ぎょーむ日誌 2001-11-(21-30)
2001 年 11 月 21 日 (水)
- 0740 起床．
良く寝た．
しかし眠い．
そして今朝も寝坊気味．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
- 0800 自宅発．
晴れ．
特急に乗って
0811 京急平和島発．
普通に乗り換えて
0840 京急上大岡発．
0855 研究所着．
- 中ボス関連の面倒書類に関する連絡メイル．
先方から何も言ってこないけどどうなってるんだろうか．
また忙しくしてるんだろうか．
- なんかよくわからん電話など．
- vim で大文字→小文字の置換やる方法がわかった
……
:s/[A-Z]/\l&/g
でよいようです．
いや
:s/\u/\l&/g
のほうがよいのかな?
ともかく
\l で小文字化指定．
- いかん vim の正規表現で遊んでしまう．
分割して照合するのは
\( \)\( \)，
これで引っかかったパターンは\1 \2
というふうに
……
わかりにくいかな．
ファイルの中に kubo という文字列があるときに
:%s/\(ku\)\(bo\)/\2\1/g，
するとすべての kubo が boku に変換されるわけです．
- と vim で遊んでいたので，
お役所書類の完成が遅れる．
1240 一件落着．
昼飯食ってると浦口さんからメイルいただく．
開花確率の最尤推定で明るさ依存性を考慮すると
最大化対数尤度がぐんと改善されてるので驚く．
ホントにそうなってるのかな．
私の作った
mlfitting の計算間違いとかでなければよいのだが．
- 午後から「ニセ」アカマツ直し．
前に北海道に行く前にかなり作表用の追加メソッド
を壊した
(といいますか作り直したまま放置してあった)
のでここしばらく表示がヘンだったのか
……
とようやく気づく．
- さて葉っぱだの光合成データまで知るようになった
新しい「ニセ」アカマツに作らせた表をながめる．
うーん，
生産力 ∝ (葉量)×(最大光合成量)
としてよいだろうか?
しかし，
推定というか憶測された純生産との対応よくないな
……
- 1705 帰り仕度をして独房ぬけだす．
今日は農環研の横沢さん・桑形さんが独房群に遊びに，
ぢゃなくて
水循環領域
のヒトたちと研究打ち合せのために訪問されていて，
その接待が横浜市のもっと都会なところで開催されることになって，
さらに水循環 (観測F) で顔の広い栗田さんが
私を誘ってくださることを思いつき，
それで私もなんとなく参加することになった，
という見通しの悪い理由によって早びけ脱柵・外食ということに．
まぁ，
普段は話す機会もめったにない独房郡内の囚人どうしで
知合いになるのもよろしかろうと思って．
- 1731 JR 新杉田発．
JR 関内で降りて横浜球場の北をかすめて
ホテル横浜ガーデン内の
上海酒家
へ．
集まったのは 10 人ほどで，
私を除いて気象学会に毎回参加してるような人たちである．
分野の異なるひとたちの話を聞くのもなかなかに楽しい．
- 料理はなかなか素晴しいものでした
……
とはいえ解説できるほど中華料理に詳しくないんだなあ．
東坡肉とか初めて食べた．
ふろんちあの水循環その他の Global Circular Model (GCM)
なヒトたちはどろどろねばねばした流体を偏愛するがゆえに
固形物を激しく憎むという風評が一部にあったけれど，
私の見るところそれは根も葉もない噂で
ふつーに食事を楽しんでおられた．
- 2140 JR 関内発．
横浜で京急快特に乗り換えて
2150 京急横浜発．
普通に乗り換えて
2205 京急川崎発．
2230 帰宅．
- 帰宅してみてメイルを POP で取ると，
なんと 4MB を超える非常識な爆弾テロメイル．
よくわからぬ動画ファイルつき．
再生してみると
スターラー
の磁石棒がビーカーの中でくるくる回ってるだけ．
- この奇怪にしてハタ迷惑なメイル送信者は平八郎提督で，
何か大発見をされたという趣旨のようだから，
せっかくなのでここにそのメイルを公開して，
広く天下に周知してやろう．
クボタク殿、
はばひろベルト時代に突入した昨今、
これしきのことで参るようではなっとらんが、
訳もわからん動画ファイルの来信を迷惑に思っていたら、
いい気味だ。
更に是を読んでいると言うことはメールを
開いたと言うことであり、軽率であったといえよう。
とはははは。
動画が見られたのなら驚くがよよいがよい。
テフロンでコートした磁石棒が、液体中を
浮いて回転するのだ。
初めてこの現象を見出したのは、今を去ること
二年半前であったが、神の恩寵を感じた。
しかし、それ以来謎は解けていない。
けふ、このことを思い出し、学生のみんなに
見てもらったが、新鮮な驚きを感じていたようだ。
条件を選べばもっと高い位置で一晩中でも
くりくり回っているのだが、スターラーの
磁力が強すぎたり液体の粘度が低過ぎたり
高すぎたりしても直ぐに底面にへばりついて
ぐりぐり回転してしまうのだ。
ああ，これは私が理論的に予言していた流体の常温超伝導化による
マイスナー現象です．計算どーりの結果なので何もおどろくことは
ありません．早く Nature に実験結果の報文出してノーベル賞を共
同受賞しましょう．文部科学省の役人どもも残り 27 人と喜ぶこと
でありましょう．
- しかし，
ちょーでんどーはともかく，
考えてみると何で溶液中に磁石が浮くのかよくわからんな．
水平回転に加えて上下振動のモードが入ってるのか?
あるいは粘度によって決まる回転速度と，
上と下の磁石の極性の位相との関係
…… ?
