは suspend．
• もひとつ …… しかし， これは片づかなかった． とある研究にコメントせんといかんようなんだけど， どういう計算してるのかいまいちよくわからない． コメントではなく質問したほうがよかったのかねぇ．
• なんか間抜けぎみな一日であった． 1750 研究所発． 普通に乗って 1800 京急杉田発． 快特に乗り換えて 1810 京急上大岡発． 普通に乗り換えて 1830 京急川崎発． 1900 帰宅．
• いかんまた寝てしまった．
• 今日の食卓
  • 朝 (0715): 米 0.4 合． 切り干しダイコン・ダイコンナ・ネギ・シイタケの 炒めもの．
  • 昼 (1250): 弁当． 米 0.7 合． 朝と同じ．
  • 晩 (1930): スパゲッティー． タマネギ・シイタケ・エノキダケを炒めて， 手抜きしてレトルトパウチドもの (アサリクリーム) 投入．