- 今日の食卓
- 朝 (0750):
米 0.5 合．
昨晩の味噌汁の残り．
- 昼 (1250):
弁当．
米 0.5 合．
キャベツ・タマネギ・エリンギの炒めもの．
- 晩 (1810):
上海酒家
で中華料理いろいろ．
2001 年 11 月 22 日 (木)
- 0730 起床．
やや眠い．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
- 0750 自宅発．
今朝も晴れ．
特急に乗って
0801 京急平和島発．
普通に乗り換えて
0830 京急上大岡発．
0845 研究所着．
- 朝からなんとなく統計学本数冊を価格にしてコメ
1 年分衝動買いしてみたり．
ネット上で．
年に一度ぐらいはこういうことあってもよろしかろう
……
- 北大の塩寺さんから何やら死亡率の計算質問メイルをいただいたので，
回答してみようとする．
Mac の機種依存文字がツラい．
- 「ニセ」アカマツ直しの続き．
新しい生産力の指標をいれようとすると
……
またしても実験区の中の (以前とは別の) 個体で
異様に転換効率のいいやつができてしまった．
うーん，
密度一様の仮定がまずいのか?
とはいえ，
これを崩すのもなぁ．
- とうだうだやって午前中は特ニ改善ナシ．
昼飯を食いつつ，
このへんの破綻をどう収容するか考える．
えーい，
なんとも面倒なデータだな．
- 午後も展望のまだ見えてないデータいじり．
- vim というか vi の基本技をひとつ修得．
いままで知らなかった，
と告白するのがかなり恥ずかしいワザである．
:(行範囲指定)!(フィルターコマンド)
でフィルタリングやってくれる．
便利だ．
長年，
そういうワザがあるんじゃないか，
とは思ってたんだけどね
……
よーやく，
発見．
- 「ニセ」アカマツにおいては，
growth_model.pm
という Perl モジュールを変更するだけで，
それが全系統に反映される
……
けどちょっと関数型をいじったぐらいでは
結果はそんなにかわらんなぁ．
- 実験区の問題の一個体，
なぜ成長が良いように見えるか，
ようやくわかった．
どの茎も最初の 1 年間に必ず直径 1cm 以上に成長してるためだ．
うーん，
これが実験処理の影響?
いや，
むしろ対照区の挙動に近いな．
実験なんぞにかけられた個体は応答がばらばら，
ということか．
どうすりゃいいんだろう．
- 何度も Perl → LaTeX な Tables を作り直しては
それを眺めつつ「うーむ」とうなる
……
問題点は整理されてきたけど．
-
葉量や光合成を無視した場合 (これまでのモデル)：
この茎→茎再生産モデルだと
貧弱な当年生茎群 (ただし葉量は大) のわりには
相対的に成長のよい実験区個体
#2223
の生産効率が
かなり高く推定されてしまう．
実際のところ，
こいつの最大光合成速度として測定された値は低い．
-
葉量や光合成を考慮した場合 (いま検討してるところ)：
このテのモデルだと
#2223
に関する推定値はめでたく平凡なものとなってしまうが，
今度は実験区個体
#2242
でまずいことになる．
こいつは測定された最大光合成速度が低いくせに，
あたかも対照区にいるかのように
よく成長しているからである．
なんといいますか，
光合成データと個体ばらばら解体データの対応がうまくいかないのである．
さーて
……
- まず，
光合成データは今回も使わず，
だな．
もったいないが．
この測定値はアカマツ解体の 1 年前のものだし
……
という方向でモデリングしてみると
……
-
葉量だけを考慮した場合：
実験区 4 個体と対照区 4 個体の差が明らかでなくなる．
うーむ．
- 今日もシステム的改善だけでモデリングはマシにならぬまま撤退．
1740 研究所発．
普通に乗って
1812 京急杉田発．
特急に乗り換えて
1818 京急上大岡発．
アカマツばてしてたのか，
昏睡状態におちいり，
ふと気づくと東京都心部に拉致されていた．
1850 京急品川着．
羽田行き急行に乗り換えて
1853 京急品川発．
1910 帰宅．
- 平八郎提督から召集令状．
土曜日，
目標は北関東某山か
……
- 早々に寝ちまう．
- (一言近況)
あいかわらず運動不足な毎日です．
とっとと仕事を片づけて引っ越ししたい．
えーとそれから 11/25 (日) は
停電
のためこの web site にはアクセスできません．
(2001.11.22)
- 今日の食卓
- 朝 (0740):
米 0.6 合．
昨日の味噌汁の残り．
- 昼 (1230):
弁当．
米 0.8 合．
キャベツ・タマネギ・エリンギの炒めもの．
- 晩 (1930):
米 0.6 合．
昼と同じ．
2001 年 11 月 23 日 (金)
- 1020 起床．
う，
13 時間も寝てしまった．
なんでバテてるんだろうか．
- 7-8 通のメイル書いただけで
本日の労働意欲が摩滅．
- 明日は一日中北関東のどこかでうろうろしてるはずである．
平八郎提督指導による
こういう作戦
が発動するんで．
時刻はすでに 2530．
まだ何の準備もできてない．
- 今日の食卓
- 朝 (1040):
パンケイキ．
コーヒー．
- 昼 (1500):
うどん．
- 晩 (2130):
スパゲッティー．
100 円
レトルトパウチドカレー．
いかん．
料理する気力もない．
2001 年 11 月 24 日 (土)
- 0600 起床．
朝飯食ってからもそもそと山装備などひっくりかえしてみる．
とはいえ歩かずとも山頂まで行ける筑波山 (標高 877m) だからなぁ．
- 0650 自宅発．
晴．
0700 に第一京浜・産業道路交叉点で平八郎提督と会合予定．
そのまま第一京浜横で排気ガスを吸いつつ
「異貌の科学者」(小山慶太，丸善ライブラリー) 読みつつ
1 時間ほども待機．
0800 平八郎提督あらわれる．
どうも場所がわからなくて 1 時間も
このへんうろうろしてたそうな．
うーむ，
京急の駅で待ち合わせにすればよかった．
- 大森発．
高速湾岸線→常盤自動車道．
- 1010 筑波山神社着．
われわれ以外には誰も参加者がいないことを確認．
隊員二名ではこの人混みをかき分けつつ
標高 877m の絶頂に上がるのは不可能，
と判断して撤退．
その前に筑波山神社の人混みの中で
最高到達点記録写真を撮影して
よくわらぬ
十周年記念行事
とやらをつつがなく終える．
1050 同発．
|
[遠すぎた山]
いちおー日本百名山という怪しげな
ブラックリストに登録されている．
休日になると他にアウトドアな娯楽のない
つくば市民の約 23% がこの山に集まるので
たいへんに混雑する．
|
- 駐車場にてけてけ下降してると，
ドイツ車に塔乗したあやしげな髭づら黒眼鏡男が．
われわれが筑波山北壁登攀の難所「ガマの柔肌」スラブで
身動き取れなくなるタイミングを見計らって
救援にかけつけようとしていたつくば市在住のクライマー
でやんで氏である．
はりきるでやんで氏には大陸から張り出して来た異常な寒波によって
まもなく山頂は風雪に閉ざされて一週間は行動不能になるだろう，
と撤退理由を説明し，
三人して駐車場にて善後策を検討する．
- 「ここから遠くないどこか」
「茨城県らしい」
「人があまり来ないところ」
ということで計画を東海村原子力関連施設見学に変更する．
平八郎提督が以前に所属してた某寡占企業つくば研究所で
英語先生を勤めておられるヒトもなぜか参加することに．
待ち合わせて 1230 土浦北 IC 発．
常盤自動車道→北関東自動車道．
途中のサーヴィスエリアで昼飯食う．
平八郎提督が英語先生に私をてろりすとと紹介．
「おお，東海村で何を狙うのですか?」
「行ってから調べます」
- 1400 国道 245 号線に沿って東海村内に侵入．
1410
動燃展示館
．
つまり高速増殖炉とかナトリウム洩れ火災とかで
有名なあの組織の宣伝展示館である．
ちなみに柵を隔てた動燃本体敷地の入り口は
「警備強化」と称して機動隊がバリケイドを構築して
周りにニラみをきかせていた．
- あまり広くない館内は
従来型の原子力発電ならびに
ウラン 238 をプルトニウム 239 に転換する高速増殖炉の
素晴らしさを喧伝するもの．
燃料棒の実物大模型とか，
えらくコストのかかりそうな精製による
(ふつーの)
原子炉の燃料再利用とか，
αβγ線の遮蔽実験なんかは，
まぁ面白かったけど．
しかしマスコットキャラクター
「ウランくん」「プルトくん」
が活躍するホログラムアニメイション多用した
展示あれこれってすごく金かかってそう
……
- つぎ，
そこから 1.7Km ほど北に行った
原子力科学館
……
うーむ，
こっちのマスコットキャラクターは
ぼさぼさ髪で垂れ目の老科学者 (故人) を
マンガ化したもの．
どうしてエネルギ系お役所広報はこういう偶像を
むやみと作りたがるのか?
|
[Herr. E = mc2?]
彼が着用するシャツには
物質とエネルギーの等価性に関する
この高名なる公式が印刷されていた．
しかしなぁ
……
「権威を侮蔑した罰として，
運命は私自身を権威にしてしまった」
(1930.09.18 の書簡)
|
- こっちの展示は高速増殖炉館ほどプロパガンダ臭の強いものではなく
……
まぁ小学生高学年むけ原子力科学技術ひととーり紹介展示，
みたいなかんぢ．
ITER のパネルなんかもあったな．
1610 東海村発
ひたちなか市の阿字ヶ浦の砂浜で太平洋をながめる．
|
[これより先，太平洋]
数十人のサーファーが
高さ 1m ぐらいの波に乗ろうと努力してました．
|
- 往路を逆にたどって
1820 つくば帰着．
英語先生とおわかれ．
残る三人で晩飯を食うことにする．
今日は茨城らしさを追及するためにとんかつを食べることに．
関東，
わけてもこの県はとんかつ重視なのである．
ひさしぶりにヒレカツなど食べて，
平八郎提督と 1950 つくば発．
車でわざわざ自宅前まで送っていただく．
2120 帰宅．
- 今日の食卓
- 朝 (0610):
米 1.0 合．
- 昼 (1320):
常磐自動車道の友部サーヴィスエリアでチャーシュー麺食べた．
平八郎提督におごっていただく
……
- 晩 (1900):
つくばのとんかつ屋
かつ善
でヒレカツ定食食べた．
ここでもまた平八郎提督にごちそうになってしまった．
どうもありがとうございます
……
が，
これでよいのだろうか．
|
[関東のそうるふーど?]
やはりこのとんかつ重視の姿勢からは
そういう推測が妥当だろう．
ともあれ，
おいしい豚肉でした．
思えば私自身はとんかつ食べるのは
……
おお，
2000 年 9 月 1 日以来のことだ．
約 15 ヶ月ぶりか．
|
2001 年 11 月 25 日 (日)
- 0900 起床．
- なんか一日中でれでれしてました．
やはり途中で撤退を余儀なくされたとはいえ，
昨日の筑波山登攀で疲労していたためだろう．
東海村で高密度な高速中性子をあびたわけではない，
と思う．
たぶん．
- 今日の食卓
- 朝 (0915):
パンケイキ．
コーヒー．
- 昼 (1330):
スパゲッティー．
タマネギ・シイタケのトマトソース．
- 晩 (2000):
昼と同じ．
2001 年 11 月 26 日 (月)
- 0700 起床．
なかなか寝つけなかったので眠い．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
シャワー．
コーヒー．
- 0730 自宅発．
晴れ．
特急に乗って
0737 京急平和島発．
普通に乗り換えて
0803 京急上大岡発．
0820 研究所着．
- 身動きのとれない「ニセ」アカマツを抜本的に改良できないか
試行錯誤してみる．
たとえば，
各茎独立かつ時間依存だけで成長させるのやめて，
パイプモデルとやらの怪しげな現象論が適用可能かどうか
……
と調べたけど，
ダメだった．
役たたず「理論」だなぁ．
これに無批判に依存してる
PipeTree
なんてどうなるんだ．
|
[末端肥大か?]
ぱいぷもでるというのが成立してれば，
これらの赤線・緑線はことごとく水平もしくは
単調に増加してしかるべきなんだが
……
見出されたのはこのような無秩序．
とくに痛めつけられた連中 (赤線) はてんでばらばら．
|
- しかし 21 世紀になってもこの程度のことを説明できる
標準モデルがないってのは，
考えてみれば驚くべき事だ．
植物生態学者は過去 100 年間ほど何やってたんだ?
あるいは生態学という方法論の限界ゆえに
標準モデルなどといういかがわしいものが作れないのか．
- ぱいぷはやめて，
いままでどーりのままちょっと計算させてみる
……
あれ?
なんか挙動ヘンだ．
そうか，
まだ葉っぱベイスに完全に移行してないからか．
うーむ，
葉っぱ : 茎の重量比とかヘンな割算せんといかんなぁ．
もっと別の計算のやりかた無いか?
無いな．
- 割算がイヤになったので昼飯．
とはいえ，
この「ニセ」アカマツもいたるところ割算だらけだ．
すでに．
- そして
……
なぜ葉っぱ重量を使うのかをやめたのか，
ようやく思い出した．
葉っぱを使っては計算できないからだ．
今年の針葉重量は今年の茎重量で決まる．
しかし今年の茎重量を計算するには今年の針葉重量が必要
……
ここでおしまい．
あの奇怪なる現象論的モデル構築のウラにも
それなりに合理性があったわけか．
というか，
消去法という思考を積み重ねたすえに
あれに到達したわけだからなぁ．
そう簡単には変更できんか．
さてさて．
- こりゃー，
なかなか難しい．
葉っぱデータ使いたいけど使いようがない．
こういうジレンマかかえたデータよくあるんだよね．
うう，
もう 1520 か．
- かんけーないけど，
vim の忘れがちな設定．
set sm smd
で括弧の対応自動点検．
$HOME/.vimrc
とかに書いとく．
- 計算のほうはちょっと処置無しだな．
インパール作戦じみてきた．
私は牟田口君か．
- 推定できないパラメーターへの依存性がきつい．
アカマツは 20 年でどれぐらい育つのか調べてみると
……
ちと高密度な集団の
データ
だと直径 12cm 高さ 12m か．
太さはだいたいあってるな．
高さは足りないけど．
- 茎とかランダムに殺したいんだけど，
Rank 構造があるからそれはできない
……
いっそのこと Rank-Cohort やめて
BirthYear-Cohort だけにするか?
これはかなり腹立たしいけど．
単なる齢構造モデルになるな．
齢構造粒子系，
か．
- いや，
同化物の重量を通貨とする動態モデルでは
モジュールを都合良くランダムに殺したりはできないんではないかな
……
そう，
まとめて切り捨てる，
というのができない．
- このあたり，
別に高尚なコトで困っているのではなく，
わかりやすく要約すれば，
-
各部品が従うべきサブモデルが特定できない．
-
パラメーターが推定できない．
-
変な「形状」に成長するのを防ぐ手段がない．
というだけのことなんだが．
- それなりに考えてでっちあげられたワク組を
抜本的に作り直すのは不可能，
と確認．
あとは末端をいじるしかなさそうだな．
1750 研究所発．
普通に乗って
1800 京急杉田発．
快特に乗り換えて
1810 京急上大岡発．
普通に乗り換えて
1830 京急川崎発．
1850 帰宅．
- 自宅 ADSL 闇ルーターが起動できない．
通信も計算もできないな．
そして当家にはディスプレイがないから，
修理もできない．
明日これを独房群に持っていくしかないな．
こういうときに運搬容易なように
重さ 3Kg の小型 PC を使ってるのである．
- 今日の食卓
- 朝 (0710):
米 0.7 合．
キャベツ・タマネギ・シイタケの炒めもの．
- 昼 (1210):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1900):
米 0.5 合．
朝と同じ．
2001 年 11 月 27 日 (火)
- 0700 起床．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0750 自宅発．
晴れ．
今日はいつもの ThinkPad560E (重量 2kg) に加えて，
自宅 ADSL 闇ルーター NEC Mate
MA65T
(3kg) もデイパックに入れてるので，
計算機だけで 5 kg．
特急に乗って
0801 京急平和島発．
普通に乗り換えて
0830 京急上大岡発．
0845 研究所着．
- 小川本の原稿修正に関する連絡が Springer → 森林総研経由で．
よく見ると，
例によって当方のしょうもない間違い．
念のためにあやしげな計算をやりなおしてみると
やはり軸を取り違えてると確認できた．
- Perl のよくある技法．
package で名前空間の導入できる．
で，
これはひとつのファイルの中でも切り分けられるのである．
こういうふうに．
#!/usr/bin/perl -w
use strict;
package AAA; # 名前空間 AAA
sub greeting {print "Hello!! in AAA\n";}
package BBB; # 名前空間 BBB
sub greeting {print "Hello!! in BBB\n";}
package main; # ここから実行，名前空間 main
print "Hello!! in main\n";
AAA::greeting; # AAA の中の greeting を呼び出す
BBB::greeting; # BBB の中の greeting を呼び出す
Hello!! in main
Hello!! in AAA
Hello!! in BBB
といった出力が得られる．
package main;
以下を実行してるわけです．
- この技法を悪用して「ニセ」アカマツの
変更しうる動作詳細のメソッド
(なーに，上の例と同じで単なる
sub のことです)
だけをひとつのファイルに集めて
submodels.pm
という Perl モジュールにしてみる．
もはやこういう末端の改良しかできないし，
その中にあってごまかしの方法を見出さなければならない．
かかる作業を効率化・安全化するための措置なのである．
ファイル
submodels.pm
の中は
package RedpineTree;
とか
package RedpineStem;
などなどに分割されてる．
さーて，
これで何かが改善されるのだろうか?
- まず
Perl モジュール群呼び出しの
sim_redpine.pl の
コマンドラインオプションも一個減じる．
外部から指定してたパラメーターも
submodels.pm
のファイルスコープな値として指定しているから
……
と思ってたら，
どうもファイルスコープな (つもりだった) 変数の値は
同じファイル内であっても
package の内部まで侵入できないようだ．
しょうがないんで，
それもパラメーターも package 化．
つまり
package Parameter;
で切って，
Parameter::Name
とゆーふうに呼び出すようにする．
- とりあえずこの工夫でエラー無しと確認して昼飯．
ぢりぢりとしか進んでないな．
- 弁当食ってから，
なんとなく R の拡張ライブラリ
locfit
を入れてみる
……
ふーん，
locfit.tar.gz ほどいて
sudo R INSTALL locfit
するだけで拡張ライブラリを導入できるのか．
- 「ニセ」アカマツ，
何が生産をになっていると「みなす」か
……
submodels.pm
をいくらか変更してみる．
あまり説得的ではない．
- 直線回帰とその眷族をひどく重視する牧さんから，
ロジスティック回帰な大技に関するご質問メイル．
そりゃーまずいんでは，
と先方をがっかりさせるような返事を書く．
とはいえ，
当方は最尤法しか思いつかない
……
まぁ，
原始的な確率論的モデルを考えるところから，
統計学は始まるという立場なもんで．
-
統計モデル入門
なるらぢかるな教科書をぱらぱらとめくって
近ごろの生残解析はどうなってるんだろうね
と調べてたら
(あるいは青木さんの「統計学の話」の
Cox の比例ハザードモデル
の解説わかりやすい
――
結局は最尤推定法でケリをつけるのか)
……
さきほどのいいかげんな返答内容を追及するメイル．
ひぃ
- 1730 いつものごとくまぬけな音楽が 10 秒ほど独房群内にひびく．
独房内 BookPC から液晶ディスプレイその他を外し，
わざわざ運搬してきた自宅 ADSL 闇ルーター Mate をそれらにつなぐ．
起動してみると
……
LILO の LI で止まるな．
MBR とか壊れてんの?
- たまたまフロッピーディスクが一枚あったんで，
BookPC で
mkbootdisk
してブートディスク作ってみる．
それを差し込んで Mate を起動すると
……
今度はカーネルパニックか．
セクターがどうのこうのといってるから
やはり HDD がお亡くなりになったのかしらん?
まぁ，
べつに壊れても我が三重四重の冗長なバックアップ体制のもとでは
情報面では損失無いけど．
- えーい，
しかし修復は面倒そうだな．
Vine Linux CD-ROM も手元にないから今日は撤退するか．
Mate は独房内に残置．
1820 研究所発．
普通に乗って
1830 京急杉田発．
特急に乗り換えて
1840 京急上大岡発．
1920 帰宅．
- 帰りに京急平和島横の言うところの 100 円ショップで
買物に立ち寄ったんだけど
……
東京の 100 円ショップは品揃えの多彩であり
「これが 100 円?」的オドロキに満ちている．
そして繁盛してる．
これらの商品って，
やっぱり倒産した食料品店・文具店・工具店などなどから
回収されたモノたちなんだろーな
(他の仕入れ経路を思いつかない)
……
ツブれる店もあればその遺産でもうける店もあり．
- さて，
自宅闇ルーター無いので ThinkPad560E を
ADSL に直づけしないといけない．
しかし，
Linux kernel 2.4 系でそれをやるのはちと面倒みたいなんだな
……
rp-pppoe と pppd の最新版はすでに独房内でダウンロードしておいた．
しかしこれだけでは接続できない．
カーネルの再構築が必要である．
そしてこれは Pentium166MHz マシンにとってはかなり
過酷な作業と言える．
- カーネル再構築の途中で人間のほうが先にバテて寝てしまった．
- 今日の食卓
- 朝 (0715):
米 0.6 合．
キャベツ・タマネギの炒めもの．
今日は味噌味
……
ってあまりかわりばえせんな．
しかしキャベツひと玉買うと，
なかなか減らないんでそればっかり食うことに．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1940):
米 0.6 合．
朝と同じ．
2001 年 11 月 28 日 (水)
- 0400 起床．
ThinkPad の 2.4.14 カーネルの
再構築がうまくいかないうちに寝てしまった．
それが気になったのか早々に目覚める．
とりあえずコーヒー．
- いままでの 2.0/2.2 系に比べて 2.4 系 Linux カーネルは
いろいろと難しいような気がする．
一回 20 分以上かかるカーネル再構築を
朝っぱらから三回もやって，
よーやく PCMCIA カードの利用ならびに
rp-pppoe を使った ADSL 接続できるようになった．
- だれの参考にもなりそうにないけど，
ThinkPad560E のための linux カーネル 2.4.14 の .config
の
一例
(無駄設定も一部に残っているけど)．
PCMCIA 関連だの sound 関連だの boot の後のほうで
設定されるたぐいのものはモジュール化しておくのが無難である．
ADSL 接続に関して，
いま使ってるのは rp-pppoe-3.3 で，
これと連動して動く pppd は ppp-2.4.1.pppoe2
という pppoe 用にカスタマイズされたモノである．
どちらも
Roaring Penguin Software
からダウンロードできる．
今回はカーネル経由の kernel-mode PPPoE は
まだ使用していない．
- 二日ぶりに ADSL 接続してみると
……
独房内闇ルーターから夜間に転送されてきたメイルが 14 通も!
しかしそのうち 10 通は価値ナシメイルだったので，
procmail 第一段フィルターと
(自作) cm 第二段フィルターからなる縦深メイル防御陣地で排除される．
- 残されたのは牧さんの生残解析メイルとか，
粕谷さんの間違い指摘メイルだとか統計学ご教示メイルだとか．
小標本の Kolmogorov-Smirnov 二標本検定において，
二標本のサイズをそろえる必要はないそうな．
つまり Sokal-Rohlf 訳本が正しかったのかな
(かんけーないけど原書第三版はいま Amazon に発注してるところ)．
- しかし KS 二標本検定っつーのも，
便利だけどよーわからんところがあるな．
比較するふたつの分布のうち片方が理論分布なら
(つまり一標本検定)，
sup_x |F(x) -S(x)|
という指標は出自の怪しげな数表にたよらずとも，
数値計算によって自分で好きなように生成できるだろう．
しかし二標本ではなぁ
……
しかも小標本だと母集団に関する情報が
まったく乏しいと思うんだが．
- まぁ，
いま何冊か注文してる統計学本が届けば，
そのあたりについて流布してる教科書的見解なるものが
何かわかるかもしれない．
よくありそうな問題だし．
- シャワー．
朝飯・弁当の準備．
朝飯．
- 0740 自宅発．
晴れ．
特急に乗って
0751 京急平和島発．
普通に乗り換えて
0818 京急上大岡発．
0835 研究所着．
- うん?
なぜか午前中はメイルやりとりで終ってしまった．
意識的に怠業してたわけではないんだが
……
すでに早朝仕事でばててしまったのか?
- うーむ，
Linux カーネルはごたつきながらも 2.4.16 を出してるな．
なんとこれ以降の 2.4 系の監督はいつもの
Alan Cox
ではなく
Marcelo Tosatti なる 18 才のブラジル人青年というか少年らしいね．
すごいというか
……
安定系列の maintainer てプログラミング能力だけでなく，
英語での交渉能力が
かなり高度でなければ勤まらないような気がする．
しかもその交渉相手はいかなる意味においても尋常ではなさそうな
Linux kernel contributor たちだし．
- 昼からまた「ニセ」アカマツに取り組んでみる．
- お，
来週に NASDA (系の研究機関) によるのりもせん講習会あるのか．
楽しそうなんで申し込んでみる．
- Ruby 普及に日夜尽力されている長谷川宣教師殿と
なぜか Ruby の大域変数問答やってることに気づく．
昨日のぎょーむ日誌に書いてた Perl の
名前空間問題あたりから始まったような．
かの言語では $foo と $ つきで書けば
これがすなわちどこからでも操作できる
ぐろーばる変数
になるわけだが
……
- Larry Wall がぎょーむ上の必要からでっちあげた
無節操ケガれ言語 Perl ならともかく，
聖なる object oriented の純潔貞操の実現こそが至高の使命とする
Ruby において何ゆえに $foo なのか?
これは神学の問題ではなく，
預言者 Matz 師の現世における Ruby 勢力拡大戦略
「Perl にできることはなんでもそのまま」
があまりにも強すぎるためではなかろーか，
と私などは憶測するのだけど．
- 結局，
計算のほうは進まず．
1730 三方をついたてで仕切られた
独房区画から出てよい時間になったので，
昨日に引き続き自宅闇ルーター Mate の修理．
Vine Linux CD-ROM も用いた「ニセ」アップグレイドで
最小限のファイル入れ換え．
- さてさてこれでどうだ
……
問題無く起動．
やはり
Master Boot Recort (MBR) にインストールされてた
Linux Loader (LILO) が壊れてただけか．
原因はよくわからん．
VineSeed からの package 拾い食いという
思慮の足りない行動の帰結として，
Mate が食あたりにでもなったのかな?
- カーネルを 2.2.19 に戻して
(闇ルーターはいまだに 2.4 系に移行できない)，
PCMCIA まわりを整備．
独房内闇ネットの闇ホストとして接続．
まぬけなことにストレイト Ethernet ケイブルを
直づけして「うーん，通信できない」
と 30 分ほど首を捻っていた．
- あまりやりたくはなかったのだが
sudo apt-get -f install
で rpm package の矛盾を自動解消．
おお，
apt
も賢くなったのか，
完ぺきに不整合を直してくれた．
- これでディスプレイ無き自宅に持ち帰っても大丈夫だろう，
というところまで整備してから撤退．
腹減った．
2030 研究所発．
普通に乗って
2040 京急杉田発．
快特に乗り換えて
2050 京急上大岡発．
普通に乗り換えて
2110 京急川崎発．
2130 帰宅．
- さっそく Mate を起動．
PCMCIA Ethernet LAN カード二枚挿しで少してこずる．
それを片づけて rp-pppoe の adsl-start を実行すると
……
よーし，
ちゃんと接続できてるな．
次の LILO 破損に備えて
mkbootdisk
で緊急用ブートディスクを作っておく．
ようやく晩飯．
ばてた．
- 今日の食卓
- 朝 (0700):
米 0.6 合．
キャベツ・タマネギの炒めもの．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (2200):
米 0.6 合．
キャベツ雑炊．
2001 年 11 月 29 日 (木)
- 0700 起床．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0745 自宅発．
晴れ．
特急に乗って
0752 京急平和島発．
普通に乗り換えて
0818 京急上大岡発．
0835 研究所着．
- Web ブラウザー Netscape Navigator 4.78 (stand alone)
がよくオチるので，
非力なる ThinkPad560E にも Galeon をインストールしてみる．
これは Mozilla (Netscape6 のオープン版)
の描画エンジンを核とする WWW ブラウジングだけに単能化した
ソフトウェアなんだが
……
- 起動は NN4.78 より速い．
しかし Pentium 166MHz マシンにとって
動作そのものは必ずしも速くないよーだ．
日本語フォントの描画が一部ヘンだ．
Galeon-1.0.0 と Mozilla-0.9.6，
どちらも最近ヴァージョンアップしたばかりだからなぁ．
- たぶん安定度では Netscape Navigator for Linux
よりはかなりマシなはず
(いままで BookPC や Mate で動かしてきた経験から)．
しばらく使ってみるか．
- 表示がヘンなのは日本語フォントで Mincho (alias) 使うのやめて
ぜんぶ fixed (alias) にしたらまっとうになった
……
ように見える．
Galeon は Mozilla つまり Netscape6 の描画機構を
使ってるので，
カスケイドスタイルシート (css) の解釈が「ふつー」であり，
自分で css を書くときにはそのあたりが便利である．
とはいえ，
NN 4.7x 系もいまだよく使われているから，
こちらでも見えかたのチェックが必要なんだけど．
-
submodels.pm
を変更する
→
再計算
→
それが感心できない結果であると発見する
……
の繰り返し．
末端をいじると数値は変わる．
とはいえ，
あまりかわりばえしない．
- こういうのは全く趣味ではないんだよね
……
変更するならすぱっと根底から作り直して，
核心をつくよーにモデリングするのが
ワタクシ流のはずなんだが
……
しかし数日前に検討したように，
もはや変更できる余地はほとんどないのである．
いや，
こういう思い込みは危険だな．
しかし策がない．
- うーむ，
どうみてもこれは時間浪費
……
と思いつつ昼飯．
今日の弁当はいつもよりさらに貧弱だ．
昨晩，
Mate を直していて買物に行けなかったためである．
- だいたい元データには齢以外は構造に関して何も情報が無いんだから，
モデルでもそうしてみるべきか?
構成部品は，
茎でもシュートでもいーや．
で，
若齢の部品が生産というか増殖に関与する，
と．
考えるまでもなく，
これの問題点は，
-
部品の指数関数的な増殖を押え込む方法
がわからない．
-
部品を捨てる方法がわからない．
ということで，
いまとあまり変わらないんだよね．
状況としては．
構造が機能を制約してるはずなんだけど，
カタチもわからなければ
シクミもわからない．
- 先日から気になってる Kolmogorov-Smirnov 二標本検定に関して，
教科書にもなかなか解説が無い，
という情報を粕谷さんからいただいたので，
ちょっとネット上で検索してみる．
応用統計学という和文雑誌にすごく具体的そうな
解説記事
が載ってるようなので，
独房群図書掛のかたに文献複写依頼のメイルを出してみる．
ハズレかもしれんけど．
-
wu-ftpd
にセキュリティーホール
．
当方の回りでは使われてないから関係ないけど．
- 「ニセ」アカマツりすとら続き．
とりあえずいらんコード捨ててみる．
三次元計算系とか
(redpine3 の中で ……
別に保管されてる redpine1/redpine2 には残っている)．
コードの量が 4 割ぐらい減った．
- OTC データ解析用ユーティリティで関係しそうな数値をいくつもダンプしてみる
……
構造をやはり簡略化するしかないか?
……
いままではこの研究に関して，
非専門家あいてに口頭発表をやらないといけかなったので，
三次元計算系で
「ニセ」な樹型
を生成させてウケをとっていた．
しかし，
もはや無理してウケなくてよいのである．
つまらないモデルでもかまわない
(私のようなふざけモデル屋ならびに不真面目さを重視する読者
以外にとっては)．
- たとえば
……
樹木らしい図などひとつも出てこない
数式ばかりのモデルでも作ってやろうか．
スカラーのみで構成されたモデルであれば，
静的な実験データから
動態パラメーター推定するような曲芸ができないかな．
しかし値を推定すべきパラメーターに対して
既知の値の個数が少なすぎる
……
- まだ考えがまとまってないけど独房区画ぬけ．
1755 研究所発．
普通に乗って
1805 京急杉田発．
特急に乗り換えて
1815 京急上大岡発．
1910 帰宅．
- 晩飯食ってからも夕方のアイデアをずっと検討してたんだけど
……
やはり極度の抽象化はいかんね．
なぜダメなのか?
思いきり要約するなら，
いんちきを介在させる余地が無い．
そしていんちきなしでは実験データから
パラメーターやサブモデルが特定できない．
- とはいえ，
ここまで
-
小手先の改良でぢたばたする．
-
データ解析 Perl スクリプトにいろいろと
作図させてみる．
-
いらないコードを粛正してみる．
-
ひどく抽象化してごまかそうと試みる．
……
というふうにアタマに「ゆさぶり」をかけてきたので，
少し新しい種類のいんちきを創案できる脳状態になってきたよ．
- これまで検討してきたすべてのアイデアが
うまくいってない原因のひとつは，
いうならば「ニセ」炭素収支型モデリングとでも称されるべき虚構に
固執しているからだろうな．
これはまぁまぁうまくできていて，
実験データ 8 個体のうち 6-7 個体までは
「おのぞみの結果」
を出してくれるんだけど，
どういう小改良やっても
実験処理区にひとつかふたつ「不良」個体が生じて
何もかもご破算にしてくれるのである．
- この生産生態学のまがいものの中核なす概念は
(生産効率) = (純生産量) / (生産器官重量)
というようなよくわからぬ量である
(これも「ニセ」アカマツ専用のでっちあげ)．
小手先の改良によって右辺が多少変わったりはするんだが
……
いずれにせよ，
こういう「率」を使って「年度予算」を決定するところにかわりはない．
- ところでデータとの対応を考えると，
これは 離散 (茎集団)
→ 連続 (プールされた純生産量)
→ 離散 (分割・配分による)，
と迂遠なことやってるわけだ．
途中を飛ばしてしまえないか?
そうすれば架空カーボンバジェットな世界と手を切れる
……
生産生態学の偽物ではなく
個体群生態学もどきでケリをつけられんか?
ということだ．
ちょっと検討してみよう．
- ふだんから「生態学における割算は間違いのもと」と明確に認識しつつ，
自分自身では割算に依拠したモデリングをやってたわけだな．
いやはや．
- 今日の食卓
- 朝 (0720):
米 0.6 合．
キャベツを煮たもの．
- 昼 (1210):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1940):
米 0.6 合．
キャベツ雑炊．
キャベツ終り．
2001 年 11 月 30 日 (金)
- 0650 起床．
どうも改良中のモデルが気になってよく眠れなかった．
- 朝飯・弁当の準備．
朝飯．
コーヒー．
シャワー．
- 0740 自宅発．
曇り．
モデリングのこと考えてたので
間違えて 0747 羽田行き急行に乗ってしまった．
本線・羽田線の分岐である
京急蒲田で降りて後続の特急を待つ．
特急に乗って
0755 京急蒲田発．
普通に乗り換えて
0818 京急上大岡発．
0835 研究所着．
- う，
もう午前終了か．
ここまで，
観測された a 齢茎のサイズ分布と a+1 齢のそれを比較しながら，
a → a+1 の間に生じるサイズ依存的な死亡率の関数型を
データから推定する方法を考えてた．
なかなか難しい．
単純に切断してしまえ，
というユーワクあるんだけどね．
しかし茎のサイズ分布って対数正規分布みたいなんだよね．
つまり分散が x に依存するやつだ．
- いやまてよ
……
対数正規分布にこじつけた場合，
x ではなく log(x) の世界では期待値と分散が完全に独立なのか．
このへんに小細工の余地あるか?
- ひとつのアイデアとしては，
a → a+1 となるときに，
分散が小さくなるように
(どれぐらい圧縮すべきかは観測データから憶測されるはずなんだが)
分布の下側が切断する
(これはかなりがさつな手法だ)．
このやりかたは工夫すれば分布のカタチに依存しないな．
たぶん．
これでいくか?
ドロくさいのはしょうがないとして，
こういうモデリングで「おのぞみの結果」とやら一
式を算出できるかどうか，
もうちょっとデータを見直したほうがよさそうだな．
- 昼飯食ってると
私の作った
mlfitting
というパラメーター推定ソフトウェアの製造物責任を問うメイルが
……
北大の浦口さんからのものである．
近ごろは，
ベータ分布を使ったパラメーター推定に取り組んでおられる．
- さっそくプラグインモジュールのコード
(これは呪われ C++ で書かないといけない，
という点でかなり使用者非友好的である)
やパラメーターファイル，
データなど拝見してみる．
- 午後はこの浦口コードを少しばかり手直しなどして，
1600 ごろにようやくそれらしい推定結果が得られるようになった．
問題点は
……
一週間ほど前に私が出したいんちきメイルが原因だったのである．
いろいろと．
ベータ分布推定用の
プラグインモジュールそれ自体は
かなりよくできている．
- 私が見落としていた問題点は
……
たとえば，
ベータ分布の平均値は常に (0, 1) でなければならないので，
これが定数ではなく何かの関数である場合には，
関数型に注意を払う必要がある．
- あるいは，
ベータ分布 z^(a - 1) (1 - z)^(b - 1) / Beta(a, b)
において
-
(平均) = a / (a + b)
-
(分散) = a b / ((a + b)^2 (a + b + 1))
となってるんだけど，
計算してみればわかるように，
つねに (平均) > (分散) が成立している
(ベータ分布のパラメーター a, b はどちらも正である)．
このあたりも気をつけないといけない．
うーん，
勉強になる．
- とりあえずベータ分布を使った推定は私にとって初めてなので，
つい嬉しがって推定結果の図を出してみたり
……
|
[初めてのベータ分布推定]
浦口さん
が苦労して開発されたベータ分布用の
mlfitting プラグインモジュールである
plugin_function.so
を横取りして
(極悪ですなぁ)，
計算させてみた結果．
ただしデータはまだ調整中のもの．
縦軸の値がベータ分布に従う．
曲線はその分布の平均で
(1 - exp(-a * x)) * exp(-b * x)
という関数型である．
この
(a^, b^)
を最尤推定してみた
(もひとつ分散を決めるパラメータも含めて)．
|
何度もいうように，
このベータ分布推定用モジュールのコードは浦口さんが
工夫したものであり，
私はそれを借用して試験運転してるだけなのである．
- それにしても
mlfitting の
プラグインモジュール開発の面倒さはどうにかならんものかな
……
これはまったく解決策を思いつかない．
この部分だけ外部のスクリプト言語で記述してよいようにする?
ただでさえ遅い計算速度がさらに耐えがたいものになりそうだけど．
いやいや，
Perl とかで尤度関数を書けるようになったからといって，
値がヘンな領域に飛んだりするのを防ぐことできないか．
-
1750 研究所発．
普通に乗って
1800 京急杉田発．
快特に乗り換えて
1810 京急上大岡発．
普通に乗り換えて
1830 京急川崎発．
1900 帰宅．
- 夕方から茎の死亡率関数の推定方法を考えているんだが，
なかなかまとまらない．
「Variance が減衰するよーに」
パラメーターを選ぶのは安直そうなんだけど
(しかしこの推定値をまぢめに計算するとなると約 100 万項
の非線形方程式を解かないといかんな)，
しかしあまりにも露骨に現象論的すぎる．
- ふーん，
PerlによるExcelファイルの読み取り／書き込み
か
……
Spreadsheet::ParseExcel
というような解毒 Perl モジュールが
開発されつつあるらしい．
とはいえ，
私はしばらく使わんだろうな．
うけとったおひすファイルが研究に必要なものであれば，
wvware とかでテキストに変換してから
……
あれれ?
wvWare とか xlHTML のサイトがいつのまにか無くなってる?
謎．
れどもんどの圧力か．
- 今日の食卓
- 朝 (0710):
米 0.6 合．
タマネギ・ニンニク茎・エリンギの炒めもの．
- 昼 (1220):
弁当．
米 0.8 合．
朝と同じ．
- 晩 (1930):
米 0.6 合．
朝の残りで雑炊．